import colored langevin thermostat package from michele ceriotti
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Axel Kohlmeyer
412
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412
examples/USER/gle/data.tip4pf
Normal file
@ -0,0 +1,412 @@
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LAMMPS Description
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192 atoms
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128 bonds
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64 angles
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2 atom types
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1 bond types
|
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|
1 angle types
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0 12.4244 xlo xhi
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0 12.4244 ylo yhi
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0 12.4244 zlo zhi
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Masses
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1 15.9994
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2 1.0080
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||||||
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Atoms
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||||||
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1 1 1 -1.1128 2.7475 12.8896 2.6639
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|
2 1 2 0.5564 3.1049 12.7379 1.8224
|
||||||
|
3 1 2 0.5564 1.7943 13.1205 2.5592
|
||||||
|
4 2 1 -1.1128 -0.7565 -1.1504 -1.5704
|
||||||
|
5 2 2 0.5564 -1.0109 -0.3411 -2.0812
|
||||||
|
6 2 2 0.5564 -0.7469 -1.7213 -2.2771
|
||||||
|
7 3 1 -1.1128 5.7663 -0.4112 0.4047
|
||||||
|
8 3 2 0.5564 6.4944 -0.7495 -0.3433
|
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|
9 3 2 0.5564 4.9901 -0.2595 -0.2404
|
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|
10 4 1 -1.1128 12.5178 13.4586 2.5833
|
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|
11 4 2 0.5564 11.9595 12.7227 2.5625
|
||||||
|
12 4 2 0.5564 12.3870 13.9685 1.6020
|
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|
13 5 1 -1.1128 11.5658 1.2126 -3.4671
|
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|
14 5 2 0.5564 10.7292 1.5210 -4.0420
|
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|
15 5 2 0.5564 12.2784 0.9456 -4.0624
|
||||||
|
16 6 1 -1.1128 14.6971 6.1882 -7.7474
|
||||||
|
17 6 2 0.5564 14.4784 5.3902 -7.2900
|
||||||
|
18 6 2 0.5564 15.2258 6.8450 -7.3017
|
||||||
|
19 7 1 -1.1128 -2.6192 10.3928 -0.0001
|
||||||
|
20 7 2 0.5564 -1.8647 10.9848 -0.5571
|
||||||
|
21 7 2 0.5564 -2.7265 9.2890 -0.0662
|
||||||
|
22 8 1 -1.1128 6.6045 2.0284 0.6044
|
||||||
|
23 8 2 0.5564 6.3655 1.0240 0.4799
|
||||||
|
24 8 2 0.5564 5.7494 2.3953 0.7463
|
||||||
|
25 9 1 -1.1128 8.8742 8.0839 4.6354
|
||||||
|
26 9 2 0.5564 9.7892 8.3767 4.4027
|
||||||
|
27 9 2 0.5564 8.3460 8.0813 3.8293
|
||||||
|
28 10 1 -1.1128 5.8097 5.6849 -0.7085
|
||||||
|
29 10 2 0.5564 5.9595 5.0452 -1.5572
|
||||||
|
30 10 2 0.5564 5.2079 6.4617 -0.9303
|
||||||
|
31 11 1 -1.1128 7.6988 2.7233 2.9973
|
||||||
|
32 11 2 0.5564 6.8675 3.0722 3.5888
|
||||||
|
33 11 2 0.5564 7.3299 2.4174 1.9170
|
||||||
|
34 12 1 -1.1128 11.0654 4.5876 3.5549
|
||||||
|
35 12 2 0.5564 10.3773 4.6342 2.8632
|
||||||
|
36 12 2 0.5564 10.4763 5.2035 4.2540
|
||||||
|
37 13 1 -1.1128 2.2356 2.9662 -0.3426
|
||||||
|
38 13 2 0.5564 2.8229 2.0247 -0.6116
|
||||||
|
39 13 2 0.5564 2.9868 3.0933 0.5014
|
||||||
|
40 14 1 -1.1128 0.6871 7.8853 -4.4203
|
||||||
|
41 14 2 0.5564 0.9105 7.8501 -3.3605
|
||||||
|
42 14 2 0.5564 0.0012 8.5407 -4.3902
|
||||||
|
43 15 1 -1.1128 6.1128 -0.4547 -7.5510
|
||||||
|
44 15 2 0.5564 6.0424 -0.9370 -6.6619
|
||||||
|
45 15 2 0.5564 6.9367 -0.2264 -7.6923
|
||||||
|
46 16 1 -1.1128 0.0269 7.9881 0.2323
|
||||||
|
47 16 2 0.5564 0.1935 7.5172 1.0657
|
||||||
|
48 16 2 0.5564 -1.0149 7.8781 0.1064
|
||||||
|
49 17 1 -1.1128 9.0979 4.4375 1.6117
|
||||||
|
50 17 2 0.5564 8.4785 3.5461 2.0370
|
||||||
|
51 17 2 0.5564 8.4603 5.1558 1.1598
|
||||||
|
52 18 1 -1.1128 8.0205 9.5154 -5.6604
|
||||||
|
53 18 2 0.5564 7.0891 9.9739 -5.8289
|
||||||
|
54 18 2 0.5564 8.2865 9.0556 -6.5545
|
||||||
|
55 19 1 -1.1128 7.1473 7.4240 -4.1023
|
||||||
|
56 19 2 0.5564 6.3979 6.9506 -4.4627
|
||||||
|
57 19 2 0.5564 7.1474 8.2756 -4.5903
|
||||||
|
58 20 1 -1.1128 4.2167 1.7495 -7.8409
|
||||||
|
59 20 2 0.5564 5.0855 1.2633 -7.6234
|
||||||
|
60 20 2 0.5564 3.7241 1.1296 -8.5781
|
||||||
|
61 21 1 -1.1128 5.4446 3.8853 -8.9068
|
||||||
|
62 21 2 0.5564 5.1557 4.7500 -8.6367
|
||||||
|
63 21 2 0.5564 4.8182 3.2069 -8.3794
|
||||||
|
64 22 1 -1.1128 6.0386 9.3204 -2.4511
|
||||||
|
65 22 2 0.5564 6.4152 8.5164 -2.8341
