Merge branch 'develop' into collected-small-changes
This commit is contained in:
Axel Kohlmeyer
@ -440,16 +440,12 @@ if(PKG_MSCG OR PKG_ATC OR PKG_AWPMD OR PKG_ML-QUIP OR PKG_ML-POD OR PKG_LATTE OR
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|||||||
find_package(BLAS)
|
find_package(BLAS)
|
||||||
endif()
|
endif()
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||||||
if(NOT LAPACK_FOUND OR NOT BLAS_FOUND OR USE_INTERNAL_LINALG)
|
if(NOT LAPACK_FOUND OR NOT BLAS_FOUND OR USE_INTERNAL_LINALG)
|
||||||
include(CheckGeneratorSupport)
|
file(GLOB LINALG_SOURCES ${LAMMPS_LIB_SOURCE_DIR}/linalg/[^.]*.cpp)
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||||||
if(NOT CMAKE_GENERATOR_SUPPORT_FORTRAN)
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add_library(linalg STATIC ${LINALG_SOURCES})
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status(FATAL_ERROR "Cannot build internal linear algebra library as CMake build tool lacks Fortran support")
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||||||
endif()
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enable_language(Fortran)
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file(GLOB LAPACK_SOURCES ${LAMMPS_LIB_SOURCE_DIR}/linalg/[^.]*.[fF])
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add_library(linalg STATIC ${LAPACK_SOURCES})
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||||||
set_target_properties(linalg PROPERTIES OUTPUT_NAME lammps_linalg${LAMMPS_MACHINE})
|
set_target_properties(linalg PROPERTIES OUTPUT_NAME lammps_linalg${LAMMPS_MACHINE})
|
||||||
set(BLAS_LIBRARIES "$<TARGET_FILE:linalg>")
|
set(BLAS_LIBRARIES "$<TARGET_FILE:linalg>")
|
||||||
set(LAPACK_LIBRARIES "$<TARGET_FILE:linalg>")
|
set(LAPACK_LIBRARIES "$<TARGET_FILE:linalg>")
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||||||
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target_link_libraries(lammps PRIVATE linalg)
|
||||||
else()
|
else()
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||||||
list(APPEND LAPACK_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
|
list(APPEND LAPACK_LIBRARIES ${BLAS_LIBRARIES})
|
||||||
endif()
|
endif()
|
||||||
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|||||||
@ -72,7 +72,7 @@
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|||||||
"configurationType": "Debug",
|
"configurationType": "Debug",
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||||||
"buildRoot": "${workspaceRoot}\\build\\${name}",
|
"buildRoot": "${workspaceRoot}\\build\\${name}",
|
||||||
"installRoot": "${workspaceRoot}\\install\\${name}",
|
"installRoot": "${workspaceRoot}\\install\\${name}",
|
||||||
"cmakeCommandArgs": "-C ${workspaceRoot}\\cmake\\presets\\windows.cmake -DCMAKE_C_COMPILER=clang-cl.exe -DCMAKE_CXX_COMPILER=clang-cl.exe",
|
"cmakeCommandArgs": "-C ${workspaceRoot}\\cmake\\presets\\windows.cmake -DCMAKE_C_COMPILER=clang-cl.exe -DCMAKE_CXX_COMPILER=clang-cl.exe -DBUILD_MPI=off",
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||||||
"buildCommandArgs": "",
|
"buildCommandArgs": "",
|
||||||
"ctestCommandArgs": "",
|
"ctestCommandArgs": "",
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||||||
"inheritEnvironments": [ "clang_cl_x64" ],
|
"inheritEnvironments": [ "clang_cl_x64" ],
|
||||||
@ -105,7 +105,7 @@
|
|||||||
"configurationType": "Release",
|
"configurationType": "Release",
|
||||||
"buildRoot": "${workspaceRoot}\\build\\${name}",
|
"buildRoot": "${workspaceRoot}\\build\\${name}",
|
||||||
"installRoot": "${workspaceRoot}\\install\\${name}",
|
"installRoot": "${workspaceRoot}\\install\\${name}",
|
||||||
"cmakeCommandArgs": "-C ${workspaceRoot}\\cmake\\presets\\windows.cmake -DCMAKE_C_COMPILER=clang-cl.exe -DCMAKE_CXX_COMPILER=clang-cl.exe",
|
"cmakeCommandArgs": "-C ${workspaceRoot}\\cmake\\presets\\windows.cmake -DCMAKE_C_COMPILER=clang-cl.exe -DCMAKE_CXX_COMPILER=clang-cl.exe -DBUILD_MPI=off",
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||||||
"buildCommandArgs": "",
|
"buildCommandArgs": "",
|
||||||
"ctestCommandArgs": "-V",
|
"ctestCommandArgs": "-V",
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"inheritEnvironments": [ "clang_cl_x64" ],
|
"inheritEnvironments": [ "clang_cl_x64" ],
|
||||||
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@ -1,6 +1,6 @@
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set(PACELIB_URL "https://github.com/ICAMS/lammps-user-pace/archive/refs/tags/v.2022.10.15.tar.gz" CACHE STRING "URL for PACE evaluator library sources")
|
set(PACELIB_URL "https://github.com/ICAMS/lammps-user-pace/archive/refs/tags/v.2023.01.3.tar.gz" CACHE STRING "URL for PACE evaluator library sources")
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||||||
set(PACELIB_MD5 "848ad6a6cc79fa82745927001fb1c9b5" CACHE STRING "MD5 checksum of PACE evaluator library tarball")
|
set(PACELIB_MD5 "f418d32b60e531063ac4285bf702b468" CACHE STRING "MD5 checksum of PACE evaluator library tarball")
|
||||||
mark_as_advanced(PACELIB_URL)
|
mark_as_advanced(PACELIB_URL)
|
||||||
mark_as_advanced(PACELIB_MD5)
|
mark_as_advanced(PACELIB_MD5)
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -1,6 +1,7 @@
|
|||||||
set(WIN_PACKAGES
|
set(WIN_PACKAGES
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||||||
AMOEBA
|
AMOEBA
|
||||||
ASPHERE
|
ASPHERE
|
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|
AWPMD
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||||||
BOCS
|
BOCS
|
||||||
BODY
|
BODY
|
||||||
BPM
|
BPM
|
||||||
@ -20,6 +21,7 @@ set(WIN_PACKAGES
|
|||||||
DPD-SMOOTH
|
DPD-SMOOTH
|
||||||
DRUDE
|
DRUDE
|
||||||
EFF
|
EFF
|
||||||
|
ELECTRODE
|
||||||
EXTRA-COMPUTE
|
EXTRA-COMPUTE
|
||||||
EXTRA-DUMP
|
EXTRA-DUMP
|
||||||
EXTRA-FIX
|
EXTRA-FIX
|
||||||
@ -35,6 +37,7 @@ set(WIN_PACKAGES
|
|||||||
MEAM
|
MEAM
|
||||||
MISC
|
MISC
|
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ML-IAP
|
ML-IAP
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||||||
|
ML-POD
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||||||
ML-SNAP
|
ML-SNAP
|
||||||
MOFFF
|
MOFFF
|
||||||
MOLECULE
|
MOLECULE
|
||||||
|
|||||||
@ -1212,9 +1212,9 @@ The ATC package requires the MANYBODY package also be installed.
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|||||||
.. code-block:: bash
|
.. code-block:: bash
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||||||
|
|
||||||
make lib-linalg # print help message
|
make lib-linalg # print help message
|
||||||
make lib-linalg args="-m serial" # build with GNU Fortran compiler (settings as with "make serial")
|
make lib-linalg args="-m serial" # build with GNU C++ compiler (settings as with "make serial")
|
||||||
make lib-linalg args="-m mpi" # build with default MPI Fortran compiler (settings as with "make mpi")
|
make lib-linalg args="-m mpi" # build with default MPI C++ compiler (settings as with "make mpi")
|
||||||
make lib-linalg args="-m gfortran" # build with GNU Fortran compiler
|
make lib-linalg args="-m g++" # build with GNU Fortran compiler
|
||||||
|
|
||||||
----------
|
----------
|
||||||
|
|
||||||
@ -1263,9 +1263,9 @@ AWPMD package
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|||||||
.. code-block:: bash
|
.. code-block:: bash
|
||||||
|
|
||||||
make lib-linalg # print help message
|
make lib-linalg # print help message
|
||||||
make lib-linalg args="-m serial" # build with GNU Fortran compiler (settings as with "make serial")
|
make lib-linalg args="-m serial" # build with GNU C++ compiler (settings as with "make serial")
|
||||||
make lib-linalg args="-m mpi" # build with default MPI Fortran compiler (settings as with "make mpi")
|
make lib-linalg args="-m mpi" # build with default MPI C++ compiler (settings as with "make mpi")
|
||||||
make lib-linalg args="-m gfortran" # build with GNU Fortran compiler
|
make lib-linalg args="-m g++" # build with GNU C++ compiler
|
||||||
|
|
||||||
----------
|
----------
|
||||||
|
|
||||||
@ -1367,9 +1367,9 @@ This package depends on the KSPACE package.
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|||||||
.. code-block:: bash
|
.. code-block:: bash
|
||||||
|
|
||||||
make lib-linalg # print help message
|
make lib-linalg # print help message
|
||||||
make lib-linalg args="-m serial" # build with GNU Fortran compiler (settings as with "make serial")
|
make lib-linalg args="-m serial" # build with GNU C++ compiler (settings as with "make serial")
|
||||||
make lib-linalg args="-m mpi" # build with default MPI Fortran compiler (settings as with "make mpi")
|
make lib-linalg args="-m mpi" # build with default MPI C++ compiler (settings as with "make mpi")
|
||||||
make lib-linalg args="-m gfortran" # build with GNU Fortran compiler
|
make lib-linalg args="-m g++" # build with GNU C++ compiler
|
||||||
|
|
||||||
The package itself is activated with ``make yes-KSPACE`` and
|
The package itself is activated with ``make yes-KSPACE`` and
|
||||||
``make yes-ELECTRODE``
|
``make yes-ELECTRODE``
|
||||||
@ -1451,9 +1451,9 @@ ML-POD package
|
|||||||
.. code-block:: bash
|
.. code-block:: bash
|
||||||
|
|
||||||
make lib-linalg # print help message
|
make lib-linalg # print help message
|
||||||
make lib-linalg args="-m serial" # build with GNU Fortran compiler (settings as with "make serial")
|
make lib-linalg args="-m serial" # build with GNU C++ compiler (settings as with "make serial")
|
||||||
make lib-linalg args="-m mpi" # build with default MPI Fortran compiler (settings as with "make mpi")
|
make lib-linalg args="-m mpi" # build with default MPI C++ compiler (settings as with "make mpi")
|
||||||
make lib-linalg args="-m gfortran" # build with GNU Fortran compiler
|
make lib-linalg args="-m g++" # build with GNU C++ compiler
|
||||||
|
|
||||||
The package itself is activated with ``make yes-ML-POD``.
|
The package itself is activated with ``make yes-ML-POD``.
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -24,6 +24,7 @@ table above.
|
|||||||
|
|
||||||
* :doc:`angle_coeff <angle_coeff>`
|
* :doc:`angle_coeff <angle_coeff>`
|
||||||
* :doc:`angle_style <angle_style>`
|
* :doc:`angle_style <angle_style>`
|
||||||
|
* :doc:`angle_write <angle_write>`
|
||||||
* :doc:`atom_modify <atom_modify>`
|
* :doc:`atom_modify <atom_modify>`
|
||||||
* :doc:`atom_style <atom_style>`
|
* :doc:`atom_style <atom_style>`
|
||||||
* :doc:`balance <balance>`
|
* :doc:`balance <balance>`
|
||||||
@ -45,6 +46,7 @@ table above.
|
|||||||
* :doc:`dielectric <dielectric>`
|
* :doc:`dielectric <dielectric>`
|
||||||
* :doc:`dihedral_coeff <dihedral_coeff>`
|
* :doc:`dihedral_coeff <dihedral_coeff>`
|
||||||
* :doc:`dihedral_style <dihedral_style>`
|
* :doc:`dihedral_style <dihedral_style>`
|
||||||
|
* :doc:`dihedral_write <dihedral_write>`
|
||||||
* :doc:`dimension <dimension>`
|
* :doc:`dimension <dimension>`
|
||||||
* :doc:`displace_atoms <displace_atoms>`
|
* :doc:`displace_atoms <displace_atoms>`
|
||||||
* :doc:`dump <dump>`
|
* :doc:`dump <dump>`
|
||||||
|
|||||||
@ -2548,17 +2548,18 @@ REACTION package
|
|||||||
|
|
||||||
**Contents:**
|
**Contents:**
|
||||||
|
|
||||||
This package allows for complex bond topology changes (reactions)
|
This package implements the REACTER protocol, which allows for complex
|
||||||
during a running MD simulation, when using classical force fields.
|
bond topology changes (reactions) during a running MD simulation when
|
||||||
Topology changes are defined in pre- and post-reaction molecule
|
using classical force fields. Topology changes are defined in pre- and
|
||||||
templates and can include creation and deletion of bonds, angles,
|
post-reaction molecule templates and can include creation and deletion
|
||||||
dihedrals, impropers, atom types, bond types, angle types, dihedral
|
of bonds, angles, dihedrals, impropers, atom types, bond types, angle
|
||||||
types, improper types, and/or atomic charges. Other options currently
|
types, dihedral types, improper types, and/or atomic charges. Other
|
||||||
available include reaction constraints (e.g. angle and Arrhenius
|
options currently available include reaction constraints (e.g., angle
|
||||||
constraints), deletion of reaction byproducts or other small
|
and Arrhenius constraints), deletion of reaction byproducts or other
|
||||||
molecules, and chiral-sensitive reactions.
|
small molecules, creation of new atoms or molecules bonded to existing
|
||||||
|
atoms, and using LAMMPS variables for input parameters.
|
||||||
|
|
||||||
**Author:** Jacob R. Gissinger (CU Boulder) while at NASA Langley Research Center.
|
**Author:** Jacob R. Gissinger (NASA Langley Research Center).
|
||||||
|
|
||||||
**Supporting info:**
|
**Supporting info:**
|
||||||
|
|
||||||
@ -2568,7 +2569,8 @@ molecules, and chiral-sensitive reactions.
|
|||||||
* examples/PACKAGES/reaction
|
* examples/PACKAGES/reaction
|
||||||
* `2017 LAMMPS Workshop <https://www.lammps.org/workshops/Aug17/pdf/gissinger.pdf>`_
|
* `2017 LAMMPS Workshop <https://www.lammps.org/workshops/Aug17/pdf/gissinger.pdf>`_
|
||||||
* `2019 LAMMPS Workshop <https://www.lammps.org/workshops/Aug19/talk_gissinger.pdf>`_
|
* `2019 LAMMPS Workshop <https://www.lammps.org/workshops/Aug19/talk_gissinger.pdf>`_
|
||||||
* reacter.org
|
* `2021 LAMMPS Workshop <https://www.lammps.org/workshops/Aug21/talk/jacob-gissinger/>`_
|
||||||
|
* `REACTER website (reacter.org) <https://www.reacter.org/>`_
|
||||||
|
|
||||||
----------
|
----------
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||||||
|
|
||||||
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|||||||
@ -59,9 +59,12 @@ format of this file is described below.
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|||||||
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||||||
----------
|
----------
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||||||
|
|
||||||
Suitable tables for use with this angle style can be created using the
|
Suitable tables for use with this angle style can be created by LAMMPS
|
||||||
Python code in the ``tools/tabulate`` folder of the LAMMPS source code
|
itself from existing angle styles using the :doc:`angle_write
|
||||||
distribution.
|
<angle_write>` command. This can be useful to have a template file for
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||||||
|
testing the angle style settings and to build a compatible custom file.
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||||||
|
Another option to generate tables is the Python code in the
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||||||
|
``tools/tabulate`` folder of the LAMMPS source code distribution.
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||||||
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|
||||||
The format of a tabulated file is as follows (without the
|
The format of a tabulated file is as follows (without the
|
||||||
parenthesized comments):
|
parenthesized comments):
|
||||||
@ -154,7 +157,7 @@ for more info.
|
|||||||
Related commands
|
Related commands
|
||||||
""""""""""""""""
|
""""""""""""""""
|
||||||
|
|
||||||
:doc:`angle_coeff <angle_coeff>`
|
:doc:`angle_coeff <angle_coeff>`, :doc:`angle_write <angle_write>`
|
||||||
|
|
||||||
Default
|
Default
|
||||||
"""""""
|
"""""""
|
||||||
|
|||||||
99
doc/src/angle_write.rst
Normal file
99
doc/src/angle_write.rst
Normal file
@ -0,0 +1,99 @@
|
|||||||
|
.. index:: angle_write
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_write command
|
||||||
|
===================
|
||||||
|
|
||||||
|
Syntax
|
||||||
|
""""""
|
||||||
|
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||||||
|
.. code-block:: LAMMPS
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||||||
|
|
||||||
|
angle_write atype N file keyword
|
||||||
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||||||
|
* atype = angle type
|
||||||
|
* N = # of values
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||||||
|
* file = name of file to write values to
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||||||
|
* keyword = section name in file for this set of tabulated values
|
||||||
|
|
||||||
|
Examples
|
||||||
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""""""""
|
||||||
|
|
||||||
|
.. code-block:: LAMMPS
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||||||
|
|
||||||
|
angle_write 1 500 table.txt Harmonic_1
|
||||||
|
angle_write 3 1000 table.txt Harmonic_3
|
||||||
|
|
||||||
|
Description
|
||||||
|
"""""""""""
|
||||||
|
|
||||||
|
.. versionadded:: TBD
|
||||||
|
|
||||||
|
Write energy and force values to a file as a function of angle for the
|
||||||
|
currently defined angle potential. Force in this context means the
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||||||
|
force with respect to the angle, not the force on individual atoms.
|
||||||
|
This is useful for plotting the potential function or otherwise
|
||||||
|
debugging its values. The resulting file can also be used as input for
|
||||||
|
use with :doc:`angle style table <angle_table>`.
|
||||||
|
|
||||||
|
If the file already exists, the table of values is appended to the end
|
||||||
|
of the file to allow multiple tables of energy and force to be included
|
||||||
|
in one file. The individual sections may be identified by the *keyword*.
|
||||||
|
|
||||||
|
The energy and force values are computed for angles ranging from 0
|
||||||
|
degrees to 180 degrees for 3 interacting atoms forming an angle type
|
||||||
|
atype, using the appropriate :doc:`angle_coeff <angle_coeff>`
|
||||||
|
coefficients. N evenly spaced angles are used.
|
||||||
|
|
||||||
|
For example, for N = 6, values are computed at :math:`\theta = 0, 36,
|
||||||
|
72, 108, 144, 180`.
|
||||||
|
|
||||||
|
The file is written in the format used as input for the
|
||||||
|
:doc:`angle_style table <angle_table>` option with *keyword* as the
|
||||||
|
section name. Each line written to the file lists an index number
|
||||||
|
(1-N), an angle (in degrees), an energy (in energy units), and a force
|
||||||
|
(in force units per radians^2). In case a new file is created, the
|
||||||
|
first line will be a comment with a "DATE:" and "UNITS:" tag with the
|
||||||
|
current date and :doc:`units <units>` settings. For subsequent
|
||||||
|
invocations of the *angle_write* command for the same file, data will be
|
||||||
|
appended and the current units settings will be compared to the data
|
||||||
|
from the header, if present. The *angle_write* will refuse to add a
|
||||||
|
table to an existing file if the units are not the same.
|
||||||
|
|
||||||
|
Restrictions
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||||||
|
""""""""""""
|
||||||
|
|
||||||
|
All force field coefficients for angle and other kinds of interactions
|
||||||
|
must be set before this command can be invoked.
|
||||||
|
|
||||||
|
The table of the angle energy and force data data is created by using a
|
||||||
|
separate, internally created, new LAMMPS instance with a dummy system of
|
||||||
|
3 atoms for which the angle potential energy is computed after
|
||||||
|
transferring the angle style and coefficients and arranging the 3 atoms
|
||||||
|
into the corresponding geometries. The angle force is then determined
|
||||||
|
from the potential energies through numerical differentiation. As a
|
||||||
|
consequence of this approach, not all angle styles are compatible. The
|
||||||
|
following conditions must be met:
|
||||||
|
|
||||||
|
- The angle style must be able to write its coefficients to a data file.
|
||||||
|
This condition excludes for example :doc:`angle style hybrid <angle_hybrid>` and
|
||||||
|
:doc:`angle style table <angle_table>`.
|
||||||
|
- The potential function must not have any terms that depend on geometry
|
||||||
|
properties other than the angle. This condition excludes for example
|
||||||
|
:doc:`angle style class2 <angle_class2>` all angle types for
|
||||||
|
:doc:`angle style charmm <angle_charmm>` that have non-zero
|
||||||
|
Urey-Bradley terms. Please note that the *write_angle* command has no
|
||||||
|
way of checking for this condition, so the resulting tables may be
|
||||||
|
bogus if the requirement is not met. It is thus recommended to make
|
||||||
|
careful tests for any created tables.
|
||||||
|
|
||||||
|
Related commands
|
||||||
|
""""""""""""""""
|
||||||
|
|
||||||
|
:doc:`angle_style table <angle_table>`, :doc:`bond_write <bond_write>`,
|
||||||
|
:doc:`dihedral_write <dihedral_write>`, :doc:`angle_style <angle_style>`,
|
||||||
|
:doc:`angle_coeff <angle_coeff>`
|
||||||
|
|
||||||
|
Default
|
||||||
|
"""""""
|
||||||
|
|
||||||
|
none
|
||||||
@ -70,7 +70,7 @@ be specified even if the potential has a finite value at r = 0.0.
|
|||||||
Related commands
|
Related commands
|
||||||
""""""""""""""""
|
""""""""""""""""
|
||||||
|
|
||||||
:doc:`bond_style table <bond_table>`,
|
:doc:`bond_style table <bond_table>`, `angle_write <angle_write>`,
|
||||||
:doc:`bond_style <bond_style>`, :doc:`bond_coeff <bond_coeff>`
|
:doc:`bond_style <bond_style>`, :doc:`bond_coeff <bond_coeff>`
|
||||||
|
|
||||||
Default
|
Default
|
||||||
|
|||||||
@ -6,6 +6,7 @@ Commands
|
|||||||
|
|
||||||
angle_coeff
|
angle_coeff
|
||||||
angle_style
|
angle_style
|
||||||
|
angle_write
|
||||||
atom_modify
|
atom_modify
|
||||||
atom_style
|
atom_style
|
||||||
balance
|
balance
|
||||||
@ -27,6 +28,7 @@ Commands
|
|||||||
dielectric
|
dielectric
|
||||||
dihedral_coeff
|
dihedral_coeff
|
||||||
dihedral_style
|
dihedral_style
|
||||||
|
dihedral_write
|
||||||
dimension
|
dimension
|
||||||
displace_atoms
|
displace_atoms
|
||||||
dump
|
dump
|
||||||
|
|||||||
101
doc/src/dihedral_write.rst
Normal file
101
doc/src/dihedral_write.rst
Normal file
@ -0,0 +1,101 @@
|
|||||||
|
.. index:: dihedral_write
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_write command
|
||||||
|
======================
|
||||||
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Syntax
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""""""
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.. code-block:: LAMMPS
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dihedral_write dtype N file keyword
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* dtype = dihedral type
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* N = # of values
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* file = name of file to write values to
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* keyword = section name in file for this set of tabulated values
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||||||
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Examples
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""""""""
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.. code-block:: LAMMPS
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dihedral_write 1 500 table.txt Harmonic_1
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dihedral_write 3 1000 table.txt Harmonic_3
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||||||
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Description
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"""""""""""
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.. versionadded:: TBD
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Write energy and force values to a file as a function of the dihedral
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angle for the currently defined dihedral potential. Force in this
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|
context means the force with respect to the dihedral angle, not the
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||||||
|
force on individual atoms. This is useful for plotting the potential
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|
function or otherwise debugging its values. The resulting file can also
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be used as input for use with :doc:`dihedral style table
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<dihedral_table>`.
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If the file already exists, the table of values is appended to the end
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||||||
|
of the file to allow multiple tables of energy and force to be included
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in one file. The individual sections may be identified by the *keyword*.
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The energy and force values are computed for dihedrals ranging from 0
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degrees to 360 degrees for 4 interacting atoms forming an dihedral type
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|
dtype, using the appropriate :doc:`dihedral_coeff <dihedral_coeff>`
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|
coefficients. N evenly spaced dihedrals are used. Since 0 and 360
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degrees are the same dihedral angle, the latter entry is skipped.
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|
For example, for N = 6, values would be computed at
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:math:`\phi = 0, 60, 120, 180, 240, 300`.
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||||||
|
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||||||
|
The file is written in the format used as input for the
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||||||
|
:doc:`dihedral_style table <dihedral_table>` option with *keyword* as
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||||||
|
the section name. Each line written to the file lists an index number
|
||||||
|
(1-N), an dihedral angle (in degrees), an energy (in energy units), and
|
||||||
|
a force (in force units per radians^2). In case a new file is created,
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||||||
|
the first line will be a comment with a "DATE:" and "UNITS:" tag with
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||||||
|
the current date and :doc:`units <units>` settings. For subsequent
|
||||||
|
invocations of the *dihedral_write* command for the same file, data will
|
||||||
|
be appended and the current units settings will be compared to the data
|
||||||
|
from the header, if present. The *dihedral_write* will refuse to add a
|
||||||
|
table to an existing file if the units are not the same.
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||||||
|
|
||||||
|
Restrictions
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||||||
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""""""""""""
|
||||||
|
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||||||
|
All force field coefficients for dihedrals and other kinds of interactions
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||||||
|
must be set before this command can be invoked.
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||||||
|
The table of the dihedral energy and force data data is created by using a
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||||||
|
separate, internally created, new LAMMPS instance with a dummy system of
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||||||
|
4 atoms for which the dihedral potential energy is computed after
|
||||||
|
transferring the dihedral style and coefficients and arranging the 4 atoms
|
||||||
|
into the corresponding geometries. The dihedral force is then determined
|
||||||
|
from the potential energies through numerical differentiation. As a
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||||||
|
consequence of this approach, not all dihedral styles are compatible. The
|
||||||
|
following conditions must be met:
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||||||
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- The dihedral style must be able to write its coefficients to a data file.
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This condition excludes for example :doc:`dihedral style hybrid <dihedral_hybrid>` and
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||||||
|
:doc:`dihedral style table <dihedral_table>`.
|
||||||
|
- The potential function must not have any terms that depend on geometry
|
||||||
|
properties other than the dihedral. This condition excludes for
|
||||||
|
example :doc:`dihedral style class2 <dihedral_class2>`. Please note
|
||||||
|
that the *write_dihedral* command has no way of checking for this
|
||||||
|
condition. It will check the style name against an internal list of
|
||||||
|
known to be incompatible styles. The resulting tables may be bogus
|
||||||
|
for unlisted dihedral styles if the requirement is not met. It is
|
||||||
|
thus recommended to make careful tests for any created tables.
|
||||||
|
|
||||||
|
Related commands
|
||||||
|
""""""""""""""""
|
||||||
|
|
||||||
|
:doc:`dihedral_style table <dihedral_table>`, :doc:`bond_write <bond_write>`,
|
||||||
|
:doc:`angle_write <angle_write>`, :doc:`dihedral_style <dihedral_style>`,
|
||||||
|
:doc:`dihedral_coeff <dihedral_coeff>`
|
||||||
|
|
||||||
|
Default
|
||||||
|
"""""""
|
||||||
|
|
||||||
|
none
|
||||||
@ -123,6 +123,17 @@ using this fix is
|
|||||||
(4) create a map that relates the template-atom-IDs of each atom between pre- and post-reaction molecule templates
|
(4) create a map that relates the template-atom-IDs of each atom between pre- and post-reaction molecule templates
|
||||||
(5) fill a simulation box with molecules and run a simulation with fix bond/react.
|
(5) fill a simulation box with molecules and run a simulation with fix bond/react.
|
||||||
|
|
||||||
|
.. note::
|
||||||
|
|
||||||
|
.. versionadded:: 15Sep2022
|
||||||
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||||||
|
:doc:`Type labels <Howto_type_labels>` allow for molecule templates
|
||||||
|
and data files to use alphanumeric atom types that match those of
|
||||||
|
a force field. Input files that use type labels are inherently
|
||||||
|
compatible with each other and portable between different
|
||||||
|
simulations. Therefore, it is highly recommended to use type labels
|
||||||
|
to specify atom, bond, etc. types when using fix bond/react.
|
||||||
|
|
||||||
Only one 'fix bond/react' command can be used at a time. Multiple
|
Only one 'fix bond/react' command can be used at a time. Multiple
|
||||||
reactions can be simultaneously applied by specifying multiple *react*
|
reactions can be simultaneously applied by specifying multiple *react*
|
||||||
arguments to a single 'fix bond/react' command. This syntax is
|
arguments to a single 'fix bond/react' command. This syntax is
|
||||||
@ -228,18 +239,18 @@ pairs are identified within the cutoff distance:
|
|||||||
initiator partners, these two atoms are identified as the initiator atom
|
initiator partners, these two atoms are identified as the initiator atom
|
||||||
pair of the reaction site.
|
pair of the reaction site.
|
||||||
|
|
||||||
Note that it can be helpful to select
|
Note that it can be helpful to select unique atom types for the
|
||||||
unique atom types for the initiator atoms: if an initiator atom pair
|
initiator atoms: if an initiator atom pair is identified, as described
|
||||||
is identified, as described in the previous steps, but it does not
|
in the previous steps, but it does not correspond to the same pair
|
||||||
correspond to the same pair specified in the pre-reaction template, an
|
specified in the pre-reaction template, an otherwise eligible reaction
|
||||||
otherwise eligible reaction could be prevented from occurring. Once
|
could be prevented from occurring. Once this unique initiator atom
|
||||||
this unique initiator atom pair is identified for each reaction, there
|
pair is identified for each reaction, there could be two or more
|
||||||
could be two or more reactions that involve the same atom on the same
|
reactions that involve the same atom on the same time step. If this is
|
||||||
time step. If this is the case, only one such reaction is permitted to
|
the case, only one such reaction is permitted to occur. This reaction
|
||||||
occur. This reaction is chosen randomly from all potential reactions
|
is chosen randomly from all potential reactions involving the
|
||||||
involving the overlapping atom. This capability allows, for example,
|
overlapping atom. This capability allows, for example, different
|
||||||
different reaction pathways to proceed from identical reaction sites
|
reaction pathways to proceed from identical reaction sites with
|
||||||
with user-specified probabilities.
|
user-specified probabilities.
|
||||||
|
|
||||||
The pre-reacted molecule template is specified by a molecule command.
|
The pre-reacted molecule template is specified by a molecule command.
|
||||||
This molecule template file contains a sample reaction site and its
|
This molecule template file contains a sample reaction site and its
|
||||||
@ -280,7 +291,10 @@ for a given simulation. All atom types in the pre-reacted template
|
|||||||
must be the same as those of a potential reaction site in the
|
must be the same as those of a potential reaction site in the
|
||||||
simulation. A detailed discussion of matching molecule template atom
|
simulation. A detailed discussion of matching molecule template atom
|
||||||
types with the simulation is provided on the :doc:`molecule <molecule>`
|
types with the simulation is provided on the :doc:`molecule <molecule>`
|
||||||
command page.
|
command page. It is highly recommended to use :doc:`Type labels <Howto_type_labels>`
|
||||||
|
(added in version 15Sep2022) in both molecule templates and data
|
||||||
|
files, which automates the process of syncing atom types between
|
||||||
|
different input files.
|
||||||
|
|
||||||
The post-reacted molecule template contains a sample of the reaction
|
The post-reacted molecule template contains a sample of the reaction
|
||||||
site and its surrounding topology after the reaction has occurred. It
|
site and its surrounding topology after the reaction has occurred. It
|
||||||
|
|||||||
@ -1,7 +1,7 @@
|
|||||||
.. index:: fix pair
|
.. index:: fix pair
|
||||||
|
|
||||||
fix pair command
|
fix pair command
|
||||||
=======================
|
================
|
||||||
|
|
||||||
Syntax
|
Syntax
|
||||||
""""""
|
""""""
|
||||||
@ -47,7 +47,12 @@ These are example use cases:
|
|||||||
The *N* argument determines how often the fix is invoked.
|
The *N* argument determines how often the fix is invoked.
|
||||||
|
|
||||||
The *pstyle* argument is the name of the pair style. It can be a
|
The *pstyle* argument is the name of the pair style. It can be a
|
||||||
sub-style used in a :doc:`pair_style hybrid <pair_hybrid>` command.
|
sub-style used in a :doc:`pair_style hybrid <pair_hybrid>` command. If
|
||||||
|
there are multiple sub-styles using the same pair style, then *pstyle*
|
||||||
|
should be specified as "style:N", where *N* is the number of the
|
||||||
|
instance of the pair style you wish monitor (e.g., the first or second).
|
||||||
|
For example, *pstyle* could be specified as "pace/extrapolation" or
|
||||||
|
"amoeba" or "eam:1" or "eam:2".
|
||||||
|
|
||||||
One or more *name/flag* pairs of arguments follow. Each *name* is a
|
One or more *name/flag* pairs of arguments follow. Each *name* is a
|
||||||
per-atom quantity which the pair style must recognize as an extraction
|
per-atom quantity which the pair style must recognize as an extraction
|
||||||
|
|||||||
@ -1,6 +1,7 @@
|
|||||||
.. index:: pair_style pace
|
.. index:: pair_style pace
|
||||||
.. index:: pair_style pace/kk
|
.. index:: pair_style pace/kk
|
||||||
.. index:: pair_style pace/extrapolation
|
.. index:: pair_style pace/extrapolation
|
||||||
|
.. index:: pair_style pace/extrapolation/kk
|
||||||
|
|
||||||
pair_style pace command
|
pair_style pace command
|
||||||
=======================
|
=======================
|
||||||
@ -127,6 +128,9 @@ but not more often than every 20 steps.
|
|||||||
|
|
||||||
On all other steps `pair_style pace recursive` will be used.
|
On all other steps `pair_style pace recursive` will be used.
|
||||||
|
|
||||||
|
When using the pair style *pace/extrapolation* with the KOKKOS package on GPUs
|
||||||
|
product B-basis evaluator is always used and only *linear* ASI is supported.
|
||||||
|
|
||||||
----------
|
----------
|
||||||
|
|
||||||
See the :doc:`pair_coeff <pair_coeff>` page for alternate ways
|
See the :doc:`pair_coeff <pair_coeff>` page for alternate ways
|
||||||
@ -186,4 +190,4 @@ recursive, chunksize = 4096,
|
|||||||
|
|
||||||
.. _Lysogorskiy2022:
|
.. _Lysogorskiy2022:
|
||||||
|
|
||||||
**(Lysogorskiy2022)** Lysogorskiy, Bochkarev, Mrovec, Drautz, TBS (2022).
|
**(Lysogorskiy2022)** Lysogorskiy, Bochkarev, Mrovec, Drautz, arXiv:2212.08716 (2022).
|
||||||
|
|||||||
@ -174,6 +174,7 @@ attrac
|
|||||||
Atw
|
Atw
|
||||||
Atwater
|
Atwater
|
||||||
atwt
|
atwt
|
||||||
|
atype
|
||||||
augt
|
augt
|
||||||
AuO
|
AuO
|
||||||
automagically
|
automagically
|
||||||
@ -828,6 +829,7 @@ dtemp
|
|||||||
dtgrow
|
dtgrow
|
||||||
dtheta
|
dtheta
|
||||||
dtshrink
|
dtshrink
|
||||||
|
dtype
|
||||||
du
|
du
|
||||||
dU
|
dU
|
||||||
Ducastelle
|
Ducastelle
|
||||||
|
|||||||
@ -1,456 +0,0 @@
|
|||||||
molecule template: end of chain plus polymerized styrene
|
|
||||||
|
|
||||||
46 atoms
|
|
||||||
48 bonds
|
|
||||||
81 angles
|
|
||||||
121 dihedrals
|
|
||||||
35 impropers
|
|
||||||
1 fragments
|
|
||||||
|
|
||||||
Fragments
|
|
||||||
|
|
||||||
create_fit 34 44
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 2
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 5
|
|
||||||
5 1
|
|
||||||
6 2
|
|
||||||
7 1
|
|
||||||
8 2
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 1
|
|
||||||
12 2
|
|
||||||
13 2
|
|
||||||
14 6
|
|
||||||
15 2
|
|
||||||
16 2
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 2
|
|
||||||
19 1
|
|
||||||
20 5
|
|
||||||
21 1
|
|
||||||
22 2
|
|
||||||
23 1
|
|
||||||
24 2
|
|
||||||
25 1
|
|
||||||
26 2
|
|
||||||
27 1
|
|
||||||
28 2
|
|
||||||
29 2
|
|
||||||
30 6
|
|
||||||
31 1
|
|
||||||
32 2
|
|
||||||
33 1
|
|
||||||
34 5
|
|
||||||
35 1
|
|
||||||
36 2
|
|
||||||
37 1
|
|
||||||
38 2
|
|
||||||
39 1
|
|
||||||
40 2
|
|
||||||
41 1
|
|
||||||
42 2
|
|
||||||
43 2
|
|
||||||
44 6
|
|
||||||
45 2
|
|
||||||
46 2
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.129000
|
|
||||||
2 0.123700
|
|
||||||
3 0.026600
|
|
||||||
4 -0.018200
|
|
||||||
5 -0.129000
|
|
||||||
6 0.123700
|
|
||||||
7 -0.173400
|
|
||||||
8 0.140300
|
|
||||||
9 -0.113400
|
|
||||||
10 0.128800
|
|
||||||
11 -0.173400
|
|
||||||
12 0.140300
|
|
||||||
13 0.051600
|
|
||||||
14 -0.069600
|
|
||||||
15 0.035400
|
|
||||||
16 0.035400
|
|
||||||
17 -0.129000
|
|
||||||
18 0.123700
|
|
||||||
19 0.026600
|
|
||||||
20 -0.018200
|
|
||||||
21 -0.129000
|
|
||||||
22 0.123700
|
|
||||||
23 -0.173400
|
|
||||||
24 0.140300
|
|
||||||
25 -0.113400
|
|
||||||
26 0.128800
|
|
||||||
27 -0.173400
|
|
||||||
28 0.140300
|
|
||||||
29 0.051600
|
|
||||||
30 -0.069600
|
|
||||||
31 -0.129000
|
|
||||||
32 0.123700
|
|
||||||
33 0.026600
|
|
||||||
34 -0.018200
|
|
||||||
35 -0.129000
|
|
||||||
36 0.123700
|
|
||||||
37 -0.173400
|
|
||||||
38 0.140300
|
|
||||||
39 -0.113400
|
|
||||||
40 0.128800
|
|
||||||
41 -0.173400
|
|
||||||
42 0.140300
|
|
||||||
43 0.051600
|
|
||||||
44 -0.069600
|
|
||||||
45 0.035400
|
|
||||||
46 0.035400
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 24.130699 1.043900 -1.309300
|
|
||||||
2 25.062700 1.582900 -1.309300
|
|
||||||
3 22.900700 1.753900 -1.309300
|
|
||||||
4 22.900700 3.253900 -1.309300
|
|
||||||
5 21.670700 1.043900 -1.309300
|
|
||||||
6 20.738701 1.582900 -1.309300
|
|
||||||
7 21.670700 -0.376100 -1.309300
|
|
||||||
8 20.738701 -0.915100 -1.309300
|
|
||||||
9 22.900700 -1.086100 -1.309300
|
|
||||||
10 22.900700 -2.163100 -1.309300
|
|
||||||
11 24.130699 -0.376100 -1.309300
|
|
||||||
12 25.062700 -0.915100 -1.309300
|
|
||||||
13 23.766701 3.658900 -0.952300
|
|
||||||
14 21.622700 3.802900 -1.871300
|
|
||||||
15 21.672701 4.544900 -1.970300
|
|
||||||
16 20.979700 2.979900 -2.165300
|
|
||||||
17 13.465800 0.682500 -1.658900
|
|
||||||
18 14.397800 1.221500 -1.658900
|
|
||||||
19 12.235800 1.392500 -1.658900
|
|
||||||
20 12.235800 2.892500 -1.658900
|
|
||||||
21 11.005800 0.682500 -1.658900
|
|
||||||
22 10.073800 1.221500 -1.658900
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
25 12.235800 -1.447500 -1.658900
|
|
||||||
26 12.235800 -2.524500 -1.658900
|
|
||||||
27 13.465800 -0.737500 -1.658900
|
|
||||||
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
||||||
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|
|
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|
|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
||||||
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|
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|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
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|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 1 2
|
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||||||
2 2 1 3
|
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||||||
3 2 1 11
|
|
||||||
4 11 3 4
|
|
||||||
5 2 3 5
|
|
||||||
6 12 13 4
|
|
||||||
7 13 4 14
|
|
||||||
8 1 5 6
|
|
||||||
9 2 5 7
|
|
||||||
10 1 7 8
|
|
||||||
11 2 7 9
|
|
||||||
12 1 9 10
|
|
||||||
13 2 9 11
|
|
||||||
14 1 11 12
|
|
||||||
15 10 15 14
|
|
||||||
16 10 16 14
|
|
||||||
17 9 14 34
|
|
||||||
18 1 17 18
|
|
||||||
19 2 17 19
|
|
||||||
20 2 17 27
|
|
||||||
21 7 19 20
|
|
||||||
22 2 19 21
|
|
||||||
23 8 29 20
|
|
||||||
24 9 30 20
|
|
||||||
25 9 44 20
|
|
||||||
26 1 21 22
|
|
||||||
27 2 21 23
|
|
||||||
28 1 23 24
|
|
||||||
29 2 23 25
|
|
||||||
30 1 25 26
|
|
||||||
31 2 25 27
|
|
||||||
32 1 27 28
|
|
||||||
33 1 31 32
|
|
||||||
34 2 31 33
|
|
||||||
35 2 31 41
|
|
||||||
36 7 33 34
|
|
||||||
37 2 33 35
|
|
||||||
38 8 43 34
|
|
||||||
39 9 44 34
|
|
||||||
40 1 35 36
|
|
||||||
41 2 35 37
|
|
||||||
42 1 37 38
|
|
||||||
43 2 37 39
|
|
||||||
44 1 39 40
|
|
||||||
45 2 39 41
|
|
||||||
46 1 41 42
|
|
||||||
47 10 45 44
|
|
||||||
48 10 46 44
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 2
|
|
||||||
2 1 11 1 2
|
|
||||||
3 2 3 1 11
|
|
||||||
4 17 1 3 4
|
|
||||||
5 2 1 3 5
|
|
||||||
6 17 5 3 4
|
|
||||||
7 18 3 4 13
|
|
||||||
8 19 3 4 14
|
|
||||||
9 20 13 4 14
|
|
||||||
10 1 3 5 6
|
|
||||||
11 2 3 5 7
|
|
||||||
12 1 7 5 6
|
|
||||||
13 1 5 7 8
|
|
||||||
14 2 5 7 9
|
|
||||||
15 1 9 7 8
|
|
||||||
16 1 7 9 10
|
|
||||||
17 2 7 9 11
|
|
||||||
18 1 11 9 10
|
|
||||||
19 2 1 11 9
|
|
||||||
20 1 1 11 12
|
|
||||||
21 1 9 11 12
|
|
||||||
22 21 15 14 4
|
|
||||||
23 21 16 14 4
|
|
||||||
24 22 4 14 34
|
|
||||||
25 15 15 14 16
|
|
||||||
26 14 15 14 34
|
|
||||||
27 14 16 14 34
|
|
||||||
28 1 19 17 18
|
|
||||||
29 1 27 17 18
|
|
||||||
30 2 19 17 27
|
|
||||||
31 9 17 19 20
|
|
||||||
32 2 17 19 21
|
|
||||||
33 9 21 19 20
|
|
||||||
34 10 19 20 29
|
|
||||||
35 11 19 20 30
|
|
||||||
36 11 19 20 44
|
|
||||||
37 12 29 20 30
|
|
||||||
38 12 29 20 44
|
|
||||||
39 13 30 20 44
|
|
||||||
40 1 19 21 22
|
|
||||||
41 2 19 21 23
|
|
||||||
42 1 23 21 22
|
|
||||||
43 1 21 23 24
|
|
||||||
44 2 21 23 25
|
|
||||||
45 1 25 23 24
|
|
||||||
46 1 23 25 26
|
|
||||||
47 2 23 25 27
|
|
||||||
48 1 27 25 26
|
|
||||||
49 2 17 27 25
|
|
||||||
50 1 17 27 28
|
|
||||||
51 1 25 27 28
|
|
||||||
52 1 33 31 32
|
|
||||||
53 1 41 31 32
|
|
||||||
54 2 33 31 41
|
|
||||||
55 9 31 33 34
|
|
||||||
56 2 31 33 35
|
|
||||||
57 9 35 33 34
|
|
||||||
58 11 33 34 14
|
|
||||||
59 12 43 34 14
|
|
||||||
60 13 14 34 44
|
|
||||||
61 10 33 34 43
|
|
||||||
62 11 33 34 44
|
|
||||||
63 12 43 34 44
|
|
||||||
64 1 33 35 36
|
|
||||||
65 2 33 35 37
|
|
||||||
66 1 37 35 36
|
|
||||||
67 1 35 37 38
|
|
||||||
68 2 35 37 39
|
|
||||||
69 1 39 37 38
|
|
||||||
70 1 37 39 40
|
|
||||||
71 2 37 39 41
|
|
||||||
72 1 41 39 40
|
|
||||||
73 2 31 41 39
|
|
||||||
74 1 31 41 42
|
|
||||||
75 1 39 41 42
|
|
||||||
76 16 20 44 34
|
|
||||||
77 14 45 44 20
|
|
||||||
78 14 46 44 20
|
|
||||||
79 14 45 44 34
|
|
||||||
80 14 46 44 34
|
|
||||||
81 15 45 44 46
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 20 2 1 3 4
|
|
||||||
2 2 5 3 1 2
|
|
||||||
3 21 11 1 3 4
|
|
||||||
4 4 11 1 3 5
|
|
||||||
5 2 9 11 1 2
|
|
||||||
6 5 2 1 11 12
|
|
||||||
7 4 3 1 11 9
|
|
||||||
8 2 3 1 11 12
|
|
||||||
9 22 1 3 4 13
|
|
||||||
10 23 1 3 4 14
|
|
||||||
11 22 5 3 4 13
|
|
||||||
12 23 5 3 4 14
|
|
||||||
13 2 1 3 5 6
|
|
||||||
14 4 1 3 5 7
|
|
||||||
15 20 6 5 3 4
|
|
||||||
16 21 7 5 3 4
|
|
||||||
17 24 3 4 14 15
|
|
||||||
18 24 3 4 14 16
|
|
||||||
19 25 3 4 14 34
|
|
||||||
20 26 13 4 14 15
|
|
||||||
21 26 13 4 14 16
|
|
||||||
22 27 13 4 14 34
|
|
||||||
23 2 3 5 7 8
|
|
||||||
24 4 3 5 7 9
|
|
||||||
25 5 6 5 7 8
|
|
||||||
26 2 9 7 5 6
|
|
||||||
27 2 5 7 9 10
|
|
||||||
28 4 5 7 9 11
|
|
||||||
29 5 8 7 9 10
|
|
||||||
30 2 11 9 7 8
|
|
||||||
31 4 7 9 11 1
|
|
||||||
32 2 7 9 11 12
|
|
||||||
33 2 1 11 9 10
|
|
||||||
34 5 10 9 11 12
|
|
||||||
35 28 4 14 34 33
|
|
||||||
36 29 4 14 34 43
|
|
||||||
37 30 4 14 34 44
|
|
||||||
38 31 15 14 34 33
|
|
||||||
39 32 15 14 34 43
|
|
||||||
40 33 15 14 34 44
|
|
||||||
41 31 16 14 34 33
|
|
||||||
42 32 16 14 34 43
|
|
||||||
43 33 16 14 34 44
|
|
||||||
44 10 18 17 19 20
|
|
||||||
45 2 21 19 17 18
|
|
||||||
46 11 27 17 19 20
|
|
||||||
47 4 27 17 19 21
|
|
||||||
48 2 25 27 17 18
|
|
||||||
49 5 18 17 27 28
|
|
||||||
50 4 19 17 27 25
|
|
||||||
51 2 19 17 27 28
|
|
||||||
52 12 17 19 20 29
|
|
||||||
53 13 17 19 20 30
|
|
||||||
54 13 17 19 20 44
|
|
||||||
55 12 21 19 20 29
|
|
||||||
56 13 21 19 20 30
|
|
||||||
57 13 21 19 20 44
|
|
||||||
58 2 17 19 21 22
|
|
||||||
59 4 17 19 21 23
|
|
||||||
60 10 22 21 19 20
|
|
||||||
61 11 23 21 19 20
|
|
||||||
62 34 34 44 20 19
|
|
||||||
63 31 45 44 20 19
|
|
||||||
64 31 46 44 20 19
|
|
||||||
65 35 34 44 20 29
|
|
||||||
66 32 45 44 20 29
|
|
||||||
67 32 46 44 20 29
|
|
||||||
68 36 34 44 20 30
|
|
||||||
69 33 45 44 20 30
|
|
||||||
70 33 46 44 20 30
|
|
||||||
71 2 19 21 23 24
|
|
||||||
72 4 19 21 23 25
|
|
||||||
73 5 22 21 23 24
|
|
||||||
74 2 25 23 21 22
|
|
||||||
75 2 21 23 25 26
|
|
||||||
76 4 21 23 25 27
|
|
||||||
77 5 24 23 25 26
|
|
||||||
78 2 27 25 23 24
|
|
||||||
79 4 23 25 27 17
|
|
||||||
80 2 23 25 27 28
|
|
||||||
81 2 17 27 25 26
|
|
||||||
82 5 26 25 27 28
|
|
||||||
83 10 32 31 33 34
|
|
||||||
84 2 35 33 31 32
|
|
||||||
85 11 41 31 33 34
|
|
||||||
86 4 41 31 33 35
|
|
||||||
87 2 39 41 31 32
|
|
||||||
88 5 32 31 41 42
|
|
||||||
89 4 33 31 41 39
|
|
||||||
90 2 33 31 41 42
|
|
||||||
91 13 31 33 34 14
|
|
||||||
92 12 31 33 34 43
|
|
||||||
93 13 31 33 34 44
|
|
||||||
94 13 35 33 34 14
|
|
||||||
95 12 35 33 34 43
|
|
||||||
96 13 35 33 34 44
|
|
||||||
97 2 31 33 35 36
|
|
||||||
98 4 31 33 35 37
|
|
||||||
99 10 36 35 33 34
|
|
||||||
100 11 37 35 33 34
|
|
||||||
101 36 20 44 34 14
|
|
||||||
102 33 45 44 34 14
|
|
||||||
103 33 46 44 34 14
|
|
||||||
104 34 20 44 34 33
|
|
||||||
105 31 45 44 34 33
|
|
||||||
106 31 46 44 34 33
|
|
||||||
107 35 20 44 34 43
|
|
||||||
108 32 45 44 34 43
|
|
||||||
109 32 46 44 34 43
|
|
||||||
110 2 33 35 37 38
|
|
||||||
111 4 33 35 37 39
|
|
||||||
112 5 36 35 37 38
|
|
||||||
113 2 39 37 35 36
|
|
||||||
114 2 35 37 39 40
|
|
||||||
115 4 35 37 39 41
|
|
||||||
116 5 38 37 39 40
|
|
||||||
117 2 41 39 37 38
|
|
||||||
118 4 37 39 41 31
|
|
||||||
119 2 37 39 41 42
|
|
||||||
120 2 31 41 39 40
|
|
||||||
121 5 40 39 41 42
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 11 2
|
|
||||||
2 8 1 3 5 4
|
|
||||||
3 9 3 4 13 14
|
|
||||||
4 1 3 5 7 6
|
|
||||||
5 1 5 7 9 8
|
|
||||||
6 1 7 9 11 10
|
|
||||||
7 1 1 11 9 12
|
|
||||||
8 1 19 17 27 18
|
|
||||||
9 5 17 19 21 20
|
|
||||||
10 1 19 21 23 22
|
|
||||||
11 1 21 23 25 24
|
|
||||||
12 1 23 25 27 26
|
|
||||||
13 1 17 27 25 28
|
|
||||||
14 1 33 31 41 32
|
|
||||||
15 5 31 33 35 34
|
|
||||||
16 1 33 35 37 36
|
|
||||||
17 1 35 37 39 38
|
|
||||||
18 1 37 39 41 40
|
|
||||||
19 1 31 41 39 42
|
|
||||||
20 1 15 14 16 4
|
|
||||||
21 1 15 14 4 34
|
|
||||||
22 1 16 14 4 34
|
|
||||||
23 1 15 14 16 34
|
|
||||||
24 1 19 20 29 30
|
|
||||||
25 1 19 20 29 44
|
|
||||||
26 1 19 20 30 44
|
|
||||||
27 1 29 20 30 44
|
|
||||||
28 1 33 34 43 14
|
|
||||||
29 1 33 34 14 44
|
|
||||||
30 1 43 34 14 44
|
|
||||||
31 1 33 34 43 44
|
|
||||||
32 1 45 44 34 20
|
|
||||||
33 1 46 44 34 20
|
|
||||||
34 1 45 44 46 20
|
|
||||||
35 1 45 44 46 34
|
|
||||||
@ -0,0 +1,489 @@
|
|||||||
|
molecule template: end of chain plus polymerized styrene
|
||||||
|
|
||||||
|
46 atoms
|
||||||
|
48 bonds
|
||||||
|
81 angles
|
||||||
|
121 dihedrals
|
||||||
|
19 impropers
|
||||||
|
1 fragments
|
||||||
|
|
||||||
|
Fragments
|
||||||
|
|
||||||
|
create_fit 34 44
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 24.130699158 1.043900013 -1.309299946
|
||||||
|
2 25.062700272 1.582900047 -1.309299946
|
||||||
|
3 22.900699615 1.753900051 -1.309299946
|
||||||
|
4 22.900699615 3.253900051 -1.309299946
|
||||||
|
5 21.670700073 1.043900013 -1.309299946
|
||||||
|
6 20.738700867 1.582900047 -1.309299946
|
||||||
|
7 21.670700073 -0.376100004 -1.309299946
|
||||||
|
8 20.738700867 -0.915099978 -1.309299946
|
||||||
|
9 22.900699615 -1.086099982 -1.309299946
|
||||||
|
10 22.900699615 -2.163100004 -1.309299946
|
||||||
|
11 24.130699158 -0.376100004 -1.309299946
|
||||||
|
12 25.062700272 -0.915099978 -1.309299946
|
||||||
|
13 23.766700745 3.658900023 -0.952300012
|
||||||
|
14 21.622699738 3.802900076 -1.871299982
|
||||||
|
15 21.672700882 4.544899940 -1.970299959
|
||||||
|
16 20.979700089 2.979899883 -2.165299892
|
||||||
|
17 13.465800285 0.682500005 -1.658900023
|
||||||
|
18 14.397800446 1.221500039 -1.658900023
|
||||||
|
19 12.235799789 1.392500043 -1.658900023
|
||||||
|
20 12.235799789 2.892499924 -1.658900023
|
||||||
|
21 11.005800247 0.682500005 -1.658900023
|
||||||
|
22 10.073800087 1.221500039 -1.658900023
|
||||||
|
23 11.005800247 -0.737500012 -1.658900023
|
||||||
|
24 10.073800087 -1.276499987 -1.658900023
|
||||||
|
25 12.235799789 -1.447499990 -1.658900023
|
||||||
|
26 12.235799789 -2.524499893 -1.658900023
|
||||||
|
27 13.465800285 -0.737500012 -1.658900023
|
||||||
|
28 14.397800446 -1.276499987 -1.658900023
|
||||||
|
29 13.101799965 3.297499895 -1.301900029
|
||||||
|
30 10.957799911 3.441499949 -2.220900059
|
||||||
|
31 18.663499832 0.855499983 -1.372099996
|
||||||
|
32 19.595500946 1.394500017 -1.372099996
|
||||||
|
33 17.433500290 1.565500021 -1.372099996
|
||||||
|
34 17.433500290 3.065500021 -1.372099996
|
||||||
|
35 16.203500748 0.855499983 -1.372099996
|
||||||
|
36 15.271499634 1.394500017 -1.372099996
|
||||||
|
37 16.203500748 -0.564499974 -1.372099996
|
||||||
|
38 15.271499634 -1.103500009 -1.372099996
|
||||||
|
39 17.433500290 -1.274500012 -1.372099996
|
||||||
|
40 17.433500290 -2.351500034 -1.372099996
|
||||||
|
41 18.663499832 -0.564499974 -1.372099996
|
||||||
|
42 19.595500946 -1.103500009 -1.372099996
|
||||||
|
43 18.299499512 3.470499992 -1.015100002
|
||||||
|
44 16.155500412 3.614500046 -1.934100032
|
||||||
|
45 16.205499649 4.356500149 -2.033099890
|
||||||
|
46 15.512499809 2.791500092 -2.228100061
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp
|
||||||
|
2 hc
|
||||||
|
3 cp
|
||||||
|
4 c1
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 cp
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 cp
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 cp
|
||||||
|
12 hc
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 hc
|
||||||
|
16 hc
|
||||||
|
17 cp
|
||||||
|
18 hc
|
||||||
|
19 cp
|
||||||
|
20 c1
|
||||||
|
21 cp
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 cp
|
||||||
|
24 hc
|
||||||
|
25 cp
|
||||||
|
26 hc
|
||||||
|
27 cp
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 c2
|
||||||
|
31 cp
|
||||||
|
32 hc
|
||||||
|
33 cp
|
||||||
|
34 c1
|
||||||
|
35 cp
|
||||||
|
36 hc
|
||||||
|
37 cp
|
||||||
|
38 hc
|
||||||
|
39 cp
|
||||||
|
40 hc
|
||||||
|
41 cp
|
||||||
|
42 hc
|
||||||
|
43 hc
|
||||||
|
44 c2
|
||||||
|
45 hc
|
||||||
|
46 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.129000
|
||||||
|
2 0.123700
|
||||||
|
3 0.026600
|
||||||
|
4 -0.018200
|
||||||
|
5 -0.129000
|
||||||
|
6 0.123700
|
||||||
|
7 -0.173400
|
||||||
|
8 0.140300
|
||||||
|
9 -0.113400
|
||||||
|
10 0.128800
|
||||||
|
11 -0.173400
|
||||||
|
12 0.140300
|
||||||
|
13 0.051600
|
||||||
|
14 -0.069600
|
||||||
|
15 0.035400
|
||||||
|
16 0.035400
|
||||||
|
17 -0.129000
|
||||||
|
18 0.123700
|
||||||
|
19 0.026600
|
||||||
|
20 -0.018200
|
||||||
|
21 -0.129000
|
||||||
|
22 0.123700
|
||||||
|
23 -0.173400
|
||||||
|
24 0.140300
|
||||||
|
25 -0.113400
|
||||||
|
26 0.128800
|
||||||
|
27 -0.173400
|
||||||
|
28 0.140300
|
||||||
|
29 0.051600
|
||||||
|
30 -0.069600
|
||||||
|
31 -0.129000
|
||||||
|
32 0.123700
|
||||||
|
33 0.026600
|
||||||
|
34 -0.018200
|
||||||
|
35 -0.129000
|
||||||
|
36 0.123700
|
||||||
|
37 -0.173400
|
||||||
|
38 0.140300
|
||||||
|
39 -0.113400
|
||||||
|
40 0.128800
|
||||||
|
41 -0.173400
|
||||||
|
42 0.140300
|
||||||
|
43 0.051600
|
||||||
|
44 -0.069600
|
||||||
|
45 0.035400
|
||||||
|
46 0.035400
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
32 1
|
||||||
|
33 1
|
||||||
|
34 1
|
||||||
|
35 1
|
||||||
|
36 1
|
||||||
|
37 1
|
||||||
|
38 1
|
||||||
|
39 1
|
||||||
|
40 1
|
||||||
|
41 1
|
||||||
|
42 1
|
||||||
|
43 1
|
||||||
|
44 1
|
||||||
|
45 1
|
||||||
|
46 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp 1 3
|
||||||
|
3 cp-cp 1 11
|
||||||
|
4 cp-c1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp 3 5
|
||||||
|
6 hc-c1 13 4
|
||||||
|
7 c1-c2 4 14
|
||||||
|
8 hc-cp 5 6
|
||||||
|
9 cp-cp 5 7
|
||||||
|
10 hc-cp 7 8
|
||||||
|
11 cp-cp 7 9
|
||||||
|
12 hc-cp 9 10
|
||||||
|
13 cp-cp 9 11
|
||||||
|
14 hc-cp 11 12
|
||||||
|
15 hc-c2 15 14
|
||||||
|
16 hc-c2 16 14
|
||||||
|
17 c1-c2 34 14
|
||||||
|
18 hc-cp 17 18
|
||||||
|
19 cp-cp 17 19
|
||||||
|
20 cp-cp 17 27
|
||||||
|
21 cp-c1 19 20
|
||||||
|
22 cp-cp 19 21
|
||||||
|
23 hc-c1 29 20
|
||||||
|
24 c1-c2 20 30
|
||||||
|
25 c1-c2 20 44
|
||||||
|
26 hc-cp 21 22
|
||||||
|
27 cp-cp 21 23
|
||||||
|
28 hc-cp 23 24
|
||||||
|
29 cp-cp 23 25
|
||||||
|
30 hc-cp 25 26
|
||||||
|
31 cp-cp 25 27
|
||||||
|
32 hc-cp 27 28
|
||||||
|
33 hc-cp 31 32
|
||||||
|
34 cp-cp 31 33
|
||||||
|
35 cp-cp 31 41
|
||||||
|
36 cp-c1 33 34
|
||||||
|
37 cp-cp 33 35
|
||||||
|
38 hc-c1 43 34
|
||||||
|
39 c1-c2 34 44
|
||||||
|
40 hc-cp 35 36
|
||||||
|
41 cp-cp 35 37
|
||||||
|
42 hc-cp 37 38
|
||||||
|
43 cp-cp 37 39
|
||||||
|
44 hc-cp 39 40
|
||||||
|
45 cp-cp 39 41
|
||||||
|
46 hc-cp 41 42
|
||||||
|
47 hc-c2 45 44
|
||||||
|
48 hc-c2 46 44
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp 3 1 2
|
||||||
|
2 hc-cp-cp 11 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp 3 1 11
|
||||||
|
4 cp-cp-c1 1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp-cp 1 3 5
|
||||||
|
6 cp-cp-c1 5 3 4
|
||||||
|
7 hc-c1-cp 3 4 13
|
||||||
|
8 cp-c1-c2 3 4 14
|
||||||
|
9 hc-c1-c2 13 4 14
|
||||||
|
10 hc-cp-cp 3 5 6
|
||||||
|
11 cp-cp-cp 3 5 7
|
||||||
|
12 hc-cp-cp 7 5 6
|
||||||
|
13 hc-cp-cp 5 7 8
|
||||||
|
14 cp-cp-cp 5 7 9
|
||||||
|
15 hc-cp-cp 9 7 8
|
||||||
|
16 hc-cp-cp 7 9 10
|
||||||
|
17 cp-cp-cp 7 9 11
|
||||||
|
18 hc-cp-cp 11 9 10
|
||||||
|
19 cp-cp-cp 1 11 9
|
||||||
|
20 hc-cp-cp 1 11 12
|
||||||
|
21 hc-cp-cp 9 11 12
|
||||||
|
22 hc-c2-c1 15 14 4
|
||||||
|
23 hc-c2-c1 16 14 4
|
||||||
|
24 c1-c2-c1 4 14 34
|
||||||
|
25 hc-c2-hc 15 14 16
|
||||||
|
26 hc-c2-c1 15 14 34
|
||||||
|
27 hc-c2-c1 16 14 34
|
||||||
|
28 hc-cp-cp 19 17 18
|
||||||
|
29 hc-cp-cp 27 17 18
|
||||||
|
30 cp-cp-cp 19 17 27
|
||||||
|
31 cp-cp-c1 17 19 20
|
||||||
|
32 cp-cp-cp 17 19 21
|
||||||
|
33 cp-cp-c1 21 19 20
|
||||||
|
34 hc-c1-cp 19 20 29
|
||||||
|
35 cp-c1-c2 19 20 30
|
||||||
|
36 cp-c1-c2 19 20 44
|
||||||
|
37 hc-c1-c2 29 20 30
|
||||||
|
38 hc-c1-c2 29 20 44
|
||||||
|
39 c2-c1-c2 30 20 44
|
||||||
|
40 hc-cp-cp 19 21 22
|
||||||
|
41 cp-cp-cp 19 21 23
|
||||||
|
42 hc-cp-cp 23 21 22
|
||||||
|
43 hc-cp-cp 21 23 24
|
||||||
|
44 cp-cp-cp 21 23 25
|
||||||
|
45 hc-cp-cp 25 23 24
|
||||||
|
46 hc-cp-cp 23 25 26
|
||||||
|
47 cp-cp-cp 23 25 27
|
||||||
|
48 hc-cp-cp 27 25 26
|
||||||
|
49 cp-cp-cp 17 27 25
|
||||||
|
50 hc-cp-cp 17 27 28
|
||||||
|
51 hc-cp-cp 25 27 28
|
||||||
|
52 hc-cp-cp 33 31 32
|
||||||
|
53 hc-cp-cp 41 31 32
|
||||||
|
54 cp-cp-cp 33 31 41
|
||||||
|
55 cp-cp-c1 31 33 34
|
||||||
|
56 cp-cp-cp 31 33 35
|
||||||
|
57 cp-cp-c1 35 33 34
|
||||||
|
58 cp-c1-c2 33 34 14
|
||||||
|
59 hc-c1-c2 43 34 14
|
||||||
|
60 c2-c1-c2 14 34 44
|
||||||
|
61 hc-c1-cp 33 34 43
|
||||||
|
62 cp-c1-c2 33 34 44
|
||||||
|
63 hc-c1-c2 43 34 44
|
||||||
|
64 hc-cp-cp 33 35 36
|
||||||
|
65 cp-cp-cp 33 35 37
|
||||||
|
66 hc-cp-cp 37 35 36
|
||||||
|
67 hc-cp-cp 35 37 38
|
||||||
|
68 cp-cp-cp 35 37 39
|
||||||
|
69 hc-cp-cp 39 37 38
|
||||||
|
70 hc-cp-cp 37 39 40
|
||||||
|
71 cp-cp-cp 37 39 41
|
||||||
|
72 hc-cp-cp 41 39 40
|
||||||
|
73 cp-cp-cp 31 41 39
|
||||||
|
74 hc-cp-cp 31 41 42
|
||||||
|
75 hc-cp-cp 39 41 42
|
||||||
|
76 c1-c2-c1 20 44 34
|
||||||
|
77 hc-c2-c1 45 44 20
|
||||||
|
78 hc-c2-c1 46 44 20
|
||||||
|
79 hc-c2-c1 45 44 34
|
||||||
|
80 hc-c2-c1 46 44 34
|
||||||
|
81 hc-c2-hc 45 44 46
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp-c1 2 1 3 4
|
||||||
|
2 hc-cp-cp-cp 5 3 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-c1 11 1 3 4
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-cp 11 1 3 5
|
||||||
|
5 hc-cp-cp-cp 9 11 1 2
|
||||||
|
6 hc-cp-cp-hc 2 1 11 12
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-cp 3 1 11 9
|
||||||
|
8 hc-cp-cp-cp 3 1 11 12
|
||||||
|
9 cp-cp-c1-hc 1 3 4 13
|
||||||
|
10 cp-cp-c1-c2 1 3 4 14
|
||||||
|
11 cp-cp-c1-hc 5 3 4 13
|
||||||
|
12 cp-cp-c1-c2 5 3 4 14
|
||||||
|
13 hc-cp-cp-cp 1 3 5 6
|
||||||
|
14 cp-cp-cp-cp 1 3 5 7
|
||||||
|
15 hc-cp-cp-c1 6 5 3 4
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-c1 7 5 3 4
|
||||||
|
17 cp-c1-c2-hc 3 4 14 15
|
||||||
|
18 cp-c1-c2-hc 3 4 14 16
|
||||||
|
19 cp-c1-c2-c1 3 4 14 34
|
||||||
|
20 hc-c1-c2-hc 13 4 14 15
|
||||||
|
21 hc-c1-c2-hc 13 4 14 16
|
||||||
|
22 hc-c1-c2-c1 13 4 14 34
|
||||||
|
23 hc-cp-cp-cp 3 5 7 8
|
||||||
|
24 cp-cp-cp-cp 3 5 7 9
|
||||||
|
25 hc-cp-cp-hc 6 5 7 8
|
||||||
|
26 hc-cp-cp-cp 9 7 5 6
|
||||||
|
27 hc-cp-cp-cp 5 7 9 10
|
||||||
|
28 cp-cp-cp-cp 5 7 9 11
|
||||||
|
29 hc-cp-cp-hc 8 7 9 10
|
||||||
|
30 hc-cp-cp-cp 11 9 7 8
|
||||||
|
31 cp-cp-cp-cp 7 9 11 1
|
||||||
|
32 hc-cp-cp-cp 7 9 11 12
|
||||||
|
33 hc-cp-cp-cp 1 11 9 10
|
||||||
|
34 hc-cp-cp-hc 10 9 11 12
|
||||||
|
35 cp-c1-c2-c1 33 34 14 4
|
||||||
|
36 hc-c1-c2-c1 43 34 14 4
|
||||||
|
37 c2-c1-c2-c1 44 34 14 4
|
||||||
|
38 cp-c1-c2-hc 33 34 14 15
|
||||||
|
39 hc-c1-c2-hc 43 34 14 15
|
||||||
|
40 c2-c1-c2-hc 44 34 14 15
|
||||||
|
41 cp-c1-c2-hc 33 34 14 16
|
||||||
|
42 hc-c1-c2-hc 43 34 14 16
|
||||||
|
43 c2-c1-c2-hc 44 34 14 16
|
||||||
|
44 hc-cp-cp-c1 18 17 19 20
|
||||||
|
45 hc-cp-cp-cp 21 19 17 18
|
||||||
|
46 cp-cp-cp-c1 27 17 19 20
|
||||||
|
47 cp-cp-cp-cp 27 17 19 21
|
||||||
|
48 hc-cp-cp-cp 25 27 17 18
|
||||||
|
49 hc-cp-cp-hc 18 17 27 28
|
||||||
|
50 cp-cp-cp-cp 19 17 27 25
|
||||||
|
51 hc-cp-cp-cp 19 17 27 28
|
||||||
|
52 cp-cp-c1-hc 17 19 20 29
|
||||||
|
53 cp-cp-c1-c2 17 19 20 30
|
||||||
|
54 cp-cp-c1-c2 17 19 20 44
|
||||||
|
55 cp-cp-c1-hc 21 19 20 29
|
||||||
|
56 cp-cp-c1-c2 21 19 20 30
|
||||||
|
57 cp-cp-c1-c2 21 19 20 44
|
||||||
|
58 hc-cp-cp-cp 17 19 21 22
|
||||||
|
59 cp-cp-cp-cp 17 19 21 23
|
||||||
|
60 hc-cp-cp-c1 22 21 19 20
|
||||||
|
61 cp-cp-cp-c1 23 21 19 20
|
||||||
|
62 cp-c1-c2-c1 19 20 44 34
|
||||||
|
63 cp-c1-c2-hc 19 20 44 45
|
||||||
|
64 cp-c1-c2-hc 19 20 44 46
|
||||||
|
65 hc-c1-c2-c1 29 20 44 34
|
||||||
|
66 hc-c1-c2-hc 29 20 44 45
|
||||||
|
67 hc-c1-c2-hc 29 20 44 46
|
||||||
|
68 c2-c1-c2-c1 30 20 44 34
|
||||||
|
69 c2-c1-c2-hc 30 20 44 45
|
||||||
|
70 c2-c1-c2-hc 30 20 44 46
|
||||||
|
71 hc-cp-cp-cp 19 21 23 24
|
||||||
|
72 cp-cp-cp-cp 19 21 23 25
|
||||||
|
73 hc-cp-cp-hc 22 21 23 24
|
||||||
|
74 hc-cp-cp-cp 25 23 21 22
|
||||||
|
75 hc-cp-cp-cp 21 23 25 26
|
||||||
|
76 cp-cp-cp-cp 21 23 25 27
|
||||||
|
77 hc-cp-cp-hc 24 23 25 26
|
||||||
|
78 hc-cp-cp-cp 27 25 23 24
|
||||||
|
79 cp-cp-cp-cp 23 25 27 17
|
||||||
|
80 hc-cp-cp-cp 23 25 27 28
|
||||||
|
81 hc-cp-cp-cp 17 27 25 26
|
||||||
|
82 hc-cp-cp-hc 26 25 27 28
|
||||||
|
83 hc-cp-cp-c1 32 31 33 34
|
||||||
|
84 hc-cp-cp-cp 35 33 31 32
|
||||||
|
85 cp-cp-cp-c1 41 31 33 34
|
||||||
|
86 cp-cp-cp-cp 41 31 33 35
|
||||||
|
87 hc-cp-cp-cp 39 41 31 32
|
||||||
|
88 hc-cp-cp-hc 32 31 41 42
|
||||||
|
89 cp-cp-cp-cp 33 31 41 39
|
||||||
|
90 hc-cp-cp-cp 33 31 41 42
|
||||||
|
91 cp-cp-c1-c2 31 33 34 14
|
||||||
|
92 cp-cp-c1-hc 31 33 34 43
|
||||||
|
93 cp-cp-c1-c2 31 33 34 44
|
||||||
|
94 cp-cp-c1-c2 35 33 34 14
|
||||||
|
95 cp-cp-c1-hc 35 33 34 43
|
||||||
|
96 cp-cp-c1-c2 35 33 34 44
|
||||||
|
97 hc-cp-cp-cp 31 33 35 36
|
||||||
|
98 cp-cp-cp-cp 31 33 35 37
|
||||||
|
99 hc-cp-cp-c1 36 35 33 34
|
||||||
|
100 cp-cp-cp-c1 37 35 33 34
|
||||||
|
101 c2-c1-c2-c1 14 34 44 20
|
||||||
|
102 c2-c1-c2-hc 14 34 44 45
|
||||||
|
103 c2-c1-c2-hc 14 34 44 46
|
||||||
|
104 cp-c1-c2-c1 33 34 44 20
|
||||||
|
105 cp-c1-c2-hc 33 34 44 45
|
||||||
|
106 cp-c1-c2-hc 33 34 44 46
|
||||||
|
107 hc-c1-c2-c1 43 34 44 20
|
||||||
|
108 hc-c1-c2-hc 43 34 44 45
|
||||||
|
109 hc-c1-c2-hc 43 34 44 46
|
||||||
|
110 hc-cp-cp-cp 33 35 37 38
|
||||||
|
111 cp-cp-cp-cp 33 35 37 39
|
||||||
|
112 hc-cp-cp-hc 36 35 37 38
|
||||||
|
113 hc-cp-cp-cp 39 37 35 36
|
||||||
|
114 hc-cp-cp-cp 35 37 39 40
|
||||||
|
115 cp-cp-cp-cp 35 37 39 41
|
||||||
|
116 hc-cp-cp-hc 38 37 39 40
|
||||||
|
117 hc-cp-cp-cp 41 39 37 38
|
||||||
|
118 cp-cp-cp-cp 37 39 41 31
|
||||||
|
119 hc-cp-cp-cp 37 39 41 42
|
||||||
|
120 hc-cp-cp-cp 31 41 39 40
|
||||||
|
121 hc-cp-cp-hc 40 39 41 42
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp-cp 3 1 11 2
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-c1 1 3 5 4
|
||||||
|
3 hc-c1-cp-c2 3 4 13 14
|
||||||
|
4 hc-cp-cp-cp 3 5 7 6
|
||||||
|
5 hc-cp-cp-cp 5 7 9 8
|
||||||
|
6 hc-cp-cp-cp 7 9 11 10
|
||||||
|
7 hc-cp-cp-cp 1 11 9 12
|
||||||
|
8 hc-cp-cp-cp 19 17 27 18
|
||||||
|
9 cp-cp-cp-c1 17 19 21 20
|
||||||
|
10 hc-cp-cp-cp 19 21 23 22
|
||||||
|
11 hc-cp-cp-cp 21 23 25 24
|
||||||
|
12 hc-cp-cp-cp 23 25 27 26
|
||||||
|
13 hc-cp-cp-cp 17 27 25 28
|
||||||
|
14 hc-cp-cp-cp 33 31 41 32
|
||||||
|
15 cp-cp-cp-c1 31 33 35 34
|
||||||
|
16 hc-cp-cp-cp 33 35 37 36
|
||||||
|
17 hc-cp-cp-cp 35 37 39 38
|
||||||
|
18 hc-cp-cp-cp 37 39 41 40
|
||||||
|
19 hc-cp-cp-cp 31 41 39 42
|
||||||
@ -1,294 +0,0 @@
|
|||||||
molecule template: end of styrene chain
|
|
||||||
|
|
||||||
30 atoms
|
|
||||||
31 bonds
|
|
||||||
51 angles
|
|
||||||
73 dihedrals
|
|
||||||
21 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 2
|
|
||||||
2 2
|
|
||||||
3 6
|
|
||||||
4 2
|
|
||||||
5 2
|
|
||||||
6 1
|
|
||||||
7 2
|
|
||||||
8 1
|
|
||||||
9 2
|
|
||||||
10 1
|
|
||||||
11 2
|
|
||||||
12 1
|
|
||||||
13 5
|
|
||||||
14 1
|
|
||||||
15 2
|
|
||||||
16 1
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 2
|
|
||||||
19 1
|
|
||||||
20 5
|
|
||||||
21 1
|
|
||||||
22 2
|
|
||||||
23 1
|
|
||||||
24 2
|
|
||||||
25 1
|
|
||||||
26 2
|
|
||||||
27 1
|
|
||||||
28 2
|
|
||||||
29 2
|
|
||||||
30 6
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 59.89981112372972 62.733697275315585 59.09884284578856
|
|
||||||
2 61.41970248324232 63.42116581894993 59.52874545893742
|
|
||||||
3 60.864754970096406 62.91724243011892 59.559720865992695
|
|
||||||
4 62.139819000186826 61.41011937002877 60.81065044071466
|
|
||||||
5 60.036455711425084 57.160029629288026 60.31958663310848
|
|
||||||
6 59.734195751174056 58.18706337912225 60.20562410798949
|
|
||||||
7 57.64574781117771 57.712432799329 59.860109977091554
|
|
||||||
8 58.37408644866664 58.50134169314242 59.94422053768215
|
|
||||||
9 56.94300092269842 60.093170109004795 59.5955638127831
|
|
||||||
10 57.974275786582744 59.85577775892068 59.793714995577716
|
|
||||||
11 58.63231375134033 61.922969938852454 59.79065033121885
|
|
||||||
12 58.934573711591355 60.89593618901822 59.904612856337835
|
|
||||||
13 61.30908151524225 61.68041745837013 60.28316188676589
|
|
||||||
14 60.29468229868386 60.58165855333751 60.16601625920239
|
|
||||||
15 61.725768540066994 58.98982945913568 60.51467315154424
|
|
||||||
16 60.69449367618267 59.2272218092198 60.31652196874961
|
|
||||||
17 56.90935800040509 62.609851248143706 59.150831390216375
|
|
||||||
18 57.940632148874506 62.37245957639904 59.3489824055682
|
|
||||||
19 56.509546622906285 63.96428799226142 59.00032568066915
|
|
||||||
20 57.52394583946467 65.06304689729403 59.11747130823266
|
|
||||||
21 55.14943732039887 64.27856630628159 58.738922110361806
|
|
||||||
22 54.84717807556275 65.30559937777636 58.62495975268562
|
|
||||||
23 54.18913939539026 63.23840787618404 58.62802424960169
|
|
||||||
24 53.15786524692084 63.4757995479287 58.42987323424986
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 0.0354
|
|
||||||
2 0.0354
|
|
||||||
3 -0.0696
|
|
||||||
4 0.0516
|
|
||||||
5 0.1403
|
|
||||||
6 -0.1734
|
|
||||||
7 0.1288
|
|
||||||
8 -0.1134
|
|
||||||
9 0.1403
|
|
||||||
10 -0.1734
|
|
||||||
11 0.1237
|
|
||||||
12 -0.129
|
|
||||||
13 -0.0182
|
|
||||||
14 0.0266
|
|
||||||
15 0.1237
|
|
||||||
16 -0.129
|
|
||||||
17 -0.129
|
|
||||||
18 0.1237
|
|
||||||
19 0.0266
|
|
||||||
20 -0.0182
|
|
||||||
21 -0.129
|
|
||||||
22 0.1237
|
|
||||||
23 -0.1734
|
|
||||||
24 0.1403
|
|
||||||
25 -0.1134
|
|
||||||
26 0.1288
|
|
||||||
27 -0.1734
|
|
||||||
28 0.1403
|
|
||||||
29 0.0516
|
|
||||||
30 -0.0696
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 10 1 3
|
|
||||||
2 10 2 3
|
|
||||||
3 8 4 13
|
|
||||||
4 1 6 5
|
|
||||||
5 1 8 7
|
|
||||||
6 2 8 6
|
|
||||||
7 1 10 9
|
|
||||||
8 2 10 8
|
|
||||||
9 1 12 11
|
|
||||||
10 2 12 10
|
|
||||||
11 9 13 3
|
|
||||||
12 7 14 13
|
|
||||||
13 2 14 12
|
|
||||||
14 1 16 15
|
|
||||||
15 2 16 14
|
|
||||||
16 2 16 6
|
|
||||||
17 1 17 18
|
|
||||||
18 2 17 19
|
|
||||||
19 2 17 27
|
|
||||||
20 7 19 20
|
|
||||||
21 2 19 21
|
|
||||||
22 9 20 30
|
|
||||||
23 9 20 3
|
|
||||||
24 1 21 22
|
|
||||||
25 2 21 23
|
|
||||||
26 1 23 24
|
|
||||||
27 2 23 25
|
|
||||||
28 1 25 26
|
|
||||||
29 2 25 27
|
|
||||||
30 1 27 28
|
|
||||||
31 8 29 20
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 16 20 3 13
|
|
||||||
2 14 2 3 20
|
|
||||||
3 14 1 3 20
|
|
||||||
4 14 2 3 13
|
|
||||||
5 14 1 3 13
|
|
||||||
6 15 2 3 1
|
|
||||||
7 2 16 6 8
|
|
||||||
8 1 16 6 5
|
|
||||||
9 1 8 6 5
|
|
||||||
10 1 10 8 7
|
|
||||||
11 2 10 8 6
|
|
||||||
12 1 6 8 7
|
|
||||||
13 1 12 10 9
|
|
||||||
14 2 12 10 8
|
|
||||||
15 1 8 10 9
|
|
||||||
16 1 14 12 11
|
|
||||||
17 2 14 12 10
|
|
||||||
18 1 10 12 11
|
|
||||||
19 10 14 13 4
|
|
||||||
20 11 14 13 3
|
|
||||||
21 12 4 13 3
|
|
||||||
22 9 16 14 13
|
|
||||||
23 2 16 14 12
|
|
||||||
24 9 12 14 13
|
|
||||||
25 1 14 16 15
|
|
||||||
26 1 6 16 15
|
|
||||||
27 2 14 16 6
|
|
||||||
28 1 19 17 18
|
|
||||||
29 1 27 17 18
|
|
||||||
30 2 19 17 27
|
|
||||||
31 9 17 19 20
|
|
||||||
32 2 17 19 21
|
|
||||||
33 9 21 19 20
|
|
||||||
34 10 19 20 29
|
|
||||||
35 11 19 20 30
|
|
||||||
36 11 19 20 3
|
|
||||||
37 12 29 20 30
|
|
||||||
38 12 29 20 3
|
|
||||||
39 13 30 20 3
|
|
||||||
40 1 19 21 22
|
|
||||||
41 2 19 21 23
|
|
||||||
42 1 23 21 22
|
|
||||||
43 1 21 23 24
|
|
||||||
44 2 21 23 25
|
|
||||||
45 1 25 23 24
|
|
||||||
46 1 23 25 26
|
|
||||||
47 2 23 25 27
|
|
||||||
48 1 27 25 26
|
|
||||||
49 2 17 27 25
|
|
||||||
50 1 17 27 28
|
|
||||||
51 1 25 27 28
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 2 8 6 16 15
|
|
||||||
2 2 16 6 8 7
|
|
||||||
3 2 6 8 10 9
|
|
||||||
4 4 10 8 6 16
|
|
||||||
5 2 10 8 6 5
|
|
||||||
6 5 7 8 6 5
|
|
||||||
7 2 8 10 12 11
|
|
||||||
8 2 12 10 8 7
|
|
||||||
9 4 12 10 8 6
|
|
||||||
10 5 9 10 8 7
|
|
||||||
11 10 11 12 14 13
|
|
||||||
12 11 10 12 14 13
|
|
||||||
13 2 14 12 10 9
|
|
||||||
14 4 14 12 10 8
|
|
||||||
15 5 11 12 10 9
|
|
||||||
16 17 14 13 3 20
|
|
||||||
17 14 14 13 3 2
|
|
||||||
18 14 14 13 3 1
|
|
||||||
19 18 4 13 3 20
|
|
||||||
20 15 4 13 3 2
|
|
||||||
21 15 4 13 3 1
|
|
||||||
22 2 12 14 16 15
|
|
||||||
23 12 16 14 13 4
|
|
||||||
24 13 16 14 13 3
|
|
||||||
25 12 12 14 13 4
|
|
||||||
26 13 12 14 13 3
|
|
||||||
27 2 16 14 12 11
|
|
||||||
28 4 16 14 12 10
|
|
||||||
29 10 15 16 14 13
|
|
||||||
30 11 6 16 14 13
|
|
||||||
31 4 6 16 14 12
|
|
||||||
32 5 15 16 6 5
|
|
||||||
33 4 14 16 6 8
|
|
||||||
34 2 14 16 6 5
|
|
||||||
35 10 18 17 19 20
|
|
||||||
36 11 27 17 19 20
|
|
||||||
37 4 27 17 19 21
|
|
||||||
38 5 18 17 27 28
|
|
||||||
39 4 19 17 27 25
|
|
||||||
40 2 19 17 27 28
|
|
||||||
41 2 21 19 17 18
|
|
||||||
42 12 17 19 20 29
|
|
||||||
43 13 17 19 20 30
|
|
||||||
44 13 17 19 20 3
|
|
||||||
45 12 21 19 20 29
|
|
||||||
46 13 21 19 20 30
|
|
||||||
47 13 21 19 20 3
|
|
||||||
48 2 17 19 21 22
|
|
||||||
49 4 17 19 21 23
|
|
||||||
50 17 19 20 3 13
|
|
||||||
51 14 19 20 3 2
|
|
||||||
52 14 19 20 3 1
|
|
||||||
53 18 29 20 3 13
|
|
||||||
54 15 29 20 3 2
|
|
||||||
55 15 29 20 3 1
|
|
||||||
56 19 30 20 3 13
|
|
||||||
57 16 30 20 3 2
|
|
||||||
58 16 30 20 3 1
|
|
||||||
59 10 22 21 19 20
|
|
||||||
60 11 23 21 19 20
|
|
||||||
61 2 19 21 23 24
|
|
||||||
62 4 19 21 23 25
|
|
||||||
63 5 22 21 23 24
|
|
||||||
64 2 25 23 21 22
|
|
||||||
65 2 21 23 25 26
|
|
||||||
66 4 21 23 25 27
|
|
||||||
67 5 24 23 25 26
|
|
||||||
68 2 27 25 23 24
|
|
||||||
69 4 23 25 27 17
|
|
||||||
70 2 23 25 27 28
|
|
||||||
71 5 26 25 27 28
|
|
||||||
72 2 25 27 17 18
|
|
||||||
73 2 17 27 25 26
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 2 3 13 20
|
|
||||||
2 1 1 3 13 20
|
|
||||||
3 1 2 3 1 20
|
|
||||||
4 1 2 3 1 13
|
|
||||||
5 1 16 6 8 5
|
|
||||||
6 1 10 8 6 7
|
|
||||||
7 1 12 10 8 9
|
|
||||||
8 1 14 12 10 11
|
|
||||||
9 7 14 13 4 3
|
|
||||||
10 5 16 14 12 13
|
|
||||||
11 1 14 16 6 15
|
|
||||||
12 1 19 17 27 18
|
|
||||||
13 5 17 19 21 20
|
|
||||||
14 1 19 20 29 30
|
|
||||||
15 1 19 20 29 3
|
|
||||||
16 1 19 20 30 3
|
|
||||||
17 1 29 20 30 3
|
|
||||||
18 1 19 21 23 22
|
|
||||||
19 1 21 23 25 24
|
|
||||||
20 1 23 25 27 26
|
|
||||||
21 1 17 27 25 28
|
|
||||||
@ -0,0 +1,319 @@
|
|||||||
|
molecule template: end of styrene chain
|
||||||
|
|
||||||
|
30 atoms
|
||||||
|
31 bonds
|
||||||
|
51 angles
|
||||||
|
73 dihedrals
|
||||||
|
13 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 59.899810791 62.733695984 59.098842621
|
||||||
|
2 61.419700623 63.421165466 59.528743744
|
||||||
|
3 60.864753723 62.917243958 59.559719086
|
||||||
|
4 62.139820099 61.410118103 60.810649872
|
||||||
|
5 60.036457062 57.160030365 60.319587708
|
||||||
|
6 59.734195709 58.187065125 60.205623627
|
||||||
|
7 57.645748138 57.712432861 59.860111237
|
||||||
|
8 58.374088287 58.501342773 59.944221497
|
||||||
|
9 56.943000793 60.093170166 59.595561981
|
||||||
|
10 57.974277496 59.855777740 59.793716431
|
||||||
|
11 58.632312775 61.922969818 59.790649414
|
||||||
|
12 58.934574127 60.895935059 59.904613495
|
||||||
|
13 61.309082031 61.680416107 60.283161163
|
||||||
|
14 60.294681549 60.581657410 60.166015625
|
||||||
|
15 61.725769043 58.989830017 60.514671326
|
||||||
|
16 60.694492340 59.227222443 60.316520691
|
||||||
|
17 56.909358978 62.609851837 59.150833130
|
||||||
|
18 57.940631866 62.372459412 59.348983765
|
||||||
|
19 56.509548187 63.964286804 59.000324249
|
||||||
|
20 57.523944855 65.063049316 59.117469788
|
||||||
|
21 55.149436951 64.278564453 58.738922119
|
||||||
|
22 54.847179413 65.305603027 58.624958038
|
||||||
|
23 54.189140320 63.238407135 58.628025055
|
||||||
|
24 53.157863617 63.475799561 58.429874420
|
||||||
|
25 54.588951111 61.883972168 58.778530121
|
||||||
|
26 53.860610962 61.095062256 58.694419861
|
||||||
|
27 55.949058533 61.569694519 59.039932251
|
||||||
|
28 56.251319885 60.542659760 59.153896332
|
||||||
|
29 58.354682922 64.792747498 59.644958496
|
||||||
|
30 57.079620361 66.299873352 58.394031525
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc
|
||||||
|
2 hc
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 hc
|
||||||
|
5 hc
|
||||||
|
6 cp
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 cp
|
||||||
|
9 hc
|
||||||
|
10 cp
|
||||||
|
11 hc
|
||||||
|
12 cp
|
||||||
|
13 c1
|
||||||
|
14 cp
|
||||||
|
15 hc
|
||||||
|
16 cp
|
||||||
|
17 cp
|
||||||
|
18 hc
|
||||||
|
19 cp
|
||||||
|
20 c1
|
||||||
|
21 cp
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 cp
|
||||||
|
24 hc
|
||||||
|
25 cp
|
||||||
|
26 hc
|
||||||
|
27 cp
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 c2
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 0.035400
|
||||||
|
2 0.035400
|
||||||
|
3 -0.069600
|
||||||
|
4 0.051600
|
||||||
|
5 0.140300
|
||||||
|
6 -0.173400
|
||||||
|
7 0.128800
|
||||||
|
8 -0.113400
|
||||||
|
9 0.140300
|
||||||
|
10 -0.173400
|
||||||
|
11 0.123700
|
||||||
|
12 -0.129000
|
||||||
|
13 -0.018200
|
||||||
|
14 0.026600
|
||||||
|
15 0.123700
|
||||||
|
16 -0.129000
|
||||||
|
17 -0.129000
|
||||||
|
18 0.123700
|
||||||
|
19 0.026600
|
||||||
|
20 -0.018200
|
||||||
|
21 -0.129000
|
||||||
|
22 0.123700
|
||||||
|
23 -0.173400
|
||||||
|
24 0.140300
|
||||||
|
25 -0.113400
|
||||||
|
26 0.128800
|
||||||
|
27 -0.173400
|
||||||
|
28 0.140300
|
||||||
|
29 0.051600
|
||||||
|
30 -0.069600
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c2 1 3
|
||||||
|
2 hc-c2 2 3
|
||||||
|
3 c1-c2 3 13
|
||||||
|
4 c1-c2 3 20
|
||||||
|
5 hc-c1 4 13
|
||||||
|
6 hc-cp 5 6
|
||||||
|
7 cp-cp 6 8
|
||||||
|
8 cp-cp 6 16
|
||||||
|
9 hc-cp 7 8
|
||||||
|
10 cp-cp 8 10
|
||||||
|
11 hc-cp 9 10
|
||||||
|
12 cp-cp 10 12
|
||||||
|
13 hc-cp 11 12
|
||||||
|
14 cp-cp 12 14
|
||||||
|
15 cp-c1 14 13
|
||||||
|
16 cp-cp 14 16
|
||||||
|
17 hc-cp 15 16
|
||||||
|
18 hc-cp 18 17
|
||||||
|
19 cp-cp 17 19
|
||||||
|
20 cp-cp 17 27
|
||||||
|
21 cp-c1 19 20
|
||||||
|
22 cp-cp 19 21
|
||||||
|
23 c1-c2 30 20
|
||||||
|
24 hc-c1 29 20
|
||||||
|
25 hc-cp 22 21
|
||||||
|
26 cp-cp 21 23
|
||||||
|
27 hc-cp 24 23
|
||||||
|
28 cp-cp 23 25
|
||||||
|
29 hc-cp 26 25
|
||||||
|
30 cp-cp 25 27
|
||||||
|
31 hc-cp 28 27
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c2-hc 1 3 2
|
||||||
|
2 hc-c2-c1 1 3 13
|
||||||
|
3 hc-c2-c1 1 3 20
|
||||||
|
4 hc-c2-c1 2 3 13
|
||||||
|
5 hc-c2-c1 2 3 20
|
||||||
|
6 c1-c2-c1 13 3 20
|
||||||
|
7 hc-cp-cp 5 6 8
|
||||||
|
8 hc-cp-cp 5 6 16
|
||||||
|
9 cp-cp-cp 8 6 16
|
||||||
|
10 hc-cp-cp 7 8 6
|
||||||
|
11 cp-cp-cp 6 8 10
|
||||||
|
12 hc-cp-cp 7 8 10
|
||||||
|
13 hc-cp-cp 9 10 8
|
||||||
|
14 cp-cp-cp 8 10 12
|
||||||
|
15 hc-cp-cp 9 10 12
|
||||||
|
16 hc-cp-cp 11 12 10
|
||||||
|
17 cp-cp-cp 10 12 14
|
||||||
|
18 hc-cp-cp 11 12 14
|
||||||
|
19 hc-c1-c2 4 13 3
|
||||||
|
20 cp-c1-c2 3 13 14
|
||||||
|
21 hc-c1-cp 4 13 14
|
||||||
|
22 cp-cp-c1 12 14 13
|
||||||
|
23 cp-cp-cp 12 14 16
|
||||||
|
24 cp-cp-c1 16 14 13
|
||||||
|
25 cp-cp-cp 6 16 14
|
||||||
|
26 hc-cp-cp 15 16 6
|
||||||
|
27 hc-cp-cp 15 16 14
|
||||||
|
28 hc-cp-cp 18 17 19
|
||||||
|
29 hc-cp-cp 18 17 27
|
||||||
|
30 cp-cp-cp 19 17 27
|
||||||
|
31 cp-cp-c1 17 19 20
|
||||||
|
32 cp-cp-cp 17 19 21
|
||||||
|
33 cp-cp-c1 21 19 20
|
||||||
|
34 cp-c1-c2 3 20 19
|
||||||
|
35 c2-c1-c2 3 20 30
|
||||||
|
36 hc-c1-c2 29 20 3
|
||||||
|
37 cp-c1-c2 30 20 19
|
||||||
|
38 hc-c1-cp 29 20 19
|
||||||
|
39 hc-c1-c2 29 20 30
|
||||||
|
40 hc-cp-cp 22 21 19
|
||||||
|
41 cp-cp-cp 19 21 23
|
||||||
|
42 hc-cp-cp 22 21 23
|
||||||
|
43 hc-cp-cp 24 23 21
|
||||||
|
44 cp-cp-cp 21 23 25
|
||||||
|
45 hc-cp-cp 24 23 25
|
||||||
|
46 hc-cp-cp 26 25 23
|
||||||
|
47 cp-cp-cp 23 25 27
|
||||||
|
48 hc-cp-cp 26 25 27
|
||||||
|
49 cp-cp-cp 17 27 25
|
||||||
|
50 hc-cp-cp 28 27 17
|
||||||
|
51 hc-cp-cp 28 27 25
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c1-c2-hc 1 3 13 4
|
||||||
|
2 cp-c1-c2-hc 1 3 13 14
|
||||||
|
3 hc-c1-c2-hc 2 3 13 4
|
||||||
|
4 cp-c1-c2-hc 2 3 13 14
|
||||||
|
5 hc-c1-c2-c1 20 3 13 4
|
||||||
|
6 cp-c1-c2-c1 20 3 13 14
|
||||||
|
7 cp-c1-c2-hc 1 3 20 19
|
||||||
|
8 c2-c1-c2-hc 1 3 20 30
|
||||||
|
9 hc-c1-c2-hc 1 3 20 29
|
||||||
|
10 cp-c1-c2-hc 2 3 20 19
|
||||||
|
11 c2-c1-c2-hc 2 3 20 30
|
||||||
|
12 hc-c1-c2-hc 2 3 20 29
|
||||||
|
13 cp-c1-c2-c1 13 3 20 19
|
||||||
|
14 c2-c1-c2-c1 13 3 20 30
|
||||||
|
15 hc-c1-c2-c1 13 3 20 29
|
||||||
|
16 hc-cp-cp-hc 5 6 8 7
|
||||||
|
17 hc-cp-cp-cp 5 6 8 10
|
||||||
|
18 hc-cp-cp-cp 7 8 6 16
|
||||||
|
19 cp-cp-cp-cp 16 6 8 10
|
||||||
|
20 hc-cp-cp-cp 5 6 16 14
|
||||||
|
21 hc-cp-cp-hc 5 6 16 15
|
||||||
|
22 cp-cp-cp-cp 8 6 16 14
|
||||||
|
23 hc-cp-cp-cp 15 16 6 8
|
||||||
|
24 hc-cp-cp-cp 9 10 8 6
|
||||||
|
25 cp-cp-cp-cp 6 8 10 12
|
||||||
|
26 hc-cp-cp-hc 7 8 10 9
|
||||||
|
27 hc-cp-cp-cp 7 8 10 12
|
||||||
|
28 hc-cp-cp-cp 11 12 10 8
|
||||||
|
29 cp-cp-cp-cp 8 10 12 14
|
||||||
|
30 hc-cp-cp-hc 9 10 12 11
|
||||||
|
31 hc-cp-cp-cp 9 10 12 14
|
||||||
|
32 cp-cp-cp-c1 10 12 14 13
|
||||||
|
33 cp-cp-cp-cp 10 12 14 16
|
||||||
|
34 hc-cp-cp-c1 11 12 14 13
|
||||||
|
35 hc-cp-cp-cp 11 12 14 16
|
||||||
|
36 cp-cp-c1-c2 12 14 13 3
|
||||||
|
37 cp-cp-c1-c2 16 14 13 3
|
||||||
|
38 cp-cp-c1-hc 12 14 13 4
|
||||||
|
39 cp-cp-c1-hc 16 14 13 4
|
||||||
|
40 cp-cp-cp-cp 12 14 16 6
|
||||||
|
41 hc-cp-cp-cp 15 16 14 12
|
||||||
|
42 cp-cp-cp-c1 6 16 14 13
|
||||||
|
43 hc-cp-cp-c1 15 16 14 13
|
||||||
|
44 hc-cp-cp-c1 18 17 19 20
|
||||||
|
45 hc-cp-cp-cp 18 17 19 21
|
||||||
|
46 cp-cp-cp-c1 27 17 19 20
|
||||||
|
47 cp-cp-cp-cp 27 17 19 21
|
||||||
|
48 hc-cp-cp-cp 18 17 27 25
|
||||||
|
49 hc-cp-cp-hc 18 17 27 28
|
||||||
|
50 cp-cp-cp-cp 19 17 27 25
|
||||||
|
51 hc-cp-cp-cp 28 27 17 19
|
||||||
|
52 cp-cp-c1-c2 17 19 20 3
|
||||||
|
53 cp-cp-c1-c2 17 19 20 30
|
||||||
|
54 cp-cp-c1-hc 17 19 20 29
|
||||||
|
55 cp-cp-c1-c2 21 19 20 3
|
||||||
|
56 cp-cp-c1-c2 21 19 20 30
|
||||||
|
57 cp-cp-c1-hc 21 19 20 29
|
||||||
|
58 hc-cp-cp-cp 22 21 19 17
|
||||||
|
59 cp-cp-cp-cp 17 19 21 23
|
||||||
|
60 hc-cp-cp-c1 22 21 19 20
|
||||||
|
61 cp-cp-cp-c1 23 21 19 20
|
||||||
|
62 hc-cp-cp-cp 24 23 21 19
|
||||||
|
63 cp-cp-cp-cp 19 21 23 25
|
||||||
|
64 hc-cp-cp-hc 22 21 23 24
|
||||||
|
65 hc-cp-cp-cp 22 21 23 25
|
||||||
|
66 hc-cp-cp-cp 26 25 23 21
|
||||||
|
67 cp-cp-cp-cp 21 23 25 27
|
||||||
|
68 hc-cp-cp-hc 24 23 25 26
|
||||||
|
69 hc-cp-cp-cp 24 23 25 27
|
||||||
|
70 cp-cp-cp-cp 23 25 27 17
|
||||||
|
71 hc-cp-cp-cp 28 27 25 23
|
||||||
|
72 hc-cp-cp-cp 26 25 27 17
|
||||||
|
73 hc-cp-cp-hc 26 25 27 28
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp-cp 5 6 8 16
|
||||||
|
2 hc-cp-cp-cp 7 8 6 10
|
||||||
|
3 hc-cp-cp-cp 9 10 8 12
|
||||||
|
4 hc-cp-cp-cp 11 12 10 14
|
||||||
|
5 hc-c1-cp-c2 4 13 3 14
|
||||||
|
6 cp-cp-cp-c1 12 14 16 13
|
||||||
|
7 hc-cp-cp-cp 15 16 14 6
|
||||||
|
8 hc-cp-cp-cp 18 17 19 27
|
||||||
|
9 cp-cp-cp-c1 17 19 21 20
|
||||||
|
10 hc-cp-cp-cp 22 21 19 23
|
||||||
|
11 hc-cp-cp-cp 24 23 21 25
|
||||||
|
12 hc-cp-cp-cp 26 25 23 27
|
||||||
|
13 hc-cp-cp-cp 28 27 25 17
|
||||||
@ -6,9 +6,7 @@ boundary p p p
|
|||||||
|
|
||||||
atom_style full
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
kspace_style pppm 1.0e-4
|
pair_style lj/class2/coul/cut 8.5
|
||||||
|
|
||||||
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
|
||||||
|
|
||||||
angle_style class2
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
@ -27,13 +25,13 @@ read_data trimer.data &
|
|||||||
extra/improper/per/atom 25 &
|
extra/improper/per/atom 25 &
|
||||||
extra/special/per/atom 25
|
extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
|
||||||
molecule mol1 grow_styrene_pre.data_template
|
molecule mol1 grow_styrene_pre.molecule_template
|
||||||
molecule mol2 grow_styrene_post.data_template
|
molecule mol2 grow_styrene_post.molecule_template
|
||||||
|
|
||||||
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 &
|
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 &
|
||||||
react rxn1 all 1 0 3.0 mol1 mol2 grow_styrene.map &
|
react rxn1 all 1 0 3.0 mol1 mol2 grow_styrene.map &
|
||||||
modify_create fit create_fit overlap 2.0 &
|
modify_create fit create_fit overlap 2.0 &
|
||||||
stabilize_steps 100 max_rxn 30
|
stabilize_steps 200 max_rxn 30
|
||||||
|
|
||||||
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp $T $T 100
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp $T $T 100
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -1,196 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (24 Dec 2020)
|
|
||||||
Reading data file ...
|
|
||||||
orthogonal box = (50.000000 50.000000 50.000000) to (250.00000 250.00000 250.00000)
|
|
||||||
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
48 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
48 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
8 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
21 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
33 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
29 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
50 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
84 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
127 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
36 impropers
|
|
||||||
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
|
||||||
special bond factors lj: 0 0 0
|
|
||||||
special bond factors coul: 0 0 0
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
8 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
17 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
46 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
|
||||||
read_data CPU = 0.077 seconds
|
|
||||||
Read molecule template mol1:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
30 atoms with max type 6
|
|
||||||
31 bonds with max type 10
|
|
||||||
51 angles with max type 16
|
|
||||||
73 dihedrals with max type 19
|
|
||||||
21 impropers with max type 7
|
|
||||||
Read molecule template mol2:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
46 atoms with max type 6
|
|
||||||
48 bonds with max type 13
|
|
||||||
81 angles with max type 22
|
|
||||||
121 dihedrals with max type 36
|
|
||||||
35 impropers with max type 9
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
WARNING: System is not charge neutral, net charge = -0.00060000000 (../kspace.cpp:324)
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:339)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.20144813
|
|
||||||
grid = 45 45 45
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.00053712952
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 1.6175496e-06
|
|
||||||
using double precision KISS FFT
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 125000 91125
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 39 39 39
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Setting up Verlet run ...
|
|
||||||
Unit style : real
|
|
||||||
Current step : 0
|
|
||||||
Time step : 1
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 48.02 | 48.02 | 48.02 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density f_myrxns[1]
|
|
||||||
0 496.23742 0.9983211 6.4856516e-05 0
|
|
||||||
100 534.05394 -0.76952227 6.4856516e-05 0
|
|
||||||
200 552.2225 -0.55375493 6.4856516e-05 0
|
|
||||||
300 857.52834 -0.4272061 8.6475354e-05 1
|
|
||||||
400 714.10681 1.5004615 8.6475354e-05 1
|
|
||||||
500 678.19171 0.21965471 8.6475354e-05 1
|
|
||||||
600 572.3234 0.87879933 8.6475354e-05 1
|
|
||||||
700 996.17398 -0.24269717 0.00010809419 2
|
|
||||||
800 904.50395 1.3662054 0.00010809419 2
|
|
||||||
900 1097.1568 -2.2909907 0.00012971303 3
|
|
||||||
1000 954.08892 1.7705672 0.00012971303 3
|
|
||||||
1100 1102.0377 -1.7018446 0.00015133187 4
|
|
||||||
1200 1239.785 -0.30442903 0.00015133187 4
|
|
||||||
1300 1388.4127 1.3301175 0.00017295071 5
|
|
||||||
1400 1559.3853 1.6709729 0.00017295071 5
|
|
||||||
1500 1471.8623 0.8268427 0.00017295071 5
|
|
||||||
1600 1543.6793 2.1987908 0.00019456955 6
|
|
||||||
1700 1694.5595 0.48852817 0.00019456955 6
|
|
||||||
1800 1632.7737 -1.4617692 0.00021618839 7
|
|
||||||
1900 1922.6502 1.1664257 0.00021618839 7
|
|
||||||
2000 2223.503 -0.95799878 0.00023780722 8
|
|
||||||
2100 2142.6035 0.88444463 0.00025942606 9
|
|
||||||
2200 2298.8636 3.4239313 0.00025942606 9
|
|
||||||
2300 2252.4355 0.82167302 0.00025942606 9
|
|
||||||
2400 2321.0788 1.7499714 0.00025942606 9
|
|
||||||
2500 2095.6715 0.55288444 0.00025942606 9
|
|
||||||
2600 2136.0316 -3.833114 0.00025942606 9
|
|
||||||
2700 2466.3134 -2.2519511 0.00025942606 9
|
|
||||||
2800 2294.3454 1.0637304 0.00025942606 9
|
|
||||||
2900 2340.3891 1.3997049 0.0002810449 10
|
|
||||||
3000 2272.0013 -0.27591886 0.0002810449 10
|
|
||||||
3100 2333.9696 -0.11772138 0.0002810449 10
|
|
||||||
3200 2409.0946 -1.025473 0.0002810449 10
|
|
||||||
3300 2148.023 1.6752329 0.0002810449 10
|
|
||||||
3400 2267.636 -0.45297583 0.0002810449 10
|
|
||||||
3500 2457.622 0.35627297 0.0002810449 10
|
|
||||||
3600 2288.008 -15.516626 0.00030266374 11
|
|
||||||
3700 2458.2681 1.4571773 0.00030266374 11
|
|
||||||
3800 2566.7623 -29.140553 0.00032428258 12
|
|
||||||
3900 2839.4062 0.64583638 0.00032428258 12
|
|
||||||
4000 2893.9852 -52.954497 0.00034590142 13
|
|
||||||
4100 3021.3611 -65.03731 0.00036752025 14
|
|
||||||
4200 3002.7136 1.5750081 0.00036752025 14
|
|
||||||
4300 3218.6248 -120.74039 0.00038913909 15
|
|
||||||
4400 3345.1482 -0.96545269 0.00038913909 15
|
|
||||||
4500 3603.2429 1.2438833 0.00038913909 15
|
|
||||||
4600 3129.8814 -249.91806 0.00041075793 16
|
|
||||||
4700 3769.052 -289.24351 0.00043237677 17
|
|
||||||
4800 3560.4714 -3.1655406 0.00043237677 17
|
|
||||||
4900 3452.2717 -2.1270765 0.00043237677 17
|
|
||||||
5000 3594.3247 -523.48506 0.00045399561 18
|
|
||||||
5100 3578.4199 1.0009097 0.00045399561 18
|
|
||||||
5200 3822.1566 1.0526914 0.00047561445 19
|
|
||||||
5300 3901.8883 -0.14607602 0.00047561445 19
|
|
||||||
5400 4059.3644 -1.7789927 0.00049723329 20
|
|
||||||
5500 4163.6847 1.0240127 0.00049723329 20
|
|
||||||
5600 4109.1649 0.80199787 0.00049723329 20
|
|
||||||
5700 4391.2091 2.8730036 0.00049723329 20
|
|
||||||
5800 4279.6579 -0.36499822 0.00051885212 21
|
|
||||||
5900 4296.2695 -1.3064528 0.00051885212 21
|
|
||||||
6000 4065.3758 -2.0483224 0.00051885212 21
|
|
||||||
6100 4772.5362 -2.6814694 0.00054047096 22
|
|
||||||
6200 4627.029 2.999215 0.0005620898 23
|
|
||||||
6300 5120.7881 0.65372968 0.00058370864 24
|
|
||||||
6400 4588.9559 3.7570705 0.00058370864 24
|
|
||||||
6500 5008.7814 2.3595833 0.00060532748 25
|
|
||||||
6600 5195.0053 1.4641612 0.00060532748 25
|
|
||||||
6700 5622.293 -0.33396047 0.00062694632 26
|
|
||||||
6800 5515.1957 -4.234874 0.00062694632 26
|
|
||||||
6900 5156.7455 0.40171954 0.00064856516 27
|
|
||||||
7000 5120.1639 -1.6065245 0.00064856516 27
|
|
||||||
7100 5650.0327 0.94436323 0.00067018399 28
|
|
||||||
7200 5985.1115 -3.8940347 0.00069180283 29
|
|
||||||
7300 5983.197 0.5293568 0.00069180283 29
|
|
||||||
7400 6001.1559 -0.13712834 0.00071342167 30
|
|
||||||
7500 5889.2134 0.17230892 0.00071342167 30
|
|
||||||
7600 5797.31 2.0920058 0.00071342167 30
|
|
||||||
7700 5865.2783 -0.18556395 0.00071342167 30
|
|
||||||
7800 6207.0659 -5.6237083 0.00071342167 30
|
|
||||||
7900 5627.5108 -2.3718942 0.00071342167 30
|
|
||||||
8000 5823.9502 -0.85418578 0.00071342167 30
|
|
||||||
Loop time of 184.87 on 1 procs for 8000 steps with 528 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 3.739 ns/day, 6.419 hours/ns, 43.274 timesteps/s
|
|
||||||
99.9% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 3.3043 | 3.3043 | 3.3043 | 0.0 | 1.79
|
|
||||||
Bond | 8.0003 | 8.0003 | 8.0003 | 0.0 | 4.33
|
|
||||||
Kspace | 168.33 | 168.33 | 168.33 | 0.0 | 91.05
|
|
||||||
Neigh | 4.6322 | 4.6322 | 4.6322 | 0.0 | 2.51
|
|
||||||
Comm | 0.077927 | 0.077927 | 0.077927 | 0.0 | 0.04
|
|
||||||
Output | 0.0020548 | 0.0020548 | 0.0020548 | 0.0 | 0.00
|
|
||||||
Modify | 0.5005 | 0.5005 | 0.5005 | 0.0 | 0.27
|
|
||||||
Other | | 0.02483 | | | 0.01
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 528.000 ave 528 max 528 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Nghost: 341.000 ave 341 max 341 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Neighs: 35111.0 ave 35111 max 35111 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 35111
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 66.498106
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 11.409091
|
|
||||||
Neighbor list builds = 8000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:03:05
|
|
||||||
@ -1,196 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (24 Dec 2020)
|
|
||||||
Reading data file ...
|
|
||||||
orthogonal box = (50.000000 50.000000 50.000000) to (250.00000 250.00000 250.00000)
|
|
||||||
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
48 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
48 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
8 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
21 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
33 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
29 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
50 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
84 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
127 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
36 impropers
|
|
||||||
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
|
||||||
special bond factors lj: 0 0 0
|
|
||||||
special bond factors coul: 0 0 0
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
8 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
17 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
46 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
|
||||||
read_data CPU = 0.007 seconds
|
|
||||||
Read molecule template mol1:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
30 atoms with max type 6
|
|
||||||
31 bonds with max type 10
|
|
||||||
51 angles with max type 16
|
|
||||||
73 dihedrals with max type 19
|
|
||||||
21 impropers with max type 7
|
|
||||||
Read molecule template mol2:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
46 atoms with max type 6
|
|
||||||
48 bonds with max type 13
|
|
||||||
81 angles with max type 22
|
|
||||||
121 dihedrals with max type 36
|
|
||||||
35 impropers with max type 9
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
WARNING: System is not charge neutral, net charge = -0.00060000000 (../kspace.cpp:324)
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:339)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.20144813
|
|
||||||
grid = 45 45 45
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.00053712952
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 1.6175496e-06
|
|
||||||
using double precision KISS FFT
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 39200 24300
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 39 39 39
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Setting up Verlet run ...
