git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@4667 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
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Ti
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0.373601
|
|
||||||
0.570968
|
|
||||||
0.5
|
|
||||||
1.0
|
|
||||||
-3.203773
|
|
||||||
-0.198262
|
|
||||||
0.683779
|
|
||||||
-2.321732
|
|
||||||
-3.22
|
|
||||||
0.00
|
|
||||||
0.608587
|
|
||||||
-0.750710
|
|
||||||
0.558572
|
|
||||||
-3.219176
|
|
||||||
22
|
|
||||||
47.88
|
|
||||||
-0.750710
|
|
||||||
4.680230
|
|
||||||
1.0
|
|
||||||
0.85
|
|
||||||
1.15
|
|
||||||
Zr
|
|
||||||
3.199978
|
|
||||||
2.230909
|
|
||||||
30.879991
|
|
||||||
30.879991
|
|
||||||
8.559190
|
|
||||||
4.564902
|
|
||||||
0.424667
|
|
||||||
0.640054
|
|
||||||
0.5
|
|
||||||
1.0
|
|
||||||
-4.485793
|
|
||||||
-0.293129
|
|
||||||
0.990148
|
|
||||||
-3.202516
|
|
||||||
-4.51
|
|
||||||
0.00
|
|
||||||
0.928602
|
|
||||||
-0.981870
|
|
||||||
0.597133
|
|
||||||
-4.509025
|
|
||||||
40
|
|
||||||
91.224
|
|
||||||
-0.981870
|
|
||||||
4.564902
|
|
||||||
1.0
|
|
||||||
0.85
|
|
||||||
1.15
|
|
||||||
@ -1,22 +0,0 @@
|
|||||||
EAM database tool
|
|
||||||
Xiaowang Zhou (Sandia), xzhou at sandia.gov
|
|
||||||
|
|
||||||
based on this paper:
|
|
||||||
|
|
||||||
X. W. Zhou, R. A. Johnson, and H. N. G. Wadley, Phys. Rev. B, 69,
|
|
||||||
144113 (2004).
|
|
||||||
|
|
||||||
This tool can be used to create an DYNAMO-formatted EAM
|
|
||||||
setfl file for alloy systems, using any combination
|
|
||||||
of the elements discussed in the paper and listed in
|
|
||||||
the EAM_code file, namely:
|
|
||||||
|
|
||||||
Cu, Ag, Au, Ni, Pd, Pt, Al, Pb, Fe, Mo, Ta, W, Mg, Co, Ti, Zr
|
|
||||||
|
|
||||||
Steps:
|
|
||||||
|
|
||||||
1) compile create.f -> a.out (e.g. gfortran create.f)
|
|
||||||
2) edit the input file EAM.input to list 2 or more desired elements to include
|
|
||||||
3) a.out < EAM.input will create an EAM *.set file
|
|
||||||
4) in DYNAMO or LAMMPS lingo, this is a setfl file
|
|
||||||
that can be used with the LAMMPS pair_style eam/alloy command
|
|
||||||
@ -1,248 +0,0 @@
|
|||||||
C author: X. W. Zhou, xzhou@sandia.gov
|
|
||||||
c open(unit=5,file='a.i')
|
|
||||||
call inter
|
|
||||||
c close(5)
|
|
||||||
call writeset
|
|
||||||
stop
|
|
||||||
end
|
|
||||||
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
|
|
||||||
c main subroutine. c
|
|
||||||
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
|
|
||||||
subroutine inter
|
|
||||||
character*80 atomtype,atommatch,outfile,outelem
|
|
||||||
namelist /funccard/ atomtype
|
|
||||||
common /pass1/ re(16),fe(16),rhoe(16),alpha(16),
|
|
||||||
* beta(16),beta1(16),A(16),B(16),cai(16),ramda(16),
|
|
||||||
* ramda1(16),Fi0(16),Fi1(16),Fi2(16),Fi3(16),
|
|
||||||
* Fm0(16),Fm1(16),Fm2(16),Fm3(16),Fm4(16),
|
|
||||||
* fnn(16),Fn(16),rhoin(16),rhoout(16),rhol(16),
|
|
||||||
* rhoh(16),rhos(16)
|
|
||||||
common /pass2/ ielement(16),amass(16),Fr(5000,16),
|
|
||||||
* rhor(5000,16),z2r(5000,16,16),ntypes,blat(16),
|
|
||||||