|
||||||
|
66 22 2 0.5564 6.7845 9.8389 -1.9444
|
||||||
|
67 23 1 -1.1128 0.1381 2.6793 4.5680
|
||||||
|
68 23 2 0.5564 -0.2809 3.4724 3.9858
|
||||||
|
69 23 2 0.5564 0.2112 2.0940 3.8931
|
||||||
|
70 24 1 -1.1128 11.3965 -3.5321 3.9345
|
||||||
|
71 24 2 0.5564 11.7433 -3.3427 4.8119
|
||||||
|
72 24 2 0.5564 11.9756 -4.4481 3.3455
|
||||||
|
73 25 1 -1.1128 5.1961 -2.3263 -5.0160
|
||||||
|
74 25 2 0.5564 5.5845 -2.6326 -3.9068
|
||||||
|
75 25 2 0.5564 4.9080 -1.3876 -5.0752
|
||||||
|
76 26 1 -1.1128 1.9884 4.6024 -2.2437
|
||||||
|
77 26 2 0.5564 1.1159 4.2702 -2.6316
|
||||||
|
78 26 2 0.5564 2.1782 3.8946 -1.7102
|
||||||
|
79 27 1 -1.1128 3.4286 -3.8254 2.9948
|
||||||
|
80 27 2 0.5564 4.1401 -3.1922 2.7029
|
||||||
|
81 27 2 0.5564 2.6837 -3.3946 2.5442
|
||||||
|
82 28 1 -1.1128 3.4972 4.0312 -4.2534
|
||||||
|
83 28 2 0.5564 3.2969 3.6780 -5.1881
|
||||||
|
84 28 2 0.5564 2.8283 3.9277 -3.5286
|
||||||
|
85 29 1 -1.1128 2.5581 3.6391 -6.8719
|
||||||
|
86 29 2 0.5564 3.0211 2.9680 -7.2340
|
||||||
|
87 29 2 0.5564 1.6628 3.1519 -7.0428
|
||||||
|
88 30 1 -1.1128 5.1229 6.3022 -5.5820
|
||||||
|
89 30 2 0.5564 4.4630 7.1815 -5.7854
|
||||||
|
90 30 2 0.5564 4.3184 5.7177 -5.1800
|
||||||
|
91 31 1 -1.1128 7.5284 -1.4968 -1.3872
|
||||||
|
92 31 2 0.5564 7.6646 -0.7307 -2.1238
|
||||||
|
93 31 2 0.5564 8.3855 -1.4659 -1.0203
|
||||||
|
94 32 1 -1.1128 8.0180 3.6712 -5.5542
|
||||||
|
95 32 2 0.5564 8.2173 4.4555 -6.0837
|
||||||
|
96 32 2 0.5564 8.6346 3.0360 -5.6917
|
||||||
|
97 33 1 -1.1128 16.0706 -0.2590 -5.0003
|
||||||
|
98 33 2 0.5564 16.0528 -0.2534 -5.8842
|
||||||
|
99 33 2 0.5564 15.1342 -0.1953 -4.7488
|
||||||
|
100 34 1 -1.1128 8.7867 0.2163 4.2394
|
||||||
|
101 34 2 0.5564 8.4837 1.0587 3.5818
|
||||||
|
102 34 2 0.5564 9.5314 -0.1659 3.6191
|
||||||
|
103 35 1 -1.1128 3.2350 8.1868 -5.7667
|
||||||
|
104 35 2 0.5564 2.4833 8.4024 -5.2868
|
||||||
|
105 35 2 0.5564 3.9304 8.8555 -5.5968
|
||||||
|
106 36 1 -1.1128 9.4233 5.7040 5.6841
|
||||||
|
107 36 2 0.5564 10.0973 5.7599 6.4736
|
||||||
|
108 36 2 0.5564 8.9638 6.5622 5.3889
|
||||||
|
109 37 1 -1.1128 5.4246 -2.0137 2.6572
|
||||||
|
110 37 2 0.5564 5.8998 -1.6969 3.5099
|
||||||
|
111 37 2 0.5564 5.5652 -1.5574 1.8565
|
||||||
|
112 38 1 -1.1128 -0.1317 1.9336 0.3190
|
||||||
|
113 38 2 0.5564 0.7894 2.2269 -0.1673
|
||||||
|
114 38 2 0.5564 -0.9403 2.4988 0.0245
|
||||||
|
115 39 1 -1.1128 11.8227 3.8276 -2.8190
|
||||||
|
116 39 2 0.5564 11.9045 2.9412 -3.1683
|
||||||
|
117 39 2 0.5564 11.4467 3.8091 -2.0650
|
||||||
|
118 40 1 -1.1128 -1.2368 9.7290 -3.9382
|
||||||
|
119 40 2 0.5564 -1.9257 9.0012 -3.6423
|
||||||
|
120 40 2 0.5564 -1.6406 10.5300 -4.3785
|
||||||
|
121 41 1 -1.1128 10.0754 7.7161 -0.3734
|
||||||
|
122 41 2 0.5564 10.0574 7.7060 -1.5087
|
||||||
|
123 41 2 0.5564 9.2537 7.2615 -0.1815
|
||||||
|
124 42 1 -1.1128 -1.0123 6.0538 -4.7618
|
||||||
|
125 42 2 0.5564 -0.8778 5.3177 -4.1260
|
||||||
|
126 42 2 0.5564 -0.2149 6.6635 -4.6539
|
||||||
|
127 43 1 -1.1128 -1.7545 11.2259 2.6532
|
||||||
|
128 43 2 0.5564 -1.2454 10.3615 3.0272
|
||||||
|
129 43 2 0.5564 -2.3173 10.8721 1.8706
|
||||||
|
130 44 1 -1.1128 12.4899 11.0304 5.7156
|
||||||
|
131 44 2 0.5564 11.9240 11.7099 5.4868
|
||||||
|
132 44 2 0.5564 13.3664 11.1913 5.4911
|
||||||
|
133 45 1 -1.1128 9.6108 7.3259 -3.0932
|
||||||
|
134 45 2 0.5564 8.6400 7.3761 -3.4426
|
||||||
|
135 45 2 0.5564 10.1122 6.7757 -3.8567
|
||||||
|
136 46 1 -1.1128 2.6948 11.0492 4.8330
|
||||||
|
137 46 2 0.5564 2.7024 11.5790 4.0320
|
||||||
|
138 46 2 0.5564 3.0263 9.9915 4.5693
|
||||||
|
139 47 1 -1.1128 2.3981 10.4891 -1.9366
|
||||||
|
140 47 2 0.5564 3.2686 9.9508 -1.8156
|
||||||
|
141 47 2 0.5564 2.0376 10.5907 -0.9310
|
||||||
|
142 48 1 -1.1128 0.9756 10.6255 0.5327
|
||||||
|
143 48 2 0.5564 0.1537 11.3288 0.6051
|
||||||
|
144 48 2 0.5564 0.5959 9.7905 0.6015
|
||||||
|
145 49 1 -1.1128 6.8518 4.4218 -2.9838
|
||||||
|
146 49 2 0.5564 7.5360 4.5692 -4.0439
|
||||||
|
147 49 2 0.5564 6.2902 3.8048 -3.2906
|
||||||
|
148 50 1 -1.1128 5.2164 6.6410 4.0581
|
||||||
|
149 50 2 0.5564 5.2488 6.3928 4.9660
|
||||||
|
150 50 2 0.5564 4.2955 7.0350 3.8882
|
||||||
|
151 51 1 -1.1128 0.3549 6.8498 2.9794
|
||||||
|
152 51 2 0.5564 1.0995 6.6230 3.4814
|
||||||
|
153 51 2 0.5564 -0.3406 6.0721 3.1076
|
||||||
|
154 52 1 -1.1128 8.2297 2.5219 -1.4475
|
||||||
|
155 52 2 0.5564 7.9524 3.3343 -1.9877
|
||||||
|
156 52 2 0.5564 7.7019 2.4769 -0.5961
|
||||||
|
157 53 1 -1.1128 7.8245 6.7224 0.7167
|
||||||
|
158 53 2 0.5564 7.2205 6.3967 0.2032
|
||||||
|
159 53 2 0.5564 7.5432 7.1690 1.5959
|
||||||
|
160 54 1 -1.1128 10.4529 3.5595 -0.4618
|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
164 55 2 0.5564 0.8772 7.6442 -1.3852