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Unit style : real
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Current step : 0
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Time step : 1
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Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 38.70 | 38.92 | 39.43 Mbytes
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||||||
Step Temp Press Density f_myrxns[1]
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|
||||||
0 496.23742 0.9983211 6.4856516e-05 0
|
|
||||||
100 534.05394 -0.76952227 6.4856516e-05 0
|
|
||||||
200 552.2225 -0.55375493 6.4856516e-05 0
|
|
||||||
300 857.52834 -0.4272061 8.6475354e-05 1
|
|
||||||
400 714.10681 1.5004615 8.6475354e-05 1
|
|
||||||
500 678.19171 0.21965471 8.6475354e-05 1
|
|
||||||
600 572.3234 0.87879933 8.6475354e-05 1
|
|
||||||
700 996.17398 -0.24269717 0.00010809419 2
|
|
||||||
800 904.50395 1.3662054 0.00010809419 2
|
|
||||||
900 1097.1568 -2.2909907 0.00012971303 3
|
|
||||||
1000 954.08892 1.7705672 0.00012971303 3
|
|
||||||
1100 1102.0377 -1.7018446 0.00015133187 4
|
|
||||||
1200 1239.785 -0.30442903 0.00015133187 4
|
|
||||||
1300 1388.4127 1.3301175 0.00017295071 5
|
|
||||||
1400 1559.3853 1.6709729 0.00017295071 5
|
|
||||||
1500 1471.8623 0.8268427 0.00017295071 5
|
|
||||||
1600 1543.6793 2.1987908 0.00019456955 6
|
|
||||||
1700 1694.5595 0.48852817 0.00019456955 6
|
|
||||||
1800 1632.7737 -1.4617692 0.00021618839 7
|
|
||||||
1900 1922.6502 1.1664257 0.00021618839 7
|
|
||||||
2000 2223.503 -0.95799878 0.00023780722 8
|
|
||||||
2100 2142.6035 0.88444463 0.00025942606 9
|
|
||||||
2200 2298.8636 3.4239313 0.00025942606 9
|
|
||||||
2300 2252.4355 0.82167302 0.00025942606 9
|
|
||||||
2400 2321.0788 1.7499714 0.00025942606 9
|
|
||||||
2500 2095.6715 0.55288444 0.00025942606 9
|
|
||||||
2600 2136.0316 -3.833114 0.00025942606 9
|
|
||||||
2700 2466.3134 -2.2519511 0.00025942606 9
|
|
||||||
2800 2294.3454 1.0637304 0.00025942606 9
|
|
||||||
2900 2340.3891 1.3997049 0.0002810449 10
|
|
||||||
3000 2272.0013 -0.27591886 0.0002810449 10
|
|
||||||
3100 2333.9696 -0.11772138 0.0002810449 10
|
|
||||||
3200 2409.0946 -1.025473 0.0002810449 10
|
|
||||||
3300 2148.023 1.6752329 0.0002810449 10
|
|
||||||
3400 2267.636 -0.45297583 0.0002810449 10
|
|
||||||
3500 2457.622 0.35627297 0.0002810449 10
|
|
||||||
3600 2288.008 -15.516626 0.00030266374 11
|
|
||||||
3700 2458.2681 1.4571773 0.00030266374 11
|
|
||||||
3800 2566.7623 -29.140553 0.00032428258 12
|
|
||||||
3900 2839.4062 0.64583638 0.00032428258 12
|
|
||||||
4000 2893.2204 -53.187892 0.00034590142 13
|
|
||||||
4100 3024.6375 -65.068146 0.00036752025 14
|
|
||||||
4200 3004.6784 1.4155214 0.00036752025 14
|
|
||||||
4300 3033.1895 1.8572273 0.00036752025 14
|
|
||||||
4400 3157.2542 -0.92462977 0.00036752025 14
|
|
||||||
4500 3557.7137 -194.46498 0.00038913909 15
|
|
||||||
4600 3096.485 -1.830492 0.00038913909 15
|
|
||||||
4700 3488.088 -286.81055 0.00041075793 16
|
|
||||||
4800 3390.5493 -372.77818 0.00043237677 17
|
|
||||||
4900 3773.7226 -446.58574 0.00045399561 18
|
|
||||||
5000 3703.0159 -0.81188551 0.00045399561 18
|
|
||||||
5100 4051.3067 1.2567439 0.00045399561 18
|
|
||||||
5200 3813.3682 0.92945737 0.00047561445 19
|
|
||||||
5300 4036.0078 -2.5336258 0.00049723329 20
|
|
||||||
5400 4219.803 -0.96928261 0.00049723329 20
|
|
||||||
5500 4433.7447 -0.026762463 0.00051885212 21
|
|
||||||
5600 4477.4505 -1.417316 0.00054047096 22
|
|
||||||
5700 4500.0306 -1.0551443 0.00054047096 22
|
|
||||||
5800 4600.3507 -4.9580056 0.00054047096 22
|
|
||||||
5900 4765.4978 -2.2546941 0.0005620898 23
|
|
||||||
6000 5442.6193 0.91161284 0.00058370864 24
|
|
||||||
6100 5086.8047 -0.9875332 0.00060532748 25
|
|
||||||
6200 5485.3437 -2.8296626 0.00062694632 26
|
|
||||||
6300 4988.0396 -0.15179023 0.00064856516 27
|
|
||||||
6400 5597.3703 4.2941885 0.00067018399 28
|
|
||||||
6500 5677.0263 -2.8611595 0.00069180283 29
|
|
||||||
6600 6058.0009 1.4111778 0.00071342167 30
|
|
||||||
6700 5859.0817 -2.5782466 0.00071342167 30
|
|
||||||
6800 5879.3941 -4.5681807 0.00071342167 30
|
|
||||||
6900 6398.288 2.5259412 0.00071342167 30
|
|
||||||
7000 6250.1096 -2.6049627 0.00071342167 30
|
|
||||||
7100 5849.651 -0.44062578 0.00071342167 30
|
|
||||||
7200 5778.6532 -0.27299118 0.00071342167 30
|
|
||||||
7300 5977.6661 4.2483639 0.00071342167 30
|
|
||||||
7400 5862.4231 1.0289519 0.00071342167 30
|
|
||||||
7500 6482.376 7.5412373 0.00071342167 30
|
|
||||||
7600 5810.4325 1.0343075 0.00071342167 30
|
|
||||||
7700 5916.7304 2.304302 0.00071342167 30
|
|
||||||
7800 5869.9504 -0.5946555 0.00071342167 30
|
|
||||||
7900 5804.0522 -4.1207689 0.00071342167 30
|
|
||||||
8000 6077.1704 0.52211243 0.00071342167 30
|
|
||||||
Loop time of 60.5603 on 4 procs for 8000 steps with 528 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 11.413 ns/day, 2.103 hours/ns, 132.100 timesteps/s
|
|
||||||
99.9% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
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||||||
|
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||||||
MPI task timing breakdown:
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Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
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||||||
---------------------------------------------------------------
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Pair | 0.0041695 | 0.90113 | 2.3423 | 102.8 | 1.49
|
|
||||||
Bond | 0.011606 | 2.1188 | 5.8107 | 163.9 | 3.50
|
|
||||||
Kspace | 47.987 | 52.817 | 55.679 | 43.7 | 87.21
|
|
||||||
Neigh | 3.5961 | 3.6262 | 3.6496 | 1.2 | 5.99
|
|
||||||
Comm | 0.11097 | 0.16569 | 0.26369 | 15.3 | 0.27
|
|
||||||
Output | 0.0020366 | 0.0023427 | 0.0032469 | 1.1 | 0.00
|
|
||||||
Modify | 0.62302 | 0.91659 | 1.1227 | 21.5 | 1.51
|
|
||||||
Other | | 0.0126 | | | 0.02
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 132.000 ave 295 max 0 min
|
|
||||||
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 1 0 1
|
|
||||||
Nghost: 133.000 ave 349 max 0 min
|
|
||||||
Histogram: 2 0 0 0 0 1 0 0 0 1
|
|
||||||
Neighs: 8383.50 ave 20143 max 0 min
|
|
||||||
Histogram: 2 0 0 0 0 0 1 0 0 1
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 33534
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 63.511364
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 11.409091
|
|
||||||
Neighbor list builds = 8000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
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|
||||||
Total wall time: 0:01:00
|
|
||||||
@ -0,0 +1,256 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# use bond/react 'create atoms' feature to add 30 new styrene monomers to chain
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
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||||||
|
boundary p p p
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||||||
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|
||||||
|
atom_style full
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||||||
|
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||||||
|
pair_style lj/class2/coul/cut 8.5
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||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
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||||||
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|
||||||
|
bond_style class2
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||||||
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||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
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||||||
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|
||||||
|
variable T equal 530
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data trimer.data extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (-200 -200 -200) to (200 200 200)
|
||||||
|
1 by 1 by 1 MPI processor grid
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||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
48 atoms
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
8 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
21 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
33 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
26 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
50 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
84 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
127 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
20 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
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||||||
|
8 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
17 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
46 = max # of special neighbors
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||||||
|
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.011 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 grow_styrene_pre.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
30 atoms with max type 4
|
||||||
|
31 bonds with max type 6
|
||||||
|
51 angles with max type 10
|
||||||
|
73 dihedrals with max type 13
|
||||||
|
13 impropers with max type 3
|
||||||
|
molecule mol2 grow_styrene_post.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
1 fragments
|
||||||
|
46 atoms with max type 4
|
||||||
|
48 bonds with max type 6
|
||||||
|
81 angles with max type 10
|
||||||
|
121 dihedrals with max type 13
|
||||||
|
19 impropers with max type 3
|
||||||
|
|
||||||
|
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0 3.0 mol1 mol2 grow_styrene.map modify_create fit create_fit overlap 2.0 stabilize_steps 200 max_rxn 30
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp $T $T 100
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 530 $T 100
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 530 530 100
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 $T $T 1 1
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 530 $T 1 1
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 530 530 1 1
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density f_myrxns[1]
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 100
|
||||||
|
|
||||||
|
dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
run 8000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Generated 6 of 6 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 77 77 77
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2/coul/cut, perpetual
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 36.99 | 36.99 | 36.99 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density f_myrxns[1]
|
||||||
|
0 0 0.076588866 8.1070333e-06 0
|
||||||
|
100 598.41967 -0.1670029 1.0809378e-05 1
|
||||||
|
200 696.77845 0.11857422 1.0809378e-05 1
|
||||||
|
300 932.97222 -0.058615676 1.3511722e-05 2
|
||||||
|
400 1016.3732 0.062233715 1.3511722e-05 2
|
||||||
|
500 1006.451 -0.17987841 1.6214067e-05 3
|
||||||
|
600 1143.8859 0.33297898 1.6214067e-05 3
|
||||||
|
700 1209.6144 -0.22743773 1.8916411e-05 4
|
||||||
|
800 1429.1639 0.14048255 1.8916411e-05 4
|
||||||
|
900 1375.0968 -0.04016551 2.1618755e-05 5
|
||||||
|
1000 1583.6696 -0.23364852 2.1618755e-05 5
|
||||||
|
1100 1811.0697 -0.054436797 2.43211e-05 6
|
||||||
|
1200 1928.4658 0.012242837 2.43211e-05 6
|
||||||
|
1300 1666.6176 0.057157656 2.43211e-05 6
|
||||||
|
1400 1686.18 -28.442814 2.7023444e-05 7
|
||||||
|
1500 1704.6248 -0.16861218 2.7023444e-05 7
|
||||||
|
1600 2171.7628 -33.6156 2.9725789e-05 8
|
||||||
|
1700 1991.2922 -0.11813381 2.9725789e-05 8
|
||||||
|
1800 2037.4991 -40.015612 3.2428133e-05 9
|
||||||
|
1900 2143.9447 -0.090964375 3.2428133e-05 9
|
||||||
|
2000 1927.9564 0.29856007 3.2428133e-05 9
|
||||||
|
2100 2255.5877 -4.9166327 3.5130478e-05 10
|
||||||
|
2200 2512.5193 0.00044804842 3.5130478e-05 10
|
||||||
|
2300 2336.1503 -45.094726 3.7832822e-05 11
|
||||||
|
2400 2508.9655 -0.1024684 3.7832822e-05 11
|
||||||
|
2500 2747.7344 -53.939212 4.0535167e-05 12
|
||||||
|
2600 2790.5736 0.07042181 4.0535167e-05 12
|
||||||
|
2700 3014.7092 -0.0025387793 4.0535167e-05 12
|
||||||
|
2800 2745.0295 -0.099361314 4.3237511e-05 13
|
||||||
|
2900 2952.1281 -0.13667582 4.3237511e-05 13
|
||||||
|
3000 3032.5298 0.28882784 4.5939855e-05 14
|
||||||
|
3100 3149.992 0.55269076 4.5939855e-05 14
|
||||||
|
3200 3422.5233 -0.11794908 4.86422e-05 15
|
||||||
|
3300 3040.2691 -0.067532834 4.86422e-05 15
|
||||||
|
3400 3323.3263 0.049969149 5.1344544e-05 16
|
||||||
|
3500 3539.0877 -0.065546641 5.1344544e-05 16
|
||||||
|
3600 3894.6897 -0.24222461 5.4046889e-05 17
|
||||||
|
3700 3689.3513 0.21366533 5.4046889e-05 17
|
||||||
|
3800 3924.799 -0.60817646 5.6749233e-05 18
|
||||||
|
3900 3713.1947 -0.024834682 5.6749233e-05 18
|
||||||
|
4000 3887.6151 0.052787631 5.9451578e-05 19
|
||||||
|
4100 3868.2877 0.42532898 5.9451578e-05 19
|
||||||
|
4200 3784.9874 -0.12018512 5.9451578e-05 19
|
||||||
|
4300 4169.9997 0.19652089 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
4400 4112.291 -0.084839982 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
4500 3974.2226 -0.13641761 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
4600 4064.3852 0.16435039 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
4700 3880.0044 -0.42874552 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
4800 4508.2324 0.20208091 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
4900 4364.033 -0.56300441 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
5000 4030.4642 -0.29006515 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
5100 4010.9518 0.32060145 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
5200 4058.5072 0.088924924 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
5300 4529.9866 -0.38882748 6.4856266e-05 21
|
||||||
|
5400 4305.9161 0.24046553 6.4856266e-05 21
|
||||||
|
5500 4556.8628 -0.014044879 6.4856266e-05 21
|
||||||
|
5600 4730.2206 0.1526293 6.4856266e-05 21
|
||||||
|
5700 4810.9968 -17.600253 6.7558611e-05 22
|
||||||
|
5800 4655.651 -0.25941928 6.7558611e-05 22
|
||||||
|
5900 4507.1045 -0.084691005 6.7558611e-05 22
|
||||||
|
6000 4516.0965 0.092662842 7.0260955e-05 23
|
||||||
|
6100 4592.4068 0.10403004 7.0260955e-05 23
|
||||||
|
6200 4583.9491 0.1692786 7.29633e-05 24
|
||||||
|
6300 4512.226 0.32590723 7.29633e-05 24
|
||||||
|
6400 4885.9205 -0.24208842 7.5665644e-05 25
|
||||||
|
6500 5250.5008 0.4135064 7.5665644e-05 25
|
||||||
|
6600 5216.9452 0.00059199905 7.8367989e-05 26
|
||||||
|
6700 5302.2925 0.50452368 7.8367989e-05 26
|
||||||
|
6800 4931.7328 -0.064719953 8.1070333e-05 27
|
||||||
|
6900 5549.8746 0.55101191 8.1070333e-05 27
|
||||||
|
7000 5472.9107 0.31358281 8.3772677e-05 28
|
||||||
|
7100 5559.9339 0.14034743 8.3772677e-05 28
|
||||||
|
7200 5726.4492 -0.39732059 8.6475022e-05 29
|
||||||
|
7300 5869.324 0.18989804 8.6475022e-05 29
|
||||||
|
7400 6109.5519 0.11206572 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7500 5966.7085 0.2059557 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7600 6051.2064 0.025316679 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7700 5719.6669 0.16548544 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7800 6118.8183 -0.20036999 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7900 6477.1901 0.10308473 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
8000 6241.9498 0.090165102 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
Loop time of 17.4848 on 1 procs for 8000 steps with 528 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 39.531 ns/day, 0.607 hours/ns, 457.540 timesteps/s, 241.581 katom-step/s
|
||||||
|
97.6% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 3.0991 | 3.0991 | 3.0991 | 0.0 | 17.72
|
||||||
|
Bond | 7.6807 | 7.6807 | 7.6807 | 0.0 | 43.93
|
||||||
|
Neigh | 1.6906 | 1.6906 | 1.6906 | 0.0 | 9.67
|
||||||
|
Comm | 0.019091 | 0.019091 | 0.019091 | 0.0 | 0.11
|
||||||
|
Output | 4.5095 | 4.5095 | 4.5095 | 0.0 | 25.79
|
||||||
|
Modify | 0.46277 | 0.46277 | 0.46277 | 0.0 | 2.65
|
||||||
|
Other | | 0.02296 | | | 0.13
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 528 ave 528 max 528 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Nghost: 0 ave 0 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Neighs: 35904 ave 35904 max 35904 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 35904
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 68
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 11.409091
|
||||||
|
Neighbor list builds = 1836
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_data final.data nofix
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:17
|
||||||
@ -0,0 +1,256 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# use bond/react 'create atoms' feature to add 30 new styrene monomers to chain
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2/coul/cut 8.5
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
bond_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
variable T equal 530
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data trimer.data extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (-200 -200 -200) to (200 200 200)
|
||||||
|
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
48 atoms
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
8 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
21 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
33 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
26 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
50 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
84 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
127 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
20 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
8 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
17 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
46 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.007 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 grow_styrene_pre.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
30 atoms with max type 4
|
||||||
|
31 bonds with max type 6
|
||||||
|
51 angles with max type 10
|
||||||
|
73 dihedrals with max type 13
|
||||||
|
13 impropers with max type 3
|
||||||
|
molecule mol2 grow_styrene_post.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
1 fragments
|
||||||
|
46 atoms with max type 4
|
||||||
|
48 bonds with max type 6
|
||||||
|
81 angles with max type 10
|
||||||
|
121 dihedrals with max type 13
|
||||||
|
19 impropers with max type 3
|
||||||
|
|
||||||
|
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0 3.0 mol1 mol2 grow_styrene.map modify_create fit create_fit overlap 2.0 stabilize_steps 200 max_rxn 30
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp $T $T 100
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 530 $T 100
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 530 530 100
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 $T $T 1 1
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 530 $T 1 1
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 530 530 1 1
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density f_myrxns[1]
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 100
|
||||||
|
|
||||||
|
dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
run 8000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
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|
}
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|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
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Generated 6 of 6 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
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|
Neighbor list info ...
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update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
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|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
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||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
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|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 77 77 77
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2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
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|
(1) pair lj/class2/coul/cut, perpetual
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attributes: half, newton on
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pair build: half/bin/newton
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stencil: half/bin/3d
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bin: standard
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(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
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attributes: half, newton on
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pair build: copy
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|
stencil: none
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|
bin: none
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Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 35.37 | 35.56 | 36.15 Mbytes
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Step Temp Press Density f_myrxns[1]
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||||||
|
0 0 0.076588866 8.1070333e-06 0
|
||||||
|
100 598.29879 -0.17888669 1.0809378e-05 1
|
||||||
|
200 699.08337 0.11172183 1.0809378e-05 1
|
||||||
|
300 931.85797 -0.13923465 1.3511722e-05 2
|
||||||
|
400 893.78126 0.14680427 1.3511722e-05 2
|
||||||
|
500 1001.0848 -0.021703999 1.6214067e-05 3
|
||||||
|
600 989.24943 0.04641672 1.6214067e-05 3
|
||||||
|
700 1244.794 -0.19464667 1.8916411e-05 4
|
||||||
|
800 1210.997 -0.06710628 1.8916411e-05 4
|
||||||
|
900 1310.0005 0.099408095 2.1618755e-05 5
|
||||||
|
1000 1640.5956 -0.05975911 2.1618755e-05 5
|
||||||
|
1100 1380.7273 -0.025206389 2.1618755e-05 5
|
||||||
|
1200 1637.6542 0.057149266 2.43211e-05 6
|
||||||
|
1300 1757.3409 0.3232123 2.43211e-05 6
|
||||||
|
1400 1664.5048 -0.29656858 2.7023444e-05 7
|
||||||
|
1500 1578.9691 0.21997047 2.7023444e-05 7
|
||||||
|
1600 1848.9227 -0.11783672 2.9725789e-05 8
|
||||||
|
1700 1981.1695 0.28374154 2.9725789e-05 8
|
||||||
|
1800 2330.8852 -0.082109894 3.2428133e-05 9
|
||||||
|
1900 2177.4096 0.23853778 3.2428133e-05 9
|
||||||
|
2000 2095.1618 -1.5405667 3.5130478e-05 10
|
||||||
|
2100 2272.2653 0.05572226 3.5130478e-05 10
|
||||||
|
2200 2599.5994 -2.2307507 3.7832822e-05 11
|
||||||
|
2300 2457.7904 0.40228312 3.7832822e-05 11
|
||||||
|
2400 2372.9736 -3.3415973 4.0535167e-05 12
|
||||||
|
2500 2427.4613 -0.16211888 4.0535167e-05 12
|
||||||
|
2600 3022.2608 -4.3278098 4.3237511e-05 13
|
||||||
|
2700 3115.6526 0.013828954 4.3237511e-05 13
|
||||||
|
2800 2841.7091 -6.4163443 4.5939855e-05 14
|
||||||
|
2900 3047.8436 0.16052429 4.5939855e-05 14
|
||||||
|
3000 3373.7997 -7.7904706 4.86422e-05 15
|
||||||
|
3100 3381.6653 0.35152687 4.86422e-05 15
|
||||||
|
3200 3589.5561 -10.754027 5.1344544e-05 16
|
||||||
|
3300 3473.4415 -0.13274479 5.1344544e-05 16
|
||||||
|
3400 3696.3283 -13.75504 5.4046889e-05 17
|
||||||
|
3500 3486.5442 -0.31091832 5.4046889e-05 17
|
||||||
|
3600 3647.0818 0.34662993 5.4046889e-05 17
|
||||||
|
3700 3636.7138 -0.041981737 5.4046889e-05 17
|
||||||
|
3800 3427.6532 0.42008936 5.6749233e-05 18
|
||||||
|
3900 3574.0094 -0.05475272 5.6749233e-05 18
|
||||||
|
4000 4158.9339 0.14426361 5.9451578e-05 19
|
||||||
|
4100 3862.5026 0.094232438 5.9451578e-05 19
|
||||||
|
4200 3969.4378 -0.10602108 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
4300 3840.0126 0.29190336 6.2153922e-05 20
|
||||||
|
4400 4365.9912 -36.954812 6.4856266e-05 21
|
||||||
|
4500 4565.3708 0.061879092 6.4856266e-05 21
|
||||||
|
4600 4565.491 -70.588435 6.7558611e-05 22
|
||||||
|
4700 4570.2702 -0.56661378 6.7558611e-05 22
|
||||||
|
4800 4445.786 0.20534323 6.7558611e-05 22
|
||||||
|
4900 4782.6436 0.012783481 7.0260955e-05 23
|
||||||
|
5000 4777.2132 0.092416308 7.0260955e-05 23
|
||||||
|
5100 4944.0402 0.11614993 7.29633e-05 24
|
||||||
|
5200 5139.165 -0.23180938 7.29633e-05 24
|
||||||
|
5300 4647.2328 0.13570142 7.5665644e-05 25
|
||||||
|
5400 4982.7355 -0.25477884 7.5665644e-05 25
|
||||||
|
5500 5400.5924 0.19902824 7.8367989e-05 26
|
||||||
|
5600 5761.3552 0.083102065 7.8367989e-05 26
|
||||||
|
5700 5723.8581 0.039332796 8.1070333e-05 27
|
||||||
|
5800 5548.0789 -0.14511631 8.1070333e-05 27
|
||||||
|
5900 5358.5431 -0.099694264 8.3772677e-05 28
|
||||||
|
6000 5591.2678 9.9924655e-05 8.3772677e-05 28
|
||||||
|
6100 6101.8008 0.26538732 8.6475022e-05 29
|
||||||
|
6200 5848.9979 0.091137862 8.6475022e-05 29
|
||||||
|
6300 5582.1828 -0.039900602 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
6400 6077.0548 0.3191104 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
6500 5794.6827 0.69322336 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
6600 5610.4331 0.080420058 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
6700 5615.3492 0.12810868 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
6800 5900.9749 -0.31704866 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
6900 6233.9524 0.010288514 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7000 5972.7488 -1.0442089 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7100 6258.1332 0.56270399 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7200 6172.5919 -0.19595153 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7300 5898.7547 0.020862491 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7400 5815.1659 -0.0020680171 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7500 6003.867 -0.12288131 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7600 5966.0609 -0.1504333 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7700 6274.3331 -0.62752757 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7800 6051.0914 0.22821201 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
7900 5981.5209 -0.19623554 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
8000 5835.4657 0.3602475 8.9177366e-05 30
|
||||||
|
Loop time of 13.936 on 4 procs for 8000 steps with 528 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 49.598 ns/day, 0.484 hours/ns, 574.051 timesteps/s, 303.099 katom-step/s
|
||||||
|
99.4% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
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|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 0.001058 | 0.78388 | 3.1317 | 153.1 | 5.62
|
||||||
|
Bond | 0.0031874 | 2.0525 | 8.1984 | 247.7 | 14.73
|
||||||
|
Neigh | 0.53495 | 0.53527 | 0.53551 | 0.0 | 3.84
|
||||||
|
Comm | 0.01177 | 0.012451 | 0.013306 | 0.5 | 0.09
|
||||||
|
Output | 1.3336 | 1.4735 | 1.7322 | 13.2 | 10.57
|
||||||
|
Modify | 0.55142 | 9.0568 | 12.031 | 163.3 | 64.99
|
||||||
|
Other | | 0.02159 | | | 0.15
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 132 ave 528 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1
|
||||||
|
Nghost: 0 ave 0 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Neighs: 9115.75 ave 36463 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 36463
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 69.058712
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 11.409091
|
||||||
|
Neighbor list builds = 771
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_data final.data nofix
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:13
|
||||||
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
@ -18,14 +18,19 @@ dihedral_style class2
|
|||||||
|
|
||||||
improper_style class2
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
read_data large_nylon_melt.data.gz
|
read_data large_nylon_melt.data.gz &
|
||||||
|
extra/bond/per/atom 5 &
|
||||||
|
extra/angle/per/atom 15 &
|
||||||
|
extra/dihedral/per/atom 15 &
|
||||||
|
extra/improper/per/atom 25 &
|
||||||
|
extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
|
||||||
velocity all create 800.0 4928459 dist gaussian
|
velocity all create 800.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.data_template
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.data_template
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.data_template
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.data_template
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
|
||||||
thermo 50
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
Binary file not shown.
@ -1,175 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (20 Apr 2018)
|
|
||||||
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (../comm.cpp:90)
|
|
||||||
using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
|
|
||||||
# 35,000 atom nylon melt example
|
|
||||||
|
|
||||||
units real
|
|
||||||
|
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||||||
boundary p p p
|
|
||||||
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||||||
atom_style full
|
|
||||||
|
|
||||||
kspace_style pppm 1.0e-4
|
|
||||||
|
|
||||||
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
|
||||||
|
|
||||||
angle_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
bond_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
dihedral_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
improper_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
read_data large_nylon_melt.data.gz
|
|
||||||
orthogonal box = (-2.68344 -2.06791 -2.21988) to (73.4552 73.2448 73.4065)
|
|
||||||
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
35200 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
35200 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
9 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
21 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
31 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
29 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
33600 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
59200 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
80000 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
35200 impropers
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
6 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
12 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
41 = max # of special neighbors
|
|
||||||
|
|
||||||
velocity all create 800.0 4928459 dist gaussian
|
|
||||||
|
|
||||||
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule mol1:
|
|
||||||
18 atoms with max type 8
|
|
||||||
16 bonds with max type 12
|
|
||||||
25 angles with max type 24
|
|
||||||
23 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
14 impropers with max type 9
|
|
||||||
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule mol2:
|
|
||||||
18 atoms with max type 9
|
|
||||||
17 bonds with max type 11
|
|
||||||
31 angles with max type 23
|
|
||||||
39 dihedrals with max type 30
|
|
||||||
20 impropers with max type 1
|
|
||||||
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule mol3:
|
|
||||||
15 atoms with max type 9
|
|
||||||
14 bonds with max type 11
|
|
||||||
25 angles with max type 23
|
|
||||||
30 dihedrals with max type 30
|
|
||||||
16 impropers with max type 1
|
|
||||||
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule mol4:
|
|
||||||
15 atoms with max type 11
|
|
||||||
13 bonds with max type 13
|
|
||||||
19 angles with max type 25
|
|
||||||
16 dihedrals with max type 29
|
|
||||||
10 impropers with max type 11
|
|
||||||
|
|
||||||
thermo 50
|
|
||||||
|
|
||||||
# dump 1 all xyz 100 test_vis.xyz
|
|
||||||
|
|
||||||
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0.0 2.9 mol1 mol2 rxn1_stp1_map react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map
|
|
||||||
WARNING: An atom in 'react #1' changes bond connectivity but not atom type (../fix_bond_react.cpp:1489)
|
|
||||||
WARNING: An atom in 'react #2' changes bond connectivity but not atom type (../fix_bond_react.cpp:1489)
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp defined
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp defined
|
|
||||||
|
|
||||||
# stable at 800K
|
|
||||||
fix 1 statted_grp nvt temp 800 800 100
|
|
||||||
|
|
||||||
# in order to customize behavior of reacting atoms,
|
|
||||||
# you can use the internally created 'bond_react_MASTER_group', like so:
|
|
||||||
# fix 2 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 800 800 10 1
|
|
||||||
|
|
||||||
thermo_style custom step temp press density f_myrxns[1] f_myrxns[2] # cumulative reaction counts
|
|
||||||
|
|
||||||
# restart 100 restart1 restart2
|
|
||||||
|
|
||||||
run 200
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:321)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.20765
|
|
||||||
grid = 18 18 18
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.0333156
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 0.000100329
|
|
||||||
using double precision FFTs
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 12167 5832
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 15 15 15
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 209.1 | 209.1 | 209.1 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
|
||||||
0 800 3666.3948 0.80366765 0 0
|
|
||||||
50 673.95238 -9670.9169 0.80366765 31 0
|
|
||||||
100 697.22819 -4624.0512 0.80366765 57 22
|
|
||||||
150 723.60507 -17175.571 0.80366765 76 48
|
|
||||||
200 736.71277 -12961.963 0.80366765 84 64
|
|
||||||
Loop time of 102.825 on 1 procs for 200 steps with 35200 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 0.168 ns/day, 142.812 hours/ns, 1.945 timesteps/s
|
|
||||||
99.7% CPU use with 1 MPI tasks x 1 OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 27.193 | 27.193 | 27.193 | 0.0 | 26.45
|
|
||||||
Bond | 11.324 | 11.324 | 11.324 | 0.0 | 11.01
|
|
||||||
Kspace | 4.1878 | 4.1878 | 4.1878 | 0.0 | 4.07
|
|
||||||
Neigh | 54.724 | 54.724 | 54.724 | 0.0 | 53.22
|
|
||||||
Comm | 0.40662 | 0.40662 | 0.40662 | 0.0 | 0.40
|
|
||||||
Output | 0.0011101 | 0.0011101 | 0.0011101 | 0.0 | 0.00
|
|
||||||
Modify | 4.9422 | 4.9422 | 4.9422 | 0.0 | 4.81
|
|
||||||
Other | | 0.04545 | | | 0.04
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 35200 ave 35200 max 35200 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Nghost: 38403 ave 38403 max 38403 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Neighs: 6.9281e+06 ave 6.9281e+06 max 6.9281e+06 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 6928101
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 196.821
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 9.83727
|
|
||||||
Neighbor list builds = 200
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
# write_restart restart_longrun
|
|
||||||
# write_data restart_longrun.data
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:01:43
|
|
||||||
@ -1,175 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (20 Apr 2018)
|
|
||||||
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (../comm.cpp:90)
|
|
||||||
using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
|
|
||||||
# 35,000 atom nylon melt example
|
|
||||||
|
|
||||||
units real
|
|
||||||
|
|
||||||
boundary p p p
|
|
||||||
|
|
||||||
atom_style full
|
|
||||||
|
|
||||||
kspace_style pppm 1.0e-4
|
|
||||||
|
|
||||||
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
|
||||||
|
|
||||||
angle_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
bond_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
dihedral_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
improper_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
read_data large_nylon_melt.data.gz
|
|
||||||
orthogonal box = (-2.68344 -2.06791 -2.21988) to (73.4552 73.2448 73.4065)
|
|
||||||
2 by 1 by 2 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
35200 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
35200 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
9 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
21 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
31 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
29 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
33600 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
59200 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
80000 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
35200 impropers
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
6 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
12 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
41 = max # of special neighbors
|
|
||||||
|
|
||||||
velocity all create 800.0 4928459 dist gaussian
|
|
||||||
|
|
||||||
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule mol1:
|
|
||||||
18 atoms with max type 8
|
|
||||||
16 bonds with max type 12
|
|
||||||
25 angles with max type 24
|
|
||||||
23 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
14 impropers with max type 9
|
|
||||||
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule mol2:
|
|
||||||
18 atoms with max type 9
|
|
||||||
17 bonds with max type 11
|
|
||||||
31 angles with max type 23
|
|
||||||
39 dihedrals with max type 30
|
|
||||||
20 impropers with max type 1
|
|
||||||
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule mol3:
|
|
||||||
15 atoms with max type 9
|
|
||||||
14 bonds with max type 11
|
|
||||||
25 angles with max type 23
|
|
||||||
30 dihedrals with max type 30
|
|
||||||
16 impropers with max type 1
|
|
||||||
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule mol4:
|
|
||||||
15 atoms with max type 11
|
|
||||||
13 bonds with max type 13
|
|
||||||
19 angles with max type 25
|
|
||||||
16 dihedrals with max type 29
|
|
||||||
10 impropers with max type 11
|
|
||||||
|
|
||||||
thermo 50
|
|
||||||
|
|
||||||
# dump 1 all xyz 100 test_vis.xyz
|
|
||||||
|
|
||||||
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0.0 2.9 mol1 mol2 rxn1_stp1_map react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map
|
|
||||||
WARNING: An atom in 'react #1' changes bond connectivity but not atom type (../fix_bond_react.cpp:1489)
|
|
||||||
WARNING: An atom in 'react #2' changes bond connectivity but not atom type (../fix_bond_react.cpp:1489)
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp defined
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp defined
|
|
||||||
|
|
||||||
# stable at 800K
|
|
||||||
fix 1 statted_grp nvt temp 800 800 100
|
|
||||||
|
|
||||||
# in order to customize behavior of reacting atoms,
|
|
||||||
# you can use the internally created 'bond_react_MASTER_group', like so:
|
|
||||||
# fix 2 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 800 800 10 1
|
|
||||||
|
|
||||||
thermo_style custom step temp press density f_myrxns[1] f_myrxns[2] # cumulative reaction counts
|
|
||||||
|
|
||||||
# restart 100 restart1 restart2
|
|
||||||
|
|
||||||
run 200
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:321)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.20765
|
|
||||||
grid = 18 18 18
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.0333156
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 0.000100329
|
|
||||||
using double precision FFTs
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 4508 1620
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 15 15 15
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 81.11 | 81.13 | 81.15 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
|
||||||
0 800 3666.3948 0.80366765 0 0
|
|
||||||
50 673.95238 -9670.9169 0.80366765 31 0
|
|
||||||
100 697.22819 -4624.0512 0.80366765 57 22
|
|
||||||
150 724.40407 -17166.729 0.80366765 76 49
|
|
||||||
200 737.28582 -12968.224 0.80366765 84 65
|
|
||||||
Loop time of 51.171 on 4 procs for 200 steps with 35200 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 0.338 ns/day, 71.071 hours/ns, 3.908 timesteps/s
|
|
||||||
98.4% CPU use with 4 MPI tasks x 1 OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 12.926 | 13.247 | 13.493 | 6.7 | 25.89
|
|
||||||
Bond | 5.2132 | 5.2733 | 5.3367 | 1.9 | 10.31
|
|
||||||
Kspace | 2.3601 | 2.6534 | 3.0067 | 16.0 | 5.19
|
|
||||||
Neigh | 25.93 | 25.934 | 25.937 | 0.1 | 50.68
|
|
||||||
Comm | 0.73273 | 0.75464 | 0.78505 | 2.3 | 1.47
|
|
||||||
Output | 0.00045228 | 0.00067407 | 0.0013323 | 0.0 | 0.00
|
|
||||||
Modify | 3.2682 | 3.2686 | 3.2692 | 0.0 | 6.39
|
|
||||||
Other | | 0.03995 | | | 0.08
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 8800 ave 8913 max 8652 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 1 0 0 0 1 1
|
|
||||||
Nghost: 18366 ave 18461 max 18190 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 1 1 1
|
|
||||||
Neighs: 1.73203e+06 ave 1.77261e+06 max 1.68165e+06 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 1 0 0 0 0 0 0 2
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 6928132
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 196.822
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 9.83608
|
|
||||||
Neighbor list builds = 200
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
# write_restart restart_longrun
|
|
||||||
# write_data restart_longrun.data
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:00:52
|
|
||||||
@ -0,0 +1,215 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# 35,000 atom nylon melt example
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
|
kspace_style pppm 1.0e-4
|
||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
bond_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data large_nylon_melt.data.gz extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (-2.6834403 -2.0679138 -2.2198803) to (73.455228 73.244835 73.40648)
|
||||||
|
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
35200 atoms
|
||||||
|
reading velocities ...
|
||||||
|
35200 velocities
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
9 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
21 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
31 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
29 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
33600 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
59200 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
80000 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
35200 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
6 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
12 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
41 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.026 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.937 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create 800.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 8
|
||||||
|
16 bonds with max type 12
|
||||||
|
25 angles with max type 24
|
||||||
|
23 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
2 impropers with max type 9
|
||||||
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 9
|
||||||
|
17 bonds with max type 11
|
||||||
|
31 angles with max type 23
|
||||||
|
39 dihedrals with max type 30
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 9
|
||||||
|
14 bonds with max type 11
|
||||||
|
25 angles with max type 23
|
||||||
|
30 dihedrals with max type 30
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 11
|
||||||
|
13 bonds with max type 13
|
||||||
|
19 angles with max type 25
|
||||||
|
16 dihedrals with max type 29
|
||||||
|
2 impropers with max type 11
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
# dump 1 all xyz 100 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0.0 2.9 mol1 mol2 rxn1_stp1_map react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map
|
||||||
|
WARNING: Fix bond/react: Atom affected by reaction rxn2 is too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:2624)
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
||||||
|
|
||||||
|
# stable at 800K
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 800 800 100
|
||||||
|
|
||||||
|
# in order to customize behavior of reacting atoms,
|
||||||
|
# you can use the internally created 'bond_react_MASTER_group', like so:
|
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|
# fix 2 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 800 800 10 1
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density f_myrxns[1] f_myrxns[2] # cumulative reaction counts
|
||||||
|
|
||||||
|
# restart 100 restart1 restart2
|
||||||
|
|
||||||
|
run 200
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
PPPM initialization ...
|
||||||
|
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:342)
|
||||||
|
G vector (1/distance) = 0.20765034
|
||||||
|
grid = 18 18 18
|
||||||
|
stencil order = 5
|
||||||
|
estimated absolute RMS force accuracy = 0.033315619
|
||||||
|
estimated relative force accuracy = 0.000100329
|
||||||
|
using double precision KISS FFT
|
||||||
|
3d grid and FFT values/proc = 12167 5832
|
||||||
|
Generated 55 of 55 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 15 15 15
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 209.8 | 209.8 | 209.8 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
0 800 3666.3948 0.80366765 0 0
|
||||||
|
50 673.94821 -9679.5038 0.80366765 31 0
|
||||||
|
100 694.45718 -2104.8514 0.80366765 57 22
|
||||||
|
150 716.53915 -12356.83 0.80366765 77 50
|
||||||
|
200 723.33218 -1319.9666 0.80366765 84 67
|
||||||
|
Loop time of 87.9809 on 1 procs for 200 steps with 35200 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 0.196 ns/day, 122.196 hours/ns, 2.273 timesteps/s, 80.017 katom-step/s
|
||||||
|
100.0% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 25.691 | 25.691 | 25.691 | 0.0 | 29.20
|
||||||
|
Bond | 15.772 | 15.772 | 15.772 | 0.0 | 17.93
|
||||||
|
Kspace | 4.611 | 4.611 | 4.611 | 0.0 | 5.24
|
||||||
|
Neigh | 35.616 | 35.616 | 35.616 | 0.0 | 40.48
|
||||||
|
Comm | 0.24971 | 0.24971 | 0.24971 | 0.0 | 0.28
|
||||||
|
Output | 0.00098602 | 0.00098602 | 0.00098602 | 0.0 | 0.00
|
||||||
|
Modify | 5.9596 | 5.9596 | 5.9596 | 0.0 | 6.77
|
||||||
|
Other | | 0.08051 | | | 0.09
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 35200 ave 35200 max 35200 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Nghost: 38403 ave 38403 max 38403 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Neighs: 6.92764e+06 ave 6.92764e+06 max 6.92764e+06 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 6927635
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 196.80781
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 9.8480114
|
||||||
|
Neighbor list builds = 128
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data
|
||||||
|
Total wall time: 0:01:29
|
||||||
@ -0,0 +1,215 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# 35,000 atom nylon melt example
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
|
kspace_style pppm 1.0e-4
|
||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
bond_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data large_nylon_melt.data.gz extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (-2.6834403 -2.0679138 -2.2198803) to (73.455228 73.244835 73.40648)
|
||||||
|
2 by 1 by 2 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
35200 atoms
|
||||||
|
reading velocities ...
|
||||||
|
35200 velocities
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
9 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
21 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
31 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
29 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
33600 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
59200 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
80000 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
35200 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
6 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
12 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
41 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.007 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.854 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create 800.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 8
|
||||||
|
16 bonds with max type 12
|
||||||
|
25 angles with max type 24
|
||||||
|
23 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
2 impropers with max type 9
|
||||||
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 9
|
||||||
|
17 bonds with max type 11
|
||||||
|
31 angles with max type 23
|
||||||
|
39 dihedrals with max type 30
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 9
|
||||||
|
14 bonds with max type 11
|
||||||
|
25 angles with max type 23
|
||||||
|
30 dihedrals with max type 30
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 11
|
||||||
|
13 bonds with max type 13
|
||||||
|
19 angles with max type 25
|
||||||
|
16 dihedrals with max type 29
|
||||||
|
2 impropers with max type 11
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
# dump 1 all xyz 100 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0.0 2.9 mol1 mol2 rxn1_stp1_map react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map
|
||||||
|
WARNING: Fix bond/react: Atom affected by reaction rxn2 is too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:2624)
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
||||||
|
|
||||||
|
# stable at 800K
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 800 800 100
|
||||||
|
|
||||||
|
# in order to customize behavior of reacting atoms,
|
||||||
|
# you can use the internally created 'bond_react_MASTER_group', like so:
|
||||||
|
# fix 2 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 800 800 10 1
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density f_myrxns[1] f_myrxns[2] # cumulative reaction counts
|
||||||
|
|
||||||
|
# restart 100 restart1 restart2
|
||||||
|
|
||||||
|
run 200
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
PPPM initialization ...
|
||||||
|
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:342)
|
||||||
|
G vector (1/distance) = 0.20765034
|
||||||
|
grid = 18 18 18
|
||||||
|
stencil order = 5
|
||||||
|
estimated absolute RMS force accuracy = 0.033315619
|
||||||
|
estimated relative force accuracy = 0.000100329
|
||||||
|
using double precision KISS FFT
|
||||||
|
3d grid and FFT values/proc = 4508 1620
|
||||||
|
Generated 55 of 55 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 15 15 15
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 81.39 | 81.41 | 81.43 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
0 800 3666.3948 0.80366765 0 0
|
||||||
|
50 673.94821 -9679.5038 0.80366765 31 0
|
||||||
|
100 694.36354 -2108.4881 0.80366765 57 22
|
||||||
|
150 716.5075 -12356.04 0.80366765 77 50
|
||||||
|
200 722.97306 -1308.3439 0.80366765 84 67
|
||||||
|
Loop time of 23.1041 on 4 procs for 200 steps with 35200 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 0.748 ns/day, 32.089 hours/ns, 8.656 timesteps/s, 304.708 katom-step/s
|
||||||
|
100.0% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 6.6935 | 6.8618 | 7.0049 | 5.1 | 29.70
|
||||||
|
Bond | 3.8936 | 3.9807 | 4.0626 | 3.5 | 17.23
|
||||||
|
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@ -1,189 +0,0 @@
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this is a molecule template for: initial nylon crosslink, post-reacting
|
|
||||||
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|
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18 atoms
|
|
||||||
17 bonds
|
|
||||||
31 angles
|
|
||||||
39 dihedrals
|
|
||||||
20 impropers
|
|
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Types
|
|
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|
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1 9
|
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|
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|
||||||
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|
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14 3
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||||||
15 7
|
|
||||||
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|
||||||
17 3
|
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||||||
18 3
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|
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|
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|
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||||||
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Coords
|
|
||||||
|
|
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|
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|
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|
|
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
||||||
|
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Bonds
|
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|
|
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|
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|
|
||||||
5 1 2 3
|
|
||||||
6 2 2 6
|
|
||||||
7 2 2 7
|
|
||||||
8 1 3 16
|
|
||||||
9 2 3 17
|
|
||||||
10 2 3 18
|
|
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|
|
||||||
12 6 9 10
|
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13 2 9 13
|
|
||||||
14 2 9 14
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
17 8 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
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|
|
||||||
2 14 2 1 5
|
|
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|
|
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|
|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
8 19 1 2 6
|
|
||||||
9 19 1 2 7
|
|
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|
|
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|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
14 1 2 3 17
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
19 12 8 9 10
|
|
||||||
20 1 8 9 13
|
|
||||||
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|
|
||||||
22 13 13 9 10
|
|
||||||
23 13 14 9 10
|
|
||||||
24 3 13 9 14
|
|
||||||
25 10 9 10 11
|
|
||||||
26 8 9 10 12
|
|
||||||
27 20 1 10 9
|
|
||||||
28 21 11 10 12
|
|
||||||
29 22 1 10 11
|
|
||||||
30 23 1 10 12
|
|
||||||
31 11 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 16 4 1 2 3
|
|
||||||
2 17 4 1 2 6
|
|
||||||
3 17 4 1 2 7
|
|
||||||
4 16 5 1 2 3
|
|
||||||
5 17 5 1 2 6
|
|
||||||
6 17 5 1 2 7
|
|
||||||
7 18 10 1 2 3
|
|
||||||
8 19 10 1 2 6
|
|
||||||
9 19 10 1 2 7
|
|
||||||
10 20 2 1 10 9
|
|
||||||
11 21 2 1 10 11
|
|
||||||
12 22 2 1 10 12
|
|
||||||
13 23 4 1 10 9
|
|
||||||
14 24 4 1 10 11
|
|
||||||
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|
|
||||||
16 23 5 1 10 9
|
|
||||||
17 24 5 1 10 11
|
|
||||||
18 25 5 1 10 12
|
|
||||||
19 26 1 2 3 16
|
|
||||||
20 27 1 2 3 17
|
|
||||||
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|
|
||||||
22 4 16 3 2 6
|
|
||||||
23 2 6 2 3 17
|
|
||||||
24 2 6 2 3 18
|
|
||||||
25 4 16 3 2 7
|
|
||||||
26 2 7 2 3 17
|
|
||||||
27 2 7 2 3 18
|
|
||||||
28 14 8 9 10 11
|
|
||||||
29 12 8 9 10 12
|
|
||||||
30 28 8 9 10 1
|
|
||||||
31 15 13 9 10 11
|
|
||||||
32 13 13 9 10 12
|
|
||||||
33 29 13 9 10 1
|
|
||||||
34 15 14 9 10 11
|
|
||||||
35 13 14 9 10 12
|
|
||||||
36 29 14 9 10 1
|
|
||||||
37 10 9 10 12 15
|
|
||||||
38 11 11 10 12 15
|
|
||||||
39 30 1 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 2 1 4 5
|
|
||||||
2 1 2 1 4 10
|
|
||||||
3 1 2 1 5 10
|
|
||||||
4 1 4 1 5 10
|
|
||||||
5 1 1 2 3 6
|
|
||||||
6 1 1 2 3 7
|
|
||||||
7 1 1 2 6 7
|
|
||||||
8 1 3 2 6 7
|
|
||||||
9 1 2 3 16 17
|
|
||||||
10 1 2 3 16 18
|
|
||||||
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|
|
||||||
12 1 16 3 17 18
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
15 1 8 9 13 14
|
|
||||||
16 1 13 9 14 10
|
|
||||||
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|
|
||||||
18 1 1 10 9 11
|
|
||||||
19 1 1 10 9 12
|
|
||||||
20 1 1 10 11 12
|
|
||||||
@ -0,0 +1,187 @@
|
|||||||
|
this is a molecule template for: initial nylon crosslink, post-reacting
|
||||||
|
|
||||||
|
18 atoms
|
||||||
|
17 bonds
|
||||||
|
31 angles
|
||||||
|
39 dihedrals
|
||||||
|
0 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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||||||
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||||||
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||||||
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|
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||||||
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18 -7.153308038 0.284949373 -0.289930394
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||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n
|
||||||
|
2 c2
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 hn
|
||||||
|
5 hn
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 c2
|
||||||
|
9 c2
|
||||||
|
10 c_1
|
||||||
|
11 o_1
|
||||||
|
12 o
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 hc
|
||||||
|
15 ho
|
||||||
|
16 c2
|
||||||
|
17 hc
|
||||||
|
18 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.300000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.000000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.300000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 0.000000
|
||||||
|
16 0.000000
|
||||||
|
17 0.000000
|
||||||
|
18 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n-c2 1 2
|
||||||
|
2 n-hn 1 4
|
||||||
|
3 n-hn 1 5
|
||||||
|
4 n-c_1 1 10
|
||||||
|
5 c2-c2 2 3
|
||||||
|
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|
||||||
|
7 c2-hc 2 7
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
10 c2-hc 3 18
|
||||||
|
11 c2-c2 8 9
|
||||||
|
12 c2-c_1 9 10
|
||||||
|
13 c2-hc 9 13
|
||||||
|
14 c2-hc 9 14
|
||||||
|
15 c_1-o_1 10 11
|
||||||
|
16 c_1-o 10 12
|
||||||
|
17 o-ho 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-n-hn 2 1 4
|
||||||
|
2 c2-n-hn 2 1 5
|
||||||
|
3 c2-n-c_1 2 1 10
|
||||||
|
4 hn-n-hn 4 1 5
|
||||||
|
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|
||||||
|
6 hn-n-c_1 5 1 10
|
||||||
|
7 n-c2-c2 1 2 3
|
||||||
|
8 n-c2-hc 1 2 6
|
||||||
|
9 n-c2-hc 1 2 7
|
||||||
|
10 c2-c2-hc 3 2 6
|
||||||
|
11 c2-c2-hc 3 2 7
|
||||||
|
12 hc-c2-hc 6 2 7
|
||||||
|
13 c2-c2-c2 2 3 16
|
||||||
|
14 c2-c2-hc 2 3 17
|
||||||
|
15 c2-c2-hc 2 3 18
|
||||||
|
16 c2-c2-hc 16 3 17
|
||||||
|
17 c2-c2-hc 16 3 18
|
||||||
|
18 hc-c2-hc 17 3 18
|
||||||
|
19 c2-c2-c_1 8 9 10
|
||||||
|
20 c2-c2-hc 8 9 13
|
||||||
|
21 c2-c2-hc 8 9 14
|
||||||
|
22 hc-c2-c_1 13 9 10
|
||||||
|
23 hc-c2-c_1 14 9 10
|
||||||
|
24 hc-c2-hc 13 9 14
|
||||||
|
25 c2-c_1-o_1 9 10 11
|
||||||
|
26 c2-c_1-o 9 10 12
|
||||||
|
27 n-c_1-c2 1 10 9
|
||||||
|
28 o_1-c_1-o 11 10 12
|
||||||
|
29 n-c_1-o_1 1 10 11
|
||||||
|
30 n-c_1-o 1 10 12
|
||||||
|
31 c_1-o-ho 10 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hn-n-c2-c2 4 1 2 3
|
||||||
|
2 hn-n-c2-hc 4 1 2 6
|
||||||
|
3 hn-n-c2-hc 4 1 2 7
|
||||||
|
4 hn-n-c2-c2 5 1 2 3
|
||||||
|
5 hn-n-c2-hc 5 1 2 6
|
||||||
|
6 hn-n-c2-hc 5 1 2 7
|
||||||
|
7 c_1-n-c2-c2 10 1 2 3
|
||||||
|
8 c_1-n-c2-hc 10 1 2 6
|
||||||
|
9 c_1-n-c2-hc 10 1 2 7
|
||||||
|
10 c2-n-c_1-c2 2 1 10 9
|
||||||
|
11 c2-n-c_1-o_1 2 1 10 11
|
||||||
|
12 c2-n-c_1-o 2 1 10 12
|
||||||
|
13 hn-n-c_1-c2 4 1 10 9
|
||||||
|
14 hn-n-c_1-o_1 4 1 10 11
|
||||||
|
15 hn-n-c_1-o 4 1 10 12
|
||||||
|
16 hn-n-c_1-c2 5 1 10 9
|
||||||
|
17 hn-n-c_1-o_1 5 1 10 11
|
||||||
|
18 hn-n-c_1-o 5 1 10 12
|
||||||
|
19 n-c2-c2-c2 1 2 3 16
|
||||||
|
20 n-c2-c2-hc 1 2 3 17
|
||||||
|
21 n-c2-c2-hc 1 2 3 18
|
||||||
|
22 c2-c2-c2-hc 16 3 2 6
|
||||||
|
23 hc-c2-c2-hc 6 2 3 17
|
||||||
|
24 hc-c2-c2-hc 6 2 3 18
|
||||||
|
25 c2-c2-c2-hc 16 3 2 7
|
||||||
|
26 hc-c2-c2-hc 7 2 3 17
|
||||||
|
27 hc-c2-c2-hc 7 2 3 18
|
||||||
|
28 c2-c2-c_1-o_1 8 9 10 11
|
||||||
|
29 c2-c2-c_1-o 8 9 10 12
|
||||||
|
30 c2-c2-c_1-n 8 9 10 1
|
||||||
|
31 hc-c2-c_1-o_1 13 9 10 11
|
||||||
|
32 hc-c2-c_1-o 13 9 10 12
|
||||||
|
33 hc-c2-c_1-n 13 9 10 1
|
||||||
|
34 hc-c2-c_1-o_1 14 9 10 11
|
||||||
|
35 hc-c2-c_1-o 14 9 10 12
|
||||||
|
36 hc-c2-c_1-n 14 9 10 1
|
||||||
|
37 c2-c_1-o-ho 9 10 12 15
|
||||||
|
38 o_1-c_1-o-ho 11 10 12 15
|
||||||
|
39 n-c_1-o-ho 1 10 12 15
|
||||||
@ -1,160 +0,0 @@
|
|||||||
this is a molecule template for: initial nylon crosslink, pre-reacting
|
|
||||||
|
|
||||||
18 atoms
|
|
||||||
16 bonds
|
|
||||||
25 angles
|
|
||||||
23 dihedrals
|
|
||||||
14 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 2
|
|
||||||
2 1
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 4
|
|
||||||
5 4
|
|
||||||
6 3
|
|
||||||
7 3
|
|
||||||
8 1
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 5
|
|
||||||
11 8
|
|
||||||
12 6
|
|
||||||
13 3
|
|
||||||
14 3
|
|
||||||
15 7
|
|
||||||
16 1
|
|
||||||
17 3
|
|
||||||
18 3
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.300000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.000000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.300000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 0.000000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 0.000000
|
|
||||||
16 0.000000
|
|
||||||
17 0.000000
|
|
||||||
18 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -4.922858 -0.946982 1.146055
|
|
||||||
2 -5.047195 -0.935267 -0.358173
|
|
||||||
3 -6.526281 -0.755366 -0.743523
|
|
||||||
4 -5.282604 0.020447 1.552710
|
|
||||||
5 -3.860697 -1.095850 1.428305
|
|
||||||
6 -4.662382 -1.920900 -0.781524
|
|
||||||
7 -4.433977 -0.072765 -0.784071
|
|
||||||
8 -5.506279 0.202610 4.825816
|
|
||||||
9 -4.449177 -0.844592 4.423366
|
|
||||||
10 -4.103916 -0.749629 2.925195
|
|
||||||
11 -3.376249 -1.886171 2.245643
|
|
||||||
12 -4.493235 0.477214 2.137199
|
|
||||||
13 -4.849053 -1.888877 4.663994
|
|
||||||
14 -3.491823 -0.662913 5.018510
|
|
||||||
15 -5.020777 1.189745 2.805427
|
|
||||||
16 -3.964987 2.900602 -1.551341
|
|
||||||
17 -4.460694 2.836102 0.668882
|
|
||||||
18 -4.828494 3.219656 -0.122111
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 12 1 2
|
|
||||||
2 4 1 4
|
|
||||||
3 4 1 5
|
|
||||||
4 1 2 3
|
|
||||||
5 2 2 6
|
|
||||||
6 2 2 7
|
|
||||||
7 1 3 16
|
|
||||||
8 2 3 17
|
|
||||||
9 2 3 18
|
|
||||||
10 1 8 9
|
|
||||||
11 6 9 10
|
|
||||||
12 2 9 13
|
|
||||||
13 2 9 14
|
|
||||||
14 7 10 11
|
|
||||||
15 5 10 12
|
|
||||||
16 8 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 6 2 1 4
|
|
||||||
2 6 2 1 5
|
|
||||||
3 7 4 1 5
|
|
||||||
4 24 1 2 3
|
|
||||||
5 5 1 2 6
|
|
||||||
6 5 1 2 7
|
|
||||||
7 1 3 2 6
|
|
||||||
8 1 3 2 7
|
|
||||||
9 3 6 2 7
|
|
||||||
10 2 2 3 16
|
|
||||||
11 1 2 3 17
|
|
||||||
12 1 2 3 18
|
|
||||||
13 1 16 3 17
|
|
||||||
14 1 16 3 18
|
|
||||||
15 3 17 3 18
|
|
||||||
16 12 8 9 10
|
|
||||||
17 1 8 9 13
|
|
||||||
18 1 8 9 14
|
|
||||||
19 13 13 9 10
|
|
||||||
20 13 14 9 10
|
|
||||||
21 3 13 9 14
|
|
||||||
22 10 9 10 11
|
|
||||||
23 8 9 10 12
|
|
||||||
24 21 11 10 12
|
|
||||||
25 11 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 31 4 1 2 3
|
|
||||||
2 32 4 1 2 6
|
|
||||||
3 32 4 1 2 7
|
|
||||||
4 31 5 1 2 3
|
|
||||||
5 32 5 1 2 6
|
|
||||||
6 32 5 1 2 7
|
|
||||||
7 33 1 2 3 16
|
|
||||||
8 1 1 2 3 17
|
|
||||||
9 1 1 2 3 18
|
|
||||||
10 4 16 3 2 6
|
|
||||||
11 2 6 2 3 17
|
|
||||||
12 2 6 2 3 18
|
|
||||||
13 4 16 3 2 7
|
|
||||||
14 2 7 2 3 17
|
|
||||||
15 2 7 2 3 18
|
|
||||||
16 14 8 9 10 11
|
|
||||||
17 12 8 9 10 12
|
|
||||||
18 15 13 9 10 11
|
|
||||||
19 13 13 9 10 12
|
|
||||||
20 15 14 9 10 11
|
|
||||||
21 13 14 9 10 12
|
|
||||||
22 10 9 10 12 15
|
|
||||||
23 11 11 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 2 1 4 5
|
|
||||||
2 9 9 10 11 12
|
|
||||||
3 1 1 2 3 6
|
|
||||||
4 1 1 2 3 7
|
|
||||||
5 1 1 2 6 7
|
|
||||||
6 1 3 2 6 7
|
|
||||||
7 1 2 3 16 17
|
|
||||||
8 1 2 3 16 18
|
|
||||||
9 1 2 3 17 18
|
|
||||||
10 1 16 3 17 18
|
|
||||||
11 1 8 9 13 10
|
|
||||||
12 1 8 9 14 10
|
|
||||||
13 1 8 9 13 14
|
|
||||||
14 1 13 9 14 10
|
|
||||||
@ -0,0 +1,169 @@
|
|||||||
|
this is a molecule template for: initial nylon crosslink, pre-reacting
|
||||||
|
|
||||||
|
18 atoms
|
||||||
|
16 bonds
|
||||||
|
25 angles
|
||||||
|
23 dihedrals
|
||||||
|
2 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -4.922858499 -0.946981747 1.146055346
|
||||||
|
2 -5.047194816 -0.935266843 -0.358172771
|
||||||
|
3 -6.526281447 -0.755365854 -0.743523227
|
||||||
|
4 -5.282604074 0.020446894 1.552710361
|
||||||
|
5 -3.860696509 -1.095850190 1.428304925
|
||||||
|
6 -4.662381862 -1.920899862 -0.781524026
|
||||||
|
7 -4.433976540 -0.072765142 -0.784070641
|
||||||
|
8 -5.506279186 0.202610302 4.825815562
|
||||||
|
9 -4.449176624 -0.844592213 4.423366146
|
||||||
|
10 -4.103915981 -0.749628655 2.925195217
|
||||||
|
11 -3.376248536 -1.886171498 2.245643443
|
||||||
|
12 -4.493235430 0.477213651 2.137199034
|
||||||
|
13 -4.849052953 -1.888876753 4.663993750
|
||||||
|
14 -3.491822950 -0.662913310 5.018510248
|
||||||
|
15 -5.020776528 1.189745133 2.805427194
|
||||||
|
16 -3.964987378 2.900602044 -1.551341170
|
||||||
|
17 -4.460693773 2.836101897 0.668881952
|
||||||
|
18 -4.828494000 3.219655862 -0.122111278
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 na
|
||||||
|
2 c2
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 hn
|
||||||
|
5 hn
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 c2
|
||||||
|
9 c2
|
||||||
|
10 c_1
|
||||||
|
11 o_1
|
||||||
|
12 o
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 hc
|
||||||
|
15 ho
|
||||||
|
16 c2
|
||||||
|
17 hc
|
||||||
|
18 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.300000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.000000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.300000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 0.000000
|
||||||
|
16 0.000000
|
||||||
|
17 0.000000
|
||||||
|
18 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 na-c2 1 2
|
||||||
|
2 na-hn 1 4
|
||||||
|
3 na-hn 1 5
|
||||||
|
4 c2-c2 2 3
|
||||||
|
5 c2-hc 2 6
|
||||||
|
6 c2-hc 2 7
|
||||||
|
7 c2-c2 3 16
|
||||||
|
8 c2-hc 3 17
|
||||||
|
9 c2-hc 3 18
|
||||||
|
10 c2-c2 8 9
|
||||||
|
11 c2-c_1 9 10
|
||||||
|
12 c2-hc 9 13
|
||||||
|
13 c2-hc 9 14
|
||||||
|
14 c_1-o_1 10 11
|
||||||
|
15 c_1-o 10 12
|
||||||
|
16 o-ho 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-na-hn 2 1 4
|
||||||
|
2 c2-na-hn 2 1 5
|
||||||
|
3 hn-na-hn 4 1 5
|
||||||
|
4 na-c2-c2 1 2 3
|
||||||
|
5 na-c2-hc 1 2 6
|
||||||
|
6 na-c2-hc 1 2 7
|
||||||
|
7 c2-c2-hc 3 2 6
|
||||||
|
8 c2-c2-hc 3 2 7
|
||||||
|
9 hc-c2-hc 6 2 7
|
||||||
|
10 c2-c2-c2 2 3 16
|
||||||
|
11 c2-c2-hc 2 3 17
|
||||||
|
12 c2-c2-hc 2 3 18
|
||||||
|
13 c2-c2-hc 16 3 17
|
||||||
|
14 c2-c2-hc 16 3 18
|
||||||
|
15 hc-c2-hc 17 3 18
|
||||||
|
16 c2-c2-c_1 8 9 10
|
||||||
|
17 c2-c2-hc 8 9 13
|
||||||
|
18 c2-c2-hc 8 9 14
|
||||||
|
19 hc-c2-c_1 13 9 10
|
||||||
|
20 hc-c2-c_1 14 9 10
|
||||||
|
21 hc-c2-hc 13 9 14
|
||||||
|
22 c2-c_1-o_1 9 10 11
|
||||||
|
23 c2-c_1-o 9 10 12
|
||||||
|
24 o_1-c_1-o 11 10 12
|
||||||
|
25 c_1-o-ho 10 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hn-na-c2-c2 4 1 2 3
|
||||||
|
2 hn-na-c2-hc 4 1 2 6
|
||||||
|
3 hn-na-c2-hc 4 1 2 7
|
||||||
|
4 hn-na-c2-c2 5 1 2 3
|
||||||
|
5 hn-na-c2-hc 5 1 2 6
|
||||||
|
6 hn-na-c2-hc 5 1 2 7
|
||||||
|
7 na-c2-c2-c2 1 2 3 16
|
||||||
|
8 na-c2-c2-hc 1 2 3 17
|
||||||
|
9 na-c2-c2-hc 1 2 3 18
|
||||||
|
10 c2-c2-c2-hc 16 3 2 6
|
||||||
|
11 hc-c2-c2-hc 6 2 3 17
|
||||||
|
12 hc-c2-c2-hc 6 2 3 18
|
||||||
|
13 c2-c2-c2-hc 16 3 2 7
|
||||||
|
14 hc-c2-c2-hc 7 2 3 17
|
||||||
|
15 hc-c2-c2-hc 7 2 3 18
|
||||||
|
16 c2-c2-c_1-o_1 8 9 10 11
|
||||||
|
17 c2-c2-c_1-o 8 9 10 12
|
||||||
|
18 hc-c2-c_1-o_1 13 9 10 11
|
||||||
|
19 hc-c2-c_1-o 13 9 10 12
|
||||||
|
20 hc-c2-c_1-o_1 14 9 10 11
|
||||||
|
21 hc-c2-c_1-o 14 9 10 12
|
||||||
|
22 c2-c_1-o-ho 9 10 12 15
|
||||||
|
23 o_1-c_1-o-ho 11 10 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-na-hn-hn 2 1 4 5
|
||||||
|
2 c2-c_1-o_1-o 9 10 11 12
|
||||||
@ -1,131 +0,0 @@
|
|||||||
this is a molecule template for: water condensation, post-reacting
|
|
||||||
|
|
||||||
15 atoms
|
|
||||||
13 bonds
|
|
||||||
19 angles
|
|
||||||
16 dihedrals
|
|
||||||
10 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 9
|
|
||||||
2 1
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 10
|
|
||||||
5 4
|
|
||||||
6 3
|
|
||||||
7 3
|
|
||||||
8 1
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 5
|
|
||||||
11 8
|
|
||||||
12 11
|
|
||||||
13 3
|
|
||||||
14 3
|
|
||||||
15 10
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.300000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.410000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.300000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 -0.820000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 0.410000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -4.856280 -1.050468 1.432625
|
|
||||||
2 -5.047195 -0.935267 -0.358173
|
|
||||||
3 -6.526281 -0.755366 -0.743523
|
|
||||||
4 -5.282604 0.020447 1.552710
|
|
||||||
5 -3.860697 -1.095850 1.428305
|
|
||||||
6 -4.662382 -1.920900 -0.781524
|
|
||||||
7 -4.433977 -0.072765 -0.784071
|
|
||||||
8 -5.506279 0.202610 4.825816
|
|
||||||
9 -4.449177 -0.844592 4.423366
|
|
||||||
10 -4.103916 -0.749629 2.925195
|
|
||||||
11 -3.376249 -1.886171 2.245643
|
|
||||||
12 -4.493235 0.477214 2.137199
|
|
||||||
13 -4.849053 -1.888877 4.663994
|
|
||||||
14 -3.491823 -0.662913 5.018510
|
|
||||||
15 -5.020777 1.189745 2.805427
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 9 1 2
|
|
||||||
2 10 1 5
|
|
||||||
3 11 1 10
|
|
||||||
4 1 2 3
|
|
||||||
5 2 2 6
|
|
||||||
6 2 2 7
|
|
||||||
7 13 4 12
|
|
||||||
8 1 8 9
|
|
||||||
9 6 9 10
|
|
||||||
10 2 9 13
|
|
||||||
11 2 9 14
|
|
||||||
12 7 10 11
|
|
||||||
13 13 15 12
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 14 2 1 5
|
|
||||||
2 15 2 1 10
|
|
||||||
3 17 5 1 10
|
|
||||||
4 18 1 2 3
|
|
||||||
5 19 1 2 6
|
|
||||||
6 19 1 2 7
|
|
||||||
7 1 3 2 6
|
|
||||||
8 1 3 2 7
|
|
||||||
9 3 6 2 7
|
|
||||||
10 12 8 9 10
|
|
||||||
11 1 8 9 13
|
|
||||||
12 1 8 9 14
|
|
||||||
13 13 13 9 10
|
|
||||||
14 13 14 9 10
|
|
||||||
15 3 13 9 14
|
|
||||||
16 10 9 10 11
|
|
||||||
17 20 1 10 9
|
|
||||||
18 22 1 10 11
|
|
||||||
19 25 15 12 4
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 16 5 1 2 3
|
|
||||||
2 17 5 1 2 6
|
|
||||||
3 17 5 1 2 7
|
|
||||||
4 18 10 1 2 3
|
|
||||||
5 19 10 1 2 6
|
|
||||||
6 19 10 1 2 7
|
|
||||||
7 20 2 1 10 9
|
|
||||||
8 21 2 1 10 11
|
|
||||||
9 23 5 1 10 9
|
|
||||||
10 24 5 1 10 11
|
|
||||||
11 14 8 9 10 11
|
|
||||||
12 28 8 9 10 1
|
|
||||||
13 15 13 9 10 11
|
|
||||||
14 29 13 9 10 1
|
|
||||||
15 15 14 9 10 11
|
|
||||||
16 29 14 9 10 1
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 10 2 1 5 10
|
|
||||||
2 11 1 10 9 11
|
|
||||||
3 1 1 2 3 6
|
|
||||||
4 1 1 2 3 7
|
|
||||||
5 1 1 2 6 7
|
|
||||||
6 1 3 2 6 7
|
|
||||||
7 1 8 9 13 10
|
|
||||||
8 1 8 9 14 10
|
|
||||||
9 1 8 9 13 14
|
|
||||||
10 1 13 9 14 10
|
|
||||||
@ -0,0 +1,141 @@
|
|||||||
|
this is a molecule template for: water condensation, post-reacting
|
||||||
|
|
||||||
|
15 atoms
|
||||||
|
13 bonds
|
||||||
|
19 angles
|
||||||
|
16 dihedrals
|
||||||
|
2 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -4.856280281 -1.050467974 1.432625159
|
||||||
|
2 -5.047194816 -0.935266843 -0.358172771
|
||||||
|
3 -6.526281447 -0.755365854 -0.743523227
|
||||||
|
4 -5.282604074 0.020446894 1.552710361
|
||||||
|
5 -3.860696509 -1.095850190 1.428304925
|
||||||
|
6 -4.662381862 -1.920899862 -0.781524026
|
||||||
|
7 -4.433976540 -0.072765142 -0.784070641
|
||||||
|
8 -5.506279186 0.202610302 4.825815562
|
||||||
|
9 -4.449176624 -0.844592213 4.423366146
|
||||||
|
10 -4.103915981 -0.749628655 2.925195217
|
||||||
|
11 -3.376248536 -1.886171498 2.245643443
|
||||||
|
12 -4.493235430 0.477213651 2.137199034
|
||||||
|
13 -4.849052953 -1.888876753 4.663993750
|
||||||
|
14 -3.491822950 -0.662913310 5.018510248
|
||||||
|
15 -5.020776528 1.189745133 2.805427194
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n
|
||||||
|
2 c2
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 hw
|
||||||
|
5 hn
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 c2
|
||||||
|
9 c2
|
||||||
|
10 c_1
|
||||||
|
11 o_1
|
||||||
|
12 o*
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 hc
|
||||||
|
15 hw
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.300000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.410000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.300000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 -0.820000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 0.410000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n-c2 1 2
|
||||||
|
2 n-hn 1 5
|
||||||
|
3 n-c_1 1 10
|
||||||
|
4 c2-c2 2 3
|
||||||
|
5 c2-hc 2 6
|
||||||
|
6 c2-hc 2 7
|
||||||
|
7 hw-o* 4 12
|
||||||
|
8 c2-c2 8 9
|
||||||
|
9 c2-c_1 9 10
|
||||||
|
10 c2-hc 9 13
|
||||||
|
11 c2-hc 9 14
|
||||||
|
12 c_1-o_1 10 11
|
||||||
|
13 hw-o* 15 12
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-n-hn 2 1 5
|
||||||
|
2 c2-n-c_1 2 1 10
|
||||||
|
3 hn-n-c_1 5 1 10
|
||||||
|
4 n-c2-c2 1 2 3
|
||||||
|
5 n-c2-hc 1 2 6
|
||||||
|
6 n-c2-hc 1 2 7
|
||||||
|
7 c2-c2-hc 3 2 6
|
||||||
|
8 c2-c2-hc 3 2 7
|
||||||
|
9 hc-c2-hc 6 2 7
|
||||||
|
10 c2-c2-c_1 8 9 10
|
||||||
|
11 c2-c2-hc 8 9 13
|
||||||
|
12 c2-c2-hc 8 9 14
|
||||||
|
13 hc-c2-c_1 13 9 10
|
||||||
|
14 hc-c2-c_1 14 9 10
|
||||||
|
15 hc-c2-hc 13 9 14
|
||||||
|
16 c2-c_1-o_1 9 10 11
|
||||||
|
17 n-c_1-c2 1 10 9
|
||||||
|
18 n-c_1-o_1 1 10 11
|
||||||
|
19 hw-o*-hw 15 12 4
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hn-n-c2-c2 5 1 2 3
|
||||||
|
2 hn-n-c2-hc 5 1 2 6
|
||||||
|
3 hn-n-c2-hc 5 1 2 7
|
||||||
|
4 c_1-n-c2-c2 10 1 2 3
|
||||||
|
5 c_1-n-c2-hc 10 1 2 6
|
||||||
|
6 c_1-n-c2-hc 10 1 2 7
|
||||||
|
7 c2-n-c_1-c2 2 1 10 9
|
||||||
|
8 c2-n-c_1-o_1 2 1 10 11
|
||||||
|
9 hn-n-c_1-c2 5 1 10 9
|
||||||
|
10 hn-n-c_1-o_1 5 1 10 11
|
||||||
|
11 c2-c2-c_1-o_1 8 9 10 11
|
||||||
|
12 c2-c2-c_1-n 8 9 10 1
|
||||||
|
13 hc-c2-c_1-o_1 13 9 10 11
|
||||||
|
14 hc-c2-c_1-n 13 9 10 1
|
||||||
|
15 hc-c2-c_1-o_1 14 9 10 11
|
||||||
|
16 hc-c2-c_1-n 14 9 10 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-n-hn-c_1 2 1 5 10
|
||||||
|
2 n-c_1-c2-o_1 1 10 9 11
|
||||||
@ -1,158 +0,0 @@
|
|||||||
this is a molecule template for: water condensation, pre-reacting
|
|
||||||
|
|
||||||
15 atoms
|
|
||||||
14 bonds
|
|
||||||
25 angles
|
|
||||||
30 dihedrals
|
|
||||||
16 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 9
|
|
||||||
2 1
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 4
|
|
||||||
5 4
|
|
||||||
6 3
|
|
||||||
7 3
|
|
||||||
8 1
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 5
|
|
||||||
11 8
|
|
||||||
12 6
|
|
||||||
13 3
|
|
||||||
14 3
|
|
||||||
15 7
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.300000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.000000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -4.922858 -0.946982 1.146055
|
|
||||||
2 -5.047195 -0.935267 -0.358173
|
|
||||||
3 -6.526281 -0.755366 -0.743523
|
|
||||||
4 -5.282604 0.020447 1.552710
|
|
||||||
5 -3.860697 -1.095850 1.428305
|
|
||||||
6 -4.662382 -1.920900 -0.781524
|
|
||||||
7 -4.433977 -0.072765 -0.784071
|
|
||||||
8 -5.506279 0.202610 4.825816
|
|
||||||
9 -4.449177 -0.844592 4.423366
|
|
||||||
10 -4.103916 -0.749629 2.925195
|
|
||||||
11 -3.376249 -1.886171 2.245643
|
|
||||||
12 -4.493235 0.477214 2.137199
|
|
||||||
13 -4.849053 -1.888877 4.663994
|
|
||||||
14 -3.491823 -0.662913 5.018510
|
|
||||||
15 -5.020777 1.189745 2.805427
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 9 1 2
|
|
||||||
2 10 1 4
|
|
||||||
3 10 1 5
|
|
||||||
4 11 1 10
|
|
||||||
5 1 2 3
|
|
||||||
6 2 2 6
|
|
||||||
7 2 2 7
|
|
||||||
8 1 8 9
|
|
||||||
9 6 9 10
|
|
||||||
10 2 9 13
|
|
||||||
11 2 9 14
|
|
||||||
12 7 10 11
|
|
||||||
13 5 10 12
|
|
||||||
14 8 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 14 2 1 4
|
|
||||||
2 14 2 1 5
|
|
||||||
3 15 2 1 10
|
|
||||||
4 16 4 1 5
|
|
||||||
5 17 4 1 10
|
|
||||||
6 17 5 1 10
|
|
||||||
7 18 1 2 3
|
|
||||||
8 19 1 2 6
|
|
||||||
9 19 1 2 7
|
|
||||||
10 1 3 2 6
|
|
||||||
11 1 3 2 7
|
|
||||||
12 3 6 2 7
|
|
||||||
13 12 8 9 10
|
|
||||||
14 1 8 9 13
|
|
||||||
15 1 8 9 14
|
|
||||||
16 13 13 9 10
|
|
||||||
17 13 14 9 10
|
|
||||||
18 3 13 9 14
|
|
||||||
19 10 9 10 11
|
|
||||||
20 8 9 10 12
|
|
||||||
21 20 1 10 9
|
|
||||||
22 21 11 10 12
|
|
||||||
23 22 1 10 11
|
|
||||||
24 23 1 10 12
|
|
||||||
25 11 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 16 4 1 2 3
|
|
||||||
2 17 4 1 2 6
|
|
||||||
3 17 4 1 2 7
|
|
||||||
4 16 5 1 2 3
|
|
||||||
5 17 5 1 2 6
|
|
||||||
6 17 5 1 2 7
|
|
||||||
7 18 10 1 2 3
|
|
||||||
8 19 10 1 2 6
|
|
||||||
9 19 10 1 2 7
|
|
||||||
10 20 2 1 10 9
|
|
||||||
11 21 2 1 10 11
|
|
||||||
12 22 2 1 10 12
|
|
||||||
13 23 4 1 10 9
|
|
||||||
14 24 4 1 10 11
|
|
||||||
15 25 4 1 10 12
|
|
||||||
16 23 5 1 10 9
|
|
||||||
17 24 5 1 10 11
|
|
||||||
18 25 5 1 10 12
|
|
||||||
19 14 8 9 10 11
|
|
||||||
20 12 8 9 10 12
|
|
||||||
21 28 8 9 10 1
|
|
||||||
22 15 13 9 10 11
|
|
||||||
23 13 13 9 10 12
|
|
||||||
24 29 13 9 10 1
|
|
||||||
25 15 14 9 10 11
|
|
||||||
26 13 14 9 10 12
|
|
||||||
27 29 14 9 10 1
|
|
||||||
28 10 9 10 12 15
|
|
||||||
29 11 11 10 12 15
|
|
||||||
30 30 1 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 2 1 4 5
|
|
||||||
2 1 2 1 4 10
|
|
||||||
3 1 2 1 5 10
|
|
||||||
4 1 4 1 5 10
|
|
||||||
5 1 1 2 3 6
|
|
||||||
6 1 1 2 3 7
|
|
||||||
7 1 1 2 6 7
|
|
||||||
8 1 3 2 6 7
|
|
||||||
9 1 8 9 13 10
|
|
||||||
10 1 8 9 14 10
|
|
||||||
11 1 8 9 13 14
|
|
||||||
12 1 13 9 14 10
|
|
||||||
13 1 9 10 11 12
|
|
||||||
14 1 1 10 9 11
|
|
||||||
15 1 1 10 9 12
|
|
||||||
16 1 1 10 11 12
|
|
||||||
@ -0,0 +1,157 @@
|
|||||||
|
this is a molecule template for: water condensation, pre-reacting
|
||||||
|
|
||||||
|
15 atoms
|
||||||
|
14 bonds
|
||||||
|
25 angles
|
||||||
|
30 dihedrals
|
||||||
|
0 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -4.922858499 -0.946981747 1.146055346
|
||||||
|
2 -5.047194816 -0.935266843 -0.358172771
|
||||||
|
3 -6.526281447 -0.755365854 -0.743523227
|
||||||
|
4 -5.282604074 0.020446894 1.552710361
|
||||||
|
5 -3.860696509 -1.095850190 1.428304925
|
||||||
|
6 -4.662381862 -1.920899862 -0.781524026
|
||||||
|
7 -4.433976540 -0.072765142 -0.784070641
|
||||||
|
8 -5.506279186 0.202610302 4.825815562
|
||||||
|
9 -4.449176624 -0.844592213 4.423366146
|
||||||
|
10 -4.103915981 -0.749628655 2.925195217
|
||||||
|
11 -3.376248536 -1.886171498 2.245643443
|
||||||
|
12 -4.493235430 0.477213651 2.137199034
|
||||||
|
13 -4.849052953 -1.888876753 4.663993750
|
||||||
|
14 -3.491822950 -0.662913310 5.018510248
|
||||||
|
15 -5.020776528 1.189745133 2.805427194
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n
|
||||||
|
2 c2
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 hn
|
||||||
|
5 hn
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 c2
|
||||||
|
9 c2
|
||||||
|
10 c_1
|
||||||
|
11 o_1
|
||||||
|
12 o
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 hc
|
||||||
|
15 ho
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.300000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.000000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.300000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n-c2 1 2
|
||||||
|
2 n-hn 1 4
|
||||||
|
3 n-hn 1 5
|
||||||
|
4 n-c_1 1 10
|
||||||
|
5 c2-c2 2 3
|
||||||
|
6 c2-hc 2 6
|
||||||
|
7 c2-hc 2 7
|
||||||
|
8 c2-c2 8 9
|
||||||
|
9 c2-c_1 9 10
|
||||||
|
10 c2-hc 9 13
|
||||||
|
11 c2-hc 9 14
|
||||||
|
12 c_1-o_1 10 11
|
||||||
|
13 c_1-o 10 12
|
||||||
|
14 o-ho 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-n-hn 2 1 4
|
||||||
|
2 c2-n-hn 2 1 5
|
||||||
|
3 c2-n-c_1 2 1 10
|
||||||
|
4 hn-n-hn 4 1 5
|
||||||
|
5 hn-n-c_1 4 1 10
|
||||||
|
6 hn-n-c_1 5 1 10
|
||||||
|
7 n-c2-c2 1 2 3
|
||||||
|
8 n-c2-hc 1 2 6
|
||||||
|
9 n-c2-hc 1 2 7
|
||||||
|
10 c2-c2-hc 3 2 6
|
||||||
|
11 c2-c2-hc 3 2 7
|
||||||
|
12 hc-c2-hc 6 2 7
|
||||||
|
13 c2-c2-c_1 8 9 10
|
||||||
|
14 c2-c2-hc 8 9 13
|
||||||
|
15 c2-c2-hc 8 9 14
|
||||||
|
16 hc-c2-c_1 13 9 10
|
||||||
|
17 hc-c2-c_1 14 9 10
|
||||||
|
18 hc-c2-hc 13 9 14
|
||||||
|
19 c2-c_1-o_1 9 10 11
|
||||||
|
20 c2-c_1-o 9 10 12
|
||||||
|
21 n-c_1-c2 1 10 9
|
||||||
|
22 o_1-c_1-o 11 10 12
|
||||||
|
23 n-c_1-o_1 1 10 11
|
||||||
|
24 n-c_1-o 1 10 12
|
||||||
|
25 c_1-o-ho 10 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hn-n-c2-c2 4 1 2 3
|
||||||
|
2 hn-n-c2-hc 4 1 2 6
|
||||||
|
3 hn-n-c2-hc 4 1 2 7
|
||||||
|
4 hn-n-c2-c2 5 1 2 3
|
||||||
|
5 hn-n-c2-hc 5 1 2 6
|
||||||
|
6 hn-n-c2-hc 5 1 2 7
|
||||||
|
7 c_1-n-c2-c2 10 1 2 3
|
||||||
|
8 c_1-n-c2-hc 10 1 2 6
|
||||||
|
9 c_1-n-c2-hc 10 1 2 7
|
||||||
|
10 c2-n-c_1-c2 2 1 10 9
|
||||||
|
11 c2-n-c_1-o_1 2 1 10 11
|
||||||
|
12 c2-n-c_1-o 2 1 10 12
|
||||||
|
13 hn-n-c_1-c2 4 1 10 9
|
||||||
|
14 hn-n-c_1-o_1 4 1 10 11
|
||||||
|
15 hn-n-c_1-o 4 1 10 12
|
||||||
|
16 hn-n-c_1-c2 5 1 10 9
|
||||||
|
17 hn-n-c_1-o_1 5 1 10 11
|
||||||
|
18 hn-n-c_1-o 5 1 10 12
|
||||||
|
19 c2-c2-c_1-o_1 8 9 10 11
|
||||||
|
20 c2-c2-c_1-o 8 9 10 12
|
||||||
|
21 c2-c2-c_1-n 8 9 10 1
|
||||||
|
22 hc-c2-c_1-o_1 13 9 10 11
|
||||||
|
23 hc-c2-c_1-o 13 9 10 12
|
||||||
|
24 hc-c2-c_1-n 13 9 10 1
|
||||||
|
25 hc-c2-c_1-o_1 14 9 10 11
|
||||||
|
26 hc-c2-c_1-o 14 9 10 12
|
||||||
|
27 hc-c2-c_1-n 14 9 10 1
|
||||||
|
28 c2-c_1-o-ho 9 10 12 15
|
||||||
|
29 o_1-c_1-o-ho 11 10 12 15
|
||||||
|
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|
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@ -21,12 +21,12 @@ read_data tiny_epoxy.data
|
|||||||
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|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
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|
molecule mol1 rxn1_stp1_pre.molecule_template
|
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molecule mol2 rxn1_stp1_post.data_template
|
molecule mol2 rxn1_stp1_post.molecule_template
|
||||||
molecule mol3 rxn1_stp2_post.data_template
|
molecule mol3 rxn1_stp2_post.molecule_template
|
||||||
molecule mol4 rxn2_stp1_pre.data_template
|
molecule mol4 rxn2_stp1_pre.molecule_template
|
||||||
molecule mol5 rxn2_stp1_post.data_template
|
molecule mol5 rxn2_stp1_post.molecule_template
|
||||||
molecule mol6 rxn2_stp2_post.data_template
|
molecule mol6 rxn2_stp2_post.molecule_template
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||||||
|
|
||||||
thermo 50
|
thermo 50
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||||||
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||||||
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|||||||
@ -1,172 +0,0 @@
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|||||||
LAMMPS (20 Nov 2019)
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||||||
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WARNING-WARNING-WARNING-WARNING-WARNING
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This LAMMPS executable was compiled using C++98 compatibility.
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||||||
Please report the compiler info below at https://github.com/lammps/lammps/issues/1659
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GNU C++ 4.8.5
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||||||
WARNING-WARNING-WARNING-WARNING-WARNING
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|
||||||
|
|
||||||
Reading data file ...