* nrho,drho,nr,dr,rc,outfile,outelem
|
|
||||||
ntypes=0
|
|
||||||
10 continue
|
|
||||||
atomtype='none'
|
|
||||||
read(5,funccard)
|
|
||||||
if (atomtype .eq. 'none') goto 1200
|
|
||||||
open(unit=10,file='EAM_code',form='FORMATTED',status='OLD')
|
|
||||||
11 read(10,9501,end=1210)atommatch
|
|
||||||
9501 format(a80)
|
|
||||||
if (atomtype .eq. atommatch) then
|
|
||||||
ntypes=ntypes+1
|
|
||||||
length=len_trim(outfile)
|
|
||||||
if (length .eq. len(outfile)) then
|
|
||||||
outfile = atomtype
|
|
||||||
else
|
|
||||||
outfile = outfile(1:length)//atomtype
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
length=len_trim(outelem)
|
|
||||||
if (length .eq. len(outelem)) then
|
|
||||||
outelem = atomtype
|
|
||||||
else
|
|
||||||
outelem = outelem(1:length)//' '//atomtype
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
read(10,*) re(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) fe(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) rhoe(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) rhos(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) alpha(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) beta(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) A(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) B(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) cai(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) ramda(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) Fi0(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) Fi1(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) Fi2(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) Fi3(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) Fm0(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) Fm1(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) Fm2(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) Fm3(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) fnn(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) Fn(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) ielement(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) amass(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) Fm4(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) beta1(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) ramda1(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) rhol(ntypes)
|
|
||||||
read(10,*) rhoh(ntypes)
|
|
||||||
blat(ntypes)=sqrt(2.0)*re(ntypes)
|
|
||||||
rhoin(ntypes)=rhol(ntypes)*rhoe(ntypes)
|
|
||||||
rhoout(ntypes)=rhoh(ntypes)*rhoe(ntypes)
|
|
||||||
else
|
|
||||||
do 1 i=1,27
|
|
||||||
1 read(10,*)vtmp
|
|
||||||
goto 11
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
close(10)
|
|
||||||
goto 10
|
|
||||||
1210 write(6,*)'error: atom type ',atomtype,' not found'
|
|
||||||
stop
|
|
||||||
1200 continue
|
|
||||||
nr=2000
|
|
||||||
nrho=2000
|
|
||||||
alatmax=blat(1)
|
|
||||||
rhoemax=rhoe(1)
|
|
||||||
do 2 i=2,ntypes
|
|
||||||
if (alatmax .lt. blat(i)) alatmax=blat(i)
|
|
||||||
if (rhoemax .lt. rhoe(i)) rhoemax=rhoe(i)
|
|
||||||
2 continue