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
167 56 2 0.5564 4.9276 4.3327 0.4075
|
||||||
|
168 56 2 0.5564 4.7321 3.6932 1.9221
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
||||||
|
Bonds
|
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|
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||||||
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1 1 1 2
|
||||||
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2 1 1 3
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
|
80 1 118 120
|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
90 1 133 135
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
94 1 139 141
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
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|
||||||
|
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|
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|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
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|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
|
128 1 190 192
|
||||||
|
|
||||||
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Angles
|
||||||
|
|
||||||
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1 1 2 1 3
|
||||||
|
2 1 5 4 6
|
||||||
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3 1 8 7 9
|
||||||
|
4 1 11 10 12
|
||||||
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|
||||||
|
6 1 17 16 18
|
||||||
|
7 1 20 19 21
|
||||||
|
8 1 23 22 24
|
||||||
|
9 1 26 25 27
|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
|
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
||||||
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|
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|
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|
||||||
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|
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|
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|
||||||
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|
||||||
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|
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||||||
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29
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@ -0,0 +1,29 @@
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|
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|
||||||
|
thermo_style custom step temp pe ke etotal
|
||||||
|
|
||||||
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timestep 0.5
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|
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dump snapxyz all atom 100 h2o.lammpstraj
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||||||
|
|
||||||
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# some problem
|
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|
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fix_modify 1 energy yes
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#fix 1 all nve
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||||||
|
|
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run 10000
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|
|||||||
|
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|
PACKUSER = user-atc user-awpmd user-cg-cmm user-colvars \
|
||||||
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|
user-cuda user-eff user-fep user-lb user-misc user-molfile \
|
||||||
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|
user-omp user-phonon user-qmmm user-reaxc user-sph user-gle
|
||||||
|
|
||||||
PACKLIB = gpu kim meam poems reax voronoi \
|
PACKLIB = gpu kim meam poems reax voronoi \
|
||||||
user-atc user-awpmd user-colvars user-qmmm user-cuda user-molfile
|
user-atc user-awpmd user-colvars user-qmmm user-cuda user-molfile
|
||||||
|
|||||||
1161
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1161
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Normal file
File diff suppressed because it is too large
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@ -0,0 +1,99 @@
|
|||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
||||||
|
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
|
||||||
|
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
|
||||||
|
|
||||||
|
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
||||||
|
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
||||||
|
certain rights in this software. This software is distributed under
|
||||||
|
the GNU General Public License.
|
||||||
|
|
||||||
|
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
* A class for an atom kind which carries around a variable number of
|
||||||
|
* additional degrees of freedom, to integrate a Generalized Langevin
|
||||||
|
* Equation dynamics.