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|
||||||
orthogonal box = (10 -10 -15) to (30 20 10)
|
|
||||||
1 by 1 by 1 MPI processor grid
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|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
118 atoms
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
4 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
6 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
18 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
4 = max impropers/atom
|
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||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
123 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
221 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
302 dihedrals
|
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||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
115 impropers
|
|
||||||
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
|
||||||
special bond factors lj: 0 0 0
|
|
||||||
special bond factors coul: 0 0 0
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
10 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
19 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
22 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000286808 secs
|
|
||||||
read_data CPU = 0.00724107 secs
|
|
||||||
Read molecule mol1:
|
|
||||||
31 atoms with max type 10
|
|
||||||
30 bonds with max type 15
|
|
||||||
53 angles with max type 29
|
|
||||||
66 dihedrals with max type 39
|
|
||||||
31 impropers with max type 5
|
|
||||||
Read molecule mol2:
|
|
||||||
31 atoms with max type 10
|
|
||||||
30 bonds with max type 17
|
|
||||||
55 angles with max type 36
|
|
||||||
75 dihedrals with max type 51
|
|
||||||
34 impropers with max type 5
|
|
||||||
Read molecule mol3:
|
|
||||||
31 atoms with max type 11
|
|
||||||
30 bonds with max type 18
|
|
||||||
53 angles with max type 37
|
|
||||||
72 dihedrals with max type 53
|
|
||||||
31 impropers with max type 5
|
|
||||||
Read molecule mol4:
|
|
||||||
42 atoms with max type 11
|
|
||||||
41 bonds with max type 18
|
|
||||||
73 angles with max type 41
|
|
||||||
96 dihedrals with max type 54
|
|
||||||
43 impropers with max type 5
|
|
||||||
Read molecule mol5:
|
|
||||||
42 atoms with max type 11
|
|
||||||
41 bonds with max type 18
|
|
||||||
75 angles with max type 37
|
|
||||||
108 dihedrals with max type 53
|
|
||||||
46 impropers with max type 5
|
|
||||||
Read molecule mol6:
|
|
||||||
42 atoms with max type 11
|
|
||||||
41 bonds with max type 19
|
|
||||||
73 angles with max type 50
|
|
||||||
102 dihedrals with max type 66
|
|
||||||
43 impropers with max type 22
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10
|
|
||||||
binsize = 5, bins = 4 6 5
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Setting up Verlet run ...
|
|
||||||
Unit style : real
|
|
||||||
Current step : 0
|
|
||||||
Time step : 1
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 17.28 | 17.28 | 17.28 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp f_rxns[1] f_rxns[2] f_rxns[3] f_rxns[4]
|
|
||||||
0 300 0 0 0 0
|
|
||||||
50 391.52956 1 0 0 0
|
|
||||||
100 475.26826 1 1 0 0
|
|
||||||
150 605.26215 1 1 1 0
|
|
||||||
200 545.7485 1 1 1 0
|
|
||||||
250 461.64929 1 1 1 1
|
|
||||||
300 452.10611 1 1 1 1
|
|
||||||
350 379.61671 1 1 1 1
|
|
||||||
400 331.22444 1 1 1 1
|
|
||||||
450 275.63969 1 1 1 1
|
|
||||||
500 316.63407 1 1 1 1
|
|
||||||
550 261.39841 1 1 1 1
|
|
||||||
600 313.70928 1 1 1 1
|
|
||||||
650 294.24011 1 1 1 1
|
|
||||||
700 285.81736 1 1 1 1
|
|
||||||
750 340.37496 1 1 1 1
|
|
||||||
800 333.2496 1 1 1 1
|
|
||||||
850 307.40826 1 1 1 1
|
|
||||||
900 304.68718 1 1 1 1
|
|
||||||
950 328.0289 1 1 1 1
|
|
||||||
1000 290.22808 1 1 1 1
|
|
||||||
1050 272.78518 1 1 1 1
|
|
||||||
1100 291.30546 1 1 1 1
|
|
||||||
1150 320.33992 1 1 1 1
|
|
||||||
1200 330.57057 1 1 1 1
|
|
||||||
1250 300.51008 1 1 1 1
|
|
||||||
1300 293.6209 1 1 1 1
|
|
||||||
1350 324.36604 1 1 1 1
|
|
||||||
1400 331.15408 1 1 1 1
|
|
||||||
1450 302.23396 1 1 1 1
|
|
||||||
1500 297.55562 1 1 1 1
|
|
||||||
1550 277.3187 1 1 1 1
|
|
||||||
1600 289.66052 1 1 1 1
|
|
||||||
1650 281.85404 1 1 1 1
|
|
||||||
1700 293.4999 1 1 1 1
|
|
||||||
1750 306.21866 1 1 1 1
|
|
||||||
1800 283.22696 1 1 1 1
|
|
||||||
1850 295.10473 1 1 1 1
|
|
||||||
1900 317.3843 1 1 1 1
|
|
||||||
1950 305.14825 1 1 1 1
|
|
||||||
2000 289.00911 1 1 1 1
|
|
||||||
Loop time of 1.87066 on 1 procs for 2000 steps with 118 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 92.374 ns/day, 0.260 hours/ns, 1069.141 timesteps/s
|
|
||||||
98.4% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
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|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 0.12832 | 0.12832 | 0.12832 | 0.0 | 6.86
|
|
||||||
Bond | 0.77458 | 0.77458 | 0.77458 | 0.0 | 41.41
|
|
||||||
Neigh | 0.45068 | 0.45068 | 0.45068 | 0.0 | 24.09
|
|
||||||
Comm | 0.029785 | 0.029785 | 0.029785 | 0.0 | 1.59
|
|
||||||
Output | 0.31635 | 0.31635 | 0.31635 | 0.0 | 16.91
|
|
||||||
Modify | 0.16657 | 0.16657 | 0.16657 | 0.0 | 8.90
|
|
||||||
Other | | 0.004368 | | | 0.23
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 118 ave 118 max 118 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Nghost: 332 ave 332 max 332 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Neighs: 4338 ave 4338 max 4338 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 4338
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 36.7627
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 10.5763
|
|
||||||
Neighbor list builds = 2000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:00:02
|
|
||||||
@ -1,172 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (20 Nov 2019)
|
|
||||||
|
|
||||||
WARNING-WARNING-WARNING-WARNING-WARNING
|
|
||||||
This LAMMPS executable was compiled using C++98 compatibility.
|
|
||||||
Please report the compiler info below at https://github.com/lammps/lammps/issues/1659
|
|
||||||
GNU C++ 4.8.5
|
|
||||||
WARNING-WARNING-WARNING-WARNING-WARNING
|
|
||||||
|
|
||||||
Reading data file ...
|
|
||||||
orthogonal box = (10 -10 -15) to (30 20 10)
|
|
||||||
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
118 atoms
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
4 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
6 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
18 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
4 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
123 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
221 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
302 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
115 impropers
|
|
||||||
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
|
||||||
special bond factors lj: 0 0 0
|
|
||||||
special bond factors coul: 0 0 0
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
10 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
19 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
22 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000239905 secs
|
|
||||||
read_data CPU = 0.0080783 secs
|
|
||||||
Read molecule mol1:
|
|
||||||
31 atoms with max type 10
|
|
||||||
30 bonds with max type 15
|
|
||||||
53 angles with max type 29
|
|
||||||
66 dihedrals with max type 39
|
|
||||||
31 impropers with max type 5
|
|
||||||
Read molecule mol2:
|
|
||||||
31 atoms with max type 10
|
|
||||||
30 bonds with max type 17
|
|
||||||
55 angles with max type 36
|
|
||||||
75 dihedrals with max type 51
|
|
||||||
34 impropers with max type 5
|
|
||||||
Read molecule mol3:
|
|
||||||
31 atoms with max type 11
|
|
||||||
30 bonds with max type 18
|
|
||||||
53 angles with max type 37
|
|
||||||
72 dihedrals with max type 53
|
|
||||||
31 impropers with max type 5
|
|
||||||
Read molecule mol4:
|
|
||||||
42 atoms with max type 11
|
|
||||||
41 bonds with max type 18
|
|
||||||
73 angles with max type 41
|
|
||||||
96 dihedrals with max type 54
|
|
||||||
43 impropers with max type 5
|
|
||||||
Read molecule mol5:
|
|
||||||
42 atoms with max type 11
|
|
||||||
41 bonds with max type 18
|
|
||||||
75 angles with max type 37
|
|
||||||
108 dihedrals with max type 53
|
|
||||||
46 impropers with max type 5
|
|
||||||
Read molecule mol6:
|
|
||||||
42 atoms with max type 11
|
|
||||||
41 bonds with max type 19
|
|
||||||
73 angles with max type 50
|
|
||||||
102 dihedrals with max type 66
|
|
||||||
43 impropers with max type 22
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10
|
|
||||||
binsize = 5, bins = 4 6 5
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Setting up Verlet run ...
|
|
||||||
Unit style : real
|
|
||||||
Current step : 0
|
|
||||||
Time step : 1
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 16.26 | 16.45 | 16.63 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp f_rxns[1] f_rxns[2] f_rxns[3] f_rxns[4]
|
|
||||||
0 300 0 0 0 0
|
|
||||||
50 391.52956 1 0 0 0
|
|
||||||
100 475.26826 1 1 0 0
|
|
||||||
150 605.26215 1 1 1 0
|
|
||||||
200 545.7485 1 1 1 0
|
|
||||||
250 461.64929 1 1 1 1
|
|
||||||
300 452.10611 1 1 1 1
|
|
||||||
350 379.61671 1 1 1 1
|
|
||||||
400 331.22444 1 1 1 1
|
|
||||||
450 275.63969 1 1 1 1
|
|
||||||
500 316.63407 1 1 1 1
|
|
||||||
550 261.39841 1 1 1 1
|
|
||||||
600 313.70928 1 1 1 1
|
|
||||||
650 294.24011 1 1 1 1
|
|
||||||
700 285.81736 1 1 1 1
|
|
||||||
750 340.37496 1 1 1 1
|
|
||||||
800 333.2496 1 1 1 1
|
|
||||||
850 307.40826 1 1 1 1
|
|
||||||
900 304.68718 1 1 1 1
|
|
||||||
950 328.0289 1 1 1 1
|
|
||||||
1000 290.22808 1 1 1 1
|
|
||||||
1050 272.78518 1 1 1 1
|
|
||||||
1100 291.30546 1 1 1 1
|
|
||||||
1150 320.33992 1 1 1 1
|
|
||||||
1200 330.57057 1 1 1 1
|
|
||||||
1250 300.51008 1 1 1 1
|
|
||||||
1300 293.6209 1 1 1 1
|
|
||||||
1350 324.36604 1 1 1 1
|
|
||||||
1400 331.15408 1 1 1 1
|
|
||||||
1450 302.23396 1 1 1 1
|
|
||||||
1500 297.55562 1 1 1 1
|
|
||||||
1550 277.3187 1 1 1 1
|
|
||||||
1600 289.66052 1 1 1 1
|
|
||||||
1650 281.85404 1 1 1 1
|
|
||||||
1700 293.4999 1 1 1 1
|
|
||||||
1750 306.21866 1 1 1 1
|
|
||||||
1800 283.22695 1 1 1 1
|
|
||||||
1850 295.10472 1 1 1 1
|
|
||||||
1900 317.38431 1 1 1 1
|
|
||||||
1950 305.14824 1 1 1 1
|
|
||||||
2000 289.00909 1 1 1 1
|
|
||||||
Loop time of 0.689125 on 4 procs for 2000 steps with 118 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 250.753 ns/day, 0.096 hours/ns, 2902.231 timesteps/s
|
|
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100.0% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
|
||||||
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|
||||||
MPI task timing breakdown:
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||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
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|
||||||
Pair | 0.02002 | 0.030617 | 0.053133 | 7.7 | 4.44
|
|
||||||
Bond | 0.10356 | 0.18908 | 0.22691 | 11.6 | 27.44
|
|
||||||
Neigh | 0.16721 | 0.17002 | 0.17247 | 0.5 | 24.67
|
|
||||||
Comm | 0.057286 | 0.12002 | 0.21612 | 17.0 | 17.42
|
|
||||||
Output | 0.00028991 | 0.00034121 | 0.00049323 | 0.0 | 0.05
|
|
||||||
Modify | 0.17626 | 0.17675 | 0.17721 | 0.1 | 25.65
|
|
||||||
Other | | 0.002287 | | | 0.33
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 29.5 ave 41 max 18 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 1 0 0 1 0 0 1
|
|
||||||
Nghost: 306 ave 349 max 269 min
|
|
||||||
Histogram: 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1
|
|
||||||
Neighs: 1084.5 ave 2154 max 397 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 4338
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 36.7627
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 10.5763
|
|
||||||
Neighbor list builds = 2000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
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||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:00:01
|
|
||||||
@ -0,0 +1,249 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# two molecules DGEBA (diepoxy) and one DETA (linker)
|
||||||
|
# two crosslinking reactions
|
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|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
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||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2 8
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
bond_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data tiny_epoxy.data
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (10 -10 -15) to (30 20 10)
|
||||||
|
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
118 atoms
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
4 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
6 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
18 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
4 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
123 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
221 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
302 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
115 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
10 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
19 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
22 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.015 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 rxn1_stp1_pre.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
31 atoms with max type 10
|
||||||
|
30 bonds with max type 15
|
||||||
|
53 angles with max type 29
|
||||||
|
66 dihedrals with max type 39
|
||||||
|
3 impropers with max type 5
|
||||||
|
molecule mol2 rxn1_stp1_post.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
31 atoms with max type 10
|
||||||
|
30 bonds with max type 17
|
||||||
|
55 angles with max type 36
|
||||||
|
75 dihedrals with max type 51
|
||||||
|
2 impropers with max type 5
|
||||||
|
molecule mol3 rxn1_stp2_post.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
31 atoms with max type 11
|
||||||
|
30 bonds with max type 18
|
||||||
|
53 angles with max type 37
|
||||||
|
72 dihedrals with max type 53
|
||||||
|
3 impropers with max type 5
|
||||||
|
molecule mol4 rxn2_stp1_pre.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
42 atoms with max type 11
|
||||||
|
41 bonds with max type 18
|
||||||
|
73 angles with max type 41
|
||||||
|
96 dihedrals with max type 54
|
||||||
|
3 impropers with max type 5
|
||||||
|
molecule mol5 rxn2_stp1_post.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol5:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
42 atoms with max type 11
|
||||||
|
41 bonds with max type 18
|
||||||
|
75 angles with max type 37
|
||||||
|
108 dihedrals with max type 53
|
||||||
|
2 impropers with max type 5
|
||||||
|
molecule mol6 rxn2_stp2_post.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol6:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
42 atoms with max type 11
|
||||||
|
41 bonds with max type 19
|
||||||
|
73 angles with max type 50
|
||||||
|
102 dihedrals with max type 66
|
||||||
|
3 impropers with max type 22
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
# dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix rxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1_stp1 all 1 0.0 5 mol1 mol2 rxn1_stp1.map react rxn1_stp2 all 1 0.0 5 mol2 mol3 rxn1_stp2.map react rxn2_stp1 all 1 0.0 5 mol4 mol5 rxn2_stp1.map react rxn2_stp2 all 1 0.0 5 mol5 mol6 rxn2_stp2.map
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
||||||
|
|
||||||
|
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||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 300 300 100
|
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|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp f_rxns[1] f_rxns[2] f_rxns[3] f_rxns[4]
|
||||||
|
|
||||||
|
run 2000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Generated 55 of 55 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10
|
||||||
|
binsize = 5, bins = 4 6 5
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2, perpetual
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 16.64 | 16.64 | 16.64 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp f_rxns[1] f_rxns[2] f_rxns[3] f_rxns[4]
|
||||||
|
0 300 0 0 0 0
|
||||||
|
50 378.29345 1 0 0 0
|
||||||
|
100 471.04152 1 1 0 0
|
||||||
|
150 583.79755 1 1 1 0
|
||||||
|
200 526.00812 1 1 1 1
|
||||||
|
250 429.56812 1 1 1 1
|
||||||
|
300 512.54655 1 1 1 1
|
||||||
|
350 461.18357 1 1 1 1
|
||||||
|
400 379.38965 1 1 1 1
|
||||||
|
450 424.89528 1 1 1 1
|
||||||
|
500 324.72257 1 1 1 1
|
||||||
|
550 302.91042 1 1 1 1
|
||||||
|
600 253.80911 1 1 1 1
|
||||||
|
650 252.90262 1 1 1 1
|
||||||
|
700 270.62628 1 1 1 1
|
||||||
|
750 311.64391 1 1 1 1
|
||||||
|
800 318.9413 1 1 1 1
|
||||||
|
850 354.20196 1 1 1 1
|
||||||
|
900 302.19641 1 1 1 1
|
||||||
|
950 316.97905 1 1 1 1
|
||||||
|
1000 303.08194 1 1 1 1
|
||||||
|
1050 317.51619 1 1 1 1
|
||||||
|
1100 287.57204 1 1 1 1
|
||||||
|
1150 226.72101 1 1 1 1
|
||||||
|
1200 283.97519 1 1 1 1
|
||||||
|
1250 287.0607 1 1 1 1
|
||||||
|
1300 327.65278 1 1 1 1
|
||||||
|
1350 316.06809 1 1 1 1
|
||||||
|
1400 337.69947 1 1 1 1
|
||||||
|
1450 326.12278 1 1 1 1
|
||||||
|
1500 300.89265 1 1 1 1
|
||||||
|
1550 325.2415 1 1 1 1
|
||||||
|
1600 294.1844 1 1 1 1
|
||||||
|
1650 293.98596 1 1 1 1
|
||||||
|
1700 317.35477 1 1 1 1
|
||||||
|
1750 296.97768 1 1 1 1
|
||||||
|
1800 274.97297 1 1 1 1
|
||||||
|
1850 335.36697 1 1 1 1
|
||||||
|
1900 315.3756 1 1 1 1
|
||||||
|
1950 260.65335 1 1 1 1
|
||||||
|
2000 354.03612 1 1 1 1
|
||||||
|
Loop time of 0.910097 on 1 procs for 2000 steps with 118 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 189.870 ns/day, 0.126 hours/ns, 2197.568 timesteps/s, 259.313 katom-step/s
|
||||||
|
99.9% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 0.10286 | 0.10286 | 0.10286 | 0.0 | 11.30
|
||||||
|
Bond | 0.63714 | 0.63714 | 0.63714 | 0.0 | 70.01
|
||||||
|
Neigh | 0.013949 | 0.013949 | 0.013949 | 0.0 | 1.53
|
||||||
|
Comm | 0.0056606 | 0.0056606 | 0.0056606 | 0.0 | 0.62
|
||||||
|
Output | 0.00055825 | 0.00055825 | 0.00055825 | 0.0 | 0.06
|
||||||
|
Modify | 0.14629 | 0.14629 | 0.14629 | 0.0 | 16.07
|
||||||
|
Other | | 0.003637 | | | 0.40
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 118 ave 118 max 118 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Nghost: 372 ave 372 max 372 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Neighs: 3487 ave 3487 max 3487 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 3487
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 29.550847
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 10.576271
|
||||||
|
Neighbor list builds = 68
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data nofix
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:01
|
||||||
@ -0,0 +1,249 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# two molecules DGEBA (diepoxy) and one DETA (linker)
|
||||||
|
# two crosslinking reactions
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2 8
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
bond_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data tiny_epoxy.data
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (10 -10 -15) to (30 20 10)
|
||||||
|
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
118 atoms
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
4 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
6 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
18 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
4 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
123 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
221 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
302 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
115 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
10 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
19 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
22 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.013 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 rxn1_stp1_pre.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
31 atoms with max type 10
|
||||||
|
30 bonds with max type 15
|
||||||
|
53 angles with max type 29
|
||||||
|
66 dihedrals with max type 39
|
||||||
|
3 impropers with max type 5
|
||||||
|
molecule mol2 rxn1_stp1_post.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
31 atoms with max type 10
|
||||||
|
30 bonds with max type 17
|
||||||
|
55 angles with max type 36
|
||||||
|
75 dihedrals with max type 51
|
||||||
|
2 impropers with max type 5
|
||||||
|
molecule mol3 rxn1_stp2_post.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
31 atoms with max type 11
|
||||||
|
30 bonds with max type 18
|
||||||
|
53 angles with max type 37
|
||||||
|
72 dihedrals with max type 53
|
||||||
|
3 impropers with max type 5
|
||||||
|
molecule mol4 rxn2_stp1_pre.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
42 atoms with max type 11
|
||||||
|
41 bonds with max type 18
|
||||||
|
73 angles with max type 41
|
||||||
|
96 dihedrals with max type 54
|
||||||
|
3 impropers with max type 5
|
||||||
|
molecule mol5 rxn2_stp1_post.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol5:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
42 atoms with max type 11
|
||||||
|
41 bonds with max type 18
|
||||||
|
75 angles with max type 37
|
||||||
|
108 dihedrals with max type 53
|
||||||
|
2 impropers with max type 5
|
||||||
|
molecule mol6 rxn2_stp2_post.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol6:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
42 atoms with max type 11
|
||||||
|
41 bonds with max type 19
|
||||||
|
73 angles with max type 50
|
||||||
|
102 dihedrals with max type 66
|
||||||
|
3 impropers with max type 22
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
# dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix rxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1_stp1 all 1 0.0 5 mol1 mol2 rxn1_stp1.map react rxn1_stp2 all 1 0.0 5 mol2 mol3 rxn1_stp2.map react rxn2_stp1 all 1 0.0 5 mol4 mol5 rxn2_stp1.map react rxn2_stp2 all 1 0.0 5 mol5 mol6 rxn2_stp2.map
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 300 300 100
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp f_rxns[1] f_rxns[2] f_rxns[3] f_rxns[4]
|
||||||
|
|
||||||
|
run 2000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Generated 55 of 55 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10
|
||||||
|
binsize = 5, bins = 4 6 5
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2, perpetual
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 16.63 | 16.63 | 16.64 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp f_rxns[1] f_rxns[2] f_rxns[3] f_rxns[4]
|
||||||
|
0 300 0 0 0 0
|
||||||
|
50 378.29345 1 0 0 0
|
||||||
|
100 471.04152 1 1 0 0
|
||||||
|
150 583.79755 1 1 1 0
|
||||||
|
200 526.00812 1 1 1 1
|
||||||
|
250 429.56812 1 1 1 1
|
||||||
|
300 512.54655 1 1 1 1
|
||||||
|
350 461.18357 1 1 1 1
|
||||||
|
400 379.38965 1 1 1 1
|
||||||
|
450 424.89528 1 1 1 1
|
||||||
|
500 324.72257 1 1 1 1
|
||||||
|
550 302.91042 1 1 1 1
|
||||||
|
600 253.80911 1 1 1 1
|
||||||
|
650 252.90262 1 1 1 1
|
||||||
|
700 270.62628 1 1 1 1
|
||||||
|
750 311.64391 1 1 1 1
|
||||||
|
800 318.9413 1 1 1 1
|
||||||
|
850 354.20196 1 1 1 1
|
||||||
|
900 302.19641 1 1 1 1
|
||||||
|
950 316.97905 1 1 1 1
|
||||||
|
1000 303.08194 1 1 1 1
|
||||||
|
1050 317.51619 1 1 1 1
|
||||||
|
1100 287.57204 1 1 1 1
|
||||||
|
1150 226.72101 1 1 1 1
|
||||||
|
1200 283.97519 1 1 1 1
|
||||||
|
1250 287.0607 1 1 1 1
|
||||||
|
1300 327.65278 1 1 1 1
|
||||||
|
1350 316.06809 1 1 1 1
|
||||||
|
1400 337.69947 1 1 1 1
|
||||||
|
1450 326.12278 1 1 1 1
|
||||||
|
1500 300.89265 1 1 1 1
|
||||||
|
1550 325.2415 1 1 1 1
|
||||||
|
1600 294.1844 1 1 1 1
|
||||||
|
1650 293.98596 1 1 1 1
|
||||||
|
1700 317.35477 1 1 1 1
|
||||||
|
1750 296.97768 1 1 1 1
|
||||||
|
1800 274.97297 1 1 1 1
|
||||||
|
1850 335.36698 1 1 1 1
|
||||||
|
1900 315.3756 1 1 1 1
|
||||||
|
1950 260.65334 1 1 1 1
|
||||||
|
2000 354.03612 1 1 1 1
|
||||||
|
Loop time of 0.47159 on 4 procs for 2000 steps with 118 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 366.420 ns/day, 0.065 hours/ns, 4240.970 timesteps/s, 500.434 katom-step/s
|
||||||
|
99.9% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 0.016546 | 0.024458 | 0.038858 | 5.5 | 5.19
|
||||||
|
Bond | 0.072622 | 0.16458 | 0.21778 | 13.9 | 34.90
|
||||||
|
Neigh | 0.0056307 | 0.0056812 | 0.0057292 | 0.1 | 1.20
|
||||||
|
Comm | 0.028022 | 0.095922 | 0.19526 | 20.3 | 20.34
|
||||||
|
Output | 0.00034591 | 0.00041633 | 0.00062378 | 0.0 | 0.09
|
||||||
|
Modify | 0.17613 | 0.17649 | 0.17711 | 0.1 | 37.43
|
||||||
|
Other | | 0.00404 | | | 0.86
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 29.5 ave 45 max 7 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 1 1 0 1
|
||||||
|
Nghost: 315 ave 343 max 287 min
|
||||||
|
Histogram: 1 1 0 0 0 0 0 0 1 1
|
||||||
|
Neighs: 871.75 ave 1772 max 236 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 1 1 0 0 0 0 0 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 3487
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 29.550847
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 10.576271
|
||||||
|
Neighbor list builds = 68
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data nofix
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:00
|
||||||
@ -1,315 +0,0 @@
|
|||||||
rxn1_stp1_post
|
|
||||||
|
|
||||||
31 atoms
|
|
||||||
30 bonds
|
|
||||||
55 angles
|
|
||||||
75 dihedrals
|
|
||||||
34 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 6
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 7
|
|
||||||
5 4
|
|
||||||
6 7
|
|
||||||
7 8
|
|
||||||
8 8
|
|
||||||
9 8
|
|
||||||
10 8
|
|
||||||
11 8
|
|
||||||
12 9
|
|
||||||
13 1
|
|
||||||
14 1
|
|
||||||
15 9
|
|
||||||
16 9
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 1
|
|
||||||
19 10
|
|
||||||
20 8
|
|
||||||
21 8
|
|
||||||
22 8
|
|
||||||
23 8
|
|
||||||
24 10
|
|
||||||
25 10
|
|
||||||
26 10
|
|
||||||
27 10
|
|
||||||
28 8
|
|
||||||
29 8
|
|
||||||
30 8
|
|
||||||
31 8
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 0.000000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.100000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.000000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 0.000000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 -0.025000
|
|
||||||
16 -0.025000
|
|
||||||
17 0.000000
|
|
||||||
18 0.000000
|
|
||||||
19 0.000000
|
|
||||||
20 0.000000
|
|
||||||
21 0.000000
|
|
||||||
22 0.000000
|
|
||||||
23 0.000000
|
|
||||||
24 0.000000
|
|
||||||
25 0.000000
|
|
||||||
26 0.000000
|
|
||||||
27 0.000000
|
|
||||||
28 0.000000
|
|
||||||
29 0.000000
|
|
||||||
30 0.000000
|
|
||||||
31 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 22.582573 10.988183 -5.014054
|
|
||||||
2 23.904713 10.750493 -4.202215
|
|
||||||
3 23.989172 9.487042 -3.323374
|
|
||||||
4 24.067001 11.723383 -4.037435
|
|
||||||
5 24.627851 7.325302 -3.319944
|
|
||||||
6 24.554632 8.418972 -4.080365
|
|
||||||
7 22.667763 11.445703 -5.999605
|
|
||||||
8 21.787441 10.247643 -4.916974
|
|
||||||
9 24.964962 10.712683 -4.449374
|
|
||||||
10 24.616703 9.689913 -2.456034
|
|
||||||
11 22.989313 9.208153 -2.991455
|
|
||||||
12 18.808882 13.758042 -3.958724
|
|
||||||
13 19.293213 12.549683 -3.196594
|
|
||||||
14 20.810543 12.417832 -3.417504
|
|
||||||
15 21.090193 12.251203 -4.891234
|
|
||||||
16 17.657042 16.437199 -3.985224
|
|
||||||
17 19.126713 16.210239 -4.245154
|
|
||||||
18 19.589151 14.957593 -3.479565
|
|
||||||
19 19.000433 13.609432 -5.041715
|
|
||||||
20 18.761223 11.614392 -3.573184
|
|
||||||
21 19.082903 12.688992 -2.085145
|
|
||||||
22 21.202852 11.511562 -2.848624
|
|
||||||
23 21.328482 13.360252 -3.038924
|
|
||||||
24 19.949852 12.199403 -5.680355
|
|
||||||
25 21.477343 13.247442 -5.445915
|
|
||||||
26 17.080341 15.555528 -4.334374
|
|
||||||
27 17.319832 17.341927 -4.532204
|
|
||||||
28 19.720472 17.115158 -3.887564
|
|
||||||
29 19.298622 16.058659 -5.361685
|
|
||||||
30 19.410772 15.105113 -2.363724
|
|
||||||
31 20.700163 14.782252 -3.666344
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 1 8
|
|
||||||
2 16 1 2
|
|
||||||
3 1 1 7
|
|
||||||
4 13 1 15
|
|
||||||
5 16 3 2
|
|
||||||
6 12 2 9
|
|
||||||
7 17 2 4
|
|
||||||
8 3 3 6
|
|
||||||
9 1 3 10
|
|
||||||
10 1 3 11
|
|
||||||
11 8 6 5
|
|
||||||
12 13 13 12
|
|
||||||
13 13 18 12
|
|
||||||
14 14 12 19
|
|
||||||
15 15 13 14
|
|
||||||
16 1 13 20
|
|
||||||
17 1 13 21
|
|
||||||
18 13 14 15
|
|
||||||
19 1 14 22
|
|
||||||
20 1 14 23
|
|
||||||
21 14 15 24
|
|
||||||
22 14 15 25
|
|
||||||
23 13 17 16
|
|
||||||
24 14 16 26
|
|
||||||
25 14 16 27
|
|
||||||
26 15 17 18
|
|
||||||
27 1 17 28
|
|
||||||
28 1 17 29
|
|
||||||
29 1 18 30
|
|
||||||
30 1 18 31
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 30 2 1 8
|
|
||||||
2 2 8 1 7
|
|
||||||
3 26 8 1 15
|
|
||||||
4 30 2 1 7
|
|
||||||
5 31 2 1 15
|
|
||||||
6 26 7 1 15
|
|
||||||
7 32 1 2 3
|
|
||||||
8 33 1 2 9
|
|
||||||
9 34 1 2 4
|
|
||||||
10 33 3 2 9
|
|
||||||
11 34 3 2 4
|
|
||||||
12 35 4 2 9
|
|
||||||
13 36 2 3 6
|
|
||||||
14 30 2 3 10
|
|
||||||
15 30 2 3 11
|
|
||||||
16 3 6 3 10
|
|
||||||
17 3 6 3 11
|
|
||||||
18 2 10 3 11
|
|
||||||
19 22 3 6 5
|
|
||||||
20 23 13 12 18
|
|
||||||
21 24 13 12 19
|
|
||||||
22 24 18 12 19
|
|
||||||
23 25 14 13 12
|
|
||||||
24 26 20 13 12
|
|
||||||
25 26 21 13 12
|
|
||||||
26 27 14 13 20
|
|
||||||
27 27 14 13 21
|
|
||||||
28 2 20 13 21
|
|
||||||
29 25 13 14 15
|
|
||||||
30 27 13 14 22
|
|
||||||
31 27 13 14 23
|
|
||||||
32 26 22 14 15
|
|
||||||
33 26 23 14 15
|
|
||||||
34 2 22 14 23
|
|
||||||
35 23 1 15 14
|
|
||||||
36 24 1 15 24
|
|
||||||
37 24 1 15 25
|
|
||||||
38 24 14 15 24
|
|
||||||
39 24 14 15 25
|
|
||||||
40 28 24 15 25
|
|
||||||
41 24 17 16 26
|
|
||||||
42 24 17 16 27
|
|
||||||
43 28 26 16 27
|
|
||||||
44 25 18 17 16
|
|
||||||
45 26 28 17 16
|
|
||||||
46 26 29 17 16
|
|
||||||
47 27 18 17 28
|
|
||||||
48 27 18 17 29
|
|
||||||
49 2 28 17 29
|
|
||||||
50 25 17 18 12
|
|
||||||
51 26 30 18 12
|
|
||||||
52 26 31 18 12
|
|
||||||
53 27 17 18 30
|
|
||||||
54 27 17 18 31
|
|
||||||
55 2 30 18 31
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 40 8 1 2 3
|
|
||||||
2 41 8 1 2 9
|
|
||||||
3 42 8 1 2 4
|
|
||||||
4 40 7 1 2 3
|
|
||||||
5 41 7 1 2 9
|
|
||||||
6 42 7 1 2 4
|
|
||||||
7 43 15 1 2 3
|
|
||||||
8 44 15 1 2 9
|
|
||||||
9 45 15 1 2 4
|
|
||||||
10 28 8 1 15 14
|
|
||||||
11 30 8 1 15 24
|
|
||||||
12 30 8 1 15 25
|
|
||||||
13 46 2 1 15 14
|
|
||||||
14 47 2 1 15 24
|
|
||||||
15 47 2 1 15 25
|
|
||||||
16 28 7 1 15 14
|
|
||||||
17 30 7 1 15 24
|
|
||||||
18 30 7 1 15 25
|
|
||||||
19 48 6 3 2 1
|
|
||||||
20 40 10 3 2 1
|
|
||||||
21 40 11 3 2 1
|
|
||||||
22 49 6 3 2 9
|
|
||||||
23 41 10 3 2 9
|
|
||||||
24 41 11 3 2 9
|
|
||||||
25 50 6 3 2 4
|
|
||||||
26 42 10 3 2 4
|
|
||||||
27 42 11 3 2 4
|
|
||||||
28 51 2 3 6 5
|
|
||||||
29 7 10 3 6 5
|
|
||||||
30 7 11 3 6 5
|
|
||||||
31 27 14 13 12 18
|
|
||||||
32 28 20 13 12 18
|
|
||||||
33 28 21 13 12 18
|
|
||||||
34 29 14 13 12 19
|
|
||||||
35 30 20 13 12 19
|
|
||||||
36 30 21 13 12 19
|
|
||||||
37 27 17 18 12 13
|
|
||||||
38 28 30 18 12 13
|
|
||||||
39 28 31 18 12 13
|
|
||||||
40 29 17 18 12 19
|
|
||||||
41 30 30 18 12 19
|
|
||||||
42 30 31 18 12 19
|
|
||||||
43 31 12 13 14 15
|
|
||||||
44 32 22 14 13 12
|
|
||||||
45 32 23 14 13 12
|
|
||||||
46 32 20 13 14 15
|
|
||||||
47 33 20 13 14 22
|
|
||||||
48 33 20 13 14 23
|
|
||||||
49 32 21 13 14 15
|
|
||||||
50 33 21 13 14 22
|
|
||||||
51 33 21 13 14 23
|
|
||||||
52 27 13 14 15 1
|
|
||||||
53 29 13 14 15 24
|
|
||||||
54 29 13 14 15 25
|
|
||||||
55 28 22 14 15 1
|
|
||||||
56 30 22 14 15 24
|
|
||||||
57 30 22 14 15 25
|
|
||||||
58 28 23 14 15 1
|
|
||||||
59 30 23 14 15 24
|
|
||||||
60 30 23 14 15 25
|
|
||||||
61 29 18 17 16 26
|
|
||||||
62 30 28 17 16 26
|
|
||||||
63 30 29 17 16 26
|
|
||||||
64 29 18 17 16 27
|
|
||||||
65 30 28 17 16 27
|
|
||||||
66 30 29 17 16 27
|
|
||||||
67 31 16 17 18 12
|
|
||||||
68 32 30 18 17 16
|
|
||||||
69 32 31 18 17 16
|
|
||||||
70 32 28 17 18 12
|
|
||||||
71 33 28 17 18 30
|
|
||||||
72 33 28 17 18 31
|
|
||||||
73 32 29 17 18 12
|
|
||||||
74 33 29 17 18 30
|
|
||||||
75 33 29 17 18 31
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 4 13 12 18 19
|
|
||||||
2 5 17 16 26 27
|
|
||||||
3 1 2 1 8 7
|
|
||||||
4 1 2 1 8 15
|
|
||||||
5 1 8 1 7 15
|
|
||||||
6 1 2 1 7 15
|
|
||||||
7 1 1 2 3 9
|
|
||||||
8 1 1 2 3 4
|
|
||||||
9 1 1 2 4 9
|
|
||||||
10 1 3 2 4 9
|
|
||||||
11 1 2 3 6 10
|
|
||||||
12 1 2 3 6 11
|
|
||||||
13 1 2 3 10 11
|
|
||||||
14 1 6 3 10 11
|
|
||||||
15 1 14 13 20 12
|
|
||||||
16 1 14 13 21 12
|
|
||||||
17 1 20 13 21 12
|
|
||||||
18 1 14 13 20 21
|
|
||||||
19 1 13 14 22 15
|
|
||||||
20 1 13 14 23 15
|
|
||||||
21 1 13 14 22 23
|
|
||||||
22 1 22 14 23 15
|
|
||||||
23 1 1 15 14 24
|
|
||||||
24 1 1 15 14 25
|
|
||||||
25 1 1 15 24 25
|
|
||||||
26 1 14 15 24 25
|
|
||||||
27 1 18 17 28 16
|
|
||||||
28 1 18 17 29 16
|
|
||||||
29 1 28 17 29 16
|
|
||||||
30 1 18 17 28 29
|
|
||||||
31 1 17 18 30 12
|
|
||||||
32 1 17 18 31 12
|
|
||||||
33 1 30 18 31 12
|
|
||||||
34 1 17 18 30 31
|
|
||||||
@ -0,0 +1,317 @@
|
|||||||
|
rxn1_stp1_post
|
||||||
|
|
||||||
|
31 atoms
|
||||||
|
30 bonds
|
||||||
|
55 angles
|
||||||
|
75 dihedrals
|
||||||
|
2 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 22.582572937 10.988183022 -5.014054298
|
||||||
|
2 23.904712677 10.750493050 -4.202214718
|
||||||
|
3 23.989171982 9.487042427 -3.323374271
|
||||||
|
4 24.067001343 11.723382950 -4.037434578
|
||||||
|
5 24.627851486 7.325302124 -3.319944382
|
||||||
|
6 24.554632187 8.418972015 -4.080364704
|
||||||
|
7 22.667762756 11.445702553 -5.999605179
|
||||||
|
8 21.787441254 10.247642517 -4.916974068
|
||||||
|
9 24.964962006 10.712682724 -4.449374199
|
||||||
|
10 24.616703033 9.689912796 -2.456034422
|
||||||
|
11 22.989313126 9.208152771 -2.991454601
|
||||||
|
12 18.808881760 13.758042336 -3.958724499
|
||||||
|
13 19.293212891 12.549682617 -3.196594477
|
||||||
|
14 20.810543060 12.417832375 -3.417504311
|
||||||
|
15 21.090192795 12.251202583 -4.891234398
|
||||||
|
16 17.657041550 16.437198639 -3.985224247
|
||||||
|
17 19.126712799 16.210239410 -4.245154381
|
||||||
|
18 19.589151382 14.957592964 -3.479564667
|
||||||
|
19 19.000432968 13.609432220 -5.041714668
|
||||||
|
20 18.761222839 11.614392281 -3.573184490
|
||||||
|
21 19.082902908 12.688992500 -2.085144520
|
||||||
|
22 21.202852249 11.511562347 -2.848624468
|
||||||
|
23 21.328481674 13.360252380 -3.038924456
|
||||||
|
24 19.949851990 12.199402809 -5.680355072
|
||||||
|
25 21.477342606 13.247442245 -5.445915222
|
||||||
|
26 17.080341339 15.555527687 -4.334374428
|
||||||
|
27 17.319831848 17.341926575 -4.532204151
|
||||||
|
28 19.720472336 17.115158081 -3.887564182
|
||||||
|
29 19.298622131 16.058658600 -5.361684799
|
||||||
|
30 19.410772324 15.105113029 -2.363724470
|
||||||
|
31 20.700162888 14.782252312 -3.666344166
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2
|
||||||
|
2 c3
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 oc
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 oc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 hc
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 hc
|
||||||
|
12 na
|
||||||
|
13 c2
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 na
|
||||||
|
16 na
|
||||||
|
17 c2
|
||||||
|
18 c2
|
||||||
|
19 hn
|
||||||
|
20 hc
|
||||||
|
21 hc
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 hc
|
||||||
|
24 hn
|
||||||
|
25 hn
|
||||||
|
26 hn
|
||||||
|
27 hn
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 hc
|
||||||
|
31 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 0.000000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.100000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.000000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 -0.025000
|
||||||
|
16 -0.025000
|
||||||
|
17 0.000000
|
||||||
|
18 0.000000
|
||||||
|
19 0.000000
|
||||||
|
20 0.000000
|
||||||
|
21 0.000000
|
||||||
|
22 0.000000
|
||||||
|
23 0.000000
|
||||||
|
24 0.000000
|
||||||
|
25 0.000000
|
||||||
|
26 0.000000
|
||||||
|
27 0.000000
|
||||||
|
28 0.000000
|
||||||
|
29 0.000000
|
||||||
|
30 0.000000
|
||||||
|
31 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-hc 1 8
|
||||||
|
2 c2-c3 1 2
|
||||||
|
3 c2-hc 1 7
|
||||||
|
4 c2-na 1 15
|
||||||
|
5 c2-c3 3 2
|
||||||
|
6 c3-hc 2 9
|
||||||
|
7 c3-oc 2 4
|
||||||
|
8 c2-oc 3 6
|
||||||
|
9 c2-hc 3 10
|
||||||
|
10 c2-hc 3 11
|
||||||
|
11 cp-oc 6 5
|
||||||
|
12 c2-na 13 12
|
||||||
|
13 c2-na 18 12
|
||||||
|
14 na-hn 12 19
|
||||||
|
15 c2-c2 13 14
|
||||||
|
16 c2-hc 13 20
|
||||||
|
17 c2-hc 13 21
|
||||||
|
18 c2-na 14 15
|
||||||
|
19 c2-hc 14 22
|
||||||
|
20 c2-hc 14 23
|
||||||
|
21 na-hn 15 24
|
||||||
|
22 na-hn 15 25
|
||||||
|
23 c2-na 17 16
|
||||||
|
24 na-hn 16 26
|
||||||
|
25 na-hn 16 27
|
||||||
|
26 c2-c2 17 18
|
||||||
|
27 c2-hc 17 28
|
||||||
|
28 c2-hc 17 29
|
||||||
|
29 c2-hc 18 30
|
||||||
|
30 c2-hc 18 31
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c3-c2-hc 2 1 8
|
||||||
|
2 hc-c2-hc 8 1 7
|
||||||
|
3 hc-c2-na 8 1 15
|
||||||
|
4 c3-c2-hc 2 1 7
|
||||||
|
5 c3-c2-na 2 1 15
|
||||||
|
6 hc-c2-na 7 1 15
|
||||||
|
7 c2-c3-c2 1 2 3
|
||||||
|
8 c2-c3-hc 1 2 9
|
||||||
|
9 c2-c3-oc 1 2 4
|
||||||
|
10 c2-c3-hc 3 2 9
|
||||||
|
11 c2-c3-oc 3 2 4
|
||||||
|
12 oc-c3-hc 4 2 9
|
||||||
|
13 c3-c2-oc 2 3 6
|
||||||
|
14 c3-c2-hc 2 3 10
|
||||||
|
15 c3-c2-hc 2 3 11
|
||||||
|
16 oc-c2-hc 6 3 10
|
||||||
|
17 oc-c2-hc 6 3 11
|
||||||
|
18 hc-c2-hc 10 3 11
|
||||||
|
19 c2-oc-cp 3 6 5
|
||||||
|
20 c2-na-c2 13 12 18
|
||||||
|
21 c2-na-hn 13 12 19
|
||||||
|
22 c2-na-hn 18 12 19
|
||||||
|
23 c2-c2-na 14 13 12
|
||||||
|
24 hc-c2-na 20 13 12
|
||||||
|
25 hc-c2-na 21 13 12
|
||||||
|
26 c2-c2-hc 14 13 20
|
||||||
|
27 c2-c2-hc 14 13 21
|
||||||
|
28 hc-c2-hc 20 13 21
|
||||||
|
29 c2-c2-na 13 14 15
|
||||||
|
30 c2-c2-hc 13 14 22
|
||||||
|
31 c2-c2-hc 13 14 23
|
||||||
|
32 hc-c2-na 22 14 15
|
||||||
|
33 hc-c2-na 23 14 15
|
||||||
|
34 hc-c2-hc 22 14 23
|
||||||
|
35 c2-na-c2 1 15 14
|
||||||
|
36 c2-na-hn 1 15 24
|
||||||
|
37 c2-na-hn 1 15 25
|
||||||
|
38 c2-na-hn 14 15 24
|
||||||
|
39 c2-na-hn 14 15 25
|
||||||
|
40 hn-na-hn 24 15 25
|
||||||
|
41 c2-na-hn 17 16 26
|
||||||
|
42 c2-na-hn 17 16 27
|
||||||
|
43 hn-na-hn 26 16 27
|
||||||
|
44 c2-c2-na 18 17 16
|
||||||
|
45 hc-c2-na 28 17 16
|
||||||
|
46 hc-c2-na 29 17 16
|
||||||
|
47 c2-c2-hc 18 17 28
|
||||||
|
48 c2-c2-hc 18 17 29
|
||||||
|
49 hc-c2-hc 28 17 29
|
||||||
|
50 c2-c2-na 17 18 12
|
||||||
|
51 hc-c2-na 30 18 12
|
||||||
|
52 hc-c2-na 31 18 12
|
||||||
|
53 c2-c2-hc 17 18 30
|
||||||
|
54 c2-c2-hc 17 18 31
|
||||||
|
55 hc-c2-hc 30 18 31
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c2-c3-c2 8 1 2 3
|
||||||
|
2 hc-c2-c3-hc 8 1 2 9
|
||||||
|
3 hc-c2-c3-oc 8 1 2 4
|
||||||
|
4 hc-c2-c3-c2 7 1 2 3
|
||||||
|
5 hc-c2-c3-hc 7 1 2 9
|
||||||
|
6 hc-c2-c3-oc 7 1 2 4
|
||||||
|
7 na-c2-c3-c2 15 1 2 3
|
||||||
|
8 na-c2-c3-hc 15 1 2 9
|
||||||
|
9 na-c2-c3-oc 15 1 2 4
|
||||||
|
10 hc-c2-na-c2 8 1 15 14
|
||||||
|
11 hc-c2-na-hn 8 1 15 24
|
||||||
|
12 hc-c2-na-hn 8 1 15 25
|
||||||
|
13 c3-c2-na-c2 2 1 15 14
|
||||||
|
14 c3-c2-na-hn 2 1 15 24
|
||||||
|
15 c3-c2-na-hn 2 1 15 25
|
||||||
|
16 hc-c2-na-c2 7 1 15 14
|
||||||
|
17 hc-c2-na-hn 7 1 15 24
|
||||||
|
18 hc-c2-na-hn 7 1 15 25
|
||||||
|
19 oc-c2-c3-c2 6 3 2 1
|
||||||
|
20 hc-c2-c3-c2 10 3 2 1
|
||||||
|
21 hc-c2-c3-c2 11 3 2 1
|
||||||
|
22 oc-c2-c3-hc 6 3 2 9
|
||||||
|
23 hc-c2-c3-hc 10 3 2 9
|
||||||
|
24 hc-c2-c3-hc 11 3 2 9
|
||||||
|
25 oc-c2-c3-oc 6 3 2 4
|
||||||
|
26 hc-c2-c3-oc 10 3 2 4
|
||||||
|
27 hc-c2-c3-oc 11 3 2 4
|
||||||
|
28 c3-c2-oc-cp 2 3 6 5
|
||||||
|
29 hc-c2-oc-cp 10 3 6 5
|
||||||
|
30 hc-c2-oc-cp 11 3 6 5
|
||||||
|
31 c2-c2-na-c2 14 13 12 18
|
||||||
|
32 hc-c2-na-c2 20 13 12 18
|
||||||
|
33 hc-c2-na-c2 21 13 12 18
|
||||||
|
34 c2-c2-na-hn 14 13 12 19
|
||||||
|
35 hc-c2-na-hn 20 13 12 19
|
||||||
|
36 hc-c2-na-hn 21 13 12 19
|
||||||
|
37 c2-c2-na-c2 17 18 12 13
|
||||||
|
38 hc-c2-na-c2 30 18 12 13
|
||||||
|
39 hc-c2-na-c2 31 18 12 13
|
||||||
|
40 c2-c2-na-hn 17 18 12 19
|
||||||
|
41 hc-c2-na-hn 30 18 12 19
|
||||||
|
42 hc-c2-na-hn 31 18 12 19
|
||||||
|
43 na-c2-c2-na 12 13 14 15
|
||||||
|
44 hc-c2-c2-na 22 14 13 12
|
||||||
|
45 hc-c2-c2-na 23 14 13 12
|
||||||
|
46 hc-c2-c2-na 20 13 14 15
|
||||||
|
47 hc-c2-c2-hc 20 13 14 22
|
||||||
|
48 hc-c2-c2-hc 20 13 14 23
|
||||||
|
49 hc-c2-c2-na 21 13 14 15
|
||||||
|
50 hc-c2-c2-hc 21 13 14 22
|
||||||
|
51 hc-c2-c2-hc 21 13 14 23
|
||||||
|
52 c2-c2-na-c2 13 14 15 1
|
||||||
|
53 c2-c2-na-hn 13 14 15 24
|
||||||
|
54 c2-c2-na-hn 13 14 15 25
|
||||||
|
55 hc-c2-na-c2 22 14 15 1
|
||||||
|
56 hc-c2-na-hn 22 14 15 24
|
||||||
|
57 hc-c2-na-hn 22 14 15 25
|
||||||
|
58 hc-c2-na-c2 23 14 15 1
|
||||||
|
59 hc-c2-na-hn 23 14 15 24
|
||||||
|
60 hc-c2-na-hn 23 14 15 25
|
||||||
|
61 c2-c2-na-hn 18 17 16 26
|
||||||
|
62 hc-c2-na-hn 28 17 16 26
|
||||||
|
63 hc-c2-na-hn 29 17 16 26
|
||||||
|
64 c2-c2-na-hn 18 17 16 27
|
||||||
|
65 hc-c2-na-hn 28 17 16 27
|
||||||
|
66 hc-c2-na-hn 29 17 16 27
|
||||||
|
67 na-c2-c2-na 16 17 18 12
|
||||||
|
68 hc-c2-c2-na 30 18 17 16
|
||||||
|
69 hc-c2-c2-na 31 18 17 16
|
||||||
|
70 hc-c2-c2-na 28 17 18 12
|
||||||
|
71 hc-c2-c2-hc 28 17 18 30
|
||||||
|
72 hc-c2-c2-hc 28 17 18 31
|
||||||
|
73 hc-c2-c2-na 29 17 18 12
|
||||||
|
74 hc-c2-c2-hc 29 17 18 30
|
||||||
|
75 hc-c2-c2-hc 29 17 18 31
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-na-c2-hn 13 12 18 19
|
||||||
|
2 c2-na-hn-hn 17 16 26 27
|
||||||
@ -1,301 +0,0 @@
|
|||||||
rxn1_stp1_pre
|
|
||||||
|
|
||||||
31 atoms
|
|
||||||
30 bonds
|
|
||||||
53 angles
|
|
||||||
66 dihedrals
|
|
||||||
31 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 2
|
|
||||||
2 2
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 3
|
|
||||||
5 4
|
|
||||||
6 7
|
|
||||||
7 8
|
|
||||||
8 8
|
|
||||||
9 8
|
|
||||||
10 8
|
|
||||||
11 8
|
|
||||||
12 9
|
|
||||||
13 1
|
|
||||||
14 1
|
|
||||||
15 9
|
|
||||||
16 9
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 1
|
|
||||||
19 10
|
|
||||||
20 8
|
|
||||||
21 8
|
|
||||||
22 8
|
|
||||||
23 8
|
|
||||||
24 10
|
|
||||||
25 10
|
|
||||||
26 10
|
|
||||||
27 10
|
|
||||||
28 8
|
|
||||||
29 8
|
|
||||||
30 8
|
|
||||||
31 8
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 0.000000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.100000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.000000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 0.000000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 -0.025000
|
|
||||||
16 -0.025000
|
|
||||||
17 0.000000
|
|
||||||
18 0.000000
|
|
||||||
19 0.000000
|
|
||||||
20 0.000000
|
|
||||||
21 0.000000
|
|
||||||
22 0.000000
|
|
||||||
23 0.000000
|
|
||||||
24 0.000000
|
|
||||||
25 0.000000
|
|
||||||
26 0.000000
|
|
||||||
27 0.000000
|
|
||||||
28 0.000000
|
|
||||||
29 0.000000
|
|
||||||
30 0.000000
|
|
||||||
31 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 19.846882 9.569666 -1.229588
|
|
||||||
2 21.168802 9.331466 -0.418038
|
|
||||||
3 21.253012 8.067936 0.460722
|
|
||||||
4 20.170443 10.460656 0.020692
|
|
||||||
5 21.891691 5.906196 0.464152
|
|
||||||
6 21.818472 6.999866 -0.296268
|
|
||||||
7 19.932211 10.027435 -2.215008
|
|
||||||
8 19.051722 8.829116 -1.132808
|
|
||||||
9 22.229073 9.293536 -0.665088
|
|
||||||
10 21.880442 8.270676 1.328162
|
|
||||||
11 20.253073 7.789126 0.792482
|
|
||||||
12 16.072590 12.338870 -0.174330
|
|
||||||
13 16.557261 11.130320 0.587290
|
|
||||||
14 18.074570 10.998810 0.366080
|
|
||||||
15 18.353970 10.832370 -1.107720
|
|
||||||
16 14.920720 15.017820 -0.200530
|
|
||||||
17 16.390430 14.791100 -0.460440
|
|
||||||
18 16.852980 13.538320 0.304870
|
|
||||||
19 16.263750 12.190560 -1.257430
|
|
||||||
20 16.025360 10.195070 0.210470
|
|
||||||
21 16.347120 11.269210 1.698830
|
|
||||||
22 18.467180 10.092570 0.934800
|
|
||||||
23 18.592390 11.941300 0.744640
|
|
||||||
24 17.843861 9.919930 -1.479780
|
|
||||||
25 19.448191 10.736480 -1.267520
|
|
||||||
26 14.344120 14.136250 -0.550130
|
|
||||||
27 14.583470 15.922760 -0.747140
|
|
||||||
28 16.984060 15.696010 -0.102600
|
|
||||||
29 16.562420 14.639820 -1.577000
|
|
||||||
30 16.674820 13.685670 1.420760
|
|
||||||
31 17.963949 13.362980 0.117850
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 6 1 8
|
|
||||||
2 4 1 4
|
|
||||||
3 5 1 2
|
|
||||||
4 6 1 7
|
|
||||||
5 4 2 4
|
|
||||||
6 2 2 3
|
|
||||||
7 6 2 9
|
|
||||||
8 3 3 6
|
|
||||||
9 1 3 10
|
|
||||||
10 1 3 11
|
|
||||||
11 8 5 6
|
|
||||||
12 13 13 12
|
|
||||||
13 13 18 12
|
|
||||||
14 14 12 19
|
|
||||||
15 15 13 14
|
|
||||||
16 1 13 20
|
|
||||||
17 1 13 21
|
|
||||||
18 13 14 15
|
|
||||||
19 1 14 22
|
|
||||||
20 1 14 23
|
|
||||||
21 14 15 24
|
|
||||||
22 14 15 25
|
|
||||||
23 13 17 16
|
|
||||||
24 14 16 26
|
|
||||||
25 14 16 27
|
|
||||||
26 15 17 18
|
|
||||||
27 1 17 28
|
|
||||||
28 1 17 29
|
|
||||||
29 1 18 30
|
|
||||||
30 1 18 31
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 9 4 1 8
|
|
||||||
2 10 2 1 8
|
|
||||||
3 11 8 1 7
|
|
||||||
4 8 2 1 4
|
|
||||||
5 9 4 1 7
|
|
||||||
6 10 2 1 7
|
|
||||||
7 8 1 2 4
|
|
||||||
8 29 1 2 3
|
|
||||||
9 10 1 2 9
|
|
||||||
10 5 3 2 4
|
|
||||||
11 9 4 2 9
|
|
||||||
12 7 3 2 9
|
|
||||||
13 4 2 3 6
|
|
||||||
14 1 2 3 10
|
|
||||||
15 1 2 3 11
|
|
||||||
16 3 6 3 10
|
|
||||||
17 3 6 3 11
|
|
||||||
18 2 10 3 11
|
|
||||||
19 12 1 4 2
|
|
||||||
20 22 3 6 5
|
|
||||||
21 23 13 12 18
|
|
||||||
22 24 13 12 19
|
|
||||||
23 24 18 12 19
|
|
||||||
24 25 14 13 12
|
|
||||||
25 26 20 13 12
|
|
||||||
26 26 21 13 12
|
|
||||||
27 27 14 13 20
|
|
||||||
28 27 14 13 21
|
|
||||||
29 2 20 13 21
|
|
||||||
30 25 13 14 15
|
|
||||||
31 27 13 14 22
|
|
||||||
32 27 13 14 23
|
|
||||||
33 26 22 14 15
|
|
||||||
34 26 23 14 15
|
|
||||||
35 2 22 14 23
|
|
||||||
36 24 14 15 24
|
|
||||||
37 24 14 15 25
|
|
||||||
38 28 24 15 25
|
|
||||||
39 24 17 16 26
|
|
||||||
40 24 17 16 27
|
|
||||||
41 28 26 16 27
|
|
||||||
42 25 18 17 16
|
|
||||||
43 26 28 17 16
|
|
||||||
44 26 29 17 16
|
|
||||||
45 27 18 17 28
|
|
||||||
46 27 18 17 29
|
|
||||||
47 2 28 17 29
|
|
||||||
48 25 17 18 12
|
|
||||||
49 26 30 18 12
|
|
||||||
50 26 31 18 12
|
|
||||||
51 27 17 18 30
|
|
||||||
52 27 17 18 31
|
|
||||||
53 2 30 18 31
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 10 8 1 4 2
|
|
||||||
2 10 7 1 4 2
|
|
||||||
3 13 4 2 1 8
|
|
||||||
4 12 3 2 1 8
|
|
||||||
5 14 8 1 2 9
|
|
||||||
6 11 3 2 1 4
|
|
||||||
7 13 4 1 2 9
|
|
||||||
8 13 4 2 1 7
|
|
||||||
9 12 3 2 1 7
|
|
||||||
10 14 7 1 2 9
|
|
||||||
11 9 3 2 4 1
|
|
||||||
12 10 9 2 4 1
|
|
||||||
13 34 1 2 3 6
|
|
||||||
14 35 1 2 3 10
|
|
||||||
15 35 1 2 3 11
|
|
||||||
16 36 4 2 3 6
|
|
||||||
17 37 4 2 3 10
|
|
||||||
18 37 4 2 3 11
|
|
||||||
19 38 9 2 3 6
|
|
||||||
20 39 9 2 3 10
|
|
||||||
21 39 9 2 3 11
|
|
||||||
22 8 2 3 6 5
|
|
||||||
23 7 10 3 6 5
|
|
||||||
24 7 11 3 6 5
|
|
||||||
25 27 14 13 12 18
|
|
||||||
26 28 20 13 12 18
|
|
||||||
27 28 21 13 12 18
|
|
||||||
28 29 14 13 12 19
|
|
||||||
29 30 20 13 12 19
|
|
||||||
30 30 21 13 12 19
|
|
||||||
31 27 17 18 12 13
|
|
||||||
32 28 30 18 12 13
|
|
||||||
33 28 31 18 12 13
|
|
||||||
34 29 17 18 12 19
|
|
||||||
35 30 30 18 12 19
|
|
||||||
36 30 31 18 12 19
|
|
||||||
37 31 12 13 14 15
|
|
||||||
38 32 22 14 13 12
|
|
||||||
39 32 23 14 13 12
|
|
||||||
40 32 20 13 14 15
|
|
||||||
41 33 20 13 14 22
|
|
||||||
42 33 20 13 14 23
|
|
||||||
43 32 21 13 14 15
|
|
||||||
44 33 21 13 14 22
|
|
||||||
45 33 21 13 14 23
|
|
||||||
46 29 13 14 15 24
|
|
||||||
47 29 13 14 15 25
|
|
||||||
48 30 22 14 15 24
|
|
||||||
49 30 22 14 15 25
|
|
||||||
50 30 23 14 15 24
|
|
||||||
51 30 23 14 15 25
|
|
||||||
52 29 18 17 16 26
|
|
||||||
53 30 28 17 16 26
|
|
||||||
54 30 29 17 16 26
|
|
||||||
55 29 18 17 16 27
|
|
||||||
56 30 28 17 16 27
|
|
||||||
57 30 29 17 16 27
|
|
||||||
58 31 16 17 18 12
|
|
||||||
59 32 30 18 17 16
|
|
||||||
60 32 31 18 17 16
|
|
||||||
61 32 28 17 18 12
|
|
||||||
62 33 28 17 18 30
|
|
||||||
63 33 28 17 18 31
|
|
||||||
64 32 29 17 18 12
|
|
||||||
65 33 29 17 18 30
|
|
||||||
66 33 29 17 18 31
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 4 13 12 18 19
|
|
||||||
2 5 14 15 24 25
|
|
||||||
3 5 17 16 26 27
|
|
||||||
4 1 2 1 4 8
|
|
||||||
5 1 4 1 8 7
|
|
||||||
6 1 2 1 8 7
|
|
||||||
7 1 2 1 4 7
|
|
||||||
8 1 1 2 3 4
|
|
||||||
9 1 1 2 4 9
|
|
||||||
10 1 1 2 3 9
|
|
||||||
11 1 3 2 4 9
|
|
||||||
12 1 2 3 6 10
|
|
||||||
13 1 2 3 6 11
|
|
||||||
14 1 2 3 10 11
|
|
||||||
15 1 6 3 10 11
|
|
||||||
16 1 14 13 20 12
|
|
||||||
17 1 14 13 21 12
|
|
||||||
18 1 20 13 21 12
|
|
||||||
19 1 14 13 20 21
|
|
||||||
20 1 13 14 22 15
|
|
||||||
21 1 13 14 23 15
|
|
||||||
22 1 13 14 22 23
|
|
||||||
23 1 22 14 23 15
|
|
||||||
24 1 18 17 28 16
|
|
||||||
25 1 18 17 29 16
|
|
||||||
26 1 28 17 29 16
|
|
||||||
27 1 18 17 28 29
|
|
||||||
28 1 17 18 30 12
|
|
||||||
29 1 17 18 31 12
|
|
||||||
30 1 30 18 31 12
|
|
||||||
31 1 17 18 30 31
|
|
||||||
@ -0,0 +1,307 @@
|
|||||||
|
rxn1_stp1_pre
|
||||||
|
|
||||||
|
31 atoms
|
||||||
|
30 bonds
|
||||||
|
53 angles
|
||||||
|
66 dihedrals
|
||||||
|
3 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 19.846881866 9.569665909 -1.229588389
|
||||||
|
2 21.168802261 9.331465721 -0.418038189
|
||||||
|
3 21.253011703 8.067935944 0.460721821
|
||||||
|
4 20.170442581 10.460656166 0.020691812
|
||||||
|
5 21.891691208 5.906195641 0.464151829
|
||||||
|
6 21.818471909 6.999865532 -0.296268165
|
||||||
|
7 19.932210922 10.027435303 -2.215008259
|
||||||
|
8 19.051721573 8.829115868 -1.132808328
|
||||||
|
9 22.229072571 9.293536186 -0.665088177
|
||||||
|
10 21.880441666 8.270675659 1.328161597
|
||||||
|
11 20.253072739 7.789125919 0.792481780
|
||||||
|
12 16.072589874 12.338870049 -0.174329996
|
||||||
|
13 16.557260513 11.130319595 0.587289989
|
||||||
|
14 18.074569702 10.998809814 0.366079986
|
||||||
|
15 18.353969574 10.832369804 -1.107720017
|
||||||
|
16 14.920720100 15.017820358 -0.200529993
|
||||||
|
17 16.390430450 14.791099548 -0.460440010
|
||||||
|
18 16.852979660 13.538319588 0.304870009
|
||||||
|
19 16.263750076 12.190560341 -1.257429957
|
||||||
|
20 16.025360107 10.195070267 0.210470006
|
||||||
|
21 16.347120285 11.269209862 1.698830009
|
||||||
|
22 18.467180252 10.092570305 0.934800029
|
||||||
|
23 18.592390060 11.941300392 0.744639993
|
||||||
|
24 17.843860626 9.919930458 -1.479779959
|
||||||
|
25 19.448190689 10.736479759 -1.267519951
|
||||||
|
26 14.344120026 14.136249542 -0.550130010
|
||||||
|
27 14.583470345 15.922760010 -0.747139990
|
||||||
|
28 16.984060287 15.696009636 -0.102600001
|
||||||
|
29 16.562419891 14.639820099 -1.577000022
|
||||||
|
30 16.674819946 13.685669899 1.420760036
|
||||||
|
31 17.963949203 13.362979889 0.117849998
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c3m
|
||||||
|
2 c3m
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 o3e
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 oc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 hc
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 hc
|
||||||
|
12 na
|
||||||
|
13 c2
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 na
|
||||||
|
16 na
|
||||||
|
17 c2
|
||||||
|
18 c2
|
||||||
|
19 hn
|
||||||
|
20 hc
|
||||||
|
21 hc
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 hc
|
||||||
|
24 hn
|
||||||
|
25 hn
|
||||||
|
26 hn
|
||||||
|
27 hn
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 hc
|
||||||
|
31 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 0.000000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.100000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.000000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 -0.025000
|
||||||
|
16 -0.025000
|
||||||
|
17 0.000000
|
||||||
|
18 0.000000
|
||||||
|
19 0.000000
|
||||||
|
20 0.000000
|
||||||
|
21 0.000000
|
||||||
|
22 0.000000
|
||||||
|
23 0.000000
|
||||||
|
24 0.000000
|
||||||
|
25 0.000000
|
||||||
|
26 0.000000
|
||||||
|
27 0.000000
|
||||||
|
28 0.000000
|
||||||
|
29 0.000000
|
||||||
|
30 0.000000
|
||||||
|
31 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c3m-hc 1 8
|
||||||
|
2 c3m-o3e 1 4
|
||||||
|
3 c3m-c3m 1 2
|
||||||
|
4 c3m-hc 1 7
|
||||||
|
5 c3m-o3e 2 4
|
||||||
|
6 c3m-c2 2 3
|
||||||
|
7 c3m-hc 2 9
|
||||||
|
8 c2-oc 3 6
|
||||||
|
9 c2-hc 3 10
|
||||||
|
10 c2-hc 3 11
|
||||||
|
11 cp-oc 5 6
|
||||||
|
12 c2-na 13 12
|
||||||
|
13 c2-na 18 12
|
||||||
|
14 na-hn 12 19
|
||||||
|
15 c2-c2 13 14
|
||||||
|
16 c2-hc 13 20
|
||||||
|
17 c2-hc 13 21
|
||||||
|
18 c2-na 14 15
|
||||||
|
19 c2-hc 14 22
|
||||||
|
20 c2-hc 14 23
|
||||||
|
21 na-hn 15 24
|
||||||
|
22 na-hn 15 25
|
||||||
|
23 c2-na 17 16
|
||||||
|
24 na-hn 16 26
|
||||||
|
25 na-hn 16 27
|
||||||
|
26 c2-c2 17 18
|
||||||
|
27 c2-hc 17 28
|
||||||
|
28 c2-hc 17 29
|
||||||
|
29 c2-hc 18 30
|
||||||
|
30 c2-hc 18 31
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 o3e-c3m-hc 4 1 8
|
||||||
|
2 c3m-c3m-hc 2 1 8
|
||||||
|
3 hc-c3m-hc 8 1 7
|
||||||
|
4 c3m-c3m-o3e 2 1 4
|
||||||
|
5 o3e-c3m-hc 4 1 7
|
||||||
|
6 c3m-c3m-hc 2 1 7
|
||||||
|
7 c3m-c3m-o3e 1 2 4
|
||||||
|
8 c3m-c3m-c2 1 2 3
|
||||||
|
9 c3m-c3m-hc 1 2 9
|
||||||
|
10 c2-c3m-o3e 3 2 4
|
||||||
|
11 o3e-c3m-hc 4 2 9
|
||||||
|
12 c2-c3m-hc 3 2 9
|
||||||
|
13 c3m-c2-oc 2 3 6
|
||||||
|
14 c3m-c2-hc 2 3 10
|
||||||
|
15 c3m-c2-hc 2 3 11
|
||||||
|
16 oc-c2-hc 6 3 10
|
||||||
|
17 oc-c2-hc 6 3 11
|
||||||
|
18 hc-c2-hc 10 3 11
|
||||||
|
19 c3m-o3e-c3m 1 4 2
|
||||||
|
20 c2-oc-cp 3 6 5
|
||||||
|
21 c2-na-c2 13 12 18
|
||||||
|
22 c2-na-hn 13 12 19
|
||||||
|
23 c2-na-hn 18 12 19
|
||||||
|
24 c2-c2-na 14 13 12
|
||||||
|
25 hc-c2-na 20 13 12
|
||||||
|
26 hc-c2-na 21 13 12
|
||||||
|
27 c2-c2-hc 14 13 20
|
||||||
|
28 c2-c2-hc 14 13 21
|
||||||
|
29 hc-c2-hc 20 13 21
|
||||||
|
30 c2-c2-na 13 14 15
|
||||||
|
31 c2-c2-hc 13 14 22
|
||||||
|
32 c2-c2-hc 13 14 23
|
||||||
|
33 hc-c2-na 22 14 15
|
||||||
|
34 hc-c2-na 23 14 15
|
||||||
|
35 hc-c2-hc 22 14 23
|
||||||
|
36 c2-na-hn 14 15 24
|
||||||
|
37 c2-na-hn 14 15 25
|
||||||
|
38 hn-na-hn 24 15 25
|
||||||
|
39 c2-na-hn 17 16 26
|
||||||
|
40 c2-na-hn 17 16 27
|
||||||
|
41 hn-na-hn 26 16 27
|
||||||
|
42 c2-c2-na 18 17 16
|
||||||
|
43 hc-c2-na 28 17 16
|
||||||
|
44 hc-c2-na 29 17 16
|
||||||
|
45 c2-c2-hc 18 17 28
|
||||||
|
46 c2-c2-hc 18 17 29
|
||||||
|
47 hc-c2-hc 28 17 29
|
||||||
|
48 c2-c2-na 17 18 12
|
||||||
|
49 hc-c2-na 30 18 12
|
||||||
|
50 hc-c2-na 31 18 12
|
||||||
|
51 c2-c2-hc 17 18 30
|
||||||
|
52 c2-c2-hc 17 18 31
|
||||||
|
53 hc-c2-hc 30 18 31
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c3m-o3e-c3m 8 1 4 2
|
||||||
|
2 hc-c3m-o3e-c3m 7 1 4 2
|
||||||
|
3 o3e-c3m-c3m-hc 4 2 1 8
|
||||||
|
4 c2-c3m-c3m-hc 3 2 1 8
|
||||||
|
5 hc-c3m-c3m-hc 8 1 2 9
|
||||||
|
6 c2-c3m-c3m-o3e 3 2 1 4
|
||||||
|
7 o3e-c3m-c3m-hc 4 1 2 9
|
||||||
|
8 o3e-c3m-c3m-hc 4 2 1 7
|
||||||
|
9 c2-c3m-c3m-hc 3 2 1 7
|
||||||
|
10 hc-c3m-c3m-hc 7 1 2 9
|
||||||
|
11 c2-c3m-o3e-c3m 3 2 4 1
|
||||||
|
12 hc-c3m-o3e-c3m 9 2 4 1
|
||||||
|
13 c3m-c3m-c2-oc 1 2 3 6
|
||||||
|
14 c3m-c3m-c2-hc 1 2 3 10
|
||||||
|
15 c3m-c3m-c2-hc 1 2 3 11
|
||||||
|
16 o3e-c3m-c2-oc 4 2 3 6
|
||||||
|
17 o3e-c3m-c2-hc 4 2 3 10
|
||||||
|
18 o3e-c3m-c2-hc 4 2 3 11
|
||||||
|
19 hc-c3m-c2-oc 9 2 3 6
|
||||||
|
20 hc-c3m-c2-hc 9 2 3 10
|
||||||
|
21 hc-c3m-c2-hc 9 2 3 11
|
||||||
|
22 c3m-c2-oc-cp 2 3 6 5
|
||||||
|
23 hc-c2-oc-cp 10 3 6 5
|
||||||
|
24 hc-c2-oc-cp 11 3 6 5
|
||||||
|
25 c2-c2-na-c2 14 13 12 18
|
||||||
|
26 hc-c2-na-c2 20 13 12 18
|
||||||
|
27 hc-c2-na-c2 21 13 12 18
|
||||||
|
28 c2-c2-na-hn 14 13 12 19
|
||||||
|
29 hc-c2-na-hn 20 13 12 19
|
||||||
|
30 hc-c2-na-hn 21 13 12 19
|
||||||
|
31 c2-c2-na-c2 17 18 12 13
|
||||||
|
32 hc-c2-na-c2 30 18 12 13
|
||||||
|
33 hc-c2-na-c2 31 18 12 13
|
||||||
|
34 c2-c2-na-hn 17 18 12 19
|
||||||
|
35 hc-c2-na-hn 30 18 12 19
|
||||||
|
36 hc-c2-na-hn 31 18 12 19
|
||||||
|
37 na-c2-c2-na 12 13 14 15
|
||||||
|
38 hc-c2-c2-na 22 14 13 12
|
||||||
|
39 hc-c2-c2-na 23 14 13 12
|
||||||
|
40 hc-c2-c2-na 20 13 14 15
|
||||||
|
41 hc-c2-c2-hc 20 13 14 22
|
||||||
|
42 hc-c2-c2-hc 20 13 14 23
|
||||||
|
43 hc-c2-c2-na 21 13 14 15
|
||||||
|
44 hc-c2-c2-hc 21 13 14 22
|
||||||
|
45 hc-c2-c2-hc 21 13 14 23
|
||||||
|
46 c2-c2-na-hn 13 14 15 24
|
||||||
|
47 c2-c2-na-hn 13 14 15 25
|
||||||
|
48 hc-c2-na-hn 22 14 15 24
|
||||||
|
49 hc-c2-na-hn 22 14 15 25
|
||||||
|
50 hc-c2-na-hn 23 14 15 24
|
||||||
|
51 hc-c2-na-hn 23 14 15 25
|
||||||
|
52 c2-c2-na-hn 18 17 16 26
|
||||||
|
53 hc-c2-na-hn 28 17 16 26
|
||||||
|
54 hc-c2-na-hn 29 17 16 26
|
||||||
|
55 c2-c2-na-hn 18 17 16 27
|
||||||
|
56 hc-c2-na-hn 28 17 16 27
|
||||||
|
57 hc-c2-na-hn 29 17 16 27
|
||||||
|
58 na-c2-c2-na 16 17 18 12
|
||||||
|
59 hc-c2-c2-na 30 18 17 16
|
||||||
|
60 hc-c2-c2-na 31 18 17 16
|
||||||
|
61 hc-c2-c2-na 28 17 18 12
|
||||||
|
62 hc-c2-c2-hc 28 17 18 30
|
||||||
|
63 hc-c2-c2-hc 28 17 18 31
|
||||||
|
64 hc-c2-c2-na 29 17 18 12
|
||||||
|
65 hc-c2-c2-hc 29 17 18 30
|
||||||
|
66 hc-c2-c2-hc 29 17 18 31
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-na-c2-hn 13 12 18 19
|
||||||
|
2 c2-na-hn-hn 14 15 24 25
|
||||||
|
3 c2-na-hn-hn 17 16 26 27
|
||||||
@ -1,307 +0,0 @@
|
|||||||
rxn1_stp2_post
|
|
||||||
|
|
||||||
31 atoms
|
|
||||||
30 bonds
|
|
||||||
53 angles
|
|
||||||
72 dihedrals
|
|
||||||
31 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 6
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 7
|
|
||||||
5 4
|
|
||||||
6 7
|
|
||||||
7 8
|
|
||||||
8 8
|
|
||||||
9 8
|
|
||||||
10 8
|
|
||||||
11 8
|
|
||||||
12 9
|
|
||||||
13 1
|
|
||||||
14 1
|
|
||||||
15 9
|
|
||||||
16 9
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 1
|
|
||||||
19 10
|
|
||||||
20 8
|
|
||||||
21 8
|
|
||||||
22 8
|
|
||||||
23 8
|
|
||||||
24 10
|
|
||||||
25 11
|
|
||||||
26 10
|
|
||||||
27 10
|
|
||||||
28 8
|
|
||||||
29 8
|
|
||||||
30 8
|
|
||||||
31 8
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 0.000000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.100000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.000000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 0.000000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 -0.025000
|
|
||||||
16 -0.025000
|
|
||||||
17 0.000000
|
|
||||||
18 0.000000
|
|
||||||
19 0.000000
|
|
||||||
20 0.000000
|
|
||||||
21 0.000000
|
|
||||||
22 0.000000
|
|
||||||
23 0.000000
|
|
||||||
24 0.000000
|
|
||||||
25 0.000000
|
|
||||||
26 0.000000
|
|
||||||
27 0.000000
|
|
||||||
28 0.000000
|
|
||||||
29 0.000000
|
|
||||||
30 0.000000
|
|
||||||
31 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 19.846411 9.569080 -1.229960
|
|
||||||
2 21.168550 9.331390 -0.418120
|
|
||||||
3 21.253010 8.067940 0.460720
|
|
||||||
4 21.330839 10.304280 -0.253340
|
|
||||||
5 21.891689 5.906200 0.464150
|
|
||||||
6 21.818470 6.999870 -0.296270
|
|
||||||
7 19.931601 10.026600 -2.215510
|
|
||||||
8 19.051279 8.828540 -1.132880
|
|
||||||
9 22.228800 9.293580 -0.665280
|
|
||||||
10 21.880541 8.270810 1.328060
|
|
||||||
11 20.253151 7.789050 0.792640
|
|
||||||
12 16.072720 12.338940 -0.174630
|
|
||||||
13 16.557051 11.130580 0.587500
|
|
||||||
14 18.074381 10.998730 0.366590
|
|
||||||
15 18.354031 10.832100 -1.107140
|
|
||||||
16 14.920880 15.018100 -0.201130
|
|
||||||
17 16.390551 14.791140 -0.461060
|
|
||||||
18 16.852989 13.538490 0.304530
|
|
||||||
19 16.264271 12.190330 -1.257620
|
|
||||||
20 16.025061 10.195290 0.210910
|
|
||||||
21 16.346741 11.269890 1.698950
|
|
||||||
22 18.466690 10.092460 0.935470
|
|
||||||
23 18.592319 11.941150 0.745170
|
|
||||||
24 17.213690 10.780300 -1.896260
|
|
||||||
25 20.881861 11.302060 -0.773030
|
|
||||||
26 14.344180 14.136430 -0.550280
|
|
||||||
27 14.583670 15.922830 -0.748110
|
|
||||||
28 16.984310 15.696060 -0.103470
|
|
||||||
29 16.562460 14.639560 -1.577590
|
|
||||||
30 16.674610 13.686010 1.420370
|
|
||||||
31 17.964001 13.363150 0.117750
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 1 8
|
|
||||||
2 16 1 2
|
|
||||||
3 1 1 7
|
|
||||||
4 13 1 15
|
|
||||||
5 16 3 2
|
|
||||||
6 12 2 9
|
|
||||||
7 17 2 4
|
|
||||||
8 3 3 6
|
|
||||||
9 1 3 10
|
|
||||||
10 1 3 11
|
|
||||||
11 18 4 25
|
|
||||||
12 8 6 5
|
|
||||||
13 13 13 12
|
|
||||||
14 13 18 12
|
|
||||||
15 14 12 19
|
|
||||||
16 15 13 14
|
|
||||||
17 1 13 20
|
|
||||||
18 1 13 21
|
|
||||||
19 13 14 15
|
|
||||||
20 1 14 22
|
|
||||||
21 1 14 23
|
|
||||||
22 14 15 24
|
|
||||||
23 13 17 16
|
|
||||||
24 14 16 26
|
|
||||||
25 14 16 27
|
|
||||||
26 15 17 18
|
|
||||||
27 1 17 28
|
|
||||||
28 1 17 29
|
|
||||||
29 1 18 30
|
|
||||||
30 1 18 31
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 30 2 1 8
|
|
||||||
2 2 8 1 7
|
|
||||||
3 26 8 1 15
|
|
||||||
4 30 2 1 7
|
|
||||||
5 31 2 1 15
|
|
||||||
6 26 7 1 15
|
|
||||||
7 32 1 2 3
|
|
||||||
8 33 1 2 9
|
|
||||||
9 34 1 2 4
|
|
||||||
10 33 3 2 9
|
|
||||||
11 34 3 2 4
|
|
||||||
12 35 4 2 9
|
|
||||||
13 36 2 3 6
|
|
||||||
14 30 2 3 10
|
|
||||||
15 30 2 3 11
|
|
||||||
16 3 6 3 10
|
|
||||||
17 3 6 3 11
|
|
||||||
18 2 10 3 11
|
|
||||||
19 37 2 4 25
|
|
||||||
20 22 3 6 5
|
|
||||||
21 23 13 12 18
|
|
||||||
22 24 13 12 19
|
|
||||||
23 24 18 12 19
|
|
||||||
24 25 14 13 12
|
|
||||||
25 26 20 13 12
|
|
||||||
26 26 21 13 12
|
|
||||||
27 27 14 13 20
|
|
||||||
28 27 14 13 21
|
|
||||||
29 2 20 13 21
|
|
||||||
30 25 13 14 15
|
|
||||||
31 27 13 14 22
|
|
||||||
32 27 13 14 23
|
|
||||||
33 26 22 14 15
|
|
||||||
34 26 23 14 15
|
|
||||||
35 2 22 14 23
|
|
||||||
36 23 1 15 14
|
|
||||||
37 24 1 15 24
|
|
||||||
38 24 14 15 24
|
|
||||||
39 24 17 16 26
|
|
||||||
40 24 17 16 27
|
|
||||||
41 28 26 16 27
|
|
||||||
42 25 18 17 16
|
|
||||||
43 26 28 17 16
|
|
||||||
44 26 29 17 16
|
|
||||||
45 27 18 17 28
|
|
||||||
46 27 18 17 29
|
|
||||||
47 2 28 17 29
|
|
||||||
48 25 17 18 12
|
|
||||||
49 26 30 18 12
|
|
||||||
50 26 31 18 12
|
|
||||||
51 27 17 18 30
|
|
||||||
52 27 17 18 31
|
|
||||||
53 2 30 18 31
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 40 8 1 2 3
|
|
||||||
2 41 8 1 2 9
|
|
||||||
3 42 8 1 2 4
|
|
||||||
4 40 7 1 2 3
|
|
||||||
5 41 7 1 2 9
|
|
||||||
6 42 7 1 2 4
|
|
||||||
7 43 15 1 2 3
|
|
||||||
8 44 15 1 2 9
|
|
||||||
9 45 15 1 2 4
|
|
||||||
10 28 8 1 15 14
|
|
||||||
11 30 8 1 15 24
|
|
||||||
12 46 2 1 15 14
|
|
||||||
13 47 2 1 15 24
|
|
||||||
14 28 7 1 15 14
|
|
||||||
15 30 7 1 15 24
|
|
||||||
16 48 6 3 2 1
|
|
||||||
17 40 10 3 2 1
|
|
||||||
18 40 11 3 2 1
|
|
||||||
19 49 6 3 2 9
|
|
||||||
20 41 10 3 2 9
|
|
||||||
21 41 11 3 2 9
|
|
||||||
22 50 6 3 2 4
|
|
||||||
23 42 10 3 2 4
|
|
||||||
24 42 11 3 2 4
|
|
||||||
25 52 1 2 4 25
|
|
||||||
26 52 3 2 4 25
|
|
||||||
27 53 9 2 4 25
|
|
||||||
28 51 2 3 6 5
|
|
||||||
29 7 10 3 6 5
|
|
||||||
30 7 11 3 6 5
|
|
||||||
31 27 14 13 12 18
|
|
||||||
32 28 20 13 12 18
|
|
||||||
33 28 21 13 12 18
|
|
||||||
34 29 14 13 12 19
|
|
||||||
35 30 20 13 12 19
|
|
||||||
36 30 21 13 12 19
|
|
||||||
37 27 17 18 12 13
|
|
||||||
38 28 30 18 12 13
|
|
||||||
39 28 31 18 12 13
|
|
||||||
40 29 17 18 12 19
|
|
||||||
41 30 30 18 12 19
|
|
||||||
42 30 31 18 12 19
|
|
||||||
43 31 12 13 14 15
|
|
||||||
44 32 22 14 13 12
|
|
||||||
45 32 23 14 13 12
|
|
||||||
46 32 20 13 14 15
|
|
||||||
47 33 20 13 14 22
|
|
||||||
48 33 20 13 14 23
|
|
||||||
49 32 21 13 14 15
|
|
||||||
50 33 21 13 14 22
|
|
||||||
51 33 21 13 14 23
|
|
||||||
52 27 13 14 15 1
|
|
||||||
53 29 13 14 15 24
|
|
||||||
54 28 22 14 15 1
|
|
||||||
55 30 22 14 15 24
|
|
||||||
56 28 23 14 15 1
|
|
||||||
57 30 23 14 15 24
|
|
||||||
58 29 18 17 16 26
|
|
||||||
59 30 28 17 16 26
|
|
||||||
60 30 29 17 16 26
|
|
||||||
61 29 18 17 16 27
|
|
||||||
62 30 28 17 16 27
|
|
||||||
63 30 29 17 16 27
|
|
||||||
64 31 16 17 18 12
|
|
||||||
65 32 30 18 17 16
|
|
||||||
66 32 31 18 17 16
|
|
||||||
67 32 28 17 18 12
|
|
||||||
68 33 28 17 18 30
|
|
||||||
69 33 28 17 18 31
|
|
||||||
70 32 29 17 18 12
|
|
||||||
71 33 29 17 18 30
|
|
||||||
72 33 29 17 18 31
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 4 13 12 18 19
|
|
||||||
2 4 1 15 14 24
|
|
||||||
3 5 17 16 26 27
|
|
||||||
4 1 2 1 8 7
|
|
||||||
5 1 2 1 8 15
|
|
||||||
6 1 8 1 7 15
|
|
||||||
7 1 2 1 7 15
|
|
||||||
8 1 1 2 3 9
|
|
||||||
9 1 1 2 3 4
|
|
||||||
10 1 1 2 4 9
|
|
||||||
11 1 3 2 4 9
|
|
||||||
12 1 2 3 6 10
|
|
||||||
13 1 2 3 6 11
|
|
||||||
14 1 2 3 10 11
|
|
||||||
15 1 6 3 10 11
|
|
||||||
16 1 14 13 20 12
|
|
||||||
17 1 14 13 21 12
|
|
||||||
18 1 20 13 21 12
|
|
||||||
19 1 14 13 20 21
|
|
||||||
20 1 13 14 22 15
|
|
||||||
21 1 13 14 23 15
|
|
||||||
22 1 13 14 22 23
|
|
||||||
23 1 22 14 23 15
|
|
||||||
24 1 18 17 28 16
|
|
||||||
25 1 18 17 29 16
|
|
||||||
26 1 28 17 29 16
|
|
||||||
27 1 18 17 28 29
|
|
||||||
28 1 17 18 30 12
|
|
||||||
29 1 17 18 31 12
|
|
||||||
30 1 30 18 31 12
|
|
||||||
31 1 17 18 30 31
|
|
||||||
@ -0,0 +1,313 @@
|
|||||||
|
rxn1_stp2_post
|
||||||
|
|
||||||
|
31 atoms
|
||||||
|
30 bonds
|
||||||
|
53 angles
|
||||||
|
72 dihedrals
|
||||||
|
3 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 19.846410751 9.569080353 -1.229959965
|
||||||
|
2 21.168550491 9.331390381 -0.418119997
|
||||||
|
3 21.253009796 8.067939758 0.460720003
|
||||||
|
4 21.330839157 10.304280281 -0.253340006
|
||||||
|
5 21.891689301 5.906199932 0.464150012
|
||||||
|
6 21.818470001 6.999869823 -0.296270013
|
||||||
|
7 19.931600571 10.026599884 -2.215509892
|
||||||
|
8 19.051279068 8.828539848 -1.132879972
|
||||||
|
9 22.228799820 9.293580055 -0.665279984
|
||||||
|
10 21.880540848 8.270810127 1.328060031
|
||||||
|
11 20.253150940 7.789050102 0.792639971
|
||||||
|
12 16.072719574 12.338939667 -0.174630001
|
||||||
|
13 16.557050705 11.130579948 0.587499976
|
||||||
|
14 18.074380875 10.998729706 0.366589993
|
||||||
|
15 18.354030609 10.832099915 -1.107139945
|
||||||
|
16 14.920880318 15.018099785 -0.201130003
|
||||||
|
17 16.390550613 14.791139603 -0.461059988
|
||||||
|
18 16.852989197 13.538490295 0.304529995
|
||||||
|
19 16.264270782 12.190329552 -1.257619977
|
||||||
|
20 16.025060654 10.195289612 0.210910007
|
||||||
|
21 16.346740723 11.269889832 1.698950052
|
||||||
|
22 18.466690063 10.092459679 0.935469985
|
||||||
|
23 18.592319489 11.941149712 0.745169997
|
||||||
|
24 17.213689804 10.780300140 -1.896260023
|
||||||
|
25 20.881860733 11.302060127 -0.773029983
|
||||||
|
26 14.344180107 14.136429787 -0.550279975
|
||||||
|
27 14.583669662 15.922829628 -0.748109996
|
||||||
|
28 16.984310150 15.696060181 -0.103469998
|
||||||
|
29 16.562459946 14.639559746 -1.577589989
|
||||||
|
30 16.674610138 13.686010361 1.420369983
|
||||||
|
31 17.964000702 13.363149643 0.117749996
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2
|
||||||
|
2 c3
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 oc
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 oc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 hc
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 hc
|
||||||
|
12 na
|
||||||
|
13 c2
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 na
|
||||||
|
16 na
|
||||||
|
17 c2
|
||||||
|
18 c2
|
||||||
|
19 hn
|
||||||
|
20 hc
|
||||||
|
21 hc
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 hc
|
||||||
|
24 hn
|
||||||
|
25 ho
|
||||||
|
26 hn
|
||||||
|
27 hn
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 hc
|
||||||
|
31 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 0.000000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.100000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.000000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 -0.025000
|
||||||
|
16 -0.025000
|
||||||
|
17 0.000000
|
||||||
|
18 0.000000
|
||||||
|
19 0.000000
|
||||||
|
20 0.000000
|
||||||
|
21 0.000000
|
||||||
|
22 0.000000
|
||||||
|
23 0.000000
|
||||||
|
24 0.000000
|
||||||
|
25 0.000000
|
||||||
|
26 0.000000
|
||||||
|
27 0.000000
|
||||||
|
28 0.000000
|
||||||
|
29 0.000000
|
||||||
|
30 0.000000
|
||||||
|
31 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-hc 1 8
|
||||||
|
2 c2-c3 1 2
|
||||||
|
3 c2-hc 1 7
|
||||||
|
4 c2-na 1 15
|
||||||
|
5 c2-c3 3 2
|
||||||
|
6 c3-hc 2 9
|
||||||
|
7 c3-oc 2 4
|
||||||
|
8 c2-oc 3 6
|
||||||
|
9 c2-hc 3 10
|
||||||
|
10 c2-hc 3 11
|
||||||
|
11 oc-ho 4 25
|
||||||
|
12 cp-oc 6 5
|
||||||
|
13 c2-na 13 12
|
||||||
|
14 c2-na 18 12
|
||||||
|
15 na-hn 12 19
|
||||||
|
16 c2-c2 13 14
|
||||||
|
17 c2-hc 13 20
|
||||||
|
18 c2-hc 13 21
|
||||||
|
19 c2-na 14 15
|
||||||
|
20 c2-hc 14 22
|
||||||
|
21 c2-hc 14 23
|
||||||
|
22 na-hn 15 24
|
||||||
|
23 c2-na 17 16
|
||||||
|
24 na-hn 16 26
|
||||||
|
25 na-hn 16 27
|
||||||
|
26 c2-c2 17 18
|
||||||
|
27 c2-hc 17 28
|
||||||
|
28 c2-hc 17 29
|
||||||
|
29 c2-hc 18 30
|
||||||
|
30 c2-hc 18 31
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c3-c2-hc 2 1 8
|
||||||
|
2 hc-c2-hc 8 1 7
|
||||||
|
3 hc-c2-na 8 1 15
|
||||||
|
4 c3-c2-hc 2 1 7
|
||||||
|
5 c3-c2-na 2 1 15
|
||||||
|
6 hc-c2-na 7 1 15
|
||||||
|
7 c2-c3-c2 1 2 3
|
||||||
|
8 c2-c3-hc 1 2 9
|
||||||
|
9 c2-c3-oc 1 2 4
|
||||||
|
10 c2-c3-hc 3 2 9
|
||||||
|
11 c2-c3-oc 3 2 4
|
||||||
|
12 oc-c3-hc 4 2 9
|
||||||
|
13 c3-c2-oc 2 3 6
|
||||||
|
14 c3-c2-hc 2 3 10
|
||||||
|
15 c3-c2-hc 2 3 11
|
||||||
|
16 oc-c2-hc 6 3 10
|
||||||
|
17 oc-c2-hc 6 3 11
|
||||||
|
18 hc-c2-hc 10 3 11
|
||||||
|
19 c3-oc-ho 2 4 25
|
||||||
|
20 c2-oc-cp 3 6 5
|
||||||
|
21 c2-na-c2 13 12 18
|
||||||
|
22 c2-na-hn 13 12 19
|
||||||
|
23 c2-na-hn 18 12 19
|
||||||
|
24 c2-c2-na 14 13 12
|
||||||
|
25 hc-c2-na 20 13 12
|
||||||
|
26 hc-c2-na 21 13 12
|
||||||
|
27 c2-c2-hc 14 13 20
|
||||||
|
28 c2-c2-hc 14 13 21
|
||||||
|
29 hc-c2-hc 20 13 21
|
||||||
|
30 c2-c2-na 13 14 15
|
||||||
|
31 c2-c2-hc 13 14 22
|
||||||
|
32 c2-c2-hc 13 14 23
|
||||||
|
33 hc-c2-na 22 14 15
|
||||||
|
34 hc-c2-na 23 14 15
|
||||||
|
35 hc-c2-hc 22 14 23
|
||||||
|
36 c2-na-c2 1 15 14
|
||||||
|
37 c2-na-hn 1 15 24
|
||||||
|
38 c2-na-hn 14 15 24
|
||||||
|
39 c2-na-hn 17 16 26
|
||||||
|
40 c2-na-hn 17 16 27
|
||||||
|
41 hn-na-hn 26 16 27
|
||||||
|
42 c2-c2-na 18 17 16
|
||||||
|
43 hc-c2-na 28 17 16
|
||||||
|
44 hc-c2-na 29 17 16
|
||||||
|
45 c2-c2-hc 18 17 28
|
||||||
|
46 c2-c2-hc 18 17 29
|
||||||
|
47 hc-c2-hc 28 17 29
|
||||||
|
48 c2-c2-na 17 18 12
|
||||||
|
49 hc-c2-na 30 18 12
|
||||||
|
50 hc-c2-na 31 18 12
|
||||||
|
51 c2-c2-hc 17 18 30
|
||||||
|
52 c2-c2-hc 17 18 31
|
||||||
|
53 hc-c2-hc 30 18 31
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c2-c3-c2 8 1 2 3
|
||||||
|
2 hc-c2-c3-hc 8 1 2 9
|
||||||
|
3 hc-c2-c3-oc 8 1 2 4
|
||||||
|
4 hc-c2-c3-c2 7 1 2 3
|
||||||
|
5 hc-c2-c3-hc 7 1 2 9
|
||||||
|
6 hc-c2-c3-oc 7 1 2 4
|
||||||
|
7 na-c2-c3-c2 15 1 2 3
|
||||||
|
8 na-c2-c3-hc 15 1 2 9
|
||||||
|
9 na-c2-c3-oc 15 1 2 4
|
||||||
|
10 hc-c2-na-c2 8 1 15 14
|
||||||
|
11 hc-c2-na-hn 8 1 15 24
|
||||||
|
12 c3-c2-na-c2 2 1 15 14
|
||||||
|
13 c3-c2-na-hn 2 1 15 24
|
||||||
|
14 hc-c2-na-c2 7 1 15 14
|
||||||
|
15 hc-c2-na-hn 7 1 15 24
|
||||||
|
16 oc-c2-c3-c2 6 3 2 1
|
||||||
|
17 hc-c2-c3-c2 10 3 2 1
|
||||||
|
18 hc-c2-c3-c2 11 3 2 1
|
||||||
|
19 oc-c2-c3-hc 6 3 2 9
|
||||||
|
20 hc-c2-c3-hc 10 3 2 9
|
||||||
|
21 hc-c2-c3-hc 11 3 2 9
|
||||||
|
22 oc-c2-c3-oc 6 3 2 4
|
||||||
|
23 hc-c2-c3-oc 10 3 2 4
|
||||||
|
24 hc-c2-c3-oc 11 3 2 4
|
||||||
|
25 c2-c3-oc-ho 1 2 4 25
|
||||||
|
26 c2-c3-oc-ho 3 2 4 25
|
||||||
|
27 hc-c3-oc-ho 9 2 4 25
|
||||||
|
28 c3-c2-oc-cp 2 3 6 5
|
||||||
|
29 hc-c2-oc-cp 10 3 6 5
|
||||||
|
30 hc-c2-oc-cp 11 3 6 5
|
||||||
|
31 c2-c2-na-c2 14 13 12 18
|
||||||
|
32 hc-c2-na-c2 20 13 12 18
|
||||||
|
33 hc-c2-na-c2 21 13 12 18
|
||||||
|
34 c2-c2-na-hn 14 13 12 19
|
||||||
|
35 hc-c2-na-hn 20 13 12 19
|
||||||
|
36 hc-c2-na-hn 21 13 12 19
|
||||||
|
37 c2-c2-na-c2 17 18 12 13
|
||||||
|
38 hc-c2-na-c2 30 18 12 13
|
||||||
|
39 hc-c2-na-c2 31 18 12 13
|
||||||
|
40 c2-c2-na-hn 17 18 12 19
|
||||||
|
41 hc-c2-na-hn 30 18 12 19
|
||||||
|
42 hc-c2-na-hn 31 18 12 19
|
||||||
|
43 na-c2-c2-na 12 13 14 15
|
||||||
|
44 hc-c2-c2-na 22 14 13 12
|
||||||
|
45 hc-c2-c2-na 23 14 13 12
|
||||||
|
46 hc-c2-c2-na 20 13 14 15
|
||||||
|
47 hc-c2-c2-hc 20 13 14 22
|
||||||
|
48 hc-c2-c2-hc 20 13 14 23
|
||||||
|
49 hc-c2-c2-na 21 13 14 15
|
||||||
|
50 hc-c2-c2-hc 21 13 14 22
|
||||||
|
51 hc-c2-c2-hc 21 13 14 23
|
||||||
|
52 c2-c2-na-c2 13 14 15 1
|
||||||
|
53 c2-c2-na-hn 13 14 15 24
|
||||||
|
54 hc-c2-na-c2 22 14 15 1
|
||||||
|
55 hc-c2-na-hn 22 14 15 24
|
||||||
|
56 hc-c2-na-c2 23 14 15 1
|
||||||
|
57 hc-c2-na-hn 23 14 15 24
|
||||||
|
58 c2-c2-na-hn 18 17 16 26
|
||||||
|
59 hc-c2-na-hn 28 17 16 26
|
||||||
|
60 hc-c2-na-hn 29 17 16 26
|
||||||
|
61 c2-c2-na-hn 18 17 16 27
|
||||||
|
62 hc-c2-na-hn 28 17 16 27
|
||||||
|
63 hc-c2-na-hn 29 17 16 27
|
||||||
|
64 na-c2-c2-na 16 17 18 12
|
||||||
|
65 hc-c2-c2-na 30 18 17 16
|
||||||
|
66 hc-c2-c2-na 31 18 17 16
|
||||||
|
67 hc-c2-c2-na 28 17 18 12
|
||||||
|
68 hc-c2-c2-hc 28 17 18 30
|
||||||
|
69 hc-c2-c2-hc 28 17 18 31
|
||||||
|
70 hc-c2-c2-na 29 17 18 12
|
||||||
|
71 hc-c2-c2-hc 29 17 18 30
|
||||||
|
72 hc-c2-c2-hc 29 17 18 31
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-na-c2-hn 13 12 18 19
|
||||||
|
2 c2-na-c2-hn 1 15 14 24
|
||||||
|
3 c2-na-hn-hn 17 16 26 27
|
||||||
@ -1,424 +0,0 @@
|
|||||||
rxn2_stp1_post
|
|
||||||
|
|
||||||
42 atoms
|
|
||||||
41 bonds
|
|
||||||
75 angles
|
|
||||||
108 dihedrals
|
|
||||||
46 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 6
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 7
|
|
||||||
5 4
|
|
||||||
6 7
|
|
||||||
7 8
|
|
||||||
8 8
|
|
||||||
9 8
|
|
||||||
10 8
|
|
||||||
11 8
|
|
||||||
12 9
|
|
||||||
13 1
|
|
||||||
14 1
|
|
||||||
15 9
|
|
||||||
16 9
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 1
|
|
||||||
19 10
|
|
||||||
20 8
|
|
||||||
21 8
|
|
||||||
22 8
|
|
||||||
23 8
|
|
||||||
24 10
|
|
||||||
25 11
|
|
||||||
26 10
|
|
||||||
27 10
|
|
||||||
28 8
|
|
||||||
29 8
|
|
||||||
30 8
|
|
||||||
31 8
|
|
||||||
32 1
|
|
||||||
33 6
|
|
||||||
34 1
|
|
||||||
35 7
|
|
||||||
36 4
|
|
||||||
37 7
|
|
||||||
38 8
|
|
||||||
39 8
|
|
||||||
40 8
|
|
||||||
41 8
|
|
||||||
42 8
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 0.000000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.100000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.000000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 0.000000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 -0.025000
|
|
||||||
16 -0.025000
|
|
||||||
17 0.000000
|
|
||||||
18 0.000000
|
|
||||||
19 0.000000
|
|
||||||
20 0.000000
|
|
||||||
21 0.000000
|
|
||||||
22 0.000000
|
|
||||||
23 0.000000
|
|
||||||
24 0.000000
|
|
||||||
25 0.000000
|
|
||||||
26 0.000000
|
|
||||||
27 0.000000
|
|
||||||
28 0.000000
|
|
||||||
29 0.000000
|
|
||||||
30 0.000000
|
|
||||||
31 0.000000
|
|
||||||
32 0.000000
|
|
||||||
33 0.000000
|
|
||||||
34 0.000000
|
|
||||||
35 0.100000
|
|
||||||
36 0.000000
|
|
||||||
37 0.000000
|
|
||||||
38 0.000000
|
|
||||||
39 0.000000
|
|
||||||
40 0.000000
|
|
||||||
41 0.000000
|
|
||||||
42 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 19.846411 9.569080 -1.229960
|
|
||||||
2 21.168550 9.331390 -0.418120
|
|
||||||
3 21.253010 8.067940 0.460720
|
|
||||||
4 21.330839 10.304280 -0.253340
|
|
||||||
5 21.891689 5.906200 0.464150
|
|
||||||
6 21.818470 6.999870 -0.296270
|
|
||||||
7 19.931601 10.026600 -2.215510
|
|
||||||
8 19.051279 8.828540 -1.132880
|
|
||||||
9 22.228800 9.293580 -0.665280
|
|
||||||
10 21.880541 8.270810 1.328060
|
|
||||||
11 20.253151 7.789050 0.792640
|
|
||||||
12 16.072720 12.338940 -0.174630
|
|
||||||
13 16.557051 11.130580 0.587500
|
|
||||||
14 18.074381 10.998730 0.366590
|
|
||||||
15 18.354031 10.832100 -1.107140
|
|
||||||
16 14.920880 15.018100 -0.201130
|
|
||||||
17 16.390551 14.791140 -0.461060
|
|
||||||
18 16.852989 13.538490 0.304530
|
|
||||||
19 16.264271 12.190330 -1.257620
|
|
||||||
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|
|
||||||
21 16.346741 11.269890 1.698950
|
|
||||||
22 18.466690 10.092460 0.935470
|
|
||||||
23 18.592319 11.941150 0.745170
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
29 16.562460 14.639560 -1.577590
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
41 18.616249 7.545570 -7.316910
|
|
||||||
42 19.987049 8.212500 -6.399400
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 1 8
|
|
||||||
2 16 1 2
|
|
||||||
3 1 1 7
|
|
||||||
4 13 1 15
|
|
||||||
5 16 3 2
|
|
||||||
6 12 2 9
|
|
||||||
7 17 2 4
|
|
||||||
8 3 3 6
|
|
||||||
9 1 3 10
|
|
||||||
10 1 3 11
|
|
||||||
11 18 4 25
|
|
||||||
12 8 6 5
|
|
||||||
13 13 13 12
|
|
||||||
14 13 18 12
|
|
||||||
15 14 12 19
|
|
||||||
16 15 13 14
|
|
||||||
17 1 13 20
|
|
||||||
18 1 13 21
|
|
||||||
19 13 14 15
|
|
||||||
20 1 14 22
|
|
||||||
21 1 14 23
|
|
||||||
22 14 15 24
|
|
||||||
23 13 32 15
|
|
||||||
24 13 17 16
|
|
||||||
25 14 16 26
|
|
||||||
26 14 16 27
|
|
||||||
27 15 17 18
|
|
||||||
28 1 17 28
|
|
||||||
29 1 17 29
|
|
||||||
30 1 18 30
|
|
||||||
31 1 18 31
|
|
||||||
32 1 32 39
|
|
||||||
33 16 32 33
|
|
||||||
34 1 32 38
|
|
||||||
35 17 33 35
|
|
||||||
36 16 34 33
|
|
||||||
37 12 33 40
|
|
||||||
38 3 34 37
|
|
||||||
39 1 34 41
|
|
||||||
40 1 34 42
|
|
||||||
41 8 37 36
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 30 2 1 8
|
|
||||||
2 2 8 1 7
|
|
||||||
3 26 8 1 15
|
|
||||||
4 30 2 1 7
|
|
||||||
5 31 2 1 15
|
|
||||||
6 26 7 1 15
|
|
||||||
7 32 1 2 3
|
|
||||||
8 33 1 2 9
|
|
||||||
9 34 1 2 4
|
|
||||||
10 33 3 2 9
|
|
||||||
11 34 3 2 4
|
|
||||||
12 35 4 2 9
|
|
||||||
13 36 2 3 6
|
|
||||||
14 30 2 3 10
|
|
||||||
15 30 2 3 11
|
|
||||||
16 3 6 3 10
|
|
||||||
17 3 6 3 11
|
|
||||||
18 2 10 3 11
|
|
||||||
19 37 2 4 25
|
|
||||||
20 22 3 6 5
|
|
||||||
21 23 13 12 18
|
|
||||||
22 24 13 12 19
|
|
||||||
23 24 18 12 19
|
|
||||||
24 25 14 13 12
|
|
||||||
25 26 20 13 12
|
|
||||||
26 26 21 13 12
|
|
||||||
27 27 14 13 20
|
|
||||||
28 27 14 13 21
|
|
||||||
29 2 20 13 21
|
|
||||||
30 25 13 14 15
|
|
||||||
31 27 13 14 22
|
|
||||||
32 27 13 14 23
|
|
||||||
33 26 22 14 15
|
|
||||||
34 26 23 14 15
|
|
||||||
35 2 22 14 23
|
|
||||||
36 23 1 15 14
|
|
||||||
37 24 1 15 24
|
|
||||||
38 23 1 15 32
|
|
||||||
39 24 14 15 24
|
|
||||||
40 23 14 15 32
|
|
||||||
41 24 32 15 24
|
|
||||||
42 24 17 16 26
|
|
||||||
43 24 17 16 27
|
|
||||||
44 28 26 16 27
|
|
||||||
45 25 18 17 16
|
|
||||||
46 26 28 17 16
|
|
||||||
47 26 29 17 16
|
|
||||||
48 27 18 17 28
|
|
||||||
49 27 18 17 29
|
|
||||||
50 2 28 17 29
|
|
||||||
51 25 17 18 12
|
|
||||||
52 26 30 18 12
|
|
||||||
53 26 31 18 12
|
|
||||||
54 27 17 18 30
|
|
||||||
55 27 17 18 31
|
|
||||||
56 2 30 18 31
|
|
||||||
57 26 39 32 15
|
|
||||||
58 31 33 32 15
|
|
||||||
59 26 38 32 15
|
|
||||||
60 30 33 32 39
|
|
||||||
61 2 39 32 38
|
|
||||||
62 30 33 32 38
|
|
||||||
63 34 32 33 35
|
|
||||||
64 32 32 33 34
|
|
||||||
65 33 32 33 40
|
|
||||||
66 34 34 33 35
|
|
||||||
67 35 35 33 40
|
|
||||||
68 33 34 33 40
|
|
||||||
69 36 33 34 37
|
|
||||||
70 30 33 34 41
|
|
||||||
71 30 33 34 42
|
|
||||||
72 3 37 34 41
|
|
||||||
73 3 37 34 42
|
|
||||||
74 2 41 34 42
|
|
||||||
75 22 34 37 36
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 40 8 1 2 3
|
|
||||||
2 41 8 1 2 9
|
|
||||||
3 42 8 1 2 4
|
|
||||||
4 40 7 1 2 3
|
|
||||||
5 41 7 1 2 9
|
|
||||||
6 42 7 1 2 4
|
|
||||||
7 43 15 1 2 3
|
|
||||||
8 44 15 1 2 9
|
|
||||||
9 45 15 1 2 4
|
|
||||||
10 28 8 1 15 14
|
|
||||||
11 30 8 1 15 24
|
|
||||||
12 28 8 1 15 32
|
|
||||||
13 46 2 1 15 14
|
|
||||||
14 47 2 1 15 24
|
|
||||||
15 46 2 1 15 32
|
|
||||||
16 28 7 1 15 14
|
|
||||||
17 30 7 1 15 24
|
|
||||||
18 28 7 1 15 32
|
|
||||||
19 48 6 3 2 1
|
|
||||||
20 40 10 3 2 1
|
|
||||||
21 40 11 3 2 1
|
|
||||||
22 49 6 3 2 9
|
|
||||||
23 41 10 3 2 9
|
|
||||||
24 41 11 3 2 9
|
|
||||||
25 50 6 3 2 4
|
|
||||||
26 42 10 3 2 4
|
|
||||||
27 42 11 3 2 4
|
|
||||||
28 52 1 2 4 25
|
|
||||||
29 52 3 2 4 25
|
|
||||||
30 53 9 2 4 25
|
|
||||||
31 51 2 3 6 5
|
|
||||||
32 7 10 3 6 5
|
|
||||||
33 7 11 3 6 5
|
|
||||||
34 27 14 13 12 18
|
|
||||||
35 28 20 13 12 18
|
|
||||||
36 28 21 13 12 18
|
|
||||||
37 29 14 13 12 19
|
|
||||||
38 30 20 13 12 19
|
|
||||||
39 30 21 13 12 19
|
|
||||||
40 27 17 18 12 13
|
|
||||||
41 28 30 18 12 13
|
|
||||||
42 28 31 18 12 13
|
|
||||||
43 29 17 18 12 19
|
|
||||||
44 30 30 18 12 19
|
|
||||||
45 30 31 18 12 19
|
|
||||||
46 31 12 13 14 15
|
|
||||||
47 32 22 14 13 12
|
|
||||||
48 32 23 14 13 12
|
|
||||||
49 32 20 13 14 15
|
|
||||||
50 33 20 13 14 22
|
|
||||||
51 33 20 13 14 23
|
|
||||||
52 32 21 13 14 15
|
|
||||||
53 33 21 13 14 22
|
|
||||||
54 33 21 13 14 23
|
|
||||||
55 27 13 14 15 1
|
|
||||||
56 29 13 14 15 24
|
|
||||||
57 27 13 14 15 32
|
|
||||||
58 28 22 14 15 1
|
|
||||||
59 30 22 14 15 24
|
|
||||||
60 28 22 14 15 32
|
|
||||||
61 28 23 14 15 1
|
|
||||||
62 30 23 14 15 24
|
|
||||||
63 28 23 14 15 32
|
|
||||||
64 28 39 32 15 1
|
|
||||||
65 46 33 32 15 1
|
|
||||||
66 28 38 32 15 1
|
|
||||||
67 28 39 32 15 14
|
|
||||||
68 46 33 32 15 14
|
|
||||||
69 28 38 32 15 14
|
|
||||||
70 30 39 32 15 24
|
|
||||||
71 47 33 32 15 24
|
|
||||||
72 30 38 32 15 24
|
|
||||||
73 29 18 17 16 26
|
|
||||||
74 30 28 17 16 26
|
|
||||||
75 30 29 17 16 26
|
|
||||||
76 29 18 17 16 27
|
|
||||||
77 30 28 17 16 27
|
|
||||||
78 30 29 17 16 27
|
|
||||||
79 31 16 17 18 12
|
|
||||||
80 32 30 18 17 16
|
|
||||||
81 32 31 18 17 16
|
|
||||||
82 32 28 17 18 12
|
|
||||||
83 33 28 17 18 30
|
|
||||||
84 33 28 17 18 31
|
|
||||||
85 32 29 17 18 12
|
|
||||||
86 33 29 17 18 30
|
|
||||||
87 33 29 17 18 31
|
|
||||||
88 45 15 32 33 35
|
|
||||||
89 43 15 32 33 34
|
|
||||||
90 44 15 32 33 40
|
|
||||||
91 42 39 32 33 35
|
|
||||||
92 40 39 32 33 34
|
|
||||||
93 41 39 32 33 40
|
|
||||||
94 42 38 32 33 35
|
|
||||||
95 40 38 32 33 34
|
|
||||||
96 41 38 32 33 40
|
|
||||||
97 48 37 34 33 32
|
|
||||||
98 40 41 34 33 32
|
|
||||||
99 40 42 34 33 32
|
|
||||||
100 50 37 34 33 35
|
|
||||||
101 42 41 34 33 35
|
|
||||||
102 42 42 34 33 35
|
|
||||||
103 49 37 34 33 40
|
|
||||||
104 41 41 34 33 40
|
|
||||||
105 41 42 34 33 40
|
|
||||||
106 51 33 34 37 36
|
|
||||||
107 7 41 34 37 36
|
|
||||||
108 7 42 34 37 36
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 4 13 12 18 19
|
|
||||||
2 5 17 16 26 27
|
|
||||||
3 1 2 1 8 7
|
|
||||||
4 1 2 1 8 15
|
|
||||||
5 1 8 1 7 15
|
|
||||||
6 1 2 1 7 15
|
|
||||||
7 1 1 2 3 9
|
|
||||||
8 1 1 2 3 4
|
|
||||||
9 1 1 2 4 9
|
|
||||||
10 1 3 2 4 9
|
|
||||||
11 1 2 3 6 10
|
|
||||||
12 1 2 3 6 11
|
|
||||||
13 1 2 3 10 11
|
|
||||||
14 1 6 3 10 11
|
|
||||||
15 1 14 13 20 12
|
|
||||||
16 1 14 13 21 12
|
|
||||||
17 1 20 13 21 12
|
|
||||||
18 1 14 13 20 21
|
|
||||||
19 1 13 14 22 15
|
|
||||||
20 1 13 14 23 15
|
|
||||||
21 1 13 14 22 23
|
|
||||||
22 1 22 14 23 15
|
|
||||||
23 1 1 15 14 24
|
|
||||||
24 1 1 15 14 32
|
|
||||||
25 1 1 15 32 24
|
|
||||||
26 1 14 15 32 24
|
|
||||||
27 1 18 17 28 16
|
|
||||||
28 1 18 17 29 16
|
|
||||||
29 1 28 17 29 16
|
|
||||||
30 1 18 17 28 29
|
|
||||||
31 1 17 18 30 12
|
|
||||||
32 1 17 18 31 12
|
|
||||||
33 1 30 18 31 12
|
|
||||||
34 1 17 18 30 31
|
|
||||||
35 1 33 32 39 15
|
|
||||||
36 1 39 32 38 15
|
|
||||||
37 1 33 32 38 15
|
|
||||||
38 1 33 32 39 38
|
|
||||||
39 1 32 33 34 35
|
|
||||||
40 1 32 33 35 40
|
|
||||||
41 1 32 33 34 40
|
|
||||||
42 1 34 33 35 40
|
|
||||||
43 1 33 34 37 41
|
|
||||||
44 1 33 34 37 42
|
|
||||||
45 1 33 34 41 42
|
|
||||||
46 1 37 34 41 42
|
|
||||||
@ -0,0 +1,425 @@
|
|||||||
|
rxn2_stp1_post
|
||||||
|
|
||||||
|
42 atoms
|
||||||
|
41 bonds
|
||||||
|
75 angles
|
||||||
|
108 dihedrals
|
||||||
|
2 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 19.846410751 9.569080353 -1.229959965
|
||||||
|
2 21.168550491 9.331390381 -0.418119997
|
||||||
|
3 21.253009796 8.067939758 0.460720003
|
||||||
|
4 21.330839157 10.304280281 -0.253340006
|
||||||
|
5 21.891689301 5.906199932 0.464150012
|
||||||
|
6 21.818470001 6.999869823 -0.296270013
|
||||||
|
7 19.931600571 10.026599884 -2.215509892
|
||||||
|
8 19.051279068 8.828539848 -1.132879972
|
||||||
|
9 22.228799820 9.293580055 -0.665279984
|
||||||
|
10 21.880540848 8.270810127 1.328060031
|
||||||
|
11 20.253150940 7.789050102 0.792639971
|
||||||
|
12 16.072719574 12.338939667 -0.174630001
|
||||||
|
13 16.557050705 11.130579948 0.587499976
|
||||||
|
14 18.074380875 10.998729706 0.366589993
|
||||||
|
15 18.354030609 10.832099915 -1.107139945
|
||||||
|
16 14.920880318 15.018099785 -0.201130003
|
||||||
|
17 16.390550613 14.791139603 -0.461059988
|
||||||
|
18 16.852989197 13.538490295 0.304529995
|
||||||
|
19 16.264270782 12.190329552 -1.257619977
|
||||||
|
20 16.025060654 10.195289612 0.210910007
|
||||||
|
21 16.346740723 11.269889832 1.698950052
|
||||||
|
22 18.466690063 10.092459679 0.935469985
|
||||||
|
23 18.592319489 11.941149712 0.745169997
|
||||||
|
24 17.213689804 10.780300140 -1.896260023
|
||||||
|
25 20.881860733 11.302060127 -0.773029983
