ICODE-ADC/lammps
4
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity

changed file names and added a lj12-5 function type in KOKKOS pkg.

Browse Source
This commit is contained in:
yskmiyazaki
2022-07-08 18:09:37 +09:00
parent 116098022f
commit 60b189672e
3 changed files with 59 additions and 45 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

4
src/KOKKOS/Install.sh
View File

@ -292,8 +292,8 @@ action pair_lj_gromacs_coul_gromacs_kokkos.cpp pair_lj_gromacs_coul_gromacs.cpp
action pair_lj_gromacs_coul_gromacs_kokkos.h pair_lj_gromacs_coul_gromacs.h
action pair_lj_gromacs_kokkos.cpp pair_lj_gromacs.cpp
action pair_lj_gromacs_kokkos.h pair_lj_gromacs.h
action pair_lj_sdk_kokkos.cpp pair_lj_sdk.cpp
action pair_lj_sdk_kokkos.h pair_lj_sdk.h
action pair_lj_spica_kokkos.cpp pair_lj_spica.cpp
action pair_lj_spica_kokkos.h pair_lj_spica.h
action pair_meam_kokkos.cpp pair_meam.cpp
action pair_meam_kokkos.h pair_meam.h
action pair_morse_kokkos.cpp

57
src/KOKKOS/pair_lj_sdk_kokkos.cpp → src/KOKKOS/pair_lj_spica_kokkos.cpp
View File