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* TODO: Probably this is better implemented as a hybrid type.
|
||||||
|
* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef ATOM_CLASS
|
||||||
|
|
||||||
|
AtomStyle(gle,AtomVecGLE)
|
||||||
|
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef LMP_ATOM_VEC_GLE_H
|
||||||
|
#define LMP_ATOM_VEC_GLE_H
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "atom_vec.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace LAMMPS_NS {
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||||||
|
|
||||||
|
class AtomVecGLE : public AtomVec {
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
AtomVecGLE(class LAMMPS *); //, int, char **); AtomVec classes used to accept arguments
|
||||||
|
virtual ~AtomVecGLE() {}
|
||||||
|
void grow(int);
|
||||||
|
void grow_reset();
|
||||||
|
void copy(int, int, int);
|
||||||
|
virtual int pack_comm(int, int *, double *, int, int *);
|
||||||
|
virtual int pack_comm_vel(int, int *, double *, int, int *);
|
||||||
|
virtual void unpack_comm(int, int, double *);
|
||||||
|
virtual void unpack_comm_vel(int, int, double *);
|
||||||
|
int pack_reverse(int, int, double *);
|
||||||
|
void unpack_reverse(int, int *, double *);
|
||||||
|
virtual int pack_border(int, int *, double *, int, int *);
|
||||||
|
virtual int pack_border_vel(int, int *, double *, int, int *);
|
||||||
|
int pack_border_hybrid(int, int *, double *);
|
||||||
|
virtual void unpack_border(int, int, double *);
|
||||||
|
virtual void unpack_border_vel(int, int, double *);
|
||||||
|
int unpack_border_hybrid(int, int, double *);
|
||||||
|
virtual int pack_exchange(int, double *);
|
||||||
|
virtual int unpack_exchange(double *);
|
||||||
|
int size_restart();
|
||||||
|
int pack_restart(int, double *);
|
||||||
|
int unpack_restart(double *);
|
||||||
|
void create_atom(int, double *);
|
||||||
|
void data_atom(double *, imageint, char **);
|
||||||
|
int data_atom_hybrid(int, char **);
|
||||||
|
void pack_data(double **);
|
||||||
|
int pack_data_hybrid(int, double *);
|
||||||
|
void write_data(FILE *, int, double **);
|
||||||
|
int write_data_hybrid(FILE *, double *);
|
||||||
|
bigint memory_usage();
|
||||||
|
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
int ns;
|
||||||
|
tagint *tag;
|
||||||
|
int *type,*mask;
|
||||||
|
imageint *image;
|
||||||
|
|
||||||
|
// s[i][j] i is the atom index, j contains 3*(ns+1) items
|
||||||
|
// corresponding to x,y,z coordinates of different
|
||||||
|
// additional DOFs, i.e. s[0] will be [ x0 y0 z0 x1 y1 z1 ... ]
|
||||||
|
double **x, **v, **f, **s;
|
||||||
|
double *q;
|
||||||
|
tagint *molecule;
|
||||||
|
int **nspecial;
|
||||||
|
tagint **special;
|
||||||
|
int *num_bond;
|
||||||
|
int **bond_type;
|
||||||
|
tagint **bond_atom;
|
||||||
|
int *num_angle;
|
||||||
|
int **angle_type;
|
||||||
|
tagint **angle_atom1,**angle_atom2,**angle_atom3;
|
||||||
|
int *num_dihedral;
|
||||||
|
int **dihedral_type;
|
||||||
|
tagint **dihedral_atom1,**dihedral_atom2,**dihedral_atom3,**dihedral_atom4;
|
||||||
|
int *num_improper;
|
||||||
|
int **improper_type;
|
||||||
|
tagint **improper_atom1,**improper_atom2,**improper_atom3,**improper_atom4;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
#endif
|
||||||
522
src/USER-GLE/fix_gle.cpp
Normal file
522
src/USER-GLE/fix_gle.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,522 @@
|
|||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
||||||
|
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
|
||||||
|
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
|
||||||
|
|
||||||
|
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
||||||
|
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
||||||
|
certain rights in this software. This software is distributed under
|
||||||
|
the GNU General Public License.
|
||||||
|
|
||||||
|
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
Contributing author: Michele Ceriotti (Oxford), Joe Morrone (Columbia)
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "mpi.h"
|
||||||
|
#include "math.h"
|
||||||
|
#include "string.h"
|
||||||
|
#include "stdlib.h"
|
||||||
|
#include "fix_gle.h"
|
||||||
|
#include "math_extra.h"
|
||||||
|
#include "atom.h"
|
||||||
|
#include "atom_vec_ellipsoid.h"
|
||||||
|
#include "force.h"
|
||||||
|
#include "update.h"
|
||||||
|
#include "modify.h"
|
||||||
|
#include "compute.h"
|
||||||
|
#include "domain.h"
|
||||||
|
#include "region.h"
|
||||||
|
#include "respa.h"
|
||||||
|
#include "comm.h"
|
||||||
|
#include "input.h"
|
||||||
|
#include "variable.h"
|
||||||
|
#include "random_mars.h"
|
||||||
|
#include "memory.h"
|
||||||
|
#include "error.h"
|
||||||
|
#include "group.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||||
|
using namespace FixConst;
|
||||||
|
|
||||||
|
enum{NOBIAS,BIAS};
|
||||||
|
enum{CONSTANT,EQUAL,ATOM};
|
||||||
|
//#define GLE_DEBUG 1
|
||||||
|
|
||||||
|
/* syntax for fix_gle:
|
||||||
|