|
||||||
|
26 14.344180107 14.136429787 -0.550279975
|
||||||
|
27 14.583669662 15.922829628 -0.748109996
|
||||||
|
28 16.984310150 15.696060181 -0.103469998
|
||||||
|
29 16.562459946 14.639559746 -1.577589989
|
||||||
|
30 16.674610138 13.686010361 1.420369983
|
||||||
|
31 17.964000702 13.363149643 0.117749996
|
||||||
|
32 18.680189133 9.134389877 -4.183100224
|
||||||
|
33 18.099750519 8.263649940 -5.342999935
|
||||||
|
34 19.081829071 7.609610081 -6.334179878
|
||||||
|
35 17.971729279 9.827679634 -5.367080212
|
||||||
|
36 20.263879776 5.733600140 -6.736780167
|
||||||
|
37 19.414030075 6.299980164 -5.878960133
|
||||||
|
38 18.194740295 9.091640472 -3.210949898
|
||||||
|
39 19.788940430 9.208559990 -4.119639874
|
||||||
|
40 17.399309158 7.432219982 -5.407800198
|
||||||
|
41 18.616249084 7.545569897 -7.316909790
|
||||||
|
42 19.987049103 8.212499619 -6.399400234
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2
|
||||||
|
2 c3
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 oc
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 oc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 hc
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 hc
|
||||||
|
12 na
|
||||||
|
13 c2
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 na
|
||||||
|
16 na
|
||||||
|
17 c2
|
||||||
|
18 c2
|
||||||
|
19 hn
|
||||||
|
20 hc
|
||||||
|
21 hc
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 hc
|
||||||
|
24 hn
|
||||||
|
25 ho
|
||||||
|
26 hn
|
||||||
|
27 hn
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 hc
|
||||||
|
31 hc
|
||||||
|
32 c2
|
||||||
|
33 c3
|
||||||
|
34 c2
|
||||||
|
35 oc
|
||||||
|
36 cp
|
||||||
|
37 oc
|
||||||
|
38 hc
|
||||||
|
39 hc
|
||||||
|
40 hc
|
||||||
|
41 hc
|
||||||
|
42 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 0.000000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.100000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.000000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 -0.025000
|
||||||
|
16 -0.025000
|
||||||
|
17 0.000000
|
||||||
|
18 0.000000
|
||||||
|
19 0.000000
|
||||||
|
20 0.000000
|
||||||
|
21 0.000000
|
||||||
|
22 0.000000
|
||||||
|
23 0.000000
|
||||||
|
24 0.000000
|
||||||
|
25 0.000000
|
||||||
|
26 0.000000
|
||||||
|
27 0.000000
|
||||||
|
28 0.000000
|
||||||
|
29 0.000000
|
||||||
|
30 0.000000
|
||||||
|
31 0.000000
|
||||||
|
32 0.000000
|
||||||
|
33 0.000000
|
||||||
|
34 0.000000
|
||||||
|
35 0.100000
|
||||||
|
36 0.000000
|
||||||
|
37 0.000000
|
||||||
|
38 0.000000
|
||||||
|
39 0.000000
|
||||||
|
40 0.000000
|
||||||
|
41 0.000000
|
||||||
|
42 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
32 1
|
||||||
|
33 1
|
||||||
|
34 1
|
||||||
|
35 1
|
||||||
|
36 1
|
||||||
|
37 1
|
||||||
|
38 1
|
||||||
|
39 1
|
||||||
|
40 1
|
||||||
|
41 1
|
||||||
|
42 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-hc 1 8
|
||||||
|
2 c2-c3 1 2
|
||||||
|
3 c2-hc 1 7
|
||||||
|
4 c2-na 1 15
|
||||||
|
5 c2-c3 3 2
|
||||||
|
6 c3-hc 2 9
|
||||||
|
7 c3-oc 2 4
|
||||||
|
8 c2-oc 3 6
|
||||||
|
9 c2-hc 3 10
|
||||||
|
10 c2-hc 3 11
|
||||||
|
11 oc-ho 4 25
|
||||||
|
12 cp-oc 6 5
|
||||||
|
13 c2-na 13 12
|
||||||
|
14 c2-na 18 12
|
||||||
|
15 na-hn 12 19
|
||||||
|
16 c2-c2 13 14
|
||||||
|
17 c2-hc 13 20
|
||||||
|
18 c2-hc 13 21
|
||||||
|
19 c2-na 14 15
|
||||||
|
20 c2-hc 14 22
|
||||||
|
21 c2-hc 14 23
|
||||||
|
22 na-hn 15 24
|
||||||
|
23 c2-na 32 15
|
||||||
|
24 c2-na 17 16
|
||||||
|
25 na-hn 16 26
|
||||||
|
26 na-hn 16 27
|
||||||
|
27 c2-c2 17 18
|
||||||
|
28 c2-hc 17 28
|
||||||
|
29 c2-hc 17 29
|
||||||
|
30 c2-hc 18 30
|
||||||
|
31 c2-hc 18 31
|
||||||
|
32 c2-hc 32 39
|
||||||
|
33 c2-c3 32 33
|
||||||
|
34 c2-hc 32 38
|
||||||
|
35 c3-oc 33 35
|
||||||
|
36 c2-c3 34 33
|
||||||
|
37 c3-hc 33 40
|
||||||
|
38 c2-oc 34 37
|
||||||
|
39 c2-hc 34 41
|
||||||
|
40 c2-hc 34 42
|
||||||
|
41 cp-oc 37 36
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c3-c2-hc 2 1 8
|
||||||
|
2 hc-c2-hc 8 1 7
|
||||||
|
3 hc-c2-na 8 1 15
|
||||||
|
4 c3-c2-hc 2 1 7
|
||||||
|
5 c3-c2-na 2 1 15
|
||||||
|
6 hc-c2-na 7 1 15
|
||||||
|
7 c2-c3-c2 1 2 3
|
||||||
|
8 c2-c3-hc 1 2 9
|
||||||
|
9 c2-c3-oc 1 2 4
|
||||||
|
10 c2-c3-hc 3 2 9
|
||||||
|
11 c2-c3-oc 3 2 4
|
||||||
|
12 oc-c3-hc 4 2 9
|
||||||
|
13 c3-c2-oc 2 3 6
|
||||||
|
14 c3-c2-hc 2 3 10
|
||||||
|
15 c3-c2-hc 2 3 11
|
||||||
|
16 oc-c2-hc 6 3 10
|
||||||
|
17 oc-c2-hc 6 3 11
|
||||||
|
18 hc-c2-hc 10 3 11
|
||||||
|
19 c3-oc-ho 2 4 25
|
||||||
|
20 c2-oc-cp 3 6 5
|
||||||
|
21 c2-na-c2 13 12 18
|
||||||
|
22 c2-na-hn 13 12 19
|
||||||
|
23 c2-na-hn 18 12 19
|
||||||
|
24 c2-c2-na 14 13 12
|
||||||
|
25 hc-c2-na 20 13 12
|
||||||
|
26 hc-c2-na 21 13 12
|
||||||
|
27 c2-c2-hc 14 13 20
|
||||||
|
28 c2-c2-hc 14 13 21
|
||||||
|
29 hc-c2-hc 20 13 21
|
||||||
|
30 c2-c2-na 13 14 15
|
||||||
|
31 c2-c2-hc 13 14 22
|
||||||
|
32 c2-c2-hc 13 14 23
|
||||||
|
33 hc-c2-na 22 14 15
|
||||||
|
34 hc-c2-na 23 14 15
|
||||||
|
35 hc-c2-hc 22 14 23
|
||||||
|
36 c2-na-c2 1 15 14
|
||||||
|
37 c2-na-hn 1 15 24
|
||||||
|
38 c2-na-c2 1 15 32
|
||||||
|
39 c2-na-hn 14 15 24
|
||||||
|
40 c2-na-c2 14 15 32
|
||||||
|
41 c2-na-hn 32 15 24
|
||||||
|
42 c2-na-hn 17 16 26
|
||||||
|
43 c2-na-hn 17 16 27
|
||||||
|
44 hn-na-hn 26 16 27
|
||||||
|
45 c2-c2-na 18 17 16
|
||||||
|
46 hc-c2-na 28 17 16
|
||||||
|
47 hc-c2-na 29 17 16
|
||||||
|
48 c2-c2-hc 18 17 28
|
||||||
|
49 c2-c2-hc 18 17 29
|
||||||
|
50 hc-c2-hc 28 17 29
|
||||||
|
51 c2-c2-na 17 18 12
|
||||||
|
52 hc-c2-na 30 18 12
|
||||||
|
53 hc-c2-na 31 18 12
|
||||||
|
54 c2-c2-hc 17 18 30
|
||||||
|
55 c2-c2-hc 17 18 31
|
||||||
|
56 hc-c2-hc 30 18 31
|
||||||
|
57 hc-c2-na 39 32 15
|
||||||
|
58 c3-c2-na 33 32 15
|
||||||
|
59 hc-c2-na 38 32 15
|
||||||
|
60 c3-c2-hc 33 32 39
|
||||||
|
61 hc-c2-hc 39 32 38
|
||||||
|
62 c3-c2-hc 33 32 38
|
||||||
|
63 c2-c3-oc 32 33 35
|
||||||
|
64 c2-c3-c2 32 33 34
|
||||||
|
65 c2-c3-hc 32 33 40
|
||||||
|
66 c2-c3-oc 34 33 35
|
||||||
|
67 oc-c3-hc 35 33 40
|
||||||
|
68 c2-c3-hc 34 33 40
|
||||||
|
69 c3-c2-oc 33 34 37
|
||||||
|
70 c3-c2-hc 33 34 41
|
||||||
|
71 c3-c2-hc 33 34 42
|
||||||
|
72 oc-c2-hc 37 34 41
|
||||||
|
73 oc-c2-hc 37 34 42
|
||||||
|
74 hc-c2-hc 41 34 42
|
||||||
|
75 c2-oc-cp 34 37 36
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c2-c3-c2 8 1 2 3
|
||||||
|
2 hc-c2-c3-hc 8 1 2 9
|
||||||
|
3 hc-c2-c3-oc 8 1 2 4
|
||||||
|
4 hc-c2-c3-c2 7 1 2 3
|
||||||
|
5 hc-c2-c3-hc 7 1 2 9
|
||||||
|
6 hc-c2-c3-oc 7 1 2 4
|
||||||
|
7 na-c2-c3-c2 15 1 2 3
|
||||||
|
8 na-c2-c3-hc 15 1 2 9
|
||||||
|
9 na-c2-c3-oc 15 1 2 4
|
||||||
|
10 hc-c2-na-c2 8 1 15 14
|
||||||
|
11 hc-c2-na-hn 8 1 15 24
|
||||||
|
12 hc-c2-na-c2 8 1 15 32
|
||||||
|
13 c3-c2-na-c2 2 1 15 14
|
||||||
|
14 c3-c2-na-hn 2 1 15 24
|
||||||
|
15 c3-c2-na-c2 2 1 15 32
|
||||||
|
16 hc-c2-na-c2 7 1 15 14
|
||||||
|
17 hc-c2-na-hn 7 1 15 24
|
||||||
|
18 hc-c2-na-c2 7 1 15 32
|
||||||
|
19 oc-c2-c3-c2 6 3 2 1
|
||||||
|
20 hc-c2-c3-c2 10 3 2 1
|
||||||
|
21 hc-c2-c3-c2 11 3 2 1
|
||||||
|
22 oc-c2-c3-hc 6 3 2 9
|
||||||
|
23 hc-c2-c3-hc 10 3 2 9
|
||||||
|
24 hc-c2-c3-hc 11 3 2 9
|
||||||
|
25 oc-c2-c3-oc 6 3 2 4
|
||||||
|
26 hc-c2-c3-oc 10 3 2 4
|
||||||
|
27 hc-c2-c3-oc 11 3 2 4
|
||||||
|
28 c2-c3-oc-ho 1 2 4 25
|
||||||
|
29 c2-c3-oc-ho 3 2 4 25
|
||||||
|
30 hc-c3-oc-ho 9 2 4 25
|
||||||
|
31 c3-c2-oc-cp 2 3 6 5
|
||||||
|
32 hc-c2-oc-cp 10 3 6 5
|
||||||
|
33 hc-c2-oc-cp 11 3 6 5
|
||||||
|
34 c2-c2-na-c2 14 13 12 18
|
||||||
|
35 hc-c2-na-c2 20 13 12 18
|
||||||
|
36 hc-c2-na-c2 21 13 12 18
|
||||||
|
37 c2-c2-na-hn 14 13 12 19
|
||||||
|
38 hc-c2-na-hn 20 13 12 19
|
||||||
|
39 hc-c2-na-hn 21 13 12 19
|
||||||
|
40 c2-c2-na-c2 17 18 12 13
|
||||||
|
41 hc-c2-na-c2 30 18 12 13
|
||||||
|
42 hc-c2-na-c2 31 18 12 13
|
||||||
|
43 c2-c2-na-hn 17 18 12 19
|
||||||
|
44 hc-c2-na-hn 30 18 12 19
|
||||||
|
45 hc-c2-na-hn 31 18 12 19
|
||||||
|
46 na-c2-c2-na 12 13 14 15
|
||||||
|
47 hc-c2-c2-na 22 14 13 12
|
||||||
|
48 hc-c2-c2-na 23 14 13 12
|
||||||
|
49 hc-c2-c2-na 20 13 14 15
|
||||||
|
50 hc-c2-c2-hc 20 13 14 22
|
||||||
|
51 hc-c2-c2-hc 20 13 14 23
|
||||||
|
52 hc-c2-c2-na 21 13 14 15
|
||||||
|
53 hc-c2-c2-hc 21 13 14 22
|
||||||
|
54 hc-c2-c2-hc 21 13 14 23
|
||||||
|
55 c2-c2-na-c2 13 14 15 1
|
||||||
|
56 c2-c2-na-hn 13 14 15 24
|
||||||
|
57 c2-c2-na-c2 13 14 15 32
|
||||||
|
58 hc-c2-na-c2 22 14 15 1
|
||||||
|
59 hc-c2-na-hn 22 14 15 24
|
||||||
|
60 hc-c2-na-c2 22 14 15 32
|
||||||
|
61 hc-c2-na-c2 23 14 15 1
|
||||||
|
62 hc-c2-na-hn 23 14 15 24
|
||||||
|
63 hc-c2-na-c2 23 14 15 32
|
||||||
|
64 hc-c2-na-c2 39 32 15 1
|
||||||
|
65 c3-c2-na-c2 33 32 15 1
|
||||||
|
66 hc-c2-na-c2 38 32 15 1
|
||||||
|
67 hc-c2-na-c2 39 32 15 14
|
||||||
|
68 c3-c2-na-c2 33 32 15 14
|
||||||
|
69 hc-c2-na-c2 38 32 15 14
|
||||||
|
70 hc-c2-na-hn 39 32 15 24
|
||||||
|
71 c3-c2-na-hn 33 32 15 24
|
||||||
|
72 hc-c2-na-hn 38 32 15 24
|
||||||
|
73 c2-c2-na-hn 18 17 16 26
|
||||||
|
74 hc-c2-na-hn 28 17 16 26
|
||||||
|
75 hc-c2-na-hn 29 17 16 26
|
||||||
|
76 c2-c2-na-hn 18 17 16 27
|
||||||
|
77 hc-c2-na-hn 28 17 16 27
|
||||||
|
78 hc-c2-na-hn 29 17 16 27
|
||||||
|
79 na-c2-c2-na 16 17 18 12
|
||||||
|
80 hc-c2-c2-na 30 18 17 16
|
||||||
|
81 hc-c2-c2-na 31 18 17 16
|
||||||
|
82 hc-c2-c2-na 28 17 18 12
|
||||||
|
83 hc-c2-c2-hc 28 17 18 30
|
||||||
|
84 hc-c2-c2-hc 28 17 18 31
|
||||||
|
85 hc-c2-c2-na 29 17 18 12
|
||||||
|
86 hc-c2-c2-hc 29 17 18 30
|
||||||
|
87 hc-c2-c2-hc 29 17 18 31
|
||||||
|
88 na-c2-c3-oc 15 32 33 35
|
||||||
|
89 na-c2-c3-c2 15 32 33 34
|
||||||
|
90 na-c2-c3-hc 15 32 33 40
|
||||||
|
91 hc-c2-c3-oc 39 32 33 35
|
||||||
|
92 hc-c2-c3-c2 39 32 33 34
|
||||||
|
93 hc-c2-c3-hc 39 32 33 40
|
||||||
|
94 hc-c2-c3-oc 38 32 33 35
|
||||||
|
95 hc-c2-c3-c2 38 32 33 34
|
||||||
|
96 hc-c2-c3-hc 38 32 33 40
|
||||||
|
97 oc-c2-c3-c2 37 34 33 32
|
||||||
|
98 hc-c2-c3-c2 41 34 33 32
|
||||||
|
99 hc-c2-c3-c2 42 34 33 32
|
||||||
|
100 oc-c2-c3-oc 37 34 33 35
|
||||||
|
101 hc-c2-c3-oc 41 34 33 35
|
||||||
|
102 hc-c2-c3-oc 42 34 33 35
|
||||||
|
103 oc-c2-c3-hc 37 34 33 40
|
||||||
|
104 hc-c2-c3-hc 41 34 33 40
|
||||||
|
105 hc-c2-c3-hc 42 34 33 40
|
||||||
|
106 c3-c2-oc-cp 33 34 37 36
|
||||||
|
107 hc-c2-oc-cp 41 34 37 36
|
||||||
|
108 hc-c2-oc-cp 42 34 37 36
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-na-c2-hn 13 12 18 19
|
||||||
|
2 c2-na-hn-hn 17 16 26 27
|
||||||
@ -1,407 +0,0 @@
|
|||||||
rxn2_stp1_pre
|
|
||||||
|
|
||||||
42 atoms
|
|
||||||
41 bonds
|
|
||||||
73 angles
|
|
||||||
96 dihedrals
|
|
||||||
43 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 6
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 7
|
|
||||||
5 4
|
|
||||||
6 7
|
|
||||||
7 8
|
|
||||||
8 8
|
|
||||||
9 8
|
|
||||||
10 8
|
|
||||||
11 8
|
|
||||||
12 9
|
|
||||||
13 1
|
|
||||||
14 1
|
|
||||||
15 9
|
|
||||||
16 9
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 1
|
|
||||||
19 10
|
|
||||||
20 8
|
|
||||||
21 8
|
|
||||||
22 8
|
|
||||||
23 8
|
|
||||||
24 10
|
|
||||||
25 11
|
|
||||||
26 10
|
|
||||||
27 10
|
|
||||||
28 8
|
|
||||||
29 8
|
|
||||||
30 8
|
|
||||||
31 8
|
|
||||||
32 2
|
|
||||||
33 2
|
|
||||||
34 1
|
|
||||||
35 3
|
|
||||||
36 4
|
|
||||||
37 7
|
|
||||||
38 8
|
|
||||||
39 8
|
|
||||||
40 8
|
|
||||||
41 8
|
|
||||||
42 8
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 0.000000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.100000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.000000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 0.000000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 -0.025000
|
|
||||||
16 -0.025000
|
|
||||||
17 0.000000
|
|
||||||
18 0.000000
|
|
||||||
19 0.000000
|
|
||||||
20 0.000000
|
|
||||||
21 0.000000
|
|
||||||
22 0.000000
|
|
||||||
23 0.000000
|
|
||||||
24 0.000000
|
|
||||||
25 0.000000
|
|
||||||
26 0.000000
|
|
||||||
27 0.000000
|
|
||||||
28 0.000000
|
|
||||||
29 0.000000
|
|
||||||
30 0.000000
|
|
||||||
31 0.000000
|
|
||||||
32 0.000000
|
|
||||||
33 0.000000
|
|
||||||
34 0.000000
|
|
||||||
35 0.100000
|
|
||||||
36 0.000000
|
|
||||||
37 0.000000
|
|
||||||
38 0.000000
|
|
||||||
39 0.000000
|
|
||||||
40 0.000000
|
|
||||||
41 0.000000
|
|
||||||
42 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 19.846411 9.569080 -1.229960
|
|
||||||
2 21.168550 9.331390 -0.418120
|
|
||||||
3 21.253010 8.067940 0.460720
|
|
||||||
4 21.330839 10.304280 -0.253340
|
|
||||||
5 21.891689 5.906200 0.464150
|
|
||||||
6 21.818470 6.999870 -0.296270
|
|
||||||
7 19.931601 10.026600 -2.215510
|
|
||||||
8 19.051279 8.828540 -1.132880
|
|
||||||
9 22.228800 9.293580 -0.665280
|
|
||||||
10 21.880541 8.270810 1.328060
|
|
||||||
11 20.253151 7.789050 0.792640
|
|
||||||
12 16.072720 12.338940 -0.174630
|
|
||||||
13 16.557051 11.130580 0.587500
|
|
||||||
14 18.074381 10.998730 0.366590
|
|
||||||
15 18.354031 10.832100 -1.107140
|
|
||||||
16 14.920880 15.018100 -0.201130
|
|
||||||
17 16.390551 14.791140 -0.461060
|
|
||||||
18 16.852989 13.538490 0.304530
|
|
||||||
19 16.264271 12.190330 -1.257620
|
|
||||||
20 16.025061 10.195290 0.210910
|
|
||||||
21 16.346741 11.269890 1.698950
|
|
||||||
22 18.466690 10.092460 0.935470
|
|
||||||
23 18.592319 11.941150 0.745170
|
|
||||||
24 17.213690 10.780300 -1.896260
|
|
||||||
25 20.881861 11.302060 -0.773030
|
|
||||||
26 14.344180 14.136430 -0.550280
|
|
||||||
27 14.583670 15.922830 -0.748110
|
|
||||||
28 16.984310 15.696060 -0.103470
|
|
||||||
29 16.562460 14.639560 -1.577590
|
|
||||||
30 16.674610 13.686010 1.420370
|
|
||||||
31 17.964001 13.363150 0.117750
|
|
||||||
32 18.703360 9.118830 -4.174240
|
|
||||||
33 18.099751 8.263650 -5.343000
|
|
||||||
34 19.081829 7.609610 -6.334180
|
|
||||||
35 17.971729 9.827680 -5.367080
|
|
||||||
36 20.263880 5.733600 -6.736780
|
|
||||||
37 19.414030 6.299980 -5.878960
|
|
||||||
38 18.194740 9.091640 -3.210950
|
|
||||||
39 19.788940 9.208560 -4.119640
|
|
||||||
40 17.399309 7.432220 -5.407800
|
|
||||||
41 18.616249 7.545570 -7.316910
|
|
||||||
42 19.987049 8.212500 -6.399400
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
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||||||
1 1 1 8
|
|
||||||
2 16 1 2
|
|
||||||
3 1 1 7
|
|
||||||
4 13 1 15
|
|
||||||
5 16 3 2
|
|
||||||
6 12 2 9
|
|
||||||
7 17 2 4
|
|
||||||
8 3 3 6
|
|
||||||
9 1 3 10
|
|
||||||
10 1 3 11
|
|
||||||
11 18 4 25
|
|
||||||
12 8 6 5
|
|
||||||
13 13 13 12
|
|
||||||
14 13 18 12
|
|
||||||
15 14 12 19
|
|
||||||
16 15 13 14
|
|
||||||
17 1 13 20
|
|
||||||
18 1 13 21
|
|
||||||
19 13 14 15
|
|
||||||
20 1 14 22
|
|
||||||
21 1 14 23
|
|
||||||
22 14 15 24
|
|
||||||
23 13 17 16
|
|
||||||
24 14 16 26
|
|
||||||
25 14 16 27
|
|
||||||
26 15 17 18
|
|
||||||
27 1 17 28
|
|
||||||
28 1 17 29
|
|
||||||
29 1 18 30
|
|
||||||
30 1 18 31
|
|
||||||
31 6 39 32
|
|
||||||
32 4 32 35
|
|
||||||
33 5 32 33
|
|
||||||
34 6 38 32
|
|
||||||
35 4 33 35
|
|
||||||
36 2 34 33
|
|
||||||
37 6 40 33
|
|
||||||
38 3 34 37
|
|
||||||
39 1 34 41
|
|
||||||
40 1 34 42
|
|
||||||
41 8 37 36
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 30 2 1 8
|
|
||||||
2 2 8 1 7
|
|
||||||
3 26 8 1 15
|
|
||||||
4 30 2 1 7
|
|
||||||
5 31 2 1 15
|
|
||||||
6 26 7 1 15
|
|
||||||
7 32 1 2 3
|
|
||||||
8 33 1 2 9
|
|
||||||
9 34 1 2 4
|
|
||||||
10 33 3 2 9
|
|
||||||
11 34 3 2 4
|
|
||||||
12 35 4 2 9
|
|
||||||
13 36 2 3 6
|
|
||||||
14 30 2 3 10
|
|
||||||
15 30 2 3 11
|
|
||||||
16 3 6 3 10
|
|
||||||
17 3 6 3 11
|
|
||||||
18 2 10 3 11
|
|
||||||
19 37 2 4 25
|
|
||||||
20 22 3 6 5
|
|
||||||
21 23 13 12 18
|
|
||||||
22 24 13 12 19
|
|
||||||
23 24 18 12 19
|
|
||||||
24 25 14 13 12
|
|
||||||
25 26 20 13 12
|
|
||||||
26 26 21 13 12
|
|
||||||
27 27 14 13 20
|
|
||||||
28 27 14 13 21
|
|
||||||
29 2 20 13 21
|
|
||||||
30 25 13 14 15
|
|
||||||
31 27 13 14 22
|
|
||||||
32 27 13 14 23
|
|
||||||
33 26 22 14 15
|
|
||||||
34 26 23 14 15
|
|
||||||
35 2 22 14 23
|
|
||||||
36 23 1 15 14
|
|
||||||
37 24 1 15 24
|
|
||||||
38 24 14 15 24
|
|
||||||
39 24 17 16 26
|
|
||||||
40 24 17 16 27
|
|
||||||
41 28 26 16 27
|
|
||||||
42 25 18 17 16
|
|
||||||
43 26 28 17 16
|
|
||||||
44 26 29 17 16
|
|
||||||
45 27 18 17 28
|
|
||||||
46 27 18 17 29
|
|
||||||
47 2 28 17 29
|
|
||||||
48 25 17 18 12
|
|
||||||
49 26 30 18 12
|
|
||||||
50 26 31 18 12
|
|
||||||
51 27 17 18 30
|
|
||||||
52 27 17 18 31
|
|
||||||
53 2 30 18 31
|
|
||||||
54 38 39 32 35
|
|
||||||
55 39 39 32 33
|
|
||||||
56 11 39 32 38
|
|
||||||
57 8 33 32 35
|
|
||||||
58 38 38 32 35
|
|
||||||
59 39 38 32 33
|
|
||||||
60 8 32 33 35
|
|
||||||
61 6 34 33 32
|
|
||||||
62 39 40 33 32
|
|
||||||
63 5 34 33 35
|
|
||||||
64 38 40 33 35
|
|
||||||
65 7 34 33 40
|
|
||||||
66 40 37 34 33
|
|
||||||
67 41 41 34 33
|
|
||||||
68 41 42 34 33
|
|
||||||
69 3 37 34 41
|
|
||||||
70 3 37 34 42
|
|
||||||
71 2 41 34 42
|
|
||||||
72 12 32 35 33
|
|
||||||
73 22 34 37 36
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 40 8 1 2 3
|
|
||||||
2 41 8 1 2 9
|
|
||||||
3 42 8 1 2 4
|
|
||||||
4 40 7 1 2 3
|
|
||||||
5 41 7 1 2 9
|
|
||||||
6 42 7 1 2 4
|
|
||||||
7 43 15 1 2 3
|
|
||||||
8 44 15 1 2 9
|
|
||||||
9 45 15 1 2 4
|
|
||||||
10 28 8 1 15 14
|
|
||||||
11 30 8 1 15 24
|
|
||||||
12 46 2 1 15 14
|
|
||||||
13 47 2 1 15 24
|
|
||||||
14 28 7 1 15 14
|
|
||||||
15 30 7 1 15 24
|
|
||||||
16 48 6 3 2 1
|
|
||||||
17 40 10 3 2 1
|
|
||||||
18 40 11 3 2 1
|
|
||||||
19 49 6 3 2 9
|
|
||||||
20 41 10 3 2 9
|
|
||||||
21 41 11 3 2 9
|
|
||||||
22 50 6 3 2 4
|
|
||||||
23 42 10 3 2 4
|
|
||||||
24 42 11 3 2 4
|
|
||||||
25 52 1 2 4 25
|
|
||||||
26 52 3 2 4 25
|
|
||||||
27 53 9 2 4 25
|
|
||||||
28 51 2 3 6 5
|
|
||||||
29 7 10 3 6 5
|
|
||||||
30 7 11 3 6 5
|
|
||||||
31 27 14 13 12 18
|
|
||||||
32 28 20 13 12 18
|
|
||||||
33 28 21 13 12 18
|
|
||||||
34 29 14 13 12 19
|
|
||||||
35 30 20 13 12 19
|
|
||||||
36 30 21 13 12 19
|
|
||||||
37 27 17 18 12 13
|
|
||||||
38 28 30 18 12 13
|
|
||||||
39 28 31 18 12 13
|
|
||||||
40 29 17 18 12 19
|
|
||||||
41 30 30 18 12 19
|
|
||||||
42 30 31 18 12 19
|
|
||||||
43 31 12 13 14 15
|
|
||||||
44 32 22 14 13 12
|
|
||||||
45 32 23 14 13 12
|
|
||||||
46 32 20 13 14 15
|
|
||||||
47 33 20 13 14 22
|
|
||||||
48 33 20 13 14 23
|
|
||||||
49 32 21 13 14 15
|
|
||||||
50 33 21 13 14 22
|
|
||||||
51 33 21 13 14 23
|
|
||||||
52 27 13 14 15 1
|
|
||||||
53 29 13 14 15 24
|
|
||||||
54 28 22 14 15 1
|
|
||||||
55 30 22 14 15 24
|
|
||||||
56 28 23 14 15 1
|
|
||||||
57 30 23 14 15 24
|
|
||||||
58 29 18 17 16 26
|
|
||||||
59 30 28 17 16 26
|
|
||||||
60 30 29 17 16 26
|
|
||||||
61 29 18 17 16 27
|
|
||||||
62 30 28 17 16 27
|
|
||||||
63 30 29 17 16 27
|
|
||||||
64 31 16 17 18 12
|
|
||||||
65 32 30 18 17 16
|
|
||||||
66 32 31 18 17 16
|
|
||||||
67 32 28 17 18 12
|
|
||||||
68 33 28 17 18 30
|
|
||||||
69 33 28 17 18 31
|
|
||||||
70 32 29 17 18 12
|
|
||||||
71 33 29 17 18 30
|
|
||||||
72 33 29 17 18 31
|
|
||||||
73 10 39 32 35 33
|
|
||||||
74 10 38 32 35 33
|
|
||||||
75 54 39 32 33 35
|
|
||||||
76 12 34 33 32 39
|
|
||||||
77 14 39 32 33 40
|
|
||||||
78 11 34 33 32 35
|
|
||||||
79 54 40 33 32 35
|
|
||||||
80 54 38 32 33 35
|
|
||||||
81 12 34 33 32 38
|
|
||||||
82 14 38 32 33 40
|
|
||||||
83 9 34 33 35 32
|
|
||||||
84 10 40 33 35 32
|
|
||||||
85 5 37 34 33 32
|
|
||||||
86 2 41 34 33 32
|
|
||||||
87 2 42 34 33 32
|
|
||||||
88 4 37 34 33 35
|
|
||||||
89 1 41 34 33 35
|
|
||||||
90 1 42 34 33 35
|
|
||||||
91 6 37 34 33 40
|
|
||||||
92 3 41 34 33 40
|
|
||||||
93 3 42 34 33 40
|
|
||||||
94 8 33 34 37 36
|
|
||||||
95 7 41 34 37 36
|
|
||||||
96 7 42 34 37 36
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 4 13 12 18 19
|
|
||||||
2 4 1 15 14 24
|
|
||||||
3 5 17 16 26 27
|
|
||||||
4 1 2 1 8 7
|
|
||||||
5 1 2 1 8 15
|
|
||||||
6 1 8 1 7 15
|
|
||||||
7 1 2 1 7 15
|
|
||||||
8 1 1 2 3 9
|
|
||||||
9 1 1 2 3 4
|
|
||||||
10 1 1 2 4 9
|
|
||||||
11 1 3 2 4 9
|
|
||||||
12 1 2 3 6 10
|
|
||||||
13 1 2 3 6 11
|
|
||||||
14 1 2 3 10 11
|
|
||||||
15 1 6 3 10 11
|
|
||||||
16 1 14 13 20 12
|
|
||||||
17 1 14 13 21 12
|
|
||||||
18 1 20 13 21 12
|
|
||||||
19 1 14 13 20 21
|
|
||||||
20 1 13 14 22 15
|
|
||||||
21 1 13 14 23 15
|
|
||||||
22 1 13 14 22 23
|
|
||||||
23 1 22 14 23 15
|
|
||||||
24 1 18 17 28 16
|
|
||||||
25 1 18 17 29 16
|
|
||||||
26 1 28 17 29 16
|
|
||||||
27 1 18 17 28 29
|
|
||||||
28 1 17 18 30 12
|
|
||||||
29 1 17 18 31 12
|
|
||||||
30 1 30 18 31 12
|
|
||||||
31 1 17 18 30 31
|
|
||||||
32 1 39 32 33 35
|
|
||||||
33 1 39 32 38 35
|
|
||||||
34 1 39 32 38 33
|
|
||||||
35 1 38 32 33 35
|
|
||||||
36 1 34 33 32 35
|
|
||||||
37 1 40 33 32 35
|
|
||||||
38 1 34 33 40 32
|
|
||||||
39 1 34 33 40 35
|
|
||||||
40 1 37 34 41 33
|
|
||||||
41 1 37 34 42 33
|
|
||||||
42 1 41 34 42 33
|
|
||||||
43 1 37 34 41 42
|
|
||||||
@ -0,0 +1,412 @@
|
|||||||
|
rxn2_stp1_pre
|
||||||
|
|
||||||
|
42 atoms
|
||||||
|
41 bonds
|
||||||
|
73 angles
|
||||||
|
96 dihedrals
|
||||||
|
3 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 19.846410751 9.569080353 -1.229959965
|
||||||
|
2 21.168550491 9.331390381 -0.418119997
|
||||||
|
3 21.253009796 8.067939758 0.460720003
|
||||||
|
4 21.330839157 10.304280281 -0.253340006
|
||||||
|
5 21.891689301 5.906199932 0.464150012
|
||||||
|
6 21.818470001 6.999869823 -0.296270013
|
||||||
|
7 19.931600571 10.026599884 -2.215509892
|
||||||
|
8 19.051279068 8.828539848 -1.132879972
|
||||||
|
9 22.228799820 9.293580055 -0.665279984
|
||||||
|
10 21.880540848 8.270810127 1.328060031
|
||||||
|
11 20.253150940 7.789050102 0.792639971
|
||||||
|
12 16.072719574 12.338939667 -0.174630001
|
||||||
|
13 16.557050705 11.130579948 0.587499976
|
||||||
|
14 18.074380875 10.998729706 0.366589993
|
||||||
|
15 18.354030609 10.832099915 -1.107139945
|
||||||
|
16 14.920880318 15.018099785 -0.201130003
|
||||||
|
17 16.390550613 14.791139603 -0.461059988
|
||||||
|
18 16.852989197 13.538490295 0.304529995
|
||||||
|
19 16.264270782 12.190329552 -1.257619977
|
||||||
|
20 16.025060654 10.195289612 0.210910007
|
||||||
|
21 16.346740723 11.269889832 1.698950052
|
||||||
|
22 18.466690063 10.092459679 0.935469985
|
||||||
|
23 18.592319489 11.941149712 0.745169997
|
||||||
|
24 17.213689804 10.780300140 -1.896260023
|
||||||
|
25 20.881860733 11.302060127 -0.773029983
|
||||||
|
26 14.344180107 14.136429787 -0.550279975
|
||||||
|
27 14.583669662 15.922829628 -0.748109996
|
||||||
|
28 16.984310150 15.696060181 -0.103469998
|
||||||
|
29 16.562459946 14.639559746 -1.577589989
|
||||||
|
30 16.674610138 13.686010361 1.420369983
|
||||||
|
31 17.964000702 13.363149643 0.117749996
|
||||||
|
32 18.703359604 9.118829727 -4.174240112
|
||||||
|
33 18.099750519 8.263649940 -5.342999935
|
||||||
|
34 19.081829071 7.609610081 -6.334179878
|
||||||
|
35 17.971729279 9.827679634 -5.367080212
|
||||||
|
36 20.263879776 5.733600140 -6.736780167
|
||||||
|
37 19.414030075 6.299980164 -5.878960133
|
||||||
|
38 18.194740295 9.091640472 -3.210949898
|
||||||
|
39 19.788940430 9.208559990 -4.119639874
|
||||||
|
40 17.399309158 7.432219982 -5.407800198
|
||||||
|
41 18.616249084 7.545569897 -7.316909790
|
||||||
|
42 19.987049103 8.212499619 -6.399400234
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2
|
||||||
|
2 c3
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 oc
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 oc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 hc
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 hc
|
||||||
|
12 na
|
||||||
|
13 c2
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 na
|
||||||
|
16 na
|
||||||
|
17 c2
|
||||||
|
18 c2
|
||||||
|
19 hn
|
||||||
|
20 hc
|
||||||
|
21 hc
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 hc
|
||||||
|
24 hn
|
||||||
|
25 ho
|
||||||
|
26 hn
|
||||||
|
27 hn
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 hc
|
||||||
|
31 hc
|
||||||
|
32 c3m
|
||||||
|
33 c3m
|
||||||
|
34 c2
|
||||||
|
35 o3e
|
||||||
|
36 cp
|
||||||
|
37 oc
|
||||||
|
38 hc
|
||||||
|
39 hc
|
||||||
|
40 hc
|
||||||
|
41 hc
|
||||||
|
42 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 0.000000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.100000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.000000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 -0.025000
|
||||||
|
16 -0.025000
|
||||||
|
17 0.000000
|
||||||
|
18 0.000000
|
||||||
|
19 0.000000
|
||||||
|
20 0.000000
|
||||||
|
21 0.000000
|
||||||
|
22 0.000000
|
||||||
|
23 0.000000
|
||||||
|
24 0.000000
|
||||||
|
25 0.000000
|
||||||
|
26 0.000000
|
||||||
|
27 0.000000
|
||||||
|
28 0.000000
|
||||||
|
29 0.000000
|
||||||
|
30 0.000000
|
||||||
|
31 0.000000
|
||||||
|
32 0.000000
|
||||||
|
33 0.000000
|
||||||
|
34 0.000000
|
||||||
|
35 0.100000
|
||||||
|
36 0.000000
|
||||||
|
37 0.000000
|
||||||
|
38 0.000000
|
||||||
|
39 0.000000
|
||||||
|
40 0.000000
|
||||||
|
41 0.000000
|
||||||
|
42 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
32 1
|
||||||
|
33 1
|
||||||
|
34 1
|
||||||
|
35 1
|
||||||
|
36 1
|
||||||
|
37 1
|
||||||
|
38 1
|
||||||
|
39 1
|
||||||
|
40 1
|
||||||
|
41 1
|
||||||
|
42 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-hc 1 8
|
||||||
|
2 c2-c3 1 2
|
||||||
|
3 c2-hc 1 7
|
||||||
|
4 c2-na 1 15
|
||||||
|
5 c2-c3 3 2
|
||||||
|
6 c3-hc 2 9
|
||||||
|
7 c3-oc 2 4
|
||||||
|
8 c2-oc 3 6
|
||||||
|
9 c2-hc 3 10
|
||||||
|
10 c2-hc 3 11
|
||||||
|
11 oc-ho 4 25
|
||||||
|
12 cp-oc 6 5
|
||||||
|
13 c2-na 13 12
|
||||||
|
14 c2-na 18 12
|
||||||
|
15 na-hn 12 19
|
||||||
|
16 c2-c2 13 14
|
||||||
|
17 c2-hc 13 20
|
||||||
|
18 c2-hc 13 21
|
||||||
|
19 c2-na 14 15
|
||||||
|
20 c2-hc 14 22
|
||||||
|
21 c2-hc 14 23
|
||||||
|
22 na-hn 15 24
|
||||||
|
23 c2-na 17 16
|
||||||
|
24 na-hn 16 26
|
||||||
|
25 na-hn 16 27
|
||||||
|
26 c2-c2 17 18
|
||||||
|
27 c2-hc 17 28
|
||||||
|
28 c2-hc 17 29
|
||||||
|
29 c2-hc 18 30
|
||||||
|
30 c2-hc 18 31
|
||||||
|
31 c3m-hc 39 32
|
||||||
|
32 c3m-o3e 32 35
|
||||||
|
33 c3m-c3m 32 33
|
||||||
|
34 c3m-hc 38 32
|
||||||
|
35 c3m-o3e 33 35
|
||||||
|
36 c3m-c2 34 33
|
||||||
|
37 c3m-hc 40 33
|
||||||
|
38 c2-oc 34 37
|
||||||
|
39 c2-hc 34 41
|
||||||
|
40 c2-hc 34 42
|
||||||
|
41 cp-oc 37 36
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c3-c2-hc 2 1 8
|
||||||
|
2 hc-c2-hc 8 1 7
|
||||||
|
3 hc-c2-na 8 1 15
|
||||||
|
4 c3-c2-hc 2 1 7
|
||||||
|
5 c3-c2-na 2 1 15
|
||||||
|
6 hc-c2-na 7 1 15
|
||||||
|
7 c2-c3-c2 1 2 3
|
||||||
|
8 c2-c3-hc 1 2 9
|
||||||
|
9 c2-c3-oc 1 2 4
|
||||||
|
10 c2-c3-hc 3 2 9
|
||||||
|
11 c2-c3-oc 3 2 4
|
||||||
|
12 oc-c3-hc 4 2 9
|
||||||
|
13 c3-c2-oc 2 3 6
|
||||||
|
14 c3-c2-hc 2 3 10
|
||||||
|
15 c3-c2-hc 2 3 11
|
||||||
|
16 oc-c2-hc 6 3 10
|
||||||
|
17 oc-c2-hc 6 3 11
|
||||||
|
18 hc-c2-hc 10 3 11
|
||||||
|
19 c3-oc-ho 2 4 25
|
||||||
|
20 c2-oc-cp 3 6 5
|
||||||
|
21 c2-na-c2 13 12 18
|
||||||
|
22 c2-na-hn 13 12 19
|
||||||
|
23 c2-na-hn 18 12 19
|
||||||
|
24 c2-c2-na 14 13 12
|
||||||
|
25 hc-c2-na 20 13 12
|
||||||
|
26 hc-c2-na 21 13 12
|
||||||
|
27 c2-c2-hc 14 13 20
|
||||||
|
28 c2-c2-hc 14 13 21
|
||||||
|
29 hc-c2-hc 20 13 21
|
||||||
|
30 c2-c2-na 13 14 15
|
||||||
|
31 c2-c2-hc 13 14 22
|
||||||
|
32 c2-c2-hc 13 14 23
|
||||||
|
33 hc-c2-na 22 14 15
|
||||||
|
34 hc-c2-na 23 14 15
|
||||||
|
35 hc-c2-hc 22 14 23
|
||||||
|
36 c2-na-c2 1 15 14
|
||||||
|
37 c2-na-hn 1 15 24
|
||||||
|
38 c2-na-hn 14 15 24
|
||||||
|
39 c2-na-hn 17 16 26
|
||||||
|
40 c2-na-hn 17 16 27
|
||||||
|
41 hn-na-hn 26 16 27
|
||||||
|
42 c2-c2-na 18 17 16
|
||||||
|
43 hc-c2-na 28 17 16
|
||||||
|
44 hc-c2-na 29 17 16
|
||||||
|
45 c2-c2-hc 18 17 28
|
||||||
|
46 c2-c2-hc 18 17 29
|
||||||
|
47 hc-c2-hc 28 17 29
|
||||||
|
48 c2-c2-na 17 18 12
|
||||||
|
49 hc-c2-na 30 18 12
|
||||||
|
50 hc-c2-na 31 18 12
|
||||||
|
51 c2-c2-hc 17 18 30
|
||||||
|
52 c2-c2-hc 17 18 31
|
||||||
|
53 hc-c2-hc 30 18 31
|
||||||
|
54 hc-c3m-o3e 39 32 35
|
||||||
|
55 hc-c3m-c3m 39 32 33
|
||||||
|
56 hc-c3m-hc 39 32 38
|
||||||
|
57 c3m-c3m-o3e 33 32 35
|
||||||
|
58 hc-c3m-o3e 38 32 35
|
||||||
|
59 hc-c3m-c3m 38 32 33
|
||||||
|
60 c3m-c3m-o3e 32 33 35
|
||||||
|
61 c2-c3m-c3m 34 33 32
|
||||||
|
62 hc-c3m-c3m 40 33 32
|
||||||
|
63 c2-c3m-o3e 34 33 35
|
||||||
|
64 hc-c3m-o3e 40 33 35
|
||||||
|
65 c2-c3m-hc 34 33 40
|
||||||
|
66 oc-c2-c3m 37 34 33
|
||||||
|
67 hc-c2-c3m 41 34 33
|
||||||
|
68 hc-c2-c3m 42 34 33
|
||||||
|
69 oc-c2-hc 37 34 41
|
||||||
|
70 oc-c2-hc 37 34 42
|
||||||
|
71 hc-c2-hc 41 34 42
|
||||||
|
72 c3m-o3e-c3m 32 35 33
|
||||||
|
73 c2-oc-cp 34 37 36
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c2-c3-c2 8 1 2 3
|
||||||
|
2 hc-c2-c3-hc 8 1 2 9
|
||||||
|
3 hc-c2-c3-oc 8 1 2 4
|
||||||
|
4 hc-c2-c3-c2 7 1 2 3
|
||||||
|
5 hc-c2-c3-hc 7 1 2 9
|
||||||
|
6 hc-c2-c3-oc 7 1 2 4
|
||||||
|
7 na-c2-c3-c2 15 1 2 3
|
||||||
|
8 na-c2-c3-hc 15 1 2 9
|
||||||
|
9 na-c2-c3-oc 15 1 2 4
|
||||||
|
10 hc-c2-na-c2 8 1 15 14
|
||||||
|
11 hc-c2-na-hn 8 1 15 24
|
||||||
|
12 c3-c2-na-c2 2 1 15 14
|
||||||
|
13 c3-c2-na-hn 2 1 15 24
|
||||||
|
14 hc-c2-na-c2 7 1 15 14
|
||||||
|
15 hc-c2-na-hn 7 1 15 24
|
||||||
|
16 oc-c2-c3-c2 6 3 2 1
|
||||||
|
17 hc-c2-c3-c2 10 3 2 1
|
||||||
|
18 hc-c2-c3-c2 11 3 2 1
|
||||||
|
19 oc-c2-c3-hc 6 3 2 9
|
||||||
|
20 hc-c2-c3-hc 10 3 2 9
|
||||||
|
21 hc-c2-c3-hc 11 3 2 9
|
||||||
|
22 oc-c2-c3-oc 6 3 2 4
|
||||||
|
23 hc-c2-c3-oc 10 3 2 4
|
||||||
|
24 hc-c2-c3-oc 11 3 2 4
|
||||||
|
25 c2-c3-oc-ho 1 2 4 25
|
||||||
|
26 c2-c3-oc-ho 3 2 4 25
|
||||||
|
27 hc-c3-oc-ho 9 2 4 25
|
||||||
|
28 c3-c2-oc-cp 2 3 6 5
|
||||||
|
29 hc-c2-oc-cp 10 3 6 5
|
||||||
|
30 hc-c2-oc-cp 11 3 6 5
|
||||||
|
31 c2-c2-na-c2 14 13 12 18
|
||||||
|
32 hc-c2-na-c2 20 13 12 18
|
||||||
|
33 hc-c2-na-c2 21 13 12 18
|
||||||
|
34 c2-c2-na-hn 14 13 12 19
|
||||||
|
35 hc-c2-na-hn 20 13 12 19
|
||||||
|
36 hc-c2-na-hn 21 13 12 19
|
||||||
|
37 c2-c2-na-c2 17 18 12 13
|
||||||
|
38 hc-c2-na-c2 30 18 12 13
|
||||||
|
39 hc-c2-na-c2 31 18 12 13
|
||||||
|
40 c2-c2-na-hn 17 18 12 19
|
||||||
|
41 hc-c2-na-hn 30 18 12 19
|
||||||
|
42 hc-c2-na-hn 31 18 12 19
|
||||||
|
43 na-c2-c2-na 12 13 14 15
|
||||||
|
44 hc-c2-c2-na 22 14 13 12
|
||||||
|
45 hc-c2-c2-na 23 14 13 12
|
||||||
|
46 hc-c2-c2-na 20 13 14 15
|
||||||
|
47 hc-c2-c2-hc 20 13 14 22
|
||||||
|
48 hc-c2-c2-hc 20 13 14 23
|
||||||
|
49 hc-c2-c2-na 21 13 14 15
|
||||||
|
50 hc-c2-c2-hc 21 13 14 22
|
||||||
|
51 hc-c2-c2-hc 21 13 14 23
|
||||||
|
52 c2-c2-na-c2 13 14 15 1
|
||||||
|
53 c2-c2-na-hn 13 14 15 24
|
||||||
|
54 hc-c2-na-c2 22 14 15 1
|
||||||
|
55 hc-c2-na-hn 22 14 15 24
|
||||||
|
56 hc-c2-na-c2 23 14 15 1
|
||||||
|
57 hc-c2-na-hn 23 14 15 24
|
||||||
|
58 c2-c2-na-hn 18 17 16 26
|
||||||
|
59 hc-c2-na-hn 28 17 16 26
|
||||||
|
60 hc-c2-na-hn 29 17 16 26
|
||||||
|
61 c2-c2-na-hn 18 17 16 27
|
||||||
|
62 hc-c2-na-hn 28 17 16 27
|
||||||
|
63 hc-c2-na-hn 29 17 16 27
|
||||||
|
64 na-c2-c2-na 16 17 18 12
|
||||||
|
65 hc-c2-c2-na 30 18 17 16
|
||||||
|
66 hc-c2-c2-na 31 18 17 16
|
||||||
|
67 hc-c2-c2-na 28 17 18 12
|
||||||
|
68 hc-c2-c2-hc 28 17 18 30
|
||||||
|
69 hc-c2-c2-hc 28 17 18 31
|
||||||
|
70 hc-c2-c2-na 29 17 18 12
|
||||||
|
71 hc-c2-c2-hc 29 17 18 30
|
||||||
|
72 hc-c2-c2-hc 29 17 18 31
|
||||||
|
73 hc-c3m-o3e-c3m 39 32 35 33
|
||||||
|
74 hc-c3m-o3e-c3m 38 32 35 33
|
||||||
|
75 hc-c3m-c3m-o3e 39 32 33 35
|
||||||
|
76 c2-c3m-c3m-hc 34 33 32 39
|
||||||
|
77 hc-c3m-c3m-hc 39 32 33 40
|
||||||
|
78 c2-c3m-c3m-o3e 34 33 32 35
|
||||||
|
79 hc-c3m-c3m-o3e 40 33 32 35
|
||||||
|
80 hc-c3m-c3m-o3e 38 32 33 35
|
||||||
|
81 c2-c3m-c3m-hc 34 33 32 38
|
||||||
|
82 hc-c3m-c3m-hc 38 32 33 40
|
||||||
|
83 c2-c3m-o3e-c3m 34 33 35 32
|
||||||
|
84 hc-c3m-o3e-c3m 40 33 35 32
|
||||||
|
85 oc-c2-c3m-c3m 37 34 33 32
|
||||||
|
86 hc-c2-c3m-c3m 41 34 33 32
|
||||||
|
87 hc-c2-c3m-c3m 42 34 33 32
|
||||||
|
88 oc-c2-c3m-o3e 37 34 33 35
|
||||||
|
89 hc-c2-c3m-o3e 41 34 33 35
|
||||||
|
90 hc-c2-c3m-o3e 42 34 33 35
|
||||||
|
91 oc-c2-c3m-hc 37 34 33 40
|
||||||
|
92 hc-c2-c3m-hc 41 34 33 40
|
||||||
|
93 hc-c2-c3m-hc 42 34 33 40
|
||||||
|
94 c3m-c2-oc-cp 33 34 37 36
|
||||||
|
95 hc-c2-oc-cp 41 34 37 36
|
||||||
|
96 hc-c2-oc-cp 42 34 37 36
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-na-c2-hn 13 12 18 19
|
||||||
|
2 c2-na-c2-hn 1 15 14 24
|
||||||
|
3 c2-na-hn-hn 17 16 26 27
|
||||||
@ -1,413 +0,0 @@
|
|||||||
rxn2_stp2_post
|
|
||||||
|
|
||||||
42 atoms
|
|
||||||
41 bonds
|
|
||||||
73 angles
|
|
||||||
102 dihedrals
|
|
||||||
43 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 2
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 7
|
|
||||||
5 4
|
|
||||||
6 7
|
|
||||||
7 8
|
|
||||||
8 8
|
|
||||||
9 8
|
|
||||||
10 8
|
|
||||||
11 8
|
|
||||||
12 9
|
|
||||||
13 1
|
|
||||||
14 1
|
|
||||||
15 9
|
|
||||||
16 9
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 1
|
|
||||||
19 10
|
|
||||||
20 8
|
|
||||||
21 8
|
|
||||||
22 8
|
|
||||||
23 8
|
|
||||||
24 11
|
|
||||||
25 11
|
|
||||||
26 10
|
|
||||||
27 10
|
|
||||||
28 8
|
|
||||||
29 8
|
|
||||||
30 8
|
|
||||||
31 8
|
|
||||||
32 1
|
|
||||||
33 6
|
|
||||||
34 1
|
|
||||||
35 7
|
|
||||||
36 4
|
|
||||||
37 7
|
|
||||||
38 8
|
|
||||||
39 8
|
|
||||||
40 8
|
|
||||||
41 8
|
|
||||||
42 8
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 0.000000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.100000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.000000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 0.000000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 -0.025000
|
|
||||||
16 -0.025000
|
|
||||||
17 0.000000
|
|
||||||
18 0.000000
|
|
||||||
19 0.000000
|
|
||||||
20 0.000000
|
|
||||||
21 0.000000
|
|
||||||
22 0.000000
|
|
||||||
23 0.000000
|
|
||||||
24 0.000000
|
|
||||||
25 0.000000
|
|
||||||
26 0.000000
|
|
||||||
27 0.000000
|
|
||||||
28 0.000000
|
|
||||||
29 0.000000
|
|
||||||
30 0.000000
|
|
||||||
31 0.000000
|
|
||||||
32 0.000000
|
|
||||||
33 0.000000
|
|
||||||
34 0.000000
|
|
||||||
35 0.100000
|
|
||||||
36 0.000000
|
|
||||||
37 0.000000
|
|
||||||
38 0.000000
|
|
||||||
39 0.000000
|
|
||||||
40 0.000000
|
|
||||||
41 0.000000
|
|
||||||
42 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 19.846411 9.569080 -1.229960
|
|
||||||
2 21.168550 9.331390 -0.418120
|
|
||||||
3 21.253010 8.067940 0.460720
|
|
||||||
4 21.330839 10.304280 -0.253340
|
|
||||||
5 21.891689 5.906200 0.464150
|
|
||||||
6 21.818470 6.999870 -0.296270
|
|
||||||
7 19.931601 10.026600 -2.215510
|
|
||||||
8 19.051279 8.828540 -1.132880
|
|
||||||
9 22.228800 9.293580 -0.665280
|
|
||||||
10 21.880541 8.270810 1.328060
|
|
||||||
11 20.253151 7.789050 0.792640
|
|
||||||
12 16.072720 12.338940 -0.174630
|
|
||||||
13 16.557051 11.130580 0.587500
|
|
||||||
14 18.074381 10.998730 0.366590
|
|
||||||
15 18.354031 10.832100 -1.107140
|
|
||||||
16 14.920880 15.018100 -0.201130
|
|
||||||
17 16.390551 14.791140 -0.461060
|
|
||||||
18 16.852989 13.538490 0.304530
|
|
||||||
19 16.264271 12.190330 -1.257620
|
|
||||||
20 16.025061 10.195290 0.210910
|
|
||||||
21 16.346741 11.269890 1.698950
|
|
||||||
22 18.466690 10.092460 0.935470
|
|
||||||
23 18.592319 11.941150 0.745170
|
|
||||||
24 16.017490 9.805710 -4.329880
|
|
||||||
25 20.881861 11.302060 -0.773030
|
|
||||||
26 14.344180 14.136430 -0.550280
|
|
||||||
27 14.583670 15.922830 -0.748110
|
|
||||||
28 16.984310 15.696060 -0.103470
|
|
||||||
29 16.562460 14.639560 -1.577590
|
|
||||||
30 16.674610 13.686010 1.420370
|
|
||||||
31 17.964001 13.363150 0.117750
|
|
||||||
32 18.680189 9.134390 -4.183100
|
|
||||||
33 18.099751 8.263650 -5.343000
|
|
||||||
34 19.081829 7.609610 -6.334180
|
|
||||||
35 17.971729 9.827680 -5.367080
|
|
||||||
36 20.263880 5.733600 -6.736780
|
|
||||||
37 19.414030 6.299980 -5.878960
|
|
||||||
38 18.194740 9.091640 -3.210950
|
|
||||||
39 19.788940 9.208560 -4.119640
|
|
||||||
40 17.399309 7.432220 -5.407800
|
|
||||||
41 18.616249 7.545570 -7.316910
|
|
||||||
42 19.987049 8.212500 -6.399400
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 1 8
|
|
||||||
2 2 1 2
|
|
||||||
3 1 1 7
|
|
||||||
4 13 1 15
|
|
||||||
5 2 3 2
|
|
||||||
6 6 2 9
|
|
||||||
7 19 2 4
|
|
||||||
8 3 3 6
|
|
||||||
9 1 3 10
|
|
||||||
10 1 3 11
|
|
||||||
11 18 4 25
|
|
||||||
12 8 6 5
|
|
||||||
13 13 13 12
|
|
||||||
14 13 18 12
|
|
||||||
15 14 12 19
|
|
||||||
16 15 13 14
|
|
||||||
17 1 13 20
|
|
||||||
18 1 13 21
|
|
||||||
19 13 14 15
|
|
||||||
20 1 14 22
|
|
||||||
21 1 14 23
|
|
||||||
22 13 32 15
|
|
||||||
23 13 17 16
|
|
||||||
24 14 16 26
|
|
||||||
25 14 16 27
|
|
||||||
26 15 17 18
|
|
||||||
27 1 17 28
|
|
||||||
28 1 17 29
|
|
||||||
29 1 18 30
|
|
||||||
30 1 18 31
|
|
||||||
31 18 35 24
|
|
||||||
32 1 32 39
|
|
||||||
33 16 32 33
|
|
||||||
34 1 32 38
|
|
||||||
35 17 35 33
|
|
||||||
36 16 34 33
|
|
||||||
37 12 40 33
|
|
||||||
38 3 34 37
|
|
||||||
39 1 34 41
|
|
||||||
40 1 34 42
|
|
||||||
41 8 37 36
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 2 1 8
|
|
||||||
2 2 8 1 7
|
|
||||||
3 26 8 1 15
|
|
||||||
4 1 2 1 7
|
|
||||||
5 42 2 1 15
|
|
||||||
6 26 7 1 15
|
|
||||||
7 43 1 2 3
|
|
||||||
8 7 1 2 9
|
|
||||||
9 44 1 2 4
|
|
||||||
10 7 3 2 9
|
|
||||||
11 44 3 2 4
|
|
||||||
12 45 4 2 9
|
|
||||||
13 4 2 3 6
|
|
||||||
14 1 2 3 10
|
|
||||||
15 1 2 3 11
|
|
||||||
16 3 6 3 10
|
|
||||||
17 3 6 3 11
|
|
||||||
18 2 10 3 11
|
|
||||||
19 46 2 4 25
|
|
||||||
20 22 3 6 5
|
|
||||||
21 23 13 12 18
|
|
||||||
22 24 13 12 19
|
|
||||||
23 24 18 12 19
|
|
||||||
24 25 14 13 12
|
|
||||||
25 26 20 13 12
|
|
||||||
26 26 21 13 12
|
|
||||||
27 27 14 13 20
|
|
||||||
28 27 14 13 21
|
|
||||||
29 2 20 13 21
|
|
||||||
30 25 13 14 15
|
|
||||||
31 27 13 14 22
|
|
||||||
32 27 13 14 23
|
|
||||||
33 26 22 14 15
|
|
||||||
34 26 23 14 15
|
|
||||||
35 2 22 14 23
|
|
||||||
36 23 1 15 14
|
|
||||||
37 23 1 15 32
|
|
||||||
38 23 14 15 32
|
|
||||||
39 24 17 16 26
|
|
||||||
40 24 17 16 27
|
|
||||||
41 28 26 16 27
|
|
||||||
42 25 18 17 16
|
|
||||||
43 26 28 17 16
|
|
||||||
44 26 29 17 16
|
|
||||||
45 27 18 17 28
|
|
||||||
46 27 18 17 29
|
|
||||||
47 2 28 17 29
|
|
||||||
48 25 17 18 12
|
|
||||||
49 26 30 18 12
|
|
||||||
50 26 31 18 12
|
|
||||||
51 27 17 18 30
|
|
||||||
52 27 17 18 31
|
|
||||||
53 2 30 18 31
|
|
||||||
54 26 39 32 15
|
|
||||||
55 47 15 32 33
|
|
||||||
56 26 38 32 15
|
|
||||||
57 48 39 32 33
|
|
||||||
58 2 39 32 38
|
|
||||||
59 48 38 32 33
|
|
||||||
60 34 32 33 35
|
|
||||||
61 32 32 33 34
|
|
||||||
62 33 32 33 40
|
|
||||||
63 34 34 33 35
|
|
||||||
64 35 35 33 40
|
|
||||||
65 33 34 33 40
|
|
||||||
66 49 37 34 33
|
|
||||||
67 48 41 34 33
|
|
||||||
68 48 42 34 33
|
|
||||||
69 3 37 34 41
|
|
||||||
70 3 37 34 42
|
|
||||||
71 2 41 34 42
|
|
||||||
72 50 24 35 33
|
|
||||||
73 22 34 37 36
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 55 8 1 2 3
|
|
||||||
2 3 8 1 2 9
|
|
||||||
3 56 8 1 2 4
|
|
||||||
4 55 7 1 2 3
|
|
||||||
5 3 7 1 2 9
|
|
||||||
6 56 7 1 2 4
|
|
||||||
7 57 15 1 2 3
|
|
||||||
8 58 15 1 2 9
|
|
||||||
9 59 15 1 2 4
|
|
||||||
10 28 8 1 15 14
|
|
||||||
11 28 8 1 15 32
|
|
||||||
12 60 2 1 15 14
|
|
||||||
13 60 2 1 15 32
|
|
||||||
14 28 7 1 15 14
|
|
||||||
15 28 7 1 15 32
|
|
||||||
16 61 6 3 2 1
|
|
||||||
17 55 10 3 2 1
|
|
||||||
18 55 11 3 2 1
|
|
||||||
19 6 6 3 2 9
|
|
||||||
20 3 10 3 2 9
|
|
||||||
21 3 11 3 2 9
|
|
||||||
22 62 6 3 2 4
|
|
||||||
23 56 10 3 2 4
|
|
||||||
24 56 11 3 2 4
|
|
||||||
25 63 1 2 4 25
|
|
||||||
26 63 3 2 4 25
|
|
||||||
27 64 9 2 4 25
|
|
||||||
28 8 2 3 6 5
|
|
||||||
29 7 10 3 6 5
|
|
||||||
30 7 11 3 6 5
|
|
||||||
31 27 14 13 12 18
|
|
||||||
32 28 20 13 12 18
|
|
||||||
33 28 21 13 12 18
|
|
||||||
34 29 14 13 12 19
|
|
||||||
35 30 20 13 12 19
|
|
||||||
36 30 21 13 12 19
|
|
||||||
37 27 17 18 12 13
|
|
||||||
38 28 30 18 12 13
|
|
||||||
39 28 31 18 12 13
|
|
||||||
40 29 17 18 12 19
|
|
||||||
41 30 30 18 12 19
|
|
||||||
42 30 31 18 12 19
|
|
||||||
43 31 12 13 14 15
|
|
||||||
44 32 22 14 13 12
|
|
||||||
45 32 23 14 13 12
|
|
||||||
46 32 20 13 14 15
|
|
||||||
47 33 20 13 14 22
|
|
||||||
48 33 20 13 14 23
|
|
||||||
49 32 21 13 14 15
|
|
||||||
50 33 21 13 14 22
|
|
||||||
51 33 21 13 14 23
|
|
||||||
52 27 13 14 15 1
|
|
||||||
53 27 13 14 15 32
|
|
||||||
54 28 22 14 15 1
|
|
||||||
55 28 22 14 15 32
|
|
||||||
56 28 23 14 15 1
|
|
||||||
57 28 23 14 15 32
|
|
||||||
58 28 39 32 15 1
|
|
||||||
59 46 33 32 15 1
|
|
||||||
60 28 38 32 15 1
|
|
||||||
61 28 39 32 15 14
|
|
||||||
62 46 33 32 15 14
|
|
||||||
63 28 38 32 15 14
|
|
||||||
64 29 18 17 16 26
|
|
||||||
65 30 28 17 16 26
|
|
||||||
66 30 29 17 16 26
|
|
||||||
67 29 18 17 16 27
|
|
||||||
68 30 28 17 16 27
|
|
||||||
69 30 29 17 16 27
|
|
||||||
70 31 16 17 18 12
|
|
||||||
71 32 30 18 17 16
|
|
||||||
72 32 31 18 17 16
|
|
||||||
73 32 28 17 18 12
|
|
||||||
74 33 28 17 18 30
|
|
||||||
75 33 28 17 18 31
|
|
||||||
76 32 29 17 18 12
|
|
||||||
77 33 29 17 18 30
|
|
||||||
78 33 29 17 18 31
|
|
||||||
79 45 15 32 33 35
|
|
||||||
80 43 15 32 33 34
|
|
||||||
81 44 15 32 33 40
|
|
||||||
82 42 39 32 33 35
|
|
||||||
83 40 39 32 33 34
|
|
||||||
84 41 39 32 33 40
|
|
||||||
85 42 38 32 33 35
|
|
||||||
86 40 38 32 33 34
|
|
||||||
87 41 38 32 33 40
|
|
||||||
88 65 24 35 33 32
|
|
||||||
89 65 24 35 33 34
|
|
||||||
90 66 24 35 33 40
|
|
||||||
91 48 37 34 33 32
|
|
||||||
92 40 41 34 33 32
|
|
||||||
93 40 42 34 33 32
|
|
||||||
94 50 37 34 33 35
|
|
||||||
95 42 41 34 33 35
|
|
||||||
96 42 42 34 33 35
|
|
||||||
97 49 37 34 33 40
|
|
||||||
98 41 41 34 33 40
|
|
||||||
99 41 42 34 33 40
|
|
||||||
100 51 33 34 37 36
|
|
||||||
101 7 41 34 37 36
|
|
||||||
102 7 42 34 37 36
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 4 13 12 18 19
|
|
||||||
2 22 1 15 14 32
|
|
||||||
3 5 17 16 26 27
|
|
||||||
4 1 2 1 8 7
|
|
||||||
5 1 2 1 8 15
|
|
||||||
6 1 8 1 7 15
|
|
||||||
7 1 2 1 7 15
|
|
||||||
8 1 1 2 3 9
|
|
||||||
9 1 1 2 3 4
|
|
||||||
10 1 1 2 4 9
|
|
||||||
11 1 3 2 4 9
|
|
||||||
12 1 2 3 6 10
|
|
||||||
13 1 2 3 6 11
|
|
||||||
14 1 2 3 10 11
|
|
||||||
15 1 6 3 10 11
|
|
||||||
16 1 14 13 20 12
|
|
||||||
17 1 14 13 21 12
|
|
||||||
18 1 20 13 21 12
|
|
||||||
19 1 14 13 20 21
|
|
||||||
20 1 13 14 22 15
|
|
||||||
21 1 13 14 23 15
|
|
||||||
22 1 13 14 22 23
|
|
||||||
23 1 22 14 23 15
|
|
||||||
24 1 18 17 28 16
|
|
||||||
25 1 18 17 29 16
|
|
||||||
26 1 28 17 29 16
|
|
||||||
27 1 18 17 28 29
|
|
||||||
28 1 17 18 30 12
|
|
||||||
29 1 17 18 31 12
|
|
||||||
30 1 30 18 31 12
|
|
||||||
31 1 17 18 30 31
|
|
||||||
32 1 39 32 15 33
|
|
||||||
33 1 39 32 38 15
|
|
||||||
34 1 38 32 15 33
|
|
||||||
35 1 39 32 38 33
|
|
||||||
36 1 32 33 34 35
|
|
||||||
37 1 32 33 35 40
|
|
||||||
38 1 32 33 34 40
|
|
||||||
39 1 34 33 35 40
|
|
||||||
40 1 37 34 41 33
|
|
||||||
41 1 37 34 42 33
|
|
||||||
42 1 41 34 42 33
|
|
||||||
43 1 37 34 41 42
|
|
||||||
@ -0,0 +1,418 @@
|
|||||||
|
rxn2_stp2_post
|
||||||
|
|
||||||
|
42 atoms
|
||||||
|
41 bonds
|
||||||
|
73 angles
|
||||||
|
102 dihedrals
|
||||||
|
3 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 19.846410751 9.569080353 -1.229959965
|
||||||
|
2 21.168550491 9.331390381 -0.418119997
|
||||||
|
3 21.253009796 8.067939758 0.460720003
|
||||||
|
4 21.330839157 10.304280281 -0.253340006
|
||||||
|
5 21.891689301 5.906199932 0.464150012
|
||||||
|
6 21.818470001 6.999869823 -0.296270013
|
||||||
|
7 19.931600571 10.026599884 -2.215509892
|
||||||
|
8 19.051279068 8.828539848 -1.132879972
|
||||||
|
9 22.228799820 9.293580055 -0.665279984
|
||||||
|
10 21.880540848 8.270810127 1.328060031
|
||||||
|
11 20.253150940 7.789050102 0.792639971
|
||||||
|
12 16.072719574 12.338939667 -0.174630001
|
||||||
|
13 16.557050705 11.130579948 0.587499976
|
||||||
|
14 18.074380875 10.998729706 0.366589993
|
||||||
|
15 18.354030609 10.832099915 -1.107139945
|
||||||
|
16 14.920880318 15.018099785 -0.201130003
|
||||||
|
17 16.390550613 14.791139603 -0.461059988
|
||||||
|
18 16.852989197 13.538490295 0.304529995
|
||||||
|
19 16.264270782 12.190329552 -1.257619977
|
||||||
|
20 16.025060654 10.195289612 0.210910007
|
||||||
|
21 16.346740723 11.269889832 1.698950052
|
||||||
|
22 18.466690063 10.092459679 0.935469985
|
||||||
|
23 18.592319489 11.941149712 0.745169997
|
||||||
|
24 16.017490387 9.805709839 -4.329880238
|
||||||
|
25 20.881860733 11.302060127 -0.773029983
|
||||||
|
26 14.344180107 14.136429787 -0.550279975
|
||||||
|
27 14.583669662 15.922829628 -0.748109996
|
||||||
|
28 16.984310150 15.696060181 -0.103469998
|
||||||
|
29 16.562459946 14.639559746 -1.577589989
|
||||||
|
30 16.674610138 13.686010361 1.420369983
|
||||||
|
31 17.964000702 13.363149643 0.117749996
|
||||||
|
32 18.680189133 9.134389877 -4.183100224
|
||||||
|
33 18.099750519 8.263649940 -5.342999935
|
||||||
|
34 19.081829071 7.609610081 -6.334179878
|
||||||
|
35 17.971729279 9.827679634 -5.367080212
|
||||||
|
36 20.263879776 5.733600140 -6.736780167
|
||||||
|
37 19.414030075 6.299980164 -5.878960133
|
||||||
|
38 18.194740295 9.091640472 -3.210949898
|
||||||
|
39 19.788940430 9.208559990 -4.119639874
|
||||||
|
40 17.399309158 7.432219982 -5.407800198
|
||||||
|
41 18.616249084 7.545569897 -7.316909790
|
||||||
|
42 19.987049103 8.212499619 -6.399400234
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2
|
||||||
|
2 c3m
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 oc
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 oc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 hc
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 hc
|
||||||
|
12 na
|
||||||
|
13 c2
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 na
|
||||||
|
16 na
|
||||||
|
17 c2
|
||||||
|
18 c2
|
||||||
|
19 hn
|
||||||
|
20 hc
|
||||||
|
21 hc
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 hc
|
||||||
|
24 ho
|
||||||
|
25 ho
|
||||||
|
26 hn
|
||||||
|
27 hn
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 hc
|
||||||
|
31 hc
|
||||||
|
32 c2
|
||||||
|
33 c3
|
||||||
|
34 c2
|
||||||
|
35 oc
|
||||||
|
36 cp
|
||||||
|
37 oc
|
||||||
|
38 hc
|
||||||
|
39 hc
|
||||||
|
40 hc
|
||||||
|
41 hc
|
||||||
|
42 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 0.000000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.100000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.000000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 -0.025000
|
||||||
|
16 -0.025000
|
||||||
|
17 0.000000
|
||||||
|
18 0.000000
|
||||||
|
19 0.000000
|
||||||
|
20 0.000000
|
||||||
|
21 0.000000
|
||||||
|
22 0.000000
|
||||||
|
23 0.000000
|
||||||
|
24 0.000000
|
||||||
|
25 0.000000
|
||||||
|
26 0.000000
|
||||||
|
27 0.000000
|
||||||
|
28 0.000000
|
||||||
|
29 0.000000
|
||||||
|
30 0.000000
|
||||||
|
31 0.000000
|
||||||
|
32 0.000000
|
||||||
|
33 0.000000
|
||||||
|
34 0.000000
|
||||||
|
35 0.100000
|
||||||
|
36 0.000000
|
||||||
|
37 0.000000
|
||||||
|
38 0.000000
|
||||||
|
39 0.000000
|
||||||
|
40 0.000000
|
||||||
|
41 0.000000
|
||||||
|
42 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
32 1
|
||||||
|
33 1
|
||||||
|
34 1
|
||||||
|
35 1
|
||||||
|
36 1
|
||||||
|
37 1
|
||||||
|
38 1
|
||||||
|
39 1
|
||||||
|
40 1
|
||||||
|
41 1
|
||||||
|
42 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-hc 1 8
|
||||||
|
2 c3m-c2 1 2
|
||||||
|
3 c2-hc 1 7
|
||||||
|
4 c2-na 1 15
|
||||||
|
5 c3m-c2 3 2
|
||||||
|
6 c3m-hc 2 9
|
||||||
|
7 c3m-oc 2 4
|
||||||
|
8 c2-oc 3 6
|
||||||
|
9 c2-hc 3 10
|
||||||
|
10 c2-hc 3 11
|
||||||
|
11 oc-ho 4 25
|
||||||
|
12 cp-oc 6 5
|
||||||
|
13 c2-na 13 12
|
||||||
|
14 c2-na 18 12
|
||||||
|
15 na-hn 12 19
|
||||||
|
16 c2-c2 13 14
|
||||||
|
17 c2-hc 13 20
|
||||||
|
18 c2-hc 13 21
|
||||||
|
19 c2-na 14 15
|
||||||
|
20 c2-hc 14 22
|
||||||
|
21 c2-hc 14 23
|
||||||
|
22 c2-na 32 15
|
||||||
|
23 c2-na 17 16
|
||||||
|
24 na-hn 16 26
|
||||||
|
25 na-hn 16 27
|
||||||
|
26 c2-c2 17 18
|
||||||
|
27 c2-hc 17 28
|
||||||
|
28 c2-hc 17 29
|
||||||
|
29 c2-hc 18 30
|
||||||
|
30 c2-hc 18 31
|
||||||
|
31 oc-ho 35 24
|
||||||
|
32 c2-hc 32 39
|
||||||
|
33 c2-c3 32 33
|
||||||
|
34 c2-hc 32 38
|
||||||
|
35 c3-oc 35 33
|
||||||
|
36 c2-c3 34 33
|
||||||
|
37 c3-hc 40 33
|
||||||
|
38 c2-oc 34 37
|
||||||
|
39 c2-hc 34 41
|
||||||
|
40 c2-hc 34 42
|
||||||
|
41 cp-oc 37 36
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c3m-c2-hc 2 1 8
|
||||||
|
2 hc-c2-hc 8 1 7
|
||||||
|
3 hc-c2-na 8 1 15
|
||||||
|
4 c3m-c2-hc 2 1 7
|
||||||
|
5 c3m-c2-na 2 1 15
|
||||||
|
6 hc-c2-na 7 1 15
|
||||||
|
7 c2-c3m-c2 1 2 3
|
||||||
|
8 c2-c3m-hc 1 2 9
|
||||||
|
9 c2-c3m-oc 1 2 4
|
||||||
|
10 c2-c3m-hc 3 2 9
|
||||||
|
11 c2-c3m-oc 3 2 4
|
||||||
|
12 oc-c3m-hc 4 2 9
|
||||||
|
13 c3m-c2-oc 2 3 6
|
||||||
|
14 c3m-c2-hc 2 3 10
|
||||||
|
15 c3m-c2-hc 2 3 11
|
||||||
|
16 oc-c2-hc 6 3 10
|
||||||
|
17 oc-c2-hc 6 3 11
|
||||||
|
18 hc-c2-hc 10 3 11
|
||||||
|
19 c3m-oc-ho 2 4 25
|
||||||
|
20 c2-oc-cp 3 6 5
|
||||||
|
21 c2-na-c2 13 12 18
|
||||||
|
22 c2-na-hn 13 12 19
|
||||||
|
23 c2-na-hn 18 12 19
|
||||||
|
24 c2-c2-na 14 13 12
|
||||||
|
25 hc-c2-na 20 13 12
|
||||||
|
26 hc-c2-na 21 13 12
|
||||||
|
27 c2-c2-hc 14 13 20
|
||||||
|
28 c2-c2-hc 14 13 21
|
||||||
|
29 hc-c2-hc 20 13 21
|
||||||
|
30 c2-c2-na 13 14 15
|
||||||
|
31 c2-c2-hc 13 14 22
|
||||||
|
32 c2-c2-hc 13 14 23
|
||||||
|
33 hc-c2-na 22 14 15
|
||||||
|
34 hc-c2-na 23 14 15
|
||||||
|
35 hc-c2-hc 22 14 23
|
||||||
|
36 c2-na-c2 1 15 14
|
||||||
|
37 c2-na-c2 1 15 32
|
||||||
|
38 c2-na-c2 14 15 32
|
||||||
|
39 c2-na-hn 17 16 26
|
||||||
|
40 c2-na-hn 17 16 27
|
||||||
|
41 hn-na-hn 26 16 27
|
||||||
|
42 c2-c2-na 18 17 16
|
||||||
|
43 hc-c2-na 28 17 16
|
||||||
|
44 hc-c2-na 29 17 16
|
||||||
|
45 c2-c2-hc 18 17 28
|
||||||
|
46 c2-c2-hc 18 17 29
|
||||||
|
47 hc-c2-hc 28 17 29
|
||||||
|
48 c2-c2-na 17 18 12
|
||||||
|
49 hc-c2-na 30 18 12
|
||||||
|
50 hc-c2-na 31 18 12
|
||||||
|
51 c2-c2-hc 17 18 30
|
||||||
|
52 c2-c2-hc 17 18 31
|
||||||
|
53 hc-c2-hc 30 18 31
|
||||||
|
54 hc-c2-na 39 32 15
|
||||||
|
55 na-c2-c3 15 32 33
|
||||||
|
56 hc-c2-na 38 32 15
|
||||||
|
57 hc-c2-c3 39 32 33
|
||||||
|
58 hc-c2-hc 39 32 38
|
||||||
|
59 hc-c2-c3 38 32 33
|
||||||
|
60 c2-c3-oc 32 33 35
|
||||||
|
61 c2-c3-c2 32 33 34
|
||||||
|
62 c2-c3-hc 32 33 40
|
||||||
|
63 c2-c3-oc 34 33 35
|
||||||
|
64 oc-c3-hc 35 33 40
|
||||||
|
65 c2-c3-hc 34 33 40
|
||||||
|
66 oc-c2-c3 37 34 33
|
||||||
|
67 hc-c2-c3 41 34 33
|
||||||
|
68 hc-c2-c3 42 34 33
|
||||||
|
69 oc-c2-hc 37 34 41
|
||||||
|
70 oc-c2-hc 37 34 42
|
||||||
|
71 hc-c2-hc 41 34 42
|
||||||
|
72 ho-oc-c3 24 35 33
|
||||||
|
73 c2-oc-cp 34 37 36
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c2-c3m-c2 8 1 2 3
|
||||||
|
2 hc-c2-c3m-hc 8 1 2 9
|
||||||
|
3 hc-c2-c3m-oc 8 1 2 4
|
||||||
|
4 hc-c2-c3m-c2 7 1 2 3
|
||||||
|
5 hc-c2-c3m-hc 7 1 2 9
|
||||||
|
6 hc-c2-c3m-oc 7 1 2 4
|
||||||
|
7 na-c2-c3m-c2 15 1 2 3
|
||||||
|
8 na-c2-c3m-hc 15 1 2 9
|
||||||
|
9 na-c2-c3m-oc 15 1 2 4
|
||||||
|
10 hc-c2-na-c2 8 1 15 14
|
||||||
|
11 hc-c2-na-c2 8 1 15 32
|
||||||
|
12 c3m-c2-na-c2 2 1 15 14
|
||||||
|
13 c3m-c2-na-c2 2 1 15 32
|
||||||
|
14 hc-c2-na-c2 7 1 15 14
|
||||||
|
15 hc-c2-na-c2 7 1 15 32
|
||||||
|
16 oc-c2-c3m-c2 6 3 2 1
|
||||||
|
17 hc-c2-c3m-c2 10 3 2 1
|
||||||
|
18 hc-c2-c3m-c2 11 3 2 1
|
||||||
|
19 oc-c2-c3m-hc 6 3 2 9
|
||||||
|
20 hc-c2-c3m-hc 10 3 2 9
|
||||||
|
21 hc-c2-c3m-hc 11 3 2 9
|
||||||
|
22 oc-c2-c3m-oc 6 3 2 4
|
||||||
|
23 hc-c2-c3m-oc 10 3 2 4
|
||||||
|
24 hc-c2-c3m-oc 11 3 2 4
|
||||||
|
25 c2-c3m-oc-ho 1 2 4 25
|
||||||
|
26 c2-c3m-oc-ho 3 2 4 25
|
||||||
|
27 hc-c3m-oc-ho 9 2 4 25
|
||||||
|
28 c3m-c2-oc-cp 2 3 6 5
|
||||||
|
29 hc-c2-oc-cp 10 3 6 5
|
||||||
|
30 hc-c2-oc-cp 11 3 6 5
|
||||||
|
31 c2-c2-na-c2 14 13 12 18
|
||||||
|
32 hc-c2-na-c2 20 13 12 18
|
||||||
|
33 hc-c2-na-c2 21 13 12 18
|
||||||
|
34 c2-c2-na-hn 14 13 12 19
|
||||||
|
35 hc-c2-na-hn 20 13 12 19
|
||||||
|
36 hc-c2-na-hn 21 13 12 19
|
||||||
|
37 c2-c2-na-c2 17 18 12 13
|
||||||
|
38 hc-c2-na-c2 30 18 12 13
|
||||||
|
39 hc-c2-na-c2 31 18 12 13
|
||||||
|
40 c2-c2-na-hn 17 18 12 19
|
||||||
|
41 hc-c2-na-hn 30 18 12 19
|
||||||
|
42 hc-c2-na-hn 31 18 12 19
|
||||||
|
43 na-c2-c2-na 12 13 14 15
|
||||||
|
44 hc-c2-c2-na 22 14 13 12
|
||||||
|
45 hc-c2-c2-na 23 14 13 12
|
||||||
|
46 hc-c2-c2-na 20 13 14 15
|
||||||
|
47 hc-c2-c2-hc 20 13 14 22
|
||||||
|
48 hc-c2-c2-hc 20 13 14 23
|
||||||
|
49 hc-c2-c2-na 21 13 14 15
|
||||||
|
50 hc-c2-c2-hc 21 13 14 22
|
||||||
|
51 hc-c2-c2-hc 21 13 14 23
|
||||||
|
52 c2-c2-na-c2 13 14 15 1
|
||||||
|
53 c2-c2-na-c2 13 14 15 32
|
||||||
|
54 hc-c2-na-c2 22 14 15 1
|
||||||
|
55 hc-c2-na-c2 22 14 15 32
|
||||||
|
56 hc-c2-na-c2 23 14 15 1
|
||||||
|
57 hc-c2-na-c2 23 14 15 32
|
||||||
|
58 hc-c2-na-c2 39 32 15 1
|
||||||
|
59 c3-c2-na-c2 33 32 15 1
|
||||||
|
60 hc-c2-na-c2 38 32 15 1
|
||||||
|
61 hc-c2-na-c2 39 32 15 14
|
||||||
|
62 c3-c2-na-c2 33 32 15 14
|
||||||
|
63 hc-c2-na-c2 38 32 15 14
|
||||||
|
64 c2-c2-na-hn 18 17 16 26
|
||||||
|
65 hc-c2-na-hn 28 17 16 26
|
||||||
|
66 hc-c2-na-hn 29 17 16 26
|
||||||
|
67 c2-c2-na-hn 18 17 16 27
|
||||||
|
68 hc-c2-na-hn 28 17 16 27
|
||||||
|
69 hc-c2-na-hn 29 17 16 27
|
||||||
|
70 na-c2-c2-na 16 17 18 12
|
||||||
|
71 hc-c2-c2-na 30 18 17 16
|
||||||
|
72 hc-c2-c2-na 31 18 17 16
|
||||||
|
73 hc-c2-c2-na 28 17 18 12
|
||||||
|
74 hc-c2-c2-hc 28 17 18 30
|
||||||
|
75 hc-c2-c2-hc 28 17 18 31
|
||||||
|
76 hc-c2-c2-na 29 17 18 12
|
||||||
|
77 hc-c2-c2-hc 29 17 18 30
|
||||||
|
78 hc-c2-c2-hc 29 17 18 31
|
||||||
|
79 na-c2-c3-oc 15 32 33 35
|
||||||
|
80 na-c2-c3-c2 15 32 33 34
|
||||||
|
81 na-c2-c3-hc 15 32 33 40
|
||||||
|
82 hc-c2-c3-oc 39 32 33 35
|
||||||
|
83 hc-c2-c3-c2 39 32 33 34
|
||||||
|
84 hc-c2-c3-hc 39 32 33 40
|
||||||
|
85 hc-c2-c3-oc 38 32 33 35
|
||||||
|
86 hc-c2-c3-c2 38 32 33 34
|
||||||
|
87 hc-c2-c3-hc 38 32 33 40
|
||||||
|
88 ho-oc-c3-c2 24 35 33 32
|
||||||
|
89 ho-oc-c3-c2 24 35 33 34
|
||||||
|
90 ho-oc-c3-hc 24 35 33 40
|
||||||
|
91 oc-c2-c3-c2 37 34 33 32
|
||||||
|
92 hc-c2-c3-c2 41 34 33 32
|
||||||
|
93 hc-c2-c3-c2 42 34 33 32
|
||||||
|
94 oc-c2-c3-oc 37 34 33 35
|
||||||
|
95 hc-c2-c3-oc 41 34 33 35
|
||||||
|
96 hc-c2-c3-oc 42 34 33 35
|
||||||
|
97 oc-c2-c3-hc 37 34 33 40
|
||||||
|
98 hc-c2-c3-hc 41 34 33 40
|
||||||
|
99 hc-c2-c3-hc 42 34 33 40
|
||||||
|
100 c3-c2-oc-cp 33 34 37 36
|
||||||
|
101 hc-c2-oc-cp 41 34 37 36
|
||||||
|
102 hc-c2-oc-cp 42 34 37 36
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-na-c2-hn 13 12 18 19
|
||||||
|
2 c2-na-c2-c2 1 15 14 32
|
||||||
|
3 c2-na-hn-hn 17 16 26 27
|
||||||
@ -14,177 +14,360 @@
|
|||||||
-10 20 ylo yhi
|
-10 20 ylo yhi
|
||||||
-15 10 zlo zhi
|
-15 10 zlo zhi
|
||||||
|
|
||||||
|
Atom Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2
|
||||||
|
2 c3m
|
||||||
|
3 o3e
|
||||||
|
4 cp
|
||||||
|
5 c
|
||||||
|
6 c3
|
||||||
|
7 oc
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 na
|
||||||
|
10 hn
|
||||||
|
11 ho
|
||||||
|
|
||||||
|
Bond Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-hc
|
||||||
|
2 c3m-c2
|
||||||
|
3 c2-oc
|
||||||
|
4 c3m-o3e
|
||||||
|
5 c3m-c3m
|
||||||
|
6 c3m-hc
|
||||||
|
7 cp-cp
|
||||||
|
8 cp-oc
|
||||||
|
9 cp-hc
|
||||||
|
10 cp-c
|
||||||
|
11 c-c3
|
||||||
|
12 c3-hc
|
||||||
|
13 c2-na
|
||||||
|
14 na-hn
|
||||||
|
15 c2-c2
|
||||||
|
16 c2-c3
|
||||||
|
17 c3-oc
|
||||||
|
18 oc-ho
|
||||||
|
19 c3m-oc
|
||||||
|
|
||||||
|
Angle Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c3m-c2-hc
|
||||||
|
2 hc-c2-hc
|
||||||
|
3 oc-c2-hc
|
||||||
|
4 c3m-c2-oc
|
||||||
|
5 c2-c3m-o3e
|
||||||
|
6 c2-c3m-c3m
|
||||||
|
7 c2-c3m-hc
|
||||||
|
8 c3m-c3m-o3e
|
||||||
|
9 o3e-c3m-hc
|
||||||
|
10 c3m-c3m-hc
|
||||||
|
11 hc-c3m-hc
|
||||||
|
12 c3m-o3e-c3m
|
||||||
|
13 cp-cp-cp
|
||||||
|
14 cp-cp-oc
|
||||||
|
15 cp-cp-hc
|
||||||
|
16 cp-cp-c
|
||||||
|
17 cp-c-c3
|
||||||
|
18 cp-c-cp
|
||||||
|
19 c3-c-c3
|
||||||
|
20 c-c3-hc
|
||||||
|
21 hc-c3-hc
|
||||||
|
22 c2-oc-cp
|
||||||
|
23 c2-na-c2
|
||||||
|
24 c2-na-hn
|
||||||
|
25 c2-c2-na
|
||||||
|
26 hc-c2-na
|
||||||
|
27 c2-c2-hc
|
||||||
|
28 hn-na-hn
|
||||||
|
29 c3m-c3m-c2
|
||||||
|
30 c3-c2-hc
|
||||||
|
31 c3-c2-na
|
||||||
|
32 c2-c3-c2
|
||||||
|
33 c2-c3-hc
|
||||||
|
34 c2-c3-oc
|
||||||
|
35 oc-c3-hc
|
||||||
|
36 c3-c2-oc
|
||||||
|
37 c3-oc-ho
|
||||||
|
38 hc-c3m-o3e
|
||||||
|
39 hc-c3m-c3m
|
||||||
|
40 oc-c2-c3m
|
||||||
|
41 hc-c2-c3m
|
||||||
|
42 c3m-c2-na
|
||||||
|
43 c2-c3m-c2
|
||||||
|
44 c2-c3m-oc
|
||||||
|
45 oc-c3m-hc
|
||||||
|
46 c3m-oc-ho
|
||||||
|
47 na-c2-c3
|
||||||
|
48 hc-c2-c3
|
||||||
|
49 oc-c2-c3
|
||||||
|
50 ho-oc-c3
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedral Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c2-c3m-o3e
|
||||||
|
2 hc-c2-c3m-c3m
|
||||||
|
3 hc-c2-c3m-hc
|
||||||
|
4 oc-c2-c3m-o3e
|
||||||
|
5 oc-c2-c3m-c3m
|
||||||
|
6 oc-c2-c3m-hc
|
||||||
|
7 hc-c2-oc-cp
|
||||||
|
8 c3m-c2-oc-cp
|
||||||
|
9 c2-c3m-o3e-c3m
|
||||||
|
10 hc-c3m-o3e-c3m
|
||||||
|
11 c2-c3m-c3m-o3e
|
||||||
|
12 c2-c3m-c3m-hc
|
||||||
|
13 o3e-c3m-c3m-hc
|
||||||
|
14 hc-c3m-c3m-hc
|
||||||
|
15 cp-cp-cp-cp
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-hc
|
||||||
|
17 cp-cp-cp-oc
|
||||||
|
18 oc-cp-cp-hc
|
||||||
|
19 cp-cp-oc-c2
|
||||||
|
20 hc-cp-cp-hc
|
||||||
|
21 cp-cp-cp-c
|
||||||
|
22 c-cp-cp-hc
|
||||||
|
23 cp-cp-c-c3
|
||||||
|
24 cp-cp-c-cp
|
||||||
|
25 cp-c-c3-hc
|
||||||
|
26 c3-c-c3-hc
|
||||||
|
27 c2-c2-na-c2
|
||||||
|
28 hc-c2-na-c2
|
||||||
|
29 c2-c2-na-hn
|
||||||
|
30 hc-c2-na-hn
|
||||||
|
31 na-c2-c2-na
|
||||||
|
32 hc-c2-c2-na
|
||||||
|
33 hc-c2-c2-hc
|
||||||
|
34 c3m-c3m-c2-oc
|
||||||
|
35 c3m-c3m-c2-hc
|
||||||
|
36 o3e-c3m-c2-oc
|
||||||
|
37 o3e-c3m-c2-hc
|
||||||
|
38 hc-c3m-c2-oc
|
||||||
|
39 hc-c3m-c2-hc
|
||||||
|
40 hc-c2-c3-c2
|
||||||
|
41 hc-c2-c3-hc
|
||||||
|
42 hc-c2-c3-oc
|
||||||
|
43 na-c2-c3-c2
|
||||||
|
44 na-c2-c3-hc
|
||||||
|
45 na-c2-c3-oc
|
||||||
|
46 c3-c2-na-c2
|
||||||
|
47 c3-c2-na-hn
|
||||||
|
48 oc-c2-c3-c2
|
||||||
|
49 oc-c2-c3-hc
|
||||||
|
50 oc-c2-c3-oc
|
||||||
|
51 c3-c2-oc-cp
|
||||||
|
52 c2-c3-oc-ho
|
||||||
|
53 hc-c3-oc-ho
|
||||||
|
54 hc-c3m-c3m-o3e
|
||||||
|
55 hc-c2-c3m-c2
|
||||||
|
56 hc-c2-c3m-oc
|
||||||
|
57 na-c2-c3m-c2
|
||||||
|
58 na-c2-c3m-hc
|
||||||
|
59 na-c2-c3m-oc
|
||||||
|
60 c3m-c2-na-c2
|
||||||
|
61 oc-c2-c3m-c2
|
||||||
|
62 oc-c2-c3m-oc
|
||||||
|
63 c2-c3m-oc-ho
|
||||||
|
64 hc-c3m-oc-ho
|
||||||
|
65 ho-oc-c3-c2
|
||||||
|
66 ho-oc-c3-hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Improper Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-cp-oc
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-hc
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-c
|
||||||
|
4 c2-na-c2-hn
|
||||||
|
5 c2-na-hn-hn
|
||||||
|
6 zero6
|
||||||
|
7 zero7
|
||||||
|
8 zero8
|
||||||
|
9 zero9
|
||||||
|
10 zero10
|
||||||
|
11 zero11
|
||||||
|
12 zero12
|
||||||
|
13 zero13
|
||||||
|
14 zero14
|
||||||
|
15 zero15
|
||||||
|
16 zero16
|
||||||
|
17 zero17
|
||||||
|
18 zero18
|
||||||
|
19 zero19
|
||||||
|
20 zero20
|
||||||
|
21 zero21
|
||||||
|
22 c2-na-c2-c2
|
||||||
|
|
||||||
Masses
|
Masses
|
||||||
|
|
||||||
1 12.011150 # c2
|
1 12.011150
|
||||||
2 12.011150 # c3m
|
2 12.011150
|
||||||
3 15.999400 # o3e
|
3 15.999400
|
||||||
4 12.011150 # cp
|
4 12.011150
|
||||||
5 12.011150 # c
|
5 12.011150
|
||||||
6 12.011150 # c3
|
6 12.011150
|
||||||
7 15.999400 # oc
|
7 15.999400
|
||||||
8 1.007970 # hc
|
8 1.007970
|
||||||
9 14.006700 # na
|
9 14.006700
|
||||||
10 1.007970 # hn
|
10 1.007970
|
||||||
11 1.007970 # ho
|
11 1.007970
|
||||||
|
|
||||||
Pair Coeffs # lj/class2/coul/long
|
Pair Coeffs # lj/class2/coul/long
|
||||||
|
|
||||||
1 0.0540000000 4.0100000000 # c2
|
1 0.0540000000 4.0100000000
|
||||||
2 0.0540000000 4.0100000000 # c3m
|
2 0.0540000000 4.0100000000
|
||||||
3 0.2400000000 3.5350000000 # o3e
|
3 0.2400000000 3.5350000000
|
||||||
4 0.0640000000 4.0100000000 # cp
|
4 0.0640000000 4.0100000000
|
||||||
5 0.0540000000 4.0100000000 # c
|
5 0.0540000000 4.0100000000
|
||||||
6 0.0540000000 4.0100000000 # c3
|
6 0.0540000000 4.0100000000
|
||||||
7 0.2400000000 3.5350000000 # oc
|
7 0.2400000000 3.5350000000
|
||||||
8 0.0200000000 2.7000000000 # hc
|
8 0.0200000000 2.7000000000
|
||||||
9 0.0650000000 4.0700000000 # na
|
9 0.0650000000 4.0700000000
|
||||||
10 0.0130000000 1.0980000000 # hn
|
10 0.0130000000 1.0980000000
|
||||||
11 0.0130000000 1.0980000000 # ho
|
11 0.0130000000 1.0980000000
|
||||||
|
|
||||||
Bond Coeffs # class2
|
Bond Coeffs # class2
|
||||||
|
|
||||||
1 1.1010 345.0000 -691.8900 844.6000 # c2-hc
|
1 1.1010 345.0000 -691.8900 844.6000
|
||||||
2 1.5300 299.6700 -501.7700 679.8100 # c2-c3m
|
2 1.5300 299.6700 -501.7700 679.8100
|
||||||
3 1.4200 400.3954 -835.1951 1313.0142 # c2-oc
|
3 1.4200 400.3954 -835.1951 1313.0142
|
||||||
4 1.4200 400.3954 -835.1951 1313.0142 # c3m-o3e
|
4 1.4200 400.3954 -835.1951 1313.0142
|
||||||
5 1.5300 299.6700 -501.7700 679.8100 # c3m-c3m
|
5 1.5300 299.6700 -501.7700 679.8100
|
||||||
6 1.1010 345.0000 -691.8900 844.6000 # c3m-hc
|
6 1.1010 345.0000 -691.8900 844.6000
|
||||||
7 1.4170 470.8361 -627.6179 1327.6345 # cp-cp
|
7 1.4170 470.8361 -627.6179 1327.6345
|
||||||
8 1.3768 428.8798 -738.2351 1114.9655 # cp-oc
|
8 1.3768 428.8798 -738.2351 1114.9655
|
||||||
9 1.0982 372.8251 -803.4526 894.3173 # cp-hc
|
9 1.0982 372.8251 -803.4526 894.3173
|
||||||
10 1.5010 321.9021 -521.8208 572.1628 # cp-c
|
10 1.5010 321.9021 -521.8208 572.1628
|
||||||
11 1.5300 299.6700 -501.7700 679.8100 # c-c3
|
11 1.5300 299.6700 -501.7700 679.8100
|
||||||
12 1.1010 345.0000 -691.8900 844.6000 # c3-hc
|
12 1.1010 345.0000 -691.8900 844.6000
|
||||||
13 1.4570 365.8052 -699.6368 998.4842 # c2-na
|
13 1.4570 365.8052 -699.6368 998.4842
|
||||||
14 1.0060 466.7400 -1073.6018 1251.1056 # na-hn
|
14 1.0060 466.7400 -1073.6018 1251.1056
|
||||||
15 1.5300 299.6700 -501.7700 679.8100 # c2-c2
|
15 1.5300 299.6700 -501.7700 679.8100
|
||||||
16 1.5300 299.6700 -501.7700 679.8100 # c2-c3
|
16 1.5300 299.6700 -501.7700 679.8100
|
||||||
17 1.4200 400.3954 -835.1951 1313.0142 # c3-oc
|
17 1.4200 400.3954 -835.1951 1313.0142
|
||||||
18 0.9650 532.5062 -1282.9050 2004.7658 # oc-ho
|
18 0.9650 532.5062 -1282.9050 2004.7658
|
||||||
19 1.4200 400.3954 -835.1951 1313.0142 # c3m-oc
|
19 1.4200 400.3954 -835.1951 1313.0142
|
||||||
|
|
||||||
Angle Coeffs # class2
|
Angle Coeffs # class2
|
||||||
|
|
||||||
1 110.7700 41.4530 -10.6040 5.1290 # c3m-c2-hc
|
1 110.7700 41.4530 -10.6040 5.1290
|
||||||
2 107.6600 39.6410 -12.9210 -2.4318 # hc-c2-hc
|
2 107.6600 39.6410 -12.9210 -2.4318
|
||||||
3 108.7280 58.5446 -10.8088 -12.4006 # oc-c2-hc
|
3 108.7280 58.5446 -10.8088 -12.4006
|
||||||
4 111.2700 54.5381 -8.3642 -13.0838 # c3m-c2-oc
|
4 111.2700 54.5381 -8.3642 -13.0838
|
||||||
5 111.2700 54.5381 -8.3642 -13.0838 # c2-c3m-o3e
|
5 111.2700 54.5381 -8.3642 -13.0838
|
||||||
6 112.6700 39.5160 -7.4430 -9.5583 # c2-c3m-c3m
|
6 112.6700 39.5160 -7.4430 -9.5583
|
||||||
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36 -0.1820 0.0000 -0.1084 0.0000 -0.7047 0.0000
|
||||||
37 -0.1435 0.0000 0.2530 0.0000 -0.0905 0.0000# o3e-c3m-c2-hc
|
37 -0.1435 0.0000 0.2530 0.0000 -0.0905 0.0000
|
||||||
38 -0.1435 0.0000 0.2530 0.0000 -0.0905 0.0000# hc-c3m-c2-oc
|
38 -0.1435 0.0000 0.2530 0.0000 -0.0905 0.0000
|
||||||
39 -0.1432 0.0000 0.0617 0.0000 -0.1083 0.0000# hc-c3m-c2-hc
|
39 -0.1432 0.0000 0.0617 0.0000 -0.1083 0.0000
|
||||||
40 0.0000 0.0000 0.0316 0.0000 -0.1681 0.0000# hc-c2-c3-c2
|
40 0.0000 0.0000 0.0316 0.0000 -0.1681 0.0000
|
||||||
41 -0.1432 0.0000 0.0617 0.0000 -0.1083 0.0000# hc-c2-c3-hc
|
41 -0.1432 0.0000 0.0617 0.0000 -0.1083 0.0000
|
||||||
42 -0.1435 0.0000 0.2530 0.0000 -0.0905 0.0000# hc-c2-c3-oc
|
42 -0.1435 0.0000 0.2530 0.0000 -0.0905 0.0000
|
||||||
43 0.1764 0.0000 0.1766 0.0000 -0.5206 0.0000# na-c2-c3-c2
|
43 0.1764 0.0000 0.1766 0.0000 -0.5206 0.0000
|
||||||
44 -0.2428 0.0000 0.4065 0.0000 -0.3079 0.0000# na-c2-c3-hc
|
44 -0.2428 0.0000 0.4065 0.0000 -0.3079 0.0000
|
||||||
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|
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
47 -1.1506 0.0000 -0.6344 0.0000 -0.1845 0.0000
|
||||||
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|
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|
||||||
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|
49 -0.1435 0.0000 0.2530 0.0000 -0.0905 0.0000
|
||||||
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|
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
53 0.1863 0.0000 -0.4338 0.0000 -0.2121 0.0000
|
||||||
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|
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
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|
||||||
57 0.1764 0.0000 0.1766 0.0000 -0.5206 0.0000# na-c2-c3m-c2
|
57 0.1764 0.0000 0.1766 0.0000 -0.5206 0.0000
|
||||||
58 -0.2428 0.0000 0.4065 0.0000 -0.3079 0.0000# na-c2-c3m-hc
|
58 -0.2428 0.0000 0.4065 0.0000 -0.3079 0.0000
|
||||||
59 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000# na-c2-c3m-oc
|
59 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000 0.0000
|
||||||
60 -0.1406 0.0000 0.4168 0.0000 0.0150 0.0000# c3m-c2-na-c2
|
60 -0.1406 0.0000 0.4168 0.0000 0.0150 0.0000
|
||||||
61 0.7137 0.0000 0.2660 0.0000 -0.2545 0.0000# oc-c2-c3m-c2
|
61 0.7137 0.0000 0.2660 0.0000 -0.2545 0.0000
|
||||||
62 -0.1820 0.0000 -0.1084 0.0000 -0.7047 0.0000# oc-c2-c3m-oc
|
62 -0.1820 0.0000 -0.1084 0.0000 -0.7047 0.0000
|
||||||
63 -0.6732 0.0000 -0.4778 0.0000 -0.1670 0.0000# c2-c3m-oc-ho
|
63 -0.6732 0.0000 -0.4778 0.0000 -0.1670 0.0000
|
||||||
64 0.1863 0.0000 -0.4338 0.0000 -0.2121 0.0000# hc-c3m-oc-ho
|
64 0.1863 0.0000 -0.4338 0.0000 -0.2121 0.0000
|
||||||
65 -0.6732 0.0000 -0.4778 0.0000 -0.1670 0.0000# ho-oc-c3-c2
|
65 -0.6732 0.0000 -0.4778 0.0000 -0.1670 0.0000
|
||||||
66 0.1863 0.0000 -0.4338 0.0000 -0.2121 0.0000# ho-oc-c3-hc
|
66 0.1863 0.0000 -0.4338 0.0000 -0.2121 0.0000
|
||||||
|
|
||||||
Improper Coeffs # class2
|
Improper Coeffs # class2
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -19,14 +19,19 @@ dihedral_style class2
|
|||||||
|
|
||||||
improper_style class2
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
read_data tiny_nylon.data
|
read_data tiny_nylon.data &
|
||||||
|
extra/bond/per/atom 5 &
|
||||||
|
extra/angle/per/atom 15 &
|
||||||
|
extra/dihedral/per/atom 15 &
|
||||||
|
extra/improper/per/atom 25 &
|
||||||
|
extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
|
||||||
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.data_template
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.data_template
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.data_template
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.data_template
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
|
||||||
thermo 50
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -19,7 +19,12 @@ dihedral_style class2
|
|||||||
|
|
||||||
improper_style class2
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
read_data tiny_nylon.data
|
read_data tiny_nylon.data &
|
||||||
|
extra/bond/per/atom 5 &
|
||||||
|
extra/angle/per/atom 15 &
|
||||||
|
extra/dihedral/per/atom 15 &
|
||||||
|
extra/improper/per/atom 25 &
|
||||||
|
extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
|
||||||
variable runsteps equal 1000
|
variable runsteps equal 1000
|
||||||
variable prob1 equal step/v_runsteps*2+0.1
|
variable prob1 equal step/v_runsteps*2+0.1
|
||||||
@ -27,10 +32,10 @@ variable prob2 equal (step/v_runsteps)>0.5
|
|||||||
|
|
||||||
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.data_template
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.data_template
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.data_template
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.data_template
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
|
||||||
thermo 50
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -19,14 +19,20 @@ dihedral_style class2
|
|||||||
|
|
||||||
improper_style class2
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
read_data tiny_nylon.data
|
read_data tiny_nylon.data &
|
||||||
|
extra/bond/per/atom 5 &
|
||||||
|
extra/angle/per/atom 15 &
|
||||||
|
extra/dihedral/per/atom 15 &
|
||||||
|
extra/improper/per/atom 25 &
|
||||||
|
extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.data_template
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.data_template
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.data_template
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.data_template
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
|
||||||
thermo 50
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -1,201 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (15 Apr 2020)
|
|
||||||
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (src/comm.cpp:94)
|
|
||||||
using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
|
|
||||||
# two monomer nylon example
|
|
||||||
# reaction produces a condensed water molecule
|
|
||||||
|
|
||||||
units real
|
|
||||||
|
|
||||||
boundary p p p
|
|
||||||
|
|
||||||
atom_style full
|
|
||||||
|
|
||||||
kspace_style pppm 1.0e-4
|
|
||||||
|
|
||||||
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
|
||||||
|
|
||||||
angle_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
bond_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
dihedral_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
improper_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
read_data tiny_nylon.data
|
|
||||||
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
|
||||||
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
44 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
44 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
9 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
21 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
29 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
29 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
42 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
74 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
100 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
44 impropers
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
6 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
12 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
41 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000385045 secs
|
|
||||||
read_data CPU = 0.013443 secs
|
|
||||||
|
|
||||||
variable runsteps equal 1000
|
|
||||||
variable prob1 equal step/v_runsteps*2
|
|
||||||
variable prob2 equal (step/v_runsteps)>0.5
|
|
||||||
|
|
||||||
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
|
||||||
|
|
||||||
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule template mol1:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
18 atoms with max type 8
|
|
||||||
16 bonds with max type 14
|
|
||||||
25 angles with max type 28
|
|
||||||
23 dihedrals with max type 36
|
|
||||||
14 impropers with max type 11
|
|
||||||
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule template mol2:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
18 atoms with max type 9
|
|
||||||
17 bonds with max type 13
|
|
||||||
31 angles with max type 27
|
|
||||||
39 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
20 impropers with max type 1
|
|
||||||
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule template mol3:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
15 atoms with max type 9
|
|
||||||
14 bonds with max type 13
|
|
||||||
25 angles with max type 27
|
|
||||||
30 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
16 impropers with max type 1
|
|
||||||
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule template mol4:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
15 atoms with max type 11
|
|
||||||
13 bonds with max type 15
|
|
||||||
19 angles with max type 29
|
|
||||||
16 dihedrals with max type 32
|
|
||||||
10 impropers with max type 13
|
|
||||||
|
|
||||||
thermo 50
|
|
||||||
|
|
||||||
# dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
|
||||||
|
|
||||||
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0.0 5.0 mol1 mol2 rxn1_stp1_map prob v_prob1 1234 react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map prob v_prob2 1234
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn1 too close to template edge (src/REACTION/fix_bond_react.cpp:2051)
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn2 too close to template edge (src/REACTION/fix_bond_react.cpp:2051)
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
|
||||||
|
|
||||||
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 300 300 100
|
|
||||||
|
|
||||||
# optionally, you can customize behavior of reacting atoms,
|
|
||||||
# by using the internally-created 'bond_react_MASTER_group', like so:
|
|
||||||
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 300 300 10 1
|
|
||||||
|
|
||||||
thermo_style custom step temp press density v_prob1 v_prob2 f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
|
||||||
|
|
||||||
# restart 100 restart1 restart2
|
|
||||||
|
|
||||||
run ${runsteps}
|
|
||||||
run 1000
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (src/kspace.cpp:332)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.0534597
|
|
||||||
grid = 2 2 2
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.0402256
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 0.000121138
|
|
||||||
using double precision FFTW3
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 343 8
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
WARNING: Inconsistent image flags (src/domain.cpp:812)
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 33.78 | 33.78 | 33.78 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density v_prob1 v_prob2 f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
|
||||||
0 300 346.78165 0.0034851739 0 0 0 0
|
|
||||||
50 262.63913 -492.10749 0.0034851739 0.1 0 1 0
|
|
||||||
100 766.52962 -29.714349 0.0034851739 0.2 0 1 0
|
|
||||||
150 503.86837 50.220304 0.0034851739 0.3 0 1 0
|
|
||||||
200 456.51295 12.312892 0.0034851739 0.4 0 1 0
|
|
||||||
250 391.54928 9.2335844 0.0034851739 0.5 0 1 0
|
|
||||||
300 336.6988 -47.193937 0.0034851739 0.6 0 1 0
|
|
||||||
350 254.06985 -9.2867898 0.0034851739 0.7 0 1 0
|
|
||||||
400 259.41098 -25.657321 0.0034851739 0.8 0 1 0
|
|
||||||
450 258.10364 22.5086 0.0034851739 0.9 0 1 0
|
|
||||||
500 272.13412 -6.5391448 0.0034851739 1 0 1 0
|
|
||||||
550 202.75504 54.658731 0.0034851739 1.1 1 1 1
|
|
||||||
600 344.79887 23.798478 0.0034851739 1.2 1 1 1
|
|
||||||
650 328.44488 -29.908484 0.0034851739 1.3 1 1 1
|
|
||||||
700 280.13593 -8.3223255 0.0034851739 1.4 1 1 1
|
|
||||||
750 300.67624 1.0632669 0.0034851739 1.5 1 1 1
|
|
||||||
800 376.64234 12.488392 0.0034851739 1.6 1 1 1
|
|
||||||
850 321.07642 19.814074 0.0034851739 1.7 1 1 1
|
|
||||||
900 332.23751 30.814079 0.0034851739 1.8 1 1 1
|
|
||||||
950 311.14029 5.7853136 0.0034851739 1.9 1 1 1
|
|
||||||
1000 253.14634 -37.560642 0.0034851739 2 1 1 1
|
|
||||||
Loop time of 0.379454 on 1 procs for 1000 steps with 44 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 227.696 ns/day, 0.105 hours/ns, 2635.368 timesteps/s
|
|
||||||
99.6% CPU use with 1 MPI tasks x 1 OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 0.069723 | 0.069723 | 0.069723 | 0.0 | 18.37
|
|
||||||
Bond | 0.14802 | 0.14802 | 0.14802 | 0.0 | 39.01
|
|
||||||
Kspace | 0.044252 | 0.044252 | 0.044252 | 0.0 | 11.66
|
|
||||||
Neigh | 0.072359 | 0.072359 | 0.072359 | 0.0 | 19.07
|
|
||||||
Comm | 0.0044748 | 0.0044748 | 0.0044748 | 0.0 | 1.18
|
|
||||||
Output | 0.0022775 | 0.0022775 | 0.0022775 | 0.0 | 0.60
|
|
||||||
Modify | 0.036509 | 0.036509 | 0.036509 | 0.0 | 9.62
|
|
||||||
Other | | 0.00184 | | | 0.48
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 44 ave 44 max 44 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Nghost: 3 ave 3 max 3 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Neighs: 722 ave 722 max 722 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 722
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 16.4091
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 9.77273
|
|
||||||
Neighbor list builds = 1000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
# write_restart restart_longrun
|
|
||||||
# write_data restart_longrun.data
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:00:00
|
|
||||||
@ -1,201 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (15 Apr 2020)
|
|
||||||
OMP_NUM_THREADS environment is not set. Defaulting to 1 thread. (src/comm.cpp:94)
|
|
||||||
using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
|
|
||||||
# two monomer nylon example
|
|
||||||
# reaction produces a condensed water molecule
|
|
||||||
|
|
||||||
units real
|
|
||||||
|
|
||||||
boundary p p p
|
|
||||||
|
|
||||||
atom_style full
|
|
||||||
|
|
||||||
kspace_style pppm 1.0e-4
|
|
||||||
|
|
||||||
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
|
||||||
|
|
||||||
angle_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
bond_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
dihedral_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
improper_style class2
|
|
||||||
|
|
||||||
read_data tiny_nylon.data
|
|
||||||
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
|
||||||
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
44 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
44 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
9 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
21 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
29 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
29 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
42 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
74 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
100 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
44 impropers
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
6 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
12 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
41 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000431282 secs
|
|
||||||
read_data CPU = 0.0129571 secs
|
|
||||||
|
|
||||||
variable runsteps equal 1000
|
|
||||||
variable prob1 equal step/v_runsteps*2
|
|
||||||
variable prob2 equal (step/v_runsteps)>0.5
|
|
||||||
|
|
||||||
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
|
||||||
|
|
||||||
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule template mol1:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
18 atoms with max type 8
|
|
||||||
16 bonds with max type 14
|
|
||||||
25 angles with max type 28
|
|
||||||
23 dihedrals with max type 36
|
|
||||||
14 impropers with max type 11
|
|
||||||
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule template mol2:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
18 atoms with max type 9
|
|
||||||
17 bonds with max type 13
|
|
||||||
31 angles with max type 27
|
|
||||||
39 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
20 impropers with max type 1
|
|
||||||
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule template mol3:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
15 atoms with max type 9
|
|
||||||
14 bonds with max type 13
|
|
||||||
25 angles with max type 27
|
|
||||||
30 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
16 impropers with max type 1
|
|
||||||
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.data_template
|
|
||||||
Read molecule template mol4:
|
|
||||||
1 molecules
|
|
||||||
15 atoms with max type 11
|
|
||||||
13 bonds with max type 15
|
|
||||||
19 angles with max type 29
|
|
||||||
16 dihedrals with max type 32
|
|
||||||
10 impropers with max type 13
|
|
||||||
|
|
||||||
thermo 50
|
|
||||||
|
|
||||||
# dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
|
||||||
|
|
||||||
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0.0 5.0 mol1 mol2 rxn1_stp1_map prob v_prob1 1234 react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map prob v_prob2 1234
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn1 too close to template edge (src/REACTION/fix_bond_react.cpp:2051)
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn2 too close to template edge (src/REACTION/fix_bond_react.cpp:2051)
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
|
||||||
|
|
||||||
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 300 300 100
|
|
||||||
|
|
||||||
# optionally, you can customize behavior of reacting atoms,
|
|
||||||
# by using the internally-created 'bond_react_MASTER_group', like so:
|
|
||||||
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 300 300 10 1
|
|
||||||
|
|
||||||
thermo_style custom step temp press density v_prob1 v_prob2 f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
|
||||||
|
|
||||||
# restart 100 restart1 restart2
|
|
||||||
|
|
||||||
run ${runsteps}
|
|
||||||
run 1000
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (src/kspace.cpp:332)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.0534597
|
|
||||||
grid = 2 2 2
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.0402256
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 0.000121138
|
|
||||||
using double precision FFTW3
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 252 2
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
WARNING: Inconsistent image flags (src/domain.cpp:812)
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 33.66 | 33.88 | 34.43 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density v_prob1 v_prob2 f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
|
||||||
0 300 346.78165 0.0034851739 0 0 0 0
|
|
||||||
50 266.5092 -90.813802 0.0034851739 0.1 0 1 0
|
|
||||||
100 559.41271 -53.23688 0.0034851739 0.2 0 1 0
|
|
||||||
150 489.90516 31.555817 0.0034851739 0.3 0 1 0
|
|
||||||
200 326.18391 7.7889992 0.0034851739 0.4 0 1 0
|
|
||||||
250 339.78203 2.3919541 0.0034851739 0.5 0 1 0
|
|
||||||
300 370.90263 -32.01673 0.0034851739 0.6 0 1 0
|
|
||||||
350 294.07547 -5.4019813 0.0034851739 0.7 0 1 0
|
|
||||||
400 287.76477 12.254133 0.0034851739 0.8 0 1 0
|
|
||||||
450 293.36482 66.372956 0.0034851739 0.9 0 1 0
|
|
||||||
500 246.84496 26.132317 0.0034851739 1 0 1 0
|
|
||||||
550 253.08778 -15.350262 0.0034851739 1.1 1 1 1
|
|
||||||
600 358.83641 25.007371 0.0034851739 1.2 1 1 1
|
|
||||||
650 320.51492 -32.34823 0.0034851739 1.3 1 1 1
|
|
||||||
700 310.87976 -8.2306669 0.0034851739 1.4 1 1 1
|
|
||||||
750 307.54142 12.025818 0.0034851739 1.5 1 1 1
|
|
||||||
800 272.51724 -22.92823 0.0034851739 1.6 1 1 1
|
|
||||||
850 268.66181 10.069534 0.0034851739 1.7 1 1 1
|
|
||||||
900 265.5531 -10.471377 0.0034851739 1.8 1 1 1
|
|
||||||
950 259.43086 9.4546712 0.0034851739 1.9 1 1 1
|
|
||||||
1000 247.14622 20.250308 0.0034851739 2 1 1 1
|
|
||||||
Loop time of 0.357762 on 4 procs for 1000 steps with 44 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 241.502 ns/day, 0.099 hours/ns, 2795.157 timesteps/s
|
|
||||||
99.0% CPU use with 4 MPI tasks x 1 OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 0.0003917 | 0.015545 | 0.033317 | 11.9 | 4.35
|
|
||||||
Bond | 0.0010131 | 0.030153 | 0.076975 | 18.2 | 8.43
|
|
||||||
Kspace | 0.092857 | 0.1462 | 0.18688 | 10.7 | 40.87
|
|
||||||
Neigh | 0.043786 | 0.044014 | 0.044189 | 0.1 | 12.30
|
|
||||||
Comm | 0.03636 | 0.038345 | 0.040538 | 0.8 | 10.72
|
|
||||||
Output | 0.00091578 | 0.0012541 | 0.0020923 | 1.4 | 0.35
|
|
||||||
Modify | 0.075379 | 0.080791 | 0.086052 | 1.8 | 22.58
|
|
||||||
Other | | 0.00146 | | | 0.41
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 11 ave 32 max 0 min
|
|
||||||
Histogram: 2 0 1 0 0 0 0 0 0 1
|
|
||||||
Nghost: 40 ave 51 max 19 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 1 0 2
|
|
||||||
Neighs: 191 ave 529 max 0 min
|
|
||||||
Histogram: 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 764
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 17.3636
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 9.77273
|
|
||||||
Neighbor list builds = 1000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
# write_restart restart_longrun
|
|
||||||
# write_data restart_longrun.data
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:00:00
|
|
||||||
@ -0,0 +1,412 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# two monomer nylon example
|
||||||
|
# reaction produces a condensed water molecule
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
|
kspace_style pppm 1.0e-4
|
||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
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bond_style class2
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dihedral_style class2
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||||||
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|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data tiny_nylon.data extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
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||||||
|
1 by 1 by 1 MPI processor grid
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||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
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reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
44 atoms
|
||||||
|
reading velocities ...
