update improper.h and improper.cpp to compute per-atom centroid virial according to vflag=8
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src/improper.cpp
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src/improper.cpp
@ -32,9 +32,10 @@ Improper::Improper(LAMMPS *lmp) : Pointers(lmp)
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allocated = 0;
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suffix_flag = Suffix::NONE;
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maxeatom = maxvatom = 0;
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maxeatom = maxvatom = maxcvatom = 0;
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eatom = NULL;
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vatom = NULL;
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cvatom = NULL;
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setflag = NULL;
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execution_space = Host;
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@ -52,6 +53,7 @@ Improper::~Improper()
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memory->destroy(eatom);
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memory->destroy(vatom);
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memory->destroy(cvatom);
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}
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/* ----------------------------------------------------------------------
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@ -83,9 +85,10 @@ void Improper::ev_setup(int eflag, int vflag, int alloc)
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eflag_global = eflag % 2;
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eflag_atom = eflag / 2;
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vflag_either = vflag;
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vflag_global = vflag % 4;
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vflag_atom = vflag / 4;
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vflag_atom = vflag & 4;
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cvflag_atom = vflag & 8;
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vflag_either = vflag_global || vflag_atom;
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// reallocate per-atom arrays if necessary
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@ -103,6 +106,13 @@ void Improper::ev_setup(int eflag, int vflag, int alloc)
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memory->create(vatom,comm->nthreads*maxvatom,6,"improper:vatom");
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}
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}
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if (cvflag_atom && atom->nmax > maxcvatom) {
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maxcvatom = atom->nmax;
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if (alloc) {
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memory->destroy(cvatom);
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memory->create(cvatom,comm->nthreads*maxcvatom,9,"improper:cvatom");
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}
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}
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// zero accumulators
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@ -125,6 +135,22 @@ void Improper::ev_setup(int eflag, int vflag, int alloc)
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vatom[i][5] = 0.0;
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}
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}
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if (cvflag_atom && alloc) {
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n = atom->nlocal;
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if (force->newton_bond) n += atom->nghost;
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for (i = 0; i < n; i++) {
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cvatom[i][0] = 0.0;
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cvatom[i][1] = 0.0;
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cvatom[i][2] = 0.0;
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cvatom[i][3] = 0.0;
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cvatom[i][4] = 0.0;
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cvatom[i][5] = 0.0;
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||||
cvatom[i][6] = 0.0;
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||||
cvatom[i][7] = 0.0;
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||||
cvatom[i][8] = 0.0;
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||||
cvatom[i][9] = 0.0;
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}
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}
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}
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/* ----------------------------------------------------------------------
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@ -250,6 +276,95 @@ void Improper::ev_tally(int i1, int i2, int i3, int i4,
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}
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}
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}
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// per-atom centroid virial
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if (cvflag_atom) {
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// r0 = (r1+r2+r3+r4)/4
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// rij = ri-rj
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// total virial = r10*f1 + r20*f2 + r30*f3 + r40*f4
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// vb1: r12
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// vb2: r32
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// vb3: r43
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if (newton_bond || i1 < nlocal) {
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double a1[3];
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// a1 = r10 = (3*r12 - 2*r32 - r43)/4
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a1[0] = 0.25*(3*vb1x - 2*vb2x - vb3x);
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a1[1] = 0.25*(3*vb1y - 2*vb2y - vb3y);
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||||
a1[2] = 0.25*(3*vb1z - 2*vb2z - vb3z);
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cvatom[i1][0] += a1[0]*f1[0];
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cvatom[i1][1] += a1[1]*f1[1];
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||||
cvatom[i1][2] += a1[2]*f1[2];
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||||
cvatom[i1][3] += a1[0]*f1[1];
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||||
cvatom[i1][4] += a1[0]*f1[2];
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||||
cvatom[i1][5] += a1[1]*f1[2];
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||||
cvatom[i1][6] += a1[1]*f1[0];
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||||
cvatom[i1][7] += a1[2]*f1[0];
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||||
cvatom[i1][8] += a1[2]*f1[1];
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}
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if (newton_bond || i2 < nlocal) {
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double a2[3];
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double f2[3];
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// a2 = r20 = ( -r12 - 2*r32 - r43)/4
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a2[0] = 0.25*(-vb1x - 2*vb2x - vb3x);
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||||
a2[1] = 0.25*(-vb1y - 2*vb2y - vb3y);
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||||
a2[2] = 0.25*(-vb1z - 2*vb2z - vb3z);
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||||
f2[0] = - f1[0] - f3[0] - f4[0];
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||||
f2[1] = - f1[1] - f3[1] - f4[1];
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||||
f2[2] = - f1[2] - f3[2] - f4[2];
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||||
cvatom[i2][0] += a2[0]*f2[0];
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||||
cvatom[i2][1] += a2[1]*f2[1];
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||||
cvatom[i2][2] += a2[2]*f2[2];
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||||
cvatom[i2][3] += a2[0]*f2[1];
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||||
cvatom[i2][4] += a2[0]*f2[2];
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||||
cvatom[i2][5] += a2[1]*f2[2];
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||||
cvatom[i2][6] += a2[1]*f2[0];
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||||
cvatom[i2][7] += a2[2]*f2[0];
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||||
cvatom[i2][8] += a2[2]*f2[1];
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}
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if (newton_bond || i3 < nlocal) {
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double a3[3];
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// a3 = r30 = ( -r12 + 2*r32 - r43)/4
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a3[0] = 0.25*(-vb1x + 2*vb2x - vb3x);
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||||
a3[1] = 0.25*(-vb1y + 2*vb2y - vb3y);
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||||
a3[2] = 0.25*(-vb1z + 2*vb2z - vb3z);
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||||
cvatom[i3][0] += a3[0]*f3[0];
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||||
cvatom[i3][1] += a3[1]*f3[1];
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||||
cvatom[i3][2] += a3[2]*f3[2];
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||||
cvatom[i3][3] += a3[0]*f3[1];
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||||
cvatom[i3][4] += a3[0]*f3[2];
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||||
cvatom[i3][5] += a3[1]*f3[2];
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||||
cvatom[i3][6] += a3[1]*f3[0];
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||||
cvatom[i3][7] += a3[2]*f3[0];
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||||
cvatom[i3][8] += a3[2]*f3[1];
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}
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if (newton_bond || i4 < nlocal) {
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double a4[3];
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// a4 = r40 = ( -r12 + 2*r32 + 3*r43)/4
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a4[0] = 0.25*(-vb1x + 2*vb2x + 3*vb3x);
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a4[1] = 0.25*(-vb1y + 2*vb2y + 3*vb3y);
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||||
a4[2] = 0.25*(-vb1z + 2*vb2z + 3*vb3z);
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cvatom[i4][0] += a4[0]*f4[0];
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cvatom[i4][1] += a4[1]*f4[1];
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||||
cvatom[i4][2] += a4[2]*f4[2];
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||||
cvatom[i4][3] += a4[0]*f4[1];
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||||
cvatom[i4][4] += a4[0]*f4[2];
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||||
cvatom[i4][5] += a4[1]*f4[2];
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||||
cvatom[i4][6] += a4[1]*f4[0];
|
||||
cvatom[i4][7] += a4[2]*f4[0];
|
||||
cvatom[i4][8] += a4[2]*f4[1];
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||||
}
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||||
}
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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