* fix_gle nfix id-group gle ns amatrix [temp|cmatrix] seed
|
||||||
|
*
|
||||||
|
* */
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace GLE {
|
||||||
|
/*!!MC!! here begins the GLE stuff*/
|
||||||
|
#define midx(n,i,j) ((i)*(n)+(j))
|
||||||
|
|
||||||
|
//"stabilized" cholesky decomposition. does a LDL^t decomposition, then sets to zero the negative diagonal elements and gets MM^t
|
||||||
|
void StabCholesky(unsigned long n, const double* MMt, double* M)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
double L[n*n], D[n];
|
||||||
|
|
||||||
|
unsigned long i,j,k;
|
||||||
|
for(i=0; i<n; ++i) D[i]=0.;
|
||||||
|
for(i=0; i<n*n; ++i) L[i]=0.;
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i=0; i<n; ++i)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
L[midx(n,i,i)]=1.;
|
||||||
|
for (j=0; j<i; j++)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
printf("%d %d\n", i,j);
|
||||||
|
L[midx(n,i,j)]=MMt[midx(n,i,j)];
|
||||||
|
for (k=0; k<j; ++k) L[midx(n,i,j)]-=L[midx(n,i,k)]*L[midx(n,j,k)]*D[k];
|
||||||
|
if (D[j]!=0.) L[midx(n,i,j)]/=D[j];
|
||||||
|
else L[midx(n,i,j)]=0.0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
D[i]=MMt[midx(n,i,i)];
|
||||||
|
for (k=0; k<i; ++k) D[i]-=L[midx(n,i,k)]*L[midx(n,i,k)]*D[k];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i=0; i<n; ++i) D[i]=(D[i]>0.?sqrt(D[i]):0.);
|
||||||
|
|
||||||
|
for(i=0; i<n; ++i) for (j=0; j<n; j++) M[midx(n,i,j)]=L[midx(n,i,j)]*D[j];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void MyMult(unsigned long n, unsigned long m, unsigned long r, const double* A, const double* B, double* C, double cf=0.0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
// !! TODO !! should probably call BLAS (or check if some efficient matrix-matrix multiply is implemented somewhere in LAMMPS)
|
||||||
|
// (rows x cols) :: A is n x r, B is r x m, C is n x m
|
||||||
|
unsigned long i,j,k; double *cij;
|
||||||
|
for (i=0; i<n; ++i)
|
||||||
|
for (j=0; j<m; ++j)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
cij=&C[midx(m,i,j)]; *cij *= cf;
|
||||||
|
for (k=0; k<r; ++k) *cij+=A[midx(r,i,k)]*B[midx(m,k,j)];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void MyTrans(unsigned long n, const double* A, double* AT)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (unsigned long i=0; i<n; ++i) for (unsigned long j=0; j<n; ++j) AT[j*n+i]=A[i*n+j];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void MyPrint(unsigned long n, const double* A)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (unsigned long k=0; k<n*n; ++k) { printf("%10.5e ", A[k]); if ((k+1)%n==0) printf("\n");}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
//matrix exponential by scaling and squaring.
|
||||||
|
void MatrixExp(unsigned long n, const double* M, double* EM, unsigned long j=8, unsigned long k=8)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
double tc[j+1], SM[n*n], TMP[n*n];
|
||||||
|
double onetotwok=pow(0.5,1.0*k);
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
tc[0]=1;
|
||||||
|
for (int i=0; i<j; ++i) tc[i+1]=tc[i]/(i+1.0);
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int i=0; i<n*n; ++i) { SM[i]=M[i]*onetotwok; EM[i]=0.0; TMP[i]=0.0; }
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int i=0; i<n; ++i) EM[midx(n,i,i)]=tc[j];
|
||||||
|
|
||||||
|
//taylor exp of scaled matrix
|
||||||
|
for (int p=j-1; p>=0; p--)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
MyMult(n, n, n, SM, EM, TMP); for (int i=0; i<n*n; ++i) EM[i]=TMP[i];
|
||||||
|
for (int i=0; i<n; ++i) EM[midx(n,i,i)]+=tc[p];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int p=0; p<k; p++)
|
||||||
|
{ MyMult(n, n, n, EM, EM, TMP); for (int i=0; i<n*n; ++i) EM[i]=TMP[i]; }
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
FixGLE::FixGLE(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
|
||||||
|
Fix(lmp, narg, arg)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (narg < 5) error->all(FLERR,"Illegal fix gle command");
|
||||||
|
|
||||||
|
ns = atof(arg[3]);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (ns>atom->ns) error->all(FLERR, "Atom kind has not enough GLE slots");
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
A = new double[(ns+1)*(ns+1)];
|
||||||
|
C = new double[(ns+1)*(ns+1)];
|
||||||
|
T=S=gle_tmp=gle_rnd=NULL; gle_buff=0;
|
||||||
|
|
||||||
|
// LOADS A matrix
|
||||||
|
printf("Reading A from %s\n", arg[4]);
|
||||||
|
FILE* fgle = fopen(arg[4], "r");
|
||||||
|
|
||||||
|
if (fgle==NULL) error->all(FLERR, "Cannot open A matrix GLE input");
|
||||||
|
for (int i=0; i<(ns+1)*(ns+1); ++i) //ASSUMES A IS IN THE CORRECT INVERSE TIME UNITS
|
||||||
|
if (!fscanf(fgle,"%lf",&(A[i]))) error->all(FLERR, "Cannot read A matrix GLE input");
|
||||||
|
|
||||||
|
fclose(fgle);
|
||||||
|
|
||||||
|
temp=atof(arg[5]);
|
||||||
|
if (temp==0.0)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
printf("Reading C from %s\n", arg[5]);
|
||||||
|
fgle = fopen(arg[5], "r");
|
||||||
|