|
||||||
|
44 velocities
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
9 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
21 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
29 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
29 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
42 bonds
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||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
74 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
100 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
44 impropers
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||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
6 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
12 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
41 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.007 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 8
|
||||||
|
16 bonds with max type 10
|
||||||
|
25 angles with max type 28
|
||||||
|
23 dihedrals with max type 36
|
||||||
|
2 impropers with max type 3
|
||||||
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 9
|
||||||
|
17 bonds with max type 13
|
||||||
|
31 angles with max type 27
|
||||||
|
39 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 9
|
||||||
|
14 bonds with max type 13
|
||||||
|
25 angles with max type 27
|
||||||
|
30 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 11
|
||||||
|
13 bonds with max type 15
|
||||||
|
19 angles with max type 29
|
||||||
|
16 dihedrals with max type 32
|
||||||
|
2 impropers with max type 13
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
# dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0.0 2.9 mol1 mol2 rxn1_stp1_map react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map
|
||||||
|
WARNING: Fix bond/react: Atom affected by reaction rxn2 is too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:2624)
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
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||||||
|
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 300 300 100
|
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|
|
||||||
|
# optionally, you can customize behavior of reacting atoms,
|
||||||
|
# by using the internally-created 'bond_react_MASTER_group', like so:
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fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 300 300 10 1
|
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|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
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|
# restart 100 restart1 restart2
|
||||||
|
|
||||||
|
run 10000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
PPPM initialization ...
|
||||||
|
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:342)
|
||||||
|
G vector (1/distance) = 0.05345967
|
||||||
|
grid = 2 2 2
|
||||||
|
stencil order = 5
|
||||||
|
estimated absolute RMS force accuracy = 0.040225597
|
||||||
|
estimated relative force accuracy = 0.00012113819
|
||||||
|
using double precision KISS FFT
|
||||||
|
3d grid and FFT values/proc = 343 8
|
||||||
|
Generated 55 of 55 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
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||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:819)
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 33.78 | 33.78 | 33.78 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
0 300 346.78165 0.0034851739 0 0
|
||||||
|
50 283.51963 -47.16359 0.0034851739 1 0
|
||||||
|
100 256.04648 21.778898 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
150 450.78138 -11.7887 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
200 400.15754 49.489858 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
250 347.06066 68.952063 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
300 291.89228 -1.5986302 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
350 290.25995 17.634558 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
400 234.89168 26.36452 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
450 305.80709 -28.923896 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
500 375.19218 -37.024375 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
550 321.86944 -4.6961825 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
600 307.2639 -31.393161 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
650 255.95833 8.4995589 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
700 294.54665 -17.06105 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
750 273.08231 -10.7175 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
800 249.69175 9.9777683 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
850 307.71806 -6.9950048 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
900 367.39855 9.9874985 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
950 327.57334 -4.7029779 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1000 348.85247 15.763492 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1050 328.94435 -35.031279 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1100 283.23971 -16.937443 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1150 266.69676 42.308482 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1200 244.61493 -8.291143 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1250 206.68495 6.6280168 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1300 257.83339 -7.0826267 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1350 358.0875 -7.6024741 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1400 353.66614 18.091914 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1450 302.27969 13.828755 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1500 262.57851 9.256794 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1550 252.39493 1.2438641 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1600 247.18352 10.008173 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1650 290.30112 -2.1829035 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1700 272.78999 -57.305766 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1750 253.35258 24.729795 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1800 278.67831 -0.95016566 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1850 302.04743 16.002867 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1900 330.67188 -22.034206 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1950 342.64206 8.0076017 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2000 348.74388 -12.159887 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2050 300.48093 36.01054 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2100 275.01699 8.7612261 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2150 303.92758 10.317056 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2200 308.89457 33.245018 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2250 265.74177 35.857118 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2300 273.40088 53.001593 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2350 287.74746 -0.14590128 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2400 278.76055 -8.2080851 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2450 331.88978 39.025208 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2500 280.04045 -21.423616 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2550 388.81531 -12.350023 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2600 311.13452 -13.287102 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2650 325.07681 88.710878 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2700 319.08502 14.118057 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2750 261.72066 26.051675 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2800 281.03508 -21.200833 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2850 312.27359 4.3892078 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2900 274.81147 -12.738114 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2950 281.76969 11.198451 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3000 291.83918 48.595884 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3050 297.40189 -24.91102 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3100 341.47331 13.82699 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3150 347.51825 -10.458257 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3200 301.24666 26.550464 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3250 281.3679 -23.02985 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3300 279.8332 -53.222264 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3350 289.41496 -8.793156 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3400 288.5722 -25.441134 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3450 259.59524 77.884773 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3500 296.00389 30.3654 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3550 302.14443 -5.1101538 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3600 288.98098 -12.688781 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3650 333.83238 -33.121195 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3700 347.7556 -24.693995 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3750 354.42689 6.7030374 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3800 341.24011 -18.775449 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3850 320.50998 35.492418 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3900 326.81918 -49.073015 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3950 299.55145 -19.487946 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4000 308.81019 30.579971 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4050 251.83279 -17.500379 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4100 242.0783 21.228088 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4150 265.59921 -3.9446469 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4200 369.32464 -14.626205 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4250 346.22904 -32.749662 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4300 369.43175 11.916047 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4350 321.17007 -9.3009147 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4400 312.41821 -31.360537 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4450 281.59211 40.338618 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4500 289.10806 -4.2135222 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4550 317.55705 -4.3727576 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4600 310.64469 -14.403478 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4650 284.43433 37.416848 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4700 353.88469 7.7633789 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4750 328.48834 -60.780145 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4800 390.23986 4.2691385 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4850 364.06188 40.18245 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4900 304.64696 6.3557092 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4950 309.12139 -16.598924 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5000 311.03552 14.748037 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5050 320.97847 -26.733755 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5100 275.1237 -29.734972 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5150 287.76954 -2.5726321 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5200 267.72493 -6.6677739 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5250 290.63862 29.209807 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5300 276.51052 -19.746615 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5350 255.69196 25.130356 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5400 313.43108 -18.556701 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5450 327.91785 -16.08265 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5500 342.03301 33.271603 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5550 272.96564 -5.0247163 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5600 315.93807 -16.793394 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5650 294.66353 19.720691 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5700 283.4631 -6.5193772 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5750 261.06436 12.755679 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5800 274.15767 -9.6693117 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5850 271.1371 18.441828 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5900 283.39277 -4.6324708 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5950 326.30497 12.106133 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6000 316.91847 -32.864812 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6050 344.86369 21.226768 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6100 295.85211 -7.3603837 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6150 256.72292 4.6010174 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6200 248.33379 -20.795929 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6250 259.4054 63.590928 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6300 264.16648 2.6570242 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6350 243.22677 -18.621317 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6400 269.96092 53.832036 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6450 252.06358 -26.231052 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6500 275.4825 25.577441 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6550 298.27441 11.17373 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6600 297.29358 -21.382334 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6650 334.78542 38.892678 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6700 299.48699 -20.336163 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6750 315.01936 21.000444 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6800 244.68344 -6.3625659 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6850 251.56543 27.857872 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6900 280.81518 -12.494398 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6950 273.87437 -34.211085 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7000 274.91068 33.483158 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7050 298.56432 -61.821668 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7100 299.08395 10.365875 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7150 317.38233 29.049831 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7200 317.24932 -27.515026 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7250 305.63931 12.732123 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7300 309.44007 -53.922033 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7350 280.35029 45.495031 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7400 228.60929 1.7072084 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7450 276.206 -19.170327 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7500 257.9851 77.105642 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7550 306.46848 -29.189265 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7600 296.84522 -20.83365 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7650 296.5965 -14.890206 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7700 322.80474 44.883023 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7750 293.7355 -48.487658 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7800 358.41838 13.156339 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7850 293.81457 -19.50566 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7900 309.49618 -28.562417 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7950 285.6339 -22.488886 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8000 262.85312 57.125049 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8050 243.28673 -28.082125 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8100 279.71604 10.011975 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8150 344.77027 -56.89744 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8200 366.36063 21.02453 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8250 347.07209 2.7752885 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8300 337.74753 -10.957676 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8350 300.41188 -22.840776 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8400 282.27447 0.32063982 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8450 285.40722 -3.7167264 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8500 321.32722 -21.308158 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8550 293.65903 15.681219 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8600 293.38929 37.727045 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8650 299.55185 -15.004573 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8700 270.7608 14.615287 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8750 306.46813 67.018302 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8800 308.35025 -91.212286 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8850 349.40419 31.906004 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8900 351.32706 -24.901778 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8950 320.84369 18.380221 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9000 289.2862 9.981138 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9050 270.53883 12.028672 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9100 270.63206 -0.87842772 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9150 274.30671 -4.1228725 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9200 343.78546 20.427647 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9250 348.1019 13.339075 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9300 345.11791 -32.515359 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9350 329.8365 12.644587 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9400 286.41337 -28.79111 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9450 321.92318 32.154255 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9500 302.68527 -42.576022 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9550 335.24034 26.675219 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9600 270.62012 17.230138 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9650 273.71088 35.651219 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9700 286.2141 -26.15835 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9750 262.25352 -4.1954047 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9800 314.29455 23.252049 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9850 273.71272 -29.586039 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9900 300.63743 42.595289 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9950 367.68979 -64.582508 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
10000 357.17941 31.607766 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
Loop time of 1.82433 on 1 procs for 10000 steps with 44 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 473.599 ns/day, 0.051 hours/ns, 5481.467 timesteps/s, 241.185 katom-step/s
|
||||||
|
99.8% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 0.25039 | 0.25039 | 0.25039 | 0.0 | 13.72
|
||||||
|
Bond | 1.0461 | 1.0461 | 1.0461 | 0.0 | 57.34
|
||||||
|
Kspace | 0.34339 | 0.34339 | 0.34339 | 0.0 | 18.82
|
||||||
|
Neigh | 0.0097352 | 0.0097352 | 0.0097352 | 0.0 | 0.53
|
||||||
|
Comm | 0.0047764 | 0.0047764 | 0.0047764 | 0.0 | 0.26
|
||||||
|
Output | 0.0030537 | 0.0030537 | 0.0030537 | 0.0 | 0.17
|
||||||
|
Modify | 0.15534 | 0.15534 | 0.15534 | 0.0 | 8.51
|
||||||
|
Other | | 0.01155 | | | 0.63
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 44 ave 44 max 44 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Nghost: 44 ave 44 max 44 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Neighs: 823 ave 823 max 823 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 823
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 18.704545
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 9.9090909
|
||||||
|
Neighbor list builds = 221
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:01
|
||||||
@ -0,0 +1,412 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# two monomer nylon example
|
||||||
|
# reaction produces a condensed water molecule
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
|
kspace_style pppm 1.0e-4
|
||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
bond_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data tiny_nylon.data extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
||||||
|
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
44 atoms
|
||||||
|
reading velocities ...
|
||||||
|
44 velocities
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
9 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
21 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
29 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
29 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
42 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
74 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
100 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
44 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
6 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
12 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
41 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.008 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 8
|
||||||
|
16 bonds with max type 10
|
||||||
|
25 angles with max type 28
|
||||||
|
23 dihedrals with max type 36
|
||||||
|
2 impropers with max type 3
|
||||||
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 9
|
||||||
|
17 bonds with max type 13
|
||||||
|
31 angles with max type 27
|
||||||
|
39 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 9
|
||||||
|
14 bonds with max type 13
|
||||||
|
25 angles with max type 27
|
||||||
|
30 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 11
|
||||||
|
13 bonds with max type 15
|
||||||
|
19 angles with max type 29
|
||||||
|
16 dihedrals with max type 32
|
||||||
|
2 impropers with max type 13
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 50
|
||||||
|
|
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|
# dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0.0 2.9 mol1 mol2 rxn1_stp1_map react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map
|
||||||
|
WARNING: Fix bond/react: Atom affected by reaction rxn2 is too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:2624)
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 300 300 100
|
||||||
|
|
||||||
|
# optionally, you can customize behavior of reacting atoms,
|
||||||
|
# by using the internally-created 'bond_react_MASTER_group', like so:
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|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 300 300 10 1
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
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||||||
|
# restart 100 restart1 restart2
|
||||||
|
|
||||||
|
run 10000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
PPPM initialization ...
|
||||||
|
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:342)
|
||||||
|
G vector (1/distance) = 0.05345967
|
||||||
|
grid = 2 2 2
|
||||||
|
stencil order = 5
|
||||||
|
estimated absolute RMS force accuracy = 0.040225597
|
||||||
|
estimated relative force accuracy = 0.00012113819
|
||||||
|
using double precision KISS FFT
|
||||||
|
3d grid and FFT values/proc = 252 2
|
||||||
|
Generated 55 of 55 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
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||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:819)
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 33.66 | 33.88 | 34.43 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
0 300 346.78165 0.0034851739 0 0
|
||||||
|
50 283.51963 -47.16359 0.0034851739 1 0
|
||||||
|
100 256.04648 21.778898 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
150 450.78138 -11.7887 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
200 400.15754 49.489858 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
250 347.06066 68.952063 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
300 291.89228 -1.5986302 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
350 290.25995 17.634558 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
400 234.89168 26.36452 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
450 305.80709 -28.923896 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
500 375.19218 -37.024375 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
550 321.86944 -4.6961825 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
600 307.2639 -31.393161 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
650 255.95833 8.4995589 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
700 294.54665 -17.06105 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
750 273.08231 -10.7175 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
800 249.69175 9.9777684 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
850 307.71806 -6.9950047 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
900 367.39855 9.9874984 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
950 327.57334 -4.702978 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1000 348.85247 15.763492 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1050 328.94435 -35.031279 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1100 283.23971 -16.937443 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1150 266.69676 42.308482 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1200 244.61493 -8.2911432 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1250 206.68495 6.6280166 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1300 257.83339 -7.0826264 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1350 358.0875 -7.602474 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1400 353.66614 18.091914 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1450 302.27969 13.828755 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1500 262.57851 9.2567956 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1550 252.39492 1.2438631 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1600 247.18352 10.008173 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1650 290.30112 -2.1829055 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1700 272.78999 -57.305766 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1750 253.35258 24.729797 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1800 278.67832 -0.95017071 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1850 302.04743 16.002872 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1900 330.67188 -22.034206 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1950 342.64206 8.0075967 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2000 348.74388 -12.159899 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2050 300.48095 36.010534 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2100 275.017 8.7612294 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2150 303.92758 10.317032 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2200 308.89452 33.245012 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2250 265.74176 35.857111 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2300 273.40086 53.001626 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2350 287.74753 -0.14586562 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2400 278.7606 -8.20812 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2450 331.88979 39.02519 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2500 280.04041 -21.423589 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2550 388.81536 -12.350053 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2600 311.13468 -13.286785 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2650 325.07686 88.710881 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2700 319.08471 14.118288 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2750 261.72067 26.051439 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2800 281.03459 -21.201297 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2850 312.27342 4.3904047 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2900 274.81152 -12.739138 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
2950 281.76873 11.199981 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3000 291.8377 48.595661 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3050 297.40212 -24.911752 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3100 341.48252 13.825136 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3150 347.5099 -10.452847 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3200 301.24901 26.553909 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3250 281.35392 -23.028031 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3300 279.82881 -53.225332 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3350 289.41016 -8.7866567 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3400 288.56923 -25.445059 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3450 259.59956 77.88466 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3500 295.99591 30.357393 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3550 302.1675 -5.103997 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3600 289.00244 -12.687621 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3650 333.89968 -33.124064 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3700 347.82328 -24.745583 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3750 354.51391 6.7131611 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3800 341.31124 -18.777474 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3850 320.48132 35.547595 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3900 326.8911 -49.153151 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
3950 299.65543 -19.443322 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4000 308.97943 30.368402 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4050 251.46183 -17.518988 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4100 241.50223 22.103347 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4150 265.01178 -4.4952098 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4200 369.78569 -14.603579 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4250 348.20071 -33.060693 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4300 368.11836 11.897676 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4350 321.1145 -9.3124104 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4400 313.95395 -31.940883 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4450 280.50985 41.398853 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4500 289.36914 -2.3915112 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4550 318.52735 -5.0086703 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4600 308.68169 -13.642004 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4650 285.24153 35.314806 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4700 357.15021 8.8271927 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4750 359.11051 -59.672314 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4800 453.11584 0.54316266 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4850 392.52232 46.350736 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4900 310.42864 5.9002223 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
4950 285.97355 -19.321724 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5000 309.41828 18.331381 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5050 324.96434 -27.143631 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5100 266.49422 -26.977074 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5150 295.35576 -14.271299 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5200 275.8961 14.057873 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5250 332.75955 26.04747 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5300 296.57102 -20.904181 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5350 264.68808 29.533914 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5400 293.373 -13.579532 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5450 290.55933 9.3458628 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5500 340.54834 8.8308229 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5550 336.08713 -6.9696582 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5600 331.77668 -7.9756709 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5650 307.8419 -10.263349 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5700 262.70119 78.855544 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5750 285.37985 -15.4042 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5800 267.44612 -30.053955 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5850 241.52125 3.2904907 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5900 265.13367 27.69901 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
5950 277.95155 18.419031 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6000 309.62777 -20.054029 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6050 363.41588 16.435337 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6100 348.85793 -14.513241 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6150 323.73745 56.990265 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6200 338.66823 -19.93498 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6250 325.41329 -13.824943 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6300 279.82345 -9.0557197 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6350 285.90705 52.434161 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6400 260.34102 -15.766595 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6450 304.65686 7.5058044 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6500 265.02097 1.7203356 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6550 293.35057 1.8896974 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6600 284.06837 -9.3674953 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6650 307.29863 -2.3882614 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6700 336.20676 43.913926 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6750 291.53938 -16.749433 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6800 298.4418 -13.340335 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6850 264.13368 -11.219357 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6900 273.63109 -15.897238 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
6950 282.64715 6.8275423 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7000 277.4091 -25.381099 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7050 278.07001 63.552969 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7100 293.33358 22.103462 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7150 308.36447 -27.212203 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7200 251.45077 -40.385347 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7250 317.57808 1.0302048 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7300 348.52627 48.392457 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7350 356.5821 27.933626 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7400 311.29835 -18.899768 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7450 274.24476 -19.41577 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7500 261.38075 1.2110527 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7550 299.78907 -17.64954 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7600 271.36191 25.99439 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7650 287.51241 1.532789 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7700 280.87778 -31.828432 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7750 312.22588 45.320976 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7800 312.73849 4.1022573 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7850 299.18742 50.272069 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7900 312.4916 -34.425195 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
7950 284.5205 15.716375 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8000 248.39764 -7.1922339 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8050 242.65659 -32.701773 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8100 228.76112 54.351 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8150 308.67672 -15.835344 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8200 304.26746 -11.106867 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8250 338.67601 44.199636 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8300 308.59612 -9.6487546 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8350 287.08027 11.036122 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8400 319.79578 -78.918735 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8450 320.78978 57.275745 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8500 282.90803 33.716746 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8550 235.23686 -44.587941 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8600 265.62925 45.976855 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8650 260.35429 -9.3951434 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8700 236.16314 19.504695 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8750 291.51087 -13.996885 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8800 357.00246 -26.674845 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8850 327.72543 15.954838 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8900 321.17809 -14.794959 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
8950 357.51102 39.861567 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9000 286.68385 -52.799636 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9050 283.96224 13.044025 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9100 304.04431 25.510777 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9150 261.33631 -18.611794 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9200 297.50501 25.733551 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9250 279.85018 -26.91045 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9300 336.07358 35.385228 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9350 326.27961 -36.941794 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9400 400.42857 7.5301492 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9450 296.80174 11.898673 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9500 275.98796 41.303486 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9550 278.56924 31.033397 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9600 260.24476 -11.416595 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9650 281.86065 12.60709 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9700 287.26789 -29.086626 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9750 290.82789 3.2830325 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9800 270.99421 -25.824595 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9850 385.1884 4.1048816 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9900 363.1711 18.815879 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
9950 344.93572 17.375158 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
10000 335.65852 -0.84087429 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
Loop time of 1.78856 on 4 procs for 10000 steps with 44 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 483.070 ns/day, 0.050 hours/ns, 5591.087 timesteps/s, 246.008 katom-step/s
|
||||||
|
100.0% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 0.0021174 | 0.066025 | 0.20024 | 31.5 | 3.69
|
||||||
|
Bond | 0.0035593 | 0.2715 | 0.74757 | 58.6 | 15.18
|
||||||
|
Kspace | 0.50386 | 1.0492 | 1.3455 | 33.6 | 58.66
|
||||||
|
Neigh | 0.0079056 | 0.0079463 | 0.0079766 | 0.0 | 0.44
|
||||||
|
Comm | 0.044284 | 0.08173 | 0.10388 | 8.1 | 4.57
|
||||||
|
Output | 0.0021661 | 0.0024497 | 0.0031314 | 0.8 | 0.14
|
||||||
|
Modify | 0.2648 | 0.29459 | 0.33479 | 5.5 | 16.47
|
||||||
|
Other | | 0.01514 | | | 0.85
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 11 ave 41 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1
|
||||||
|
Nghost: 27.5 ave 41 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 2 1
|
||||||
|
Neighs: 205.75 ave 820 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 823
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 18.704545
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 9.9090909
|
||||||
|
Neighbor list builds = 225
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:01
|
||||||
@ -0,0 +1,237 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# two monomer nylon example
|
||||||
|
# reaction produces a condensed water molecule
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
|
kspace_style pppm 1.0e-4
|
||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
bond_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data tiny_nylon.data extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
||||||
|
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
44 atoms
|
||||||
|
reading velocities ...
|
||||||
|
44 velocities
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
9 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
21 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
29 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
29 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
42 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
74 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
100 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
44 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
6 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
12 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
41 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.007 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
variable runsteps equal 1000
|
||||||
|
variable prob1 equal step/v_runsteps*2+0.1
|
||||||
|
variable prob2 equal (step/v_runsteps)>0.5
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 8
|
||||||
|
16 bonds with max type 10
|
||||||
|
25 angles with max type 28
|
||||||
|
23 dihedrals with max type 36
|
||||||
|
2 impropers with max type 3
|
||||||
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 9
|
||||||
|
17 bonds with max type 13
|
||||||
|
31 angles with max type 27
|
||||||
|
39 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 9
|
||||||
|
14 bonds with max type 13
|
||||||
|
25 angles with max type 27
|
||||||
|
30 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 11
|
||||||
|
13 bonds with max type 15
|
||||||
|
19 angles with max type 29
|
||||||
|
16 dihedrals with max type 32
|
||||||
|
2 impropers with max type 13
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
# dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0.0 5.0 mol1 mol2 rxn1_stp1_map prob v_prob1 1234 react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map prob v_prob2 1234
|
||||||
|
WARNING: Fix bond/react: Atom affected by reaction rxn2 is too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:2624)
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 300 300 100
|
||||||
|
|
||||||
|
# optionally, you can customize behavior of reacting atoms,
|
||||||
|
# by using the internally-created 'bond_react_MASTER_group', like so:
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 300 300 10 1
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density v_prob1 v_prob2 f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
|
||||||
|
# restart 100 restart1 restart2
|
||||||
|
|
||||||
|
run ${runsteps}
|
||||||
|
run 1000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
PPPM initialization ...
|
||||||
|
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:342)
|
||||||
|
G vector (1/distance) = 0.05345967
|
||||||
|
grid = 2 2 2
|
||||||
|
stencil order = 5
|
||||||
|
estimated absolute RMS force accuracy = 0.040225597
|
||||||
|
estimated relative force accuracy = 0.00012113819
|
||||||
|
using double precision KISS FFT
|
||||||
|
3d grid and FFT values/proc = 343 8
|
||||||
|
Generated 55 of 55 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:819)
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 33.78 | 33.78 | 33.78 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density v_prob1 v_prob2 f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
0 300 346.78165 0.0034851739 0.1 0 0 0
|
||||||
|
50 265.51039 -67.489756 0.0034851739 0.2 0 1 0
|
||||||
|
100 596.03388 -27.815189 0.0034851739 0.3 0 1 0
|
||||||
|
150 500.05269 2.9684972 0.0034851739 0.4 0 1 0
|
||||||
|
200 511.40295 56.791868 0.0034851739 0.5 0 1 0
|
||||||
|
250 375.95679 -4.0587677 0.0034851739 0.6 0 1 0
|
||||||
|
300 371.1629 -60.689059 0.0034851739 0.7 0 1 0
|
||||||
|
350 336.06545 8.6411023 0.0034851739 0.8 0 1 0
|
||||||
|
400 301.41962 50.628044 0.0034851739 0.9 0 1 0
|
||||||
|
450 281.08727 -15.590922 0.0034851739 1 0 1 0
|
||||||
|
500 297.35323 -9.5761786 0.0034851739 1.1 0 1 0
|
||||||
|
550 197.45298 3.6867353 0.0034851739 1.2 1 1 1
|
||||||
|
600 240.1748 -19.889198 0.0034851739 1.3 1 1 1
|
||||||
|
650 231.57018 -13.078808 0.0034851739 1.4 1 1 1
|
||||||
|
700 296.00816 -18.772183 0.0034851739 1.5 1 1 1
|
||||||
|
750 294.94016 15.43915 0.0034851739 1.6 1 1 1
|
||||||
|
800 316.51231 12.070563 0.0034851739 1.7 1 1 1
|
||||||
|
850 348.59373 9.0940092 0.0034851739 1.8 1 1 1
|
||||||
|
900 330.5264 -3.4868175 0.0034851739 1.9 1 1 1
|
||||||
|
950 307.02461 34.643373 0.0034851739 2 1 1 1
|
||||||
|
1000 250.06536 5.8440413 0.0034851739 2.1 1 1 1
|
||||||
|
Loop time of 0.202863 on 1 procs for 1000 steps with 44 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 425.903 ns/day, 0.056 hours/ns, 4929.437 timesteps/s, 216.895 katom-step/s
|
||||||
|
100.0% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 0.025759 | 0.025759 | 0.025759 | 0.0 | 12.70
|
||||||
|
Bond | 0.11024 | 0.11024 | 0.11024 | 0.0 | 54.34
|
||||||
|
Kspace | 0.034344 | 0.034344 | 0.034344 | 0.0 | 16.93
|
||||||
|
Neigh | 0.0015719 | 0.0015719 | 0.0015719 | 0.0 | 0.77
|
||||||
|
Comm | 0.00045259 | 0.00045259 | 0.00045259 | 0.0 | 0.22
|
||||||
|
Output | 0.0004759 | 0.0004759 | 0.0004759 | 0.0 | 0.23
|
||||||
|
Modify | 0.028713 | 0.028713 | 0.028713 | 0.0 | 14.15
|
||||||
|
Other | | 0.001307 | | | 0.64
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 44 ave 44 max 44 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Nghost: 3 ave 3 max 3 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Neighs: 802 ave 802 max 802 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 802
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 18.227273
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 9.9090909
|
||||||
|
Neighbor list builds = 32
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:00
|
||||||
@ -0,0 +1,237 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# two monomer nylon example
|
||||||
|
# reaction produces a condensed water molecule
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
|
kspace_style pppm 1.0e-4
|
||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
bond_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data tiny_nylon.data extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
||||||
|
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
44 atoms
|
||||||
|
reading velocities ...
|
||||||
|
44 velocities
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
9 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
21 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
29 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
29 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
42 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
74 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
100 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
44 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
6 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
12 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
41 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.008 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
variable runsteps equal 1000
|
||||||
|
variable prob1 equal step/v_runsteps*2+0.1
|
||||||
|
variable prob2 equal (step/v_runsteps)>0.5
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 8
|
||||||
|
16 bonds with max type 10
|
||||||
|
25 angles with max type 28
|
||||||
|
23 dihedrals with max type 36
|
||||||
|
2 impropers with max type 3
|
||||||
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 9
|
||||||
|
17 bonds with max type 13
|
||||||
|
31 angles with max type 27
|
||||||
|
39 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 9
|
||||||
|
14 bonds with max type 13
|
||||||
|
25 angles with max type 27
|
||||||
|
30 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 11
|
||||||
|
13 bonds with max type 15
|
||||||
|
19 angles with max type 29
|
||||||
|
16 dihedrals with max type 32
|
||||||
|
2 impropers with max type 13
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
# dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix myrxns all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0.0 5.0 mol1 mol2 rxn1_stp1_map prob v_prob1 1234 react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map prob v_prob2 1234
|
||||||
|
WARNING: Fix bond/react: Atom affected by reaction rxn2 is too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:2624)
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 300 300 100
|
||||||
|
|
||||||
|
# optionally, you can customize behavior of reacting atoms,
|
||||||
|
# by using the internally-created 'bond_react_MASTER_group', like so:
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 300 300 10 1
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density v_prob1 v_prob2 f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
|
||||||
|
# restart 100 restart1 restart2
|
||||||
|
|
||||||
|
run ${runsteps}
|
||||||
|
run 1000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
PPPM initialization ...
|
||||||
|
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:342)
|
||||||
|
G vector (1/distance) = 0.05345967
|
||||||
|
grid = 2 2 2
|
||||||
|
stencil order = 5
|
||||||
|
estimated absolute RMS force accuracy = 0.040225597
|
||||||
|
estimated relative force accuracy = 0.00012113819
|
||||||
|
using double precision KISS FFT
|
||||||
|
3d grid and FFT values/proc = 252 2
|
||||||
|
Generated 55 of 55 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:819)
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 33.66 | 33.88 | 34.43 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density v_prob1 v_prob2 f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
0 300 346.78165 0.0034851739 0.1 0 0 0
|
||||||
|
50 275.80938 -29.158908 0.0034851739 0.2 0 1 0
|
||||||
|
100 751.80013 8.8967942 0.0034851739 0.3 0 1 0
|
||||||
|
150 412.82804 61.44542 0.0034851739 0.4 0 1 0
|
||||||
|
200 432.95275 81.052275 0.0034851739 0.5 0 1 0
|
||||||
|
250 338.65702 -39.770422 0.0034851739 0.6 0 1 0
|
||||||
|
300 326.15993 -46.690912 0.0034851739 0.7 0 1 0
|
||||||
|
350 286.66126 51.986782 0.0034851739 0.8 0 1 0
|
||||||
|
400 244.24575 25.460254 0.0034851739 0.9 0 1 0
|
||||||
|
450 294.06274 5.0448726 0.0034851739 1 0 1 0
|
||||||
|
500 280.71089 0.86710712 0.0034851739 1.1 0 1 0
|
||||||
|
550 241.94123 -5.7812057 0.0034851739 1.2 1 1 1
|
||||||
|
600 235.1535 61.669814 0.0034851739 1.3 1 1 1
|
||||||
|
650 359.33618 -22.053171 0.0034851739 1.4 1 1 1
|
||||||
|
700 329.37555 -4.7839581 0.0034851739 1.5 1 1 1
|
||||||
|
750 285.76974 11.553815 0.0034851739 1.6 1 1 1
|
||||||
|
800 303.29561 16.017529 0.0034851739 1.7 1 1 1
|
||||||
|
850 256.86479 8.7487305 0.0034851739 1.8 1 1 1
|
||||||
|
900 292.29316 -11.376211 0.0034851739 1.9 1 1 1
|
||||||
|
950 293.47531 -2.7153276 0.0034851739 2 1 1 1
|
||||||
|
1000 303.66454 -4.8603249 0.0034851739 2.1 1 1 1
|
||||||
|
Loop time of 0.195512 on 4 procs for 1000 steps with 44 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 441.916 ns/day, 0.054 hours/ns, 5114.771 timesteps/s, 225.050 katom-step/s
|
||||||
|
99.9% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 0.000163 | 0.0068784 | 0.016583 | 8.5 | 3.52
|
||||||
|
Bond | 0.00040383 | 0.028615 | 0.083462 | 20.0 | 14.64
|
||||||
|
Kspace | 0.043566 | 0.10199 | 0.13314 | 11.4 | 52.16
|
||||||
|
Neigh | 0.00096634 | 0.00097064 | 0.00097509 | 0.0 | 0.50
|
||||||
|
Comm | 0.0052532 | 0.0093802 | 0.014076 | 3.2 | 4.80
|
||||||
|
Output | 0.00039802 | 0.00043637 | 0.00050031 | 0.0 | 0.22
|
||||||
|
Modify | 0.043549 | 0.045538 | 0.049781 | 1.2 | 23.29
|
||||||
|
Other | | 0.001708 | | | 0.87
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 11 ave 29 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 2 0 0 0 0 1 0 0 0 1
|
||||||
|
Nghost: 32.5 ave 45 max 16 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 1 0 0 0 0 1 1
|
||||||
|
Neighs: 196.25 ave 448 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 1 0 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 785
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 17.840909
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 9.9090909
|
||||||
|
Neighbor list builds = 27
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:00
|
||||||
@ -0,0 +1,228 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# two monomer nylon example
|
||||||
|
# reaction produces a condensed water molecule
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
|
kspace_style pppm 1.0e-4
|
||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
bond_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data tiny_nylon.data extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
||||||
|
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
44 atoms
|
||||||
|
reading velocities ...
|
||||||
|
44 velocities
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
9 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
21 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
29 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
29 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
42 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
74 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
100 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
44 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
6 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
12 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
41 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.008 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 8
|
||||||
|
16 bonds with max type 10
|
||||||
|
25 angles with max type 28
|
||||||
|
23 dihedrals with max type 36
|
||||||
|
2 impropers with max type 3
|
||||||
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 9
|
||||||
|
17 bonds with max type 13
|
||||||
|
31 angles with max type 27
|
||||||
|
39 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 9
|
||||||
|
14 bonds with max type 13
|
||||||
|
25 angles with max type 27
|
||||||
|
30 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 11
|
||||||
|
13 bonds with max type 15
|
||||||
|
19 angles with max type 29
|
||||||
|
16 dihedrals with max type 32
|
||||||
|
2 impropers with max type 13
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
# dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix myrxns all bond/react stabilization no react rxn1 all 1 0.0 2.9 mol1 mol2 rxn1_stp1_map react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map
|
||||||
|
WARNING: Fix bond/react: Atom affected by reaction rxn2 is too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:2624)
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 all nve/limit .03
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
|
||||||
|
# restart 100 restart1 restart2
|
||||||
|
|
||||||
|
run 1000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
PPPM initialization ...
|
||||||
|
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:342)
|
||||||
|
G vector (1/distance) = 0.05345967
|
||||||
|
grid = 2 2 2
|
||||||
|
stencil order = 5
|
||||||
|
estimated absolute RMS force accuracy = 0.040225597
|
||||||
|
estimated relative force accuracy = 0.00012113819
|
||||||
|
using double precision KISS FFT
|
||||||
|
3d grid and FFT values/proc = 343 8
|
||||||
|
Generated 55 of 55 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:819)
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 33.72 | 33.72 | 33.72 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
0 300 346.78165 0.0034851739 0 0
|
||||||
|
50 530.51001 -15.418012 0.0034851739 1 0
|
||||||
|
100 677.21327 16.545108 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
150 386.79268 -28.445486 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
200 380.29074 1.8065066 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
250 353.27609 -7.3505628 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
300 357.84405 -7.0569 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
350 337.65224 54.441683 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
400 322.54035 20.338902 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
450 316.91217 44.76973 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
500 345.40444 -8.2133383 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
550 296.22085 -30.331582 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
600 263.8024 -36.834323 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
650 284.05699 1.2532577 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
700 274.86269 4.6881357 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
750 298.72284 -18.225831 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
800 292.72143 -5.1622029 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
850 279.30224 -10.72513 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
900 284.97331 30.268801 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
950 262.46089 16.98134 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1000 297.55359 28.583097 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
Loop time of 0.175951 on 1 procs for 1000 steps with 44 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 491.045 ns/day, 0.049 hours/ns, 5683.388 timesteps/s, 250.069 katom-step/s
|
||||||
|
99.6% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 0.022992 | 0.022992 | 0.022992 | 0.0 | 13.07
|
||||||
|
Bond | 0.1045 | 0.1045 | 0.1045 | 0.0 | 59.39
|
||||||
|
Kspace | 0.034057 | 0.034057 | 0.034057 | 0.0 | 19.36
|
||||||
|
Neigh | 0.0013592 | 0.0013592 | 0.0013592 | 0.0 | 0.77
|
||||||
|
Comm | 0.00040677 | 0.00040677 | 0.00040677 | 0.0 | 0.23
|
||||||
|
Output | 0.00030929 | 0.00030929 | 0.00030929 | 0.0 | 0.18
|
||||||
|
Modify | 0.01121 | 0.01121 | 0.01121 | 0.0 | 6.37
|
||||||
|
Other | | 0.001118 | | | 0.64
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 44 ave 44 max 44 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Nghost: 8 ave 8 max 8 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Neighs: 810 ave 810 max 810 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 810
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 18.409091
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 9.9090909
|
||||||
|
Neighbor list builds = 28
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:00
|
||||||
@ -0,0 +1,228 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# two monomer nylon example
|
||||||
|
# reaction produces a condensed water molecule
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|
|
||||||
|
units real
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boundary p p p
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atom_style full
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|
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kspace_style pppm 1.0e-4
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|
||||||
|
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
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|
|
||||||
|
angle_style class2
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|
bond_style class2
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dihedral_style class2
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improper_style class2
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||||||
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|
read_data tiny_nylon.data extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
||||||
|
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
44 atoms
|
||||||
|
reading velocities ...
|
||||||
|
44 velocities
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
9 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
21 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
29 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
29 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
42 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
74 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
100 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
44 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
4 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
6 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
12 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
41 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.000 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.008 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
velocity all create 300.0 4928459 dist gaussian
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 rxn1_stp1_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 8
|
||||||
|
16 bonds with max type 10
|
||||||
|
25 angles with max type 28
|
||||||
|
23 dihedrals with max type 36
|
||||||
|
2 impropers with max type 3
|
||||||
|
molecule mol2 rxn1_stp1_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
18 atoms with max type 9
|
||||||
|
17 bonds with max type 13
|
||||||
|
31 angles with max type 27
|
||||||
|
39 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol3 rxn1_stp2_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 9
|
||||||
|
14 bonds with max type 13
|
||||||
|
25 angles with max type 27
|
||||||
|
30 dihedrals with max type 33
|
||||||
|
0 impropers with max type 0
|
||||||
|
molecule mol4 rxn1_stp2_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
15 atoms with max type 11
|
||||||
|
13 bonds with max type 15
|
||||||
|
19 angles with max type 29
|
||||||
|
16 dihedrals with max type 32
|
||||||
|
2 impropers with max type 13
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 50
|
||||||
|
|
||||||
|
# dump 1 all xyz 1 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix myrxns all bond/react stabilization no react rxn1 all 1 0.0 2.9 mol1 mol2 rxn1_stp1_map react rxn2 all 1 0.0 5.0 mol3 mol4 rxn1_stp2_map
|
||||||
|
WARNING: Fix bond/react: Atom affected by reaction rxn2 is too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:2624)
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 all nve/limit .03
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
|
||||||
|
# restart 100 restart1 restart2
|
||||||
|
|
||||||
|
run 1000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
PPPM initialization ...
|
||||||
|
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:342)
|
||||||
|
G vector (1/distance) = 0.05345967
|
||||||
|
grid = 2 2 2
|
||||||
|
stencil order = 5
|
||||||
|
estimated absolute RMS force accuracy = 0.040225597
|
||||||
|
estimated relative force accuracy = 0.00012113819
|
||||||
|
using double precision KISS FFT
|
||||||
|
3d grid and FFT values/proc = 252 2
|
||||||
|
Generated 55 of 55 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:819)
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 33.59 | 33.82 | 34.37 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
||||||
|
0 300 346.78165 0.0034851739 0 0
|
||||||
|
50 530.51001 -15.418012 0.0034851739 1 0
|
||||||
|
100 677.21327 16.545108 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
150 386.79268 -28.445486 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
200 380.29074 1.8065066 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
250 353.27609 -7.3505628 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
300 357.84405 -7.0569 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
350 337.65224 54.441683 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
400 322.54035 20.338902 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
450 316.91217 44.76973 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
500 345.40444 -8.2133383 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
550 296.22085 -30.331582 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
600 263.8024 -36.834323 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
650 284.05699 1.2532577 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
700 274.86269 4.6881357 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
750 298.72284 -18.225831 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
800 292.72143 -5.1622029 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
850 279.30224 -10.72513 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
900 284.97331 30.268801 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
950 262.46089 16.98134 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
1000 297.55359 28.583097 0.0034851739 1 1
|
||||||
|
Loop time of 0.179911 on 4 procs for 1000 steps with 44 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 480.238 ns/day, 0.050 hours/ns, 5558.315 timesteps/s, 244.566 katom-step/s
|
||||||
|
99.9% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 0.0001131 | 0.0060483 | 0.016546 | 8.7 | 3.36
|
||||||
|
Bond | 0.00024262 | 0.027106 | 0.07455 | 18.6 | 15.07
|
||||||
|
Kspace | 0.059795 | 0.11105 | 0.13995 | 9.9 | 61.72
|
||||||
|
Neigh | 0.0012033 | 0.0012139 | 0.0012228 | 0.0 | 0.67
|
||||||
|
Comm | 0.0056243 | 0.0098345 | 0.013482 | 2.9 | 5.47
|
||||||
|
Output | 0.00025378 | 0.0002833 | 0.00034961 | 0.0 | 0.16
|
||||||
|
Modify | 0.020145 | 0.02287 | 0.027899 | 2.1 | 12.71
|
||||||
|
Other | | 0.001506 | | | 0.84
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 11 ave 41 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1
|
||||||
|
Nghost: 34.5 ave 46 max 8 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 2 1
|
||||||
|
Neighs: 202.5 ave 807 max 0 min
|
||||||
|
Histogram: 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 810
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 18.409091
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 9.9090909
|
||||||
|
Neighbor list builds = 28
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:00
|
||||||
@ -1,148 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (5 Jun 2019)
|
|
||||||
Reading data file ...
|
|
||||||
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
|
||||||
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
44 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
44 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
9 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
21 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
29 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
29 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
42 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
74 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
100 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
44 impropers
|
|
||||||
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
|
||||||
special bond factors lj: 0 0 0
|
|
||||||
special bond factors coul: 0 0 0
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
6 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
12 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
41 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000181113 secs
|
|
||||||
read_data CPU = 0.0251833 secs
|
|
||||||
Read molecule mol1:
|
|
||||||
18 atoms with max type 8
|
|
||||||
16 bonds with max type 14
|
|
||||||
25 angles with max type 28
|
|
||||||
23 dihedrals with max type 36
|
|
||||||
14 impropers with max type 11
|
|
||||||
Read molecule mol2:
|
|
||||||
18 atoms with max type 9
|
|
||||||
17 bonds with max type 13
|
|
||||||
31 angles with max type 27
|
|
||||||
39 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
20 impropers with max type 1
|
|
||||||
Read molecule mol3:
|
|
||||||
15 atoms with max type 9
|
|
||||||
14 bonds with max type 13
|
|
||||||
25 angles with max type 27
|
|
||||||
30 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
16 impropers with max type 1
|
|
||||||
Read molecule mol4:
|
|
||||||
15 atoms with max type 11
|
|
||||||
13 bonds with max type 15
|
|
||||||
19 angles with max type 29
|
|
||||||
16 dihedrals with max type 32
|
|
||||||
10 impropers with max type 13
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn1 too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:1785)
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn2 too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:1785)
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:319)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.0534597
|
|
||||||
grid = 2 2 2
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.0402256
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 0.000121138
|
|
||||||
using double precision FFTs
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 343 8
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Setting up Verlet run ...
|
|
||||||
Unit style : real
|
|
||||||
Current step : 0
|
|
||||||
Time step : 1
|
|
||||||
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:784)
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 34.41 | 34.41 | 34.41 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
|
||||||
0 300 346.78165 0.0034851739 0 0
|
|
||||||
50 293.70542 -52.547388 0.0034851739 1 0
|
|
||||||
100 276.36755 54.81826 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
150 448.65869 16.874435 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
200 379.84257 11.578545 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
250 298.21983 90.656585 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
300 333.3111 -30.139607 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
350 266.57108 6.4505134 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
400 264.05476 10.513204 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
450 250.70418 -18.635379 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
500 261.21632 10.231013 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
550 309.89024 -8.8299506 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
600 373.45851 30.368993 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
650 338.26242 9.0362267 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
700 295.67794 -5.6007538 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
750 310.86563 -59.228181 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
800 286.22678 -9.9022407 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
850 218.42135 27.845352 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
900 259.62551 24.216336 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
950 250.21307 -14.560985 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
1000 274.29245 -0.38768626 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
Loop time of 0.341061 on 1 procs for 1000 steps with 44 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 253.327 ns/day, 0.095 hours/ns, 2932.025 timesteps/s
|
|
||||||
87.9% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 0.031135 | 0.031135 | 0.031135 | 0.0 | 9.13
|
|
||||||
Bond | 0.12623 | 0.12623 | 0.12623 | 0.0 | 37.01
|
|
||||||
Kspace | 0.036491 | 0.036491 | 0.036491 | 0.0 | 10.70
|
|
||||||
Neigh | 0.046395 | 0.046395 | 0.046395 | 0.0 | 13.60
|
|
||||||
Comm | 0.0025396 | 0.0025396 | 0.0025396 | 0.0 | 0.74
|
|
||||||
Output | 0.07775 | 0.07775 | 0.07775 | 0.0 | 22.80
|
|
||||||
Modify | 0.019219 | 0.019219 | 0.019219 | 0.0 | 5.64
|
|
||||||
Other | | 0.001306 | | | 0.38
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 44 ave 44 max 44 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Nghost: 2 ave 2 max 2 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Neighs: 740 ave 740 max 740 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 740
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 16.8182
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 9.77273
|
|
||||||
Neighbor list builds = 1000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:00:00
|
|
||||||
@ -1,148 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (5 Jun 2019)
|
|
||||||
Reading data file ...
|
|
||||||
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
|
||||||
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
44 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
44 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
9 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
21 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
29 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
29 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
42 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
74 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
100 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
44 impropers
|
|
||||||
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
|
||||||
special bond factors lj: 0 0 0
|
|
||||||
special bond factors coul: 0 0 0
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
6 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
12 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
41 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000178751 secs
|
|
||||||
read_data CPU = 0.0385782 secs
|
|
||||||
Read molecule mol1:
|
|
||||||
18 atoms with max type 8
|
|
||||||
16 bonds with max type 14
|
|
||||||
25 angles with max type 28
|
|
||||||
23 dihedrals with max type 36
|
|
||||||
14 impropers with max type 11
|
|
||||||
Read molecule mol2:
|
|
||||||
18 atoms with max type 9
|
|
||||||
17 bonds with max type 13
|
|
||||||
31 angles with max type 27
|
|
||||||
39 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
20 impropers with max type 1
|
|
||||||
Read molecule mol3:
|
|
||||||
15 atoms with max type 9
|
|
||||||
14 bonds with max type 13
|
|
||||||
25 angles with max type 27
|
|
||||||
30 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
16 impropers with max type 1
|
|
||||||
Read molecule mol4:
|
|
||||||
15 atoms with max type 11
|
|
||||||
13 bonds with max type 15
|
|
||||||
19 angles with max type 29
|
|
||||||
16 dihedrals with max type 32
|
|
||||||
10 impropers with max type 13
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn1 too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:1785)
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn2 too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:1785)
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:319)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.0534597
|
|
||||||
grid = 2 2 2
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.0402256
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 0.000121138
|
|
||||||
using double precision FFTs
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 252 2
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Setting up Verlet run ...
|
|
||||||
Unit style : real
|
|
||||||
Current step : 0
|
|
||||||
Time step : 1
|
|
||||||
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:784)
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 34.42 | 34.77 | 35.45 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
|
||||||
0 300 346.78165 0.0034851739 0 0
|
|
||||||
50 293.70542 -52.547388 0.0034851739 1 0
|
|
||||||
100 276.36755 54.81826 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
150 448.65869 16.874435 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
200 379.84257 11.578545 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
250 298.21983 90.656585 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
300 333.3111 -30.139607 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
350 266.57108 6.4505134 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
400 264.05476 10.513204 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
450 250.70418 -18.635379 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
500 261.21632 10.231013 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
550 309.89024 -8.8299506 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
600 373.45851 30.368993 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
650 338.26242 9.0362267 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
700 295.67794 -5.6007538 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
750 310.86563 -59.228181 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
800 286.22678 -9.9022407 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
850 218.42135 27.845352 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
900 259.62551 24.216336 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
950 250.21307 -14.560985 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
1000 274.29245 -0.38768626 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
Loop time of 0.271242 on 4 procs for 1000 steps with 44 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 318.535 ns/day, 0.075 hours/ns, 3686.747 timesteps/s
|
|
||||||
98.6% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 0.00023773 | 0.0077322 | 0.016042 | 8.4 | 2.85
|
|
||||||
Bond | 0.00073385 | 0.032108 | 0.08446 | 19.4 | 11.84
|
|
||||||
Kspace | 0.041659 | 0.098095 | 0.13373 | 12.3 | 36.16
|
|
||||||
Neigh | 0.028894 | 0.029247 | 0.029558 | 0.1 | 10.78
|
|
||||||
Comm | 0.012367 | 0.013642 | 0.01503 | 0.9 | 5.03
|
|
||||||
Output | 0.032475 | 0.040504 | 0.061019 | 5.9 | 14.93
|
|
||||||
Modify | 0.032934 | 0.049086 | 0.0577 | 4.3 | 18.10
|
|
||||||
Other | | 0.0008281 | | | 0.31
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 11 ave 21 max 0 min
|
|
||||||
Histogram: 1 1 0 0 0 0 0 0 0 2
|
|
||||||
Nghost: 32.5 ave 43 max 23 min
|
|
||||||
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
|
|
||||||
Neighs: 185 ave 376 max 0 min
|
|
||||||
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 740
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 16.8182
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 9.77273
|
|
||||||
Neighbor list builds = 1000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:00:00
|
|
||||||
@ -1,147 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (5 Jun 2019)
|
|
||||||
Reading data file ...
|
|
||||||
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
|
||||||
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
44 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
44 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
9 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
21 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
29 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
29 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
42 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
74 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
100 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
44 impropers
|
|
||||||
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
|
||||||
special bond factors lj: 0 0 0
|
|
||||||
special bond factors coul: 0 0 0
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
6 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
12 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
41 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000217102 secs
|
|
||||||
read_data CPU = 0.00630778 secs
|
|
||||||
Read molecule mol1:
|
|
||||||
18 atoms with max type 8
|
|
||||||
16 bonds with max type 14
|
|
||||||
25 angles with max type 28
|
|
||||||
23 dihedrals with max type 36
|
|
||||||
14 impropers with max type 11
|
|
||||||
Read molecule mol2:
|
|
||||||
18 atoms with max type 9
|
|
||||||
17 bonds with max type 13
|
|
||||||
31 angles with max type 27
|
|
||||||
39 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
20 impropers with max type 1
|
|
||||||
Read molecule mol3:
|
|
||||||
15 atoms with max type 9
|
|
||||||
14 bonds with max type 13
|
|
||||||
25 angles with max type 27
|
|
||||||
30 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
16 impropers with max type 1
|
|
||||||
Read molecule mol4:
|
|
||||||
15 atoms with max type 11
|
|
||||||
13 bonds with max type 15
|
|
||||||
19 angles with max type 29
|
|
||||||
16 dihedrals with max type 32
|
|
||||||
10 impropers with max type 13
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn1 too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:1785)
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn2 too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:1785)
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:319)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.0534597
|
|
||||||
grid = 2 2 2
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.0402256
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 0.000121138
|
|
||||||
using double precision FFTs
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 343 8
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Setting up Verlet run ...
|
|
||||||
Unit style : real
|
|
||||||
Current step : 0
|
|
||||||
Time step : 1
|
|
||||||
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:784)
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 34.35 | 34.35 | 34.35 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
|
||||||
0 300 346.78165 0.0034851739 0 0
|
|
||||||
50 416.49412 -20.293038 0.0034851739 1 0
|
|
||||||
100 746.49323 91.912227 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
150 515.15907 -1.4024709 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
200 441.14572 -19.333087 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
250 376.40996 30.717679 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
300 326.15127 -3.0433799 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
350 326.21116 6.235391 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
400 366.48556 3.9807338 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
450 313.79097 7.6674629 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
500 278.89836 14.102052 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
550 267.50214 18.241417 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
600 276.28064 7.4649611 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
650 255.26713 -8.5258573 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
700 258.59752 -5.3341215 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
750 263.71264 33.369869 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
800 246.22976 -15.349137 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
850 255.93887 16.331669 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
900 239.72525 -0.20075789 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
950 213.73064 12.17619 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
1000 218.25094 -9.0955642 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
Loop time of 0.348252 on 1 procs for 1000 steps with 44 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 248.096 ns/day, 0.097 hours/ns, 2871.483 timesteps/s
|
|
||||||
91.8% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 0.031941 | 0.031941 | 0.031941 | 0.0 | 9.17
|
|
||||||
Bond | 0.13031 | 0.13031 | 0.13031 | 0.0 | 37.42
|
|
||||||
Kspace | 0.037554 | 0.037554 | 0.037554 | 0.0 | 10.78
|
|
||||||
Neigh | 0.047397 | 0.047397 | 0.047397 | 0.0 | 13.61
|
|
||||||
Comm | 0.0025814 | 0.0025814 | 0.0025814 | 0.0 | 0.74
|
|
||||||
Output | 0.083526 | 0.083526 | 0.083526 | 0.0 | 23.98
|
|
||||||
Modify | 0.013602 | 0.013602 | 0.013602 | 0.0 | 3.91
|
|
||||||
Other | | 0.001336 | | | 0.38
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 44 ave 44 max 44 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Nghost: 3 ave 3 max 3 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Neighs: 818 ave 818 max 818 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 818
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 18.5909
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 9.77273
|
|
||||||
Neighbor list builds = 1000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:00:00
|
|
||||||
@ -1,147 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (5 Jun 2019)
|
|
||||||
Reading data file ...
|
|
||||||
orthogonal box = (-25 -25 -25) to (25 25 25)
|
|
||||||
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
44 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
44 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
9 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
21 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
29 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
29 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
42 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
74 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
100 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
44 impropers
|
|
||||||
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
|
||||||
special bond factors lj: 0 0 0
|
|
||||||
special bond factors coul: 0 0 0
|
|
||||||
4 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
6 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
12 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
41 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000163256 secs
|
|
||||||
read_data CPU = 0.0244579 secs
|
|
||||||
Read molecule mol1:
|
|
||||||
18 atoms with max type 8
|
|
||||||
16 bonds with max type 14
|
|
||||||
25 angles with max type 28
|
|
||||||
23 dihedrals with max type 36
|
|
||||||
14 impropers with max type 11
|
|
||||||
Read molecule mol2:
|
|
||||||
18 atoms with max type 9
|
|
||||||
17 bonds with max type 13
|
|
||||||
31 angles with max type 27
|
|
||||||
39 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
20 impropers with max type 1
|
|
||||||
Read molecule mol3:
|
|
||||||
15 atoms with max type 9
|
|
||||||
14 bonds with max type 13
|
|
||||||
25 angles with max type 27
|
|
||||||
30 dihedrals with max type 33
|
|
||||||
16 impropers with max type 1
|
|
||||||
Read molecule mol4:
|
|
||||||
15 atoms with max type 11
|
|
||||||
13 bonds with max type 15
|
|
||||||
19 angles with max type 29
|
|
||||||
16 dihedrals with max type 32
|
|
||||||
10 impropers with max type 13
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn1 too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:1785)
|
|
||||||
WARNING: Bond/react: Atom affected by reaction rxn2 too close to template edge (../fix_bond_react.cpp:1785)
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:319)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.0534597
|
|
||||||
grid = 2 2 2
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.0402256
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 0.000121138
|
|
||||||
using double precision FFTs
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 252 2
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 10 10 10
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Setting up Verlet run ...
