git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15200 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
This commit is contained in:
sjplimp
@ -1,4 +1,4 @@
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/// -*- c++ -*-
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#include <sstream>
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||||
#include <iostream>
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@ -17,235 +17,280 @@ size_t colvarparse::dummy_pos = 0;
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// definition of single-value keyword parsers
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#define _get_keyval_scalar_string_(TYPE) \
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\
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||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf, \
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||||
char const *key, \
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TYPE &value, \
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TYPE const &def_value, \
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||||
Parse_Mode const parse_mode) \
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||||
{ \
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||||
std::string data; \
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bool b_found = false, b_found_any = false; \
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size_t save_pos = 0, found_count = 0; \
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||||
\
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do { \
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std::string data_this = ""; \
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||||
b_found = key_lookup(conf, key, data_this, save_pos); \
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||||
if (b_found) { \
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||||
if (!b_found_any) \
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||||
b_found_any = true; \
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found_count++; \
|
||||
data = data_this; \
|
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} \
|
||||
} while (b_found); \
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||||
\
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||||
if (found_count > 1) \
|
||||
cvm::log("Warning: found more than one instance of \""+ \
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std::string(key)+"\".\n"); \
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||||
\
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||||
if (data.size()) { \
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std::istringstream is(data); \
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TYPE x(def_value); \
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if (is >> x) { \
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value = x; \
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} else { \
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cvm::error("Error: in parsing \""+ \
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std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR); \
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} \
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||||
if (parse_mode != parse_silent) { \
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||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = "+ \
|
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cvm::to_str(value)+"\n"); \
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||||
} \
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} else { \
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\
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||||
if (b_found_any) { \
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||||
cvm::error("Error: improper or missing value " \
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||||
"for \""+std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR); \
|
||||
} \
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value = def_value; \
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) { \
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = \""+ \
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cvm::to_str(def_value)+"\" [default]\n"); \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
\
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||||
return b_found_any; \
|
||||
template<typename TYPE> bool colvarparse::_get_keyval_scalar_(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
TYPE &value,
|
||||
TYPE const &def_value,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
std::string data;
|
||||
bool b_found = false, b_found_any = false;
|
||||
size_t save_pos = 0, found_count = 0;
|
||||
|
||||
do {
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||||
std::string data_this = "";
|
||||
b_found = key_lookup(conf, key, data_this, save_pos);
|
||||
if (b_found) {
|
||||
if (!b_found_any)
|
||||
b_found_any = true;
|
||||
found_count++;
|
||||
data = data_this;
|
||||
}
|
||||
} while (b_found);
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||||
|
||||
if (found_count > 1)
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||||
cvm::log("Warning: found more than one instance of \""+
|
||||
std::string(key)+"\".\n");
|
||||
|
||||
if (data.size()) {
|
||||
std::istringstream is(data);
|
||||
TYPE x(def_value);
|
||||
if (is >> x) {
|
||||
value = x;
|
||||
