git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@3611 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
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sjplimp
212
src/fix_store_coord.cpp
Normal file
212
src/fix_store_coord.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,212 @@
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/* ----------------------------------------------------------------------
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LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
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Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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#include "stdlib.h"
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#include "string.h"
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#include "fix_store_coord.h"
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#include "atom.h"
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#include "domain.h"
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#include "group.h"
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#include "memory.h"
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#include "error.h"
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using namespace LAMMPS_NS;
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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FixStoreCoord::FixStoreCoord(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
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Fix(lmp, narg, arg)
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{
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if (narg < 3) error->all("Illegal fix store/coord command");
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restart_peratom = 1;
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peratom_flag = 1;
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size_peratom_cols = 3;
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peratom_freq = 1;
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// optional args
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int comflag = 0;
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int iarg = 3;
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while (iarg < narg) {
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if (strcmp(arg[iarg],"com") == 0) {
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if (iarg+2 > narg) error->all("Illegal fix store/coord command");
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||||
if (strcmp(arg[iarg+1],"no") == 0) comflag = 0;
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||||
else if (strcmp(arg[iarg+1],"yes") == 0) comflag = 1;
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||||
else error->all("Illegal fix store/coord command");
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iarg += 2;
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||||
} else error->all("Illegal fix store/coord command");
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}
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// perform initial allocation of atom-based array
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// register with Atom class
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xoriginal = NULL;
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grow_arrays(atom->nmax);
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atom->add_callback(0);
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atom->add_callback(1);
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// cm = original center of mass
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double cm[3];
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if (comflag) {
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double masstotal = group->mass(igroup);
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group->xcm(igroup,masstotal,cm);
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}
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// xoriginal = initial unwrapped positions of atoms
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// relative to center of mass if comflag is set
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double **x = atom->x;
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int *mask = atom->mask;
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int *image = atom->image;
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int nlocal = atom->nlocal;
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||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
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||||
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||
domain->unmap(x[i],image[i],xoriginal[i]);
|
||||
if (comflag) {
|
||||
xoriginal[i][0] -= cm[0];
|
||||
xoriginal[i][1] -= cm[1];
|
||||
xoriginal[i][2] -= cm[2];
|
||||
}
|
||||
} else xoriginal[i][0] = xoriginal[i][1] = xoriginal[i][2] = 0.0;
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||||
}
|
||||
}
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||||
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||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
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||||
FixStoreCoord::~FixStoreCoord()
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{
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||||
// unregister callbacks to this fix from Atom class
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||||
atom->delete_callback(id,0);
|
||||
atom->delete_callback(id,1);
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||||
|
||||
memory->destroy_2d_double_array(xoriginal);
|
||||
}
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||||
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||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
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||||
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||||
int FixStoreCoord::setmask()
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||||
{
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||||
int mask = 0;
|
||||
return mask;
|
||||
}
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||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
memory usage of local atom-based array
|
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------------------------------------------------------------------------- */
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||||
double FixStoreCoord::memory_usage()
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{
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||||
double bytes = atom->nmax*3 * sizeof(double);
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return bytes;
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}
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||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
allocate atom-based array
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||||
------------------------------------------------------------------------- */
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||||
void FixStoreCoord::grow_arrays(int nmax)
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||||
{
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xoriginal =
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||||
memory->grow_2d_double_array(xoriginal,nmax,3,"fix_msd:xoriginal");
|
||||
array_atom = xoriginal;
|
||||
}
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||||
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||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
copy values within local atom-based array
|
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------------------------------------------------------------------------- */
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||||
|
||||
void FixStoreCoord::copy_arrays(int i, int j)
|
||||
{
|
||||
xoriginal[j][0] = xoriginal[i][0];
|
||||
xoriginal[j][1] = xoriginal[i][1];
|
||||
xoriginal[j][2] = xoriginal[i][2];
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
pack values in local atom-based array for exchange with another proc
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------------------------------------------------------------------------- */
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||||
int FixStoreCoord::pack_exchange(int i, double *buf)
|
||||
{
|
||||
buf[0] = xoriginal[i][0];
|
||||
buf[1] = xoriginal[i][1];
|
||||
buf[2] = xoriginal[i][2];
|
||||
return 3;
|
||||
}
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||||
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||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
unpack values in local atom-based array from exchange with another proc
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||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int FixStoreCoord::unpack_exchange(int nlocal, double *buf)
|
||||
{
|
||||
xoriginal[nlocal][0] = buf[0];
|
||||
xoriginal[nlocal][1] = buf[1];
|
||||
xoriginal[nlocal][2] = buf[2];
|
||||
return 3;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
pack values in local atom-based arrays for restart file
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||||
------------------------------------------------------------------------- */
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||||
int FixStoreCoord::pack_restart(int i, double *buf)
|
||||
{
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||||
buf[0] = 4;
|
||||
buf[1] = xoriginal[i][0];
|
||||
buf[2] = xoriginal[i][1];
|
||||
buf[3] = xoriginal[i][2];
|
||||
return 4;
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||||
}
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||||
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/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
unpack values from atom->extra array to restart the fix
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------------------------------------------------------------------------- */
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void FixStoreCoord::unpack_restart(int nlocal, int nth)
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{
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double **extra = atom->extra;
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||||
// skip to Nth set of extra values
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||||
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||||
int m = 0;
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||||
for (int i = 0; i < nth; i++) m += static_cast<int> (extra[nlocal][m]);
|
||||
m++;
|
||||
|
||||
xoriginal[nlocal][0] = extra[nlocal][m++];
|
||||
xoriginal[nlocal][1] = extra[nlocal][m++];
|
||||
xoriginal[nlocal][2] = extra[nlocal][m++];
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
maxsize of any atom's restart data
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||||
------------------------------------------------------------------------- */
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|
||||
int FixStoreCoord::maxsize_restart()
|
||||
{
|
||||
return 4;
|
||||
}
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||||
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/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
size of atom nlocal's restart data
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------------------------------------------------------------------------- */
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int FixStoreCoord::size_restart(int nlocal)
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||||
{
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||||
return 4;
|
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}
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