Merge pull request #4482 from rbberger/dihedral_multi_harmonic_kokkos
add dihedral multi/harmonic/kk
This commit is contained in:
Axel Kohlmeyer
@ -128,7 +128,7 @@ OPT.
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* :doc:`harmonic (iko) <dihedral_harmonic>`
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* :doc:`harmonic (iko) <dihedral_harmonic>`
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* :doc:`helix (o) <dihedral_helix>`
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* :doc:`helix (o) <dihedral_helix>`
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* :doc:`lepton (o) <dihedral_lepton>`
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* :doc:`lepton (o) <dihedral_lepton>`
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* :doc:`multi/harmonic (o) <dihedral_multi_harmonic>`
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* :doc:`multi/harmonic (ko) <dihedral_multi_harmonic>`
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* :doc:`nharmonic (o) <dihedral_nharmonic>`
|
* :doc:`nharmonic (o) <dihedral_nharmonic>`
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* :doc:`opls (iko) <dihedral_opls>`
|
* :doc:`opls (iko) <dihedral_opls>`
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* :doc:`quadratic (o) <dihedral_quadratic>`
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* :doc:`quadratic (o) <dihedral_quadratic>`
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@ -4,7 +4,7 @@
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dihedral_style multi/harmonic command
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dihedral_style multi/harmonic command
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=====================================
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Accelerator Variants: *multi/harmonic/omp*
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Accelerator Variants: *multi/harmonic/kk*, *multi/harmonic/omp*
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Syntax
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Syntax
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""""""
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""""""
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541
src/KOKKOS/dihedral_multi_harmonic_kokkos.cpp
Normal file
541
src/KOKKOS/dihedral_multi_harmonic_kokkos.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,541 @@
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// clang-format off
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/* ----------------------------------------------------------------------
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LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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https://www.lammps.org/, Sandia National Laboratories
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LAMMPS development team: developers@lammps.org
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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/* ----------------------------------------------------------------------
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Contributing author: Richard Berger (LANL)
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------------------------------------------------------------------------- */
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#include "dihedral_multi_harmonic_kokkos.h"
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#include "atom_kokkos.h"
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#include "atom_masks.h"
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#include "comm.h"
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#include "error.h"
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#include "force.h"
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#include "memory_kokkos.h"
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#include "neighbor_kokkos.h"
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#include <cmath>
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using namespace LAMMPS_NS;
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static constexpr double TOLERANCE = 0.05;
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static constexpr double SMALL = 0.001;
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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template<class DeviceType>
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DihedralMultiHarmonicKokkos<DeviceType>::DihedralMultiHarmonicKokkos(LAMMPS *lmp) : DihedralMultiHarmonic(lmp)