} else {
|
||||
cvm::error("Error: in parsing \""+
|
||||
std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR);
|
||||
}
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) {
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = "+
|
||||
cvm::to_str(value)+"\n");
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
if (b_found_any) {
|
||||
cvm::error("Error: improper or missing value "
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||||
"for \""+std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR);
|
||||
}
|
||||
value = def_value;
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) {
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = "+
|
||||
cvm::to_str(def_value)+" [default]\n");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
return b_found_any;
|
||||
}
|
||||
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||||
#define _get_keyval_scalar_(TYPE) \
|
||||
\
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf, \
|
||||
char const *key, \
|
||||
TYPE &value, \
|
||||
TYPE const &def_value, \
|
||||
Parse_Mode const parse_mode) \
|
||||
{ \
|
||||
std::string data; \
|
||||
bool b_found = false, b_found_any = false; \
|
||||
size_t save_pos = 0, found_count = 0; \
|
||||
\
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||||
do { \
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||||
std::string data_this = ""; \
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||||
b_found = key_lookup(conf, key, data_this, save_pos); \
|
||||
if (b_found) { \
|
||||
if (!b_found_any) \
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||||
b_found_any = true; \
|
||||
found_count++; \
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||||
data = data_this; \
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} \
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||||
} while (b_found); \
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||||
\
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||||
if (found_count > 1) \
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||||
cvm::log("Warning: found more than one instance of \""+ \
|
||||
std::string(key)+"\".\n"); \
|
||||
\
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||||
if (data.size()) { \
|
||||
std::istringstream is(data); \
|
||||
size_t data_count = 0; \
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||||
TYPE x(def_value); \
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||||
while (is >> x) { \
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||||
value = x; \
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||||
data_count++; \
|
||||
} \
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||||
if (data_count == 0) \
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||||
cvm::error("Error: in parsing \""+ \
|
||||
std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR); \
|
||||
if (data_count > 1) { \
|
||||
cvm::error("Error: multiple values " \
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||||
"are not allowed for keyword \""+ \
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||||
std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR); \
|
||||
} \
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) { \
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = "+ \
|
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cvm::to_str(value)+"\n"); \
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||||
} \
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||||
} else { \
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||||
\
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||||
if (b_found_any) { \
|
||||
cvm::error("Error: improper or missing value " \
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||||
"for \""+std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR); \
|
||||
} \
|
||||
value = def_value; \
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) { \
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = "+ \
|
||||
cvm::to_str(def_value)+" [default]\n"); \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
\
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||||
return b_found_any; \
|
||||
|
||||
bool colvarparse::_get_keyval_scalar_string_(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
std::string &value,
|
||||
std::string const &def_value,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
std::string data;
|
||||
bool b_found = false, b_found_any = false;
|
||||
size_t save_pos = 0, found_count = 0;
|
||||
|
||||
do {
|
||||
std::string data_this = "";
|
||||
b_found = key_lookup(conf, key, data_this, save_pos);
|
||||
if (b_found) {
|
||||
if (!b_found_any)
|
||||
b_found_any = true;
|
||||
found_count++;
|
||||
data = data_this;
|
||||
}
|
||||
} while (b_found);
|
||||
|
||||
if (found_count > 1)
|
||||
cvm::log("Warning: found more than one instance of \""+
|
||||
std::string(key)+"\".\n");
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||||
|
||||
if (data.size()) {
|
||||
std::istringstream is(data);
|
||||
size_t data_count = 0;
|
||||
std::string x(def_value);
|
||||
while (is >> x) {
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||||
value = x;
|
||||
data_count++;
|
||||
}
|
||||
if (data_count == 0)
|
||||
cvm::error("Error: in parsing \""+
|
||||
std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR);
|
||||
if (data_count > 1) {
|
||||
cvm::error("Error: multiple values "
|
||||
"are not allowed for keyword \""+
|
||||
std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR);