@ -12,7 +12,7 @@
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
------------------------------------------------------------------------- */
#include "pair_lj_sdk_kokkos.h"
#include "pair_lj_spica_kokkos.h"
#include "atom_kokkos.h"
#include "atom_masks.h"
@ -26,13 +26,13 @@
#include "respa.h"
#include "update.h"
#include "lj_sdk_common.h"
#include "lj_spica_common.h"
#include <cmath>
#include <cstring>
using namespace LAMMPS_NS;
using namespace LJSDKParms;
using namespace LJSPICAParms;
#define KOKKOS_CUDA_MAX_THREADS 256
#define KOKKOS_CUDA_MIN_BLOCKS 8
@ -40,7 +40,7 @@ using namespace LJSDKParms;
/* ---------------------------------------------------------------------- */
template<class DeviceType>
PairLJSDKKokkos<DeviceType>::PairLJSDKKokkos(LAMMPS *lmp) : PairLJSDK(lmp)
PairLJSPICAKokkos<DeviceType>::PairLJSPICAKokkos(LAMMPS *lmp) : PairLJSPICA(lmp)
{
respa_enable = 0;
@ -54,7 +54,7 @@ PairLJSDKKokkos<DeviceType>::PairLJSDKKokkos(LAMMPS *lmp) : PairLJSDK(lmp)
/* ---------------------------------------------------------------------- */
template<class DeviceType>
PairLJSDKKokkos<DeviceType>::~PairLJSDKKokkos()
PairLJSPICAKokkos<DeviceType>::~PairLJSPICAKokkos()
{
if (copymode) return;
@ -68,7 +68,7 @@ PairLJSDKKokkos<DeviceType>::~PairLJSDKKokkos()
/* ---------------------------------------------------------------------- */
template<class DeviceType>
void PairLJSDKKokkos<DeviceType>::compute(int eflag_in, int vflag_in)
void PairLJSPICAKokkos<DeviceType>::compute(int eflag_in, int vflag_in)
{
eflag = eflag_in;
vflag = vflag_in;
@ -112,7 +112,7 @@ void PairLJSDKKokkos<DeviceType>::compute(int eflag_in, int vflag_in)
// loop over neighbors of my atoms
EV_FLOAT ev = pair_compute<PairLJSDKKokkos<DeviceType>,void >(this,(NeighListKokkos<DeviceType>*)list);
EV_FLOAT ev = pair_compute<PairLJSPICAKokkos<DeviceType>,void >(this,(NeighListKokkos<DeviceType>*)list);
if (eflag) eng_vdwl += ev.evdwl;
if (vflag_global) {
@ -141,7 +141,7 @@ void PairLJSDKKokkos<DeviceType>::compute(int eflag_in, int vflag_in)
template<class DeviceType>
template<bool STACKPARAMS, class Specialisation>
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
F_FLOAT PairLJSDKKokkos<DeviceType>::
F_FLOAT PairLJSPICAKokkos<DeviceType>::
compute_fpair(const F_FLOAT& rsq, const int& i, const int&j, const int& itype, const int& jtype) const {
(void) i;
(void) j;
@ -167,19 +167,25 @@ compute_fpair(const F_FLOAT& rsq, const int& i, const int&j, const int& itype, c
const double r6inv = r2inv*r2inv*r2inv;
return r6inv*(lj_1*r6inv - lj_2) * r2inv;
} else if (ljt == LJ12_5) {
const F_FLOAT r5inv = r2inv*r2inv*sqrt(r2inv);
const F_FLOAT r7inv = r5inv*r2inv;
return r5inv*(lj_1*r7inv - lj_2) * r2inv;
}
if (ljt!=LJ12_4 && ljt!=LJ9_6 && ljt!=LJ12_6) return 0.0;*/
if (ljt!=LJ12_4 && ljt!=LJ9_6 && ljt!=LJ12_6 && ljt!=LJ12_5) return 0.0;*/
const F_FLOAT r4inv=r2inv*r2inv;
const F_FLOAT r6inv=r2inv*r4inv;
const F_FLOAT a = ljt==LJ12_4?r4inv:r6inv;
const F_FLOAT b = ljt==LJ12_4?r4inv:(ljt==LJ9_6?1.0/sqrt(r2inv):r2inv);
const F_FLOAT a = ljt==LJ12_4?r4inv:(ljt==LJ12_5?r4inv*sqrt(r2inv):r6inv);
const F_FLOAT b = ljt==LJ12_4?r4inv:(ljt==LJ9_6?1.0/sqrt(r2inv):(ljt==LJ12_5?r2inv*sqrt(r2inv):r2inv));
return a* ( lj_1*r6inv*b - lj_2 * r2inv);
}
template<class DeviceType>
template<bool STACKPARAMS, class Specialisation>
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
F_FLOAT PairLJSDKKokkos<DeviceType>::
F_FLOAT PairLJSPICAKokkos<DeviceType>::
compute_evdwl(const F_FLOAT& rsq, const int& i, const int&j, const int& itype, const int& jtype) const {
(void) i;
(void) j;
@ -203,6 +209,11 @@ compute_evdwl(const F_FLOAT& rsq, const int& i, const int&j, const int& itype, c
} else if (ljt == LJ12_6) {
const double r6inv = r2inv*r2inv*r2inv;
return r6inv*(lj_3*r6inv - lj_4) - offset;
} else if (ljt == LJ12_5) {
const F_FLOAT r5inv = r2inv*r2inv*sqrt(r2inv);
const F_FLOAT r7inv = r5inv*r2inv;
return r5inv*(lj_3*r7inv - lj_4) - offset;
} else
return 0.0;
}
@ -212,15 +223,15 @@ compute_evdwl(const F_FLOAT& rsq, const int& i, const int&j, const int& itype, c
------------------------------------------------------------------------- */
template<class DeviceType>
void PairLJSDKKokkos<DeviceType>::allocate()
void PairLJSPICAKokkos<DeviceType>::allocate()
{
PairLJSDK::allocate();
PairLJSPICA::allocate();
int n = atom->ntypes;
memory->destroy(cutsq);
memoryKK->create_kokkos(k_cutsq,cutsq,n+1,n+1,"pair:cutsq");
d_cutsq = k_cutsq.template view<DeviceType>();
k_params = Kokkos::DualView<params_lj**,Kokkos::LayoutRight,DeviceType>("PairLJSDK::params",n+1,n+1);
k_params = Kokkos::DualView<params_lj**,Kokkos::LayoutRight,DeviceType>("PairLJSPICA::params",n+1,n+1);
params = k_params.template view<DeviceType>();
}
@ -229,11 +240,11 @@ void PairLJSDKKokkos<DeviceType>::allocate()
------------------------------------------------------------------------- */
template<class DeviceType>
void PairLJSDKKokkos<DeviceType>::settings(int narg, char **arg)
void PairLJSPICAKokkos<DeviceType>::settings(int narg, char **arg)
{
if (narg > 2) error->all(FLERR,"Illegal pair_style command");
PairLJSDK::settings(1,arg);
PairLJSPICA::settings(1,arg);
}
/* ----------------------------------------------------------------------
@ -241,9 +252,9 @@ void PairLJSDKKokkos<DeviceType>::settings(int narg, char **arg)
------------------------------------------------------------------------- */
template<class DeviceType>
void PairLJSDKKokkos<DeviceType>::init_style()
void PairLJSPICAKokkos<DeviceType>::init_style()
{
PairLJSDK::init_style();
PairLJSPICA::init_style();
// error if rRESPA with inner levels
@ -270,9 +281,9 @@ void PairLJSDKKokkos<DeviceType>::init_style()
------------------------------------------------------------------------- */
template<class DeviceType>
double PairLJSDKKokkos<DeviceType>::init_one(int i, int j)
double PairLJSPICAKokkos<DeviceType>::init_one(int i, int j)
{
double cutone = PairLJSDK::init_one(i,j);
double cutone = PairLJSPICA::init_one(i,j);
k_params.h_view(i,j).lj1 = lj1[i][j];
k_params.h_view(i,j).lj2 = lj2[i][j];
@ -297,9 +308,9 @@ double PairLJSDKKokkos<DeviceType>::init_one(int i, int j)
namespace LAMMPS_NS {
template class PairLJSDKKokkos<LMPDeviceType>;
template class PairLJSPICAKokkos<LMPDeviceType>;
#ifdef LMP_KOKKOS_GPU
template class PairLJSDKKokkos<LMPHostType>;
template class PairLJSPICAKokkos<LMPHostType>;
#endif
}

