git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@1965 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
This commit is contained in:
sjplimp
613
src/PERI/atom_vec_peri.cpp
Normal file
613
src/PERI/atom_vec_peri.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,613 @@
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/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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||||
www.cs.sandia.gov/~sjplimp/lammps.html
|
||||
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov, Sandia National Laboratories
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||||
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
||||
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
||||
certain rights in this software. This software is distributed under
|
||||
the GNU General Public License.
|
||||
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||||
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
Contributing author: Mike Parks (SNL)
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
#include "values.h"
|
||||
#include "stdlib.h"
|
||||
#include "atom_vec_peri.h"
|
||||
#include "atom.h"
|
||||
#include "domain.h"
|
||||
#include "modify.h"
|
||||
#include "fix.h"
|
||||
#include "memory.h"
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
|
||||
#define DELTA 10000
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
AtomVecPeri::AtomVecPeri(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
|
||||
AtomVec(lmp, narg, arg)
|
||||
{
|
||||
comm_x_only = 0;
|
||||
size_comm = 4;
|
||||
size_reverse = 3;
|
||||
size_border = 13;
|
||||
size_data_atom = 7;
|
||||
size_data_vel = 4;
|
||||
xcol_data = 3;
|
||||
|
||||
atom->rmass_flag = atom->vfrac_flag = atom->s0_flag = 1;
|
||||
atom->vinter_flag = 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
grow atom arrays
|
||||
n = 0 grows arrays by DELTA
|
||||
n > 0 allocates arrays to size n
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecPeri::grow(int n)
|
||||
{
|
||||
if (n == 0) nmax += DELTA;
|
||||
else nmax = n;
|
||||
atom->nmax = nmax;
|
||||
|
||||
tag = atom->tag = (int *)
|
||||
memory->srealloc(atom->tag,nmax*sizeof(int),"atom:tag");
|
||||
type = atom->type = (int *)
|
||||
memory->srealloc(atom->type,nmax*sizeof(int),"atom:type");
|
||||
mask = atom->mask = (int *)
|
||||
memory->srealloc(atom->mask,nmax*sizeof(int),"atom:mask");
|
||||
image = atom->image = (int *)
|
||||
memory->srealloc(atom->image,nmax*sizeof(int),"atom:image");
|
||||
x = atom->x = memory->grow_2d_double_array(atom->x,nmax,3,"atom:x");
|
||||
v = atom->v = memory->grow_2d_double_array(atom->v,nmax,3,"atom:v");
|
||||
f = atom->f = memory->grow_2d_double_array(atom->f,nmax,3,"atom:f");
|
||||
|
||||
vfrac = atom->vfrac = (double *)
|
||||
memory->srealloc(atom->vfrac,nmax*sizeof(double),"atom:vfrac");
|
||||
rmass = atom->rmass = (double *)
|
||||
memory->srealloc(atom->rmass,nmax*sizeof(double),"atom:rmass");
|
||||
s0 = atom->s0 = (double *)
|
||||
memory->srealloc(atom->s0,nmax*sizeof(double),"atom:s0");
|
||||
x0 = atom->x0 = memory->grow_2d_double_array(atom->x0,nmax,3,"atom:x0");
|
||||
vinter = atom->vinter = (double *)
|
||||
memory->srealloc(atom->vinter,nmax*sizeof(double),"atom:vinter");
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_grow)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_grow; iextra++)
|
||||
modify->fix[atom->extra_grow[iextra]]->grow_arrays(nmax);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecPeri::copy(int i, int j)
|
||||
{
|
||||
tag[j] = tag[i];
|
||||
type[j] = type[i];
|
||||
mask[j] = mask[i];
|
||||
image[j] = image[i];
|
||||
x[j][0] = x[i][0];
|
||||
x[j][1] = x[i][1];
|
||||
x[j][2] = x[i][2];
|
||||
v[j][0] = v[i][0];
|
||||
v[j][1] = v[i][1];
|
||||
v[j][2] = v[i][2];
|
||||
|
||||
vfrac[j] = vfrac[i];
|
||||
rmass[j] = rmass[i];
|
||||
s0[j] = s0[i];
|
||||
x0[j][0] = x0[i][0];
|
||||
x0[j][1] = x0[i][1];
|
||||
x0[j][2] = x0[i][2];
|
||||
vinter[j] = vinter[i];
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_grow)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_grow; iextra++)
|
||||
modify->fix[atom->extra_grow[iextra]]->copy_arrays(i,j);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::pack_comm(int n, int *list, double *buf,
|
||||
