Update Kokkos library in LAMMPS to v3.0
This commit is contained in:
Stan Moore
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// Kokkos v. 2.0
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||||
// Copyright (2014) Sandia Corporation
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||||
// Kokkos v. 3.0
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||||
// Copyright (2020) National Technology & Engineering
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||||
// Solutions of Sandia, LLC (NTESS).
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||||
//
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||||
// Under the terms of Contract DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation,
|
||||
// Under the terms of Contract DE-NA0003525 with NTESS,
|
||||
// the U.S. Government retains certain rights in this software.
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//
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// Redistribution and use in source and binary forms, with or without
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@ -23,10 +24,10 @@
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// contributors may be used to endorse or promote products derived from
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||||
// this software without specific prior written permission.
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// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY SANDIA CORPORATION "AS IS" AND ANY
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// THIS SOFTWARE IS PROVIDED BY NTESS "AS IS" AND ANY
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||||
// EXPRESS OR IMPLIED WARRANTIES, INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO, THE
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// IMPLIED WARRANTIES OF MERCHANTABILITY AND FITNESS FOR A PARTICULAR
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||||
// PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL SANDIA CORPORATION OR THE
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// PURPOSE ARE DISCLAIMED. IN NO EVENT SHALL NTESS OR THE
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// CONTRIBUTORS BE LIABLE FOR ANY DIRECT, INDIRECT, INCIDENTAL, SPECIAL,
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// EXEMPLARY, OR CONSEQUENTIAL DAMAGES (INCLUDING, BUT NOT LIMITED TO,
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// PROCUREMENT OF SUBSTITUTE GOODS OR SERVICES; LOSS OF USE, DATA, OR
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@ -41,129 +42,132 @@
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//@HEADER
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*/
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||||
#include<Kokkos_Core.hpp>
|
||||
#include<Kokkos_Random.hpp>
|
||||
#include <Kokkos_Core.hpp>
|
||||
#include <Kokkos_Random.hpp>
|
||||
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||||
template<class Scalar>
|
||||
struct RunGather<Scalar,UNROLL> {
|
||||
static void run(int N, int K, int D, int R, int F) {
|
||||
Kokkos::View<int**> connectivity("Connectivity",N,K);
|
||||
Kokkos::View<Scalar*> A_in("Input",N);
|
||||
Kokkos::View<Scalar*> B_in("Input",N);
|
||||
Kokkos::View<Scalar*> C("Output",N);
|
||||
template <class Scalar>
|
||||
struct RunGather<Scalar, UNROLL> {
|
||||
static void run(int N, int K, int D, int R, int F) {
|
||||
Kokkos::View<int**> connectivity("Connectivity", N, K);
|
||||
Kokkos::View<Scalar*> A_in("Input", N);
|
||||
Kokkos::View<Scalar*> B_in("Input", N);
|
||||
Kokkos::View<Scalar*> C("Output", N);
|
||||
|
||||
Kokkos::Random_XorShift64_Pool<> rand_pool(12313);
|
||||
Kokkos::Random_XorShift64_Pool<> rand_pool(12313);
|
||||
|
||||
Kokkos::deep_copy(A_in,1.5);
|
||||
Kokkos::deep_copy(B_in,2.0);
|
||||
Kokkos::deep_copy(A_in, 1.5);
|
||||
Kokkos::deep_copy(B_in, 2.0);
|
||||
|
||||
Kokkos::View<const Scalar*, Kokkos::MemoryTraits<Kokkos::RandomAccess> > A(A_in);
|
||||
Kokkos::View<const Scalar*, Kokkos::MemoryTraits<Kokkos::RandomAccess> > B(B_in);
|
||||
Kokkos::View<const Scalar*, Kokkos::MemoryTraits<Kokkos::RandomAccess> > A(
|
||||
A_in);
|
||||
Kokkos::View<const Scalar*, Kokkos::MemoryTraits<Kokkos::RandomAccess> > B(
|
||||
B_in);
|
||||
|
||||
Kokkos::parallel_for("InitKernel",N,
|
||||
KOKKOS_LAMBDA (const int& i) {
|
||||
auto rand_gen = rand_pool.get_state();
|
||||
for( int jj=0; jj<K; jj++) {
|
||||
connectivity(i,jj) = (rand_gen.rand(D) + i - D/2 + N)%N;
|
||||
Kokkos::parallel_for(
|
||||
"InitKernel", N, KOKKOS_LAMBDA(const int& i) {
|
||||
auto rand_gen = rand_pool.get_state();
|
||||
for (int jj = 0; jj < K; jj++) {
|
||||
connectivity(i, jj) = (rand_gen.rand(D) + i - D / 2 + N) % N;
|
||||
}
|
||||
rand_pool.free_state(rand_gen);
|
||||
});
|
||||
Kokkos::fence();
|
||||
|
||||
Kokkos::Timer timer;
|
||||
for (int r = 0; r < R; r++) {
|
||||
Kokkos::parallel_for(
|
||||
"BenchmarkKernel", N, KOKKOS_LAMBDA(const int& i) {
|
||||
Scalar c = Scalar(0.0);
|
||||
for (int jj = 0; jj < K; jj++) {
|
||||
const int j = connectivity(i, jj);
|
||||
Scalar a1 = A(j);
|
||||
const Scalar b = B(j);
|
||||
#if (UNROLL > 1)
|
||||
Scalar a2 = a1 * Scalar(1.3);
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 2)
|
||||
Scalar a3 = a2 * Scalar(1.1);
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 3)