if (fgle==NULL) error->all(FLERR, "Cannot open C matrix GLE input");
|
||||||
|
for (int i=0; i<(ns+1)*(ns+1); ++i) //ASSUMES C IS IN THE CORRECT TEMPERATURE UNITS
|
||||||
|
if (!fscanf(fgle,"%lf",&(C[i]))) error->all(FLERR, "Cannot read C matrix GLE input");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
else
|
||||||
|
{
|
||||||
|
for (int i=0; i<(ns+1)*(ns+1); ++i) C[i]=0.0;
|
||||||
|
for (int i=0; i<(ns+1)*(ns+1); i+=(ns+2)) C[i]=temp*force->boltz/force->mvv2e;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef GLE_DEBUG
|
||||||
|
printf("A Matrix\n");
|
||||||
|
GLE::MyPrint(ns+1,A);
|
||||||
|
printf("C Matrix\n");
|
||||||
|
GLE::MyPrint(ns+1,C);
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
tau=10;
|
||||||
|
int seed = atoi(arg[6]);
|
||||||
|
|
||||||
|
// initialize Marsaglia RNG with processor-unique seed
|
||||||
|
// NB: this means runs will not be the same with different numbers of processors
|
||||||
|
random = new RanMars(lmp,seed + comm->me);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (seed <= 0) error->all(FLERR,"Illegal fix gle command");
|
||||||
|
|
||||||
|
// allocate per-type arrays for mass-scaling
|
||||||
|
sqrt_m = new double[atom->ntypes+1];
|
||||||
|
|
||||||
|
energy = 0.0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
FixGLE::~FixGLE()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
delete random;
|
||||||
|
delete [] sqrt_m;
|
||||||
|
delete [] A; delete [] C; delete [] S; delete [] T;
|
||||||
|
delete [] gle_tmp; delete [] gle_rnd;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
int FixGLE::setmask()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int mask = 0;
|
||||||
|
mask |= INITIAL_INTEGRATE;
|
||||||
|
mask |= FINAL_INTEGRATE;
|
||||||
|
mask |= INITIAL_INTEGRATE_RESPA;
|
||||||
|
mask |= FINAL_INTEGRATE_RESPA;
|
||||||
|
mask |= THERMO_ENERGY;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
return mask;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
void FixGLE::init()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
|
||||||
|
dogle = 1;
|
||||||
|
dorattle = 1;
|
||||||
|
dtv = update->dt;
|
||||||
|
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
|
|
||||||
|
// compute Langevin terms
|
||||||
|
T = new double[(ns+1)*(ns+1)]; S = new double[(ns+1)*(ns+1)];
|
||||||
|
double *tmp1 = new double[(ns+1)*(ns+1)], *tmp2 = new double[(ns+1)*(ns+1)];
|
||||||
|
for (int i=0; i<(ns+1)*(ns+1); ++i) { tmp1[i]=-A[i]*update->dt*0.5; tmp2[i]=S[i]=0.0; }
|
||||||
|
GLE::MatrixExp(ns+1,tmp1,T);
|
||||||
|
|
||||||
|
GLE::MyMult(ns+1,ns+1,ns+1,T,C,tmp1);
|
||||||
|
GLE::MyTrans(ns+1,T,tmp2);
|
||||||
|
GLE::MyMult(ns+1,ns+1,ns+1,tmp1,tmp2,S);
|
||||||
|
for (int i=0; i<(ns+1)*(ns+1); ++i) tmp1[i]=C[i]-S[i];
|
||||||
|
|
||||||
|
GLE::StabCholesky(ns+1, tmp1, S); //!TODO use symmetric square root, which is more stable.
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef GLE_DEBUG
|
||||||
|
printf("T Matrix\n");
|
||||||
|
GLE::MyPrint(ns+1,T);
|
||||||
|
printf("S Matrix\n");
|
||||||
|
GLE::MyPrint(ns+1,S);
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
delete[] tmp1; delete[] tmp2;
|
||||||
|
|
||||||
|
// set force prefactors
|
||||||
|
if (!atom->rmass) {
|
||||||
|
for (int i = 1; i <= atom->ntypes; i++) {
|
||||||
|
sqrt_m[i] = sqrt(atom->mass[i]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
void FixGLE::setup(int vflag)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
|
post_force(vflag);
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
post_force_respa(vflag,nlevels_respa-1,0);
|
||||||
|
((Respa *) update->integrate)->copy_f_flevel(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void FixGLE::gle_integrate()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
double **v = atom->v;
|
||||||
|
double **s = atom->s;
|
||||||
|
double *rmass = atom->rmass, smi, ismi;
|
||||||
|
int *type = atom->type;
|
||||||
|
int *mask = atom->mask;
|
||||||
|
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
if (nlocal > gle_buff)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (gle_tmp !=NULL) {
|
||||||
|
delete [] gle_tmp; delete [] gle_rnd;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
gle_tmp = new double[nlocal*(ns+1)];
|
||||||
|
gle_rnd = new double[nlocal*(ns+1)];
|
||||||
|
gle_buff = nlocal;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef GLE_DEBUG
|
||||||
|
printf("!MC! GLE THERMO STEP dt=%f\n",update->dt);
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
// gets kinetic energy before doing anything to the velocities
|
||||||
|
double deltae=0.0;
|
||||||
|
if (rmass) {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
ismi=rmass[i];
|
||||||
|
for (int j = 0; j<3; ++j) { deltae-=ismi*v[i][j]*v[i][j]; }
|
||||||
|
} }
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
ismi=atom->mass[type[i]];
|
||||||
|
for (int j = 0; j<3; ++j) { deltae-=ismi*v[i][j]*v[i][j]; }
|
||||||
|
} }
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// s is just taken to be the mass-scaled velocity!