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{
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kokkosable = 1;
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atomKK = (AtomKokkos *) atom;
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neighborKK = (NeighborKokkos *) neighbor;
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execution_space = ExecutionSpaceFromDevice<DeviceType>::space;
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|
datamask_read = X_MASK | F_MASK | Q_MASK | ENERGY_MASK | VIRIAL_MASK;
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|
datamask_modify = F_MASK | ENERGY_MASK | VIRIAL_MASK;
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k_warning_flag = DAT::tdual_int_scalar("Dihedral:warning_flag");
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d_warning_flag = k_warning_flag.view<DeviceType>();
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h_warning_flag = k_warning_flag.h_view;
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centroidstressflag = CENTROID_NOTAVAIL;
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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template<class DeviceType>
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DihedralMultiHarmonicKokkos<DeviceType>::~DihedralMultiHarmonicKokkos()
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{
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if (!copymode) {
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memoryKK->destroy_kokkos(k_eatom,eatom);
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memoryKK->destroy_kokkos(k_vatom,vatom);
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}
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|
}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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template<class DeviceType>
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void DihedralMultiHarmonicKokkos<DeviceType>::compute(int eflag_in, int vflag_in)
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{
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eflag = eflag_in;
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vflag = vflag_in;
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ev_init(eflag,vflag,0);
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// reallocate per-atom arrays if necessary
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if (eflag_atom) {
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if ((int)k_eatom.extent(0) < maxeatom) {
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memoryKK->destroy_kokkos(k_eatom,eatom);
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|
memoryKK->create_kokkos(k_eatom,eatom,maxeatom,"dihedral:eatom");
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|
d_eatom = k_eatom.view<DeviceType>();
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||||||
|
} else Kokkos::deep_copy(d_eatom,0.0);
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|
}
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|
if (vflag_atom) {
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||||||
|
if ((int)k_vatom.extent(0) < maxvatom) {
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|
memoryKK->destroy_kokkos(k_vatom,vatom);
|
||||||
|
memoryKK->create_kokkos(k_vatom,vatom,maxvatom,"dihedral:vatom");
|
||||||
|
d_vatom = k_vatom.view<DeviceType>();
|
||||||
|
} else Kokkos::deep_copy(d_vatom,0.0);
|
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|
}
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|
k_a1.template sync<DeviceType>();
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|
k_a2.template sync<DeviceType>();
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|
k_a3.template sync<DeviceType>();
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|
k_a4.template sync<DeviceType>();
|
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|
k_a5.template sync<DeviceType>();
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|
x = atomKK->k_x.view<DeviceType>();
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|
f = atomKK->k_f.view<DeviceType>();
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|
neighborKK->k_dihedrallist.template sync<DeviceType>();
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|
dihedrallist = neighborKK->k_dihedrallist.view<DeviceType>();
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|
int ndihedrallist = neighborKK->ndihedrallist;
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nlocal = atom->nlocal;
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newton_bond = force->newton_bond;