|
|
||||||
Unit style : real
|
|
||||||
Current step : 0
|
|
||||||
Time step : 1
|
|
||||||
WARNING: Inconsistent image flags (../domain.cpp:784)
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 33.34 | 33.69 | 34.37 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density f_myrxns[1] f_myrxns[2]
|
|
||||||
0 300 346.78165 0.0034851739 0 0
|
|
||||||
50 416.49412 -20.293038 0.0034851739 1 0
|
|
||||||
100 746.49323 91.912227 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
150 515.15907 -1.4024709 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
200 441.14572 -19.333087 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
250 376.40996 30.717679 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
300 326.15127 -3.0433799 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
350 326.21116 6.235391 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
400 366.48556 3.9807338 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
450 313.79097 7.6674629 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
500 278.89836 14.102052 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
550 267.50214 18.241417 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
600 276.28064 7.4649611 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
650 255.26713 -8.5258573 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
700 258.59752 -5.3341215 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
750 263.71264 33.369869 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
800 246.22976 -15.349137 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
850 255.93887 16.331669 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
900 239.72525 -0.20075789 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
950 213.73064 12.17619 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
1000 218.25094 -9.0955642 0.0034851739 1 1
|
|
||||||
Loop time of 0.254903 on 4 procs for 1000 steps with 44 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 338.952 ns/day, 0.071 hours/ns, 3923.053 timesteps/s
|
|
||||||
99.8% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 0.00014252 | 0.0090715 | 0.021332 | 9.6 | 3.56
|
|
||||||
Bond | 0.00047028 | 0.037261 | 0.10789 | 22.7 | 14.62
|
|
||||||
Kspace | 0.051006 | 0.12756 | 0.1693 | 13.6 | 50.04
|
|
||||||
Neigh | 0.035644 | 0.036088 | 0.036523 | 0.2 | 14.16
|
|
||||||
Comm | 0.013984 | 0.016074 | 0.018676 | 1.6 | 6.31
|
|
||||||
Output | 0.0002816 | 0.00033726 | 0.00044251 | 0.0 | 0.13
|
|
||||||
Modify | 0.023697 | 0.027803 | 0.033552 | 2.5 | 10.91
|
|
||||||
Other | | 0.0007123 | | | 0.28
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 11 ave 29 max 0 min
|
|
||||||
Histogram: 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1
|
|
||||||
Nghost: 25 ave 31 max 12 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 2 1
|
|
||||||
Neighs: 204.5 ave 443 max 0 min
|
|
||||||
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 1 1
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 818
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 18.5909
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 9.77273
|
|
||||||
Neighbor list builds = 1000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:00:00
|
|
||||||
@ -1,189 +0,0 @@
|
|||||||
this is a molecule template for: initial nylon crosslink, post-reacting
|
|
||||||
|
|
||||||
18 atoms
|
|
||||||
17 bonds
|
|
||||||
31 angles
|
|
||||||
39 dihedrals
|
|
||||||
20 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 9
|
|
||||||
2 1
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 8
|
|
||||||
5 8
|
|
||||||
6 4
|
|
||||||
7 4
|
|
||||||
8 1
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 6
|
|
||||||
12 3
|
|
||||||
13 4
|
|
||||||
14 4
|
|
||||||
15 5
|
|
||||||
16 1
|
|
||||||
17 4
|
|
||||||
18 4
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.300000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.000000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.300000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 0.000000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 0.000000
|
|
||||||
16 0.000000
|
|
||||||
17 0.000000
|
|
||||||
18 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -5.522237 -0.752722 1.631158
|
|
||||||
2 -5.170398 -0.545733 0.178130
|
|
||||||
3 -6.469695 -0.553072 -0.648889
|
|
||||||
4 -6.052076 -1.721152 1.744648
|
|
||||||
5 -6.183059 0.071387 1.971497
|
|
||||||
6 -4.489340 -1.389197 -0.173156
|
|
||||||
7 -4.637591 0.453703 0.051252
|
|
||||||
8 -5.618658 0.138919 4.386107
|
|
||||||
9 -4.669492 -0.989819 3.943591
|
|
||||||
10 -4.270194 -0.766405 2.474102
|
|
||||||
11 -3.348470 -1.875393 2.024289
|
|
||||||
12 -3.569794 0.564183 2.345995
|
|
||||||
13 -5.201079 -1.993301 4.044219
|
|
||||||
14 -3.736682 -0.984819 4.598305
|
|
||||||
15 -4.255402 1.370923 2.679069
|
|
||||||
16 -6.136394 -0.339866 -2.136775
|
|
||||||
17 -6.996331 -1.555519 -0.517408
|
|
||||||
18 -7.153308 0.284949 -0.289930
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 11 1 2
|
|
||||||
2 12 1 4
|
|
||||||
3 12 1 5
|
|
||||||
4 13 1 10
|
|
||||||
5 2 2 3
|
|
||||||
6 1 2 6
|
|
||||||
7 1 2 7
|
|
||||||
8 2 3 16
|
|
||||||
9 1 3 17
|
|
||||||
10 1 3 18
|
|
||||||
11 2 8 9
|
|
||||||
12 4 9 10
|
|
||||||
13 1 9 13
|
|
||||||
14 1 9 14
|
|
||||||
15 5 10 11
|
|
||||||
16 3 10 12
|
|
||||||
17 6 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 17 2 1 4
|
|
||||||
2 17 2 1 5
|
|
||||||
3 18 2 1 10
|
|
||||||
4 19 4 1 5
|
|
||||||
5 20 4 1 10
|
|
||||||
6 20 5 1 10
|
|
||||||
7 21 1 2 3
|
|
||||||
8 22 1 2 6
|
|
||||||
9 22 1 2 7
|
|
||||||
10 2 3 2 6
|
|
||||||
11 2 3 2 7
|
|
||||||
12 1 6 2 7
|
|
||||||
13 3 2 3 16
|
|
||||||
14 2 2 3 17
|
|
||||||
15 2 2 3 18
|
|
||||||
16 2 16 3 17
|
|
||||||
17 2 16 3 18
|
|
||||||
18 1 17 3 18
|
|
||||||
19 8 8 9 10
|
|
||||||
20 2 8 9 13
|
|
||||||
21 2 8 9 14
|
|
||||||
22 23 13 9 10
|
|
||||||
23 23 14 9 10
|
|
||||||
24 1 13 9 14
|
|
||||||
25 6 9 10 11
|
|
||||||
26 4 9 10 12
|
|
||||||
27 24 1 10 9
|
|
||||||
28 25 11 10 12
|
|
||||||
29 26 1 10 11
|
|
||||||
30 27 1 10 12
|
|
||||||
31 7 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 19 4 1 2 3
|
|
||||||
2 20 4 1 2 6
|
|
||||||
3 20 4 1 2 7
|
|
||||||
4 19 5 1 2 3
|
|
||||||
5 20 5 1 2 6
|
|
||||||
6 20 5 1 2 7
|
|
||||||
7 21 10 1 2 3
|
|
||||||
8 22 10 1 2 6
|
|
||||||
9 22 10 1 2 7
|
|
||||||
10 23 2 1 10 9
|
|
||||||
11 24 2 1 10 11
|
|
||||||
12 25 2 1 10 12
|
|
||||||
13 26 4 1 10 9
|
|
||||||
14 27 4 1 10 11
|
|
||||||
15 28 4 1 10 12
|
|
||||||
16 26 5 1 10 9
|
|
||||||
17 27 5 1 10 11
|
|
||||||
18 28 5 1 10 12
|
|
||||||
19 29 1 2 3 16
|
|
||||||
20 30 1 2 3 17
|
|
||||||
21 30 1 2 3 18
|
|
||||||
22 4 16 3 2 6
|
|
||||||
23 2 6 2 3 17
|
|
||||||
24 2 6 2 3 18
|
|
||||||
25 4 16 3 2 7
|
|
||||||
26 2 7 2 3 17
|
|
||||||
27 2 7 2 3 18
|
|
||||||
28 10 8 9 10 11
|
|
||||||
29 8 8 9 10 12
|
|
||||||
30 31 8 9 10 1
|
|
||||||
31 11 13 9 10 11
|
|
||||||
32 9 13 9 10 12
|
|
||||||
33 32 13 9 10 1
|
|
||||||
34 11 14 9 10 11
|
|
||||||
35 9 14 9 10 12
|
|
||||||
36 32 14 9 10 1
|
|
||||||
37 6 9 10 12 15
|
|
||||||
38 7 11 10 12 15
|
|
||||||
39 33 1 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 2 1 4 5
|
|
||||||
2 1 2 1 4 10
|
|
||||||
3 1 2 1 5 10
|
|
||||||
4 1 4 1 5 10
|
|
||||||
5 1 1 2 3 6
|
|
||||||
6 1 1 2 3 7
|
|
||||||
7 1 1 2 6 7
|
|
||||||
8 1 3 2 6 7
|
|
||||||
9 1 2 3 16 17
|
|
||||||
10 1 2 3 16 18
|
|
||||||
11 1 2 3 17 18
|
|
||||||
12 1 16 3 17 18
|
|
||||||
13 1 8 9 13 10
|
|
||||||
14 1 8 9 14 10
|
|
||||||
15 1 8 9 13 14
|
|
||||||
16 1 13 9 14 10
|
|
||||||
17 1 9 10 11 12
|
|
||||||
18 1 1 10 9 11
|
|
||||||
19 1 1 10 9 12
|
|
||||||
20 1 1 10 11 12
|
|
||||||
@ -0,0 +1,187 @@
|
|||||||
|
this is a molecule template for: initial nylon crosslink, post-reacting
|
||||||
|
|
||||||
|
18 atoms
|
||||||
|
17 bonds
|
||||||
|
31 angles
|
||||||
|
39 dihedrals
|
||||||
|
0 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -5.522237178 -0.752722499 1.631158408
|
||||||
|
2 -5.170398325 -0.545733378 0.178129978
|
||||||
|
3 -6.469694974 -0.553071841 -0.648889109
|
||||||
|
4 -6.052075697 -1.721152483 1.744647858
|
||||||
|
5 -6.183058842 0.071386755 1.971497329
|
||||||
|
6 -4.489339595 -1.389196844 -0.173156276
|
||||||
|
7 -4.637590712 0.453703382 0.051251954
|
||||||
|
8 -5.618657658 0.138918810 4.386106928
|
||||||
|
9 -4.669491736 -0.989818781 3.943591338
|
||||||
|
10 -4.270193542 -0.766405234 2.474102239
|
||||||
|
11 -3.348470373 -1.875393291 2.024289246
|
||||||
|
12 -3.569793683 0.564183226 2.345995471
|
||||||
|
13 -5.201078949 -1.993301389 4.044218837
|
||||||
|
14 -3.736681607 -0.984819193 4.598304847
|
||||||
|
15 -4.255401979 1.370923174 2.679069013
|
||||||
|
16 -6.136393628 -0.339866195 -2.136774990
|
||||||
|
17 -6.996331494 -1.555519161 -0.517408063
|
||||||
|
18 -7.153308038 0.284949373 -0.289930394
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n
|
||||||
|
2 c2
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 hn
|
||||||
|
5 hn
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 c2
|
||||||
|
9 c2
|
||||||
|
10 c_1
|
||||||
|
11 o_1
|
||||||
|
12 o
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 hc
|
||||||
|
15 ho
|
||||||
|
16 c2
|
||||||
|
17 hc
|
||||||
|
18 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.300000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.000000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.300000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 0.000000
|
||||||
|
16 0.000000
|
||||||
|
17 0.000000
|
||||||
|
18 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n-c2 1 2
|
||||||
|
2 n-hn 1 4
|
||||||
|
3 n-hn 1 5
|
||||||
|
4 n-c_1 1 10
|
||||||
|
5 c2-c2 2 3
|
||||||
|
6 c2-hc 2 6
|
||||||
|
7 c2-hc 2 7
|
||||||
|
8 c2-c2 3 16
|
||||||
|
9 c2-hc 3 17
|
||||||
|
10 c2-hc 3 18
|
||||||
|
11 c2-c2 8 9
|
||||||
|
12 c2-c_1 9 10
|
||||||
|
13 c2-hc 9 13
|
||||||
|
14 c2-hc 9 14
|
||||||
|
15 c_1-o_1 10 11
|
||||||
|
16 c_1-o 10 12
|
||||||
|
17 o-ho 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-n-hn 2 1 4
|
||||||
|
2 c2-n-hn 2 1 5
|
||||||
|
3 c2-n-c_1 2 1 10
|
||||||
|
4 hn-n-hn 4 1 5
|
||||||
|
5 hn-n-c_1 4 1 10
|
||||||
|
6 hn-n-c_1 5 1 10
|
||||||
|
7 n-c2-c2 1 2 3
|
||||||
|
8 n-c2-hc 1 2 6
|
||||||
|
9 n-c2-hc 1 2 7
|
||||||
|
10 c2-c2-hc 3 2 6
|
||||||
|
11 c2-c2-hc 3 2 7
|
||||||
|
12 hc-c2-hc 6 2 7
|
||||||
|
13 c2-c2-c2 2 3 16
|
||||||
|
14 c2-c2-hc 2 3 17
|
||||||
|
15 c2-c2-hc 2 3 18
|
||||||
|
16 c2-c2-hc 16 3 17
|
||||||
|
17 c2-c2-hc 16 3 18
|
||||||
|
18 hc-c2-hc 17 3 18
|
||||||
|
19 c2-c2-c_1 8 9 10
|
||||||
|
20 c2-c2-hc 8 9 13
|
||||||
|
21 c2-c2-hc 8 9 14
|
||||||
|
22 hc-c2-c_1 13 9 10
|
||||||
|
23 hc-c2-c_1 14 9 10
|
||||||
|
24 hc-c2-hc 13 9 14
|
||||||
|
25 c2-c_1-o_1 9 10 11
|
||||||
|
26 c2-c_1-o 9 10 12
|
||||||
|
27 n-c_1-c2 1 10 9
|
||||||
|
28 o_1-c_1-o 11 10 12
|
||||||
|
29 n-c_1-o_1 1 10 11
|
||||||
|
30 n-c_1-o 1 10 12
|
||||||
|
31 c_1-o-ho 10 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hn-n-c2-c2 4 1 2 3
|
||||||
|
2 hn-n-c2-hc 4 1 2 6
|
||||||
|
3 hn-n-c2-hc 4 1 2 7
|
||||||
|
4 hn-n-c2-c2 5 1 2 3
|
||||||
|
5 hn-n-c2-hc 5 1 2 6
|
||||||
|
6 hn-n-c2-hc 5 1 2 7
|
||||||
|
7 c_1-n-c2-c2 10 1 2 3
|
||||||
|
8 c_1-n-c2-hc 10 1 2 6
|
||||||
|
9 c_1-n-c2-hc 10 1 2 7
|
||||||
|
10 c2-n-c_1-c2 2 1 10 9
|
||||||
|
11 c2-n-c_1-o_1 2 1 10 11
|
||||||
|
12 c2-n-c_1-o 2 1 10 12
|
||||||
|
13 hn-n-c_1-c2 4 1 10 9
|
||||||
|
14 hn-n-c_1-o_1 4 1 10 11
|
||||||
|
15 hn-n-c_1-o 4 1 10 12
|
||||||
|
16 hn-n-c_1-c2 5 1 10 9
|
||||||
|
17 hn-n-c_1-o_1 5 1 10 11
|
||||||
|
18 hn-n-c_1-o 5 1 10 12
|
||||||
|
19 n-c2-c2-c2 1 2 3 16
|
||||||
|
20 n-c2-c2-hc 1 2 3 17
|
||||||
|
21 n-c2-c2-hc 1 2 3 18
|
||||||
|
22 c2-c2-c2-hc 16 3 2 6
|
||||||
|
23 hc-c2-c2-hc 6 2 3 17
|
||||||
|
24 hc-c2-c2-hc 6 2 3 18
|
||||||
|
25 c2-c2-c2-hc 16 3 2 7
|
||||||
|
26 hc-c2-c2-hc 7 2 3 17
|
||||||
|
27 hc-c2-c2-hc 7 2 3 18
|
||||||
|
28 c2-c2-c_1-o_1 8 9 10 11
|
||||||
|
29 c2-c2-c_1-o 8 9 10 12
|
||||||
|
30 c2-c2-c_1-n 8 9 10 1
|
||||||
|
31 hc-c2-c_1-o_1 13 9 10 11
|
||||||
|
32 hc-c2-c_1-o 13 9 10 12
|
||||||
|
33 hc-c2-c_1-n 13 9 10 1
|
||||||
|
34 hc-c2-c_1-o_1 14 9 10 11
|
||||||
|
35 hc-c2-c_1-o 14 9 10 12
|
||||||
|
36 hc-c2-c_1-n 14 9 10 1
|
||||||
|
37 c2-c_1-o-ho 9 10 12 15
|
||||||
|
38 o_1-c_1-o-ho 11 10 12 15
|
||||||
|
39 n-c_1-o-ho 1 10 12 15
|
||||||
@ -1,160 +0,0 @@
|
|||||||
this is a molecule template for: initial nylon crosslink, pre-reacting
|
|
||||||
|
|
||||||
18 atoms
|
|
||||||
16 bonds
|
|
||||||
25 angles
|
|
||||||
23 dihedrals
|
|
||||||
14 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 7
|
|
||||||
2 1
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 8
|
|
||||||
5 8
|
|
||||||
6 4
|
|
||||||
7 4
|
|
||||||
8 1
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 6
|
|
||||||
12 3
|
|
||||||
13 4
|
|
||||||
14 4
|
|
||||||
15 5
|
|
||||||
16 1
|
|
||||||
17 4
|
|
||||||
18 4
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.300000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.000000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.300000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 0.000000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 0.000000
|
|
||||||
16 0.000000
|
|
||||||
17 0.000000
|
|
||||||
18 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -4.922858 -0.946982 1.146055
|
|
||||||
2 -5.047195 -0.935267 -0.358173
|
|
||||||
3 -6.526281 -0.755366 -0.743523
|
|
||||||
4 -5.282604 0.020447 1.552710
|
|
||||||
5 -3.860697 -1.095850 1.428305
|
|
||||||
6 -4.662382 -1.920900 -0.781524
|
|
||||||
7 -4.433977 -0.072765 -0.784071
|
|
||||||
8 -5.506279 0.202610 4.825816
|
|
||||||
9 -4.449177 -0.844592 4.423366
|
|
||||||
10 -4.103916 -0.749629 2.925195
|
|
||||||
11 -3.376249 -1.886171 2.245643
|
|
||||||
12 -4.493235 0.477214 2.137199
|
|
||||||
13 -4.849053 -1.888877 4.663994
|
|
||||||
14 -3.491823 -0.662913 5.018510
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
18 -4.828494 3.219656 -0.122111
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 14 1 2
|
|
||||||
2 10 1 4
|
|
||||||
3 10 1 5
|
|
||||||
4 2 2 3
|
|
||||||
5 1 2 6
|
|
||||||
6 1 2 7
|
|
||||||
7 2 3 16
|
|
||||||
8 1 3 17
|
|
||||||
9 1 3 18
|
|
||||||
10 2 8 9
|
|
||||||
11 4 9 10
|
|
||||||
12 1 9 13
|
|
||||||
13 1 9 14
|
|
||||||
14 5 10 11
|
|
||||||
15 3 10 12
|
|
||||||
16 6 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 15 2 1 4
|
|
||||||
2 15 2 1 5
|
|
||||||
3 16 4 1 5
|
|
||||||
4 28 1 2 3
|
|
||||||
5 14 1 2 6
|
|
||||||
6 14 1 2 7
|
|
||||||
7 2 3 2 6
|
|
||||||
8 2 3 2 7
|
|
||||||
9 1 6 2 7
|
|
||||||
10 3 2 3 16
|
|
||||||
11 2 2 3 17
|
|
||||||
12 2 2 3 18
|
|
||||||
13 2 16 3 17
|
|
||||||
14 2 16 3 18
|
|
||||||
15 1 17 3 18
|
|
||||||
16 8 8 9 10
|
|
||||||
17 2 8 9 13
|
|
||||||
18 2 8 9 14
|
|
||||||
19 23 13 9 10
|
|
||||||
20 23 14 9 10
|
|
||||||
21 1 13 9 14
|
|
||||||
22 6 9 10 11
|
|
||||||
23 4 9 10 12
|
|
||||||
24 25 11 10 12
|
|
||||||
25 7 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 34 4 1 2 3
|
|
||||||
2 35 4 1 2 6
|
|
||||||
3 35 4 1 2 7
|
|
||||||
4 34 5 1 2 3
|
|
||||||
5 35 5 1 2 6
|
|
||||||
6 35 5 1 2 7
|
|
||||||
7 36 1 2 3 16
|
|
||||||
8 12 1 2 3 17
|
|
||||||
9 12 1 2 3 18
|
|
||||||
10 4 16 3 2 6
|
|
||||||
11 2 6 2 3 17
|
|
||||||
12 2 6 2 3 18
|
|
||||||
13 4 16 3 2 7
|
|
||||||
14 2 7 2 3 17
|
|
||||||
15 2 7 2 3 18
|
|
||||||
16 10 8 9 10 11
|
|
||||||
17 8 8 9 10 12
|
|
||||||
18 11 13 9 10 11
|
|
||||||
19 9 13 9 10 12
|
|
||||||
20 11 14 9 10 11
|
|
||||||
21 9 14 9 10 12
|
|
||||||
22 6 9 10 12 15
|
|
||||||
23 7 11 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 6 2 1 4 5
|
|
||||||
2 11 9 10 11 12
|
|
||||||
3 1 1 2 3 6
|
|
||||||
4 1 1 2 3 7
|
|
||||||
5 1 1 2 6 7
|
|
||||||
6 1 3 2 6 7
|
|
||||||
7 1 2 3 16 17
|
|
||||||
8 1 2 3 16 18
|
|
||||||
9 1 2 3 17 18
|
|
||||||
10 1 16 3 17 18
|
|
||||||
11 1 8 9 13 10
|
|
||||||
12 1 8 9 14 10
|
|
||||||
13 1 8 9 13 14
|
|
||||||
14 1 13 9 14 10
|
|
||||||
@ -0,0 +1,169 @@
|
|||||||
|
this is a molecule template for: initial nylon crosslink, pre-reacting
|
||||||
|
|
||||||
|
18 atoms
|
||||||
|
16 bonds
|
||||||
|
25 angles
|
||||||
|
23 dihedrals
|
||||||
|
2 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -4.922858499 -0.946981747 1.146055346
|
||||||
|
2 -5.047194816 -0.935266843 -0.358172771
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
9 -4.449176624 -0.844592213 4.423366146
|
||||||
|
10 -4.103915981 -0.749628655 2.925195217
|
||||||
|
11 -3.376248536 -1.886171498 2.245643443
|
||||||
|
12 -4.493235430 0.477213651 2.137199034
|
||||||
|
13 -4.849052953 -1.888876753 4.663993750
|
||||||
|
14 -3.491822950 -0.662913310 5.018510248
|
||||||
|
15 -5.020776528 1.189745133 2.805427194
|
||||||
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|
||||||
|
17 -4.460693773 2.836101897 0.668881952
|
||||||
|
18 -4.828494000 3.219655862 -0.122111278
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 na
|
||||||
|
2 c2
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 hn
|
||||||
|
5 hn
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 c2
|
||||||
|
9 c2
|
||||||
|
10 c_1
|
||||||
|
11 o_1
|
||||||
|
12 o
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 hc
|
||||||
|
15 ho
|
||||||
|
16 c2
|
||||||
|
17 hc
|
||||||
|
18 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.300000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.000000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.300000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 0.000000
|
||||||
|
16 0.000000
|
||||||
|
17 0.000000
|
||||||
|
18 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 na-c2 1 2
|
||||||
|
2 na-hn 1 4
|
||||||
|
3 na-hn 1 5
|
||||||
|
4 c2-c2 2 3
|
||||||
|
5 c2-hc 2 6
|
||||||
|
6 c2-hc 2 7
|
||||||
|
7 c2-c2 3 16
|
||||||
|
8 c2-hc 3 17
|
||||||
|
9 c2-hc 3 18
|
||||||
|
10 c2-c2 8 9
|
||||||
|
11 c2-c_1 9 10
|
||||||
|
12 c2-hc 9 13
|
||||||
|
13 c2-hc 9 14
|
||||||
|
14 c_1-o_1 10 11
|
||||||
|
15 c_1-o 10 12
|
||||||
|
16 o-ho 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-na-hn 2 1 4
|
||||||
|
2 c2-na-hn 2 1 5
|
||||||
|
3 hn-na-hn 4 1 5
|
||||||
|
4 na-c2-c2 1 2 3
|
||||||
|
5 na-c2-hc 1 2 6
|
||||||
|
6 na-c2-hc 1 2 7
|
||||||
|
7 c2-c2-hc 3 2 6
|
||||||
|
8 c2-c2-hc 3 2 7
|
||||||
|
9 hc-c2-hc 6 2 7
|
||||||
|
10 c2-c2-c2 2 3 16
|
||||||
|
11 c2-c2-hc 2 3 17
|
||||||
|
12 c2-c2-hc 2 3 18
|
||||||
|
13 c2-c2-hc 16 3 17
|
||||||
|
14 c2-c2-hc 16 3 18
|
||||||
|
15 hc-c2-hc 17 3 18
|
||||||
|
16 c2-c2-c_1 8 9 10
|
||||||
|
17 c2-c2-hc 8 9 13
|
||||||
|
18 c2-c2-hc 8 9 14
|
||||||
|
19 hc-c2-c_1 13 9 10
|
||||||
|
20 hc-c2-c_1 14 9 10
|
||||||
|
21 hc-c2-hc 13 9 14
|
||||||
|
22 c2-c_1-o_1 9 10 11
|
||||||
|
23 c2-c_1-o 9 10 12
|
||||||
|
24 o_1-c_1-o 11 10 12
|
||||||
|
25 c_1-o-ho 10 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hn-na-c2-c2 4 1 2 3
|
||||||
|
2 hn-na-c2-hc 4 1 2 6
|
||||||
|
3 hn-na-c2-hc 4 1 2 7
|
||||||
|
4 hn-na-c2-c2 5 1 2 3
|
||||||
|
5 hn-na-c2-hc 5 1 2 6
|
||||||
|
6 hn-na-c2-hc 5 1 2 7
|
||||||
|
7 na-c2-c2-c2 1 2 3 16
|
||||||
|
8 na-c2-c2-hc 1 2 3 17
|
||||||
|
9 na-c2-c2-hc 1 2 3 18
|
||||||
|
10 c2-c2-c2-hc 16 3 2 6
|
||||||
|
11 hc-c2-c2-hc 6 2 3 17
|
||||||
|
12 hc-c2-c2-hc 6 2 3 18
|
||||||
|
13 c2-c2-c2-hc 16 3 2 7
|
||||||
|
14 hc-c2-c2-hc 7 2 3 17
|
||||||
|
15 hc-c2-c2-hc 7 2 3 18
|
||||||
|
16 c2-c2-c_1-o_1 8 9 10 11
|
||||||
|
17 c2-c2-c_1-o 8 9 10 12
|
||||||
|
18 hc-c2-c_1-o_1 13 9 10 11
|
||||||
|
19 hc-c2-c_1-o 13 9 10 12
|
||||||
|
20 hc-c2-c_1-o_1 14 9 10 11
|
||||||
|
21 hc-c2-c_1-o 14 9 10 12
|
||||||
|
22 c2-c_1-o-ho 9 10 12 15
|
||||||
|
23 o_1-c_1-o-ho 11 10 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-na-hn-hn 2 1 4 5
|
||||||
|
2 c2-c_1-o_1-o 9 10 11 12
|
||||||
@ -1,131 +0,0 @@
|
|||||||
this is a molecule template for: water condensation, post-reacting
|
|
||||||
|
|
||||||
15 atoms
|
|
||||||
13 bonds
|
|
||||||
19 angles
|
|
||||||
16 dihedrals
|
|
||||||
10 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 9
|
|
||||||
2 1
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 10
|
|
||||||
5 8
|
|
||||||
6 4
|
|
||||||
7 4
|
|
||||||
8 1
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 6
|
|
||||||
12 11
|
|
||||||
13 4
|
|
||||||
14 4
|
|
||||||
15 10
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.300000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.410000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.300000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 -0.820000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 0.410000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -4.856280 -1.050468 1.432625
|
|
||||||
2 -5.047195 -0.935267 -0.358173
|
|
||||||
3 -6.526281 -0.755366 -0.743523
|
|
||||||
4 -5.282604 0.020447 1.552710
|
|
||||||
5 -3.860697 -1.095850 1.428305
|
|
||||||
6 -4.662382 -1.920900 -0.781524
|
|
||||||
7 -4.433977 -0.072765 -0.784071
|
|
||||||
8 -5.506279 0.202610 4.825816
|
|
||||||
9 -4.449177 -0.844592 4.423366
|
|
||||||
10 -4.103916 -0.749629 2.925195
|
|
||||||
11 -3.376249 -1.886171 2.245643
|
|
||||||
12 -4.493235 0.477214 2.137199
|
|
||||||
13 -4.849053 -1.888877 4.663994
|
|
||||||
14 -3.491823 -0.662913 5.018510
|
|
||||||
15 -5.020777 1.189745 2.805427
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 11 1 2
|
|
||||||
2 12 1 5
|
|
||||||
3 13 1 10
|
|
||||||
4 2 2 3
|
|
||||||
5 1 2 6
|
|
||||||
6 1 2 7
|
|
||||||
7 15 4 12
|
|
||||||
8 2 8 9
|
|
||||||
9 4 9 10
|
|
||||||
10 1 9 13
|
|
||||||
11 1 9 14
|
|
||||||
12 5 10 11
|
|
||||||
13 15 15 12
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 17 2 1 5
|
|
||||||
2 18 2 1 10
|
|
||||||
3 20 5 1 10
|
|
||||||
4 21 1 2 3
|
|
||||||
5 22 1 2 6
|
|
||||||
6 22 1 2 7
|
|
||||||
7 2 3 2 6
|
|
||||||
8 2 3 2 7
|
|
||||||
9 1 6 2 7
|
|
||||||
10 8 8 9 10
|
|
||||||
11 2 8 9 13
|
|
||||||
12 2 8 9 14
|
|
||||||
13 23 13 9 10
|
|
||||||
14 23 14 9 10
|
|
||||||
15 1 13 9 14
|
|
||||||
16 6 9 10 11
|
|
||||||
17 24 1 10 9
|
|
||||||
18 26 1 10 11
|
|
||||||
19 29 15 12 4
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 19 5 1 2 3
|
|
||||||
2 20 5 1 2 6
|
|
||||||
3 20 5 1 2 7
|
|
||||||
4 21 10 1 2 3
|
|
||||||
5 22 10 1 2 6
|
|
||||||
6 22 10 1 2 7
|
|
||||||
7 23 2 1 10 9
|
|
||||||
8 24 2 1 10 11
|
|
||||||
9 26 5 1 10 9
|
|
||||||
10 27 5 1 10 11
|
|
||||||
11 10 8 9 10 11
|
|
||||||
12 31 8 9 10 1
|
|
||||||
13 11 13 9 10 11
|
|
||||||
14 32 13 9 10 1
|
|
||||||
15 11 14 9 10 11
|
|
||||||
16 32 14 9 10 1
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 12 2 1 5 10
|
|
||||||
2 13 1 10 9 11
|
|
||||||
3 1 1 2 3 6
|
|
||||||
4 1 1 2 3 7
|
|
||||||
5 1 1 2 6 7
|
|
||||||
6 1 3 2 6 7
|
|
||||||
7 1 8 9 13 10
|
|
||||||
8 1 8 9 14 10
|
|
||||||
9 1 8 9 13 14
|
|
||||||
10 1 13 9 14 10
|
|
||||||
@ -0,0 +1,141 @@
|
|||||||
|
this is a molecule template for: water condensation, post-reacting
|
||||||
|
|
||||||
|
15 atoms
|
||||||
|
13 bonds
|
||||||
|
19 angles
|
||||||
|
16 dihedrals
|
||||||
|
2 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -4.856280281 -1.050467974 1.432625159
|
||||||
|
2 -5.047194816 -0.935266843 -0.358172771
|
||||||
|
3 -6.526281447 -0.755365854 -0.743523227
|
||||||
|
4 -5.282604074 0.020446894 1.552710361
|
||||||
|
5 -3.860696509 -1.095850190 1.428304925
|
||||||
|
6 -4.662381862 -1.920899862 -0.781524026
|
||||||
|
7 -4.433976540 -0.072765142 -0.784070641
|
||||||
|
8 -5.506279186 0.202610302 4.825815562
|
||||||
|
9 -4.449176624 -0.844592213 4.423366146
|
||||||
|
10 -4.103915981 -0.749628655 2.925195217
|
||||||
|
11 -3.376248536 -1.886171498 2.245643443
|
||||||
|
12 -4.493235430 0.477213651 2.137199034
|
||||||
|
13 -4.849052953 -1.888876753 4.663993750
|
||||||
|
14 -3.491822950 -0.662913310 5.018510248
|
||||||
|
15 -5.020776528 1.189745133 2.805427194
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n
|
||||||
|
2 c2
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 hw
|
||||||
|
5 hn
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 c2
|
||||||
|
9 c2
|
||||||
|
10 c_1
|
||||||
|
11 o_1
|
||||||
|
12 o*
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 hc
|
||||||
|
15 hw
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.300000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.410000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.300000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 -0.820000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 0.410000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n-c2 1 2
|
||||||
|
2 n-hn 1 5
|
||||||
|
3 n-c_1 1 10
|
||||||
|
4 c2-c2 2 3
|
||||||
|
5 c2-hc 2 6
|
||||||
|
6 c2-hc 2 7
|
||||||
|
7 hw-o* 4 12
|
||||||
|
8 c2-c2 8 9
|
||||||
|
9 c2-c_1 9 10
|
||||||
|
10 c2-hc 9 13
|
||||||
|
11 c2-hc 9 14
|
||||||
|
12 c_1-o_1 10 11
|
||||||
|
13 hw-o* 15 12
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-n-hn 2 1 5
|
||||||
|
2 c2-n-c_1 2 1 10
|
||||||
|
3 hn-n-c_1 5 1 10
|
||||||
|
4 n-c2-c2 1 2 3
|
||||||
|
5 n-c2-hc 1 2 6
|
||||||
|
6 n-c2-hc 1 2 7
|
||||||
|
7 c2-c2-hc 3 2 6
|
||||||
|
8 c2-c2-hc 3 2 7
|
||||||
|
9 hc-c2-hc 6 2 7
|
||||||
|
10 c2-c2-c_1 8 9 10
|
||||||
|
11 c2-c2-hc 8 9 13
|
||||||
|
12 c2-c2-hc 8 9 14
|
||||||
|
13 hc-c2-c_1 13 9 10
|
||||||
|
14 hc-c2-c_1 14 9 10
|
||||||
|
15 hc-c2-hc 13 9 14
|
||||||
|
16 c2-c_1-o_1 9 10 11
|
||||||
|
17 n-c_1-c2 1 10 9
|
||||||
|
18 n-c_1-o_1 1 10 11
|
||||||
|
19 hw-o*-hw 15 12 4
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hn-n-c2-c2 5 1 2 3
|
||||||
|
2 hn-n-c2-hc 5 1 2 6
|
||||||
|
3 hn-n-c2-hc 5 1 2 7
|
||||||
|
4 c_1-n-c2-c2 10 1 2 3
|
||||||
|
5 c_1-n-c2-hc 10 1 2 6
|
||||||
|
6 c_1-n-c2-hc 10 1 2 7
|
||||||
|
7 c2-n-c_1-c2 2 1 10 9
|
||||||
|
8 c2-n-c_1-o_1 2 1 10 11
|
||||||
|
9 hn-n-c_1-c2 5 1 10 9
|
||||||
|
10 hn-n-c_1-o_1 5 1 10 11
|
||||||
|
11 c2-c2-c_1-o_1 8 9 10 11
|
||||||
|
12 c2-c2-c_1-n 8 9 10 1
|
||||||
|
13 hc-c2-c_1-o_1 13 9 10 11
|
||||||
|
14 hc-c2-c_1-n 13 9 10 1
|
||||||
|
15 hc-c2-c_1-o_1 14 9 10 11
|
||||||
|
16 hc-c2-c_1-n 14 9 10 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-n-hn-c_1 2 1 5 10
|
||||||
|
2 n-c_1-c2-o_1 1 10 9 11
|
||||||
@ -1,158 +0,0 @@
|
|||||||
this is a molecule template for: water condensation, pre-reacting
|
|
||||||
|
|
||||||
15 atoms
|
|
||||||
14 bonds
|
|
||||||
25 angles
|
|
||||||
30 dihedrals
|
|
||||||
16 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 9
|
|
||||||
2 1
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 8
|
|
||||||
5 8
|
|
||||||
6 4
|
|
||||||
7 4
|
|
||||||
8 1
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 6
|
|
||||||
12 3
|
|
||||||
13 4
|
|
||||||
14 4
|
|
||||||
15 5
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.300000
|
|
||||||
2 0.000000
|
|
||||||
3 0.000000
|
|
||||||
4 0.000000
|
|
||||||
5 0.000000
|
|
||||||
6 0.000000
|
|
||||||
7 0.000000
|
|
||||||
8 0.000000
|
|
||||||
9 0.000000
|
|
||||||
10 0.300000
|
|
||||||
11 0.000000
|
|
||||||
12 0.000000
|
|
||||||
13 0.000000
|
|
||||||
14 0.000000
|
|
||||||
15 0.000000
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -4.922858 -0.946982 1.146055
|
|
||||||
2 -5.047195 -0.935267 -0.358173
|
|
||||||
3 -6.526281 -0.755366 -0.743523
|
|
||||||
4 -5.282604 0.020447 1.552710
|
|
||||||
5 -3.860697 -1.095850 1.428305
|
|
||||||
6 -4.662382 -1.920900 -0.781524
|
|
||||||
7 -4.433977 -0.072765 -0.784071
|
|
||||||
8 -5.506279 0.202610 4.825816
|
|
||||||
9 -4.449177 -0.844592 4.423366
|
|
||||||
10 -4.103916 -0.749629 2.925195
|
|
||||||
11 -3.376249 -1.886171 2.245643
|
|
||||||
12 -4.493235 0.477214 2.137199
|
|
||||||
13 -4.849053 -1.888877 4.663994
|
|
||||||
14 -3.491823 -0.662913 5.018510
|
|
||||||
15 -5.020777 1.189745 2.805427
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 11 1 2
|
|
||||||
2 12 1 4
|
|
||||||
3 12 1 5
|
|
||||||
4 13 1 10
|
|
||||||
5 2 2 3
|
|
||||||
6 1 2 6
|
|
||||||
7 1 2 7
|
|
||||||
8 2 8 9
|
|
||||||
9 4 9 10
|
|
||||||
10 1 9 13
|
|
||||||
11 1 9 14
|
|
||||||
12 5 10 11
|
|
||||||
13 3 10 12
|
|
||||||
14 6 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 17 2 1 4
|
|
||||||
2 17 2 1 5
|
|
||||||
3 18 2 1 10
|
|
||||||
4 19 4 1 5
|
|
||||||
5 20 4 1 10
|
|
||||||
6 20 5 1 10
|
|
||||||
7 21 1 2 3
|
|
||||||
8 22 1 2 6
|
|
||||||
9 22 1 2 7
|
|
||||||
10 2 3 2 6
|
|
||||||
11 2 3 2 7
|
|
||||||
12 1 6 2 7
|
|
||||||
13 8 8 9 10
|
|
||||||
14 2 8 9 13
|
|
||||||
15 2 8 9 14
|
|
||||||
16 23 13 9 10
|
|
||||||
17 23 14 9 10
|
|
||||||
18 1 13 9 14
|
|
||||||
19 6 9 10 11
|
|
||||||
20 4 9 10 12
|
|
||||||
21 24 1 10 9
|
|
||||||
22 25 11 10 12
|
|
||||||
23 26 1 10 11
|
|
||||||
24 27 1 10 12
|
|
||||||
25 7 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 19 4 1 2 3
|
|
||||||
2 20 4 1 2 6
|
|
||||||
3 20 4 1 2 7
|
|
||||||
4 19 5 1 2 3
|
|
||||||
5 20 5 1 2 6
|
|
||||||
6 20 5 1 2 7
|
|
||||||
7 21 10 1 2 3
|
|
||||||
8 22 10 1 2 6
|
|
||||||
9 22 10 1 2 7
|
|
||||||
10 23 2 1 10 9
|
|
||||||
11 24 2 1 10 11
|
|
||||||
12 25 2 1 10 12
|
|
||||||
13 26 4 1 10 9
|
|
||||||
14 27 4 1 10 11
|
|
||||||
15 28 4 1 10 12
|
|
||||||
16 26 5 1 10 9
|
|
||||||
17 27 5 1 10 11
|
|
||||||
18 28 5 1 10 12
|
|
||||||
19 10 8 9 10 11
|
|
||||||
20 8 8 9 10 12
|
|
||||||
21 31 8 9 10 1
|
|
||||||
22 11 13 9 10 11
|
|
||||||
23 9 13 9 10 12
|
|
||||||
24 32 13 9 10 1
|
|
||||||
25 11 14 9 10 11
|
|
||||||
26 9 14 9 10 12
|
|
||||||
27 32 14 9 10 1
|
|
||||||
28 6 9 10 12 15
|
|
||||||
29 7 11 10 12 15
|
|
||||||
30 33 1 10 12 15
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 2 1 4 5
|
|
||||||
2 1 2 1 4 10
|
|
||||||
3 1 2 1 5 10
|
|
||||||
4 1 4 1 5 10
|
|
||||||
5 1 1 2 3 6
|
|
||||||
6 1 1 2 3 7
|
|
||||||
7 1 1 2 6 7
|
|
||||||
8 1 3 2 6 7
|
|
||||||
9 1 8 9 13 10
|
|
||||||
10 1 8 9 14 10
|
|
||||||
11 1 8 9 13 14
|
|
||||||
12 1 13 9 14 10
|
|
||||||
13 1 9 10 11 12
|
|
||||||
14 1 1 10 9 11
|
|
||||||
15 1 1 10 9 12
|
|
||||||
16 1 1 10 11 12
|
|
||||||
@ -0,0 +1,157 @@
|
|||||||
|
this is a molecule template for: water condensation, pre-reacting
|
||||||
|
|
||||||
|
15 atoms
|
||||||
|
14 bonds
|
||||||
|
25 angles
|
||||||
|
30 dihedrals
|
||||||
|
0 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -4.922858499 -0.946981747 1.146055346
|
||||||
|
2 -5.047194816 -0.935266843 -0.358172771
|
||||||
|
3 -6.526281447 -0.755365854 -0.743523227
|
||||||
|
4 -5.282604074 0.020446894 1.552710361
|
||||||
|
5 -3.860696509 -1.095850190 1.428304925
|
||||||
|
6 -4.662381862 -1.920899862 -0.781524026
|
||||||
|
7 -4.433976540 -0.072765142 -0.784070641
|
||||||
|
8 -5.506279186 0.202610302 4.825815562
|
||||||
|
9 -4.449176624 -0.844592213 4.423366146
|
||||||
|
10 -4.103915981 -0.749628655 2.925195217
|
||||||
|
11 -3.376248536 -1.886171498 2.245643443
|
||||||
|
12 -4.493235430 0.477213651 2.137199034
|
||||||
|
13 -4.849052953 -1.888876753 4.663993750
|
||||||
|
14 -3.491822950 -0.662913310 5.018510248
|
||||||
|
15 -5.020776528 1.189745133 2.805427194
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n
|
||||||
|
2 c2
|
||||||
|
3 c2
|
||||||
|
4 hn
|
||||||
|
5 hn
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 hc
|
||||||
|
8 c2
|
||||||
|
9 c2
|
||||||
|
10 c_1
|
||||||
|
11 o_1
|
||||||
|
12 o
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 hc
|
||||||
|
15 ho
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.300000
|
||||||
|
2 0.000000
|
||||||
|
3 0.000000
|
||||||
|
4 0.000000
|
||||||
|
5 0.000000
|
||||||
|
6 0.000000
|
||||||
|
7 0.000000
|
||||||
|
8 0.000000
|
||||||
|
9 0.000000
|
||||||
|
10 0.300000
|
||||||
|
11 0.000000
|
||||||
|
12 0.000000
|
||||||
|
13 0.000000
|
||||||
|
14 0.000000
|
||||||
|
15 0.000000
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 n-c2 1 2
|
||||||
|
2 n-hn 1 4
|
||||||
|
3 n-hn 1 5
|
||||||
|
4 n-c_1 1 10
|
||||||
|
5 c2-c2 2 3
|
||||||
|
6 c2-hc 2 6
|
||||||
|
7 c2-hc 2 7
|
||||||
|
8 c2-c2 8 9
|
||||||
|
9 c2-c_1 9 10
|
||||||
|
10 c2-hc 9 13
|
||||||
|
11 c2-hc 9 14
|
||||||
|
12 c_1-o_1 10 11
|
||||||
|
13 c_1-o 10 12
|
||||||
|
14 o-ho 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-n-hn 2 1 4
|
||||||
|
2 c2-n-hn 2 1 5
|
||||||
|
3 c2-n-c_1 2 1 10
|
||||||
|
4 hn-n-hn 4 1 5
|
||||||
|
5 hn-n-c_1 4 1 10
|
||||||
|
6 hn-n-c_1 5 1 10
|
||||||
|
7 n-c2-c2 1 2 3
|
||||||
|
8 n-c2-hc 1 2 6
|
||||||
|
9 n-c2-hc 1 2 7
|
||||||
|
10 c2-c2-hc 3 2 6
|
||||||
|
11 c2-c2-hc 3 2 7
|
||||||
|
12 hc-c2-hc 6 2 7
|
||||||
|
13 c2-c2-c_1 8 9 10
|
||||||
|
14 c2-c2-hc 8 9 13
|
||||||
|
15 c2-c2-hc 8 9 14
|
||||||
|
16 hc-c2-c_1 13 9 10
|
||||||
|
17 hc-c2-c_1 14 9 10
|
||||||
|
18 hc-c2-hc 13 9 14
|
||||||
|
19 c2-c_1-o_1 9 10 11
|
||||||
|
20 c2-c_1-o 9 10 12
|
||||||
|
21 n-c_1-c2 1 10 9
|
||||||
|
22 o_1-c_1-o 11 10 12
|
||||||
|
23 n-c_1-o_1 1 10 11
|
||||||
|
24 n-c_1-o 1 10 12
|
||||||
|
25 c_1-o-ho 10 12 15
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hn-n-c2-c2 4 1 2 3
|
||||||
|
2 hn-n-c2-hc 4 1 2 6
|
||||||
|
3 hn-n-c2-hc 4 1 2 7
|
||||||
|
4 hn-n-c2-c2 5 1 2 3
|
||||||
|
5 hn-n-c2-hc 5 1 2 6
|
||||||
|
6 hn-n-c2-hc 5 1 2 7
|
||||||
|
7 c_1-n-c2-c2 10 1 2 3
|
||||||
|
8 c_1-n-c2-hc 10 1 2 6
|
||||||
|
9 c_1-n-c2-hc 10 1 2 7
|
||||||
|
10 c2-n-c_1-c2 2 1 10 9
|
||||||
|
11 c2-n-c_1-o_1 2 1 10 11
|
||||||
|
12 c2-n-c_1-o 2 1 10 12
|
||||||
|
13 hn-n-c_1-c2 4 1 10 9
|
||||||
|
14 hn-n-c_1-o_1 4 1 10 11
|
||||||
|
15 hn-n-c_1-o 4 1 10 12
|
||||||
|
16 hn-n-c_1-c2 5 1 10 9
|
||||||
|
17 hn-n-c_1-o_1 5 1 10 11
|
||||||
|
18 hn-n-c_1-o 5 1 10 12
|
||||||
|
19 c2-c2-c_1-o_1 8 9 10 11
|
||||||
|
20 c2-c2-c_1-o 8 9 10 12
|
||||||
|
21 c2-c2-c_1-n 8 9 10 1
|
||||||
|
22 hc-c2-c_1-o_1 13 9 10 11
|
||||||
|
23 hc-c2-c_1-o 13 9 10 12
|
||||||
|
24 hc-c2-c_1-n 13 9 10 1
|
||||||
|
25 hc-c2-c_1-o_1 14 9 10 11
|
||||||
|
26 hc-c2-c_1-o 14 9 10 12
|
||||||
|
27 hc-c2-c_1-n 14 9 10 1
|
||||||
|
28 c2-c_1-o-ho 9 10 12 15
|
||||||
|
29 o_1-c_1-o-ho 11 10 12 15
|
||||||
|
30 n-c_1-o-ho 1 10 12 15
|
||||||
@ -10,16 +10,130 @@ this is LAMMPS data file containing two nylon monomers
|
|||||||
36 dihedral types
|
36 dihedral types
|
||||||
44 impropers
|
44 impropers
|
||||||
13 improper types
|
13 improper types
|
||||||
5 extra bond per atom
|
|
||||||
15 extra angle per atom
|
|
||||||
15 extra dihedral per atom
|
|
||||||
25 extra improper per atom
|
|
||||||
25 extra special per atom
|
|
||||||
|
|
||||||
-25 25 xlo xhi
|
-25 25 xlo xhi
|
||||||
-25 25 ylo yhi
|
-25 25 ylo yhi
|
||||||
-25 25 zlo zhi
|
-25 25 zlo zhi
|
||||||
|
|
||||||
|
Atom Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2
|
||||||
|
2 c_1
|
||||||
|
3 o
|
||||||
|
4 hc
|
||||||
|
5 ho
|
||||||
|
6 o_1
|
||||||
|
7 na
|
||||||
|
8 hn
|
||||||
|
9 n
|
||||||
|
10 hw
|
||||||
|
11 o*
|
||||||
|
|
||||||
|
Bond Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-hc
|
||||||
|
2 c2-c2
|
||||||
|
3 c_1-o
|
||||||
|
4 c2-c_1
|
||||||
|
5 c_1-o_1
|
||||||
|
6 o-ho
|
||||||
|
7 c2-c2-repeat
|
||||||
|
8 c2-hc-repeat
|
||||||
|
9 na-c2
|
||||||
|
10 na-hn
|
||||||
|
11 n-c2
|
||||||
|
12 n-hn
|
||||||
|
13 n-c_1
|
||||||
|
14 c2-na
|
||||||
|
15 hw-o*
|
||||||
|
|
||||||
|
Angle Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-c2-hc
|
||||||
|
2 c2-c2-hc
|
||||||
|
3 c2-c2-c2
|
||||||
|
4 c2-c_1-o_1
|
||||||
|
5 o-c_1-o_1
|
||||||
|
6 c2-c_1-o
|
||||||
|
7 c_1-o-ho
|
||||||
|
8 c2-c2-c_1
|
||||||
|
9 c_1-c2-hc
|
||||||
|
10 c2-c2-hc-repeat
|
||||||
|
11 c2-c2-c2-repeat
|
||||||
|
12 hc-c2-hc-repeat
|
||||||
|
13 c2-c2-na
|
||||||
|
14 na-c2-hc
|
||||||
|
15 c2-na-hn
|
||||||
|
16 hn-na-hn
|
||||||
|
17 c2-n-hn
|
||||||
|
18 c2-n-c_1
|
||||||
|
19 hn-n-hn
|
||||||
|
20 hn-n-c_1
|
||||||
|
21 n-c2-c2
|
||||||
|
22 n-c2-hc
|
||||||
|
23 hc-c2-c_1
|
||||||
|
24 n-c_1-c2
|
||||||
|
25 o_1-c_1-o
|
||||||
|
26 n-c_1-o_1
|
||||||
|
27 n-c_1-o
|
||||||
|
28 na-c2-c2
|
||||||
|
29 hw-o*-hw
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedral Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c_1-c2-c2-hc
|
||||||
|
2 hc-c2-c2-hc
|
||||||
|
3 c2-c2-c2-c_1
|
||||||
|
4 c2-c2-c2-hc
|
||||||
|
5 c2-c2-c2-c2
|
||||||
|
6 c2-c_1-o-ho
|
||||||
|
7 o_1-c_1-o-ho
|
||||||
|
8 c2-c2-c_1-o
|
||||||
|
9 hc-c2-c_1-o
|
||||||
|
10 c2-c2-c_1-o_1
|
||||||
|
11 hc-c2-c_1-o_1
|
||||||
|
12 na-c2-c2-hc
|
||||||
|
13 hc-c2-c2-hc-repeat
|
||||||
|
14 c2-c2-c2-na
|
||||||
|
15 c2-c2-c2-hc-repeat
|
||||||
|
16 c2-c2-c2-c2-repeat
|
||||||
|
17 c2-c2-na-hn
|
||||||
|
18 hn-na-c2-hc
|
||||||
|
19 hn-n-c2-c2
|
||||||
|
20 hn-n-c2-hc
|
||||||
|
21 c_1-n-c2-c2
|
||||||
|
22 c_1-n-c2-hc
|
||||||
|
23 c2-n-c_1-c2
|
||||||
|
24 c2-n-c_1-o_1
|
||||||
|
25 c2-n-c_1-o
|
||||||
|
26 hn-n-c_1-c2
|
||||||
|
27 hn-n-c_1-o_1
|
||||||
|
28 hn-n-c_1-o
|
||||||
|
29 n-c2-c2-c2
|
||||||
|
30 n-c2-c2-hc
|
||||||
|
31 c2-c2-c_1-n
|
||||||
|
32 hc-c2-c_1-n
|
||||||
|
33 n-c_1-o-ho
|
||||||
|
34 hn-na-c2-c2
|
||||||
|
35 hc-c2-na-hn
|
||||||
|
36 na-c2-c2-c2
|
||||||
|
|
||||||
|
Improper Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 c2-c_1-o-o_1
|
||||||
|
2 c2-na-hn-hn
|
||||||
|
3 c2-c_1-o_1-o
|
||||||
|
4 c2-n-hn-c_1
|
||||||
|
5 zero5
|
||||||
|
6 zero6
|
||||||
|
7 zero7
|
||||||
|
8 zero8
|
||||||
|
9 zero9
|
||||||
|
10 zero10
|
||||||
|
11 zero11
|
||||||
|
12 zero12
|
||||||
|
13 n-c_1-c2-o_1
|
||||||
|
|
||||||
Masses
|
Masses
|
||||||
|
|
||||||
1 12.0112
|
1 12.0112
|
||||||
@ -94,7 +208,7 @@ Angle Coeffs # class2
|
|||||||
24 116.926 39.4193 -10.9945 -8.7733
|
24 116.926 39.4193 -10.9945 -8.7733
|
||||||
25 118.986 98.6813 -22.2485 10.3673
|
25 118.986 98.6813 -22.2485 10.3673
|
||||||
26 125.542 92.572 -34.48 -11.1871
|
26 125.542 92.572 -34.48 -11.1871
|
||||||
27 0 0 0 0
|
27 125.542 92.572 -34.48 -11.1871
|
||||||
28 111.91 60.7147 -13.3366 -13.0785
|
28 111.91 60.7147 -13.3366 -13.0785
|
||||||
29 103.7 49.84 -11.6 -8
|
29 103.7 49.84 -11.6 -8
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -1,312 +0,0 @@
|
|||||||
2styrene_reacted
|
|
||||||
|
|
||||||
32 atoms
|
|
||||||
33 bonds
|
|
||||||
54 angles
|
|
||||||
79 dihedrals
|
|
||||||
22 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 2
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 5
|
|
||||||
5 1
|
|
||||||
6 2
|
|
||||||
7 1
|
|
||||||
8 2
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 1
|
|
||||||
12 2
|
|
||||||
13 2
|
|
||||||
14 6
|
|
||||||
15 2
|
|
||||||
16 2
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 2
|
|
||||||
19 1
|
|
||||||
20 5
|
|
||||||
21 1
|
|
||||||
22 2
|
|
||||||
23 1
|
|
||||||
24 2
|
|
||||||
25 1
|
|
||||||
26 2
|
|
||||||
27 1
|
|
||||||
28 2
|
|
||||||
29 2
|
|
||||||
30 6
|
|
||||||
31 2
|
|
||||||
32 2
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.129000
|
|
||||||
2 0.123700
|
|
||||||
3 0.026600
|
|
||||||
4 -0.018200
|
|
||||||
5 -0.129000
|
|
||||||
6 0.123700
|
|
||||||
7 -0.173400
|
|
||||||
8 0.140300
|
|
||||||
9 -0.113400
|
|
||||||
10 0.128800
|
|
||||||
11 -0.173400
|
|
||||||
12 0.140300
|
|
||||||
13 0.051600
|
|
||||||
14 -0.069600
|
|
||||||
15 0.035400
|
|
||||||
16 0.035400
|
|
||||||
17 -0.129000
|
|
||||||
18 0.123700
|
|
||||||
19 0.026600
|
|
||||||
20 -0.018200
|
|
||||||
21 -0.129000
|
|
||||||
22 0.123700
|
|
||||||
23 -0.173400
|
|
||||||
24 0.140300
|
|
||||||
25 -0.113400
|
|
||||||
26 0.128800
|
|
||||||
27 -0.173400
|
|
||||||
28 0.140300
|
|
||||||
29 0.051600
|
|
||||||
30 -0.069600
|
|
||||||
31 0.035400
|
|
||||||
32 0.035400
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 13.465810 0.682530 -1.658940
|
|
||||||
2 14.397820 1.221530 -1.658940
|
|
||||||
3 12.235820 1.392530 -1.658940
|
|
||||||
4 12.235820 2.892530 -1.658940
|
|
||||||
5 11.005820 0.682530 -1.658940
|
|
||||||
6 10.073820 1.221530 -1.658940
|
|
||||||
7 11.005820 -0.737470 -1.658940
|
|
||||||
8 10.073820 -1.276460 -1.658940
|
|
||||||
9 12.235820 -1.447460 -1.658940
|
|
||||||
10 12.235820 -2.524470 -1.658940
|
|
||||||
11 13.465810 -0.737470 -1.658940
|
|
||||||
12 14.397820 -1.276460 -1.658940
|
|
||||||
13 13.101820 3.297530 -1.301940
|
|
||||||
14 10.957820 3.441530 -2.220940
|
|
||||||
15 11.007810 4.183540 -2.319940
|
|
||||||
16 10.314820 2.618530 -2.514940
|
|
||||||
17 18.663521 0.855480 -1.372130
|
|
||||||
18 19.595510 1.394480 -1.372130
|
|
||||||
19 17.433510 1.565480 -1.372130
|
|
||||||
20 17.433510 3.065480 -1.372130
|
|
||||||
21 16.203510 0.855480 -1.372130
|
|
||||||
22 15.271510 1.394480 -1.372130
|
|
||||||
23 16.203510 -0.564520 -1.372130
|
|
||||||
24 15.271510 -1.103520 -1.372130
|
|
||||||
25 17.433510 -1.274520 -1.372130
|
|
||||||
26 17.433510 -2.351520 -1.372130
|
|
||||||
27 18.663521 -0.564520 -1.372130
|
|
||||||
28 19.595510 -1.103520 -1.372130
|
|
||||||
29 18.299509 3.470480 -1.015130
|
|
||||||
30 16.155510 3.614480 -1.934130
|
|
||||||
31 16.205509 4.356480 -2.033130
|
|
||||||
32 15.512510 2.791480 -2.228130
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 1 2
|
|
||||||
2 2 1 3
|
|
||||||
3 2 1 11
|
|
||||||
4 7 3 4
|
|
||||||
5 2 3 5
|
|
||||||
6 8 13 4
|
|
||||||
7 9 4 14
|
|
||||||
8 9 4 30
|
|
||||||
9 1 5 6
|
|
||||||
10 2 5 7
|
|
||||||
11 1 7 8
|
|
||||||
12 2 7 9
|
|
||||||
13 1 9 10
|
|
||||||
14 2 9 11
|
|
||||||
15 1 11 12
|
|
||||||
16 10 15 14
|
|
||||||
17 10 16 14
|
|
||||||
18 1 17 18
|
|
||||||
19 2 17 19
|
|
||||||
20 2 17 27
|
|
||||||
21 7 19 20
|
|
||||||
22 2 19 21
|
|
||||||
23 8 29 20
|
|
||||||
24 9 20 30
|
|
||||||
25 1 21 22
|
|
||||||
26 2 21 23
|
|
||||||
27 1 23 24
|
|
||||||
28 2 23 25
|
|
||||||
29 1 25 26
|
|
||||||
30 2 25 27
|
|
||||||
31 1 27 28
|
|
||||||
32 10 31 30
|
|
||||||
33 10 32 30
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 2
|
|
||||||
2 1 11 1 2
|
|
||||||
3 2 3 1 11
|
|
||||||
4 9 1 3 4
|
|
||||||
5 2 1 3 5
|
|
||||||
6 9 5 3 4
|
|
||||||
7 10 3 4 13
|
|
||||||
8 11 3 4 14
|
|
||||||
9 11 3 4 30
|
|
||||||
10 12 13 4 14
|
|
||||||
11 12 13 4 30
|
|
||||||
12 13 14 4 30
|
|
||||||
13 1 3 5 6
|
|
||||||
14 2 3 5 7
|
|
||||||
15 1 7 5 6
|
|
||||||
16 1 5 7 8
|
|
||||||
17 2 5 7 9
|
|
||||||
18 1 9 7 8
|
|
||||||
19 1 7 9 10
|
|
||||||
20 2 7 9 11
|
|
||||||
21 1 11 9 10
|
|
||||||
22 2 1 11 9
|
|
||||||
23 1 1 11 12
|
|
||||||
24 1 9 11 12
|
|
||||||
25 14 15 14 4
|
|
||||||
26 14 16 14 4
|
|
||||||
27 15 15 14 16
|
|
||||||
28 1 19 17 18
|
|
||||||
29 1 27 17 18
|
|
||||||
30 2 19 17 27
|
|
||||||
31 9 17 19 20
|
|
||||||
32 2 17 19 21
|
|
||||||
33 9 21 19 20
|
|
||||||
34 10 19 20 29
|
|
||||||
35 11 19 20 30
|
|
||||||
36 12 29 20 30
|
|
||||||
37 1 19 21 22
|
|
||||||
38 2 19 21 23
|
|
||||||
39 1 23 21 22
|
|
||||||
40 1 21 23 24
|
|
||||||
41 2 21 23 25
|
|
||||||
42 1 25 23 24
|
|
||||||
43 1 23 25 26
|
|
||||||
44 2 23 25 27
|
|
||||||
45 1 27 25 26
|
|
||||||
46 2 17 27 25
|
|
||||||
47 1 17 27 28
|
|
||||||
48 1 25 27 28
|
|
||||||
49 16 4 30 20
|
|
||||||
50 14 31 30 4
|
|
||||||
51 14 32 30 4
|
|
||||||
52 14 31 30 20
|
|
||||||
53 14 32 30 20
|
|
||||||
54 15 31 30 32
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 10 2 1 3 4
|
|
||||||
2 2 5 3 1 2
|
|
||||||
3 11 11 1 3 4
|
|
||||||
4 4 11 1 3 5
|
|
||||||
5 2 9 11 1 2
|
|
||||||
6 5 2 1 11 12
|
|
||||||
7 4 3 1 11 9
|
|
||||||
8 2 3 1 11 12
|
|
||||||
9 12 1 3 4 13
|
|
||||||
10 13 1 3 4 14
|
|
||||||
11 13 1 3 4 30
|
|
||||||
12 12 5 3 4 13
|
|
||||||
13 13 5 3 4 14
|
|
||||||
14 13 5 3 4 30
|
|
||||||
15 2 1 3 5 6
|
|
||||||
16 4 1 3 5 7
|
|
||||||
17 10 6 5 3 4
|
|
||||||
18 11 7 5 3 4
|
|
||||||
19 14 3 4 14 15
|
|
||||||
20 14 3 4 14 16
|
|
||||||
21 15 13 4 14 15
|
|
||||||
22 15 13 4 14 16
|
|
||||||
23 16 30 4 14 15
|
|
||||||
24 16 30 4 14 16
|
|
||||||
25 17 3 4 30 20
|
|
||||||
26 14 3 4 30 31
|
|
||||||
27 14 3 4 30 32
|
|
||||||
28 18 13 4 30 20
|
|
||||||
29 15 13 4 30 31
|
|
||||||
30 15 13 4 30 32
|
|
||||||
31 19 14 4 30 20
|
|
||||||
32 16 14 4 30 31
|
|
||||||
33 16 14 4 30 32
|
|
||||||
34 2 3 5 7 8
|
|
||||||
35 4 3 5 7 9
|
|
||||||
36 5 6 5 7 8
|
|
||||||
37 2 9 7 5 6
|
|
||||||
38 2 5 7 9 10
|
|
||||||
39 4 5 7 9 11
|
|
||||||
40 5 8 7 9 10
|
|
||||||
41 2 11 9 7 8
|
|
||||||
42 4 7 9 11 1
|
|
||||||
43 2 7 9 11 12
|
|
||||||
44 2 1 11 9 10
|
|
||||||
45 5 10 9 11 12
|
|
||||||
46 10 18 17 19 20
|
|
||||||
47 2 21 19 17 18
|
|
||||||
48 11 27 17 19 20
|
|
||||||
49 4 27 17 19 21
|
|
||||||
50 2 25 27 17 18
|
|
||||||
51 5 18 17 27 28
|
|
||||||
52 4 19 17 27 25
|
|
||||||
53 2 19 17 27 28
|
|
||||||
54 12 17 19 20 29
|
|
||||||
55 13 17 19 20 30
|
|
||||||
56 12 21 19 20 29
|
|
||||||
57 13 21 19 20 30
|
|
||||||
58 2 17 19 21 22
|
|
||||||
59 4 17 19 21 23
|
|
||||||
60 10 22 21 19 20
|
|
||||||
61 11 23 21 19 20
|
|
||||||
62 17 19 20 30 4
|
|
||||||
63 14 19 20 30 31
|
|
||||||
64 14 19 20 30 32
|
|
||||||
65 18 29 20 30 4
|
|
||||||
66 15 29 20 30 31
|
|
||||||
67 15 29 20 30 32
|
|
||||||
68 2 19 21 23 24
|
|
||||||
69 4 19 21 23 25
|
|
||||||
70 5 22 21 23 24
|
|
||||||
71 2 25 23 21 22
|
|
||||||
72 2 21 23 25 26
|
|
||||||
73 4 21 23 25 27
|
|
||||||
74 5 24 23 25 26
|
|
||||||
75 2 27 25 23 24
|
|
||||||
76 4 23 25 27 17
|
|
||||||
77 2 23 25 27 28
|
|
||||||
78 2 17 27 25 26
|
|
||||||
79 5 26 25 27 28
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 11 2
|
|
||||||
2 5 1 3 5 4
|
|
||||||
3 1 3 5 7 6
|
|
||||||
4 1 5 7 9 8
|
|
||||||
5 1 7 9 11 10
|
|
||||||
6 1 1 11 9 12
|
|
||||||
7 6 15 14 16 4
|
|
||||||
8 1 19 17 27 18
|
|
||||||
9 5 17 19 21 20
|
|
||||||
10 7 19 20 29 30
|
|
||||||
11 1 19 21 23 22
|
|
||||||
12 1 21 23 25 24
|
|
||||||
13 1 23 25 27 26
|
|
||||||
14 1 17 27 25 28
|
|
||||||
15 1 3 4 13 14
|
|
||||||
16 1 3 4 13 30
|
|
||||||
17 1 3 4 14 30
|
|
||||||
18 1 13 4 14 30
|
|
||||||
19 1 31 30 20 4
|
|
||||||
20 1 32 30 20 4
|
|
||||||
21 1 31 30 32 4
|
|
||||||
22 1 31 30 32 20
|
|
||||||
@ -0,0 +1,339 @@
|
|||||||
|
2styrene_reacted
|
||||||
|
|
||||||
|
32 atoms
|
||||||
|
33 bonds
|
||||||
|
54 angles
|
||||||
|
79 dihedrals
|
||||||
|
14 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 13.465809822 0.682529986 -1.658939958
|
||||||
|
2 14.397820473 1.221529961 -1.658939958
|
||||||
|
3 12.235819817 1.392529964 -1.658939958
|
||||||
|
4 12.235819817 2.892529964 -1.658939958
|
||||||
|
5 11.005820274 0.682529986 -1.658939958
|
||||||
|
6 10.073820114 1.221529961 -1.658939958
|
||||||
|
7 11.005820274 -0.737469971 -1.658939958
|
||||||
|
8 10.073820114 -1.276460052 -1.658939958
|
||||||
|
9 12.235819817 -1.447460055 -1.658939958
|
||||||
|
10 12.235819817 -2.524470091 -1.658939958
|
||||||
|
11 13.465809822 -0.737469971 -1.658939958
|
||||||
|
12 14.397820473 -1.276460052 -1.658939958
|
||||||
|
13 13.101819992 3.297529936 -1.301939964
|
||||||
|
14 10.957819939 3.441529989 -2.220940113
|
||||||
|
15 11.007809639 4.183539867 -2.319940090
|
||||||
|
16 10.314820290 2.618530035 -2.514940023
|
||||||
|
17 18.663520813 0.855480015 -1.372130036
|
||||||
|
18 19.595510483 1.394479990 -1.372130036
|
||||||
|
19 17.433509827 1.565479994 -1.372130036
|
||||||
|
20 17.433509827 3.065479994 -1.372130036
|
||||||
|
21 16.203510284 0.855480015 -1.372130036
|
||||||
|
22 15.271510124 1.394479990 -1.372130036
|
||||||
|
23 16.203510284 -0.564520001 -1.372130036
|
||||||
|
24 15.271510124 -1.103520036 -1.372130036
|
||||||
|
25 17.433509827 -1.274520040 -1.372130036
|
||||||
|
26 17.433509827 -2.351520061 -1.372130036
|
||||||
|
27 18.663520813 -0.564520001 -1.372130036
|
||||||
|
28 19.595510483 -1.103520036 -1.372130036
|
||||||
|
29 18.299509048 3.470479965 -1.015130043
|
||||||
|
30 16.155509949 3.614480019 -1.934129953
|
||||||
|
31 16.205509186 4.356480122 -2.033129930
|
||||||
|
32 15.512510300 2.791480064 -2.228130102
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp
|
||||||
|
2 hc
|
||||||
|
3 cp
|
||||||
|
4 c1
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 cp
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 cp
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 cp
|
||||||
|
12 hc
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 hc
|
||||||
|
16 hc
|
||||||
|
17 cp
|
||||||
|
18 hc
|
||||||
|
19 cp
|
||||||
|
20 c1
|
||||||
|
21 cp
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 cp
|
||||||
|
24 hc
|
||||||
|
25 cp
|
||||||
|
26 hc
|
||||||
|
27 cp
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 c2
|
||||||
|
31 hc
|
||||||
|
32 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.129000
|
||||||
|
2 0.123700
|
||||||
|
3 0.026600
|
||||||
|
4 -0.018200
|
||||||
|
5 -0.129000
|
||||||
|
6 0.123700
|
||||||
|
7 -0.173400
|
||||||
|
8 0.140300
|
||||||
|
9 -0.113400
|
||||||
|
10 0.128800
|
||||||
|
11 -0.173400
|
||||||
|
12 0.140300
|
||||||
|
13 0.051600
|
||||||
|
14 -0.069600
|
||||||
|
15 0.035400
|
||||||
|
16 0.035400
|
||||||
|
17 -0.129000
|
||||||
|
18 0.123700
|
||||||
|
19 0.026600
|
||||||
|
20 -0.018200
|
||||||
|
21 -0.129000
|
||||||
|
22 0.123700
|
||||||
|
23 -0.173400
|
||||||
|
24 0.140300
|
||||||
|
25 -0.113400
|
||||||
|
26 0.128800
|
||||||
|
27 -0.173400
|
||||||
|
28 0.140300
|
||||||
|
29 0.051600
|
||||||
|
30 -0.069600
|
||||||
|
31 0.035400
|
||||||
|
32 0.035400
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
32 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-hc 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp 1 3
|
||||||
|
3 cp-cp 1 11
|
||||||
|
4 cp-c1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp 3 5
|
||||||
|
6 hc-c1 13 4
|
||||||
|
7 c1-c2 4 14
|
||||||
|
8 c1-c2 4 30
|
||||||
|
9 cp-hc 5 6
|
||||||
|
10 cp-cp 5 7
|
||||||
|
11 cp-hc 7 8
|
||||||
|
12 cp-cp 7 9
|
||||||
|
13 cp-hc 9 10
|
||||||
|
14 cp-cp 9 11
|
||||||
|
15 cp-hc 11 12
|
||||||
|
16 hc-c2 15 14
|
||||||
|
17 hc-c2 16 14
|
||||||
|
18 cp-hc 17 18
|
||||||
|
19 cp-cp 17 19
|
||||||
|
20 cp-cp 17 27
|
||||||
|
21 cp-c1 19 20
|
||||||
|
22 cp-cp 19 21
|
||||||
|
23 hc-c1 29 20
|
||||||
|
24 c1-c2 20 30
|
||||||
|
25 cp-hc 21 22
|
||||||
|
26 cp-cp 21 23
|
||||||
|
27 cp-hc 23 24
|
||||||
|
28 cp-cp 23 25
|
||||||
|
29 cp-hc 25 26
|
||||||
|
30 cp-cp 25 27
|
||||||
|
31 cp-hc 27 28
|
||||||
|
32 hc-c2 31 30
|
||||||
|
33 hc-c2 32 30
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-hc 3 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp-hc 11 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp 3 1 11
|
||||||
|
4 cp-cp-c1 1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp-cp 1 3 5
|
||||||
|
6 cp-cp-c1 5 3 4
|
||||||
|
7 cp-c1-hc 3 4 13
|
||||||
|
8 cp-c1-c2 3 4 14
|
||||||
|
9 cp-c1-c2 3 4 30
|
||||||
|
10 hc-c1-c2 13 4 14
|
||||||
|
11 hc-c1-c2 13 4 30
|
||||||
|
12 c2-c1-c2 14 4 30
|
||||||
|
13 cp-cp-hc 3 5 6
|
||||||
|
14 cp-cp-cp 3 5 7
|
||||||
|
15 cp-cp-hc 7 5 6
|
||||||
|
16 cp-cp-hc 5 7 8
|
||||||
|
17 cp-cp-cp 5 7 9
|
||||||
|
18 cp-cp-hc 9 7 8
|
||||||
|
19 cp-cp-hc 7 9 10
|
||||||
|
20 cp-cp-cp 7 9 11
|
||||||
|
21 cp-cp-hc 11 9 10
|
||||||
|
22 cp-cp-cp 1 11 9
|
||||||
|
23 cp-cp-hc 1 11 12
|
||||||
|
24 cp-cp-hc 9 11 12
|
||||||
|
25 hc-c2-c1 15 14 4
|
||||||
|
26 hc-c2-c1 16 14 4
|
||||||
|
27 hc-c2-hc 15 14 16
|
||||||
|
28 cp-cp-hc 19 17 18
|
||||||
|
29 cp-cp-hc 27 17 18
|
||||||
|
30 cp-cp-cp 19 17 27
|
||||||
|
31 cp-cp-c1 17 19 20
|
||||||
|
32 cp-cp-cp 17 19 21
|
||||||
|
33 cp-cp-c1 21 19 20
|
||||||
|
34 cp-c1-hc 19 20 29
|
||||||
|
35 cp-c1-c2 19 20 30
|
||||||
|
36 hc-c1-c2 29 20 30
|
||||||
|
37 cp-cp-hc 19 21 22
|
||||||
|
38 cp-cp-cp 19 21 23
|
||||||
|
39 cp-cp-hc 23 21 22
|
||||||
|
40 cp-cp-hc 21 23 24
|
||||||
|
41 cp-cp-cp 21 23 25
|
||||||
|
42 cp-cp-hc 25 23 24
|
||||||
|
43 cp-cp-hc 23 25 26
|
||||||
|
44 cp-cp-cp 23 25 27
|
||||||
|
45 cp-cp-hc 27 25 26
|
||||||
|
46 cp-cp-cp 17 27 25
|
||||||
|
47 cp-cp-hc 17 27 28
|
||||||
|
48 cp-cp-hc 25 27 28
|
||||||
|
49 c1-c2-c1 4 30 20
|
||||||
|
50 hc-c2-c1 31 30 4
|
||||||
|
51 hc-c2-c1 32 30 4
|
||||||
|
52 hc-c2-c1 31 30 20
|
||||||
|
53 hc-c2-c1 32 30 20
|
||||||
|
54 hc-c2-hc 31 30 32
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp-c1 2 1 3 4
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-hc 5 3 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-c1 11 1 3 4
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-cp 11 1 3 5
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 9 11 1 2
|
||||||
|
6 hc-cp-cp-hc 2 1 11 12
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-cp 3 1 11 9
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-hc 3 1 11 12
|
||||||
|
9 cp-cp-c1-hc 1 3 4 13
|
||||||
|
10 cp-cp-c1-c2 1 3 4 14
|
||||||
|
11 cp-cp-c1-c2 1 3 4 30
|
||||||
|
12 cp-cp-c1-hc 5 3 4 13
|
||||||
|
13 cp-cp-c1-c2 5 3 4 14
|
||||||
|
14 cp-cp-c1-c2 5 3 4 30
|
||||||
|
15 cp-cp-cp-hc 1 3 5 6
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-cp 1 3 5 7
|
||||||
|
17 hc-cp-cp-c1 6 5 3 4
|
||||||
|
18 cp-cp-cp-c1 7 5 3 4
|
||||||
|
19 cp-c1-c2-hc 3 4 14 15
|
||||||
|
20 cp-c1-c2-hc 3 4 14 16
|
||||||
|
21 hc-c1-c2-hc 13 4 14 15
|
||||||
|
22 hc-c1-c2-hc 13 4 14 16
|
||||||
|
23 c2-c1-c2-hc 30 4 14 15
|
||||||
|
24 c2-c1-c2-hc 30 4 14 16
|
||||||
|
25 cp-c1-c2-c1 3 4 30 20
|
||||||
|
26 cp-c1-c2-hc 3 4 30 31
|
||||||
|
27 cp-c1-c2-hc 3 4 30 32
|
||||||
|
28 hc-c1-c2-c1 13 4 30 20
|
||||||
|
29 hc-c1-c2-hc 13 4 30 31
|
||||||
|
30 hc-c1-c2-hc 13 4 30 32
|
||||||
|
31 c2-c1-c2-c1 14 4 30 20
|
||||||
|
32 c2-c1-c2-hc 14 4 30 31
|
||||||
|
33 c2-c1-c2-hc 14 4 30 32
|
||||||
|
34 cp-cp-cp-hc 3 5 7 8
|
||||||
|
35 cp-cp-cp-cp 3 5 7 9
|
||||||
|
36 hc-cp-cp-hc 6 5 7 8
|
||||||
|
37 cp-cp-cp-hc 9 7 5 6
|
||||||
|
38 cp-cp-cp-hc 5 7 9 10
|
||||||
|
39 cp-cp-cp-cp 5 7 9 11
|
||||||
|
40 hc-cp-cp-hc 8 7 9 10
|
||||||
|
41 cp-cp-cp-hc 11 9 7 8
|
||||||
|
42 cp-cp-cp-cp 7 9 11 1
|
||||||
|
43 cp-cp-cp-hc 7 9 11 12
|
||||||
|
44 cp-cp-cp-hc 1 11 9 10
|
||||||
|
45 hc-cp-cp-hc 10 9 11 12
|
||||||
|
46 hc-cp-cp-c1 18 17 19 20
|
||||||
|
47 cp-cp-cp-hc 21 19 17 18
|
||||||
|
48 cp-cp-cp-c1 27 17 19 20
|
||||||
|
49 cp-cp-cp-cp 27 17 19 21
|
||||||
|
50 cp-cp-cp-hc 25 27 17 18
|
||||||
|
51 hc-cp-cp-hc 18 17 27 28
|
||||||
|
52 cp-cp-cp-cp 19 17 27 25
|
||||||
|
53 cp-cp-cp-hc 19 17 27 28
|
||||||
|
54 cp-cp-c1-hc 17 19 20 29
|
||||||
|
55 cp-cp-c1-c2 17 19 20 30
|
||||||
|
56 cp-cp-c1-hc 21 19 20 29
|
||||||
|
57 cp-cp-c1-c2 21 19 20 30
|
||||||
|
58 cp-cp-cp-hc 17 19 21 22
|
||||||
|
59 cp-cp-cp-cp 17 19 21 23
|
||||||
|
60 hc-cp-cp-c1 22 21 19 20
|
||||||
|
61 cp-cp-cp-c1 23 21 19 20
|
||||||
|
62 cp-c1-c2-c1 19 20 30 4
|
||||||
|
63 cp-c1-c2-hc 19 20 30 31
|
||||||
|
64 cp-c1-c2-hc 19 20 30 32
|
||||||
|
65 hc-c1-c2-c1 29 20 30 4
|
||||||
|
66 hc-c1-c2-hc 29 20 30 31
|
||||||
|
67 hc-c1-c2-hc 29 20 30 32
|
||||||
|
68 cp-cp-cp-hc 19 21 23 24
|
||||||
|
69 cp-cp-cp-cp 19 21 23 25
|
||||||
|
70 hc-cp-cp-hc 22 21 23 24
|
||||||
|
71 cp-cp-cp-hc 25 23 21 22
|
||||||
|
72 cp-cp-cp-hc 21 23 25 26
|
||||||
|
73 cp-cp-cp-cp 21 23 25 27
|
||||||
|
74 hc-cp-cp-hc 24 23 25 26
|
||||||
|
75 cp-cp-cp-hc 27 25 23 24
|
||||||
|
76 cp-cp-cp-cp 23 25 27 17
|
||||||
|
77 cp-cp-cp-hc 23 25 27 28
|
||||||
|
78 cp-cp-cp-hc 17 27 25 26
|
||||||
|
79 hc-cp-cp-hc 26 25 27 28
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-cp-hc 3 1 11 2
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-c1 1 3 5 4
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-hc 3 5 7 6
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-hc 5 7 9 8
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 7 9 11 10
|
||||||
|
6 cp-cp-cp-hc 1 11 9 12
|
||||||
|
7 hc-c2-hc-c1 15 14 16 4
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-hc 19 17 27 18
|
||||||
|
9 cp-cp-cp-c1 17 19 21 20
|
||||||
|
10 cp-c1-hc-c2 19 20 29 30
|
||||||
|
11 cp-cp-cp-hc 19 21 23 22
|
||||||
|
12 cp-cp-cp-hc 21 23 25 24
|
||||||
|
13 cp-cp-cp-hc 23 25 27 26
|
||||||
|
14 cp-cp-cp-hc 17 27 25 28
|
||||||
@ -1,284 +0,0 @@
|
|||||||
2styrene_unreacted
|
|
||||||
|
|
||||||
32 atoms
|
|
||||||
32 bonds
|
|
||||||
48 angles
|
|
||||||
64 dihedrals
|
|
||||||
16 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 2
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 3
|
|
||||||
5 1
|
|
||||||
6 2
|
|
||||||
7 1
|
|
||||||
8 2
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 1
|
|
||||||
12 2
|
|
||||||
13 2
|
|
||||||
14 4
|
|
||||||
15 2
|
|
||||||
16 2
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 2
|
|
||||||
19 1
|
|
||||||
20 3
|
|
||||||
21 1
|
|
||||||
22 2
|
|
||||||
23 1
|
|
||||||
24 2
|
|
||||||
25 1
|
|
||||||
26 2
|
|
||||||
27 1
|
|
||||||
28 2
|
|
||||||
29 2
|
|
||||||
30 4
|
|
||||||
31 2
|
|
||||||
32 2
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.129000
|
|
||||||
2 0.123700
|
|
||||||
3 0.026600
|
|
||||||
4 -0.018200
|
|
||||||
5 -0.129000
|
|
||||||
6 0.123700
|
|
||||||
7 -0.173400
|
|
||||||
8 0.140300
|
|
||||||
9 -0.113400
|
|
||||||
10 0.128800
|
|
||||||
11 -0.173400
|
|
||||||
12 0.140300
|
|
||||||
13 0.051600
|
|
||||||
14 -0.069600
|
|
||||||
15 0.035400
|
|
||||||
16 0.035400
|
|
||||||
17 -0.129000
|
|
||||||
18 0.123700
|
|
||||||
19 0.026600
|
|
||||||
20 -0.018200
|
|
||||||
21 -0.129000
|
|
||||||
22 0.123700
|
|
||||||
23 -0.173400
|
|
||||||
24 0.140300
|
|
||||||
25 -0.113400
|
|
||||||
26 0.128800
|
|
||||||
27 -0.173400
|
|
||||||
28 0.140300
|
|
||||||
29 0.051600
|
|
||||||
30 -0.069600
|
|
||||||
31 0.035400
|
|
||||||
32 0.035400
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 13.465815 0.682534 -1.658941
|
|
||||||
2 14.397816 1.221534 -1.658941
|
|
||||||
3 12.235815 1.392534 -1.658941
|
|
||||||
4 12.235815 2.892534 -1.658941
|
|
||||||
5 11.005816 0.682534 -1.658941
|
|
||||||
6 10.073815 1.221534 -1.658941
|
|
||||||
7 11.005816 -0.737466 -1.658941
|
|
||||||
8 10.073815 -1.276465 -1.658941
|
|
||||||
9 12.235815 -1.447465 -1.658941
|
|
||||||
10 12.235815 -2.524465 -1.658941
|
|
||||||
11 13.465815 -0.737466 -1.658941
|
|
||||||
12 14.397816 -1.276465 -1.658941
|
|
||||||
13 13.101815 3.297535 -1.301941
|
|
||||||
14 10.957815 3.441535 -2.220941
|
|
||||||
15 11.007814 4.183536 -2.319941
|
|
||||||
16 10.314816 2.618534 -2.514940
|
|
||||||
17 18.663515 0.855482 -1.372128
|
|
||||||
18 19.595514 1.394482 -1.372128
|
|
||||||
19 17.433512 1.565481 -1.372128
|
|
||||||
20 17.433512 3.065482 -1.372128
|
|
||||||
21 16.203512 0.855482 -1.372128
|
|
||||||
22 15.271511 1.394482 -1.372128
|
|
||||||
23 16.203512 -0.564518 -1.372128
|
|
||||||
24 15.271511 -1.103518 -1.372128
|
|
||||||
25 17.433512 -1.274518 -1.372128
|
|
||||||
26 17.433512 -2.351518 -1.372128
|
|
||||||
27 18.663515 -0.564518 -1.372128
|
|
||||||
28 19.595514 -1.103518 -1.372128
|
|
||||||
29 18.299513 3.470482 -1.015128
|
|
||||||
30 16.155512 3.614482 -1.934128
|
|
||||||
31 16.205513 4.356482 -2.033128
|
|
||||||
32 15.512512 2.791482 -2.228127
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 1 2
|
|
||||||
2 2 1 3
|
|
||||||
3 2 1 11
|
|
||||||
4 3 3 4
|
|
||||||
5 2 3 5
|
|
||||||
6 4 13 4
|
|
||||||
7 5 4 14
|
|
||||||
8 1 5 6
|
|
||||||
9 2 5 7
|
|
||||||
10 1 7 8
|
|
||||||
11 2 7 9
|
|
||||||
12 1 9 10
|
|
||||||
13 2 9 11
|
|
||||||
14 1 11 12
|
|
||||||
15 6 15 14
|
|
||||||
16 6 16 14
|
|
||||||
17 1 17 18
|
|
||||||
18 2 17 19
|
|
||||||
19 2 17 27
|
|
||||||
20 3 19 20
|
|
||||||
21 2 19 21
|
|
||||||
22 4 29 20
|
|
||||||
23 5 20 30
|
|
||||||
24 1 21 22
|
|
||||||
25 2 21 23
|
|
||||||
26 1 23 24
|
|
||||||
27 2 23 25
|
|
||||||
28 1 25 26
|
|
||||||
29 2 25 27
|
|
||||||
30 1 27 28
|
|
||||||
31 6 31 30
|
|
||||||
32 6 32 30
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 2
|
|
||||||
2 1 11 1 2
|
|
||||||
3 2 3 1 11
|
|
||||||
4 3 1 3 4
|
|
||||||
5 2 1 3 5
|
|
||||||
6 3 5 3 4
|
|
||||||
7 4 3 4 13
|
|
||||||
8 5 3 4 14
|
|
||||||
9 6 13 4 14
|
|
||||||
10 1 3 5 6
|
|
||||||
11 2 3 5 7
|
|
||||||
12 1 7 5 6
|
|
||||||
13 1 5 7 8
|
|
||||||
14 2 5 7 9
|
|
||||||
15 1 9 7 8
|
|
||||||
16 1 7 9 10
|
|
||||||
17 2 7 9 11
|
|
||||||
18 1 11 9 10
|
|
||||||
19 2 1 11 9
|
|
||||||
20 1 1 11 12
|
|
||||||
21 1 9 11 12
|
|
||||||
22 7 15 14 4
|
|
||||||
23 7 16 14 4
|
|
||||||
24 8 15 14 16
|
|
||||||
25 1 19 17 18
|
|
||||||
26 1 27 17 18
|
|
||||||
27 2 19 17 27
|
|
||||||
28 3 17 19 20
|
|
||||||
29 2 17 19 21
|
|
||||||
30 3 21 19 20
|
|
||||||
31 4 19 20 29
|
|
||||||
32 5 19 20 30
|
|
||||||
33 6 29 20 30
|
|
||||||
34 1 19 21 22
|
|
||||||
35 2 19 21 23
|
|
||||||
36 1 23 21 22
|
|
||||||
37 1 21 23 24
|
|
||||||
38 2 21 23 25
|
|
||||||
39 1 25 23 24
|
|
||||||
40 1 23 25 26
|
|
||||||
41 2 23 25 27
|
|
||||||
42 1 27 25 26
|
|
||||||
43 2 17 27 25
|
|
||||||
44 1 17 27 28
|
|
||||||
45 1 25 27 28
|
|
||||||
46 7 31 30 20
|
|
||||||
47 7 32 30 20
|
|
||||||
48 8 31 30 32
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 2 1 3 4
|
|
||||||
2 2 5 3 1 2
|
|
||||||
3 3 11 1 3 4
|
|
||||||
4 4 11 1 3 5
|
|
||||||
5 2 9 11 1 2
|
|
||||||
6 5 2 1 11 12
|
|
||||||
7 4 3 1 11 9
|
|
||||||
8 2 3 1 11 12
|
|
||||||
9 6 1 3 4 13
|
|
||||||
10 7 1 3 4 14
|
|
||||||
11 6 5 3 4 13
|
|
||||||
12 7 5 3 4 14
|
|
||||||
13 2 1 3 5 6
|
|
||||||
14 4 1 3 5 7
|
|
||||||
15 1 6 5 3 4
|
|
||||||
16 3 7 5 3 4
|
|
||||||
17 8 3 4 14 15
|
|
||||||
18 8 3 4 14 16
|
|
||||||
19 9 13 4 14 15
|
|
||||||
20 9 13 4 14 16
|
|
||||||
21 2 3 5 7 8
|
|
||||||
22 4 3 5 7 9
|
|
||||||
23 5 6 5 7 8
|
|
||||||
24 2 9 7 5 6
|
|
||||||
25 2 5 7 9 10
|
|
||||||
26 4 5 7 9 11
|
|
||||||
27 5 8 7 9 10
|
|
||||||
28 2 11 9 7 8
|
|
||||||
29 4 7 9 11 1
|
|
||||||
30 2 7 9 11 12
|
|
||||||
31 2 1 11 9 10
|
|
||||||
32 5 10 9 11 12
|
|
||||||
33 1 18 17 19 20
|
|
||||||
34 2 21 19 17 18
|
|
||||||
35 3 27 17 19 20
|
|
||||||
36 4 27 17 19 21
|
|
||||||
37 2 25 27 17 18
|
|
||||||
38 5 18 17 27 28
|
|
||||||
39 4 19 17 27 25
|
|
||||||
40 2 19 17 27 28
|
|
||||||
41 6 17 19 20 29
|
|
||||||
42 7 17 19 20 30
|
|
||||||
43 6 21 19 20 29
|
|
||||||
44 7 21 19 20 30
|
|
||||||
45 2 17 19 21 22
|
|
||||||
46 4 17 19 21 23
|
|
||||||
47 1 22 21 19 20
|
|
||||||
48 3 23 21 19 20
|
|
||||||
49 8 19 20 30 31
|
|
||||||
50 8 19 20 30 32
|
|
||||||
51 9 29 20 30 31
|
|
||||||
52 9 29 20 30 32
|
|
||||||
53 2 19 21 23 24
|
|
||||||
54 4 19 21 23 25
|
|
||||||
55 5 22 21 23 24
|
|
||||||
56 2 25 23 21 22
|
|
||||||
57 2 21 23 25 26
|
|
||||||
58 4 21 23 25 27
|
|
||||||
59 5 24 23 25 26
|
|
||||||
60 2 27 25 23 24
|
|
||||||
61 4 23 25 27 17
|
|
||||||
62 2 23 25 27 28
|
|
||||||
63 2 17 27 25 26
|
|
||||||
64 5 26 25 27 28
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 11 2
|
|
||||||
2 2 1 3 5 4
|
|
||||||
3 3 3 4 13 14
|
|
||||||
4 1 3 5 7 6
|
|
||||||
5 1 5 7 9 8
|
|
||||||
6 1 7 9 11 10
|
|
||||||
7 1 1 11 9 12
|
|
||||||
8 4 15 14 16 4
|
|
||||||
9 1 19 17 27 18
|
|
||||||
10 2 17 19 21 20
|
|
||||||
11 3 19 20 29 30
|
|
||||||
12 1 19 21 23 22
|
|
||||||
13 1 21 23 25 24
|
|
||||||
14 1 23 25 27 26
|
|
||||||
15 1 17 27 25 28
|
|
||||||
16 4 31 30 32 20
|
|
||||||
@ -0,0 +1,319 @@
|
|||||||
|
2styrene_unreacted
|
||||||
|
|
||||||
|
32 atoms
|
||||||
|
32 bonds
|
||||||
|
48 angles
|
||||||
|
64 dihedrals
|
||||||
|
16 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 13.465814590 0.682534277 -1.658940911
|
||||||
|
2 14.397815704 1.221534133 -1.658940911
|
||||||
|
3 12.235815048 1.392534137 -1.658940911
|
||||||
|
4 12.235815048 2.892534256 -1.658940911
|
||||||
|
5 11.005815506 0.682534277 -1.658940911
|
||||||
|
6 10.073815346 1.221534133 -1.658940911
|
||||||
|
7 11.005815506 -0.737465739 -1.658940911
|
||||||
|
8 10.073815346 -1.276464581 -1.658940911
|
||||||
|
9 12.235815048 -1.447464824 -1.658940911
|
||||||
|
10 12.235815048 -2.524465084 -1.658940911
|
||||||
|
11 13.465814590 -0.737465739 -1.658940911
|
||||||
|
12 14.397815704 -1.276464581 -1.658940911
|
||||||
|
13 13.101815224 3.297534943 -1.301940918
|
||||||
|
14 10.957815170 3.441534996 -2.220940590
|
||||||
|
15 11.007814407 4.183535576 -2.319940567
|
||||||
|
16 10.314815521 2.618533611 -2.514940262
|
||||||
|
17 18.663515091 0.855481565 -1.372127652
|
||||||
|
18 19.595514297 1.394481659 -1.372127652
|
||||||
|
19 17.433511734 1.565481424 -1.372127652
|
||||||
|
20 17.433511734 3.065481663 -1.372127652
|
||||||
|
21 16.203512192 0.855481565 -1.372127652
|
||||||
|
22 15.271511078 1.394481659 -1.372127652
|
||||||
|
23 16.203512192 -0.564518392 -1.372127652
|
||||||
|
24 15.271511078 -1.103518248 -1.372127652
|
||||||
|
25 17.433511734 -1.274518251 -1.372127652
|
||||||
|
26 17.433511734 -2.351518154 -1.372127652
|
||||||
|
27 18.663515091 -0.564518392 -1.372127652
|
||||||
|
28 19.595514297 -1.103518248 -1.372127652
|
||||||
|
29 18.299512863 3.470481873 -1.015127659
|
||||||
|
30 16.155511856 3.614481926 -1.934127688
|
||||||
|
31 16.205513000 4.356481552 -2.033127785
|
||||||
|
32 15.512512207 2.791481972 -2.228127480
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp
|
||||||
|
2 hc
|
||||||
|
3 cp
|
||||||
|
4 c=1
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 cp
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 cp
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 cp
|
||||||
|
12 hc
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 c=
|
||||||
|
15 hc
|
||||||
|
16 hc
|
||||||
|
17 cp
|
||||||
|
18 hc
|
||||||
|
19 cp
|
||||||
|
20 c=1
|
||||||
|
21 cp
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 cp
|
||||||
|
24 hc
|
||||||
|
25 cp
|
||||||
|
26 hc
|
||||||
|
27 cp
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 c=
|
||||||
|
31 hc
|
||||||
|
32 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.129000
|
||||||
|
2 0.123700
|
||||||
|
3 0.026600
|
||||||
|
4 -0.018200
|
||||||
|
5 -0.129000
|
||||||
|
6 0.123700
|
||||||
|
7 -0.173400
|
||||||
|
8 0.140300
|
||||||
|
9 -0.113400
|
||||||
|
10 0.128800
|
||||||
|
11 -0.173400
|
||||||
|
12 0.140300
|
||||||
|
13 0.051600
|
||||||
|
14 -0.069600
|
||||||
|
15 0.035400
|
||||||
|
16 0.035400
|
||||||
|
17 -0.129000
|
||||||
|
18 0.123700
|
||||||
|
19 0.026600
|
||||||
|
20 -0.018200
|
||||||
|
21 -0.129000
|
||||||
|
22 0.123700
|
||||||
|
23 -0.173400
|
||||||
|
24 0.140300
|
||||||
|
25 -0.113400
|
||||||
|
26 0.128800
|
||||||
|
27 -0.173400
|
||||||
|
28 0.140300
|
||||||
|
29 0.051600
|
||||||
|
30 -0.069600
|
||||||
|
31 0.035400
|
||||||
|
32 0.035400
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
32 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-hc 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp 1 3
|
||||||
|
3 cp-cp 1 11
|
||||||
|
4 cp-c=1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp 3 5
|
||||||
|
6 hc-c=1 13 4
|
||||||
|
7 c=1-c= 4 14
|
||||||
|
8 cp-hc 5 6
|
||||||
|
9 cp-cp 5 7
|
||||||
|
10 cp-hc 7 8
|
||||||
|
11 cp-cp 7 9
|
||||||
|
12 cp-hc 9 10
|
||||||
|
13 cp-cp 9 11
|
||||||
|
14 cp-hc 11 12
|
||||||
|
15 hc-c= 15 14
|
||||||
|
16 hc-c= 16 14
|
||||||
|
17 cp-hc 17 18
|
||||||
|
18 cp-cp 17 19
|
||||||
|
19 cp-cp 17 27
|
||||||
|
20 cp-c=1 19 20
|
||||||
|
21 cp-cp 19 21
|
||||||
|
22 hc-c=1 29 20
|
||||||
|
23 c=1-c= 20 30
|
||||||
|
24 cp-hc 21 22
|
||||||
|
25 cp-cp 21 23
|
||||||
|
26 cp-hc 23 24
|
||||||
|
27 cp-cp 23 25
|
||||||
|
28 cp-hc 25 26
|
||||||
|
29 cp-cp 25 27
|
||||||
|
30 cp-hc 27 28
|
||||||
|
31 hc-c= 31 30
|
||||||
|
32 hc-c= 32 30
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-hc 3 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp-hc 11 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp 3 1 11
|
||||||
|
4 cp-cp-c=1 1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp-cp 1 3 5
|
||||||
|
6 cp-cp-c=1 5 3 4
|
||||||
|
7 cp-c=1-hc 3 4 13
|
||||||
|
8 cp-c=1-c= 3 4 14
|
||||||
|
9 hc-c=1-c= 13 4 14
|
||||||
|
10 cp-cp-hc 3 5 6
|
||||||
|
11 cp-cp-cp 3 5 7
|
||||||
|
12 cp-cp-hc 7 5 6
|
||||||
|
13 cp-cp-hc 5 7 8
|
||||||
|
14 cp-cp-cp 5 7 9
|
||||||
|
15 cp-cp-hc 9 7 8
|
||||||
|
16 cp-cp-hc 7 9 10
|
||||||
|
17 cp-cp-cp 7 9 11
|
||||||
|
18 cp-cp-hc 11 9 10
|
||||||
|
19 cp-cp-cp 1 11 9
|
||||||
|
20 cp-cp-hc 1 11 12
|
||||||
|
21 cp-cp-hc 9 11 12
|
||||||
|
22 hc-c=-c=1 15 14 4
|
||||||
|
23 hc-c=-c=1 16 14 4
|
||||||
|
24 hc-c=-hc 15 14 16
|
||||||
|
25 cp-cp-hc 19 17 18
|
||||||
|
26 cp-cp-hc 27 17 18
|
||||||
|
27 cp-cp-cp 19 17 27
|
||||||
|
28 cp-cp-c=1 17 19 20
|
||||||
|
29 cp-cp-cp 17 19 21
|
||||||
|
30 cp-cp-c=1 21 19 20
|
||||||
|
31 cp-c=1-hc 19 20 29
|
||||||
|
32 cp-c=1-c= 19 20 30
|
||||||
|
33 hc-c=1-c= 29 20 30
|
||||||
|
34 cp-cp-hc 19 21 22
|
||||||
|
35 cp-cp-cp 19 21 23
|
||||||
|
36 cp-cp-hc 23 21 22
|
||||||
|
37 cp-cp-hc 21 23 24
|
||||||
|
38 cp-cp-cp 21 23 25
|
||||||
|
39 cp-cp-hc 25 23 24
|
||||||
|
40 cp-cp-hc 23 25 26
|
||||||
|
41 cp-cp-cp 23 25 27
|
||||||
|
42 cp-cp-hc 27 25 26
|
||||||
|
43 cp-cp-cp 17 27 25
|
||||||
|
44 cp-cp-hc 17 27 28
|
||||||
|
45 cp-cp-hc 25 27 28
|
||||||
|
46 hc-c=-c=1 31 30 20
|
||||||
|
47 hc-c=-c=1 32 30 20
|
||||||
|
48 hc-c=-hc 31 30 32
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp-c=1 2 1 3 4
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-hc 5 3 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-c=1 11 1 3 4
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-cp 11 1 3 5
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 9 11 1 2
|
||||||
|
6 hc-cp-cp-hc 2 1 11 12
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-cp 3 1 11 9
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-hc 3 1 11 12
|
||||||
|
9 cp-cp-c=1-hc 1 3 4 13
|
||||||
|
10 cp-cp-c=1-c= 1 3 4 14
|
||||||
|
11 cp-cp-c=1-hc 5 3 4 13
|
||||||
|
12 cp-cp-c=1-c= 5 3 4 14
|
||||||
|
13 cp-cp-cp-hc 1 3 5 6
|
||||||
|
14 cp-cp-cp-cp 1 3 5 7
|
||||||
|
15 hc-cp-cp-c=1 6 5 3 4
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-c=1 7 5 3 4
|
||||||
|
17 cp-c=1-c=-hc 3 4 14 15
|
||||||
|
18 cp-c=1-c=-hc 3 4 14 16
|
||||||
|
19 hc-c=1-c=-hc 13 4 14 15
|
||||||
|
20 hc-c=1-c=-hc 13 4 14 16
|
||||||
|
21 cp-cp-cp-hc 3 5 7 8
|
||||||
|
22 cp-cp-cp-cp 3 5 7 9
|
||||||
|
23 hc-cp-cp-hc 6 5 7 8
|
||||||
|
24 cp-cp-cp-hc 9 7 5 6
|
||||||
|
25 cp-cp-cp-hc 5 7 9 10
|
||||||
|
26 cp-cp-cp-cp 5 7 9 11
|
||||||
|
27 hc-cp-cp-hc 8 7 9 10
|
||||||
|
28 cp-cp-cp-hc 11 9 7 8
|
||||||
|
29 cp-cp-cp-cp 7 9 11 1
|
||||||
|
30 cp-cp-cp-hc 7 9 11 12
|
||||||
|
31 cp-cp-cp-hc 1 11 9 10
|
||||||
|
32 hc-cp-cp-hc 10 9 11 12
|
||||||
|
33 hc-cp-cp-c=1 18 17 19 20
|
||||||
|
34 cp-cp-cp-hc 21 19 17 18
|
||||||
|
35 cp-cp-cp-c=1 27 17 19 20
|
||||||
|
36 cp-cp-cp-cp 27 17 19 21
|
||||||
|
37 cp-cp-cp-hc 25 27 17 18
|
||||||
|
38 hc-cp-cp-hc 18 17 27 28
|
||||||
|
39 cp-cp-cp-cp 19 17 27 25
|
||||||
|
40 cp-cp-cp-hc 19 17 27 28
|
||||||
|
41 cp-cp-c=1-hc 17 19 20 29
|
||||||
|
42 cp-cp-c=1-c= 17 19 20 30
|
||||||
|
43 cp-cp-c=1-hc 21 19 20 29
|
||||||
|
44 cp-cp-c=1-c= 21 19 20 30
|
||||||
|
45 cp-cp-cp-hc 17 19 21 22
|
||||||
|
46 cp-cp-cp-cp 17 19 21 23
|
||||||
|
47 hc-cp-cp-c=1 22 21 19 20
|
||||||
|
48 cp-cp-cp-c=1 23 21 19 20
|
||||||
|
49 cp-c=1-c=-hc 19 20 30 31
|
||||||
|
50 cp-c=1-c=-hc 19 20 30 32
|
||||||
|
51 hc-c=1-c=-hc 29 20 30 31
|
||||||
|
52 hc-c=1-c=-hc 29 20 30 32
|
||||||
|
53 cp-cp-cp-hc 19 21 23 24
|
||||||
|
54 cp-cp-cp-cp 19 21 23 25
|
||||||
|
55 hc-cp-cp-hc 22 21 23 24
|
||||||
|
56 cp-cp-cp-hc 25 23 21 22
|
||||||
|
57 cp-cp-cp-hc 21 23 25 26
|
||||||
|
58 cp-cp-cp-cp 21 23 25 27
|
||||||
|
59 hc-cp-cp-hc 24 23 25 26
|
||||||
|
60 cp-cp-cp-hc 27 25 23 24
|
||||||
|
61 cp-cp-cp-cp 23 25 27 17
|
||||||
|
62 cp-cp-cp-hc 23 25 27 28
|
||||||
|
63 cp-cp-cp-hc 17 27 25 26
|
||||||
|
64 hc-cp-cp-hc 26 25 27 28
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-cp-hc 3 1 11 2
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-c=1 1 3 5 4
|
||||||
|
3 cp-c=1-hc-c= 3 4 13 14
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-hc 3 5 7 6
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 5 7 9 8
|
||||||
|
6 cp-cp-cp-hc 7 9 11 10
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-hc 1 11 9 12
|
||||||
|
8 hc-c=-hc-c=1 15 14 16 4
|
||||||
|
9 cp-cp-cp-hc 19 17 27 18
|
||||||
|
10 cp-cp-cp-c=1 17 19 21 20
|
||||||
|
11 cp-c=1-hc-c= 19 20 29 30
|
||||||
|
12 cp-cp-cp-hc 19 21 23 22
|
||||||
|
13 cp-cp-cp-hc 21 23 25 24
|
||||||
|
14 cp-cp-cp-hc 23 25 27 26
|
||||||
|
15 cp-cp-cp-hc 17 27 25 28
|
||||||
|
16 hc-c=-hc-c=1 31 30 32 20
|
||||||
@ -1,497 +0,0 @@
|
|||||||
chain_chain_reacted
|
|
||||||
|
|
||||||
50 atoms
|
|
||||||
52 bonds
|
|
||||||
90 angles
|
|
||||||
135 dihedrals
|
|
||||||
42 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 2
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 5
|
|
||||||
5 1
|
|
||||||
6 2
|
|
||||||
7 1
|
|
||||||
8 2
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 1
|
|
||||||
12 2
|
|
||||||
13 2
|
|
||||||
14 6
|
|
||||||
15 2
|
|
||||||
16 2
|
|
||||||
17 5
|
|
||||||
18 6
|
|
||||||
19 2
|
|
||||||
20 2
|
|
||||||
21 1
|
|
||||||
22 2
|
|
||||||
23 1
|
|
||||||
24 5
|
|
||||||
25 1
|
|
||||||
26 2
|
|
||||||
27 1
|
|
||||||
28 2
|
|
||||||
29 1
|
|
||||||
30 2
|
|
||||||
31 1
|
|
||||||
32 2
|
|
||||||
33 2
|
|
||||||
34 6
|
|
||||||
35 1
|
|
||||||
36 2
|
|
||||||
37 1
|
|
||||||
38 5
|
|
||||||
39 1
|
|
||||||
40 2
|
|
||||||
41 1
|
|
||||||
42 2
|
|
||||||
43 1
|
|
||||||
44 2
|
|
||||||
45 1
|
|
||||||
46 2
|
|
||||||
47 2
|
|
||||||
48 6
|
|
||||||
49 2
|
|
||||||
50 2
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.129000
|
|
||||||
2 0.123700
|
|
||||||
3 0.026600
|
|
||||||
4 -0.018200
|
|
||||||
5 -0.129000
|
|
||||||
6 0.123700
|
|
||||||
7 -0.173400
|
|
||||||
8 0.140300
|
|
||||||
9 -0.113400
|
|
||||||
10 0.128800
|
|
||||||
11 -0.173400
|
|
||||||
12 0.140300
|
|
||||||
13 0.051600
|
|
||||||
14 -0.069600
|
|
||||||
15 0.035400
|
|
||||||
16 0.035400
|
|
||||||
17 -0.018200
|
|
||||||
18 -0.069600
|
|
||||||
19 0.035400
|
|
||||||
20 0.035400
|
|
||||||
21 -0.129000
|
|
||||||
22 0.123700
|
|
||||||
23 0.026600
|
|
||||||
24 -0.018200
|
|
||||||
25 -0.129000
|
|
||||||
26 0.123700
|
|
||||||
27 -0.173400
|
|
||||||
28 0.140300
|
|
||||||
29 -0.113400
|
|
||||||
30 0.128800
|
|
||||||
31 -0.173400
|
|
||||||
32 0.140300
|
|
||||||
33 0.051600
|
|
||||||
34 -0.069600
|
|
||||||
35 -0.129000
|
|
||||||
36 0.123700
|
|
||||||
37 0.026600
|
|
||||||
38 -0.018200
|
|
||||||
39 -0.129000
|
|
||||||
40 0.123700
|
|
||||||
41 -0.173400
|
|
||||||
42 0.140300
|
|
||||||
43 -0.113400
|
|
||||||
44 0.128800
|
|
||||||
45 -0.173400
|
|
||||||
46 0.140300
|
|
||||||
47 0.051600
|
|
||||||
48 -0.069600
|
|
||||||
49 0.035400
|
|
||||||
50 0.035400
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 24.391510 0.871570 -1.658940
|
|
||||||
2 25.323530 1.410570 -1.658940
|
|
||||||
3 23.161520 1.581570 -1.658940
|
|
||||||
4 23.161520 3.081570 -1.658940
|
|
||||||
5 21.931530 0.871570 -1.658940
|
|
||||||
6 20.999531 1.410570 -1.658940
|
|
||||||
7 21.931530 -0.548430 -1.658940
|
|
||||||
8 20.999531 -1.087420 -1.658940
|
|
||||||
9 23.161520 -1.258420 -1.658940
|
|
||||||
10 23.161520 -2.335430 -1.658940
|
|
||||||
11 24.391510 -0.548430 -1.658940
|
|
||||||
12 25.323530 -1.087420 -1.658940
|
|
||||||
13 24.027519 3.486570 -1.301940
|
|
||||||
14 21.883520 3.630570 -2.220940
|
|
||||||
15 21.933510 4.372580 -2.319940
|
|
||||||
16 21.240520 2.807570 -2.514940
|
|
||||||
17 28.359209 3.254520 -1.372130
|
|
||||||
18 27.081209 3.803520 -1.934130
|
|
||||||
19 27.131210 4.545520 -2.033130
|
|
||||||
20 26.438219 2.980520 -2.228130
|
|
||||||
21 13.465810 0.682530 -1.658940
|
|
||||||
22 14.397820 1.221530 -1.658940
|
|
||||||
23 12.235820 1.392530 -1.658940
|
|
||||||
24 12.235820 2.892530 -1.658940
|
|
||||||
25 11.005820 0.682530 -1.658940
|
|
||||||
26 10.073820 1.221530 -1.658940
|
|
||||||
27 11.005820 -0.737470 -1.658940
|
|
||||||
28 10.073820 -1.276460 -1.658940
|
|
||||||
29 12.235820 -1.447460 -1.658940
|
|
||||||
30 12.235820 -2.524470 -1.658940
|
|
||||||
31 13.465810 -0.737470 -1.658940
|
|
||||||
32 14.397820 -1.276460 -1.658940
|
|
||||||
33 13.101820 3.297530 -1.301940
|
|
||||||
34 10.957820 3.441530 -2.220940
|
|
||||||
35 18.663521 0.855480 -1.372130
|
|
||||||
36 19.595510 1.394480 -1.372130
|
|
||||||
37 17.433510 1.565480 -1.372130
|
|
||||||
38 17.433510 3.065480 -1.372130
|
|
||||||
39 16.203510 0.855480 -1.372130
|
|
||||||
40 15.271510 1.394480 -1.372130
|
|
||||||
41 16.203510 -0.564520 -1.372130
|
|
||||||
42 15.271510 -1.103520 -1.372130
|
|
||||||
43 17.433510 -1.274520 -1.372130
|
|
||||||
44 17.433510 -2.351520 -1.372130
|
|
||||||
45 18.663521 -0.564520 -1.372130
|
|
||||||
46 19.595510 -1.103520 -1.372130
|
|
||||||
47 18.299509 3.470480 -1.015130
|
|
||||||
48 16.155510 3.614480 -1.934130
|
|
||||||
49 16.205509 4.356480 -2.033130
|
|
||||||
50 15.512510 2.791480 -2.228130
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 1 2
|
|
||||||
2 2 1 3
|
|
||||||
3 2 1 11
|
|
||||||
4 7 3 4
|
|
||||||
5 2 3 5
|
|
||||||
6 8 13 4
|
|
||||||
7 9 4 14
|
|
||||||
8 9 4 18
|
|
||||||
9 1 5 6
|
|
||||||
10 2 5 7
|
|
||||||
11 1 7 8
|
|
||||||
12 2 7 9
|
|
||||||
13 1 9 10
|
|
||||||
14 2 9 11
|
|
||||||
15 1 11 12
|
|
||||||
16 10 15 14
|
|
||||||
17 10 16 14
|
|
||||||
18 9 38 14
|
|
||||||
19 9 17 18
|
|
||||||
20 10 19 18
|
|
||||||
21 10 20 18
|
|
||||||
22 1 21 22
|
|
||||||
23 2 21 23
|
|
||||||
24 2 21 31
|
|
||||||
25 7 23 24
|
|
||||||
26 2 23 25
|
|
||||||
27 8 33 24
|
|
||||||
28 9 24 34
|
|
||||||
29 9 24 48
|
|
||||||
30 1 25 26
|
|
||||||
31 2 25 27
|
|
||||||
32 1 27 28
|
|
||||||
33 2 27 29
|
|
||||||
34 1 29 30
|
|
||||||
35 2 29 31
|
|
||||||
36 1 31 32
|
|
||||||
37 1 35 36
|
|
||||||
38 2 35 37
|
|
||||||
39 2 35 45
|
|
||||||
40 7 37 38
|
|
||||||
41 2 37 39
|
|
||||||
42 8 47 38
|
|
||||||
43 9 38 48
|
|
||||||
44 1 39 40
|
|
||||||
45 2 39 41
|
|
||||||
46 1 41 42
|
|
||||||
47 2 41 43
|
|
||||||
48 1 43 44
|
|
||||||
49 2 43 45
|
|
||||||
50 1 45 46
|
|
||||||
51 10 49 48
|
|
||||||
52 10 50 48
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 2
|
|
||||||
2 1 11 1 2
|
|
||||||
3 2 3 1 11
|
|
||||||
4 9 1 3 4
|
|
||||||
5 2 1 3 5
|
|
||||||
6 9 5 3 4
|
|
||||||
7 10 3 4 13
|
|
||||||
8 11 3 4 14
|
|
||||||
9 11 3 4 18
|
|
||||||
10 12 13 4 14
|
|
||||||
11 12 13 4 18
|
|
||||||
12 13 14 4 18
|
|
||||||
13 1 3 5 6
|
|
||||||
14 2 3 5 7
|
|
||||||
15 1 7 5 6
|
|
||||||
16 1 5 7 8
|
|
||||||
17 2 5 7 9
|
|
||||||
18 1 9 7 8
|
|
||||||
19 1 7 9 10
|
|
||||||
20 2 7 9 11
|
|
||||||
21 1 11 9 10
|
|
||||||
22 2 1 11 9
|
|
||||||
23 1 1 11 12
|
|
||||||
24 1 9 11 12
|
|
||||||
25 14 15 14 4
|
|
||||||
26 14 16 14 4
|
|
||||||
27 16 4 14 38
|
|
||||||
28 15 15 14 16
|
|
||||||
29 14 15 14 38
|
|
||||||
30 14 16 14 38
|
|
||||||
31 16 4 18 17
|
|
||||||
32 14 19 18 4
|
|
||||||
33 14 20 18 4
|
|
||||||
34 14 19 18 17
|
|
||||||
35 14 20 18 17
|
|
||||||
36 15 19 18 20
|
|
||||||
37 1 23 21 22
|
|
||||||
38 1 31 21 22
|
|
||||||
39 2 23 21 31
|
|
||||||
40 9 21 23 24
|
|
||||||
41 2 21 23 25
|
|
||||||
42 9 25 23 24
|
|
||||||
43 10 23 24 33
|
|
||||||
44 11 23 24 34
|
|
||||||
45 11 23 24 48
|
|
||||||
46 12 33 24 34
|
|
||||||
47 12 33 24 48
|
|
||||||
48 13 34 24 48
|
|
||||||
49 1 23 25 26
|
|
||||||
50 2 23 25 27
|
|
||||||
51 1 27 25 26
|
|
||||||
52 1 25 27 28
|
|
||||||
53 2 25 27 29
|
|
||||||
54 1 29 27 28
|
|
||||||
55 1 27 29 30
|
|
||||||
56 2 27 29 31
|
|
||||||
57 1 31 29 30
|
|
||||||
58 2 21 31 29
|
|
||||||
59 1 21 31 32
|
|
||||||
60 1 29 31 32
|
|
||||||
61 1 37 35 36
|
|
||||||
62 1 45 35 36
|
|
||||||
63 2 37 35 45
|
|
||||||
64 9 35 37 38
|
|
||||||
65 2 35 37 39
|
|
||||||
66 9 39 37 38
|
|
||||||
67 11 37 38 14
|
|
||||||
68 12 47 38 14
|
|
||||||
69 13 14 38 48
|
|
||||||
70 10 37 38 47
|
|
||||||
71 11 37 38 48
|
|
||||||
72 12 47 38 48
|
|
||||||
73 1 37 39 40
|
|
||||||
74 2 37 39 41
|
|
||||||
75 1 41 39 40
|
|
||||||
76 1 39 41 42
|
|
||||||
77 2 39 41 43
|
|
||||||
78 1 43 41 42
|
|
||||||
79 1 41 43 44
|
|
||||||
80 2 41 43 45
|
|
||||||
81 1 45 43 44
|
|
||||||
82 2 35 45 43
|
|
||||||
83 1 35 45 46
|
|
||||||
84 1 43 45 46
|
|
||||||
85 16 24 48 38
|
|
||||||
86 14 49 48 24
|
|
||||||
87 14 50 48 24
|
|
||||||
88 14 49 48 38
|
|
||||||
89 14 50 48 38
|
|
||||||
90 15 49 48 50
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 10 2 1 3 4
|
|
||||||
2 2 5 3 1 2
|
|
||||||
3 11 11 1 3 4
|
|
||||||
4 4 11 1 3 5
|
|
||||||
5 2 9 11 1 2
|
|
||||||
6 5 2 1 11 12
|
|
||||||
7 4 3 1 11 9
|
|
||||||
8 2 3 1 11 12
|
|
||||||
9 12 1 3 4 13
|
|
||||||
10 13 1 3 4 14
|
|
||||||
11 13 1 3 4 18
|
|
||||||
12 12 5 3 4 13
|
|
||||||
13 13 5 3 4 14
|
|
||||||
14 13 5 3 4 18
|
|
||||||
15 2 1 3 5 6
|
|
||||||
16 4 1 3 5 7
|
|
||||||
17 10 6 5 3 4
|
|
||||||
18 11 7 5 3 4
|
|
||||||
19 14 3 4 14 15
|
|
||||||
20 14 3 4 14 16
|
|
||||||
21 17 3 4 14 38
|
|
||||||
22 15 13 4 14 15
|
|
||||||
23 15 13 4 14 16
|
|
||||||
24 18 13 4 14 38
|
|
||||||
25 16 18 4 14 15
|
|
||||||
26 16 18 4 14 16
|
|
||||||
27 19 18 4 14 38
|
|
||||||
28 17 3 4 18 17
|
|
||||||
29 14 3 4 18 19
|
|
||||||
30 14 3 4 18 20
|
|
||||||
31 18 13 4 18 17
|
|
||||||
32 15 13 4 18 19
|
|
||||||
33 15 13 4 18 20
|
|
||||||
34 19 14 4 18 17
|
|
||||||
35 16 14 4 18 19
|
|
||||||
36 16 14 4 18 20
|
|
||||||
37 2 3 5 7 8
|
|
||||||
38 4 3 5 7 9
|
|
||||||
39 5 6 5 7 8
|
|
||||||
40 2 9 7 5 6
|
|
||||||
41 2 5 7 9 10
|
|
||||||
42 4 5 7 9 11
|
|
||||||
43 5 8 7 9 10
|
|
||||||
44 2 11 9 7 8
|
|
||||||
45 4 7 9 11 1
|
|
||||||
46 2 7 9 11 12
|
|
||||||
47 2 1 11 9 10
|
|
||||||
48 5 10 9 11 12
|
|
||||||
49 17 37 38 14 4
|
|
||||||
50 18 47 38 14 4
|
|
||||||
51 19 48 38 14 4
|
|
||||||
52 14 37 38 14 15
|
|
||||||
53 15 47 38 14 15
|
|
||||||
54 16 48 38 14 15
|
|
||||||
55 14 37 38 14 16
|
|
||||||
56 15 47 38 14 16
|
|
||||||
57 16 48 38 14 16
|
|
||||||
58 10 22 21 23 24
|
|
||||||
59 2 25 23 21 22
|
|
||||||
60 11 31 21 23 24
|
|
||||||
61 4 31 21 23 25
|
|
||||||
62 2 29 31 21 22
|
|
||||||
63 5 22 21 31 32
|
|
||||||
64 4 23 21 31 29
|
|
||||||
65 2 23 21 31 32
|
|
||||||
66 12 21 23 24 33
|
|
||||||
67 13 21 23 24 34
|
|
||||||
68 13 21 23 24 48
|
|
||||||
69 12 25 23 24 33
|
|
||||||
70 13 25 23 24 34
|
|
||||||
71 13 25 23 24 48
|
|
||||||
72 2 21 23 25 26
|
|
||||||
73 4 21 23 25 27
|
|
||||||
74 10 26 25 23 24
|
|
||||||
75 11 27 25 23 24
|
|
||||||