|
||||||
|
if (rmass) {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
smi=sqrt(rmass[i]);
|
||||||
|
for (int j = 0; j<3; ++j) { s[i][j] = v[i][j]*smi; }
|
||||||
|
} }
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
smi=sqrt_m[type[i]];
|
||||||
|
for (int j = 0; j<3; ++j) { s[i][j] = v[i][j]*smi; }
|
||||||
|
} }
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
for (int k = 0; k<3; k++) {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) for (int j = 0; j<(ns+1); ++j) gle_rnd[j*(nlocal)+i] = s[i][3*j+k];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
GLE::MyMult(ns+1,nlocal,ns+1,T,gle_rnd,gle_tmp);
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal*(ns+1); i++) gle_rnd[i] = random->gaussian();
|
||||||
|
GLE::MyMult(ns+1,nlocal,ns+1,S,gle_rnd,gle_tmp,1.0);
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) for (int j = 0; j<(ns+1); ++j) s[i][3*j+k] = gle_tmp[j*(nlocal)+i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (rmass) {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
ismi=1.0/sqrt(rmass[i]);
|
||||||
|
for (int j = 0; j<3; ++j) { v[i][j] = s[i][j]*ismi; }
|
||||||
|
} }
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
ismi=1.0/sqrt_m[type[i]];
|
||||||
|
for (int j = 0; j<3; ++j) { v[i][j] = s[i][j]*ismi; }
|
||||||
|
} }
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (rmass) {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
ismi=rmass[i];
|
||||||
|
for (int j = 0; j<3; ++j) { deltae+=ismi*v[i][j]*v[i][j]; }
|
||||||
|
} }
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
ismi=atom->mass[type[i]];
|
||||||
|
for (int j = 0; j<3; ++j) { deltae+=ismi*v[i][j]*v[i][j]; }
|
||||||
|
} }
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
energy += deltae*0.5*force->mvv2e;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void FixGLE::initial_integrate(int vflag)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
double dtfm;
|
||||||
|
|
||||||
|
// update v and x of atoms in group
|
||||||
|
double **x = atom->x;
|
||||||
|
double **v = atom->v;
|
||||||
|
double **f = atom->f;
|
||||||
|
double *rmass = atom->rmass;
|
||||||
|
double *mass = atom->mass;
|
||||||
|
int *type = atom->type;
|
||||||
|
int *mask = atom->mask;
|
||||||
|
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||||
|
if (igroup == atom->firstgroup) nlocal = atom->nfirst;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
if (dogle) gle_integrate();
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef GLE_DEBUG
|
||||||
|
printf("!MC! GLE P1 STEP dt=%f\n",dtv);
|
||||||
|
printf("!MC! GLE Q STEP\n");
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
if (rmass) {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
dtfm = dtf / rmass[i];
|
||||||
|
v[i][0] += dtfm * f[i][0];
|
||||||
|
v[i][1] += dtfm * f[i][1];
|
||||||
|
v[i][2] += dtfm * f[i][2];
|
||||||
|
x[i][0] += dtv * v[i][0];
|
||||||
|
x[i][1] += dtv * v[i][1];
|
||||||
|
x[i][2] += dtv * v[i][2];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
dtfm = dtf / mass[type[i]];
|
||||||
|
v[i][0] += dtfm * f[i][0];
|
||||||
|
v[i][1] += dtfm * f[i][1];
|
||||||
|
v[i][2] += dtfm * f[i][2];
|
||||||
|
x[i][0] += dtv * v[i][0];
|
||||||
|
x[i][1] += dtv * v[i][1];
|
||||||
|
x[i][2] += dtv * v[i][2];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void FixGLE::final_integrate()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
double dtfm;
|
||||||
|
|
||||||
|
// update v of atoms in group
|
||||||
|
|
||||||
|
double **v = atom->v;
|
||||||
|
double **f = atom->f;
|
||||||
|
double *rmass = atom->rmass;
|
||||||
|
double *mass = atom->mass;
|
||||||
|
int *type = atom->type;
|
||||||
|
int *mask = atom->mask;
|
||||||
|
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||||
|
if (igroup == atom->firstgroup) nlocal = atom->nfirst;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (rmass) {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
dtfm = dtf / rmass[i];
|
||||||
|
v[i][0] += dtfm * f[i][0];
|
||||||
|
v[i][1] += dtfm * f[i][1];
|
||||||
|
v[i][2] += dtfm * f[i][2];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit) {
|
||||||
|
dtfm = dtf / mass[type[i]];
|
||||||
|
v[i][0] += dtfm * f[i][0];
|
||||||
|
v[i][1] += dtfm * f[i][1];
|
||||||
|
v[i][2] += dtfm * f[i][2];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef GLE_DEBUG
|
||||||
|
printf("!MC! GLE P2 STEP dt=%f\n",dtv);
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
if (dogle) gle_integrate();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
void FixGLE::initial_integrate_respa(int vflag, int ilevel, int iloop)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dtv = step_respa[ilevel];
|
||||||
|
dtf = 0.5 * step_respa[ilevel] * force->ftm2v;
|
||||||
|
|
||||||
|
// innermost level - NVE update of v and x
|
||||||
|
// all other levels - NVE update of v
|
||||||
|
|
||||||
|
if (ilevel==nlevels_respa-1) gle_integrate();
|
||||||
|
dogle=0;
|
||||||
|
if (ilevel == 0) initial_integrate(vflag);
|
||||||
|
else { dorattle=1; final_integrate();} // If RATTLE S2 should not be called here, dorattle=0
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
void FixGLE::final_integrate_respa(int ilevel, int iloop)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dtv = step_respa[ilevel]; //!MC!