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|
h_warning_flag() = 0;
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k_warning_flag.modify_host();
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|
k_warning_flag.template sync<DeviceType>();
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copymode = 1;
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// loop over neighbors of my atoms
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EV_FLOAT ev;
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if (evflag) {
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|
if (newton_bond) {
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|
Kokkos::parallel_reduce(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDihedralMultiHarmonicCompute<1,1> >(0,ndihedrallist),*this,ev);
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||||||
|
} else {
|
||||||
|
Kokkos::parallel_reduce(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDihedralMultiHarmonicCompute<0,1> >(0,ndihedrallist),*this,ev);
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||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (newton_bond) {
|
||||||
|
Kokkos::parallel_for(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDihedralMultiHarmonicCompute<1,0> >(0,ndihedrallist),*this);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
Kokkos::parallel_for(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDihedralMultiHarmonicCompute<0,0> >(0,ndihedrallist),*this);
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|
}
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|
}
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|
// error check
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k_warning_flag.template modify<DeviceType>();
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|
k_warning_flag.sync_host();
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if (h_warning_flag())
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error->warning(FLERR,"Dihedral problem");
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if (eflag_global) energy += ev.evdwl;
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if (vflag_global) {
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virial[0] += ev.v[0];
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|
virial[1] += ev.v[1];
|
||||||
|
virial[2] += ev.v[2];
|
||||||
|
virial[3] += ev.v[3];
|
||||||
|
virial[4] += ev.v[4];
|
||||||
|
virial[5] += ev.v[5];
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|
}
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if (eflag_atom) {
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k_eatom.template modify<DeviceType>();
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|
k_eatom.sync_host();
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|
}
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|
if (vflag_atom) {
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|
k_vatom.template modify<DeviceType>();
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||||||
|
k_vatom.sync_host();
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|
}
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|
copymode = 0;
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|
}
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template<class DeviceType>
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|
template<int NEWTON_BOND, int EVFLAG>
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KOKKOS_INLINE_FUNCTION
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|
void DihedralMultiHarmonicKokkos<DeviceType>::operator()(TagDihedralMultiHarmonicCompute<NEWTON_BOND,EVFLAG>, const int &n, EV_FLOAT& ev) const {
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// The f array is atomic
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Kokkos::View<F_FLOAT*[3], typename DAT::t_f_array::array_layout,typename KKDevice<DeviceType>::value,Kokkos::MemoryTraits<Kokkos::Atomic|Kokkos::Unmanaged> > a_f = f;
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const int i1 = dihedrallist(n,0);
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|
const int i2 = dihedrallist(n,1);
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const int i3 = dihedrallist(n,2);
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|
const int i4 = dihedrallist(n,3);
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|
const int type = dihedrallist(n,4);
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// 1st bond
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const F_FLOAT vb1x = x(i1,0) - x(i2,0);