|
||||
Scalar a4 = a3 * Scalar(1.1);
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 4)
|
||||
Scalar a5 = a4 * Scalar(1.3);
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 5)
|
||||
Scalar a6 = a5 * Scalar(1.1);
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 6)
|
||||
Scalar a7 = a6 * Scalar(1.1);
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 7)
|
||||
Scalar a8 = a7 * Scalar(1.1);
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
for (int f = 0; f < F; f++) {
|
||||
a1 += b * a1;
|
||||
#if (UNROLL > 1)
|
||||
a2 += b * a2;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 2)
|
||||
a3 += b * a3;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 3)
|
||||
a4 += b * a4;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 4)
|
||||
a5 += b * a5;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 5)
|
||||
a6 += b * a6;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 6)
|
||||
a7 += b * a7;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL > 7)
|
||||
a8 += b * a8;
|
||||
#endif
|
||||
}
|
||||
#if (UNROLL == 1)
|
||||
c += a1;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL == 2)
|
||||
c += a1 + a2;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL == 3)
|
||||
c += a1 + a2 + a3;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL == 4)
|
||||
c += a1 + a2 + a3 + a4;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL == 5)
|
||||
c += a1 + a2 + a3 + a4 + a5;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL == 6)
|
||||
c += a1 + a2 + a3 + a4 + a5 + a6;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL == 7)
|
||||
c += a1 + a2 + a3 + a4 + a5 + a6 + a7;
|
||||
#endif
|
||||
#if (UNROLL == 8)
|
||||
c += a1 + a2 + a3 + a4 + a5 + a6 + a7 + a8;
|
||||
#endif
|
||||
}
|
||||
C(i) = c;
|
||||
});
|
||||
Kokkos::fence();
|
||||
}
|
||||
rand_pool.free_state(rand_gen);
|
||||
});
|
||||
Kokkos::fence();
|
||||
double seconds = timer.seconds();
|
||||
|
||||
|
||||
Kokkos::Timer timer;
|
||||
for(int r = 0; r<R; r++) {
|
||||
Kokkos::parallel_for("BenchmarkKernel",N,
|
||||
KOKKOS_LAMBDA (const int& i) {
|
||||
Scalar c = Scalar(0.0);
|
||||
for( int jj=0; jj<K; jj++) {
|
||||
const int j = connectivity(i,jj);
|
||||
Scalar a1 = A(j);
|
||||
const Scalar b = B(j);
|
||||
#if(UNROLL>1)
|
||||
Scalar a2 = a1*Scalar(1.3);
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>2)
|
||||
Scalar a3 = a2*Scalar(1.1);
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>3)
|
||||
Scalar a4 = a3*Scalar(1.1);
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>4)
|
||||
Scalar a5 = a4*Scalar(1.3);
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>5)
|
||||
Scalar a6 = a5*Scalar(1.1);
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>6)
|
||||
Scalar a7 = a6*Scalar(1.1);
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>7)
|
||||
Scalar a8 = a7*Scalar(1.1);
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
|
||||
for(int f = 0; f<F; f++) {
|
||||
a1 += b*a1;
|
||||
#if(UNROLL>1)
|
||||
a2 += b*a2;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>2)
|
||||
a3 += b*a3;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>3)
|
||||
a4 += b*a4;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>4)
|
||||
a5 += b*a5;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>5)
|
||||
a6 += b*a6;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>6)
|
||||
a7 += b*a7;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL>7)
|
||||
a8 += b*a8;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
|
||||
}
|
||||
#if(UNROLL==1)
|
||||
c += a1;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL==2)
|
||||
c += a1+a2;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL==3)
|
||||
c += a1+a2+a3;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL==4)
|
||||
c += a1+a2+a3+a4;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL==5)
|
||||
c += a1+a2+a3+a4+a5;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL==6)
|
||||
c += a1+a2+a3+a4+a5+a6;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL==7)
|
||||
c += a1+a2+a3+a4+a5+a6+a7;
|
||||
#endif
|
||||
#if(UNROLL==8)
|
||||
c += a1+a2+a3+a4+a5+a6+a7+a8;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
}
|
||||
C(i) = c ;
|
||||
});
|
||||
Kokkos::fence();
|
||||
double bytes = 1.0 * N * K * R * (2 * sizeof(Scalar) + sizeof(int)) +
|
||||
1.0 * N * R * sizeof(Scalar);
|
||||
double flops = 1.0 * N * K * R * (F * 2 * UNROLL + 2 * (UNROLL - 1));
|
||||
double gather_ops = 1.0 * N * K * R * 2;
|
||||
printf(
|
||||
"SNKDRUF: %i %i %i %i %i %i %i Time: %lfs Bandwidth: %lfGiB/s GFlop/s: "
|
||||
"%lf GGather/s: %lf\n",
|
||||
sizeof(Scalar) / 4, N, K, D, R, UNROLL, F, seconds,
|
||||
1.0 * bytes / seconds / 1024 / 1024 / 1024, 1.e-9 * flops / seconds,
|
||||
1.e-9 * gather_ops / seconds);
|
||||
}
|
||||
double seconds = timer.seconds();
|
||||
|
||||
double bytes = 1.0*N*K*R*(2*sizeof(Scalar)+sizeof(int)) + 1.0*N*R*sizeof(Scalar);
|
||||
double flops = 1.0*N*K*R*(F*2*UNROLL + 2*(UNROLL-1));
|
||||
double gather_ops = 1.0*N*K*R*2;
|
||||
printf("SNKDRUF: %i %i %i %i %i %i %i Time: %lfs Bandwidth: %lfGiB/s GFlop/s: %lf GGather/s: %lf\n",sizeof(Scalar)/4,N,K,D,R,UNROLL,F,seconds,1.0*bytes/seconds/1024/1024/1024,1.e-9*flops/seconds,1.e-9*gather_ops/seconds);
|
||||
}
|
||||
};
|
||||
|
||||
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