|
|
||||||
rc=sqrt(10.0)/2.0*alatmax
|
|
||||||
rst=0.5
|
|
||||||
dr=rc/(nr-1.0)
|
|
||||||
fmax=-1.0
|
|
||||||
do 3 i1=1,ntypes
|
|
||||||
do 3 i2=1,i1
|
|
||||||
if ( i1 .eq. i2) then
|
|
||||||
do 4 i=1,nr
|
|
||||||
r=(i-1.0)*dr
|
|
||||||
if (r .lt. rst) r=rst
|
|
||||||
call prof(i1,r,fvalue)
|
|
||||||
if (fmax .lt. fvalue) fmax=fvalue
|
|
||||||
rhor(i,i1)=fvalue
|
|
||||||
call pair(i1,i2,r,psi)
|
|
||||||
z2r(i,i1,i2)=r*psi
|
|
||||||
4 continue
|
|
||||||
else
|
|
||||||
do 5 i=1,nr
|
|
||||||
r=(i-1.0)*dr
|
|
||||||
if (r .lt. rst) r=rst
|
|
||||||
call pair(i1,i2,r,psi)
|
|
||||||
z2r(i,i1,i2)=r*psi
|
|
||||||
z2r(i,i2,i1)=z2r(i,i1,i2)
|
|
||||||
5 continue
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
3 continue
|
|
||||||
rhom=fmax
|
|
||||||
if (rhom .lt. 2.0*rhoemax) rhom=2.0*rhoemax
|
|
||||||
if (rhom .lt. 100.0) rhom=100.0
|
|
||||||
drho=rhom/(nrho-1.0)
|
|
||||||
do 6 it=1,ntypes
|
|
||||||
do 7 i=1,nrho
|
|
||||||
rhoF=(i-1.0)*drho
|
|
||||||
call embed(it,rhoF,emb)
|
|
||||||
Fr(i,it)=emb
|
|
||||||
7 continue
|
|
||||||
6 continue
|
|
||||||
return
|
|
||||||
end
|
|
||||||
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
|
|
||||||
c This subroutine calculates the electron density. c
|
|
||||||
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
|
|
||||||
subroutine prof(it,r,f)
|
|
||||||
common /pass1/ re(16),fe(16),rhoe(16),alpha(16),
|
|
||||||
* beta(16),beta1(16),A(16),B(16),cai(16),ramda(16),
|
|
||||||
* ramda1(16),Fi0(16),Fi1(16),Fi2(16),Fi3(16),
|
|
||||||
* Fm0(16),Fm1(16),Fm2(16),Fm3(16),Fm4(16),
|
|
||||||
* fnn(16),Fn(16),rhoin(16),rhoout(16),rhol(16),
|
|
||||||
* rhoh(16),rhos(16)
|
|
||||||
f=fe(it)*exp(-beta1(it)*(r/re(it)-1.0))
|
|
||||||
f=f/(1.0+(r/re(it)-ramda1(it))**20)
|
|
||||||
return
|
|
||||||
end
|
|
||||||
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
|
|
||||||
c This subroutine calculates the pair potential. c
|
|
||||||
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
|
|
||||||
subroutine pair(it1,it2,r,psi)
|
|
||||||
common /pass1/ re(16),fe(16),rhoe(16),alpha(16),
|
|
||||||
* beta(16),beta1(16),A(16),B(16),cai(16),ramda(16),
|
|
||||||
* ramda1(16),Fi0(16),Fi1(16),Fi2(16),Fi3(16),
|
|
||||||
* Fm0(16),Fm1(16),Fm2(16),Fm3(16),Fm4(16),
|
|
||||||
* fnn(16),Fn(16),rhoin(16),rhoout(16),rhol(16),
|
|
||||||
* rhoh(16),rhos(16)
|
|
||||||
if (it1 .eq. it2) then
|
|
||||||
psi1=A(it1)*exp(-alpha(it1)*(r/re(it1)-1.0))
|
|
||||||
psi1=psi1/(1.0+(r/re(it1)-cai(it1))**20)
|
|
||||||
psi2=B(it1)*exp(-beta(it1)*(r/re(it1)-1.0))
|
|
||||||
psi2=psi2/(1.0+(r/re(it1)-ramda(it1))**20)
|
|
||||||
psi=psi1-psi2
|
|
||||||
else
|
|
||||||
psi1=A(it1)*exp(-alpha(it1)*(r/re(it1)-1.0))
|
|
||||||
psi1=psi1/(1.0+(r/re(it1)-cai(it1))**20)
|
|
||||||
psi2=B(it1)*exp(-beta(it1)*(r/re(it1)-1.0))
|
|
||||||
psi2=psi2/(1.0+(r/re(it1)-ramda(it1))**20)
|
|
||||||
psia=psi1-psi2
|
|
||||||
psi1=A(it2)*exp(-alpha(it2)*(r/re(it2)-1.0))
|
|
||||||
psi1=psi1/(1.0+(r/re(it2)-cai(it2))**20)
|
|
||||||
psi2=B(it2)*exp(-beta(it2)*(r/re(it2)-1.0))
|
|
||||||