76 17 23 24 48 38
|
|
||||||
77 14 23 24 48 49
|
|
||||||
78 14 23 24 48 50
|
|
||||||
79 18 33 24 48 38
|
|
||||||
80 15 33 24 48 49
|
|
||||||
81 15 33 24 48 50
|
|
||||||
82 19 34 24 48 38
|
|
||||||
83 16 34 24 48 49
|
|
||||||
84 16 34 24 48 50
|
|
||||||
85 2 23 25 27 28
|
|
||||||
86 4 23 25 27 29
|
|
||||||
87 5 26 25 27 28
|
|
||||||
88 2 29 27 25 26
|
|
||||||
89 2 25 27 29 30
|
|
||||||
90 4 25 27 29 31
|
|
||||||
91 5 28 27 29 30
|
|
||||||
92 2 31 29 27 28
|
|
||||||
93 4 27 29 31 21
|
|
||||||
94 2 27 29 31 32
|
|
||||||
95 2 21 31 29 30
|
|
||||||
96 5 30 29 31 32
|
|
||||||
97 10 36 35 37 38
|
|
||||||
98 2 39 37 35 36
|
|
||||||
99 11 45 35 37 38
|
|
||||||
100 4 45 35 37 39
|
|
||||||
101 2 43 45 35 36
|
|
||||||
102 5 36 35 45 46
|
|
||||||
103 4 37 35 45 43
|
|
||||||
104 2 37 35 45 46
|
|
||||||
105 13 35 37 38 14
|
|
||||||
106 12 35 37 38 47
|
|
||||||
107 13 35 37 38 48
|
|
||||||
108 13 39 37 38 14
|
|
||||||
109 12 39 37 38 47
|
|
||||||
110 13 39 37 38 48
|
|
||||||
111 2 35 37 39 40
|
|
||||||
112 4 35 37 39 41
|
|
||||||
113 10 40 39 37 38
|
|
||||||
114 11 41 39 37 38
|
|
||||||
115 19 14 38 48 24
|
|
||||||
116 16 14 38 48 49
|
|
||||||
117 16 14 38 48 50
|
|
||||||
118 17 37 38 48 24
|
|
||||||
119 14 37 38 48 49
|
|
||||||
120 14 37 38 48 50
|
|
||||||
121 18 47 38 48 24
|
|
||||||
122 15 47 38 48 49
|
|
||||||
123 15 47 38 48 50
|
|
||||||
124 2 37 39 41 42
|
|
||||||
125 4 37 39 41 43
|
|
||||||
126 5 40 39 41 42
|
|
||||||
127 2 43 41 39 40
|
|
||||||
128 2 39 41 43 44
|
|
||||||
129 4 39 41 43 45
|
|
||||||
130 5 42 41 43 44
|
|
||||||
131 2 45 43 41 42
|
|
||||||
132 4 41 43 45 35
|
|
||||||
133 2 41 43 45 46
|
|
||||||
134 2 35 45 43 44
|
|
||||||
135 5 44 43 45 46
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 11 2
|
|
||||||
2 5 1 3 5 4
|
|
||||||
3 1 3 5 7 6
|
|
||||||
4 1 5 7 9 8
|
|
||||||
5 1 7 9 11 10
|
|
||||||
6 1 1 11 9 12
|
|
||||||
7 1 23 21 31 22
|
|
||||||
8 5 21 23 25 24
|
|
||||||
9 1 23 25 27 26
|
|
||||||
10 1 25 27 29 28
|
|
||||||
11 1 27 29 31 30
|
|
||||||
12 1 21 31 29 32
|
|
||||||
13 1 37 35 45 36
|
|
||||||
14 5 35 37 39 38
|
|
||||||
15 1 37 39 41 40
|
|
||||||
16 1 39 41 43 42
|
|
||||||
17 1 41 43 45 44
|
|
||||||
18 1 35 45 43 46
|
|
||||||
19 1 3 4 13 14
|
|
||||||
20 1 3 4 13 18
|
|
||||||
21 1 3 4 14 18
|
|
||||||
22 1 13 4 14 18
|
|
||||||
23 1 15 14 16 4
|
|
||||||
24 1 15 14 4 38
|
|
||||||
25 1 16 14 4 38
|
|
||||||
26 1 15 14 16 38
|
|
||||||
27 1 19 18 17 4
|
|
||||||
28 1 20 18 17 4
|
|
||||||
29 1 19 18 20 4
|
|
||||||
30 1 19 18 20 17
|
|
||||||
31 1 23 24 33 34
|
|
||||||
32 1 23 24 33 48
|
|
||||||
33 1 23 24 34 48
|
|
||||||
34 1 33 24 34 48
|
|
||||||
35 1 37 38 47 14
|
|
||||||
36 1 37 38 14 48
|
|
||||||
37 1 47 38 14 48
|
|
||||||
38 1 37 38 47 48
|
|
||||||
39 1 49 48 38 24
|
|
||||||
40 1 50 48 38 24
|
|
||||||
41 1 49 48 50 24
|
|
||||||
42 1 49 48 50 38
|
|
||||||
@ -0,0 +1,526 @@
|
|||||||
|
chain_chain_reacted
|
||||||
|
|
||||||
|
50 atoms
|
||||||
|
52 bonds
|
||||||
|
90 angles
|
||||||
|
135 dihedrals
|
||||||
|
18 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 24.391510010 0.871569991 -1.658939958
|
||||||
|
2 25.323530197 1.410570025 -1.658939958
|
||||||
|
3 23.161520004 1.581570029 -1.658939958
|
||||||
|
4 23.161520004 3.081569910 -1.658939958
|
||||||
|
5 21.931529999 0.871569991 -1.658939958
|
||||||
|
6 20.999530792 1.410570025 -1.658939958
|
||||||
|
7 21.931529999 -0.548430026 -1.658939958
|
||||||
|
8 20.999530792 -1.087419987 -1.658939958
|
||||||
|
9 23.161520004 -1.258419991 -1.658939958
|
||||||
|
10 23.161520004 -2.335429907 -1.658939958
|
||||||
|
11 24.391510010 -0.548430026 -1.658939958
|
||||||
|
12 25.323530197 -1.087419987 -1.658939958
|
||||||
|
13 24.027519226 3.486569881 -1.301939964
|
||||||
|
14 21.883520126 3.630569935 -2.220940113
|
||||||
|
15 21.933509827 4.372580051 -2.319940090
|
||||||
|
16 21.240520477 2.807569981 -2.514940023
|
||||||
|
17 28.359209061 3.254519939 -1.372130036
|
||||||
|
18 27.081209183 3.803519964 -1.934129953
|
||||||
|
19 27.131210327 4.545519829 -2.033129930
|
||||||
|
20 26.438219070 2.980520010 -2.228130102
|
||||||
|
21 13.465809822 0.682529986 -1.658939958
|
||||||
|
22 14.397820473 1.221529961 -1.658939958
|
||||||
|
23 12.235819817 1.392529964 -1.658939958
|
||||||
|
24 12.235819817 2.892529964 -1.658939958
|
||||||
|
25 11.005820274 0.682529986 -1.658939958
|
||||||
|
26 10.073820114 1.221529961 -1.658939958
|
||||||
|
27 11.005820274 -0.737469971 -1.658939958
|
||||||
|
28 10.073820114 -1.276460052 -1.658939958
|
||||||
|
29 12.235819817 -1.447460055 -1.658939958
|
||||||
|
30 12.235819817 -2.524470091 -1.658939958
|
||||||
|
31 13.465809822 -0.737469971 -1.658939958
|
||||||
|
32 14.397820473 -1.276460052 -1.658939958
|
||||||
|
33 13.101819992 3.297529936 -1.301939964
|
||||||
|
34 10.957819939 3.441529989 -2.220940113
|
||||||
|
35 18.663520813 0.855480015 -1.372130036
|
||||||
|
36 19.595510483 1.394479990 -1.372130036
|
||||||
|
37 17.433509827 1.565479994 -1.372130036
|
||||||
|
38 17.433509827 3.065479994 -1.372130036
|
||||||
|
39 16.203510284 0.855480015 -1.372130036
|
||||||
|
40 15.271510124 1.394479990 -1.372130036
|
||||||
|
41 16.203510284 -0.564520001 -1.372130036
|
||||||
|
42 15.271510124 -1.103520036 -1.372130036
|
||||||
|
43 17.433509827 -1.274520040 -1.372130036
|
||||||
|
44 17.433509827 -2.351520061 -1.372130036
|
||||||
|
45 18.663520813 -0.564520001 -1.372130036
|
||||||
|
46 19.595510483 -1.103520036 -1.372130036
|
||||||
|
47 18.299509048 3.470479965 -1.015130043
|
||||||
|
48 16.155509949 3.614480019 -1.934129953
|
||||||
|
49 16.205509186 4.356480122 -2.033129930
|
||||||
|
50 15.512510300 2.791480064 -2.228130102
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
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|
1 cp
|
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|
2 hc
|
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|
3 cp
|
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4 c1
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 cp
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 cp
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 cp
|
||||||
|
12 hc
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 hc
|
||||||
|
16 hc
|
||||||
|
17 c1
|
||||||
|
18 c2
|
||||||
|
19 hc
|
||||||
|
20 hc
|
||||||
|
21 cp
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 cp
|
||||||
|
24 c1
|
||||||
|
25 cp
|
||||||
|
26 hc
|
||||||
|
27 cp
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 cp
|
||||||
|
30 hc
|
||||||
|
31 cp
|
||||||
|
32 hc
|
||||||
|
33 hc
|
||||||
|
34 c2
|
||||||
|
35 cp
|
||||||
|
36 hc
|
||||||
|
37 cp
|
||||||
|
38 c1
|
||||||
|
39 cp
|
||||||
|
40 hc
|
||||||
|
41 cp
|
||||||
|
42 hc
|
||||||
|
43 cp
|
||||||
|
44 hc
|
||||||
|
45 cp
|
||||||
|
46 hc
|
||||||
|
47 hc
|
||||||
|
48 c2
|
||||||
|
49 hc
|
||||||
|
50 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.129000
|
||||||
|
2 0.123700
|
||||||
|
3 0.026600
|
||||||
|
4 -0.018200
|
||||||
|
5 -0.129000
|
||||||
|
6 0.123700
|
||||||
|
7 -0.173400
|
||||||
|
8 0.140300
|
||||||
|
9 -0.113400
|
||||||
|
10 0.128800
|
||||||
|
11 -0.173400
|
||||||
|
12 0.140300
|
||||||
|
13 0.051600
|
||||||
|
14 -0.069600
|
||||||
|
15 0.035400
|
||||||
|
16 0.035400
|
||||||
|
17 -0.018200
|
||||||
|
18 -0.069600
|
||||||
|
19 0.035400
|
||||||
|
20 0.035400
|
||||||
|
21 -0.129000
|
||||||
|
22 0.123700
|
||||||
|
23 0.026600
|
||||||
|
24 -0.018200
|
||||||
|
25 -0.129000
|
||||||
|
26 0.123700
|
||||||
|
27 -0.173400
|
||||||
|
28 0.140300
|
||||||
|
29 -0.113400
|
||||||
|
30 0.128800
|
||||||
|
31 -0.173400
|
||||||
|
32 0.140300
|
||||||
|
33 0.051600
|
||||||
|
34 -0.069600
|
||||||
|
35 -0.129000
|
||||||
|
36 0.123700
|
||||||
|
37 0.026600
|
||||||
|
38 -0.018200
|
||||||
|
39 -0.129000
|
||||||
|
40 0.123700
|
||||||
|
41 -0.173400
|
||||||
|
42 0.140300
|
||||||
|
43 -0.113400
|
||||||
|
44 0.128800
|
||||||
|
45 -0.173400
|
||||||
|
46 0.140300
|
||||||
|
47 0.051600
|
||||||
|
48 -0.069600
|
||||||
|
49 0.035400
|
||||||
|
50 0.035400
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
32 1
|
||||||
|
33 1
|
||||||
|
34 1
|
||||||
|
35 1
|
||||||
|
36 1
|
||||||
|
37 1
|
||||||
|
38 1
|
||||||
|
39 1
|
||||||
|
40 1
|
||||||
|
41 1
|
||||||
|
42 1
|
||||||
|
43 1
|
||||||
|
44 1
|
||||||
|
45 1
|
||||||
|
46 1
|
||||||
|
47 1
|
||||||
|
48 1
|
||||||
|
49 1
|
||||||
|
50 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-hc 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp 1 3
|
||||||
|
3 cp-cp 1 11
|
||||||
|
4 cp-c1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp 3 5
|
||||||
|
6 hc-c1 13 4
|
||||||
|
7 c1-c2 4 14
|
||||||
|
8 c1-c2 4 18
|
||||||
|
9 cp-hc 5 6
|
||||||
|
10 cp-cp 5 7
|
||||||
|
11 cp-hc 7 8
|
||||||
|
12 cp-cp 7 9
|
||||||
|
13 cp-hc 9 10
|
||||||
|
14 cp-cp 9 11
|
||||||
|
15 cp-hc 11 12
|
||||||
|
16 hc-c2 15 14
|
||||||
|
17 hc-c2 16 14
|
||||||
|
18 c1-c2 38 14
|
||||||
|
19 c1-c2 17 18
|
||||||
|
20 hc-c2 19 18
|
||||||
|
21 hc-c2 20 18
|
||||||
|
22 cp-hc 21 22
|
||||||
|
23 cp-cp 21 23
|
||||||
|
24 cp-cp 21 31
|
||||||
|
25 cp-c1 23 24
|
||||||
|
26 cp-cp 23 25
|
||||||
|
27 hc-c1 33 24
|
||||||
|
28 c1-c2 24 34
|
||||||
|
29 c1-c2 24 48
|
||||||
|
30 cp-hc 25 26
|
||||||
|
31 cp-cp 25 27
|
||||||
|
32 cp-hc 27 28
|
||||||
|
33 cp-cp 27 29
|
||||||
|
34 cp-hc 29 30
|
||||||
|
35 cp-cp 29 31
|
||||||
|
36 cp-hc 31 32
|
||||||
|
37 cp-hc 35 36
|
||||||
|
38 cp-cp 35 37
|
||||||
|
39 cp-cp 35 45
|
||||||
|
40 cp-c1 37 38
|
||||||
|
41 cp-cp 37 39
|
||||||
|
42 hc-c1 47 38
|
||||||
|
43 c1-c2 38 48
|
||||||
|
44 cp-hc 39 40
|
||||||
|
45 cp-cp 39 41
|
||||||
|
46 cp-hc 41 42
|
||||||
|
47 cp-cp 41 43
|
||||||
|
48 cp-hc 43 44
|
||||||
|
49 cp-cp 43 45
|
||||||
|
50 cp-hc 45 46
|
||||||
|
51 hc-c2 49 48
|
||||||
|
52 hc-c2 50 48
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-hc 3 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp-hc 11 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp 3 1 11
|
||||||
|
4 cp-cp-c1 1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp-cp 1 3 5
|
||||||
|
6 cp-cp-c1 5 3 4
|
||||||
|
7 cp-c1-hc 3 4 13
|
||||||
|
8 cp-c1-c2 3 4 14
|
||||||
|
9 cp-c1-c2 3 4 18
|
||||||
|
10 hc-c1-c2 13 4 14
|
||||||
|
11 hc-c1-c2 13 4 18
|
||||||
|
12 c2-c1-c2 14 4 18
|
||||||
|
13 cp-cp-hc 3 5 6
|
||||||
|
14 cp-cp-cp 3 5 7
|
||||||
|
15 cp-cp-hc 7 5 6
|
||||||
|
16 cp-cp-hc 5 7 8
|
||||||
|
17 cp-cp-cp 5 7 9
|
||||||
|
18 cp-cp-hc 9 7 8
|
||||||
|
19 cp-cp-hc 7 9 10
|
||||||
|
20 cp-cp-cp 7 9 11
|
||||||
|
21 cp-cp-hc 11 9 10
|
||||||
|
22 cp-cp-cp 1 11 9
|
||||||
|
23 cp-cp-hc 1 11 12
|
||||||
|
24 cp-cp-hc 9 11 12
|
||||||
|
25 hc-c2-c1 15 14 4
|
||||||
|
26 hc-c2-c1 16 14 4
|
||||||
|
27 c1-c2-c1 4 14 38
|
||||||
|
28 hc-c2-hc 15 14 16
|
||||||
|
29 hc-c2-c1 15 14 38
|
||||||
|
30 hc-c2-c1 16 14 38
|
||||||
|
31 c1-c2-c1 4 18 17
|
||||||
|
32 hc-c2-c1 19 18 4
|
||||||
|
33 hc-c2-c1 20 18 4
|
||||||
|
34 hc-c2-c1 19 18 17
|
||||||
|
35 hc-c2-c1 20 18 17
|
||||||
|
36 hc-c2-hc 19 18 20
|
||||||
|
37 cp-cp-hc 23 21 22
|
||||||
|
38 cp-cp-hc 31 21 22
|
||||||
|
39 cp-cp-cp 23 21 31
|
||||||
|
40 cp-cp-c1 21 23 24
|
||||||
|
41 cp-cp-cp 21 23 25
|
||||||
|
42 cp-cp-c1 25 23 24
|
||||||
|
43 cp-c1-hc 23 24 33
|
||||||
|
44 cp-c1-c2 23 24 34
|
||||||
|
45 cp-c1-c2 23 24 48
|
||||||
|
46 hc-c1-c2 33 24 34
|
||||||
|
47 hc-c1-c2 33 24 48
|
||||||
|
48 c2-c1-c2 34 24 48
|
||||||
|
49 cp-cp-hc 23 25 26
|
||||||
|
50 cp-cp-cp 23 25 27
|
||||||
|
51 cp-cp-hc 27 25 26
|
||||||
|
52 cp-cp-hc 25 27 28
|
||||||
|
53 cp-cp-cp 25 27 29
|
||||||
|
54 cp-cp-hc 29 27 28
|
||||||
|
55 cp-cp-hc 27 29 30
|
||||||
|
56 cp-cp-cp 27 29 31
|
||||||
|
57 cp-cp-hc 31 29 30
|
||||||
|
58 cp-cp-cp 21 31 29
|
||||||
|
59 cp-cp-hc 21 31 32
|
||||||
|
60 cp-cp-hc 29 31 32
|
||||||
|
61 cp-cp-hc 37 35 36
|
||||||
|
62 cp-cp-hc 45 35 36
|
||||||
|
63 cp-cp-cp 37 35 45
|
||||||
|
64 cp-cp-c1 35 37 38
|
||||||
|
65 cp-cp-cp 35 37 39
|
||||||
|
66 cp-cp-c1 39 37 38
|
||||||
|
67 cp-c1-c2 37 38 14
|
||||||
|
68 hc-c1-c2 47 38 14
|
||||||
|
69 c2-c1-c2 14 38 48
|
||||||
|
70 cp-c1-hc 37 38 47
|
||||||
|
71 cp-c1-c2 37 38 48
|
||||||
|
72 hc-c1-c2 47 38 48
|
||||||
|
73 cp-cp-hc 37 39 40
|
||||||
|
74 cp-cp-cp 37 39 41
|
||||||
|
75 cp-cp-hc 41 39 40
|
||||||
|
76 cp-cp-hc 39 41 42
|
||||||
|
77 cp-cp-cp 39 41 43
|
||||||
|
78 cp-cp-hc 43 41 42
|
||||||
|
79 cp-cp-hc 41 43 44
|
||||||
|
80 cp-cp-cp 41 43 45
|
||||||
|
81 cp-cp-hc 45 43 44
|
||||||
|
82 cp-cp-cp 35 45 43
|
||||||
|
83 cp-cp-hc 35 45 46
|
||||||
|
84 cp-cp-hc 43 45 46
|
||||||
|
85 c1-c2-c1 24 48 38
|
||||||
|
86 hc-c2-c1 49 48 24
|
||||||
|
87 hc-c2-c1 50 48 24
|
||||||
|
88 hc-c2-c1 49 48 38
|
||||||
|
89 hc-c2-c1 50 48 38
|
||||||
|
90 hc-c2-hc 49 48 50
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp-c1 2 1 3 4
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-hc 5 3 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-c1 11 1 3 4
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-cp 11 1 3 5
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 9 11 1 2
|
||||||
|
6 hc-cp-cp-hc 2 1 11 12
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-cp 3 1 11 9
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-hc 3 1 11 12
|
||||||
|
9 cp-cp-c1-hc 1 3 4 13
|
||||||
|
10 cp-cp-c1-c2 1 3 4 14
|
||||||
|
11 cp-cp-c1-c2 1 3 4 18
|
||||||
|
12 cp-cp-c1-hc 5 3 4 13
|
||||||
|
13 cp-cp-c1-c2 5 3 4 14
|
||||||
|
14 cp-cp-c1-c2 5 3 4 18
|
||||||
|
15 cp-cp-cp-hc 1 3 5 6
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-cp 1 3 5 7
|
||||||
|
17 hc-cp-cp-c1 6 5 3 4
|
||||||
|
18 cp-cp-cp-c1 7 5 3 4
|
||||||
|
19 cp-c1-c2-hc 3 4 14 15
|
||||||
|
20 cp-c1-c2-hc 3 4 14 16
|
||||||
|
21 cp-c1-c2-c1 3 4 14 38
|
||||||
|
22 hc-c1-c2-hc 13 4 14 15
|
||||||
|
23 hc-c1-c2-hc 13 4 14 16
|
||||||
|
24 hc-c1-c2-c1 13 4 14 38
|
||||||
|
25 c2-c1-c2-hc 18 4 14 15
|
||||||
|
26 c2-c1-c2-hc 18 4 14 16
|
||||||
|
27 c2-c1-c2-c1 18 4 14 38
|
||||||
|
28 cp-c1-c2-c1 3 4 18 17
|
||||||
|
29 cp-c1-c2-hc 3 4 18 19
|
||||||
|
30 cp-c1-c2-hc 3 4 18 20
|
||||||
|
31 hc-c1-c2-c1 13 4 18 17
|
||||||
|
32 hc-c1-c2-hc 13 4 18 19
|
||||||
|
33 hc-c1-c2-hc 13 4 18 20
|
||||||
|
34 c2-c1-c2-c1 14 4 18 17
|
||||||
|
35 c2-c1-c2-hc 14 4 18 19
|
||||||
|
36 c2-c1-c2-hc 14 4 18 20
|
||||||
|
37 cp-cp-cp-hc 3 5 7 8
|
||||||
|
38 cp-cp-cp-cp 3 5 7 9
|
||||||
|
39 hc-cp-cp-hc 6 5 7 8
|
||||||
|
40 cp-cp-cp-hc 9 7 5 6
|
||||||
|
41 cp-cp-cp-hc 5 7 9 10
|
||||||
|
42 cp-cp-cp-cp 5 7 9 11
|
||||||
|
43 hc-cp-cp-hc 8 7 9 10
|
||||||
|
44 cp-cp-cp-hc 11 9 7 8
|
||||||
|
45 cp-cp-cp-cp 7 9 11 1
|
||||||
|
46 cp-cp-cp-hc 7 9 11 12
|
||||||
|
47 cp-cp-cp-hc 1 11 9 10
|
||||||
|
48 hc-cp-cp-hc 10 9 11 12
|
||||||
|
49 cp-c1-c2-c1 37 38 14 4
|
||||||
|
50 hc-c1-c2-c1 47 38 14 4
|
||||||
|
51 c2-c1-c2-c1 48 38 14 4
|
||||||
|
52 cp-c1-c2-hc 37 38 14 15
|
||||||
|
53 hc-c1-c2-hc 47 38 14 15
|
||||||
|
54 c2-c1-c2-hc 48 38 14 15
|
||||||
|
55 cp-c1-c2-hc 37 38 14 16
|
||||||
|
56 hc-c1-c2-hc 47 38 14 16
|
||||||
|
57 c2-c1-c2-hc 48 38 14 16
|
||||||
|
58 hc-cp-cp-c1 22 21 23 24
|
||||||
|
59 cp-cp-cp-hc 25 23 21 22
|
||||||
|
60 cp-cp-cp-c1 31 21 23 24
|
||||||
|
61 cp-cp-cp-cp 31 21 23 25
|
||||||
|
62 cp-cp-cp-hc 29 31 21 22
|
||||||
|
63 hc-cp-cp-hc 22 21 31 32
|
||||||
|
64 cp-cp-cp-cp 23 21 31 29
|
||||||
|
65 cp-cp-cp-hc 23 21 31 32
|
||||||
|
66 cp-cp-c1-hc 21 23 24 33
|
||||||
|
67 cp-cp-c1-c2 21 23 24 34
|
||||||
|
68 cp-cp-c1-c2 21 23 24 48
|
||||||
|
69 cp-cp-c1-hc 25 23 24 33
|
||||||
|
70 cp-cp-c1-c2 25 23 24 34
|
||||||
|
71 cp-cp-c1-c2 25 23 24 48
|
||||||
|
72 cp-cp-cp-hc 21 23 25 26
|
||||||
|
73 cp-cp-cp-cp 21 23 25 27
|
||||||
|
74 hc-cp-cp-c1 26 25 23 24
|
||||||
|
75 cp-cp-cp-c1 27 25 23 24
|
||||||
|
76 cp-c1-c2-c1 23 24 48 38
|
||||||
|
77 cp-c1-c2-hc 23 24 48 49
|
||||||
|
78 cp-c1-c2-hc 23 24 48 50
|
||||||
|
79 hc-c1-c2-c1 33 24 48 38
|
||||||
|
80 hc-c1-c2-hc 33 24 48 49
|
||||||
|
81 hc-c1-c2-hc 33 24 48 50
|
||||||
|
82 c2-c1-c2-c1 34 24 48 38
|
||||||
|
83 c2-c1-c2-hc 34 24 48 49
|
||||||
|
84 c2-c1-c2-hc 34 24 48 50
|
||||||
|
85 cp-cp-cp-hc 23 25 27 28
|
||||||
|
86 cp-cp-cp-cp 23 25 27 29
|
||||||
|
87 hc-cp-cp-hc 26 25 27 28
|
||||||
|
88 cp-cp-cp-hc 29 27 25 26
|
||||||
|
89 cp-cp-cp-hc 25 27 29 30
|
||||||
|
90 cp-cp-cp-cp 25 27 29 31
|
||||||
|
91 hc-cp-cp-hc 28 27 29 30
|
||||||
|
92 cp-cp-cp-hc 31 29 27 28
|
||||||
|
93 cp-cp-cp-cp 27 29 31 21
|
||||||
|
94 cp-cp-cp-hc 27 29 31 32
|
||||||
|
95 cp-cp-cp-hc 21 31 29 30
|
||||||
|
96 hc-cp-cp-hc 30 29 31 32
|
||||||
|
97 hc-cp-cp-c1 36 35 37 38
|
||||||
|
98 cp-cp-cp-hc 39 37 35 36
|
||||||
|
99 cp-cp-cp-c1 45 35 37 38
|
||||||
|
100 cp-cp-cp-cp 45 35 37 39
|
||||||
|
101 cp-cp-cp-hc 43 45 35 36
|
||||||
|
102 hc-cp-cp-hc 36 35 45 46
|
||||||
|
103 cp-cp-cp-cp 37 35 45 43
|
||||||
|
104 cp-cp-cp-hc 37 35 45 46
|
||||||
|
105 cp-cp-c1-c2 35 37 38 14
|
||||||
|
106 cp-cp-c1-hc 35 37 38 47
|
||||||
|
107 cp-cp-c1-c2 35 37 38 48
|
||||||
|
108 cp-cp-c1-c2 39 37 38 14
|
||||||
|
109 cp-cp-c1-hc 39 37 38 47
|
||||||
|
110 cp-cp-c1-c2 39 37 38 48
|
||||||
|
111 cp-cp-cp-hc 35 37 39 40
|
||||||
|
112 cp-cp-cp-cp 35 37 39 41
|
||||||
|
113 hc-cp-cp-c1 40 39 37 38
|
||||||
|
114 cp-cp-cp-c1 41 39 37 38
|
||||||
|
115 c2-c1-c2-c1 14 38 48 24
|
||||||
|
116 c2-c1-c2-hc 14 38 48 49
|
||||||
|
117 c2-c1-c2-hc 14 38 48 50
|
||||||
|
118 cp-c1-c2-c1 37 38 48 24
|
||||||
|
119 cp-c1-c2-hc 37 38 48 49
|
||||||
|
120 cp-c1-c2-hc 37 38 48 50
|
||||||
|
121 hc-c1-c2-c1 47 38 48 24
|
||||||
|
122 hc-c1-c2-hc 47 38 48 49
|
||||||
|
123 hc-c1-c2-hc 47 38 48 50
|
||||||
|
124 cp-cp-cp-hc 37 39 41 42
|
||||||
|
125 cp-cp-cp-cp 37 39 41 43
|
||||||
|
126 hc-cp-cp-hc 40 39 41 42
|
||||||
|
127 cp-cp-cp-hc 43 41 39 40
|
||||||
|
128 cp-cp-cp-hc 39 41 43 44
|
||||||
|
129 cp-cp-cp-cp 39 41 43 45
|
||||||
|
130 hc-cp-cp-hc 42 41 43 44
|
||||||
|
131 cp-cp-cp-hc 45 43 41 42
|
||||||
|
132 cp-cp-cp-cp 41 43 45 35
|
||||||
|
133 cp-cp-cp-hc 41 43 45 46
|
||||||
|
134 cp-cp-cp-hc 35 45 43 44
|
||||||
|
135 hc-cp-cp-hc 44 43 45 46
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-cp-hc 3 1 11 2
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-c1 1 3 5 4
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-hc 3 5 7 6
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-hc 5 7 9 8
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 7 9 11 10
|
||||||
|
6 cp-cp-cp-hc 1 11 9 12
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-hc 23 21 31 22
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-c1 21 23 25 24
|
||||||
|
9 cp-cp-cp-hc 23 25 27 26
|
||||||
|
10 cp-cp-cp-hc 25 27 29 28
|
||||||
|
11 cp-cp-cp-hc 27 29 31 30
|
||||||
|
12 cp-cp-cp-hc 21 31 29 32
|
||||||
|
13 cp-cp-cp-hc 37 35 45 36
|
||||||
|
14 cp-cp-cp-c1 35 37 39 38
|
||||||
|
15 cp-cp-cp-hc 37 39 41 40
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-hc 39 41 43 42
|
||||||
|
17 cp-cp-cp-hc 41 43 45 44
|
||||||
|
18 cp-cp-cp-hc 35 45 43 46
|
||||||
@ -1,467 +0,0 @@
|
|||||||
chain_chain_unreacted
|
|
||||||
|
|
||||||
50 atoms
|
|
||||||
51 bonds
|
|
||||||
84 angles
|
|
||||||
118 dihedrals
|
|
||||||
36 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 2
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 5
|
|
||||||
5 1
|
|
||||||
6 2
|
|
||||||
7 1
|
|
||||||
8 2
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 1
|
|
||||||
12 2
|
|
||||||
13 2
|
|
||||||
14 6
|
|
||||||
15 2
|
|
||||||
16 2
|
|
||||||
17 5
|
|
||||||
18 6
|
|
||||||
19 2
|
|
||||||
20 2
|
|
||||||
21 1
|
|
||||||
22 2
|
|
||||||
23 1
|
|
||||||
24 5
|
|
||||||
25 1
|
|
||||||
26 2
|
|
||||||
27 1
|
|
||||||
28 2
|
|
||||||
29 1
|
|
||||||
30 2
|
|
||||||
31 1
|
|
||||||
32 2
|
|
||||||
33 2
|
|
||||||
34 6
|
|
||||||
35 1
|
|
||||||
36 2
|
|
||||||
37 1
|
|
||||||
38 5
|
|
||||||
39 1
|
|
||||||
40 2
|
|
||||||
41 1
|
|
||||||
42 2
|
|
||||||
43 1
|
|
||||||
44 2
|
|
||||||
45 1
|
|
||||||
46 2
|
|
||||||
47 2
|
|
||||||
48 6
|
|
||||||
49 2
|
|
||||||
50 2
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.129000
|
|
||||||
2 0.123700
|
|
||||||
3 0.026600
|
|
||||||
4 -0.018200
|
|
||||||
5 -0.129000
|
|
||||||
6 0.123700
|
|
||||||
7 -0.173400
|
|
||||||
8 0.140300
|
|
||||||
9 -0.113400
|
|
||||||
10 0.128800
|
|
||||||
11 -0.173400
|
|
||||||
12 0.140300
|
|
||||||
13 0.051600
|
|
||||||
14 -0.069600
|
|
||||||
15 0.035400
|
|
||||||
16 0.035400
|
|
||||||
17 -0.018200
|
|
||||||
18 -0.069600
|
|
||||||
19 0.035400
|
|
||||||
20 0.035400
|
|
||||||
21 -0.129000
|
|
||||||
22 0.123700
|
|
||||||
23 0.026600
|
|
||||||
24 -0.018200
|
|
||||||
25 -0.129000
|
|
||||||
26 0.123700
|
|
||||||
27 -0.173400
|
|
||||||
28 0.140300
|
|
||||||
29 -0.113400
|
|
||||||
30 0.128800
|
|
||||||
31 -0.173400
|
|
||||||
32 0.140300
|
|
||||||
33 0.051600
|
|
||||||
34 -0.069600
|
|
||||||
35 -0.129000
|
|
||||||
36 0.123700
|
|
||||||
37 0.026600
|
|
||||||
38 -0.018200
|
|
||||||
39 -0.129000
|
|
||||||
40 0.123700
|
|
||||||
41 -0.173400
|
|
||||||
42 0.140300
|
|
||||||
43 -0.113400
|
|
||||||
44 0.128800
|
|
||||||
45 -0.173400
|
|
||||||
46 0.140300
|
|
||||||
47 0.051600
|
|
||||||
48 -0.069600
|
|
||||||
49 0.035400
|
|
||||||
50 0.035400
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 24.391510 0.871570 -1.658940
|
|
||||||
2 25.323530 1.410570 -1.658940
|
|
||||||
3 23.161520 1.581570 -1.658940
|
|
||||||
4 23.161520 3.081570 -1.658940
|
|
||||||
5 21.931530 0.871570 -1.658940
|
|
||||||
6 20.999531 1.410570 -1.658940
|
|
||||||
7 21.931530 -0.548430 -1.658940
|
|
||||||
8 20.999531 -1.087420 -1.658940
|
|
||||||
9 23.161520 -1.258420 -1.658940
|
|
||||||
10 23.161520 -2.335430 -1.658940
|
|
||||||
11 24.391510 -0.548430 -1.658940
|
|
||||||
12 25.323530 -1.087420 -1.658940
|
|
||||||
13 24.027519 3.486570 -1.301940
|
|
||||||
14 21.883520 3.630570 -2.220940
|
|
||||||
15 21.933510 4.372580 -2.319940
|
|
||||||
16 21.240520 2.807570 -2.514940
|
|
||||||
17 28.359209 3.254520 -1.372130
|
|
||||||
18 27.081209 3.803520 -1.934130
|
|
||||||
19 27.131210 4.545520 -2.033130
|
|
||||||
20 26.438219 2.980520 -2.228130
|
|
||||||
21 13.465810 0.682530 -1.658940
|
|
||||||
22 14.397820 1.221530 -1.658940
|
|
||||||
23 12.235820 1.392530 -1.658940
|
|
||||||
24 12.235820 2.892530 -1.658940
|
|
||||||
25 11.005820 0.682530 -1.658940
|
|
||||||
26 10.073820 1.221530 -1.658940
|
|
||||||
27 11.005820 -0.737470 -1.658940
|
|
||||||
28 10.073820 -1.276460 -1.658940
|
|
||||||
29 12.235820 -1.447460 -1.658940
|
|
||||||
30 12.235820 -2.524470 -1.658940
|
|
||||||
31 13.465810 -0.737470 -1.658940
|
|
||||||
32 14.397820 -1.276460 -1.658940
|
|
||||||
33 13.101820 3.297530 -1.301940
|
|
||||||
34 10.957820 3.441530 -2.220940
|
|
||||||
35 18.663521 0.855480 -1.372130
|
|
||||||
36 19.595510 1.394480 -1.372130
|
|
||||||
37 17.433510 1.565480 -1.372130
|
|
||||||
38 17.433510 3.065480 -1.372130
|
|
||||||
39 16.203510 0.855480 -1.372130
|
|
||||||
40 15.271510 1.394480 -1.372130
|
|
||||||
41 16.203510 -0.564520 -1.372130
|
|
||||||
42 15.271510 -1.103520 -1.372130
|
|
||||||
43 17.433510 -1.274520 -1.372130
|
|
||||||
44 17.433510 -2.351520 -1.372130
|
|
||||||
45 18.663521 -0.564520 -1.372130
|
|
||||||
46 19.595510 -1.103520 -1.372130
|
|
||||||
47 18.299509 3.470480 -1.015130
|
|
||||||
48 16.155510 3.614480 -1.934130
|
|
||||||
49 16.205509 4.356480 -2.033130
|
|
||||||
50 15.512510 2.791480 -2.228130
|
|
||||||
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|
||||||
Bonds
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||||||
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||||||
1 1 1 2
|
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||||||
2 2 1 3
|
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||||||
3 2 1 11
|
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||||||
4 7 3 4
|
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||||||
5 2 3 5
|
|
||||||
6 8 13 4
|
|
||||||
7 9 4 14
|
|
||||||
8 9 4 18
|
|
||||||
9 1 5 6
|
|
||||||
10 2 5 7
|
|
||||||
11 1 7 8
|
|
||||||
12 2 7 9
|
|
||||||
13 1 9 10
|
|
||||||
14 2 9 11
|
|
||||||
15 1 11 12
|
|
||||||
16 10 15 14
|
|
||||||
17 10 16 14
|
|
||||||
18 9 17 18
|
|
||||||
19 10 19 18
|
|
||||||
20 10 20 18
|
|
||||||
21 1 21 22
|
|
||||||
22 2 21 23
|
|
||||||
23 2 21 31
|
|
||||||
24 7 23 24
|
|
||||||
25 2 23 25
|
|
||||||
26 8 33 24
|
|
||||||
27 9 24 34
|
|
||||||
28 9 24 48
|
|
||||||
29 1 25 26
|
|
||||||
30 2 25 27
|
|
||||||
31 1 27 28
|
|
||||||
32 2 27 29
|
|
||||||
33 1 29 30
|
|
||||||
34 2 29 31
|
|
||||||
35 1 31 32
|
|
||||||
36 1 35 36
|
|
||||||
37 2 35 37
|
|
||||||
38 2 35 45
|
|
||||||
39 7 37 38
|
|
||||||
40 2 37 39
|
|
||||||
41 8 47 38
|
|
||||||
42 9 38 48
|
|
||||||
43 1 39 40
|
|
||||||
44 2 39 41
|
|
||||||
45 1 41 42
|
|
||||||
46 2 41 43
|
|
||||||
47 1 43 44
|
|
||||||
48 2 43 45
|
|
||||||
49 1 45 46
|
|
||||||
50 10 49 48
|
|
||||||
51 10 50 48
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 2
|
|
||||||
2 1 11 1 2
|
|
||||||
3 2 3 1 11
|
|
||||||
4 9 1 3 4
|
|
||||||
5 2 1 3 5
|
|
||||||
6 9 5 3 4
|
|
||||||
7 10 3 4 13
|
|
||||||
8 11 3 4 14
|
|
||||||
9 11 3 4 18
|
|
||||||
10 12 13 4 14
|
|
||||||
11 12 13 4 18
|
|
||||||
12 13 14 4 18
|
|
||||||
13 1 3 5 6
|
|
||||||
14 2 3 5 7
|
|
||||||
15 1 7 5 6
|
|
||||||
16 1 5 7 8
|
|
||||||
17 2 5 7 9
|
|
||||||
18 1 9 7 8
|
|
||||||
19 1 7 9 10
|
|
||||||
20 2 7 9 11
|
|
||||||
21 1 11 9 10
|
|
||||||
22 2 1 11 9
|
|
||||||
23 1 1 11 12
|
|
||||||
24 1 9 11 12
|
|
||||||
25 14 15 14 4
|
|
||||||
26 14 16 14 4
|
|
||||||
27 15 15 14 16
|
|
||||||
28 16 4 18 17
|
|
||||||
29 14 19 18 4
|
|
||||||
30 14 20 18 4
|
|
||||||
31 14 19 18 17
|
|
||||||
32 14 20 18 17
|
|
||||||
33 15 19 18 20
|
|
||||||
34 1 23 21 22
|
|
||||||
35 1 31 21 22
|
|
||||||
36 2 23 21 31
|
|
||||||
37 9 21 23 24
|
|
||||||
38 2 21 23 25
|
|
||||||
39 9 25 23 24
|
|
||||||
40 10 23 24 33
|
|
||||||
41 11 23 24 34
|
|
||||||
42 11 23 24 48
|
|
||||||
43 12 33 24 34
|
|
||||||
44 12 33 24 48
|
|
||||||
45 13 34 24 48
|
|
||||||
46 1 23 25 26
|
|
||||||
47 2 23 25 27
|
|
||||||
48 1 27 25 26
|
|
||||||
49 1 25 27 28
|
|
||||||
50 2 25 27 29
|
|
||||||
51 1 29 27 28
|
|
||||||
52 1 27 29 30
|
|
||||||
53 2 27 29 31
|
|
||||||
54 1 31 29 30
|
|
||||||
55 2 21 31 29
|
|
||||||
56 1 21 31 32
|
|
||||||
57 1 29 31 32
|
|
||||||
58 1 37 35 36
|
|
||||||
59 1 45 35 36
|
|
||||||
60 2 37 35 45
|
|
||||||
61 9 35 37 38
|
|
||||||
62 2 35 37 39
|
|
||||||
63 9 39 37 38
|
|
||||||
64 10 37 38 47
|
|
||||||
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|
|
||||||
66 12 47 38 48
|
|
||||||
67 1 37 39 40
|
|
||||||
68 2 37 39 41
|
|
||||||
69 1 41 39 40
|
|
||||||
70 1 39 41 42
|
|
||||||
71 2 39 41 43
|
|
||||||
72 1 43 41 42
|
|
||||||
73 1 41 43 44
|
|
||||||
74 2 41 43 45
|
|
||||||
75 1 45 43 44
|
|
||||||
76 2 35 45 43
|
|
||||||
77 1 35 45 46
|
|
||||||
78 1 43 45 46
|
|
||||||
79 16 24 48 38
|
|
||||||
80 14 49 48 24
|
|
||||||
81 14 50 48 24
|
|
||||||
82 14 49 48 38
|
|
||||||
83 14 50 48 38
|
|
||||||
84 15 49 48 50
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 10 2 1 3 4
|
|
||||||
2 2 5 3 1 2
|
|
||||||
3 11 11 1 3 4
|
|
||||||
4 4 11 1 3 5
|
|
||||||
5 2 9 11 1 2
|
|
||||||
6 5 2 1 11 12
|
|
||||||
7 4 3 1 11 9
|
|
||||||
8 2 3 1 11 12
|
|
||||||
9 12 1 3 4 13
|
|
||||||
10 13 1 3 4 14
|
|
||||||
11 13 1 3 4 18
|
|
||||||
12 12 5 3 4 13
|
|
||||||
13 13 5 3 4 14
|
|
||||||
14 13 5 3 4 18
|
|
||||||
15 2 1 3 5 6
|
|
||||||
16 4 1 3 5 7
|
|
||||||
17 10 6 5 3 4
|
|
||||||
18 11 7 5 3 4
|
|
||||||
19 14 3 4 14 15
|
|
||||||
20 14 3 4 14 16
|
|
||||||
21 15 13 4 14 15
|
|
||||||
22 15 13 4 14 16
|
|
||||||
23 16 18 4 14 15
|
|
||||||
24 16 18 4 14 16
|
|
||||||
25 17 3 4 18 17
|
|
||||||
26 14 3 4 18 19
|
|
||||||
27 14 3 4 18 20
|
|
||||||
28 18 13 4 18 17
|
|
||||||
29 15 13 4 18 19
|
|
||||||
30 15 13 4 18 20
|
|
||||||
31 19 14 4 18 17
|
|
||||||
32 16 14 4 18 19
|
|
||||||
33 16 14 4 18 20
|
|
||||||
34 2 3 5 7 8
|
|
||||||
35 4 3 5 7 9
|
|
||||||
36 5 6 5 7 8
|
|
||||||
37 2 9 7 5 6
|
|
||||||
38 2 5 7 9 10
|
|
||||||
39 4 5 7 9 11
|
|
||||||
40 5 8 7 9 10
|
|
||||||
41 2 11 9 7 8
|
|
||||||
42 4 7 9 11 1
|
|
||||||
43 2 7 9 11 12
|
|
||||||
44 2 1 11 9 10
|
|
||||||
45 5 10 9 11 12
|
|
||||||
46 10 22 21 23 24
|
|
||||||
47 2 25 23 21 22
|
|
||||||
48 11 31 21 23 24
|
|
||||||
49 4 31 21 23 25
|
|
||||||
50 2 29 31 21 22
|
|
||||||
51 5 22 21 31 32
|
|
||||||
52 4 23 21 31 29
|
|
||||||
53 2 23 21 31 32
|
|
||||||
54 12 21 23 24 33
|
|
||||||
55 13 21 23 24 34
|
|
||||||
56 13 21 23 24 48
|
|
||||||
57 12 25 23 24 33
|
|
||||||
58 13 25 23 24 34
|
|
||||||
59 13 25 23 24 48
|
|
||||||
60 2 21 23 25 26
|
|
||||||
61 4 21 23 25 27
|
|
||||||
62 10 26 25 23 24
|
|
||||||
63 11 27 25 23 24
|
|
||||||
64 17 23 24 48 38
|
|
||||||
65 14 23 24 48 49
|
|
||||||
66 14 23 24 48 50
|
|
||||||
67 18 33 24 48 38
|
|
||||||
68 15 33 24 48 49
|
|
||||||
69 15 33 24 48 50
|
|
||||||
70 19 34 24 48 38
|
|
||||||
71 16 34 24 48 49
|
|
||||||
72 16 34 24 48 50
|
|
||||||
73 2 23 25 27 28
|
|
||||||
74 4 23 25 27 29
|
|
||||||
75 5 26 25 27 28
|
|
||||||
76 2 29 27 25 26
|
|
||||||
77 2 25 27 29 30
|
|
||||||
78 4 25 27 29 31
|
|
||||||
79 5 28 27 29 30
|
|
||||||
80 2 31 29 27 28
|
|
||||||
81 4 27 29 31 21
|
|
||||||
82 2 27 29 31 32
|
|
||||||
83 2 21 31 29 30
|
|
||||||
84 5 30 29 31 32
|
|
||||||
85 10 36 35 37 38
|
|
||||||
86 2 39 37 35 36
|
|
||||||
87 11 45 35 37 38
|
|
||||||
88 4 45 35 37 39
|
|
||||||
89 2 43 45 35 36
|
|
||||||
90 5 36 35 45 46
|
|
||||||
91 4 37 35 45 43
|
|
||||||
92 2 37 35 45 46
|
|
||||||
93 12 35 37 38 47
|
|
||||||
94 13 35 37 38 48
|
|
||||||
95 12 39 37 38 47
|
|
||||||
96 13 39 37 38 48
|
|
||||||
97 2 35 37 39 40
|
|
||||||
98 4 35 37 39 41
|
|
||||||
99 10 40 39 37 38
|
|
||||||
100 11 41 39 37 38
|
|
||||||
101 17 37 38 48 24
|
|
||||||
102 14 37 38 48 49
|
|
||||||
103 14 37 38 48 50
|
|
||||||
104 18 47 38 48 24
|
|
||||||
105 15 47 38 48 49
|
|
||||||
106 15 47 38 48 50
|
|
||||||
107 2 37 39 41 42
|
|
||||||
108 4 37 39 41 43
|
|
||||||
109 5 40 39 41 42
|
|
||||||
110 2 43 41 39 40
|
|
||||||
111 2 39 41 43 44
|
|
||||||
112 4 39 41 43 45
|
|
||||||
113 5 42 41 43 44
|
|
||||||
114 2 45 43 41 42
|
|
||||||
115 4 41 43 45 35
|
|
||||||
116 2 41 43 45 46
|
|
||||||
117 2 35 45 43 44
|
|
||||||
118 5 44 43 45 46
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 11 2
|
|
||||||
2 5 1 3 5 4
|
|
||||||
3 1 3 5 7 6
|
|
||||||
4 1 5 7 9 8
|
|
||||||
5 1 7 9 11 10
|
|
||||||
6 1 1 11 9 12
|
|
||||||
7 6 15 14 16 4
|
|
||||||
8 1 23 21 31 22
|
|
||||||
9 5 21 23 25 24
|
|
||||||
10 1 23 25 27 26
|
|
||||||
11 1 25 27 29 28
|
|
||||||
12 1 27 29 31 30
|
|
||||||
13 1 21 31 29 32
|
|
||||||
14 1 37 35 45 36
|
|
||||||
15 5 35 37 39 38
|
|
||||||
16 7 37 38 47 48
|
|
||||||
17 1 37 39 41 40
|
|
||||||
18 1 39 41 43 42
|
|
||||||
19 1 41 43 45 44
|
|
||||||
20 1 35 45 43 46
|
|
||||||
21 1 3 4 13 14
|
|
||||||
22 1 3 4 13 18
|
|
||||||
23 1 3 4 14 18
|
|
||||||
24 1 13 4 14 18
|
|
||||||
25 1 19 18 17 4
|
|
||||||
26 1 20 18 17 4
|
|
||||||
27 1 19 18 20 4
|
|
||||||
28 1 19 18 20 17
|
|
||||||
29 1 23 24 33 34
|
|
||||||
30 1 23 24 33 48
|
|
||||||
31 1 23 24 34 48
|
|
||||||
32 1 33 24 34 48
|
|
||||||
33 1 49 48 38 24
|
|
||||||
34 1 50 48 38 24
|
|
||||||
35 1 49 48 50 24
|
|
||||||
36 1 49 48 50 38
|
|
||||||
@ -0,0 +1,504 @@
|
|||||||
|
chain_chain_unreacted
|
||||||
|
|
||||||
|
50 atoms
|
||||||
|
51 bonds
|
||||||
|
84 angles
|
||||||
|
118 dihedrals
|
||||||
|
20 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 24.391510010 0.871569991 -1.658939958
|
||||||
|
2 25.323530197 1.410570025 -1.658939958
|
||||||
|
3 23.161520004 1.581570029 -1.658939958
|
||||||
|
4 23.161520004 3.081569910 -1.658939958
|
||||||
|
5 21.931529999 0.871569991 -1.658939958
|
||||||
|
6 20.999530792 1.410570025 -1.658939958
|
||||||
|
7 21.931529999 -0.548430026 -1.658939958
|
||||||
|
8 20.999530792 -1.087419987 -1.658939958
|
||||||
|
9 23.161520004 -1.258419991 -1.658939958
|
||||||
|
10 23.161520004 -2.335429907 -1.658939958
|
||||||
|
11 24.391510010 -0.548430026 -1.658939958
|
||||||
|
12 25.323530197 -1.087419987 -1.658939958
|
||||||
|
13 24.027519226 3.486569881 -1.301939964
|
||||||
|
14 21.883520126 3.630569935 -2.220940113
|
||||||
|
15 21.933509827 4.372580051 -2.319940090
|
||||||
|
16 21.240520477 2.807569981 -2.514940023
|
||||||
|
17 28.359209061 3.254519939 -1.372130036
|
||||||
|
18 27.081209183 3.803519964 -1.934129953
|
||||||
|
19 27.131210327 4.545519829 -2.033129930
|
||||||
|
20 26.438219070 2.980520010 -2.228130102
|
||||||
|
21 13.465809822 0.682529986 -1.658939958
|
||||||
|
22 14.397820473 1.221529961 -1.658939958
|
||||||
|
23 12.235819817 1.392529964 -1.658939958
|
||||||
|
24 12.235819817 2.892529964 -1.658939958
|
||||||
|
25 11.005820274 0.682529986 -1.658939958
|
||||||
|
26 10.073820114 1.221529961 -1.658939958
|
||||||
|
27 11.005820274 -0.737469971 -1.658939958
|
||||||
|
28 10.073820114 -1.276460052 -1.658939958
|
||||||
|
29 12.235819817 -1.447460055 -1.658939958
|
||||||
|
30 12.235819817 -2.524470091 -1.658939958
|
||||||
|
31 13.465809822 -0.737469971 -1.658939958
|
||||||
|
32 14.397820473 -1.276460052 -1.658939958
|
||||||
|
33 13.101819992 3.297529936 -1.301939964
|
||||||
|
34 10.957819939 3.441529989 -2.220940113
|
||||||
|
35 18.663520813 0.855480015 -1.372130036
|
||||||
|
36 19.595510483 1.394479990 -1.372130036
|
||||||
|
37 17.433509827 1.565479994 -1.372130036
|
||||||
|
38 17.433509827 3.065479994 -1.372130036
|
||||||
|
39 16.203510284 0.855480015 -1.372130036
|
||||||
|
40 15.271510124 1.394479990 -1.372130036
|
||||||
|
41 16.203510284 -0.564520001 -1.372130036
|
||||||
|
42 15.271510124 -1.103520036 -1.372130036
|
||||||
|
43 17.433509827 -1.274520040 -1.372130036
|
||||||
|
44 17.433509827 -2.351520061 -1.372130036
|
||||||
|
45 18.663520813 -0.564520001 -1.372130036
|
||||||
|
46 19.595510483 -1.103520036 -1.372130036
|
||||||
|
47 18.299509048 3.470479965 -1.015130043
|
||||||
|
48 16.155509949 3.614480019 -1.934129953
|
||||||
|
49 16.205509186 4.356480122 -2.033129930
|
||||||
|
50 15.512510300 2.791480064 -2.228130102
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp
|
||||||
|
2 hc
|
||||||
|
3 cp
|
||||||
|
4 c1
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 cp
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 cp
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 cp
|
||||||
|
12 hc
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 hc
|
||||||
|
16 hc
|
||||||
|
17 c1
|
||||||
|
18 c2
|
||||||
|
19 hc
|
||||||
|
20 hc
|
||||||
|
21 cp
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 cp
|
||||||
|
24 c1
|
||||||
|
25 cp
|
||||||
|
26 hc
|
||||||
|
27 cp
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 cp
|
||||||
|
30 hc
|
||||||
|
31 cp
|
||||||
|
32 hc
|
||||||
|
33 hc
|
||||||
|
34 c2
|
||||||
|
35 cp
|
||||||
|
36 hc
|
||||||
|
37 cp
|
||||||
|
38 c1
|
||||||
|
39 cp
|
||||||
|
40 hc
|
||||||
|
41 cp
|
||||||
|
42 hc
|
||||||
|
43 cp
|
||||||
|
44 hc
|
||||||
|
45 cp
|
||||||
|
46 hc
|
||||||
|
47 hc
|
||||||
|
48 c2
|
||||||
|
49 hc
|
||||||
|
50 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.129000
|
||||||
|
2 0.123700
|
||||||
|
3 0.026600
|
||||||
|
4 -0.018200
|
||||||
|
5 -0.129000
|
||||||
|
6 0.123700
|
||||||
|
7 -0.173400
|
||||||
|
8 0.140300
|
||||||
|
9 -0.113400
|
||||||
|
10 0.128800
|
||||||
|
11 -0.173400
|
||||||
|
12 0.140300
|
||||||
|
13 0.051600
|
||||||
|
14 -0.069600
|
||||||
|
15 0.035400
|
||||||
|
16 0.035400
|
||||||
|
17 -0.018200
|
||||||
|
18 -0.069600
|
||||||
|
19 0.035400
|
||||||
|
20 0.035400
|
||||||
|
21 -0.129000
|
||||||
|
22 0.123700
|
||||||
|
23 0.026600
|
||||||
|
24 -0.018200
|
||||||
|
25 -0.129000
|
||||||
|
26 0.123700
|
||||||
|
27 -0.173400
|
||||||
|
28 0.140300
|
||||||
|
29 -0.113400
|
||||||
|
30 0.128800
|
||||||
|
31 -0.173400
|
||||||
|
32 0.140300
|
||||||
|
33 0.051600
|
||||||
|
34 -0.069600
|
||||||
|
35 -0.129000
|
||||||
|
36 0.123700
|
||||||
|
37 0.026600
|
||||||
|
38 -0.018200
|
||||||
|
39 -0.129000
|
||||||
|
40 0.123700
|
||||||
|
41 -0.173400
|
||||||
|
42 0.140300
|
||||||
|
43 -0.113400
|
||||||
|
44 0.128800
|
||||||
|
45 -0.173400
|
||||||
|
46 0.140300
|
||||||
|
47 0.051600
|
||||||
|
48 -0.069600
|
||||||
|
49 0.035400
|
||||||
|
50 0.035400
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
32 1
|
||||||
|
33 1
|
||||||
|
34 1
|
||||||
|
35 1
|
||||||
|
36 1
|
||||||
|
37 1
|
||||||
|
38 1
|
||||||
|
39 1
|
||||||
|
40 1
|
||||||
|
41 1
|
||||||
|
42 1
|
||||||
|
43 1
|
||||||
|
44 1
|
||||||
|
45 1
|
||||||
|
46 1
|
||||||
|
47 1
|
||||||
|
48 1
|
||||||
|
49 1
|
||||||
|
50 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-hc 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp 1 3
|
||||||
|
3 cp-cp 1 11
|
||||||
|
4 cp-c1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp 3 5
|
||||||
|
6 hc-c1 13 4
|
||||||
|
7 c1-c2 4 14
|
||||||
|
8 c1-c2 4 18
|
||||||
|
9 cp-hc 5 6
|
||||||
|
10 cp-cp 5 7
|
||||||
|
11 cp-hc 7 8
|
||||||
|
12 cp-cp 7 9
|
||||||
|
13 cp-hc 9 10
|
||||||
|
14 cp-cp 9 11
|
||||||
|
15 cp-hc 11 12
|
||||||
|
16 hc-c2 15 14
|
||||||
|
17 hc-c2 16 14
|
||||||
|
18 c1-c2 17 18
|
||||||
|
19 hc-c2 19 18
|
||||||
|
20 hc-c2 20 18
|
||||||
|
21 cp-hc 21 22
|
||||||
|
22 cp-cp 21 23
|
||||||
|
23 cp-cp 21 31
|
||||||
|
24 cp-c1 23 24
|
||||||
|
25 cp-cp 23 25
|
||||||
|
26 hc-c1 33 24
|
||||||
|
27 c1-c2 24 34
|
||||||
|
28 c1-c2 24 48
|
||||||
|
29 cp-hc 25 26
|
||||||
|
30 cp-cp 25 27
|
||||||
|
31 cp-hc 27 28
|
||||||
|
32 cp-cp 27 29
|
||||||
|
33 cp-hc 29 30
|
||||||
|
34 cp-cp 29 31
|
||||||
|
35 cp-hc 31 32
|
||||||
|
36 cp-hc 35 36
|
||||||
|
37 cp-cp 35 37
|
||||||
|
38 cp-cp 35 45
|
||||||
|
39 cp-c1 37 38
|
||||||
|
40 cp-cp 37 39
|
||||||
|
41 hc-c1 47 38
|
||||||
|
42 c1-c2 38 48
|
||||||
|
43 cp-hc 39 40
|
||||||
|
44 cp-cp 39 41
|
||||||
|
45 cp-hc 41 42
|
||||||
|
46 cp-cp 41 43
|
||||||
|
47 cp-hc 43 44
|
||||||
|
48 cp-cp 43 45
|
||||||
|
49 cp-hc 45 46
|
||||||
|
50 hc-c2 49 48
|
||||||
|
51 hc-c2 50 48
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-hc 3 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp-hc 11 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp 3 1 11
|
||||||
|
4 cp-cp-c1 1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp-cp 1 3 5
|
||||||
|
6 cp-cp-c1 5 3 4
|
||||||
|
7 cp-c1-hc 3 4 13
|
||||||
|
8 cp-c1-c2 3 4 14
|
||||||
|
9 cp-c1-c2 3 4 18
|
||||||
|
10 hc-c1-c2 13 4 14
|
||||||
|
11 hc-c1-c2 13 4 18
|
||||||
|
12 c2-c1-c2 14 4 18
|
||||||
|
13 cp-cp-hc 3 5 6
|
||||||
|
14 cp-cp-cp 3 5 7
|
||||||
|
15 cp-cp-hc 7 5 6
|
||||||
|
16 cp-cp-hc 5 7 8
|
||||||
|
17 cp-cp-cp 5 7 9
|
||||||
|
18 cp-cp-hc 9 7 8
|
||||||
|
19 cp-cp-hc 7 9 10
|
||||||
|
20 cp-cp-cp 7 9 11
|
||||||
|
21 cp-cp-hc 11 9 10
|
||||||
|
22 cp-cp-cp 1 11 9
|
||||||
|
23 cp-cp-hc 1 11 12
|
||||||
|
24 cp-cp-hc 9 11 12
|
||||||
|
25 hc-c2-c1 15 14 4
|
||||||
|
26 hc-c2-c1 16 14 4
|
||||||
|
27 hc-c2-hc 15 14 16
|
||||||
|
28 c1-c2-c1 4 18 17
|
||||||
|
29 hc-c2-c1 19 18 4
|
||||||
|
30 hc-c2-c1 20 18 4
|
||||||
|
31 hc-c2-c1 19 18 17
|
||||||
|
32 hc-c2-c1 20 18 17
|
||||||
|
33 hc-c2-hc 19 18 20
|
||||||
|
34 cp-cp-hc 23 21 22
|
||||||
|
35 cp-cp-hc 31 21 22
|
||||||
|
36 cp-cp-cp 23 21 31
|
||||||
|
37 cp-cp-c1 21 23 24
|
||||||
|
38 cp-cp-cp 21 23 25
|
||||||
|
39 cp-cp-c1 25 23 24
|
||||||
|
40 cp-c1-hc 23 24 33
|
||||||
|
41 cp-c1-c2 23 24 34
|
||||||
|
42 cp-c1-c2 23 24 48
|
||||||
|
43 hc-c1-c2 33 24 34
|
||||||
|
44 hc-c1-c2 33 24 48
|
||||||
|
45 c2-c1-c2 34 24 48
|
||||||
|
46 cp-cp-hc 23 25 26
|
||||||
|
47 cp-cp-cp 23 25 27
|
||||||
|
48 cp-cp-hc 27 25 26
|
||||||
|
49 cp-cp-hc 25 27 28
|
||||||
|
50 cp-cp-cp 25 27 29
|
||||||
|
51 cp-cp-hc 29 27 28
|
||||||
|
52 cp-cp-hc 27 29 30
|
||||||
|
53 cp-cp-cp 27 29 31
|
||||||
|
54 cp-cp-hc 31 29 30
|
||||||
|
55 cp-cp-cp 21 31 29
|
||||||
|
56 cp-cp-hc 21 31 32
|
||||||
|
57 cp-cp-hc 29 31 32
|
||||||
|
58 cp-cp-hc 37 35 36
|
||||||
|
59 cp-cp-hc 45 35 36
|
||||||
|
60 cp-cp-cp 37 35 45
|
||||||
|
61 cp-cp-c1 35 37 38
|
||||||
|
62 cp-cp-cp 35 37 39
|
||||||
|
63 cp-cp-c1 39 37 38
|
||||||
|
64 cp-c1-hc 37 38 47
|
||||||
|
65 cp-c1-c2 37 38 48
|
||||||
|
66 hc-c1-c2 47 38 48
|
||||||
|
67 cp-cp-hc 37 39 40
|
||||||
|
68 cp-cp-cp 37 39 41
|
||||||
|
69 cp-cp-hc 41 39 40
|
||||||
|
70 cp-cp-hc 39 41 42
|
||||||
|
71 cp-cp-cp 39 41 43
|
||||||
|
72 cp-cp-hc 43 41 42
|
||||||
|
73 cp-cp-hc 41 43 44
|
||||||
|
74 cp-cp-cp 41 43 45
|
||||||
|
75 cp-cp-hc 45 43 44
|
||||||
|
76 cp-cp-cp 35 45 43
|
||||||
|
77 cp-cp-hc 35 45 46
|
||||||
|
78 cp-cp-hc 43 45 46
|
||||||
|
79 c1-c2-c1 24 48 38
|
||||||
|
80 hc-c2-c1 49 48 24
|
||||||
|
81 hc-c2-c1 50 48 24
|
||||||
|
82 hc-c2-c1 49 48 38
|
||||||
|
83 hc-c2-c1 50 48 38
|
||||||
|
84 hc-c2-hc 49 48 50
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp-c1 2 1 3 4
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-hc 5 3 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-c1 11 1 3 4
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-cp 11 1 3 5
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 9 11 1 2
|
||||||
|
6 hc-cp-cp-hc 2 1 11 12
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-cp 3 1 11 9
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-hc 3 1 11 12
|
||||||
|
9 cp-cp-c1-hc 1 3 4 13
|
||||||
|
10 cp-cp-c1-c2 1 3 4 14
|
||||||
|
11 cp-cp-c1-c2 1 3 4 18
|
||||||
|
12 cp-cp-c1-hc 5 3 4 13
|
||||||
|
13 cp-cp-c1-c2 5 3 4 14
|
||||||
|
14 cp-cp-c1-c2 5 3 4 18
|
||||||
|
15 cp-cp-cp-hc 1 3 5 6
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-cp 1 3 5 7
|
||||||
|
17 hc-cp-cp-c1 6 5 3 4
|
||||||
|
18 cp-cp-cp-c1 7 5 3 4
|
||||||
|
19 cp-c1-c2-hc 3 4 14 15
|
||||||
|
20 cp-c1-c2-hc 3 4 14 16
|
||||||
|
21 hc-c1-c2-hc 13 4 14 15
|
||||||
|
22 hc-c1-c2-hc 13 4 14 16
|
||||||
|
23 c2-c1-c2-hc 18 4 14 15
|
||||||
|
24 c2-c1-c2-hc 18 4 14 16
|
||||||
|
25 cp-c1-c2-c1 3 4 18 17
|
||||||
|
26 cp-c1-c2-hc 3 4 18 19
|
||||||
|
27 cp-c1-c2-hc 3 4 18 20
|
||||||
|
28 hc-c1-c2-c1 13 4 18 17
|
||||||
|
29 hc-c1-c2-hc 13 4 18 19
|
||||||
|
30 hc-c1-c2-hc 13 4 18 20
|
||||||
|
31 c2-c1-c2-c1 14 4 18 17
|
||||||
|
32 c2-c1-c2-hc 14 4 18 19
|
||||||
|
33 c2-c1-c2-hc 14 4 18 20
|
||||||
|
34 cp-cp-cp-hc 3 5 7 8
|
||||||
|
35 cp-cp-cp-cp 3 5 7 9
|
||||||
|
36 hc-cp-cp-hc 6 5 7 8
|
||||||
|
37 cp-cp-cp-hc 9 7 5 6
|
||||||
|
38 cp-cp-cp-hc 5 7 9 10
|
||||||
|
39 cp-cp-cp-cp 5 7 9 11
|
||||||
|
40 hc-cp-cp-hc 8 7 9 10
|
||||||
|
41 cp-cp-cp-hc 11 9 7 8
|
||||||
|
42 cp-cp-cp-cp 7 9 11 1
|
||||||
|
43 cp-cp-cp-hc 7 9 11 12
|
||||||
|
44 cp-cp-cp-hc 1 11 9 10
|
||||||
|
45 hc-cp-cp-hc 10 9 11 12
|
||||||
|
46 hc-cp-cp-c1 22 21 23 24
|
||||||
|
47 cp-cp-cp-hc 25 23 21 22
|
||||||
|
48 cp-cp-cp-c1 31 21 23 24
|
||||||
|
49 cp-cp-cp-cp 31 21 23 25
|
||||||
|
50 cp-cp-cp-hc 29 31 21 22
|
||||||
|
51 hc-cp-cp-hc 22 21 31 32
|
||||||
|
52 cp-cp-cp-cp 23 21 31 29
|
||||||
|
53 cp-cp-cp-hc 23 21 31 32
|
||||||
|
54 cp-cp-c1-hc 21 23 24 33
|
||||||
|
55 cp-cp-c1-c2 21 23 24 34
|
||||||
|
56 cp-cp-c1-c2 21 23 24 48
|
||||||
|
57 cp-cp-c1-hc 25 23 24 33
|
||||||
|
58 cp-cp-c1-c2 25 23 24 34
|
||||||
|
59 cp-cp-c1-c2 25 23 24 48
|
||||||
|
60 cp-cp-cp-hc 21 23 25 26
|
||||||
|
61 cp-cp-cp-cp 21 23 25 27
|
||||||
|
62 hc-cp-cp-c1 26 25 23 24
|
||||||
|
63 cp-cp-cp-c1 27 25 23 24
|
||||||
|
64 cp-c1-c2-c1 23 24 48 38
|
||||||
|
65 cp-c1-c2-hc 23 24 48 49
|
||||||
|
66 cp-c1-c2-hc 23 24 48 50
|
||||||
|
67 hc-c1-c2-c1 33 24 48 38
|
||||||
|
68 hc-c1-c2-hc 33 24 48 49
|
||||||
|
69 hc-c1-c2-hc 33 24 48 50
|
||||||
|
70 c2-c1-c2-c1 34 24 48 38
|
||||||
|
71 c2-c1-c2-hc 34 24 48 49
|
||||||
|
72 c2-c1-c2-hc 34 24 48 50
|
||||||
|
73 cp-cp-cp-hc 23 25 27 28
|
||||||
|
74 cp-cp-cp-cp 23 25 27 29
|
||||||
|
75 hc-cp-cp-hc 26 25 27 28
|
||||||
|
76 cp-cp-cp-hc 29 27 25 26
|
||||||
|
77 cp-cp-cp-hc 25 27 29 30
|
||||||
|
78 cp-cp-cp-cp 25 27 29 31
|
||||||
|
79 hc-cp-cp-hc 28 27 29 30
|
||||||
|
80 cp-cp-cp-hc 31 29 27 28
|
||||||
|
81 cp-cp-cp-cp 27 29 31 21
|
||||||
|
82 cp-cp-cp-hc 27 29 31 32
|
||||||
|
83 cp-cp-cp-hc 21 31 29 30
|
||||||
|
84 hc-cp-cp-hc 30 29 31 32
|
||||||
|
85 hc-cp-cp-c1 36 35 37 38
|
||||||
|
86 cp-cp-cp-hc 39 37 35 36
|
||||||
|
87 cp-cp-cp-c1 45 35 37 38
|
||||||
|
88 cp-cp-cp-cp 45 35 37 39
|
||||||
|
89 cp-cp-cp-hc 43 45 35 36
|
||||||
|
90 hc-cp-cp-hc 36 35 45 46
|
||||||
|
91 cp-cp-cp-cp 37 35 45 43
|
||||||
|
92 cp-cp-cp-hc 37 35 45 46
|
||||||
|
93 cp-cp-c1-hc 35 37 38 47
|
||||||
|
94 cp-cp-c1-c2 35 37 38 48
|
||||||
|
95 cp-cp-c1-hc 39 37 38 47
|
||||||
|
96 cp-cp-c1-c2 39 37 38 48
|
||||||
|
97 cp-cp-cp-hc 35 37 39 40
|
||||||
|
98 cp-cp-cp-cp 35 37 39 41
|
||||||
|
99 hc-cp-cp-c1 40 39 37 38
|
||||||
|
100 cp-cp-cp-c1 41 39 37 38
|
||||||
|
101 cp-c1-c2-c1 37 38 48 24
|
||||||
|
102 cp-c1-c2-hc 37 38 48 49
|
||||||
|
103 cp-c1-c2-hc 37 38 48 50
|
||||||
|
104 hc-c1-c2-c1 47 38 48 24
|
||||||
|
105 hc-c1-c2-hc 47 38 48 49
|
||||||
|
106 hc-c1-c2-hc 47 38 48 50
|
||||||
|
107 cp-cp-cp-hc 37 39 41 42
|
||||||
|
108 cp-cp-cp-cp 37 39 41 43
|
||||||
|
109 hc-cp-cp-hc 40 39 41 42
|
||||||
|
110 cp-cp-cp-hc 43 41 39 40
|
||||||
|
111 cp-cp-cp-hc 39 41 43 44
|
||||||
|
112 cp-cp-cp-cp 39 41 43 45
|
||||||
|
113 hc-cp-cp-hc 42 41 43 44
|
||||||
|
114 cp-cp-cp-hc 45 43 41 42
|
||||||
|
115 cp-cp-cp-cp 41 43 45 35
|
||||||
|
116 cp-cp-cp-hc 41 43 45 46
|
||||||
|
117 cp-cp-cp-hc 35 45 43 44
|
||||||
|
118 hc-cp-cp-hc 44 43 45 46
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-cp-hc 3 1 11 2
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-c1 1 3 5 4
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-hc 3 5 7 6
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-hc 5 7 9 8
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 7 9 11 10
|
||||||
|
6 cp-cp-cp-hc 1 11 9 12
|
||||||
|
7 hc-c2-hc-c1 15 14 16 4
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-hc 23 21 31 22
|
||||||
|
9 cp-cp-cp-c1 21 23 25 24
|
||||||
|
10 cp-cp-cp-hc 23 25 27 26
|
||||||
|
11 cp-cp-cp-hc 25 27 29 28
|
||||||
|
12 cp-cp-cp-hc 27 29 31 30
|
||||||
|
13 cp-cp-cp-hc 21 31 29 32
|
||||||
|
14 cp-cp-cp-hc 37 35 45 36
|
||||||
|
15 cp-cp-cp-c1 35 37 39 38
|
||||||
|
16 cp-c1-hc-c2 37 38 47 48
|
||||||
|
17 cp-cp-cp-hc 37 39 41 40
|
||||||
|
18 cp-cp-cp-hc 39 41 43 42
|
||||||
|
19 cp-cp-cp-hc 41 43 45 44
|
||||||
|
20 cp-cp-cp-hc 35 45 43 46
|
||||||
@ -1,451 +0,0 @@
|
|||||||
chain_plus_styrene_reacted
|
|
||||||
|
|
||||||
46 atoms
|
|
||||||
48 bonds
|
|
||||||
81 angles
|
|
||||||
121 dihedrals
|
|
||||||
35 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 2
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 5
|
|
||||||
5 1
|
|
||||||
6 2
|
|
||||||
7 1
|
|
||||||
8 2
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 1
|
|
||||||
12 2
|
|
||||||
13 2
|
|
||||||
14 6
|
|
||||||
15 2
|
|
||||||
16 2
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 2
|
|
||||||
19 1
|
|
||||||
20 5
|
|
||||||
21 1
|
|
||||||
22 2
|
|
||||||
23 1
|
|
||||||
24 2
|
|
||||||
25 1
|
|
||||||
26 2
|
|
||||||
27 1
|
|
||||||
28 2
|
|
||||||
29 2
|
|
||||||
30 6
|
|
||||||
31 1
|
|
||||||
32 2
|
|
||||||
33 1
|
|
||||||
34 5
|
|
||||||
35 1
|
|
||||||
36 2
|
|
||||||
37 1
|
|
||||||
38 2
|
|
||||||
39 1
|
|
||||||
40 2
|
|
||||||
41 1
|
|
||||||
42 2
|
|
||||||
43 2
|
|
||||||
44 6
|
|
||||||
45 2
|
|
||||||
46 2
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.129000
|
|
||||||
2 0.123700
|
|
||||||
3 0.026600
|
|
||||||
4 -0.018200
|
|
||||||
5 -0.129000
|
|
||||||
6 0.123700
|
|
||||||
7 -0.173400
|
|
||||||
8 0.140300
|
|
||||||
9 -0.113400
|
|
||||||
10 0.128800
|
|
||||||
11 -0.173400
|
|
||||||
12 0.140300
|
|
||||||
13 0.051600
|
|
||||||
14 -0.069600
|
|
||||||
15 0.035400
|
|
||||||
16 0.035400
|
|
||||||
17 -0.129000
|
|
||||||
18 0.123700
|
|
||||||
19 0.026600
|
|
||||||
20 -0.018200
|
|
||||||
21 -0.129000
|
|
||||||
22 0.123700
|
|
||||||
23 -0.173400
|
|
||||||
24 0.140300
|
|
||||||
25 -0.113400
|
|
||||||
26 0.128800
|
|
||||||
27 -0.173400
|
|
||||||
28 0.140300
|
|
||||||
29 0.051600
|
|
||||||
30 -0.069600
|
|
||||||
31 -0.129000
|
|
||||||
32 0.123700
|
|
||||||
33 0.026600
|
|
||||||
34 -0.018200
|
|
||||||
35 -0.129000
|
|
||||||
36 0.123700
|
|
||||||
37 -0.173400
|
|
||||||
38 0.140300
|
|
||||||
39 -0.113400
|
|
||||||
40 0.128800
|
|
||||||
41 -0.173400
|
|
||||||
42 0.140300
|
|
||||||
43 0.051600
|
|
||||||
44 -0.069600
|
|
||||||
45 0.035400
|
|
||||||
46 0.035400
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
|
|
||||||
1 24.130699 1.043900 -1.309300
|
|
||||||
2 25.062700 1.582900 -1.309300
|
|
||||||
3 22.900700 1.753900 -1.309300
|
|
||||||
4 22.900700 3.253900 -1.309300
|
|
||||||
5 21.670700 1.043900 -1.309300
|
|
||||||
6 20.738701 1.582900 -1.309300
|
|
||||||
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|
|
||||||
8 20.738701 -0.915100 -1.309300
|
|
||||||
9 22.900700 -1.086100 -1.309300
|
|
||||||
10 22.900700 -2.163100 -1.309300
|
|
||||||
11 24.130699 -0.376100 -1.309300
|
|
||||||
12 25.062700 -0.915100 -1.309300
|
|
||||||
13 23.766701 3.658900 -0.952300
|
|
||||||
14 21.622700 3.802900 -1.871300
|
|
||||||
15 21.672701 4.544900 -1.970300
|
|
||||||
16 20.979700 2.979900 -2.165300
|
|
||||||
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|
|
||||||
18 14.397800 1.221500 -1.658900
|
|
||||||
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|
|
||||||
20 12.235800 2.892500 -1.658900
|
|
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|
|
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|
|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
26 12.235800 -2.524500 -1.658900
|
|
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|
|
||||||
28 14.397800 -1.276500 -1.658900
|
|
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29 13.101800 3.297500 -1.301900
|
|
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|
|
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|
|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
39 17.433500 -1.274500 -1.372100
|
|
||||||
40 17.433500 -2.351500 -1.372100
|
|
||||||
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|
|
||||||
42 19.595501 -1.103500 -1.372100
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
45 16.205500 4.356500 -2.033100
|
|
||||||
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|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 1 2
|
|
||||||
2 2 1 3
|
|
||||||
3 2 1 11
|
|
||||||
4 11 3 4
|
|
||||||
5 2 3 5
|
|
||||||
6 12 13 4
|
|
||||||
7 13 4 14
|
|
||||||
8 1 5 6
|
|
||||||
9 2 5 7
|
|
||||||
10 1 7 8
|
|
||||||
11 2 7 9
|
|
||||||
12 1 9 10
|
|
||||||
13 2 9 11
|
|
||||||
14 1 11 12
|
|
||||||
15 10 15 14
|
|
||||||
16 10 16 14
|
|
||||||
17 9 14 34
|
|
||||||
18 1 17 18
|
|
||||||
19 2 17 19
|
|
||||||
20 2 17 27
|
|
||||||
21 7 19 20
|
|
||||||
22 2 19 21
|
|
||||||
23 8 29 20
|
|
||||||
24 9 30 20
|
|
||||||
25 9 44 20
|
|
||||||
26 1 21 22
|
|
||||||
27 2 21 23
|
|
||||||
28 1 23 24
|
|
||||||
29 2 23 25
|
|
||||||
30 1 25 26
|
|
||||||
31 2 25 27
|
|
||||||
32 1 27 28
|
|
||||||
33 1 31 32
|
|
||||||
34 2 31 33
|
|
||||||
35 2 31 41
|
|
||||||
36 7 33 34
|
|
||||||
37 2 33 35
|
|
||||||
38 8 43 34
|
|
||||||
39 9 44 34
|
|
||||||
40 1 35 36
|
|
||||||
41 2 35 37
|
|
||||||
42 1 37 38
|
|
||||||
43 2 37 39
|
|
||||||
44 1 39 40
|
|
||||||
45 2 39 41
|
|
||||||
46 1 41 42
|
|
||||||
47 10 45 44
|
|
||||||
48 10 46 44
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 2
|
|
||||||
2 1 11 1 2
|
|
||||||
3 2 3 1 11
|
|
||||||
4 17 1 3 4
|
|
||||||
5 2 1 3 5
|
|
||||||
6 17 5 3 4
|
|
||||||
7 18 3 4 13
|
|
||||||
8 19 3 4 14
|
|
||||||
9 20 13 4 14
|
|
||||||
10 1 3 5 6
|
|
||||||
11 2 3 5 7
|
|
||||||
12 1 7 5 6
|
|
||||||
13 1 5 7 8
|
|
||||||
14 2 5 7 9
|
|
||||||
15 1 9 7 8
|
|
||||||
16 1 7 9 10
|
|
||||||
17 2 7 9 11
|
|
||||||
18 1 11 9 10
|
|
||||||
19 2 1 11 9
|
|
||||||
20 1 1 11 12
|
|
||||||
21 1 9 11 12
|
|
||||||
22 21 15 14 4
|
|
||||||
23 21 16 14 4
|
|
||||||
24 22 4 14 34
|
|
||||||
25 15 15 14 16
|
|
||||||
26 14 15 14 34
|
|
||||||
27 14 16 14 34
|
|
||||||
28 1 19 17 18
|
|
||||||
29 1 27 17 18
|
|
||||||
30 2 19 17 27
|
|
||||||
31 9 17 19 20
|
|
||||||
32 2 17 19 21
|
|
||||||
33 9 21 19 20
|
|
||||||
34 10 19 20 29
|
|
||||||
35 11 19 20 30
|
|
||||||
36 11 19 20 44
|
|
||||||
37 12 29 20 30
|
|
||||||
38 12 29 20 44
|
|
||||||
39 13 30 20 44
|
|
||||||
40 1 19 21 22
|
|
||||||
41 2 19 21 23
|
|
||||||
42 1 23 21 22
|
|
||||||
43 1 21 23 24
|
|
||||||
44 2 21 23 25
|
|
||||||
45 1 25 23 24
|
|
||||||
46 1 23 25 26
|
|
||||||
47 2 23 25 27
|
|
||||||
48 1 27 25 26
|
|
||||||
49 2 17 27 25
|
|
||||||
50 1 17 27 28
|
|
||||||
51 1 25 27 28
|
|
||||||
52 1 33 31 32
|
|
||||||
53 1 41 31 32
|
|
||||||
54 2 33 31 41
|
|
||||||
55 9 31 33 34
|
|
||||||
56 2 31 33 35
|
|
||||||
57 9 35 33 34
|
|
||||||
58 11 33 34 14
|
|
||||||
59 12 43 34 14
|
|
||||||
60 13 14 34 44
|
|
||||||
61 10 33 34 43
|
|
||||||
62 11 33 34 44
|
|
||||||
63 12 43 34 44
|
|
||||||
64 1 33 35 36
|
|
||||||
65 2 33 35 37
|
|
||||||
66 1 37 35 36
|
|
||||||
67 1 35 37 38
|
|
||||||
68 2 35 37 39
|
|
||||||
69 1 39 37 38
|
|
||||||
70 1 37 39 40
|
|
||||||
71 2 37 39 41
|
|
||||||
72 1 41 39 40
|
|
||||||
73 2 31 41 39
|
|
||||||
74 1 31 41 42
|
|
||||||
75 1 39 41 42
|
|
||||||
76 16 20 44 34
|
|
||||||
77 14 45 44 20
|
|
||||||
78 14 46 44 20
|
|
||||||
79 14 45 44 34
|
|
||||||
80 14 46 44 34
|
|
||||||
81 15 45 44 46
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 20 2 1 3 4
|
|
||||||
2 2 5 3 1 2
|
|
||||||
3 21 11 1 3 4
|
|
||||||
4 4 11 1 3 5
|
|
||||||
5 2 9 11 1 2
|
|
||||||
6 5 2 1 11 12
|
|
||||||
7 4 3 1 11 9
|
|
||||||
8 2 3 1 11 12
|
|
||||||
9 22 1 3 4 13
|
|
||||||
10 23 1 3 4 14
|
|
||||||
11 22 5 3 4 13
|
|
||||||
12 23 5 3 4 14
|
|
||||||
13 2 1 3 5 6
|
|
||||||
14 4 1 3 5 7
|
|
||||||
15 20 6 5 3 4
|
|
||||||
16 21 7 5 3 4
|
|
||||||
17 24 3 4 14 15
|
|
||||||
18 24 3 4 14 16
|
|
||||||
19 25 3 4 14 34
|
|
||||||
20 26 13 4 14 15
|
|
||||||
21 26 13 4 14 16
|
|
||||||
22 27 13 4 14 34
|
|
||||||
23 2 3 5 7 8
|
|
||||||
24 4 3 5 7 9
|
|
||||||
25 5 6 5 7 8
|
|
||||||
26 2 9 7 5 6
|
|
||||||
27 2 5 7 9 10
|
|
||||||
28 4 5 7 9 11
|
|
||||||
29 5 8 7 9 10
|
|
||||||
30 2 11 9 7 8
|
|
||||||
31 4 7 9 11 1
|
|
||||||
32 2 7 9 11 12
|
|
||||||
33 2 1 11 9 10
|
|
||||||
34 5 10 9 11 12
|
|
||||||
35 28 4 14 34 33
|
|
||||||
36 29 4 14 34 43
|
|
||||||
37 30 4 14 34 44
|
|
||||||
38 31 15 14 34 33
|
|
||||||
39 32 15 14 34 43
|
|
||||||
40 33 15 14 34 44
|
|
||||||
41 31 16 14 34 33
|
|
||||||
42 32 16 14 34 43
|
|
||||||
43 33 16 14 34 44
|
|
||||||
44 10 18 17 19 20
|
|
||||||
45 2 21 19 17 18
|
|
||||||
46 11 27 17 19 20
|
|
||||||
47 4 27 17 19 21
|
|
||||||
48 2 25 27 17 18
|
|
||||||
49 5 18 17 27 28
|
|
||||||
50 4 19 17 27 25
|
|
||||||
51 2 19 17 27 28
|
|
||||||
52 12 17 19 20 29
|
|
||||||
53 13 17 19 20 30
|
|
||||||
54 13 17 19 20 44
|
|
||||||
55 12 21 19 20 29
|
|
||||||
56 13 21 19 20 30
|
|
||||||
57 13 21 19 20 44
|
|
||||||
58 2 17 19 21 22
|
|
||||||
59 4 17 19 21 23
|
|
||||||
60 10 22 21 19 20
|
|
||||||
61 11 23 21 19 20
|
|
||||||
62 34 34 44 20 19
|
|
||||||
63 31 45 44 20 19
|
|
||||||
64 31 46 44 20 19
|
|
||||||
65 35 34 44 20 29
|
|
||||||
66 32 45 44 20 29
|
|
||||||
67 32 46 44 20 29
|
|
||||||
68 36 34 44 20 30
|
|
||||||
69 33 45 44 20 30
|
|
||||||
70 33 46 44 20 30
|
|
||||||
71 2 19 21 23 24
|
|
||||||
72 4 19 21 23 25
|
|
||||||
73 5 22 21 23 24
|
|
||||||
74 2 25 23 21 22
|
|
||||||
75 2 21 23 25 26
|
|
||||||
76 4 21 23 25 27
|
|
||||||
77 5 24 23 25 26
|
|
||||||
78 2 27 25 23 24
|
|
||||||
79 4 23 25 27 17
|
|
||||||
80 2 23 25 27 28
|
|
||||||
81 2 17 27 25 26
|
|
||||||
82 5 26 25 27 28
|
|
||||||
83 10 32 31 33 34
|
|
||||||
84 2 35 33 31 32
|
|
||||||
85 11 41 31 33 34
|
|
||||||
86 4 41 31 33 35
|
|
||||||
87 2 39 41 31 32
|
|
||||||
88 5 32 31 41 42
|
|
||||||
89 4 33 31 41 39
|
|
||||||
90 2 33 31 41 42
|
|
||||||
91 13 31 33 34 14
|
|
||||||
92 12 31 33 34 43
|
|
||||||
93 13 31 33 34 44
|
|
||||||
94 13 35 33 34 14
|
|
||||||
95 12 35 33 34 43
|
|
||||||
96 13 35 33 34 44
|
|
||||||
97 2 31 33 35 36
|
|
||||||
98 4 31 33 35 37
|
|
||||||
99 10 36 35 33 34
|
|
||||||
100 11 37 35 33 34
|
|
||||||
101 36 20 44 34 14
|
|
||||||
102 33 45 44 34 14
|
|
||||||
103 33 46 44 34 14
|
|
||||||
104 34 20 44 34 33
|
|
||||||
105 31 45 44 34 33
|
|
||||||
106 31 46 44 34 33
|
|
||||||
107 35 20 44 34 43
|
|
||||||
108 32 45 44 34 43
|
|
||||||
109 32 46 44 34 43
|
|
||||||
110 2 33 35 37 38
|
|
||||||
111 4 33 35 37 39
|
|
||||||
112 5 36 35 37 38
|
|
||||||
113 2 39 37 35 36
|
|
||||||
114 2 35 37 39 40
|
|
||||||
115 4 35 37 39 41
|
|
||||||
116 5 38 37 39 40
|
|
||||||
117 2 41 39 37 38
|
|
||||||
118 4 37 39 41 31
|
|
||||||
119 2 37 39 41 42
|
|
||||||
120 2 31 41 39 40
|
|
||||||
121 5 40 39 41 42
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 11 2
|
|
||||||
2 8 1 3 5 4
|
|
||||||
3 9 3 4 13 14
|
|
||||||
4 1 3 5 7 6
|
|
||||||
5 1 5 7 9 8
|
|
||||||
6 1 7 9 11 10
|
|
||||||
7 1 1 11 9 12
|
|
||||||
8 1 19 17 27 18
|
|
||||||
9 5 17 19 21 20
|
|
||||||
10 1 19 21 23 22
|
|
||||||
11 1 21 23 25 24
|
|
||||||
12 1 23 25 27 26
|
|
||||||
13 1 17 27 25 28
|
|
||||||
14 1 33 31 41 32
|
|
||||||
15 5 31 33 35 34
|
|
||||||
16 1 33 35 37 36
|
|
||||||
17 1 35 37 39 38
|
|
||||||
18 1 37 39 41 40
|
|
||||||
19 1 31 41 39 42
|
|
||||||
20 1 15 14 16 4
|
|
||||||
21 1 15 14 4 34
|
|
||||||
22 1 16 14 4 34
|
|
||||||
23 1 15 14 16 34
|
|
||||||
24 1 19 20 29 30
|
|
||||||
25 1 19 20 29 44
|
|
||||||
26 1 19 20 30 44
|
|
||||||
27 1 29 20 30 44
|
|
||||||
28 1 33 34 43 14
|
|
||||||
29 1 33 34 14 44
|
|
||||||
30 1 43 34 14 44
|
|
||||||
31 1 33 34 43 44
|
|
||||||
32 1 45 44 34 20
|
|
||||||
33 1 46 44 34 20
|
|
||||||
34 1 45 44 46 20
|
|
||||||
35 1 45 44 46 34
|
|
||||||
@ -0,0 +1,484 @@
|
|||||||
|
chain_plus_styrene_reacted
|
||||||
|
|
||||||
|
46 atoms
|
||||||
|
48 bonds
|
||||||
|
81 angles
|
||||||
|
121 dihedrals
|
||||||
|
19 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 24.130699158 1.043900013 -1.309299946
|
||||||
|
2 25.062700272 1.582900047 -1.309299946
|
||||||
|
3 22.900699615 1.753900051 -1.309299946
|
||||||
|
4 22.900699615 3.253900051 -1.309299946
|
||||||
|
5 21.670700073 1.043900013 -1.309299946
|
||||||
|
6 20.738700867 1.582900047 -1.309299946
|
||||||
|
7 21.670700073 -0.376100004 -1.309299946
|
||||||
|
8 20.738700867 -0.915099978 -1.309299946
|
||||||
|
9 22.900699615 -1.086099982 -1.309299946
|
||||||
|
10 22.900699615 -2.163100004 -1.309299946
|
||||||
|
11 24.130699158 -0.376100004 -1.309299946
|
||||||
|
12 25.062700272 -0.915099978 -1.309299946
|
||||||
|
13 23.766700745 3.658900023 -0.952300012
|
||||||
|
14 21.622699738 3.802900076 -1.871299982
|
||||||
|
15 21.672700882 4.544899940 -1.970299959
|
||||||
|
16 20.979700088 2.979899883 -2.165299892
|
||||||
|
17 13.465800285 0.682500005 -1.658900022
|
||||||
|
18 14.397800446 1.221500039 -1.658900022
|
||||||
|
19 12.235799789 1.392500043 -1.658900022
|
||||||
|
20 12.235799789 2.892499924 -1.658900022
|
||||||
|
21 11.005800247 0.682500005 -1.658900022
|
||||||
|
22 10.073800087 1.221500039 -1.658900022
|
||||||
|
23 11.005800247 -0.737500012 -1.658900022
|
||||||
|
24 10.073800087 -1.276499987 -1.658900022
|
||||||
|
25 12.235799789 -1.447499990 -1.658900022
|
||||||
|
26 12.235799789 -2.524499893 -1.658900022
|
||||||
|
27 13.465800285 -0.737500012 -1.658900022
|
||||||
|
28 14.397800446 -1.276499987 -1.658900022
|
||||||
|
29 13.101799965 3.297499895 -1.301900029
|
||||||
|
30 10.957799911 3.441499949 -2.220900059
|
||||||
|
31 18.663499832 0.855499983 -1.372099996
|
||||||
|
32 19.595500946 1.394500017 -1.372099996
|
||||||
|
33 17.433500290 1.565500021 -1.372099996
|
||||||
|
34 17.433500290 3.065500021 -1.372099996
|
||||||
|
35 16.203500748 0.855499983 -1.372099996
|
||||||
|
36 15.271499634 1.394500017 -1.372099996
|
||||||
|
37 16.203500748 -0.564499974 -1.372099996
|
||||||
|
38 15.271499634 -1.103500009 -1.372099996
|
||||||
|
39 17.433500290 -1.274500012 -1.372099996
|
||||||
|
40 17.433500290 -2.351500034 -1.372099996
|
||||||
|
41 18.663499832 -0.564499974 -1.372099996
|
||||||
|
42 19.595500946 -1.103500009 -1.372099996
|
||||||
|
43 18.299499512 3.470499992 -1.015100002
|
||||||
|
44 16.155500412 3.614500046 -1.934100032
|
||||||
|
45 16.205499649 4.356500149 -2.033099890
|
||||||
|
46 15.512499809 2.791500092 -2.228100061
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp
|
||||||
|
2 hc
|
||||||
|
3 cp
|
||||||
|
4 c1
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 cp
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 cp
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 cp
|
||||||
|
12 hc
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 c2
|
||||||
|
15 hc
|
||||||
|
16 hc
|
||||||
|
17 cp
|
||||||
|
18 hc
|
||||||
|
19 cp
|
||||||
|
20 c1
|
||||||
|
21 cp
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 cp
|
||||||
|
24 hc
|
||||||
|
25 cp
|
||||||
|
26 hc
|
||||||
|
27 cp
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 c2
|
||||||
|
31 cp
|
||||||
|
32 hc
|
||||||
|
33 cp
|
||||||
|
34 c1
|
||||||
|
35 cp
|
||||||
|
36 hc
|
||||||
|
37 cp
|
||||||
|
38 hc
|
||||||
|
39 cp
|
||||||
|
40 hc
|
||||||
|
41 cp
|
||||||
|
42 hc
|
||||||
|
43 hc
|
||||||
|
44 c2
|
||||||
|
45 hc
|
||||||
|
46 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.129000
|
||||||
|
2 0.123700
|
||||||
|
3 0.026600
|
||||||
|
4 -0.018200
|
||||||
|
5 -0.129000
|
||||||
|
6 0.123700
|
||||||
|
7 -0.173400
|
||||||
|
8 0.140300
|
||||||
|
9 -0.113400
|
||||||
|
10 0.128800
|
||||||
|
11 -0.173400
|
||||||
|
12 0.140300
|
||||||
|
13 0.051600
|
||||||
|
14 -0.069600
|
||||||
|
15 0.035400
|
||||||
|
16 0.035400
|
||||||
|
17 -0.129000
|
||||||
|
18 0.123700
|
||||||
|
19 0.026600
|
||||||
|
20 -0.018200
|
||||||
|
21 -0.129000
|
||||||
|
22 0.123700
|
||||||
|
23 -0.173400
|
||||||
|
24 0.140300
|
||||||
|
25 -0.113400
|
||||||
|
26 0.128800
|
||||||
|
27 -0.173400
|
||||||
|
28 0.140300
|
||||||
|
29 0.051600
|
||||||
|
30 -0.069600
|
||||||
|
31 -0.129000
|
||||||
|
32 0.123700
|
||||||
|
33 0.026600
|
||||||
|
34 -0.018200
|
||||||
|
35 -0.129000
|
||||||
|
36 0.123700
|
||||||
|
37 -0.173400
|
||||||
|
38 0.140300
|
||||||
|
39 -0.113400
|
||||||
|
40 0.128800
|
||||||
|
41 -0.173400
|
||||||
|
42 0.140300
|
||||||
|
43 0.051600
|
||||||
|
44 -0.069600
|
||||||
|
45 0.035400
|
||||||
|
46 0.035400
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
32 1
|
||||||
|
33 1
|
||||||
|
34 1
|
||||||
|
35 1
|
||||||
|
36 1
|
||||||
|
37 1
|
||||||
|
38 1
|
||||||
|
39 1
|
||||||
|
40 1
|
||||||
|
41 1
|
||||||
|
42 1
|
||||||
|
43 1
|
||||||
|
44 1
|
||||||
|
45 1
|
||||||
|
46 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-hc 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp 1 3
|
||||||
|
3 cp-cp 1 11
|
||||||
|
4 cp-c1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp 3 5
|
||||||
|
6 hc-c1 13 4
|
||||||
|
7 c1-c2 4 14
|
||||||
|
8 cp-hc 5 6
|
||||||
|
9 cp-cp 5 7
|
||||||
|
10 cp-hc 7 8
|
||||||
|
11 cp-cp 7 9
|
||||||
|
12 cp-hc 9 10
|
||||||
|
13 cp-cp 9 11
|
||||||
|
14 cp-hc 11 12
|
||||||
|
15 hc-c2 15 14
|
||||||
|
16 hc-c2 16 14
|
||||||
|
17 c1-c2 34 14
|
||||||
|
18 cp-hc 17 18
|
||||||
|
19 cp-cp 17 19
|
||||||
|
20 cp-cp 17 27
|
||||||
|
21 cp-c1 19 20
|
||||||
|
22 cp-cp 19 21
|
||||||
|
23 hc-c1 29 20
|
||||||
|
24 c1-c2 20 30
|
||||||
|
25 c1-c2 20 44
|
||||||
|
26 cp-hc 21 22
|
||||||
|
27 cp-cp 21 23
|
||||||
|
28 cp-hc 23 24
|
||||||
|
29 cp-cp 23 25
|
||||||
|
30 cp-hc 25 26
|
||||||
|
31 cp-cp 25 27
|
||||||
|
32 cp-hc 27 28
|
||||||
|
33 cp-hc 31 32
|
||||||
|
34 cp-cp 31 33
|
||||||
|
35 cp-cp 31 41
|
||||||
|
36 cp-c1 33 34
|
||||||
|
37 cp-cp 33 35
|
||||||
|
38 hc-c1 43 34
|
||||||
|
39 c1-c2 34 44
|
||||||
|
40 cp-hc 35 36
|
||||||
|
41 cp-cp 35 37
|
||||||
|
42 cp-hc 37 38
|
||||||
|
43 cp-cp 37 39
|
||||||
|
44 cp-hc 39 40
|
||||||
|
45 cp-cp 39 41
|
||||||
|
46 cp-hc 41 42
|
||||||
|
47 hc-c2 45 44
|
||||||
|
48 hc-c2 46 44
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-hc 3 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp-hc 11 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp 3 1 11
|
||||||
|
4 cp-cp-c1 1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp-cp 1 3 5
|
||||||
|
6 cp-cp-c1 5 3 4
|
||||||
|
7 cp-c1-hc 3 4 13
|
||||||
|
8 cp-c1-c2 3 4 14
|
||||||
|
9 hc-c1-c2 13 4 14
|
||||||
|
10 cp-cp-hc 3 5 6
|
||||||
|
11 cp-cp-cp 3 5 7
|
||||||
|
12 cp-cp-hc 7 5 6
|
||||||
|
13 cp-cp-hc 5 7 8
|
||||||
|
14 cp-cp-cp 5 7 9
|
||||||
|
15 cp-cp-hc 9 7 8
|
||||||
|
16 cp-cp-hc 7 9 10
|
||||||
|
17 cp-cp-cp 7 9 11
|
||||||
|
18 cp-cp-hc 11 9 10
|
||||||
|
19 cp-cp-cp 1 11 9
|
||||||
|
20 cp-cp-hc 1 11 12
|
||||||
|
21 cp-cp-hc 9 11 12
|
||||||
|
22 hc-c2-c1 15 14 4
|
||||||
|
23 hc-c2-c1 16 14 4
|
||||||
|
24 c1-c2-c1 4 14 34
|
||||||
|
25 hc-c2-hc 15 14 16
|
||||||
|
26 hc-c2-c1 15 14 34
|
||||||
|
27 hc-c2-c1 16 14 34
|
||||||
|
28 cp-cp-hc 19 17 18
|
||||||
|
29 cp-cp-hc 27 17 18
|
||||||
|
30 cp-cp-cp 19 17 27
|
||||||
|
31 cp-cp-c1 17 19 20
|
||||||
|
32 cp-cp-cp 17 19 21
|
||||||
|
33 cp-cp-c1 21 19 20
|
||||||
|
34 cp-c1-hc 19 20 29
|
||||||
|
35 cp-c1-c2 19 20 30
|
||||||
|
36 cp-c1-c2 19 20 44
|
||||||
|
37 hc-c1-c2 29 20 30
|
||||||
|
38 hc-c1-c2 29 20 44
|
||||||
|
39 c2-c1-c2 30 20 44
|
||||||
|
40 cp-cp-hc 19 21 22
|
||||||
|
41 cp-cp-cp 19 21 23
|
||||||
|
42 cp-cp-hc 23 21 22
|
||||||
|
43 cp-cp-hc 21 23 24
|
||||||
|
44 cp-cp-cp 21 23 25
|
||||||
|
45 cp-cp-hc 25 23 24
|
||||||
|
46 cp-cp-hc 23 25 26
|
||||||
|
47 cp-cp-cp 23 25 27
|
||||||
|
48 cp-cp-hc 27 25 26
|
||||||
|
49 cp-cp-cp 17 27 25
|
||||||
|
50 cp-cp-hc 17 27 28
|
||||||
|
51 cp-cp-hc 25 27 28
|
||||||
|
52 cp-cp-hc 33 31 32
|
||||||
|
53 cp-cp-hc 41 31 32
|
||||||
|
54 cp-cp-cp 33 31 41
|
||||||
|
55 cp-cp-c1 31 33 34
|
||||||
|
56 cp-cp-cp 31 33 35
|
||||||
|
57 cp-cp-c1 35 33 34
|
||||||
|
58 cp-c1-c2 33 34 14
|
||||||
|
59 hc-c1-c2 43 34 14
|
||||||
|
60 c2-c1-c2 14 34 44
|
||||||
|
61 cp-c1-hc 33 34 43
|
||||||
|
62 cp-c1-c2 33 34 44
|
||||||
|
63 hc-c1-c2 43 34 44
|
||||||
|
64 cp-cp-hc 33 35 36
|
||||||
|
65 cp-cp-cp 33 35 37
|
||||||
|
66 cp-cp-hc 37 35 36
|
||||||
|
67 cp-cp-hc 35 37 38
|
||||||
|
68 cp-cp-cp 35 37 39
|
||||||
|
69 cp-cp-hc 39 37 38
|
||||||
|
70 cp-cp-hc 37 39 40
|
||||||
|
71 cp-cp-cp 37 39 41
|
||||||
|
72 cp-cp-hc 41 39 40
|
||||||
|
73 cp-cp-cp 31 41 39
|
||||||
|
74 cp-cp-hc 31 41 42
|
||||||
|
75 cp-cp-hc 39 41 42
|
||||||
|
76 c1-c2-c1 20 44 34
|
||||||
|
77 hc-c2-c1 45 44 20
|
||||||
|
78 hc-c2-c1 46 44 20
|
||||||
|
79 hc-c2-c1 45 44 34
|
||||||
|
80 hc-c2-c1 46 44 34
|
||||||
|
81 hc-c2-hc 45 44 46
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp-c1 2 1 3 4
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-hc 5 3 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-c1 11 1 3 4
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-cp 11 1 3 5
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 9 11 1 2
|
||||||
|
6 hc-cp-cp-hc 2 1 11 12
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-cp 3 1 11 9
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-hc 3 1 11 12
|
||||||
|
9 cp-cp-c1-hc 1 3 4 13
|
||||||
|
10 cp-cp-c1-c2 1 3 4 14
|
||||||
|
11 cp-cp-c1-hc 5 3 4 13
|
||||||
|
12 cp-cp-c1-c2 5 3 4 14
|
||||||
|
13 cp-cp-cp-hc 1 3 5 6
|
||||||
|
14 cp-cp-cp-cp 1 3 5 7
|
||||||
|
15 hc-cp-cp-c1 6 5 3 4
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-c1 7 5 3 4
|
||||||
|
17 cp-c1-c2-hc 3 4 14 15
|
||||||
|
18 cp-c1-c2-hc 3 4 14 16
|
||||||
|
19 cp-c1-c2-c1 3 4 14 34
|
||||||
|
20 hc-c1-c2-hc 13 4 14 15
|
||||||
|
21 hc-c1-c2-hc 13 4 14 16
|
||||||
|
22 hc-c1-c2-c1 13 4 14 34
|
||||||
|
23 cp-cp-cp-hc 3 5 7 8
|
||||||
|
24 cp-cp-cp-cp 3 5 7 9
|
||||||
|
25 hc-cp-cp-hc 6 5 7 8
|
||||||
|
26 cp-cp-cp-hc 9 7 5 6
|
||||||
|
27 cp-cp-cp-hc 5 7 9 10
|
||||||
|
28 cp-cp-cp-cp 5 7 9 11
|
||||||
|
29 hc-cp-cp-hc 8 7 9 10
|
||||||
|
30 cp-cp-cp-hc 11 9 7 8
|
||||||
|
31 cp-cp-cp-cp 7 9 11 1
|
||||||
|
32 cp-cp-cp-hc 7 9 11 12
|
||||||
|
33 cp-cp-cp-hc 1 11 9 10
|
||||||
|
34 hc-cp-cp-hc 10 9 11 12
|
||||||
|
35 cp-c1-c2-c1 33 34 14 4
|
||||||
|
36 hc-c1-c2-c1 43 34 14 4
|
||||||
|
37 c2-c1-c2-c1 44 34 14 4
|
||||||
|
38 cp-c1-c2-hc 33 34 14 15
|
||||||
|
39 hc-c1-c2-hc 43 34 14 15
|
||||||
|
40 c2-c1-c2-hc 44 34 14 15
|
||||||
|
41 cp-c1-c2-hc 33 34 14 16
|
||||||
|
42 hc-c1-c2-hc 43 34 14 16
|
||||||
|
43 c2-c1-c2-hc 44 34 14 16
|
||||||
|
44 hc-cp-cp-c1 18 17 19 20
|
||||||
|
45 cp-cp-cp-hc 21 19 17 18
|
||||||
|
46 cp-cp-cp-c1 27 17 19 20
|
||||||
|
47 cp-cp-cp-cp 27 17 19 21
|
||||||
|
48 cp-cp-cp-hc 25 27 17 18
|
||||||
|
49 hc-cp-cp-hc 18 17 27 28
|
||||||
|
50 cp-cp-cp-cp 19 17 27 25
|
||||||
|
51 cp-cp-cp-hc 19 17 27 28
|
||||||
|
52 cp-cp-c1-hc 17 19 20 29
|
||||||
|
53 cp-cp-c1-c2 17 19 20 30
|
||||||
|
54 cp-cp-c1-c2 17 19 20 44
|
||||||
|
55 cp-cp-c1-hc 21 19 20 29
|
||||||
|
56 cp-cp-c1-c2 21 19 20 30
|
||||||
|
57 cp-cp-c1-c2 21 19 20 44
|
||||||
|
58 cp-cp-cp-hc 17 19 21 22
|
||||||
|
59 cp-cp-cp-cp 17 19 21 23
|
||||||
|
60 hc-cp-cp-c1 22 21 19 20
|
||||||
|
61 cp-cp-cp-c1 23 21 19 20
|
||||||
|
62 cp-c1-c2-c1 19 20 44 34
|
||||||
|
63 cp-c1-c2-hc 19 20 44 45
|
||||||
|
64 cp-c1-c2-hc 19 20 44 46
|
||||||
|
65 hc-c1-c2-c1 29 20 44 34
|
||||||
|
66 hc-c1-c2-hc 29 20 44 45
|
||||||
|
67 hc-c1-c2-hc 29 20 44 46
|
||||||
|
68 c2-c1-c2-c1 30 20 44 34
|
||||||
|
69 c2-c1-c2-hc 30 20 44 45
|
||||||
|
70 c2-c1-c2-hc 30 20 44 46
|
||||||
|
71 cp-cp-cp-hc 19 21 23 24
|
||||||
|
72 cp-cp-cp-cp 19 21 23 25
|
||||||
|
73 hc-cp-cp-hc 22 21 23 24
|
||||||
|
74 cp-cp-cp-hc 25 23 21 22
|
||||||
|
75 cp-cp-cp-hc 21 23 25 26
|
||||||
|
76 cp-cp-cp-cp 21 23 25 27
|
||||||
|
77 hc-cp-cp-hc 24 23 25 26
|
||||||
|
78 cp-cp-cp-hc 27 25 23 24
|
||||||
|
79 cp-cp-cp-cp 23 25 27 17
|
||||||
|
80 cp-cp-cp-hc 23 25 27 28
|
||||||
|
81 cp-cp-cp-hc 17 27 25 26
|
||||||
|
82 hc-cp-cp-hc 26 25 27 28
|
||||||
|
83 hc-cp-cp-c1 32 31 33 34
|
||||||
|
84 cp-cp-cp-hc 35 33 31 32
|
||||||
|
85 cp-cp-cp-c1 41 31 33 34
|
||||||
|
86 cp-cp-cp-cp 41 31 33 35
|
||||||
|
87 cp-cp-cp-hc 39 41 31 32
|
||||||
|
88 hc-cp-cp-hc 32 31 41 42
|
||||||
|
89 cp-cp-cp-cp 33 31 41 39
|
||||||
|
90 cp-cp-cp-hc 33 31 41 42
|
||||||
|
91 cp-cp-c1-c2 31 33 34 14
|
||||||
|
92 cp-cp-c1-hc 31 33 34 43
|
||||||
|
93 cp-cp-c1-c2 31 33 34 44
|
||||||
|
94 cp-cp-c1-c2 35 33 34 14
|
||||||
|
95 cp-cp-c1-hc 35 33 34 43
|
||||||
|
96 cp-cp-c1-c2 35 33 34 44
|
||||||
|
97 cp-cp-cp-hc 31 33 35 36
|
||||||
|
98 cp-cp-cp-cp 31 33 35 37
|
||||||
|
99 hc-cp-cp-c1 36 35 33 34
|
||||||
|
100 cp-cp-cp-c1 37 35 33 34
|
||||||
|
101 c2-c1-c2-c1 14 34 44 20
|
||||||
|
102 c2-c1-c2-hc 14 34 44 45
|
||||||
|
103 c2-c1-c2-hc 14 34 44 46
|
||||||
|
104 cp-c1-c2-c1 33 34 44 20
|
||||||
|
105 cp-c1-c2-hc 33 34 44 45
|
||||||
|
106 cp-c1-c2-hc 33 34 44 46
|
||||||
|
107 hc-c1-c2-c1 43 34 44 20
|
||||||
|
108 hc-c1-c2-hc 43 34 44 45
|
||||||
|
109 hc-c1-c2-hc 43 34 44 46
|
||||||
|
110 cp-cp-cp-hc 33 35 37 38
|
||||||
|
111 cp-cp-cp-cp 33 35 37 39
|
||||||
|
112 hc-cp-cp-hc 36 35 37 38
|
||||||
|
113 cp-cp-cp-hc 39 37 35 36
|
||||||
|
114 cp-cp-cp-hc 35 37 39 40
|
||||||
|
115 cp-cp-cp-cp 35 37 39 41
|
||||||
|
116 hc-cp-cp-hc 38 37 39 40
|
||||||
|
117 cp-cp-cp-hc 41 39 37 38
|
||||||
|
118 cp-cp-cp-cp 37 39 41 31
|
||||||
|
119 cp-cp-cp-hc 37 39 41 42
|
||||||
|
120 cp-cp-cp-hc 31 41 39 40
|
||||||
|
121 hc-cp-cp-hc 40 39 41 42
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-cp-hc 3 1 11 2
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-c1 1 3 5 4
|
||||||
|
3 cp-c1-hc-c2 3 4 13 14
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-hc 3 5 7 6
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 5 7 9 8
|
||||||
|
6 cp-cp-cp-hc 7 9 11 10
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-hc 1 11 9 12
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-hc 19 17 27 18
|
||||||
|
9 cp-cp-cp-c1 17 19 21 20
|
||||||
|
10 cp-cp-cp-hc 19 21 23 22
|
||||||
|
11 cp-cp-cp-hc 21 23 25 24
|
||||||
|
12 cp-cp-cp-hc 23 25 27 26
|
||||||
|
13 cp-cp-cp-hc 17 27 25 28
|
||||||
|
14 cp-cp-cp-hc 33 31 41 32
|
||||||
|
15 cp-cp-cp-c1 31 33 35 34
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-hc 33 35 37 36
|
||||||
|
17 cp-cp-cp-hc 35 37 39 38
|
||||||
|
18 cp-cp-cp-hc 37 39 41 40
|
||||||
|
19 cp-cp-cp-hc 31 41 39 42
|
||||||
@ -1,422 +0,0 @@
|
|||||||
chain_plus_styrene_unreacted
|
|
||||||
|
|
||||||
46 atoms
|
|
||||||
47 bonds
|
|
||||||
75 angles
|
|
||||||
105 dihedrals
|
|
||||||
29 impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
Types
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1
|
|
||||||
2 2
|
|
||||||
3 1
|
|
||||||
4 3
|
|
||||||
5 1
|
|
||||||
6 2
|
|
||||||
7 1
|
|
||||||
8 2
|
|
||||||
9 1
|
|
||||||
10 2
|
|
||||||
11 1
|
|
||||||
12 2
|
|
||||||
13 2
|
|
||||||
14 4
|
|
||||||
15 2
|
|
||||||
16 2
|
|
||||||
17 1
|
|
||||||
18 2
|
|
||||||
19 1
|
|
||||||
20 5
|
|
||||||
21 1
|
|
||||||
22 2
|
|
||||||
23 1
|
|
||||||
24 2
|
|
||||||
25 1
|
|
||||||
26 2
|
|
||||||
27 1
|
|
||||||
28 2
|
|
||||||
29 2
|
|
||||||
30 6
|
|
||||||
31 1
|
|
||||||
32 2
|
|
||||||
33 1
|
|
||||||
34 5
|
|
||||||
35 1
|
|
||||||
36 2
|
|
||||||
37 1
|
|
||||||
38 2
|
|
||||||
39 1
|
|
||||||
40 2
|
|
||||||
41 1
|
|
||||||
42 2
|
|
||||||
43 2
|
|
||||||
44 6
|
|
||||||
45 2
|
|
||||||
46 2
|
|
||||||
|
|
||||||
Charges
|
|
||||||
|
|
||||||
1 -0.129000
|
|
||||||
2 0.123700
|
|
||||||
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||||||
5 -0.129000
|
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||||||
6 0.123700
|
|
||||||
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|
|
||||||
8 0.140300
|
|
||||||
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|
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||||||
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|
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||||||
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|
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||||||
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|
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||||||
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|
|
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|
|
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|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
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||||||
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|
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||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
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||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
46 0.035400
|
|
||||||
|
|
||||||
Coords
|
|
||||||
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|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
4 22.900700 3.253900 -1.309300
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
9 22.900700 -1.086100 -1.309300
|
|
||||||
10 22.900700 -2.163100 -1.309300
|
|
||||||
11 24.130699 -0.376100 -1.309300
|
|
||||||
12 25.062700 -0.915100 -1.309300
|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
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|
|
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|
|
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|
|
||||||
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|
|
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|
|
||||||
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|
|
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|
|
||||||
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|
|
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|
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|
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|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
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|
|
||||||
46 15.512500 2.791500 -2.228100
|
|
||||||
|
|
||||||
Bonds
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 1 2
|
|
||||||
2 2 1 3
|
|
||||||
3 2 1 11
|
|
||||||
4 3 3 4
|
|
||||||
5 2 3 5
|
|
||||||
6 4 13 4
|
|
||||||
7 5 4 14
|
|
||||||
8 1 5 6
|
|
||||||
9 2 5 7
|
|
||||||
10 1 7 8
|
|
||||||
11 2 7 9
|
|
||||||
12 1 9 10
|
|
||||||
13 2 9 11
|
|
||||||
14 1 11 12
|
|
||||||
15 6 15 14
|
|
||||||
16 6 16 14
|
|
||||||
17 1 17 18
|
|
||||||
18 2 17 19
|
|
||||||
19 2 17 27
|
|
||||||
20 7 19 20
|
|
||||||
21 2 19 21
|
|
||||||
22 8 29 20
|
|
||||||
23 9 20 30
|
|
||||||
24 9 20 44
|
|
||||||
25 1 21 22
|
|
||||||
26 2 21 23
|
|
||||||
27 1 23 24
|
|
||||||
28 2 23 25
|
|
||||||
29 1 25 26
|
|
||||||
30 2 25 27
|
|
||||||
31 1 27 28
|
|
||||||
32 1 31 32
|
|
||||||
33 2 31 33
|
|
||||||
34 2 31 41
|
|
||||||
35 7 33 34
|
|
||||||
36 2 33 35
|
|
||||||
37 8 43 34
|
|
||||||
38 9 34 44
|
|
||||||
39 1 35 36
|
|
||||||
40 2 35 37
|
|
||||||
41 1 37 38
|
|
||||||
42 2 37 39
|
|
||||||
43 1 39 40
|
|
||||||
44 2 39 41
|
|
||||||
45 1 41 42
|
|
||||||
46 10 45 44
|
|
||||||
47 10 46 44
|
|
||||||
|
|
||||||
Angles
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 2
|
|
||||||
2 1 11 1 2
|
|
||||||
3 2 3 1 11
|
|
||||||
4 3 1 3 4
|
|
||||||
5 2 1 3 5
|
|
||||||
6 3 5 3 4
|
|
||||||
7 4 3 4 13
|
|
||||||
8 5 3 4 14
|
|
||||||
9 6 13 4 14
|
|
||||||
10 1 3 5 6
|
|
||||||
11 2 3 5 7
|
|
||||||
12 1 7 5 6
|
|
||||||
13 1 5 7 8
|
|
||||||
14 2 5 7 9
|
|
||||||
15 1 9 7 8
|
|
||||||
16 1 7 9 10
|
|
||||||
17 2 7 9 11
|
|
||||||
18 1 11 9 10
|
|
||||||
19 2 1 11 9
|
|
||||||
20 1 1 11 12
|
|
||||||
21 1 9 11 12
|
|
||||||
22 7 15 14 4
|
|
||||||
23 7 16 14 4
|
|
||||||
24 8 15 14 16
|
|
||||||
25 1 19 17 18
|
|
||||||
26 1 27 17 18
|
|
||||||
27 2 19 17 27
|
|
||||||
28 9 17 19 20
|
|
||||||
29 2 17 19 21
|
|
||||||
30 9 21 19 20
|
|
||||||
31 10 19 20 29
|
|
||||||
32 11 19 20 30
|
|
||||||
33 11 19 20 44
|
|
||||||
34 12 29 20 30
|
|
||||||
35 12 29 20 44
|
|
||||||
36 13 30 20 44
|
|
||||||
37 1 19 21 22
|
|
||||||
38 2 19 21 23
|
|
||||||
39 1 23 21 22
|
|
||||||
40 1 21 23 24
|
|
||||||
41 2 21 23 25
|
|
||||||
42 1 25 23 24
|
|
||||||
43 1 23 25 26
|
|
||||||
44 2 23 25 27
|
|
||||||
45 1 27 25 26
|
|
||||||
46 2 17 27 25
|
|
||||||
47 1 17 27 28
|
|
||||||
48 1 25 27 28
|
|
||||||
49 1 33 31 32
|
|
||||||
50 1 41 31 32
|
|
||||||
51 2 33 31 41
|
|
||||||
52 9 31 33 34
|
|
||||||
53 2 31 33 35
|
|
||||||
54 9 35 33 34
|
|
||||||
55 10 33 34 43
|
|
||||||
56 11 33 34 44
|
|
||||||
57 12 43 34 44
|
|
||||||
58 1 33 35 36
|
|
||||||
59 2 33 35 37
|
|
||||||
60 1 37 35 36
|
|
||||||
61 1 35 37 38
|
|
||||||
62 2 35 37 39
|
|
||||||
63 1 39 37 38
|
|
||||||
64 1 37 39 40
|
|
||||||
65 2 37 39 41
|
|
||||||
66 1 41 39 40
|
|
||||||
67 2 31 41 39
|
|
||||||
68 1 31 41 42
|
|
||||||
69 1 39 41 42
|
|
||||||
70 16 20 44 34
|
|
||||||
71 14 45 44 20
|
|
||||||
72 14 46 44 20
|
|
||||||
73 14 45 44 34
|
|
||||||
74 14 46 44 34
|
|
||||||
75 15 45 44 46
|
|
||||||
|
|
||||||
Dihedrals
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 2 1 3 4
|
|
||||||
2 2 5 3 1 2
|
|
||||||
3 3 11 1 3 4
|
|
||||||
4 4 11 1 3 5
|
|
||||||
5 2 9 11 1 2
|
|
||||||
6 5 2 1 11 12
|
|
||||||
7 4 3 1 11 9
|
|
||||||
8 2 3 1 11 12
|
|
||||||
9 6 1 3 4 13
|
|
||||||
10 7 1 3 4 14
|
|
||||||
11 6 5 3 4 13
|
|
||||||
12 7 5 3 4 14
|
|
||||||
13 2 1 3 5 6
|
|
||||||
14 4 1 3 5 7
|
|
||||||
15 1 6 5 3 4
|
|
||||||
16 3 7 5 3 4
|
|
||||||
17 8 3 4 14 15
|
|
||||||
18 8 3 4 14 16
|
|
||||||
19 9 13 4 14 15
|
|
||||||
20 9 13 4 14 16
|
|
||||||
21 2 3 5 7 8
|
|
||||||
22 4 3 5 7 9
|
|
||||||
23 5 6 5 7 8
|
|
||||||
24 2 9 7 5 6
|
|
||||||
25 2 5 7 9 10
|
|
||||||
26 4 5 7 9 11
|
|
||||||
27 5 8 7 9 10
|
|
||||||
28 2 11 9 7 8
|
|
||||||
29 4 7 9 11 1
|
|
||||||
30 2 7 9 11 12
|
|
||||||
31 2 1 11 9 10
|
|
||||||
32 5 10 9 11 12
|
|
||||||
33 10 18 17 19 20
|
|
||||||
34 2 21 19 17 18
|
|
||||||
35 11 27 17 19 20
|
|
||||||
36 4 27 17 19 21
|
|
||||||
37 2 25 27 17 18
|
|
||||||
38 5 18 17 27 28
|
|
||||||
39 4 19 17 27 25
|
|
||||||
40 2 19 17 27 28
|
|
||||||
41 12 17 19 20 29
|
|
||||||
42 13 17 19 20 30
|
|
||||||
43 13 17 19 20 44
|
|
||||||
44 12 21 19 20 29
|
|
||||||
45 13 21 19 20 30
|
|
||||||
46 13 21 19 20 44
|
|
||||||
47 2 17 19 21 22
|
|
||||||
48 4 17 19 21 23
|
|
||||||
49 10 22 21 19 20
|
|
||||||
50 11 23 21 19 20
|
|
||||||
51 17 19 20 44 34
|
|
||||||
52 14 19 20 44 45
|
|
||||||
53 14 19 20 44 46
|
|
||||||
54 18 29 20 44 34
|
|
||||||
55 15 29 20 44 45
|
|
||||||
56 15 29 20 44 46
|
|
||||||
57 19 30 20 44 34
|
|
||||||
58 16 30 20 44 45
|
|
||||||
59 16 30 20 44 46
|
|
||||||
60 2 19 21 23 24
|
|
||||||
61 4 19 21 23 25
|
|
||||||
62 5 22 21 23 24
|
|
||||||
63 2 25 23 21 22
|
|
||||||
64 2 21 23 25 26
|
|
||||||
65 4 21 23 25 27
|
|
||||||
66 5 24 23 25 26
|
|
||||||
67 2 27 25 23 24
|
|
||||||
68 4 23 25 27 17
|
|
||||||
69 2 23 25 27 28
|
|
||||||
70 2 17 27 25 26
|
|
||||||
71 5 26 25 27 28
|
|
||||||
72 10 32 31 33 34
|
|
||||||
73 2 35 33 31 32
|
|
||||||
74 11 41 31 33 34
|
|
||||||
75 4 41 31 33 35
|
|
||||||
76 2 39 41 31 32
|
|
||||||
77 5 32 31 41 42
|
|
||||||
78 4 33 31 41 39
|
|
||||||
79 2 33 31 41 42
|
|
||||||
80 12 31 33 34 43
|
|
||||||
81 13 31 33 34 44
|
|
||||||
82 12 35 33 34 43
|
|
||||||
83 13 35 33 34 44
|
|
||||||
84 2 31 33 35 36
|
|
||||||
85 4 31 33 35 37
|
|
||||||
86 10 36 35 33 34
|
|
||||||
87 11 37 35 33 34
|
|
||||||
88 17 33 34 44 20
|
|
||||||
89 14 33 34 44 45
|
|
||||||
90 14 33 34 44 46
|
|
||||||
91 18 43 34 44 20
|
|
||||||
92 15 43 34 44 45
|
|
||||||
93 15 43 34 44 46
|
|
||||||
94 2 33 35 37 38
|
|
||||||
95 4 33 35 37 39
|
|
||||||
96 5 36 35 37 38
|
|
||||||
97 2 39 37 35 36
|
|
