first few pieces of pair style python
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examples/python/in.pair_python_hybrid
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examples/python/in.pair_python_hybrid
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@ -0,0 +1,60 @@
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# 3d Lennard-Jones hybrid
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units lj
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atom_style atomic
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lattice fcc 0.8442
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region box block 0 10 0 10 0 10
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create_box 2 box
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create_atoms 1 box
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mass * 1.0
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velocity all create 3.0 87287
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pair_style hybrid lj/cut 2.5 python 2.5
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pair_coeff * * python lj-melt-potential.py lj NULL
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pair_coeff * 2 lj/cut 1.0 1.0
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neighbor 0.3 bin
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neigh_modify every 10 delay 0 check no
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fix 1 all nve
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thermo 50
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run 250
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write_data hybrid.data
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write_restart hybrid.restart
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clear
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read_restart hybrid.restart
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pair_style hybrid lj/cut 2.5 python 2.5
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pair_coeff * * python lj-melt-potential.py lj NULL
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pair_coeff * 2 lj/cut 1.0 1.0
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fix 1 all nve
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thermo 50
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run 250
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clear
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units lj
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atom_style atomic
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read_data hybrid.data
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pair_style hybrid lj/cut 2.5 python 2.5
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pair_coeff * * python lj-melt-potential.py lj NULL
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pair_coeff * 2 lj/cut 1.0 1.0
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neighbor 0.3 bin
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neigh_modify every 10 delay 0 check no
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fix 1 all nve
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thermo 50
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run 250
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examples/python/in.pair_python_melt
Normal file
57
examples/python/in.pair_python_melt
Normal file
@ -0,0 +1,57 @@
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# 3d Lennard-Jones melt
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units lj
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atom_style atomic
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lattice fcc 0.8442
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region box block 0 10 0 10 0 10
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create_box 1 box
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create_atoms 1 box
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mass 1 1.0
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velocity all create 3.0 87287
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pair_style python 2.5
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pair_coeff * * lj-melt-potential.py lj
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neighbor 0.3 bin
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neigh_modify every 10 delay 0 check no
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fix 1 all nve
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thermo 50
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run 250
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write_data melt.data
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write_restart melt.restart
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clear
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read_restart melt.restart
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pair_style python 2.5
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pair_coeff * * lj-melt-potential.py lj
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fix 1 all nve
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thermo 50
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run 250
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clear
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units lj
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atom_style atomic
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read_data melt.data
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pair_style python 2.5
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||||
pair_coeff * * lj-melt-potential.py lj
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||||
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||||
neighbor 0.3 bin
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neigh_modify every 10 delay 0 check no
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||||
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||||
fix 1 all nve
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||||
thermo 50
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run 250
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examples/python/lj-melt-potential.py
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examples/python/lj-melt-potential.py
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@ -0,0 +1,28 @@
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from __future__ import print_function
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class LAMMPSLJCutPotential(object):
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def __init__(self):
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self.pmap=dict()
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# coefficients: epsilon, sigma
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self.coeff = {'lj' : {'lj' : (1.0,1.0),
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||||
'NULL': (0.0,1.0)},
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||||
'NULL': {'lj' : (0.0,1.0),
|
||||
'NULL': (0.0,1.0)}}
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||||
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||||
def map_coeff(self,type,name):
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||||
if self.coeff.has_key(name):
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print("map type %d to name %s" % (type,name))
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self.pmap[type] = name
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else:
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||||
print("cannot match atom type",name)
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||||
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||||
def compute_force(self,r,itype,jtype,factor_lj):
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||||
return 0.0
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||||
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||||
def compute_energy(self,r,itype,jtype,factor_lj):
|
||||
return 0.0
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||||
lammps_pair_style = LAMMPSLJCutPotential()
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||||
print ("lj-melt potential file loaded")
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