int pbc_flag, int *pbc)
|
||||
|
||||
{
|
||||
int i,j,m;
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
if (pbc_flag == 0) {
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0];
|
||||
buf[m++] = x[j][1];
|
||||
buf[m++] = x[j][2];
|
||||
buf[m++] = s0[j];
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
if (domain->triclinic == 0) {
|
||||
dx = pbc[0]*domain->xprd;
|
||||
dy = pbc[1]*domain->yprd;
|
||||
dz = pbc[2]*domain->zprd;
|
||||
} else {
|
||||
dx = pbc[0]*domain->xprd + pbc[5]*domain->xy + pbc[4]*domain->xz;
|
||||
dy = pbc[1]*domain->yprd + pbc[3]*domain->yz;
|
||||
dz = pbc[2]*domain->zprd;
|
||||
}
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0] + dx;
|
||||
buf[m++] = x[j][1] + dy;
|
||||
buf[m++] = x[j][2] + dz;
|
||||
buf[m++] = s0[j];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::pack_comm_one(int i, double *buf)
|
||||
{
|
||||
buf[0] = s0[i];
|
||||
return 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecPeri::unpack_comm(int n, int first, double *buf)
|
||||
{
|
||||
int i,m,last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
x[i][0] = buf[m++];
|
||||
x[i][1] = buf[m++];
|
||||
x[i][2] = buf[m++];
|
||||
s0[i] = buf[m++];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::unpack_comm_one(int i, double *buf)
|
||||
{
|
||||
s0[i] = buf[0];
|
||||
return 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::pack_reverse(int n, int first, double *buf)
|
||||
{
|
||||
int i,m,last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
buf[m++] = f[i][0];
|
||||
buf[m++] = f[i][1];
|
||||
buf[m++] = f[i][2];
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecPeri::unpack_reverse(int n, int *list, double *buf)
|
||||
{
|
||||
int i,j,m;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
f[j][0] += buf[m++];
|
||||
f[j][1] += buf[m++];
|
||||
f[j][2] += buf[m++];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::pack_border(int n, int *list, double *buf,
|
||||
int pbc_flag, int *pbc)
|
||||
{
|
||||
int i,j,m;
|
||||
double dx,dy,dz;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
if (pbc_flag == 0) {
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0];
|
||||
buf[m++] = x[j][1];
|
||||
buf[m++] = x[j][2];
|
||||
buf[m++] = tag[j];
|
||||
buf[m++] = type[j];
|
||||
buf[m++] = mask[j];
|
||||
buf[m++] = vfrac[j];
|
||||
buf[m++] = rmass[j];
|
||||
buf[m++] = s0[j];
|
||||
buf[m++] = x0[j][0];
|
||||
buf[m++] = x0[j][1];
|
||||
buf[m++] = x0[j][2];
|
||||
buf[m++] = vinter[j];
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
if (domain->triclinic == 0) {
|
||||
dx = pbc[0]*domain->xprd;
|
||||
dy = pbc[1]*domain->yprd;
|
||||
dz = pbc[2]*domain->zprd;
|
||||
} else {
|
||||
dx = pbc[0];
|
||||
dy = pbc[1];
|
||||
dz = pbc[2];
|
||||
}
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0] + dx;
|
||||
buf[m++] = x[j][1] + dy;
|
||||
buf[m++] = x[j][2] + dz;
|
||||
buf[m++] = tag[j];
|
||||
buf[m++] = type[j];
|
||||
buf[m++] = mask[j];
|
||||
buf[m++] = vfrac[j];
|
||||
buf[m++] = rmass[j];
|
||||
buf[m++] = s0[j];
|
||||
buf[m++] = x0[j][0];
|
||||
buf[m++] = x0[j][1];
|
||||
buf[m++] = x0[j][2];
|
||||
buf[m++] = vinter[j];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::pack_border_one(int i, double *buf)
|
||||
{
|
||||
buf[0] = vfrac[i];
|
||||
buf[1] = rmass[i];
|
||||
buf[2] = s0[i];
|
||||
buf[3] = x0[i][0];
|
||||
buf[4] = x0[i][1];
|
||||
buf[5] = x0[i][2];
|
||||
buf[6] = vinter[i];
|
||||
return 7;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecPeri::unpack_border(int n, int first, double *buf)
|
||||
{
|
||||
int i,m,last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
if (i == nmax) grow(0);
|
||||
x[i][0] = buf[m++];
|
||||
x[i][1] = buf[m++];
|
||||
x[i][2] = buf[m++];
|
||||
tag[i] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
type[i] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
mask[i] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
vfrac[i] = buf[m++];
|
||||
rmass[i] = buf[m++];
|
||||
s0[i] = buf[m++];
|
||||
x0[i][0] = buf[m++];
|
||||
x0[i][1] = buf[m++];
|
||||
x0[i][2] = buf[m++];
|
||||
vinter[i] = buf[m++];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::unpack_border_one(int i, double *buf)
|
||||
{
|
||||
vfrac[i] = buf[0];
|
||||
rmass[i] = buf[1];
|
||||
s0[i] = buf[2];
|
||||
