Merge branch 'master' of github.com:lammps/lammps into pair-style-nnp

doc/utils/requirements.txt

@@ -4,3 +4,4 @@ git+git://github.com/akohlmey/sphinx-fortran@parallel-read
 sphinx_tabs
 breathe
 Pygments
+six

doc/utils/sphinx-config/_static/css/lammps.css

@@ -35,6 +35,10 @@ hr {
      display: none;
 }
 
+#command-reference.section h2 {
+     display: none;
+}
+
 .ui.tabular.menu .item {
     padding-right: 1em;
     padding-left: 1em;

doc/utils/sphinx-config/conf.py.in

@@ -241,7 +241,7 @@ html_show_sourcelink = False
 # Output file base name for HTML help builder.
 htmlhelp_basename = 'LAMMPSdoc'
 
-html_add_permalinks = ''
+html_permalinks = True
 
 if 'epub' in sys.argv:
   html_math_renderer = 'imgmath'

doc/utils/sphinx-config/false_positives.txt

@@ -47,6 +47,7 @@ Agnolin
 Ai
 Aidan
 aij
+aimd
 airebo
 Aj
 ajs
@@ -196,6 +197,7 @@ Ballenegger
 Bammann
 Banna
 Barashev
+barnes
 barostat
 Barostats
 barostatted
@@ -312,6 +314,7 @@ br
 Branduardi
 Branicio
 brennan
+Briels
 Brien
 Brilliantov
 Broadwell
@@ -626,6 +629,7 @@ delflag
 Dellago
 delocalization
 delocalized
+Delong
 delr
 deltaHf
 Dendrimer
@@ -709,6 +713,7 @@ dodgerblue
 dof
 doi
 Donadio
+Donev
 dotc
 Doty
 doxygen
@@ -1024,6 +1029,7 @@ fmag
 fmass
 fmm
 fmt
+fmtlib
 fmx
 fmy
 fmz
@@ -1142,6 +1148,7 @@ GMock
 gneb
 GNEB
 Goldfarb
+Gompper
 Gonzalez-Melchor
 googlemail
 googletest
@@ -1202,6 +1209,7 @@ Halver
 Hamaker
 Hamel
 Hammerschmidt
+Hanley
 haptic
 Hara
 Harpertown
@@ -1266,6 +1274,7 @@ holonomic
 Homebrew
 hooke
 Hookean
+hostname
 hotpink
 Houlle
 howto
@@ -1322,6 +1331,7 @@ ijk
 ijkl
 ik
 Ikeshoji
+Ilie
 ilmenau
 Ilmenau
 ilp
@@ -1724,6 +1734,7 @@ Lmpsdata
 lmptype
 LMT
 ln
+localhost
 localTemp
 localvectors
 Loewen
@@ -1854,6 +1865,8 @@ mc
 McLachlan
 md
 mdf
+MDI
+mdi
 mdpd
 mDPD
 meam
@@ -2544,6 +2557,7 @@ ppn
 pppm
 prd
 Prakash
+Praprotnik
 pre
 Pre
 prec
@@ -2838,6 +2852,8 @@ Runge
 runtime
 Rutuparna
 rx
+rxnave
+rxnsum
 ry
 rz
 Ryckaert
@@ -3109,6 +3125,7 @@ Swinburne
 Swol
 Swope
 Sx
+sx
 sy
 Sy
 symplectic
@@ -3118,6 +3135,7 @@ sysdim
 Syst
 systemd
 Sz
+sz
 Tabbernor
 tabinner
 Tadmor
@@ -3136,6 +3154,7 @@ Tanmoy
 Tartakovsky
 taskset
 taubi
+taylor
 tb
 tchain
 Tchain
@@ -3358,6 +3377,7 @@ upenn
 upto
 Urbakh
 Urbana
+Usabiaga
 usec
 uSemiParallel
 userguide
@@ -3502,6 +3522,7 @@ Wikipedia
 Wildcard
 wildcard
 wildcards
+Winkler
 Wirnsberger
 wirtes
 witin
@@ -3513,6 +3534,7 @@ Worley
 Wriggers
 Wuppertal
 Wurtzite
+Wysocki
 www
 wx
 Wx