43
src/KOKKOS/pair_lj_sdk_kokkos.h → src/KOKKOS/pair_lj_spica_kokkos.h
View File

@ -13,31 +13,34 @@
#ifdef PAIR_CLASS
// clang-format off
PairStyle(lj/sdk/kk,PairLJSDKKokkos<LMPDeviceType>);
PairStyle(lj/sdk/kk/device,PairLJSDKKokkos<LMPDeviceType>);
PairStyle(lj/sdk/kk/host,PairLJSDKKokkos<LMPHostType>);
PairStyle(lj/spica/kk,PairLJSPICAKokkos<LMPDeviceType>);
PairStyle(lj/spica/kk/device,PairLJSPICAKokkos<LMPDeviceType>);
PairStyle(lj/spica/kk/host,PairLJSPICAKokkos<LMPHostType>);
PairStyle(lj/sdk/kk,PairLJSPICAKokkos<LMPDeviceType>);
PairStyle(lj/sdk/kk/device,PairLJSPICAKokkos<LMPDeviceType>);
PairStyle(lj/sdk/kk/host,PairLJSPICAKokkos<LMPHostType>);
// clang-format on
#else
// clang-format off
#ifndef LMP_PAIR_LJ_SDK_KOKKOS_H
#define LMP_PAIR_LJ_SDK_KOKKOS_H
#ifndef LMP_PAIR_LJ_SPICA_KOKKOS_H
#define LMP_PAIR_LJ_SPICA_KOKKOS_H
#include "pair_kokkos.h"
#include "pair_lj_sdk.h"
#include "pair_lj_spica.h"
#include "neigh_list_kokkos.h"
namespace LAMMPS_NS {
template<class DeviceType>
class PairLJSDKKokkos : public PairLJSDK {
class PairLJSPICAKokkos : public PairLJSPICA {
public:
enum {EnabledNeighFlags=FULL|HALFTHREAD|HALF};
enum {COUL_FLAG=0};
typedef DeviceType device_type;
typedef ArrayTypes<DeviceType> AT;
PairLJSDKKokkos(class LAMMPS *);
~PairLJSDKKokkos() override;
PairLJSPICAKokkos(class LAMMPS *);
~PairLJSPICAKokkos() override;
void compute(int, int) override;
@ -95,17 +98,17 @@ class PairLJSDKKokkos : public PairLJSDK {
int nlocal,nall,eflag,vflag;
void allocate() override;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSDKKokkos,FULL,true>;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSDKKokkos,HALF,true>;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSDKKokkos,HALFTHREAD,true>;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSDKKokkos,FULL,false>;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSDKKokkos,HALF,false>;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSDKKokkos,HALFTHREAD,false>;
friend EV_FLOAT pair_compute_neighlist<PairLJSDKKokkos,FULL,void>(PairLJSDKKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
friend EV_FLOAT pair_compute_neighlist<PairLJSDKKokkos,HALF,void>(PairLJSDKKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
friend EV_FLOAT pair_compute_neighlist<PairLJSDKKokkos,HALFTHREAD,void>(PairLJSDKKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
friend EV_FLOAT pair_compute<PairLJSDKKokkos,void>(PairLJSDKKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
friend void pair_virial_fdotr_compute<PairLJSDKKokkos>(PairLJSDKKokkos*);
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSPICAKokkos,FULL,true>;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSPICAKokkos,HALF,true>;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSPICAKokkos,HALFTHREAD,true>;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSPICAKokkos,FULL,false>;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSPICAKokkos,HALF,false>;
friend struct PairComputeFunctor<PairLJSPICAKokkos,HALFTHREAD,false>;
friend EV_FLOAT pair_compute_neighlist<PairLJSPICAKokkos,FULL,void>(PairLJSPICAKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
friend EV_FLOAT pair_compute_neighlist<PairLJSPICAKokkos,HALF,void>(PairLJSPICAKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
friend EV_FLOAT pair_compute_neighlist<PairLJSPICAKokkos,HALFTHREAD,void>(PairLJSPICAKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
friend EV_FLOAT pair_compute<PairLJSPICAKokkos,void>(PairLJSPICAKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
friend void pair_virial_fdotr_compute<PairLJSPICAKokkos>(PairLJSPICAKokkos*);
};
}