||||||
98 2 35 37 39 40
|
|
||||||
99 4 35 37 39 41
|
|
||||||
100 5 38 37 39 40
|
|
||||||
101 2 41 39 37 38
|
|
||||||
102 4 37 39 41 31
|
|
||||||
103 2 37 39 41 42
|
|
||||||
104 2 31 41 39 40
|
|
||||||
105 5 40 39 41 42
|
|
||||||
|
|
||||||
Impropers
|
|
||||||
|
|
||||||
1 1 3 1 11 2
|
|
||||||
2 2 1 3 5 4
|
|
||||||
3 3 3 4 13 14
|
|
||||||
4 1 3 5 7 6
|
|
||||||
5 1 5 7 9 8
|
|
||||||
6 1 7 9 11 10
|
|
||||||
7 1 1 11 9 12
|
|
||||||
8 4 15 14 16 4
|
|
||||||
9 1 19 17 27 18
|
|
||||||
10 5 17 19 21 20
|
|
||||||
11 1 19 21 23 22
|
|
||||||
12 1 21 23 25 24
|
|
||||||
13 1 23 25 27 26
|
|
||||||
14 1 17 27 25 28
|
|
||||||
15 1 33 31 41 32
|
|
||||||
16 5 31 33 35 34
|
|
||||||
17 7 33 34 43 44
|
|
||||||
18 1 33 35 37 36
|
|
||||||
19 1 35 37 39 38
|
|
||||||
20 1 37 39 41 40
|
|
||||||
21 1 31 41 39 42
|
|
||||||
22 1 19 20 29 30
|
|
||||||
23 1 19 20 29 44
|
|
||||||
24 1 19 20 30 44
|
|
||||||
25 1 29 20 30 44
|
|
||||||
26 1 45 44 34 20
|
|
||||||
27 1 46 44 34 20
|
|
||||||
28 1 45 44 46 20
|
|
||||||
29 1 45 44 46 34
|
|
||||||
@ -0,0 +1,463 @@
|
|||||||
|
chain_plus_styrene_unreacted
|
||||||
|
|
||||||
|
46 atoms
|
||||||
|
47 bonds
|
||||||
|
75 angles
|
||||||
|
105 dihedrals
|
||||||
|
21 impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
Coords
|
||||||
|
|
||||||
|
1 24.130699158 1.043900013 -1.309299946
|
||||||
|
2 25.062700272 1.582900047 -1.309299946
|
||||||
|
3 22.900699615 1.753900051 -1.309299946
|
||||||
|
4 22.900699615 3.253900051 -1.309299946
|
||||||
|
5 21.670700073 1.043900013 -1.309299946
|
||||||
|
6 20.738700867 1.582900047 -1.309299946
|
||||||
|
7 21.670700073 -0.376100004 -1.309299946
|
||||||
|
8 20.738700867 -0.915099978 -1.309299946
|
||||||
|
9 22.900699615 -1.086099982 -1.309299946
|
||||||
|
10 22.900699615 -2.163100004 -1.309299946
|
||||||
|
11 24.130699158 -0.376100004 -1.309299946
|
||||||
|
12 25.062700272 -0.915099978 -1.309299946
|
||||||
|
13 23.766700745 3.658900023 -0.952300012
|
||||||
|
14 21.622699738 3.802900076 -1.871299982
|
||||||
|
15 21.672700882 4.544899940 -1.970299959
|
||||||
|
16 20.979700088 2.979899883 -2.165299892
|
||||||
|
17 13.465800285 0.682500005 -1.658900022
|
||||||
|
18 14.397800446 1.221500039 -1.658900022
|
||||||
|
19 12.235799789 1.392500043 -1.658900022
|
||||||
|
20 12.235799789 2.892499924 -1.658900022
|
||||||
|
21 11.005800247 0.682500005 -1.658900022
|
||||||
|
22 10.073800087 1.221500039 -1.658900022
|
||||||
|
23 11.005800247 -0.737500012 -1.658900022
|
||||||
|
24 10.073800087 -1.276499987 -1.658900022
|
||||||
|
25 12.235799789 -1.447499990 -1.658900022
|
||||||
|
26 12.235799789 -2.524499893 -1.658900022
|
||||||
|
27 13.465800285 -0.737500012 -1.658900022
|
||||||
|
28 14.397800446 -1.276499987 -1.658900022
|
||||||
|
29 13.101799965 3.297499895 -1.301900029
|
||||||
|
30 10.957799911 3.441499949 -2.220900059
|
||||||
|
31 18.663499832 0.855499983 -1.372099996
|
||||||
|
32 19.595500946 1.394500017 -1.372099996
|
||||||
|
33 17.433500290 1.565500021 -1.372099996
|
||||||
|
34 17.433500290 3.065500021 -1.372099996
|
||||||
|
35 16.203500748 0.855499983 -1.372099996
|
||||||
|
36 15.271499634 1.394500017 -1.372099996
|
||||||
|
37 16.203500748 -0.564499974 -1.372099996
|
||||||
|
38 15.271499634 -1.103500009 -1.372099996
|
||||||
|
39 17.433500290 -1.274500012 -1.372099996
|
||||||
|
40 17.433500290 -2.351500034 -1.372099996
|
||||||
|
41 18.663499832 -0.564499974 -1.372099996
|
||||||
|
42 19.595500946 -1.103500009 -1.372099996
|
||||||
|
43 18.299499512 3.470499992 -1.015100002
|
||||||
|
44 16.155500412 3.614500046 -1.934100032
|
||||||
|
45 16.205499649 4.356500149 -2.033099890
|
||||||
|
46 15.512499809 2.791500092 -2.228100061
|
||||||
|
|
||||||
|
Types
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp
|
||||||
|
2 hc
|
||||||
|
3 cp
|
||||||
|
4 c=1
|
||||||
|
5 cp
|
||||||
|
6 hc
|
||||||
|
7 cp
|
||||||
|
8 hc
|
||||||
|
9 cp
|
||||||
|
10 hc
|
||||||
|
11 cp
|
||||||
|
12 hc
|
||||||
|
13 hc
|
||||||
|
14 c=
|
||||||
|
15 hc
|
||||||
|
16 hc
|
||||||
|
17 cp
|
||||||
|
18 hc
|
||||||
|
19 cp
|
||||||
|
20 c1
|
||||||
|
21 cp
|
||||||
|
22 hc
|
||||||
|
23 cp
|
||||||
|
24 hc
|
||||||
|
25 cp
|
||||||
|
26 hc
|
||||||
|
27 cp
|
||||||
|
28 hc
|
||||||
|
29 hc
|
||||||
|
30 c2
|
||||||
|
31 cp
|
||||||
|
32 hc
|
||||||
|
33 cp
|
||||||
|
34 c1
|
||||||
|
35 cp
|
||||||
|
36 hc
|
||||||
|
37 cp
|
||||||
|
38 hc
|
||||||
|
39 cp
|
||||||
|
40 hc
|
||||||
|
41 cp
|
||||||
|
42 hc
|
||||||
|
43 hc
|
||||||
|
44 c2
|
||||||
|
45 hc
|
||||||
|
46 hc
|
||||||
|
|
||||||
|
Charges
|
||||||
|
|
||||||
|
1 -0.129000
|
||||||
|
2 0.123700
|
||||||
|
3 0.026600
|
||||||
|
4 -0.018200
|
||||||
|
5 -0.129000
|
||||||
|
6 0.123700
|
||||||
|
7 -0.173400
|
||||||
|
8 0.140300
|
||||||
|
9 -0.113400
|
||||||
|
10 0.128800
|
||||||
|
11 -0.173400
|
||||||
|
12 0.140300
|
||||||
|
13 0.051600
|
||||||
|
14 -0.069600
|
||||||
|
15 0.035400
|
||||||
|
16 0.035400
|
||||||
|
17 -0.129000
|
||||||
|
18 0.123700
|
||||||
|
19 0.026600
|
||||||
|
20 -0.018200
|
||||||
|
21 -0.129000
|
||||||
|
22 0.123700
|
||||||
|
23 -0.173400
|
||||||
|
24 0.140300
|
||||||
|
25 -0.113400
|
||||||
|
26 0.128800
|
||||||
|
27 -0.173400
|
||||||
|
28 0.140300
|
||||||
|
29 0.051600
|
||||||
|
30 -0.069600
|
||||||
|
31 -0.129000
|
||||||
|
32 0.123700
|
||||||
|
33 0.026600
|
||||||
|
34 -0.018200
|
||||||
|
35 -0.129000
|
||||||
|
36 0.123700
|
||||||
|
37 -0.173400
|
||||||
|
38 0.140300
|
||||||
|
39 -0.113400
|
||||||
|
40 0.128800
|
||||||
|
41 -0.173400
|
||||||
|
42 0.140300
|
||||||
|
43 0.051600
|
||||||
|
44 -0.069600
|
||||||
|
45 0.035400
|
||||||
|
46 0.035400
|
||||||
|
|
||||||
|
Molecules
|
||||||
|
|
||||||
|
1 1
|
||||||
|
2 1
|
||||||
|
3 1
|
||||||
|
4 1
|
||||||
|
5 1
|
||||||
|
6 1
|
||||||
|
7 1
|
||||||
|
8 1
|
||||||
|
9 1
|
||||||
|
10 1
|
||||||
|
11 1
|
||||||
|
12 1
|
||||||
|
13 1
|
||||||
|
14 1
|
||||||
|
15 1
|
||||||
|
16 1
|
||||||
|
17 1
|
||||||
|
18 1
|
||||||
|
19 1
|
||||||
|
20 1
|
||||||
|
21 1
|
||||||
|
22 1
|
||||||
|
23 1
|
||||||
|
24 1
|
||||||
|
25 1
|
||||||
|
26 1
|
||||||
|
27 1
|
||||||
|
28 1
|
||||||
|
29 1
|
||||||
|
30 1
|
||||||
|
31 1
|
||||||
|
32 1
|
||||||
|
33 1
|
||||||
|
34 1
|
||||||
|
35 1
|
||||||
|
36 1
|
||||||
|
37 1
|
||||||
|
38 1
|
||||||
|
39 1
|
||||||
|
40 1
|
||||||
|
41 1
|
||||||
|
42 1
|
||||||
|
43 1
|
||||||
|
44 1
|
||||||
|
45 1
|
||||||
|
46 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Bonds
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-hc 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp 1 3
|
||||||
|
3 cp-cp 1 11
|
||||||
|
4 cp-c=1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp 3 5
|
||||||
|
6 hc-c=1 13 4
|
||||||
|
7 c=1-c= 4 14
|
||||||
|
8 cp-hc 5 6
|
||||||
|
9 cp-cp 5 7
|
||||||
|
10 cp-hc 7 8
|
||||||
|
11 cp-cp 7 9
|
||||||
|
12 cp-hc 9 10
|
||||||
|
13 cp-cp 9 11
|
||||||
|
14 cp-hc 11 12
|
||||||
|
15 hc-c= 15 14
|
||||||
|
16 hc-c= 16 14
|
||||||
|
17 cp-hc 17 18
|
||||||
|
18 cp-cp 17 19
|
||||||
|
19 cp-cp 17 27
|
||||||
|
20 cp-c1 19 20
|
||||||
|
21 cp-cp 19 21
|
||||||
|
22 hc-c1 29 20
|
||||||
|
23 c1-c2 20 30
|
||||||
|
24 c1-c2 20 44
|
||||||
|
25 cp-hc 21 22
|
||||||
|
26 cp-cp 21 23
|
||||||
|
27 cp-hc 23 24
|
||||||
|
28 cp-cp 23 25
|
||||||
|
29 cp-hc 25 26
|
||||||
|
30 cp-cp 25 27
|
||||||
|
31 cp-hc 27 28
|
||||||
|
32 cp-hc 31 32
|
||||||
|
33 cp-cp 31 33
|
||||||
|
34 cp-cp 31 41
|
||||||
|
35 cp-c1 33 34
|
||||||
|
36 cp-cp 33 35
|
||||||
|
37 hc-c1 43 34
|
||||||
|
38 c1-c2 34 44
|
||||||
|
39 cp-hc 35 36
|
||||||
|
40 cp-cp 35 37
|
||||||
|
41 cp-hc 37 38
|
||||||
|
42 cp-cp 37 39
|
||||||
|
43 cp-hc 39 40
|
||||||
|
44 cp-cp 39 41
|
||||||
|
45 cp-hc 41 42
|
||||||
|
46 hc-c2 45 44
|
||||||
|
47 hc-c2 46 44
|
||||||
|
|
||||||
|
Angles
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-hc 3 1 2
|
||||||
|
2 cp-cp-hc 11 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp 3 1 11
|
||||||
|
4 cp-cp-c=1 1 3 4
|
||||||
|
5 cp-cp-cp 1 3 5
|
||||||
|
6 cp-cp-c=1 5 3 4
|
||||||
|
7 cp-c=1-hc 3 4 13
|
||||||
|
8 cp-c=1-c= 3 4 14
|
||||||
|
9 hc-c=1-c= 13 4 14
|
||||||
|
10 cp-cp-hc 3 5 6
|
||||||
|
11 cp-cp-cp 3 5 7
|
||||||
|
12 cp-cp-hc 7 5 6
|
||||||
|
13 cp-cp-hc 5 7 8
|
||||||
|
14 cp-cp-cp 5 7 9
|
||||||
|
15 cp-cp-hc 9 7 8
|
||||||
|
16 cp-cp-hc 7 9 10
|
||||||
|
17 cp-cp-cp 7 9 11
|
||||||
|
18 cp-cp-hc 11 9 10
|
||||||
|
19 cp-cp-cp 1 11 9
|
||||||
|
20 cp-cp-hc 1 11 12
|
||||||
|
21 cp-cp-hc 9 11 12
|
||||||
|
22 hc-c=-c=1 15 14 4
|
||||||
|
23 hc-c=-c=1 16 14 4
|
||||||
|
24 hc-c=-hc 15 14 16
|
||||||
|
25 cp-cp-hc 19 17 18
|
||||||
|
26 cp-cp-hc 27 17 18
|
||||||
|
27 cp-cp-cp 19 17 27
|
||||||
|
28 cp-cp-c1 17 19 20
|
||||||
|
29 cp-cp-cp 17 19 21
|
||||||
|
30 cp-cp-c1 21 19 20
|
||||||
|
31 cp-c1-hc 19 20 29
|
||||||
|
32 cp-c1-c2 19 20 30
|
||||||
|
33 cp-c1-c2 19 20 44
|
||||||
|
34 hc-c1-c2 29 20 30
|
||||||
|
35 hc-c1-c2 29 20 44
|
||||||
|
36 c2-c1-c2 30 20 44
|
||||||
|
37 cp-cp-hc 19 21 22
|
||||||
|
38 cp-cp-cp 19 21 23
|
||||||
|
39 cp-cp-hc 23 21 22
|
||||||
|
40 cp-cp-hc 21 23 24
|
||||||
|
41 cp-cp-cp 21 23 25
|
||||||
|
42 cp-cp-hc 25 23 24
|
||||||
|
43 cp-cp-hc 23 25 26
|
||||||
|
44 cp-cp-cp 23 25 27
|
||||||
|
45 cp-cp-hc 27 25 26
|
||||||
|
46 cp-cp-cp 17 27 25
|
||||||
|
47 cp-cp-hc 17 27 28
|
||||||
|
48 cp-cp-hc 25 27 28
|
||||||
|
49 cp-cp-hc 33 31 32
|
||||||
|
50 cp-cp-hc 41 31 32
|
||||||
|
51 cp-cp-cp 33 31 41
|
||||||
|
52 cp-cp-c1 31 33 34
|
||||||
|
53 cp-cp-cp 31 33 35
|
||||||
|
54 cp-cp-c1 35 33 34
|
||||||
|
55 cp-c1-hc 33 34 43
|
||||||
|
56 cp-c1-c2 33 34 44
|
||||||
|
57 hc-c1-c2 43 34 44
|
||||||
|
58 cp-cp-hc 33 35 36
|
||||||
|
59 cp-cp-cp 33 35 37
|
||||||
|
60 cp-cp-hc 37 35 36
|
||||||
|
61 cp-cp-hc 35 37 38
|
||||||
|
62 cp-cp-cp 35 37 39
|
||||||
|
63 cp-cp-hc 39 37 38
|
||||||
|
64 cp-cp-hc 37 39 40
|
||||||
|
65 cp-cp-cp 37 39 41
|
||||||
|
66 cp-cp-hc 41 39 40
|
||||||
|
67 cp-cp-cp 31 41 39
|
||||||
|
68 cp-cp-hc 31 41 42
|
||||||
|
69 cp-cp-hc 39 41 42
|
||||||
|
70 c1-c2-c1 20 44 34
|
||||||
|
71 hc-c2-c1 45 44 20
|
||||||
|
72 hc-c2-c1 46 44 20
|
||||||
|
73 hc-c2-c1 45 44 34
|
||||||
|
74 hc-c2-c1 46 44 34
|
||||||
|
75 hc-c2-hc 45 44 46
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedrals
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp-c=1 2 1 3 4
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-hc 5 3 1 2
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-c=1 11 1 3 4
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-cp 11 1 3 5
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 9 11 1 2
|
||||||
|
6 hc-cp-cp-hc 2 1 11 12
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-cp 3 1 11 9
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-hc 3 1 11 12
|
||||||
|
9 cp-cp-c=1-hc 1 3 4 13
|
||||||
|
10 cp-cp-c=1-c= 1 3 4 14
|
||||||
|
11 cp-cp-c=1-hc 5 3 4 13
|
||||||
|
12 cp-cp-c=1-c= 5 3 4 14
|
||||||
|
13 cp-cp-cp-hc 1 3 5 6
|
||||||
|
14 cp-cp-cp-cp 1 3 5 7
|
||||||
|
15 hc-cp-cp-c=1 6 5 3 4
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-c=1 7 5 3 4
|
||||||
|
17 cp-c=1-c=-hc 3 4 14 15
|
||||||
|
18 cp-c=1-c=-hc 3 4 14 16
|
||||||
|
19 hc-c=1-c=-hc 13 4 14 15
|
||||||
|
20 hc-c=1-c=-hc 13 4 14 16
|
||||||
|
21 cp-cp-cp-hc 3 5 7 8
|
||||||
|
22 cp-cp-cp-cp 3 5 7 9
|
||||||
|
23 hc-cp-cp-hc 6 5 7 8
|
||||||
|
24 cp-cp-cp-hc 9 7 5 6
|
||||||
|
25 cp-cp-cp-hc 5 7 9 10
|
||||||
|
26 cp-cp-cp-cp 5 7 9 11
|
||||||
|
27 hc-cp-cp-hc 8 7 9 10
|
||||||
|
28 cp-cp-cp-hc 11 9 7 8
|
||||||
|
29 cp-cp-cp-cp 7 9 11 1
|
||||||
|
30 cp-cp-cp-hc 7 9 11 12
|
||||||
|
31 cp-cp-cp-hc 1 11 9 10
|
||||||
|
32 hc-cp-cp-hc 10 9 11 12
|
||||||
|
33 hc-cp-cp-c1 18 17 19 20
|
||||||
|
34 cp-cp-cp-hc 21 19 17 18
|
||||||
|
35 cp-cp-cp-c1 27 17 19 20
|
||||||
|
36 cp-cp-cp-cp 27 17 19 21
|
||||||
|
37 cp-cp-cp-hc 25 27 17 18
|
||||||
|
38 hc-cp-cp-hc 18 17 27 28
|
||||||
|
39 cp-cp-cp-cp 19 17 27 25
|
||||||
|
40 cp-cp-cp-hc 19 17 27 28
|
||||||
|
41 cp-cp-c1-hc 17 19 20 29
|
||||||
|
42 cp-cp-c1-c2 17 19 20 30
|
||||||
|
43 cp-cp-c1-c2 17 19 20 44
|
||||||
|
44 cp-cp-c1-hc 21 19 20 29
|
||||||
|
45 cp-cp-c1-c2 21 19 20 30
|
||||||
|
46 cp-cp-c1-c2 21 19 20 44
|
||||||
|
47 cp-cp-cp-hc 17 19 21 22
|
||||||
|
48 cp-cp-cp-cp 17 19 21 23
|
||||||
|
49 hc-cp-cp-c1 22 21 19 20
|
||||||
|
50 cp-cp-cp-c1 23 21 19 20
|
||||||
|
51 cp-c1-c2-c1 19 20 44 34
|
||||||
|
52 cp-c1-c2-hc 19 20 44 45
|
||||||
|
53 cp-c1-c2-hc 19 20 44 46
|
||||||
|
54 hc-c1-c2-c1 29 20 44 34
|
||||||
|
55 hc-c1-c2-hc 29 20 44 45
|
||||||
|
56 hc-c1-c2-hc 29 20 44 46
|
||||||
|
57 c2-c1-c2-c1 30 20 44 34
|
||||||
|
58 c2-c1-c2-hc 30 20 44 45
|
||||||
|
59 c2-c1-c2-hc 30 20 44 46
|
||||||
|
60 cp-cp-cp-hc 19 21 23 24
|
||||||
|
61 cp-cp-cp-cp 19 21 23 25
|
||||||
|
62 hc-cp-cp-hc 22 21 23 24
|
||||||
|
63 cp-cp-cp-hc 25 23 21 22
|
||||||
|
64 cp-cp-cp-hc 21 23 25 26
|
||||||
|
65 cp-cp-cp-cp 21 23 25 27
|
||||||
|
66 hc-cp-cp-hc 24 23 25 26
|
||||||
|
67 cp-cp-cp-hc 27 25 23 24
|
||||||
|
68 cp-cp-cp-cp 23 25 27 17
|
||||||
|
69 cp-cp-cp-hc 23 25 27 28
|
||||||
|
70 cp-cp-cp-hc 17 27 25 26
|
||||||
|
71 hc-cp-cp-hc 26 25 27 28
|
||||||
|
72 hc-cp-cp-c1 32 31 33 34
|
||||||
|
73 cp-cp-cp-hc 35 33 31 32
|
||||||
|
74 cp-cp-cp-c1 41 31 33 34
|
||||||
|
75 cp-cp-cp-cp 41 31 33 35
|
||||||
|
76 cp-cp-cp-hc 39 41 31 32
|
||||||
|
77 hc-cp-cp-hc 32 31 41 42
|
||||||
|
78 cp-cp-cp-cp 33 31 41 39
|
||||||
|
79 cp-cp-cp-hc 33 31 41 42
|
||||||
|
80 cp-cp-c1-hc 31 33 34 43
|
||||||
|
81 cp-cp-c1-c2 31 33 34 44
|
||||||
|
82 cp-cp-c1-hc 35 33 34 43
|
||||||
|
83 cp-cp-c1-c2 35 33 34 44
|
||||||
|
84 cp-cp-cp-hc 31 33 35 36
|
||||||
|
85 cp-cp-cp-cp 31 33 35 37
|
||||||
|
86 hc-cp-cp-c1 36 35 33 34
|
||||||
|
87 cp-cp-cp-c1 37 35 33 34
|
||||||
|
88 cp-c1-c2-c1 33 34 44 20
|
||||||
|
89 cp-c1-c2-hc 33 34 44 45
|
||||||
|
90 cp-c1-c2-hc 33 34 44 46
|
||||||
|
91 hc-c1-c2-c1 43 34 44 20
|
||||||
|
92 hc-c1-c2-hc 43 34 44 45
|
||||||
|
93 hc-c1-c2-hc 43 34 44 46
|
||||||
|
94 cp-cp-cp-hc 33 35 37 38
|
||||||
|
95 cp-cp-cp-cp 33 35 37 39
|
||||||
|
96 hc-cp-cp-hc 36 35 37 38
|
||||||
|
97 cp-cp-cp-hc 39 37 35 36
|
||||||
|
98 cp-cp-cp-hc 35 37 39 40
|
||||||
|
99 cp-cp-cp-cp 35 37 39 41
|
||||||
|
100 hc-cp-cp-hc 38 37 39 40
|
||||||
|
101 cp-cp-cp-hc 41 39 37 38
|
||||||
|
102 cp-cp-cp-cp 37 39 41 31
|
||||||
|
103 cp-cp-cp-hc 37 39 41 42
|
||||||
|
104 cp-cp-cp-hc 31 41 39 40
|
||||||
|
105 hc-cp-cp-hc 40 39 41 42
|
||||||
|
|
||||||
|
Impropers
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-cp-hc 3 1 11 2
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-c=1 1 3 5 4
|
||||||
|
3 cp-c=1-hc-c= 3 4 13 14
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-hc 3 5 7 6
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-hc 5 7 9 8
|
||||||
|
6 cp-cp-cp-hc 7 9 11 10
|
||||||
|
7 cp-cp-cp-hc 1 11 9 12
|
||||||
|
8 hc-c=-hc-c=1 15 14 16 4
|
||||||
|
9 cp-cp-cp-hc 19 17 27 18
|
||||||
|
10 cp-cp-cp-c1 17 19 21 20
|
||||||
|
11 cp-cp-cp-hc 19 21 23 22
|
||||||
|
12 cp-cp-cp-hc 21 23 25 24
|
||||||
|
13 cp-cp-cp-hc 23 25 27 26
|
||||||
|
14 cp-cp-cp-hc 17 27 25 28
|
||||||
|
15 cp-cp-cp-hc 33 31 41 32
|
||||||
|
16 cp-cp-cp-c1 31 33 35 34
|
||||||
|
17 cp-c1-hc-c2 33 34 43 44
|
||||||
|
18 cp-cp-cp-hc 33 35 37 36
|
||||||
|
19 cp-cp-cp-hc 35 37 39 38
|
||||||
|
20 cp-cp-cp-hc 37 39 41 40
|
||||||
|
21 cp-cp-cp-hc 31 41 39 42
|
||||||
@ -28,12 +28,12 @@ read_data tiny_polystyrene.data &
|
|||||||
extra/improper/per/atom 25 &
|
extra/improper/per/atom 25 &
|
||||||
extra/special/per/atom 25
|
extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
|
||||||
molecule mol1 2styrene_unreacted.data_template
|
molecule mol1 2styrene_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol2 2styrene_reacted.data_template
|
molecule mol2 2styrene_reacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol3 chain_plus_styrene_unreacted.data_template
|
molecule mol3 chain_plus_styrene_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol4 chain_plus_styrene_reacted.data_template
|
molecule mol4 chain_plus_styrene_reacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol5 chain_chain_unreacted.data_template
|
molecule mol5 chain_chain_unreacted.molecule_template
|
||||||
molecule mol6 chain_chain_reacted.data_template
|
molecule mol6 chain_chain_reacted.molecule_template
|
||||||
|
|
||||||
thermo 100
|
thermo 100
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -1,245 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (20 Nov 2019)
|
|
||||||
|
|
||||||
WARNING-WARNING-WARNING-WARNING-WARNING
|
|
||||||
This LAMMPS executable was compiled using C++98 compatibility.
|
|
||||||
Please report the compiler info below at https://github.com/lammps/lammps/issues/1659
|
|
||||||
GNU C++ 4.8.5
|
|
||||||
WARNING-WARNING-WARNING-WARNING-WARNING
|
|
||||||
|
|
||||||
Reading data file ...
|
|
||||||
orthogonal box = (1.74267 1.74267 1.74267) to (18.2573 18.2573 18.2573)
|
|
||||||
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
320 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
320 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
8 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
18 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
22 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
26 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
320 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
480 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
|
||||||
640 dihedrals
|
|
||||||
reading impropers ...
|
|
||||||
160 impropers
|
|
||||||
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
|
||||||
special bond factors lj: 0 0 0
|
|
||||||
special bond factors coul: 0 0 0
|
|
||||||
3 = max # of 1-2 neighbors
|
|
||||||
6 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
12 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
39 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000929056 secs
|
|
||||||
read_data CPU = 0.00930568 secs
|
|
||||||
Read molecule mol1:
|
|
||||||
32 atoms with max type 4
|
|
||||||
32 bonds with max type 6
|
|
||||||
48 angles with max type 8
|
|
||||||
64 dihedrals with max type 9
|
|
||||||
16 impropers with max type 4
|
|
||||||
Read molecule mol2:
|
|
||||||
32 atoms with max type 6
|
|
||||||
33 bonds with max type 10
|
|
||||||
54 angles with max type 16
|
|
||||||
79 dihedrals with max type 19
|
|
||||||
22 impropers with max type 7
|
|
||||||
Read molecule mol3:
|
|
||||||
46 atoms with max type 6
|
|
||||||
47 bonds with max type 10
|
|
||||||
75 angles with max type 16
|
|
||||||
105 dihedrals with max type 19
|
|
||||||
29 impropers with max type 7
|
|
||||||
Read molecule mol4:
|
|
||||||
46 atoms with max type 6
|
|
||||||
48 bonds with max type 13
|
|
||||||
81 angles with max type 22
|
|
||||||
121 dihedrals with max type 36
|
|
||||||
35 impropers with max type 9
|
|
||||||
Read molecule mol5:
|
|
||||||
50 atoms with max type 6
|
|
||||||
51 bonds with max type 10
|
|
||||||
84 angles with max type 16
|
|
||||||
118 dihedrals with max type 19
|
|
||||||
36 impropers with max type 7
|
|
||||||
Read molecule mol6:
|
|
||||||
50 atoms with max type 6
|
|
||||||
52 bonds with max type 10
|
|
||||||
90 angles with max type 16
|
|
||||||
135 dihedrals with max type 19
|
|
||||||
42 impropers with max type 5
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
|
||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
WARNING: System is not charge neutral, net charge = -0.004 (../kspace.cpp:304)
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:323)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.255611
|
|
||||||
grid = 6 6 6
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.00974692
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 2.93525e-05
|
|
||||||
using double precision FFTs
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 1331 216
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 4 4 4
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Setting up Verlet run ...
|
|
||||||
Unit style : real
|
|
||||||
Current step : 0
|
|
||||||
Time step : 1
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 31.14 | 31.14 | 31.14 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density f_rxn1[1] f_rxn1[2] f_rxn1[3]
|
|
||||||
0 320.13638 -376.0844 0.76796752 0 0 0
|
|
||||||
100 520.00782 3952.7008 0.76796752 8 0 0
|
|
||||||
200 499.9174 2360.8219 0.76796752 8 3 1
|
|
||||||
300 583.93895 2453.7374 0.76796752 8 3 2
|
|
||||||
400 560.65536 -2243.3464 0.76796752 8 3 3
|
|
||||||
500 556.27995 3598.7044 0.76796752 8 3 3
|
|
||||||
600 570.8397 -3340.1826 0.76796752 8 4 4
|
|
||||||
700 456.89894 -1087.8081 0.76796752 8 4 4
|
|
||||||
800 572.91817 -776.19188 0.76796752 8 4 4
|
|
||||||
900 530.13621 -246734.46 0.76796752 8 4 5
|
|
||||||
1000 542.34698 1044.0793 0.76796752 8 4 5
|
|
||||||
1100 562.86339 1207.1715 0.76796752 8 4 5
|
|
||||||
1200 520.1559 2725.6523 0.76796752 8 4 5
|
|
||||||
1300 534.01667 951.0972 0.76796752 8 4 5
|
|
||||||
1400 478.68681 1184.9224 0.76796752 8 4 5
|
|
||||||
1500 509.05445 2020.5224 0.76796752 8 4 5
|
|
||||||
1600 549.5382 810.17577 0.76796752 8 4 5
|
|
||||||
1700 549.46882 -6349.7751 0.76796752 8 4 5
|
|
||||||
1800 496.77334 3953.1043 0.76796752 8 4 5
|
|
||||||
1900 522.28719 -2271.7599 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2000 569.95975 5633.4352 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2100 590.8418 2355.8447 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2200 537.64787 6459.6743 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2300 548.38487 -1566.3528 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2400 533.50353 6755.664 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2500 512.57053 325.30968 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2600 498.4597 -2468.1165 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2700 559.03937 2428.3446 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2800 585.85721 -2896.3607 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2900 523.18635 1391.254 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3000 524.62076 375.02973 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3100 534.65688 -1522.7879 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3200 499.42665 3725.5476 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3300 514.36972 1725.8329 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3400 482.52662 4648.5013 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3500 495.36836 967.3482 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3600 583.28736 745.21794 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3700 531.99717 -804.39572 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3800 555.08359 -2381.363 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3900 520.1818 -547.34169 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4000 444.38804 -2488.7881 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4100 518.65622 -3135.9573 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4200 484.15227 -1040.2447 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4300 514.58006 550.14626 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4400 579.81405 -849.81454 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4500 522.8698 5222.654 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4600 490.78275 3251.2892 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4700 492.64299 3785.3482 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4800 500.11059 4441.8978 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4900 536.80009 965.33724 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5000 516.98575 -3794.4213 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5100 516.76648 -3593.9106 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5200 521.6379 -6532.7773 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5300 535.64798 2931.412 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5400 559.83266 7628.1659 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5500 538.91756 2841.6746 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5600 539.13999 10445.173 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5700 501.56603 -2106.3309 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5800 496.72952 -4831.0565 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5900 536.12979 -3916.8197 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
6000 553.10092 3142.6871 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
6100 558.09546 3154.584 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
6200 523.48472 9807.0034 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
6300 551.80343 -3608.2078 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
6400 484.28359 2255.4675 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
6500 560.68443 -4826.4868 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
6600 604.50797 402.32183 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
6700 538.84714 -7670.3312 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
6800 528.82853 -380.32058 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
6900 579.30919 4438.4574 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
7000 540.3406 3738.0524 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
7100 519.53645 -1825.5563 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
7200 474.136 1657.3863 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
7300 485.55159 -221.84939 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
7400 527.38494 1037.1777 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
7500 517.14767 -2313.5823 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
7600 517.95967 -4763.4709 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
7700 513.63507 4819.0253 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
7800 503.56828 1295.1212 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
7900 520.87804 1506.9417 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
8000 509.46453 -5800.0971 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
8100 566.67059 6065.4607 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
8200 592.53068 1097.2277 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
8300 529.55235 -580.81757 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
8400 518.22587 560.45589 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
8500 521.94561 5325.9459 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
8600 510.54416 -1929.1967 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
8700 562.71252 -629.90392 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
8800 540.23123 -3484.3893 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
8900 513.82411 -5227.152 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
9000 534.3307 -3299.088 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
9100 509.24467 -5676.2775 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
9200 506.3216 -7043.8493 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9300 480.37682 2380.4696 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9400 546.15532 1831.0103 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9500 567.18341 3839.9843 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9600 536.14883 4258.5304 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9700 496.04153 3321.3561 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9800 531.78927 3124.9156 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9900 530.91395 38.987859 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
10000 551.22761 1027.5706 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
Loop time of 57.7096 on 1 procs for 10000 steps with 320 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 14.972 ns/day, 1.603 hours/ns, 173.281 timesteps/s
|
|
||||||
99.9% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 11.621 | 11.621 | 11.621 | 0.0 | 20.14
|
|
||||||
Bond | 11.151 | 11.151 | 11.151 | 0.0 | 19.32
|
|
||||||
Kspace | 2.2403 | 2.2403 | 2.2403 | 0.0 | 3.88
|
|
||||||
Neigh | 25.467 | 25.467 | 25.467 | 0.0 | 44.13
|
|
||||||
Comm | 0.90467 | 0.90467 | 0.90467 | 0.0 | 1.57
|
|
||||||
Output | 0.0017984 | 0.0017984 | 0.0017984 | 0.0 | 0.00
|
|
||||||
Modify | 6.2622 | 6.2622 | 6.2622 | 0.0 | 10.85
|
|
||||||
Other | | 0.06192 | | | 0.11
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 320 ave 320 max 320 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Nghost: 3240 ave 3240 max 3240 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
Neighs: 54336 ave 54336 max 54336 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 54336
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 169.8
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 11.3063
|
|
||||||
Neighbor list builds = 10000
|
|
||||||
Dangerous builds = 0
|
|
||||||
|
|
||||||
Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
|
|
||||||
|
|
||||||
Total wall time: 0:00:58
|
|
||||||
@ -1,255 +0,0 @@
|
|||||||
LAMMPS (20 Nov 2019)
|
|
||||||
|
|
||||||
WARNING-WARNING-WARNING-WARNING-WARNING
|
|
||||||
This LAMMPS executable was compiled using C++98 compatibility.
|
|
||||||
Please report the compiler info below at https://github.com/lammps/lammps/issues/1659
|
|
||||||
GNU C++ 4.8.5
|
|
||||||
WARNING-WARNING-WARNING-WARNING-WARNING
|
|
||||||
|
|
||||||
Reading data file ...
|
|
||||||
orthogonal box = (1.74267 1.74267 1.74267) to (18.2573 18.2573 18.2573)
|
|
||||||
1 by 2 by 2 MPI processor grid
|
|
||||||
reading atoms ...
|
|
||||||
320 atoms
|
|
||||||
reading velocities ...
|
|
||||||
320 velocities
|
|
||||||
scanning bonds ...
|
|
||||||
8 = max bonds/atom
|
|
||||||
scanning angles ...
|
|
||||||
18 = max angles/atom
|
|
||||||
scanning dihedrals ...
|
|
||||||
22 = max dihedrals/atom
|
|
||||||
scanning impropers ...
|
|
||||||
26 = max impropers/atom
|
|
||||||
reading bonds ...
|
|
||||||
320 bonds
|
|
||||||
reading angles ...
|
|
||||||
480 angles
|
|
||||||
reading dihedrals ...
|
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||||||
640 dihedrals
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||||||
reading impropers ...
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||||||
160 impropers
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||||||
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
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|
||||||
special bond factors lj: 0 0 0
|
|
||||||
special bond factors coul: 0 0 0
|
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||||||
3 = max # of 1-2 neighbors
|
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||||||
6 = max # of 1-3 neighbors
|
|
||||||
12 = max # of 1-4 neighbors
|
|
||||||
39 = max # of special neighbors
|
|
||||||
special bonds CPU = 0.000751222 secs
|
|
||||||
read_data CPU = 0.0268223 secs
|
|
||||||
Read molecule mol1:
|
|
||||||
32 atoms with max type 4
|
|
||||||
32 bonds with max type 6
|
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||||||
48 angles with max type 8
|
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||||||
64 dihedrals with max type 9
|
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||||||
16 impropers with max type 4
|
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||||||
Read molecule mol2:
|
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||||||
32 atoms with max type 6
|
|
||||||
33 bonds with max type 10
|
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||||||
54 angles with max type 16
|
|
||||||
79 dihedrals with max type 19
|
|
||||||
22 impropers with max type 7
|
|
||||||
Read molecule mol3:
|
|
||||||
46 atoms with max type 6
|
|
||||||
47 bonds with max type 10
|
|
||||||
75 angles with max type 16
|
|
||||||
105 dihedrals with max type 19
|
|
||||||
29 impropers with max type 7
|
|
||||||
Read molecule mol4:
|
|
||||||
46 atoms with max type 6
|
|
||||||
48 bonds with max type 13
|
|
||||||
81 angles with max type 22
|
|
||||||
121 dihedrals with max type 36
|
|
||||||
35 impropers with max type 9
|
|
||||||
Read molecule mol5:
|
|
||||||
50 atoms with max type 6
|
|
||||||
51 bonds with max type 10
|
|
||||||
84 angles with max type 16
|
|
||||||
118 dihedrals with max type 19
|
|
||||||
36 impropers with max type 7
|
|
||||||
Read molecule mol6:
|
|
||||||
50 atoms with max type 6
|
|
||||||
52 bonds with max type 10
|
|
||||||
90 angles with max type 16
|
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||||||
135 dihedrals with max type 19
|
|
||||||
42 impropers with max type 5
|
|
||||||
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
|
||||||
dynamic group statted_grp_REACT defined
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||||||
PPPM initialization ...
|
|
||||||
WARNING: System is not charge neutral, net charge = -0.004 (../kspace.cpp:304)
|
|
||||||
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:323)
|
|
||||||
G vector (1/distance) = 0.255611
|
|
||||||
grid = 6 6 6
|
|
||||||
stencil order = 5
|
|
||||||
estimated absolute RMS force accuracy = 0.00974692
|
|
||||||
estimated relative force accuracy = 2.93525e-05
|
|
||||||
using double precision FFTs
|
|
||||||
3d grid and FFT values/proc = 704 72
|
|
||||||
Neighbor list info ...
|
|
||||||
update every 1 steps, delay 10 steps, check yes
|
|
||||||
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
||||||
master list distance cutoff = 10.5
|
|
||||||
ghost atom cutoff = 10.5
|
|
||||||
binsize = 5.25, bins = 4 4 4
|
|
||||||
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
|
||||||
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: half/bin/newton
|
|
||||||
stencil: half/bin/3d/newton
|
|
||||||
bin: standard
|
|
||||||
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
|
||||||
attributes: half, newton on
|
|
||||||
pair build: copy
|
|
||||||
stencil: none
|
|
||||||
bin: none
|
|
||||||
Setting up Verlet run ...
|
|
||||||
Unit style : real
|
|
||||||
Current step : 0
|
|
||||||
Time step : 1
|
|
||||||
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 30.66 | 30.68 | 30.69 Mbytes
|
|
||||||
Step Temp Press Density f_rxn1[1] f_rxn1[2] f_rxn1[3]
|
|
||||||
0 320.13638 -376.0844 0.76796752 0 0 0
|
|
||||||
100 522.71544 6623.0579 0.76796752 8 0 0
|
|
||||||
200 500.86716 -9439.5519 0.76796752 8 3 2
|
|
||||||
300 594.60588 6714.1323 0.76796752 8 3 3
|
|
||||||
400 598.68768 683.70457 0.76796752 8 3 3
|
|
||||||
500 563.1011 3576.6857 0.76796752 8 3 4
|
|
||||||
600 510.29713 -196148.37 0.76796752 8 3 5
|
|
||||||
700 494.14346 -118517.45 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
800 565.62849 7678.1235 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
900 515.74468 554.84571 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
1000 500.64636 450.15932 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
1100 463.34973 6023.8346 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
1200 529.88483 2748.185 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
1300 546.84049 1353.4891 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
1400 552.27356 1446.5807 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
1500 557.70874 -2745.1523 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
1600 572.0005 629.36722 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
1700 503.96569 5937.0231 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
1800 491.34262 -1175.8104 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
1900 538.24798 -81.197397 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
2000 523.89324 2857.2466 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
2100 515.1424 2288.2405 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
2200 546.80854 3807.1038 0.76796752 8 3 6
|
|
||||||
2300 500.31231 -135.33933 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2400 497.16354 5516.857 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2500 545.34187 3485.5645 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2600 522.70122 3114.1284 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2700 531.76604 6633.5518 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2800 521.97643 -279.83682 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
2900 497.29575 7052.9409 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3000 524.5942 2284.8918 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3100 567.61329 -3667.4557 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3200 506.82452 -2934.4936 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3300 510.8521 313.36263 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3400 516.70206 3671.1899 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3500 535.12788 2645.2564 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3600 580.14214 2604.3079 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3700 529.77869 2684.0812 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3800 502.93191 2838.6698 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
3900 585.91492 5308.0828 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4000 548.89917 5262.5775 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4100 550.7662 -1066.6807 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4200 519.19198 2777.5276 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4300 521.46332 -3429.7171 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4400 532.64173 2301.3135 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4500 528.96107 1369.0991 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4600 564.66443 9687.2531 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4700 558.49446 2322.6085 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4800 497.78614 -442.45053 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
4900 511.09435 -10251.159 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5000 525.6642 -1202.0584 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5100 521.76974 1821.7811 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5200 555.9859 7256.9632 0.76796752 8 4 6
|
|
||||||
5300 551.51971 -122893.16 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
5400 524.34705 2905.1033 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
5500 567.09396 2896.4824 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
5600 487.57746 1417.1715 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
5700 547.37304 3900.8734 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
5800 536.17647 -4048.7522 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
5900 536.85051 4497.9847 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
6000 548.58212 -4880.4979 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
6100 500.94692 6004.2105 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
6200 486.82494 402.5875 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
6300 478.09381 6600.767 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
6400 559.90398 2868.0805 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
6500 526.01866 -3398.4788 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
6600 539.68471 -1202.0012 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
6700 507.51217 -378.71164 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
6800 526.15958 -4536.9888 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
6900 511.37134 -2522.3553 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
7000 538.86918 -2028.0323 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
7100 523.25566 2911.9962 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
7200 513.28464 -1000.4758 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
7300 510.19826 5181.7976 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
7400 493.46528 -1166.3996 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
7500 491.51305 5669.2213 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
7600 506.72032 -2840.301 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
7700 513.4319 2802.1719 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
7800 543.7658 -7477.3623 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
7900 527.35619 -3182.3155 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
8000 533.50993 613.16561 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
8100 512.44958 -5037.3414 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
8200 494.88981 1799.3513 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
8300 554.81474 -2436.0507 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
8400 523.22917 364.30593 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
8500 515.12395 525.24581 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
8600 511.6321 -1679.8669 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
8700 531.6327 -1168.1215 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
8800 548.14438 -5222.7573 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
8900 517.72579 2073.9695 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9000 543.11894 -5307.0759 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9100 521.13747 -5546.8552 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9200 509.66142 -1584.019 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9300 488.73821 -277.85847 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9400 513.67282 989.60653 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9500 509.98833 -1754.8786 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9600 558.72497 5616.6969 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9700 533.74988 811.48871 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9800 510.94641 -3136.5876 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
9900 517.80127 -1962.0837 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
10000 477.50428 -3768.1653 0.76796752 8 4 7
|
|
||||||
Loop time of 20.9963 on 4 procs for 10000 steps with 320 atoms
|
|
||||||
|
|
||||||
Performance: 41.150 ns/day, 0.583 hours/ns, 476.276 timesteps/s
|
|
||||||
100.0% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
|
||||||
|
|
||||||
MPI task timing breakdown:
|
|
||||||
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
||||||
---------------------------------------------------------------
|
|
||||||
Pair | 2.4968 | 3.0329 | 3.3607 | 18.6 | 14.45
|
|
||||||
Bond | 2.3164 | 2.8835 | 3.456 | 26.0 | 13.73
|
|
||||||
Kspace | 1.3332 | 2.2082 | 3.285 | 48.0 | 10.52
|
|
||||||
Neigh | 7.4831 | 7.4922 | 7.5012 | 0.3 | 35.68
|
|
||||||
Comm | 1.2809 | 1.3121 | 1.3297 | 1.6 | 6.25
|
|
||||||
Output | 0.0012138 | 0.0013506 | 0.0017552 | 0.6 | 0.01
|
|
||||||
Modify | 4.0269 | 4.0301 | 4.0335 | 0.1 | 19.19
|
|
||||||
Other | | 0.03583 | | | 0.17
|
|
||||||
|
|
||||||
Nlocal: 80 ave 94 max 66 min
|
|
||||||
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
|
|
||||||
Nghost: 2243.75 ave 2260 max 2221 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 1 0 0 0 0 0 2
|
|
||||||
Neighs: 13658.5 ave 17096 max 9421 min
|
|
||||||
Histogram: 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1
|
|
||||||
|
|
||||||
Total # of neighbors = 54634
|
|
||||||
Ave neighs/atom = 170.731
|
|
||||||
Ave special neighs/atom = 11.3063
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Neighbor list builds = 10000
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Dangerous builds = 0
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System init for write_data ...
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PPPM initialization ...
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using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:323)
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G vector (1/distance) = 0.255611
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grid = 6 6 6
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stencil order = 5
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estimated absolute RMS force accuracy = 0.00974692
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estimated relative force accuracy = 2.93525e-05
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using double precision FFTs
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3d grid and FFT values/proc = 704 72
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Please see the log.cite file for references relevant to this simulation
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Total wall time: 0:00:21
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@ -0,0 +1,329 @@
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LAMMPS (4 Nov 2022)
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# 20 styrene molecules
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# three reactions defined
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units real
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boundary p p p
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atom_style full
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kspace_style pppm 1.0e-4
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pair_style lj/class2/coul/long 8.5
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angle_style class2
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bond_style class2
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dihedral_style class2
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improper_style class2
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variable T equal 530
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read_data tiny_polystyrene.data extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
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||||||
|
Reading data file ...
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orthogonal box = (1.7426663 1.7426663 1.7426663) to (18.257334 18.257334 18.257334)
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|
1 by 2 by 2 MPI processor grid
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reading atom labelmap ...
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reading bond labelmap ...
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reading angle labelmap ...
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reading dihedral labelmap ...
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reading improper labelmap ...
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reading atoms ...
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320 atoms
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reading velocities ...
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|
320 velocities
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scanning bonds ...
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8 = max bonds/atom
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scanning angles ...
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18 = max angles/atom
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|
scanning dihedrals ...
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22 = max dihedrals/atom
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scanning impropers ...
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26 = max impropers/atom
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reading bonds ...
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|
320 bonds
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|
reading angles ...
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|
480 angles
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|
reading dihedrals ...
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|
640 dihedrals
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reading impropers ...
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|
160 impropers
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Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
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special bond factors lj: 0 0 0
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special bond factors coul: 0 0 0
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|
3 = max # of 1-2 neighbors
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6 = max # of 1-3 neighbors
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12 = max # of 1-4 neighbors
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||||||
|
39 = max # of special neighbors
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|
special bonds CPU = 0.001 seconds
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|
read_data CPU = 0.018 seconds
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|
molecule mol1 2styrene_unreacted.molecule_template
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||||||
|
Read molecule template mol1:
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1 molecules
|
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|
0 fragments
|
||||||
|
32 atoms with max type 4
|
||||||
|
32 bonds with max type 11
|
||||||
|
48 angles with max type 19
|
||||||
|
64 dihedrals with max type 21
|
||||||
|
16 impropers with max type 8
|
||||||
|
molecule mol2 2styrene_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
32 atoms with max type 6
|
||||||
|
33 bonds with max type 13
|
||||||
|
54 angles with max type 22
|
||||||
|
79 dihedrals with max type 19
|
||||||
|
14 impropers with max type 7
|
||||||
|
molecule mol3 chain_plus_styrene_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
46 atoms with max type 6
|
||||||
|
47 bonds with max type 13
|
||||||
|
75 angles with max type 22
|
||||||
|
105 dihedrals with max type 21
|
||||||
|
21 impropers with max type 8
|
||||||
|
molecule mol4 chain_plus_styrene_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
46 atoms with max type 6
|
||||||
|
48 bonds with max type 13
|
||||||
|
81 angles with max type 22
|
||||||
|
121 dihedrals with max type 19
|
||||||
|
19 impropers with max type 7
|
||||||
|
molecule mol5 chain_chain_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol5:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
50 atoms with max type 6
|
||||||
|
51 bonds with max type 13
|
||||||
|
84 angles with max type 22
|
||||||
|
118 dihedrals with max type 19
|
||||||
|
20 impropers with max type 7
|
||||||
|
molecule mol6 chain_chain_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol6:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
50 atoms with max type 6
|
||||||
|
52 bonds with max type 13
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||||||
|
90 angles with max type 22
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||||||
|
135 dihedrals with max type 19
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||||||
|
18 impropers with max type 2
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|
thermo 100
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|
# dump 1 all xyz 5 test_vis.xyz
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|
fix rxn1 all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0 3.0 mol1 mol2 2styrene_map stabilize_steps 100 react rxn2 all 1 0 3.0 mol3 mol4 chain_plus_styrene_map stabilize_steps 100 react rxn3 all 1 0 5.0 mol5 mol6 chain_chain_map stabilize_steps 100
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|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
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|
dynamic group statted_grp_REACT defined
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|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp $T $T 100
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||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 530 $T 100
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||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 530 530 100
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||||||
|
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||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 $T $T 1 1
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||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 530 $T 1 1
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||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 530 530 1 1
|
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||||||
|
thermo_style custom step temp press density f_rxn1[1] f_rxn1[2] f_rxn1[3]
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|
run 10000
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||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
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|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
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||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
PPPM initialization ...
|
||||||
|
WARNING: System is not charge neutral, net charge = -0.004 (../kspace.cpp:327)
|
||||||
|
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:342)
|
||||||
|
G vector (1/distance) = 0.25561147
|
||||||
|
grid = 6 6 6
|
||||||
|
stencil order = 5
|
||||||
|
estimated absolute RMS force accuracy = 0.0097469157
|
||||||
|
estimated relative force accuracy = 2.9352547e-05
|
||||||
|
using double precision KISS FFT
|
||||||
|
3d grid and FFT values/proc = 704 72
|
||||||
|
Generated 21 of 21 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
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||||||
|
Neighbor list info ...
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||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
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||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
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|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 4 4 4
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||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
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|
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
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|
attributes: half, newton on
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||||||
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pair build: half/bin/newton
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||||||
|
stencil: half/bin/3d
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||||||
|
bin: standard
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||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
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||||||
|
attributes: half, newton on
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||||||
|
pair build: copy
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||||||
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stencil: none
|
||||||
|
bin: none
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||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 31.03 | 31.05 | 31.06 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density f_rxn1[1] f_rxn1[2] f_rxn1[3]
|
||||||
|
0 320.13638 -376.0844 0.76796752 0 0 0
|
||||||
|
100 342.22237 -3489.4495 0.76796752 0 0 0
|
||||||
|
200 412.23828 -1367.104 0.76796752 0 0 0
|
||||||
|
300 467.98145 4841.002 0.76796752 0 0 0
|
||||||
|
400 505.39864 2213.0509 0.76796752 1 0 0
|
||||||
|
500 519.63371 -28223.513 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
600 526.40655 8701.2728 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
700 579.91953 2507.5868 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
800 517.29593 5558.2895 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
900 503.38392 -5027.1154 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1000 509.30767 3979.0529 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1100 551.34763 5119.0848 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1200 562.5176 -2867.8688 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1300 552.90918 2090.7508 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1400 516.10716 3374.2169 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1500 518.70418 471.99711 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1600 559.49915 5450.8774 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1700 531.50638 4525.5892 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1800 529.18331 -3566.9245 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1900 517.79846 -2364.8287 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
2000 495.0983 -488.99696 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
2100 567.80521 2050.9596 0.76796752 3 0 0
|
||||||
|
2200 553.24434 5665.0753 0.76796752 3 0 0
|
||||||
|
2300 561.08278 2879.1572 0.76796752 3 0 0
|
||||||
|
2400 461.3712 3185.6091 0.76796752 3 0 0
|
||||||
|
2500 500.95595 565.81792 0.76796752 4 0 0
|
||||||
|
2600 538.3865 463.58228 0.76796752 4 0 0
|
||||||
|
2700 525.95739 2011.1914 0.76796752 4 0 0
|
||||||
|
2800 533.4197 157.38106 0.76796752 4 0 0
|
||||||
|
2900 526.27036 1331.5115 0.76796752 5 1 0
|
||||||
|
3000 502.65015 -93.915921 0.76796752 5 1 0
|
||||||
|
3100 505.4224 -1314.224 0.76796752 5 1 0
|
||||||
|
3200 538.52692 10420.644 0.76796752 5 1 0
|
||||||
|
3300 518.32801 5933.553 0.76796752 5 2 0
|
||||||
|
3400 540.04815 741.54438 0.76796752 6 2 1
|
||||||
|
3500 554.07567 5778.8913 0.76796752 6 2 1
|
||||||
|
3600 546.90828 4751.5437 0.76796752 6 2 1
|
||||||
|
3700 529.75739 432.20829 0.76796752 6 2 1
|
||||||
|
3800 542.806 -380.00399 0.76796752 6 2 1
|
||||||
|
3900 521.55789 -1224.1912 0.76796752 6 2 2
|
||||||
|
4000 519.73935 2792.996 0.76796752 6 2 2
|
||||||
|
4100 535.06314 -1926.8692 0.76796752 6 2 2
|
||||||
|
4200 549.75482 2852.5521 0.76796752 6 2 2
|
||||||
|
4300 510.71949 6581.1729 0.76796752 7 2 2
|
||||||
|
4400 485.93403 -695.24007 0.76796752 7 2 2
|
||||||
|
4500 535.3677 2519.2711 0.76796752 7 2 2
|
||||||
|
4600 504.87216 533.16619 0.76796752 7 2 2
|
||||||
|
4700 495.68939 5502.1672 0.76796752 7 2 2
|
||||||
|
4800 534.13893 -1187.1228 0.76796752 7 2 2
|
||||||
|
4900 512.56394 1731.3856 0.76796752 7 2 2
|
||||||
|
5000 508.63054 2467.0387 0.76796752 7 2 2
|
||||||
|
5100 501.65027 3403.8111 0.76796752 7 2 2
|
||||||
|
5200 556.68281 4310.0492 0.76796752 7 2 2
|
||||||
|
5300 506.86652 -773630.77 0.76796752 7 2 3
|
||||||
|
5400 570.01783 11663.867 0.76796752 7 2 3
|
||||||
|
5500 538.08785 6391.6546 0.76796752 7 2 3
|
||||||
|
5600 502.48456 44.409604 0.76796752 7 2 3
|
||||||
|
5700 545.75445 1558.6373 0.76796752 7 2 3
|
||||||
|
5800 517.5076 -166.52488 0.76796752 7 2 3
|
||||||
|
5900 558.64383 1528.1198 0.76796752 7 2 3
|
||||||
|
6000 557.8358 442.21273 0.76796752 7 2 3
|
||||||
|
6100 483.13771 5201.4489 0.76796752 8 2 3
|
||||||
|
6200 533.42675 5112.0828 0.76796752 8 2 3
|
||||||
|
6300 576.32772 269.77058 0.76796752 8 2 3
|
||||||
|
6400 492.79331 565.35222 0.76796752 8 2 4
|
||||||
|
6500 514.5727 6233.7568 0.76796752 8 2 4
|
||||||
|
6600 509.86906 -943.58621 0.76796752 8 2 4
|
||||||
|
6700 546.62752 -323284.04 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
6800 541.19749 1306.3182 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
6900 497.72333 -1792.483 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
7000 516.02636 2028.3813 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
7100 486.54013 6153.9142 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
7200 553.33698 4352.3987 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
7300 519.23896 6536.766 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
7400 486.74787 -1744.8351 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
7500 516.71935 -315.43649 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
7600 513.62572 -1100.1363 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
7700 531.11296 1727.7113 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
7800 530.82809 9566.2386 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
7900 513.09884 8545.6728 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
8000 511.38714 2995.8438 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
8100 527.76731 709.63649 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
8200 514.09092 2103.8591 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
8300 534.90612 7707.3378 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
8400 547.40716 660.54641 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
8500 518.75522 -872.69754 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
8600 511.70922 6645.6264 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
8700 480.70739 -640.57939 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
8800 527.35475 6944.8472 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
8900 554.26477 -2311.6153 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
9000 520.48502 1469.4805 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
9100 522.0619 -4159.697 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
9200 501.34664 7486.8266 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
9300 524.96422 6158.2524 0.76796752 8 2 5
|
||||||
|
9400 564.30456 -2964.7187 0.76796752 8 2 6
|
||||||
|
9500 569.02736 5765.8856 0.76796752 8 2 6
|
||||||
|
9600 554.31532 2805.5671 0.76796752 8 2 6
|
||||||
|
9700 521.3957 -924.74562 0.76796752 8 2 6
|
||||||
|
9800 518.45356 -2440.5266 0.76796752 8 2 6
|
||||||
|
9900 512.03787 -834.07647 0.76796752 8 2 6
|
||||||
|
10000 573.10576 4372.5769 0.76796752 8 2 6
|
||||||
|
Loop time of 11.2088 on 4 procs for 10000 steps with 320 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 77.082 ns/day, 0.311 hours/ns, 892.155 timesteps/s, 285.490 katom-step/s
|
||||||
|
100.0% CPU use with 4 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 2.6217 | 2.8126 | 3.0128 | 9.5 | 25.09
|
||||||
|
Bond | 2.0439 | 2.1734 | 2.3326 | 7.0 | 19.39
|
||||||
|
Kspace | 1.4277 | 1.7772 | 2.0148 | 17.9 | 15.86
|
||||||
|
Neigh | 0.32002 | 0.3201 | 0.3202 | 0.0 | 2.86
|
||||||
|
Comm | 0.42382 | 0.43347 | 0.4412 | 1.1 | 3.87
|
||||||
|
Output | 0.0013461 | 0.0015202 | 0.0020328 | 0.8 | 0.01
|
||||||
|
Modify | 3.6386 | 3.6396 | 3.6408 | 0.0 | 32.47
|
||||||
|
Other | | 0.05092 | | | 0.45
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 80 ave 93 max 71 min
|
||||||
|
Histogram: 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1
|
||||||
|
Nghost: 2184.75 ave 2276 max 2092 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 1 0 0 0 0 1 0 1
|
||||||
|
Neighs: 13678.5 ave 15576 max 11682 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 1 0 0 0 1 0 1
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 54714
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 170.98125
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 10.9125
|
||||||
|
Neighbor list builds = 471
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun nofix
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:11
|
||||||
@ -0,0 +1,329 @@
|
|||||||
|
LAMMPS (4 Nov 2022)
|
||||||
|
# 20 styrene molecules
|
||||||
|
# three reactions defined
|
||||||
|
|
||||||
|
units real
|
||||||
|
|
||||||
|
boundary p p p
|
||||||
|
|
||||||
|
atom_style full
|
||||||
|
|
||||||
|
kspace_style pppm 1.0e-4
|
||||||
|
|
||||||
|
pair_style lj/class2/coul/long 8.5
|
||||||
|
|
||||||
|
angle_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
bond_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
dihedral_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
improper_style class2
|
||||||
|
|
||||||
|
variable T equal 530
|
||||||
|
|
||||||
|
read_data tiny_polystyrene.data extra/bond/per/atom 5 extra/angle/per/atom 15 extra/dihedral/per/atom 15 extra/improper/per/atom 25 extra/special/per/atom 25
|
||||||
|
Reading data file ...
|
||||||
|
orthogonal box = (1.7426663 1.7426663 1.7426663) to (18.257334 18.257334 18.257334)
|
||||||
|
1 by 1 by 1 MPI processor grid
|
||||||
|
reading atom labelmap ...
|
||||||
|
reading bond labelmap ...
|
||||||
|
reading angle labelmap ...
|
||||||
|
reading dihedral labelmap ...
|
||||||
|
reading improper labelmap ...
|
||||||
|
reading atoms ...
|
||||||
|
320 atoms
|
||||||
|
reading velocities ...
|
||||||
|
320 velocities
|
||||||
|
scanning bonds ...
|
||||||
|
8 = max bonds/atom
|
||||||
|
scanning angles ...
|
||||||
|
18 = max angles/atom
|
||||||
|
scanning dihedrals ...
|
||||||
|
22 = max dihedrals/atom
|
||||||
|
scanning impropers ...
|
||||||
|
26 = max impropers/atom
|
||||||
|
reading bonds ...
|
||||||
|
320 bonds
|
||||||
|
reading angles ...
|
||||||
|
480 angles
|
||||||
|
reading dihedrals ...
|
||||||
|
640 dihedrals
|
||||||
|
reading impropers ...
|
||||||
|
160 impropers
|
||||||
|
Finding 1-2 1-3 1-4 neighbors ...
|
||||||
|
special bond factors lj: 0 0 0
|
||||||
|
special bond factors coul: 0 0 0
|
||||||
|
3 = max # of 1-2 neighbors
|
||||||
|
6 = max # of 1-3 neighbors
|
||||||
|
12 = max # of 1-4 neighbors
|
||||||
|
39 = max # of special neighbors
|
||||||
|
special bonds CPU = 0.001 seconds
|
||||||
|
read_data CPU = 0.015 seconds
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule mol1 2styrene_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol1:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
32 atoms with max type 4
|
||||||
|
32 bonds with max type 11
|
||||||
|
48 angles with max type 19
|
||||||
|
64 dihedrals with max type 21
|
||||||
|
16 impropers with max type 8
|
||||||
|
molecule mol2 2styrene_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol2:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
32 atoms with max type 6
|
||||||
|
33 bonds with max type 13
|
||||||
|
54 angles with max type 22
|
||||||
|
79 dihedrals with max type 19
|
||||||
|
14 impropers with max type 7
|
||||||
|
molecule mol3 chain_plus_styrene_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol3:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
46 atoms with max type 6
|
||||||
|
47 bonds with max type 13
|
||||||
|
75 angles with max type 22
|
||||||
|
105 dihedrals with max type 21
|
||||||
|
21 impropers with max type 8
|
||||||
|
molecule mol4 chain_plus_styrene_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol4:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
46 atoms with max type 6
|
||||||
|
48 bonds with max type 13
|
||||||
|
81 angles with max type 22
|
||||||
|
121 dihedrals with max type 19
|
||||||
|
19 impropers with max type 7
|
||||||
|
molecule mol5 chain_chain_unreacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol5:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
50 atoms with max type 6
|
||||||
|
51 bonds with max type 13
|
||||||
|
84 angles with max type 22
|
||||||
|
118 dihedrals with max type 19
|
||||||
|
20 impropers with max type 7
|
||||||
|
molecule mol6 chain_chain_reacted.molecule_template
|
||||||
|
Read molecule template mol6:
|
||||||
|
1 molecules
|
||||||
|
0 fragments
|
||||||
|
50 atoms with max type 6
|
||||||
|
52 bonds with max type 13
|
||||||
|
90 angles with max type 22
|
||||||
|
135 dihedrals with max type 19
|
||||||
|
18 impropers with max type 2
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo 100
|
||||||
|
|
||||||
|
# dump 1 all xyz 5 test_vis.xyz
|
||||||
|
|
||||||
|
fix rxn1 all bond/react stabilization yes statted_grp .03 react rxn1 all 1 0 3.0 mol1 mol2 2styrene_map stabilize_steps 100 react rxn2 all 1 0 3.0 mol3 mol4 chain_plus_styrene_map stabilize_steps 100 react rxn3 all 1 0 5.0 mol5 mol6 chain_chain_map stabilize_steps 100
|
||||||
|
dynamic group bond_react_MASTER_group defined
|
||||||
|
dynamic group statted_grp_REACT defined
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp $T $T 100
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 530 $T 100
|
||||||
|
fix 1 statted_grp_REACT nvt temp 530 530 100
|
||||||
|
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 $T $T 1 1
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 530 $T 1 1
|
||||||
|
fix 4 bond_react_MASTER_group temp/rescale 1 530 530 1 1
|
||||||
|
|
||||||
|
thermo_style custom step temp press density f_rxn1[1] f_rxn1[2] f_rxn1[3]
|
||||||
|
|
||||||
|
run 10000
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
Your simulation uses code contributions which should be cited:
|
||||||
|
|
||||||
|
- fix bond/react: reacter.org doi:10.1016/j.polymer.2017.09.038, doi:10.1021/acs.macromol.0c02012
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger17,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger and B. D. Jensen and K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {Modeling Chemical Reactions in Classical Molecular Dynamics Simulations},
|
||||||
|
journal = {Polymer},
|
||||||
|
year = 2017,
|
||||||
|
volume = 128,
|
||||||
|
pages = {211--217}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
@Article{Gissinger20,
|
||||||
|
author = {J. R. Gissinger, B. D. Jensen, K. E. Wise},
|
||||||
|
title = {{REACTER}: A Heuristic Method for Reactive Molecular Dynamics},
|
||||||
|
journal = {Macromolecules},
|
||||||
|
year = 2020,
|
||||||
|
volume = 53,
|
||||||
|
number = 22,
|
||||||
|
pages = {9953--9961}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE-CITE
|
||||||
|
|
||||||
|
PPPM initialization ...
|
||||||
|
WARNING: System is not charge neutral, net charge = -0.004 (../kspace.cpp:327)
|
||||||
|
using 12-bit tables for long-range coulomb (../kspace.cpp:342)
|
||||||
|
G vector (1/distance) = 0.25561147
|
||||||
|
grid = 6 6 6
|
||||||
|
stencil order = 5
|
||||||
|
estimated absolute RMS force accuracy = 0.0097469157
|
||||||
|
estimated relative force accuracy = 2.9352547e-05
|
||||||
|
using double precision KISS FFT
|
||||||
|
3d grid and FFT values/proc = 1331 216
|
||||||
|
Generated 21 of 21 mixed pair_coeff terms from sixthpower/geometric mixing rule
|
||||||
|
Neighbor list info ...
|
||||||
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
||||||
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
||||||
|
master list distance cutoff = 10.5
|
||||||
|
ghost atom cutoff = 10.5
|
||||||
|
binsize = 5.25, bins = 4 4 4
|
||||||
|
2 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 1 0
|
||||||
|
(1) pair lj/class2/coul/long, perpetual
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: half/bin/newton
|
||||||
|
stencil: half/bin/3d
|
||||||
|
bin: standard
|
||||||
|
(2) fix bond/react, occasional, copy from (1)
|
||||||
|
attributes: half, newton on
|
||||||
|
pair build: copy
|
||||||
|
stencil: none
|
||||||
|
bin: none
|
||||||
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 31.51 | 31.51 | 31.51 Mbytes
|
||||||
|
Step Temp Press Density f_rxn1[1] f_rxn1[2] f_rxn1[3]
|
||||||
|
0 320.13638 -376.0844 0.76796752 0 0 0
|
||||||
|
100 342.22237 -3489.4495 0.76796752 0 0 0
|
||||||
|
200 412.23828 -1367.104 0.76796752 0 0 0
|
||||||
|
300 467.98145 4841.002 0.76796752 0 0 0
|
||||||
|
400 505.39864 2213.0509 0.76796752 1 0 0
|
||||||
|
500 519.63371 -28223.513 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
600 526.40655 8701.2728 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
700 579.91953 2507.5868 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
800 517.29593 5558.2894 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
900 503.38392 -5027.1155 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1000 509.30766 3979.0526 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1100 551.34763 5119.0854 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1200 562.51766 -2867.8721 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1300 552.90947 2090.7196 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1400 516.10667 3374.3471 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1500 518.70363 472.0237 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1600 559.50145 5451.1908 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1700 531.49515 4526.9547 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1800 529.18545 -3566.8838 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
1900 517.52577 -2390.6662 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
2000 495.24246 -485.62368 0.76796752 2 0 0
|
||||||
|
2100 567.90338 2009.3507 0.76796752 3 0 0
|
||||||
|
2200 553.05006 5694.0307 0.76796752 3 0 0
|
||||||
|
2300 561.22521 2944.2766 0.76796752 3 0 0
|
||||||
|
2400 460.05535 3058.3944 0.76796752 3 0 0
|
||||||
|
2500 501.01426 365.04418 0.76796752 4 0 0
|
||||||
|
2600 543.94728 267.33298 0.76796752 4 0 0
|
||||||
|
2700 539.40536 4258.9345 0.76796752 4 0 0
|
||||||
|
2800 557.67853 -2732.3135 0.76796752 4 0 0
|
||||||
|
2900 539.85456 3987.7331 0.76796752 4 1 0
|
||||||
|
3000 501.3125 3280.3821 0.76796752 4 1 0
|
||||||
|
3100 537.77092 -5290.371 0.76796752 4 1 0
|
||||||
|
3200 528.20744 11690.902 0.76796752 4 1 0
|
||||||
|
3300 548.56721 2464.6039 0.76796752 4 1 0
|
||||||
|
3400 542.73725 -27951.173 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
3500 547.63988 7925.1202 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
3600 502.69726 7875.8308 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
3700 495.26614 -1907.7215 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
3800 526.91826 -4267.1784 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
3900 538.8248 6811.7446 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
4000 531.42158 5031.2992 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
4100 539.69772 6278.9861 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
4200 519.11497 9206.6513 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
4300 518.08237 -63.769046 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
4400 582.43352 4189.0234 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
4500 541.87979 -2072.4133 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
4600 514.7508 7502.1057 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
4700 530.22173 51.50674 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
4800 507.14885 5148.7797 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
4900 516.05055 9110.3072 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
5000 552.55865 7310.0399 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
5100 581.79588 3282.8939 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
5200 523.07607 -1312.6111 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
5300 528.44235 -2242.0268 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
5400 537.63408 4599.5474 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
5500 526.75093 5551.7841 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
5600 562.74766 2764.4556 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
5700 545.12259 -3139.3468 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
5800 563.77404 4261.7786 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
5900 514.07804 4057.43 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
6000 548.42605 -2814.3308 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
6100 525.16391 -2902.5409 0.76796752 4 1 1
|
||||||
|
6200 504.92542 -706.19923 0.76796752 4 1 2
|
||||||
|
6300 531.55271 1217.7795 0.76796752 4 1 2
|
||||||
|
6400 537.29797 264.24006 0.76796752 4 1 2
|
||||||
|
6500 581.8752 2228.1037 0.76796752 4 1 2
|
||||||
|
6600 536.95487 -10318.365 0.76796752 4 2 2
|
||||||
|
6700 498.26961 5005.4587 0.76796752 5 2 2
|
||||||
|
6800 526.00873 -2678.0327 0.76796752 5 2 2
|
||||||
|
6900 542.74619 -1567.8558 0.76796752 5 2 2
|
||||||
|
7000 549.02037 8321.4935 0.76796752 5 2 2
|
||||||
|
7100 542.28295 -1513.6114 0.76796752 5 2 2
|
||||||
|
7200 474.70347 2120.9699 0.76796752 5 2 2
|
||||||
|
7300 506.58637 2588.8837 0.76796752 5 2 2
|
||||||
|
7400 512.45393 -2101371.7 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
7500 546.20285 -2458.3002 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
7600 551.57132 3148.9131 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
7700 544.3684 -775.59686 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
7800 511.32529 2353.0343 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
7900 520.30502 10726.007 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
8000 561.81009 12476.296 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
8100 588.85859 5905.4979 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
8200 490.1071 1132.5027 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
8300 537.65085 -1445.0979 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
8400 523.60343 -589.18012 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
8500 538.90848 -300.32152 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
8600 573.63835 5912.9027 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
8700 557.82593 2585.6634 0.76796752 5 2 3
|
||||||
|
8800 562.5277 -1843272.8 0.76796752 5 2 4
|
||||||
|
8900 564.26894 -1396.8521 0.76796752 5 2 4
|
||||||
|
9000 576.4382 5029.6995 0.76796752 5 2 4
|
||||||
|
9100 514.83258 -935.9015 0.76796752 5 2 4
|
||||||
|
9200 536.33755 -1671.9254 0.76796752 5 2 4
|
||||||
|
9300 494.49553 582.08687 0.76796752 5 2 4
|
||||||
|
9400 532.12156 -6991.3223 0.76796752 6 2 4
|
||||||
|
9500 528.87489 4587.7048 0.76796752 6 2 4
|
||||||
|
9600 555.92299 -3688.5966 0.76796752 6 2 4
|
||||||
|
9700 510.09341 1545.1276 0.76796752 6 2 4
|
||||||
|
9800 505.94984 -4677.2879 0.76796752 6 2 4
|
||||||
|
9900 531.38104 4891.0352 0.76796752 6 2 4
|
||||||
|
10000 517.59995 4299.0553 0.76796752 6 2 4
|
||||||
|
Loop time of 29.4182 on 1 procs for 10000 steps with 320 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
Performance: 29.370 ns/day, 0.817 hours/ns, 339.926 timesteps/s, 108.776 katom-step/s
|
||||||
|
100.0% CPU use with 1 MPI tasks x no OpenMP threads
|
||||||
|
|
||||||
|
MPI task timing breakdown:
|
||||||
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
||||||
|
---------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Pair | 10.883 | 10.883 | 10.883 | 0.0 | 36.99
|
||||||
|
Bond | 8.0953 | 8.0953 | 8.0953 | 0.0 | 27.52
|
||||||
|
Kspace | 2.6136 | 2.6136 | 2.6136 | 0.0 | 8.88
|
||||||
|
Neigh | 1.0863 | 1.0863 | 1.0863 | 0.0 | 3.69
|
||||||
|
Comm | 0.2095 | 0.2095 | 0.2095 | 0.0 | 0.71
|
||||||
|
Output | 0.0019263 | 0.0019263 | 0.0019263 | 0.0 | 0.01
|
||||||
|
Modify | 6.4695 | 6.4695 | 6.4695 | 0.0 | 21.99
|
||||||
|
Other | | 0.05924 | | | 0.20
|
||||||
|
|
||||||
|
Nlocal: 320 ave 320 max 320 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Nghost: 3425 ave 3425 max 3425 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
Neighs: 54783 ave 54783 max 54783 min
|
||||||
|
Histogram: 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
||||||
|
|
||||||
|
Total # of neighbors = 54783
|
||||||
|
Ave neighs/atom = 171.19688
|
||||||
|
Ave special neighs/atom = 10.3375
|
||||||
|
Neighbor list builds = 460
|
||||||
|
Dangerous builds = 0
|
||||||
|
|
||||||
|
# write_restart restart_longrun nofix
|
||||||
|
# write_data restart_longrun.data
|
||||||
|
Total wall time: 0:00:29
|
||||||
@ -15,6 +15,108 @@ LAMMPS data file via write_data, version 20 Nov 2019, timestep = 25000
|
|||||||
1.7426663385337786e+00 1.8257333661465619e+01 ylo yhi
|
1.7426663385337786e+00 1.8257333661465619e+01 ylo yhi
|
||||||
1.7426663385337786e+00 1.8257333661465619e+01 zlo zhi
|
1.7426663385337786e+00 1.8257333661465619e+01 zlo zhi
|
||||||
|
|
||||||
|
Atom Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp
|
||||||
|
2 hc
|
||||||
|
3 c=1
|
||||||
|
4 c=
|
||||||
|
5 c1
|
||||||
|
6 c2
|
||||||
|
7 c3
|
||||||
|
|
||||||
|
Bond Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-hc
|
||||||
|
2 cp-cp
|
||||||
|
3 cp-c1
|
||||||
|
4 hc-c=1
|
||||||
|
5 c=1-c=
|
||||||
|
6 hc-c=
|
||||||
|
7 cp-c3
|
||||||
|
8 hc-c3
|
||||||
|
9 c3-c2
|
||||||
|
10 hc-c2
|
||||||
|
11 cp-c=1
|
||||||
|
12 hc-c1
|
||||||
|
13 c1-c2
|
||||||
|
|
||||||
|
Angle Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-hc
|
||||||
|
2 cp-cp-cp
|
||||||
|
3 cp-cp-c1
|
||||||
|
4 cp-c1-hc
|
||||||
|
5 cp-c1-c2
|
||||||
|
6 hc-c=1-c=
|
||||||
|
7 hc-c=-c=1
|
||||||
|
8 hc-c=-hc
|
||||||
|
9 cp-cp-c3
|
||||||
|
10 cp-c3-hc
|
||||||
|
11 cp-c3-c2
|
||||||
|
12 hc-c3-c2
|
||||||
|
13 c3-c2-c1
|
||||||
|
14 hc-c2-c3
|
||||||
|
15 hc-c2-hc
|
||||||
|
16 c1-c2-c1
|
||||||
|
17 cp-cp-c=1
|
||||||
|
18 cp-c=1-hc
|
||||||
|
19 cp-c=1-c=
|
||||||
|
20 hc-c2-c1
|
||||||
|
21 hc-c1-c2
|
||||||
|
22 c2-c1-c2
|
||||||
|
|
||||||
|
Dihedral Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 hc-cp-cp-c1
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-hc
|
||||||
|
3 cp-cp-cp-c1
|
||||||
|
4 cp-cp-cp-cp
|
||||||
|
5 hc-cp-cp-hc
|
||||||
|
6 cp-cp-c=1-hc
|
||||||
|
7 cp-cp-c=1-c=
|
||||||
|
8 cp-c=1-c=-hc
|
||||||
|
9 hc-c=1-c=-hc
|
||||||
|
10 hc-cp-cp-c3
|
||||||
|
11 cp-cp-cp-c3
|
||||||
|
12 cp-cp-c1-hc
|
||||||
|
13 cp-cp-c1-c2
|
||||||
|
14 cp-c1-c2-hc
|
||||||
|
15 hc-c1-c2-hc
|
||||||
|
16 c2-c1-c2-hc
|
||||||
|
17 cp-c1-c2-c1
|
||||||
|
18 hc-c1-c2-c1
|
||||||
|
19 c2-c1-c2-c1
|
||||||
|
20 hc-cp-cp-c=1
|
||||||
|
21 cp-cp-cp-c=1
|
||||||
|
22 cp-cp-c3-hc
|
||||||
|
23 cp-cp-c3-c2
|
||||||
|
24 cp-c3-c2-hc
|
||||||
|
25 cp-c3-c2-c1
|
||||||
|
26 hc-c3-c2-hc
|
||||||
|
27 hc-c3-c2-c1
|
||||||
|
28 c3-c2-c1-cp
|
||||||
|
29 c3-c2-c1-hc
|
||||||
|
30 c3-c2-c1-c2
|
||||||
|
31 hc-c2-c1-cp
|
||||||
|
32 hc-c2-c1-hc
|
||||||
|
33 hc-c2-c1-c2
|
||||||
|
34 c1-c2-c1-cp
|
||||||
|
35 c1-c2-c1-hc
|
||||||
|
36 c1-c2-c1-c2
|
||||||
|
|
||||||
|
Improper Type Labels
|
||||||
|
|
||||||
|
1 cp-cp-cp-hc
|
||||||
|
2 cp-cp-cp-c1
|
||||||
|
3 cp-c=1-hc-c=
|
||||||
|
4 hc-c=-hc-c=1
|
||||||
|
5 cp-cp-cp-c3
|
||||||
|
6 hc-c2-hc-c1
|
||||||
|
7 cp-c1-hc-c2
|
||||||
|
8 cp-cp-cp-c=1
|
||||||
|
9 cp-c3-hc-c2
|
||||||
|
|
||||||
Masses
|
Masses
|
||||||
|
|
||||||
1 12.0112
|
1 12.0112
|
||||||
|
|||||||
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