psi2=psi2/(1.0+(r/re(it2)-ramda(it2))**20)
|
|
||||||
psib=psi1-psi2
|
|
||||||
call prof(it1,r,f1)
|
|
||||||
call prof(it2,r,f2)
|
|
||||||
psi=0.5*(f2/f1*psia+f1/f2*psib)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
return
|
|
||||||
end
|
|
||||||
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
|
|
||||||
c This subroutine calculates the embedding energy. c
|
|
||||||
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
|
|
||||||
subroutine embed(it,rho,emb)
|
|
||||||
common /pass1/ re(16),fe(16),rhoe(16),alpha(16),
|
|
||||||
* beta(16),beta1(16),A(16),B(16),cai(16),ramda(16),
|
|
||||||
* ramda1(16),Fi0(16),Fi1(16),Fi2(16),Fi3(16),
|
|
||||||
* Fm0(16),Fm1(16),Fm2(16),Fm3(16),Fm4(16),
|
|
||||||
* fnn(16),Fn(16),rhoin(16),rhoout(16),rhol(16),
|
|
||||||
* rhoh(16),rhos(16)
|
|
||||||
if (rho .lt. rhoe(it)) then
|
|
||||||
Fm33=Fm3(it)
|
|
||||||
else
|
|
||||||
Fm33=Fm4(it)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
if (rho .lt. rhoin(it)) then
|
|
||||||
emb=Fi0(it)+
|
|
||||||
* Fi1(it)*(rho/rhoin(it)-1.0)+
|
|
||||||
* Fi2(it)*(rho/rhoin(it)-1.0)**2+
|
|
||||||
* Fi3(it)*(rho/rhoin(it)-1.0)**3
|
|
||||||
else if (rho .lt. rhoout(it)) then
|
|
||||||
emb=Fm0(it)+
|
|
||||||
* Fm1(it)*(rho/rhoe(it)-1.0)+
|
|
||||||
* Fm2(it)*(rho/rhoe(it)-1.0)**2+
|
|
||||||
* Fm33*(rho/rhoe(it)-1.0)**3
|
|
||||||
else
|
|
||||||
emb=Fn(it)*(1.0-fnn(it)*log(rho/rhos(it)))*
|
|
||||||
* (rho/rhos(it))**fnn(it)
|
|
||||||
endif
|
|
||||||
return
|
|
||||||
end
|
|
||||||
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
|
|
||||||
c write out set file. c
|
|
||||||
ccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccccc
|
|
||||||
subroutine writeset
|
|
||||||
character*80 outfile,outelem
|
|
||||||
common /pass1/ re(16),fe(16),rhoe(16),alpha(16),
|
|
||||||
* beta(16),beta1(16),A(16),B(16),cai(16),ramda(16),
|
|
||||||
* ramda1(16),Fi0(16),Fi1(16),Fi2(16),Fi3(16),
|
|
||||||
* Fm0(16),Fm1(16),Fm2(16),Fm3(16),Fm4(16),
|
|
||||||
* fnn(16),Fn(16),rhoin(16),rhoout(16),rhol(16),
|
|
||||||
* rhoh(16),rhos(16)
|
|
||||||
common /pass2/ ielement(16),amass(16),Fr(5000,16),
|
|
||||||
* rhor(5000,16),z2r(5000,16,16),ntypes,blat(16),
|
|
||||||
* nrho,drho,nr,dr,rc,outfile,outelem
|
|
||||||
character*80 struc
|
|
||||||
struc='fcc'
|
|
||||||
outfile = outfile(1:index(outfile,' ')-1)//'.set'
|
|
||||||
open(unit=1,file=outfile)
|
|
||||||
write(1,*)
|
|
||||||
write(1,*)
|
|
||||||
write(1,*)
|
|
||||||
write(1,8)ntypes,outelem
|
|
||||||
8 format(i5,' ',a24)
|
|
||||||
write(1,9)nrho,drho,nr,dr,rc
|
|
||||||
9 format(i5,e24.16,i5,2e24.16)
|
|
||||||
do 10 i=1,ntypes
|
|
||||||
write(1,11)ielement(i),amass(i),blat(i),struc
|
|
||||||
write(1,12)(Fr(j,i),j=1,nrho)
|
|
||||||
write(1,12)(rhor(j,i),j=1,nr)
|
|
||||||
10 continue
|
|
||||||
11 format(i5,2g15.5,a8)
|
|
||||||
12 format(5e24.16)
|
|
||||||
do 13 i1=1,ntypes
|
|
||||||
do 13 i2=1,i1
|
|
||||||
write(1,12)(z2r(i,i1,i2),i=1,nr)
|
|
||||||
13 continue
|
|
||||||
close(1)
|
|
||||||
return
|
|
||||||
end
|
|
||||||
Reference in New Issue
Block a user