x0[i][0] = buf[3];
|
||||
x0[i][1] = buf[4];
|
||||
x0[i][2] = buf[5];
|
||||
vinter[i]= buf[6];
|
||||
return 7;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
pack data for atom I for sending to another proc
|
||||
xyz must be 1st 3 values, so comm::exchange() can test on them
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::pack_exchange(int i, double *buf)
|
||||
{
|
||||
int m = 1;
|
||||
buf[m++] = x[i][0];
|
||||
buf[m++] = x[i][1];
|
||||
buf[m++] = x[i][2];
|
||||
buf[m++] = v[i][0];
|
||||
buf[m++] = v[i][1];
|
||||
buf[m++] = v[i][2];
|
||||
buf[m++] = tag[i];
|
||||
buf[m++] = type[i];
|
||||
buf[m++] = mask[i];
|
||||
buf[m++] = image[i];
|
||||
|
||||
buf[m++] = vfrac[i];
|
||||
buf[m++] = rmass[i];
|
||||
buf[m++] = s0[i];
|
||||
buf[m++] = x0[i][0];
|
||||
buf[m++] = x0[i][1];
|
||||
buf[m++] = x0[i][2];
|
||||
buf[m++] = vinter[i];
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_grow)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_grow; iextra++)
|
||||
m += modify->fix[atom->extra_grow[iextra]]->pack_exchange(i,&buf[m]);
|
||||
|
||||
buf[0] = m;
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::unpack_exchange(double *buf)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
||||
int m = 1;
|
||||
x[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
x[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
x[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
tag[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
type[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
mask[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
image[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
|
||||
vfrac[nlocal] = buf[m++];
|
||||
rmass[nlocal] = buf[m++];
|
||||
s0[nlocal] = buf[m++];
|
||||
x0[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
x0[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
x0[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
vinter[nlocal] = buf[m++];
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_grow)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_grow; iextra++)
|
||||
m += modify->fix[atom->extra_grow[iextra]]->
|
||||
unpack_exchange(nlocal,&buf[m]);
|
||||
|
||||
atom->nlocal++;
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
size of restart data for all atoms owned by this proc
|
||||
include extra data stored by fixes
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::size_restart()
|
||||
{
|
||||
int i;
|
||||
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
int n = 18 * nlocal;
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_restart)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_restart; iextra++)
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
n += modify->fix[atom->extra_restart[iextra]]->size_restart(i);
|
||||
|
||||
return n;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
pack atom I's data for restart file including extra quantities
|
||||
xyz must be 1st 3 values, so that read_restart can test on them
|
||||
molecular types may be negative, but write as positive
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::pack_restart(int i, double *buf)
|
||||
{
|
||||
int m = 1;
|
||||
buf[m++] = x[i][0];
|
||||
buf[m++] = x[i][1];
|
||||
buf[m++] = x[i][2];
|
||||
buf[m++] = tag[i];
|
||||
buf[m++] = type[i];
|
||||
buf[m++] = mask[i];
|
||||
buf[m++] = image[i];
|
||||
buf[m++] = v[i][0];
|
||||
buf[m++] = v[i][1];
|
||||
buf[m++] = v[i][2];
|
||||
|
||||
buf[m++] = rmass[i];
|
||||
buf[m++] = vfrac[i];
|
||||
buf[m++] = s0[i];
|
||||
buf[m++] = x0[i][0];
|
||||
buf[m++] = x0[i][1];
|
||||
buf[m++] = x0[i][2];
|
||||
buf[m++] = vinter[i];
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_restart)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_restart; iextra++)
|
||||
m += modify->fix[atom->extra_restart[iextra]]->pack_restart(i,&buf[m]);
|
||||
|
||||
buf[0] = m;
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
unpack data for one atom from restart file including extra quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::unpack_restart(double *buf)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) {
|
||||
grow(0);
|
||||
if (atom->nextra_store)
|
||||
atom->extra = memory->grow_2d_double_array(atom->extra,nmax,
|
||||
atom->nextra_store,
|
||||
"atom:extra");
|
||||
}
|