|
||||||
|
dtf = 0.5 * step_respa[ilevel] * force->ftm2v;
|
||||||
|
dogle=0;
|
||||||
|
if(0) { // If true turn on stage 2 rattle for final integrate only
|
||||||
|
if(ilevel==nlevels_respa-1)
|
||||||
|
dorattle=1;
|
||||||
|
else
|
||||||
|
dorattle=0;
|
||||||
|
} else { dorattle=1; }
|
||||||
|
final_integrate();
|
||||||
|
if (ilevel==nlevels_respa-1) gle_integrate();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
double FixGLE::compute_scalar()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
double energy_me = energy;
|
||||||
|
double energy_all;
|
||||||
|
MPI_Allreduce(&energy_me,&energy_all,1,MPI_DOUBLE,MPI_SUM,world);
|
||||||
|
|
||||||
|
return -energy_all;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
extract thermostat properties
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
void *FixGLE::extract(const char *str, int &dim)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
dim = 0;
|
||||||
|
if (strcmp(str,"t_target") == 0) {
|
||||||
|
return &temp;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
return NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
61
src/USER-GLE/fix_gle.h
Normal file
61
src/USER-GLE/fix_gle.h
Normal file
@ -0,0 +1,61 @@
|
|||||||
|
/* -*- c++ -*- ----------------------------------------------------------
|
||||||
|
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
||||||
|
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
|
||||||
|
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
|
||||||
|
|
||||||
|
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
||||||
|
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
||||||
|
certain rights in this software. This software is distributed under
|
||||||
|
the GNU General Public License.
|
||||||
|
|
||||||
|
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef FIX_CLASS
|
||||||
|
|
||||||
|
FixStyle(gle,FixGLE)
|
||||||
|
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef LMP_FIX_GLE_H
|
||||||
|
#define LMP_FIX_GLE_H
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "fix.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace LAMMPS_NS {
|
||||||
|
|
||||||
|
class FixGLE : public Fix {
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
FixGLE(class LAMMPS *, int, char **);
|
||||||
|
virtual ~FixGLE();
|
||||||
|
int setmask();
|
||||||
|
void init();
|
||||||
|
void setup(int);
|
||||||
|
void gle_integrate();
|
||||||
|
void initial_integrate_respa(int vflag, int ilevel, int iloop);
|
||||||
|
void final_integrate_respa(int ilevel, int iloop);
|
||||||
|
void initial_integrate(int vflag);
|
||||||
|
void final_integrate();
|
||||||
|
double compute_scalar();
|
||||||
|
virtual void *extract(const char *, int &);
|
||||||
|
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
int ns;
|
||||||
|
double *A, *C, *S, *T;
|
||||||
|
double *gle_tmp, *gle_rnd; int gle_buff;
|
||||||
|
double temp, tau, dtv, dtf;
|
||||||
|
int dogle;
|
||||||
|
int dorattle;
|
||||||
|
class RanMars *random;
|
||||||
|
double *sqrt_m;
|
||||||
|
double *step_respa;
|
||||||
|
double energy;
|
||||||
|
int nlevels_respa;
|
||||||
|
|
||||||
|
double **vaux;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
#endif
|
||||||
@ -52,6 +52,7 @@ using namespace MathConst;
|
|||||||
Atom::Atom(LAMMPS *lmp) : Pointers(lmp)
|
Atom::Atom(LAMMPS *lmp) : Pointers(lmp)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
natoms = 0;
|
natoms = 0;
|
||||||
|
ns = 0; //!GLE
|
||||||
nlocal = nghost = nmax = 0;
|
nlocal = nghost = nmax = 0;
|
||||||
ntypes = 0;
|
ntypes = 0;
|
||||||
nbondtypes = nangletypes = ndihedraltypes = nimpropertypes = 0;
|
nbondtypes = nangletypes = ndihedraltypes = nimpropertypes = 0;
|
||||||
@ -72,6 +73,7 @@ Atom::Atom(LAMMPS *lmp) : Pointers(lmp)
|
|||||||
type = mask = NULL;
|
type = mask = NULL;
|
||||||
image = NULL;
|
image = NULL;
|
||||||
x = v = f = NULL;
|
x = v = f = NULL;
|
||||||
|
s = NULL; //!GLE
|
||||||
|
|
||||||
molecule = NULL;
|
molecule = NULL;
|
||||||
molindex = molatom = NULL;
|
molindex = molatom = NULL;
|
||||||
@ -205,6 +207,7 @@ Atom::~Atom()
|
|||||||
memory->destroy(x);
|
memory->destroy(x);
|
||||||
memory->destroy(v);
|
memory->destroy(v);
|
||||||
memory->destroy(f);
|
memory->destroy(f);
|
||||||
|
memory->destroy(s); //!GLE
|
||||||
|
|
||||||
memory->destroy(molecule);
|
memory->destroy(molecule);
|
||||||
memory->destroy(molindex);
|
memory->destroy(molindex);
|
||||||
@ -1891,6 +1894,7 @@ void *Atom::extract(char *name)
|
|||||||
if (strcmp(name,"x") == 0) return (void *) x;
|
if (strcmp(name,"x") == 0) return (void *) x;
|
||||||
if (strcmp(name,"v") == 0) return (void *) v;
|
if (strcmp(name,"v") == 0) return (void *) v;
|
||||||
if (strcmp(name,"f") == 0) return (void *) f;
|
if (strcmp(name,"f") == 0) return (void *) f;
|
||||||
|
if (strcmp(name,"s") == 0) return (void *) s; //!GLE
|
||||||
if (strcmp(name,"molecule") == 0) return (void *) molecule;
|
if (strcmp(name,"molecule") == 0) return (void *) molecule;
|
||||||
if (strcmp(name,"q") == 0) return (void *) q;
|
if (strcmp(name,"q") == 0) return (void *) q;
|
||||||
if (strcmp(name,"mu") == 0) return (void *) mu;
|
if (strcmp(name,"mu") == 0) return (void *) mu;
|
||||||
|
|||||||
@ -51,6 +51,7 @@ class Atom : protected Pointers {
|
|||||||
imageint *image;
|
imageint *image;
|
||||||
double **x,**v,**f;
|
double **x,**v,**f;
|
||||||
|
|
||||||
|
double **s; int ns; //!GLE
|
||||||
tagint *molecule;
|
tagint *molecule;
|
||||||
int *molindex,*molatom;
|
int *molindex,*molatom;
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
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