|
||||
}
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) {
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = \""+
|
||||
cvm::to_str(value)+"\"\n");
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
if (b_found_any) {
|
||||
cvm::error("Error: improper or missing value "
|
||||
"for \""+std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR);
|
||||
}
|
||||
value = def_value;
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) {
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = \""+
|
||||
cvm::to_str(def_value)+"\" [default]\n");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
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// definition of multiple-value keyword parsers
|
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||||
#define _get_keyval_vector_(TYPE) \
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||||
\
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||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf, \
|
||||
char const *key, \
|
||||
std::vector<TYPE> &values, \
|
||||
std::vector<TYPE> const &def_values, \
|
||||
Parse_Mode const parse_mode) \
|
||||
{ \
|
||||
std::string data; \
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||||
bool b_found = false, b_found_any = false; \
|
||||
size_t save_pos = 0, found_count = 0; \
|
||||
\
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||||
do { \
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||||
std::string data_this = ""; \
|
||||
b_found = key_lookup(conf, key, data_this, save_pos); \
|
||||
if (b_found) { \
|
||||
if (!b_found_any) \
|
||||
b_found_any = true; \
|
||||
found_count++; \
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||||
data = data_this; \
|
||||
} \
|
||||
} while (b_found); \
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||||
\
|
||||
if (found_count > 1) \
|
||||
cvm::log("Warning: found more than one instance of \""+ \
|
||||
std::string(key)+"\".\n"); \
|
||||
\
|
||||
if (data.size()) { \
|
||||
std::istringstream is(data); \
|
||||
\
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||||
if (values.size() == 0) { \
|
||||
\
|
||||
std::vector<TYPE> x; \
|
||||
if (def_values.size()) \
|
||||
x = def_values; \
|
||||
else \
|
||||
x.assign(1, TYPE()); \
|
||||
\
|
||||
for (size_t i = 0; \
|
||||
( is >> x[ ((i<x.size()) ? i : x.size()-1) ] ); \
|
||||
i++) { \
|
||||
values.push_back(x[ ((i<x.size()) ? i : x.size()-1) ]); \
|
||||
} \
|
||||
\
|
||||
} else { \
|
||||
\
|
||||
size_t i = 0; \
|
||||
for ( ; i < values.size(); i++) { \
|
||||
TYPE x(values[i]); \
|
||||
if (is >> x) { \
|
||||
values[i] = x; \
|
||||
} else { \
|
||||
cvm::error("Error: in parsing \""+ \
|
||||
std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR); \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
\
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) { \
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = "+ \
|
||||
cvm::to_str(values)+"\n"); \
|
||||
} \
|
||||
\
|
||||
} else { \
|
||||
\
|
||||
if (b_found_any) { \
|
||||
cvm::error("Error: improper or missing values for \""+ \
|
||||
std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR); \
|
||||
} \
|
||||
\
|
||||
for (size_t i = 0; i < values.size(); i++) \
|
||||
values[i] = def_values[ (i > def_values.size()) ? 0 : i ]; \
|
||||
\
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) { \
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = "+ \
|
||||
cvm::to_str(def_values)+" [default]\n"); \
|
||||
} \
|
||||
} \
|
||||
\
|
||||
return b_found_any; \
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
// single-value keyword parsers
|
||||
|
||||
_get_keyval_scalar_(int);
|
||||
_get_keyval_scalar_(size_t);
|
||||
_get_keyval_scalar_(long);
|
||||
_get_keyval_scalar_string_(std::string);
|
||||
_get_keyval_scalar_(cvm::real);
|
||||
_get_keyval_scalar_(cvm::rvector);
|
||||
_get_keyval_scalar_(cvm::quaternion);
|
||||
_get_keyval_scalar_(colvarvalue);
|
||||
return b_found_any;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
// multiple-value keyword parsers
|
||||
|
||||
_get_keyval_vector_(int);
|
||||
_get_keyval_vector_(size_t);
|
||||
_get_keyval_vector_(long);
|
||||
_get_keyval_vector_(std::string);
|
||||
_get_keyval_vector_(cvm::real);
|
||||
_get_keyval_vector_(cvm::rvector);
|
||||
_get_keyval_vector_(cvm::quaternion);
|
||||
_get_keyval_vector_(colvarvalue);
|
||||
template<typename TYPE> bool colvarparse::_get_keyval_vector_(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
std::vector<TYPE> &values,
|
||||
std::vector<TYPE> const &def_values,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
std::string data;
|
||||
bool b_found = false, b_found_any = false;
|
||||
size_t save_pos = 0, found_count = 0;
|
||||
|
||||
do {
|
||||
std::string data_this = "";
|
||||
b_found = key_lookup(conf, key, data_this, save_pos);
|
||||
if (b_found) {
|
||||
if (!b_found_any)
|
||||
b_found_any = true;
|
||||
found_count++;
|
||||
data = data_this;
|
||||
}
|
||||
} while (b_found);
|
||||
|
||||
if (found_count > 1)
|
||||
cvm::log("Warning: found more than one instance of \""+
|
||||
std::string(key)+"\".\n");
|
||||
|
||||
if (data.size()) {
|
||||
std::istringstream is(data);
|
||||
|
||||
if (values.size() == 0) {
|
||||
|
||||
std::vector<TYPE> x;
|
||||
if (def_values.size())
|
||||
x = def_values;
|
||||
else
|
||||
x.assign(1, TYPE());
|
||||
|
||||
for (size_t i = 0;
|
||||
( is >> x[ ((i<x.size()) ? i : x.size()-1) ] );
|
||||
i++) {
|
||||