||||
|
||||
int m = 1;
|
||||
x[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
x[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
x[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
tag[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
type[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
mask[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
image[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
||||
rmass[nlocal] = buf[m++];
|
||||
vfrac[nlocal] = buf[m++];
|
||||
s0[nlocal] = buf[m++];
|
||||
x0[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
x0[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
x0[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
vinter[nlocal] = buf[m++];
|
||||
|
||||
double **extra = atom->extra;
|
||||
if (atom->nextra_store) {
|
||||
int size = static_cast<int> (buf[0]) - m;
|
||||
for (int i = 0; i < size; i++) extra[nlocal][i] = buf[m++];
|
||||
}
|
||||
|
||||
atom->nlocal++;
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
create one atom of itype at coord
|
||||
set other values to defaults
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecPeri::create_atom(int itype, double *coord)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
||||
tag[nlocal] = 0;
|
||||
type[nlocal] = itype;
|
||||
x[nlocal][0] = coord[0];
|
||||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = (512 << 20) | (512 << 10) | 512;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
||||
vfrac[nlocal] = 1.0;
|
||||
rmass[nlocal] = 1.0;
|
||||
s0[nlocal] = MAXDOUBLE;
|
||||
x0[nlocal][0] = x[nlocal][0];
|
||||
x0[nlocal][1] = x[nlocal][1];
|
||||
x0[nlocal][2] = x[nlocal][2];
|
||||
vinter[nlocal] = 0.0;
|
||||
|
||||
atom->nlocal++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
unpack one line from Atoms section of data file
|
||||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecPeri::data_atom(double *coord, int imagetmp, char **values)
|
||||
{
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) grow(0);
|
||||
|
||||
tag[nlocal] = atoi(values[0]);
|
||||
if (tag[nlocal] <= 0)
|
||||
error->one("Invalid atom ID in Atoms section of data file");
|
||||
|
||||
type[nlocal] = atoi(values[1]);
|
||||
if (type[nlocal] <= 0 || type[nlocal] > atom->ntypes)
|
||||
error->one("Invalid atom type in Atoms section of data file");
|
||||
|
||||
vfrac[nlocal] = atof(values[5]);
|
||||
rmass[nlocal] = atof(values[6]);
|
||||
s0[nlocal] = MAXDOUBLE;
|
||||
vinter[nlocal] = 0.0;
|
||||
|
||||
x[nlocal][0] = coord[0];
|
||||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
|
||||
image[nlocal] = imagetmp;
|
||||
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
||||
atom->nlocal++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
unpack hybrid quantities from one line in Atoms section of data file
|
||||
initialize other atom quantities for this sub-style
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecPeri::data_atom_hybrid(int nlocal, char **values)
|
||||
{
|
||||
vfrac[nlocal] = atof(values[0]);
|
||||
rmass[nlocal] = atof(values[1]);
|
||||
|
||||
s0[nlocal] = MAXDOUBLE;
|
||||
vinter[nlocal] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
||||
return 2;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
return # of bytes of allocated memory
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
double AtomVecPeri::memory_usage()
|
||||
{
|
||||
double bytes = 0.0;
|
||||
|
||||
if (atom->memcheck("tag")) bytes += nmax * sizeof(int);
|
||||
if (atom->memcheck("type")) bytes += nmax * sizeof(int);
|
||||
if (atom->memcheck("mask")) bytes += nmax * sizeof(int);
|
||||
if (atom->memcheck("image")) bytes += nmax * sizeof(int);
|
||||
if (atom->memcheck("x")) bytes += nmax*3 * sizeof(double);
|
||||
if (atom->memcheck("v")) bytes += nmax*3 * sizeof(double);
|
||||
if (atom->memcheck("f")) bytes += nmax*3 * sizeof(double);
|
||||
|
||||
if (atom->memcheck("vfrac")) bytes += nmax * sizeof(double);
|
||||
if (atom->memcheck("rmass")) bytes += nmax * sizeof(double);
|
||||
if (atom->memcheck("s0")) bytes += nmax * sizeof(double);
|
||||
if (atom->memcheck("x0")) bytes += nmax*3 * sizeof(double);
|
||||
if (atom->memcheck("vinter")) bytes += nmax * sizeof(double);
|
||||
|
||||
return bytes;
|
||||
}
|
||||
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