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|
const F_FLOAT vb1y = x(i1,1) - x(i2,1);
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|
const F_FLOAT vb1z = x(i1,2) - x(i2,2);
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// 2nd bond
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|
const F_FLOAT vb2x = x(i3,0) - x(i2,0);
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|
const F_FLOAT vb2y = x(i3,1) - x(i2,1);
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|
const F_FLOAT vb2z = x(i3,2) - x(i2,2);
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|
const F_FLOAT vb2xm = -vb2x;
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|
const F_FLOAT vb2ym = -vb2y;
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const F_FLOAT vb2zm = -vb2z;
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// 3rd bond
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const F_FLOAT vb3x = x(i4,0) - x(i3,0);
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|
const F_FLOAT vb3y = x(i4,1) - x(i3,1);
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|
const F_FLOAT vb3z = x(i4,2) - x(i3,2);
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// c0 calculation
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|
const F_FLOAT sb1 = 1.0 / (vb1x * vb1x + vb1y * vb1y + vb1z * vb1z);
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|
const F_FLOAT sb2 = 1.0 / (vb2x * vb2x + vb2y * vb2y + vb2z * vb2z);
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|
const F_FLOAT sb3 = 1.0 / (vb3x * vb3x + vb3y * vb3y + vb3z * vb3z);
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|
const F_FLOAT rb1 = sqrt(sb1);
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|
const F_FLOAT rb3 = sqrt(sb3);
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F_FLOAT c0 = (vb1x * vb3x + vb1y * vb3y + vb1z * vb3z) * rb1 * rb3;
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// 1st and 2nd angle
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|
F_FLOAT b1mag2 = vb1x * vb1x + vb1y * vb1y + vb1z * vb1z;
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|
F_FLOAT b1mag = sqrt(b1mag2);
|
||||||
|
F_FLOAT b2mag2 = vb2x * vb2x + vb2y * vb2y + vb2z * vb2z;
|
||||||
|
F_FLOAT b2mag = sqrt(b2mag2);
|
||||||
|
F_FLOAT b3mag2 = vb3x * vb3x + vb3y * vb3y + vb3z * vb3z;
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|
F_FLOAT b3mag = sqrt(b3mag2);
|
||||||
|
|
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|
F_FLOAT ctmp = vb1x * vb2x + vb1y * vb2y + vb1z * vb2z;
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|
F_FLOAT r12c1 = 1.0 / (b1mag * b2mag);
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|
F_FLOAT c1mag = ctmp * r12c1;
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||||||
|
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|
ctmp = vb2xm * vb3x + vb2ym * vb3y + vb2zm * vb3z;
|
||||||
|
F_FLOAT r12c2 = 1.0 / (b2mag * b3mag);
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F_FLOAT c2mag = ctmp * r12c2;
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// cos and sin of 2 angles and final c
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F_FLOAT sin2 = MAX(1.0 - c1mag * c1mag, 0.0);
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F_FLOAT sc1 = sqrt(sin2);
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|
if (sc1 < SMALL) sc1 = SMALL;
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|
sc1 = 1.0 / sc1;
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|
sin2 = MAX(1.0 - c2mag * c2mag, 0.0);
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||||||
|
F_FLOAT sc2 = sqrt(sin2);
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||||||
|
if (sc2 < SMALL) sc2 = SMALL;
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|
sc2 = 1.0 / sc2;
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|
F_FLOAT s1 = sc1 * sc1;
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|
F_FLOAT s2 = sc2 * sc2;
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|
F_FLOAT s12 = sc1 * sc2;
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|
F_FLOAT c = (c0 + c1mag * c2mag) * s12;
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||||||
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|
// error check
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|
if ((c > 1.0 + TOLERANCE || c < (-1.0 - TOLERANCE)) && !d_warning_flag())
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|
d_warning_flag() = 1;
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||||||
|
if (c > 1.0) c = 1.0;
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|
if (c < -1.0) c = -1.0;
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|
