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sjplimp
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src/group.cpp
146
src/group.cpp
@ -156,93 +156,97 @@ void Group::assign(int narg, char **arg)
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if (domain->regions[iregion]->match(x[i][0],x[i][1],x[i][2]))
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if (domain->regions[iregion]->match(x[i][0],x[i][1],x[i][2]))
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mask[i] |= bit;
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mask[i] |= bit;
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// style = logical condition
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// style = type, molecule, id
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} else if (narg >= 3 &&
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(strcmp(arg[2],"<") == 0 || strcmp(arg[2],">") == 0 ||
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strcmp(arg[2],"<=") == 0 || strcmp(arg[2],">=") == 0 ||
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strcmp(arg[2],"<>") == 0)) {
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if (narg < 4 || narg > 5) error->all(FLERR,"Illegal group command");
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int category,condition,bound1,bound2;
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if (strcmp(arg[1],"type") == 0) category = TYPE;
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else if (strcmp(arg[1],"molecule") == 0) category = MOLECULE;
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else if (strcmp(arg[1],"id") == 0) category = ID;
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else error->all(FLERR,"Illegal group command");
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if (strcmp(arg[2],"<") == 0) condition = LT;
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else if (strcmp(arg[2],"<=") == 0) condition = LE;
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else if (strcmp(arg[2],">") == 0) condition = GT;
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else if (strcmp(arg[2],">=") == 0) condition = GE;
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else if (strcmp(arg[2],"==") == 0) condition = EQ;
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else if (strcmp(arg[2],"!=") == 0) condition = NEQ;
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else if (strcmp(arg[2],"<>") == 0) condition = BETWEEN;
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else error->all(FLERR,"Illegal group command");
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bound1 = atoi(arg[3]);
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bound2 = -1;
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if (condition == BETWEEN) {
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if (narg != 5) error->all(FLERR,"Illegal group command");
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bound2 = atoi(arg[4]);
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}
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int *attribute;
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if (category == TYPE) attribute = atom->type;
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else if (category == MOLECULE) attribute = atom->molecule;
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else if (category == ID) attribute = atom->tag;
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// add to group if meets condition
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if (condition == LT) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] < bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == LE) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] <= bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == GT) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] > bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == GE) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] >= bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == EQ) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] == bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == NEQ) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] != bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == BETWEEN) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++)
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if (attribute[i] >= bound1 && attribute[i] <= bound2) mask[i] |= bit;
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}
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// style = list of values
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} else if (strcmp(arg[1],"type") == 0 || strcmp(arg[1],"molecule") == 0 ||
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} else if (strcmp(arg[1],"type") == 0 || strcmp(arg[1],"molecule") == 0 ||
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strcmp(arg[1],"id") == 0) {
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strcmp(arg[1],"id") == 0) {
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if (narg < 3) error->all(FLERR,"Illegal group command");
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if (narg < 3) error->all(FLERR,"Illegal group command");
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int length = narg-2;
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int *list = new int[length];
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int category;
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int category;
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if (strcmp(arg[1],"type") == 0) category = TYPE;
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if (strcmp(arg[1],"type") == 0) category = TYPE;
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else if (strcmp(arg[1],"molecule") == 0) category = MOLECULE;
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else if (strcmp(arg[1],"molecule") == 0) category = MOLECULE;
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else if (strcmp(arg[1],"id") == 0) category = ID;
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else if (strcmp(arg[1],"id") == 0) category = ID;
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else error->all(FLERR,"Illegal group command");
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length = narg - 2;
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// args = logical condition
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for (int iarg = 2; iarg < narg; iarg++) list[iarg-2] = atoi(arg[iarg]);
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int *attribute;
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if (narg > 3 &&
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if (category == TYPE) attribute = atom->type;
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(strcmp(arg[2],"<") == 0 || strcmp(arg[2],">") == 0 ||
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else if (category == MOLECULE) attribute = atom->molecule;
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strcmp(arg[2],"<=") == 0 || strcmp(arg[2],">=") == 0 ||
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else if (category == ID) attribute = atom->tag;
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strcmp(arg[2],"<>") == 0)) {
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// add to group if attribute is any in list
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int condition,bound1,bound2;
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if (strcmp(arg[2],"<") == 0) condition = LT;
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else if (strcmp(arg[2],"<=") == 0) condition = LE;
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else if (strcmp(arg[2],">") == 0) condition = GT;
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else if (strcmp(arg[2],">=") == 0) condition = GE;
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else if (strcmp(arg[2],"==") == 0) condition = EQ;
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else if (strcmp(arg[2],"!=") == 0) condition = NEQ;
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else if (strcmp(arg[2],"<>") == 0) condition = BETWEEN;
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else error->all(FLERR,"Illegal group command");
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for (int ilist = 0; ilist < length; ilist++)
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bound1 = atoi(arg[3]);
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bound2 = -1;
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if (condition == BETWEEN) {
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if (narg != 5) error->all(FLERR,"Illegal group command");
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bound2 = atoi(arg[4]);
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} else if (narg != 4) error->all(FLERR,"Illegal group command");
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int *attribute;
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if (category == TYPE) attribute = atom->type;
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else if (category == MOLECULE) attribute = atom->molecule;
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else if (category == ID) attribute = atom->tag;
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// add to group if meets condition
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if (condition == LT) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] < bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == LE) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] <= bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == GT) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] > bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == GE) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] >= bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == EQ) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] == bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == NEQ) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++) if (attribute[i] != bound1) mask[i] |= bit;
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} else if (condition == BETWEEN) {
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for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
for (i = 0; i < nlocal; i++)
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if (attribute[i] == list[ilist]) mask[i] |= bit;
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if (attribute[i] >= bound1 && attribute[i] <= bound2) mask[i] |= bit;
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}
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delete [] list;
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// args = list of values
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} else {
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int *attribute;
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if (category == TYPE) attribute = atom->type;
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else if (category == MOLECULE) attribute = atom->molecule;
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else if (category == ID) attribute = atom->tag;
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char *ptr;
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int start,stop,delta;
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for (int iarg = 2; iarg < narg; iarg++) {
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if (strchr(arg[iarg],':')) {
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start = atoi(strtok(arg[iarg],":"));
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stop = atoi(strtok(NULL,":"));
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ptr = strtok(NULL,":");
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if (ptr) delta = atoi(ptr);
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else delta = 1;
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} else {
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start = stop = atoi(arg[iarg]);
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delta = 1;
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}
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// add to group if attribute matches value or sequence
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for (i = 0; i < nlocal; i++)
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if (attribute[i] >= start && attribute[i] <= stop &&
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(attribute[i]-start) % delta == 0) mask[i] |= bit;
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}
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}
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// style = variable
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// style = variable
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