values.push_back(x[ ((i<x.size()) ? i : x.size()-1) ]);
|
||||
}
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
size_t i = 0;
|
||||
for ( ; i < values.size(); i++) {
|
||||
TYPE x(values[i]);
|
||||
if (is >> x) {
|
||||
values[i] = x;
|
||||
} else {
|
||||
cvm::error("Error: in parsing \""+
|
||||
std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) {
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = "+
|
||||
cvm::to_str(values)+"\n");
|
||||
}
|
||||
|
||||
} else {
|
||||
|
||||
if (b_found_any) {
|
||||
cvm::error("Error: improper or missing values for \""+
|
||||
std::string(key)+"\".\n", INPUT_ERROR);
|
||||
}
|
||||
|
||||
for (size_t i = 0; i < values.size(); i++)
|
||||
values[i] = def_values[ (i > def_values.size()) ? 0 : i ];
|
||||
|
||||
if (parse_mode != parse_silent) {
|
||||
cvm::log("# "+std::string(key)+" = "+
|
||||
cvm::to_str(def_values)+" [default]\n");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
return b_found_any;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
// single-value keyword parsers
|
||||
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
int &value,
|
||||
int const &def_value,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_scalar_<int>(conf, key, value, def_value, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
size_t &value,
|
||||
size_t const &def_value,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_scalar_<size_t>(conf, key, value, def_value, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
long &value,
|
||||
long const &def_value,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_scalar_<long>(conf, key, value, def_value, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
std::string &value,
|
||||
std::string const &def_value,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_scalar_string_(conf, key, value, def_value, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
cvm::real &value,
|
||||
cvm::real const &def_value,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_scalar_<cvm::real>(conf, key, value, def_value, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
cvm::rvector &value,
|
||||
cvm::rvector const &def_value,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_scalar_<cvm::rvector>(conf, key, value, def_value, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
cvm::quaternion &value,
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||||
cvm::quaternion const &def_value,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
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||||
return _get_keyval_scalar_<cvm::quaternion>(conf, key, value, def_value, parse_mode);
|
||||
}
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||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
colvarvalue &value,
|
||||
colvarvalue const &def_value,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_scalar_<colvarvalue>(conf, key, value, def_value, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
@ -309,6 +354,81 @@ bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
// multiple-value keyword parsers
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||||
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||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
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||||
std::vector<int> &values,
|
||||
std::vector<int> const &def_values,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_vector_<int>(conf, key, values, def_values, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
std::vector<size_t> &values,
|
||||
std::vector<size_t> const &def_values,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_vector_<size_t>(conf, key, values, def_values, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
std::vector<long> &values,
|
||||
std::vector<long> const &def_values,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_vector_<long>(conf, key, values, def_values, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
std::vector<std::string> &values,
|
||||
std::vector<std::string> const &def_values,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_vector_<std::string>(conf, key, values, def_values, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
std::vector<cvm::real> &values,
|
||||
std::vector<cvm::real> const &def_values,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_vector_<cvm::real>(conf, key, values, def_values, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
std::vector<cvm::rvector> &values,
|
||||
std::vector<cvm::rvector> const &def_values,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_vector_<cvm::rvector>(conf, key, values, def_values, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
std::vector<cvm::quaternion> &values,
|
||||
std::vector<cvm::quaternion> const &def_values,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_vector_<cvm::quaternion>(conf, key, values, def_values, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
bool colvarparse::get_keyval(std::string const &conf,
|
||||
char const *key,
|
||||
std::vector<colvarvalue> &values,
|
||||
std::vector<colvarvalue> const &def_values,
|
||||
Parse_Mode const parse_mode)
|
||||
{
|
||||
return _get_keyval_vector_<colvarvalue>(conf, key, values, def_values, parse_mode);
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
void colvarparse::add_keyword(char const *key)
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||||
{
|
||||
for (std::list<std::string>::iterator ki = allowed_keywords.begin();
|
||||
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