// force & energy
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// p = sum (i=1,5) a_i * c**(i-1)
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// pd = dp/dc
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||||||
|
F_FLOAT p = d_a1[type] + c * (d_a2[type] + c * (d_a3[type] + c * (d_a4[type] + c * d_a5[type])));
|
||||||
|
F_FLOAT pd = d_a2[type] + c * (2.0 * d_a3[type] + c * (3.0 * d_a4[type] + c * 4.0 * d_a5[type]));
|
||||||
|
|
||||||
|
E_FLOAT edihedral = 0.0;
|
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|
if (eflag) edihedral = p;
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const F_FLOAT a = pd;
|
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|
c = c * a;
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||||||
|
s12 = s12 * a;
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||||||
|
const F_FLOAT a11 = c * sb1 * s1;
|
||||||
|
const F_FLOAT a22 = -sb2 * (2.0 * c0 * s12 - c * (s1 + s2));
|
||||||
|
const F_FLOAT a33 = c * sb3 * s2;
|
||||||
|
const F_FLOAT a12 = -r12c1 * (c1mag * c * s1 + c2mag * s12);
|
||||||
|
const F_FLOAT a13 = -rb1 * rb3 * s12;
|
||||||
|
const F_FLOAT a23 = r12c2 * (c2mag * c * s2 + c1mag * s12);
|
||||||
|
|
||||||
|
const F_FLOAT sx2 = a12 * vb1x + a22 * vb2x + a23 * vb3x;
|
||||||
|
const F_FLOAT sy2 = a12 * vb1y + a22 * vb2y + a23 * vb3y;
|
||||||
|
const F_FLOAT sz2 = a12 * vb1z + a22 * vb2z + a23 * vb3z;
|
||||||
|
|
||||||
|
F_FLOAT f1[3],f2[3],f3[3],f4[3];
|
||||||
|
f1[0] = a11 * vb1x + a12 * vb2x + a13 * vb3x;
|
||||||
|
f1[1] = a11 * vb1y + a12 * vb2y + a13 * vb3y;
|
||||||
|
f1[2] = a11 * vb1z + a12 * vb2z + a13 * vb3z;
|
||||||
|
|
||||||
|
f2[0] = -sx2 - f1[0];
|
||||||
|
f2[1] = -sy2 - f1[1];
|
||||||
|
f2[2] = -sz2 - f1[2];
|
||||||
|
|
||||||
|
f4[0] = a13 * vb1x + a23 * vb2x + a33 * vb3x;
|
||||||
|
f4[1] = a13 * vb1y + a23 * vb2y + a33 * vb3y;
|
||||||
|
f4[2] = a13 * vb1z + a23 * vb2z + a33 * vb3z;
|
||||||
|
|
||||||
|
f3[0] = sx2 - f4[0];
|
||||||
|
f3[1] = sy2 - f4[1];
|
||||||
|
f3[2] = sz2 - f4[2];
|
||||||
|
|
||||||
|
// apply force to each of 4 atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
if (NEWTON_BOND || i1 < nlocal) {
|
||||||
|
a_f(i1,0) += f1[0];
|
||||||
|
a_f(i1,1) += f1[1];
|
||||||
|
a_f(i1,2) += f1[2];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (NEWTON_BOND || i2 < nlocal) {
|
||||||
|
a_f(i2,0) += f2[0];
|
||||||
|
a_f(i2,1) += f2[1];
|
||||||
|
a_f(i2,2) += f2[2];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (NEWTON_BOND || i3 < nlocal) {
|
||||||
|
a_f(i3,0) += f3[0];
|
||||||
|
a_f(i3,1) += f3[1];
|
||||||
|
a_f(i3,2) += f3[2];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (NEWTON_BOND || i4 < nlocal) {
|
||||||
|
a_f(i4,0) += f4[0];
|
||||||
|
a_f(i4,1) += f4[1];
|
||||||
|
a_f(i4,2) += f4[2];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (EVFLAG)
|
||||||
|
ev_tally(ev,i1,i2,i3,i4,edihedral,f1,f3,f4,
|
||||||
|
vb1x,vb1y,vb1z,vb2x,vb2y,vb2z,vb3x,vb3y,vb3z);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
template<int NEWTON_BOND, int EVFLAG>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void DihedralMultiHarmonicKokkos<DeviceType>::operator()(TagDihedralMultiHarmonicCompute<NEWTON_BOND,EVFLAG>, const int &n) const {
|
||||||
|
EV_FLOAT ev;
|
||||||
|
this->template operator()<NEWTON_BOND,EVFLAG>(TagDihedralMultiHarmonicCompute<NEWTON_BOND,EVFLAG>(), n, ev);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
void DihedralMultiHarmonicKokkos<DeviceType>::allocate()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
DihedralMultiHarmonic::allocate();
|
||||||
|
|
||||||
|
int n = atom->ndihedraltypes;
|
||||||
|
k_a1 = DAT::tdual_ffloat_1d("DihedralMultiHarmonic::a1",n+1);
|
||||||
|
k_a2 = DAT::tdual_ffloat_1d("DihedralMultiHarmonic::a2",n+1);
|
||||||
|
k_a3 = DAT::tdual_ffloat_1d("DihedralMultiHarmonic::a3",n+1);
|
||||||
|
k_a4 = DAT::tdual_ffloat_1d("DihedralMultiHarmonic::a4",n+1);
|
||||||
|
k_a5 = DAT::tdual_ffloat_1d("DihedralMultiHarmonic::a5",n+1);
|
||||||
|
|
||||||
|
d_a1 = k_a1.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
d_a2 = k_a2.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
d_a3 = k_a3.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
d_a4 = k_a4.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
d_a5 = k_a5.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
set coeffs for one type
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
void DihedralMultiHarmonicKokkos<DeviceType>::coeff(int narg, char **arg)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
DihedralMultiHarmonic::coeff(narg, arg);
|
||||||
|
|
||||||
|
int n = atom->ndihedraltypes;
|
||||||
|
for (int i = 1; i <= n; i++) {
|
||||||
|
k_a1.h_view[i] = a1[i];
|
||||||
|
k_a2.h_view[i] = a2[i];
|
||||||
|
k_a3.h_view[i] = a3[i];
|
||||||
|
k_a4.h_view[i] = a4[i];
|
||||||
|
k_a5.h_view[i] = a5[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
k_a1.modify_host();
|
||||||
|
k_a2.modify_host();
|
||||||
|
k_a3.modify_host();
|
||||||
|
k_a4.modify_host();
|
||||||
|
k_a5.modify_host();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
proc 0 reads coeffs from restart file, bcasts them
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
void DihedralMultiHarmonicKokkos<DeviceType>::read_restart(FILE *fp)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
DihedralMultiHarmonic::read_restart(fp);
|
||||||
|
|
||||||
|
int n = atom->ndihedraltypes;
|
||||||
|
for (int i = 1; i <= n; i++) {
|
||||||
|
k_a1.h_view[i] = a1[i];
|
||||||
|
k_a2.h_view[i] = a2[i];
|
||||||
|
k_a3.h_view[i] = a3[i];
|
||||||
|
k_a4.h_view[i] = a4[i];
|
||||||
|
k_a5.h_view[i] = a5[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
k_a1.modify_host();
|
||||||
|
k_a2.modify_host();
|
||||||
|
k_a3.modify_host();
|
||||||
|
k_a4.modify_host();
|
||||||
|
k_a5.modify_host();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
tally energy and virial into global and per-atom accumulators
|
||||||
|
virial = r1F1 + r2F2 + r3F3 + r4F4 = (r1-r2) F1 + (r3-r2) F3 + (r4-r2) F4
|
||||||
|
= (r1-r2) F1 + (r3-r2) F3 + (r4-r3 + r3-r2) F4
|
||||||
|
= vb1*f1 + vb2*f3 + (vb3+vb2)*f4
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
//template<int NEWTON_BOND>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void DihedralMultiHarmonicKokkos<DeviceType>::ev_tally(EV_FLOAT &ev, const int i1, const int i2, const int i3, const int i4,
|
||||||
|
F_FLOAT &edihedral, F_FLOAT *f1, F_FLOAT *f3, F_FLOAT *f4,
|
||||||
|
const F_FLOAT &vb1x, const F_FLOAT &vb1y, const F_FLOAT &vb1z,
|
||||||
|
const F_FLOAT &vb2x, const F_FLOAT &vb2y, const F_FLOAT &vb2z,
|
||||||
|
const F_FLOAT &vb3x, const F_FLOAT &vb3y, const F_FLOAT &vb3z) const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
E_FLOAT edihedralquarter;
|
||||||
|
F_FLOAT v[6];
|
||||||
|
|
||||||
|
// The eatom and vatom arrays are atomic
|
||||||
|
Kokkos::View<E_FLOAT*, typename DAT::t_efloat_1d::array_layout,typename KKDevice<DeviceType>::value,Kokkos::MemoryTraits<Kokkos::Atomic|Kokkos::Unmanaged> > v_eatom = k_eatom.view<DeviceType>();
|
||||||
|
Kokkos::View<F_FLOAT*[6], typename DAT::t_virial_array::array_layout,typename KKDevice<DeviceType>::value,Kokkos::MemoryTraits<Kokkos::Atomic|Kokkos::Unmanaged> > v_vatom = k_vatom.view<DeviceType>();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (eflag_either) {
|
||||||
|
if (eflag_global) {
|
||||||
|
if (newton_bond) ev.evdwl += edihedral;
|
||||||
|
else {
|
||||||
|
edihedralquarter = 0.25*edihedral;
|
||||||
|
if (i1 < nlocal) ev.evdwl += edihedralquarter;
|
||||||
|
if (i2 < nlocal) ev.evdwl += edihedralquarter;
|
||||||
|
if (i3 < nlocal) ev.evdwl += edihedralquarter;
|
||||||
|
if (i4 < nlocal) ev.evdwl += edihedralquarter;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (eflag_atom) {
|
||||||
|
edihedralquarter = 0.25*edihedral;
|
||||||
|
if (newton_bond || i1 < nlocal) v_eatom[i1] += edihedralquarter;
|
||||||
|
if (newton_bond || i2 < nlocal) v_eatom[i2] += edihedralquarter;
|
||||||
|
if (newton_bond || i3 < nlocal) v_eatom[i3] += edihedralquarter;
|
||||||
|
if (newton_bond || i4 < nlocal) v_eatom[i4] += edihedralquarter;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vflag_either) {
|
||||||
|
v[0] = vb1x*f1[0] + vb2x*f3[0] + (vb3x+vb2x)*f4[0];
|
||||||
|
v[1] = vb1y*f1[1] + vb2y*f3[1] + (vb3y+vb2y)*f4[1];
|
||||||
|
v[2] = vb1z*f1[2] + vb2z*f3[2] + (vb3z+vb2z)*f4[2];
|
||||||
|
v[3] = vb1x*f1[1] + vb2x*f3[1] + (vb3x+vb2x)*f4[1];
|
||||||
|
v[4] = vb1x*f1[2] + vb2x*f3[2] + (vb3x+vb2x)*f4[2];
|
||||||
|
v[5] = vb1y*f1[2] + vb2y*f3[2] + (vb3y+vb2y)*f4[2];
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vflag_global) {
|
||||||
|
if (newton_bond) {
|
||||||
|
ev.v[0] += v[0];
|
||||||
|
ev.v[1] += v[1];
|
||||||
|
ev.v[2] += v[2];
|
||||||
|
ev.v[3] += v[3];
|
||||||
|
ev.v[4] += v[4];
|
||||||
|
ev.v[5] += v[5];
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (i1 < nlocal) {
|
||||||
|
ev.v[0] += 0.25*v[0];
|
||||||
|
ev.v[1] += 0.25*v[1];
|
||||||
|
ev.v[2] += 0.25*v[2];
|
||||||
|
ev.v[3] += 0.25*v[3];
|
||||||
|
ev.v[4] += 0.25*v[4];
|
||||||
|
ev.v[5] += 0.25*v[5];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (i2 < nlocal) {
|
||||||
|
ev.v[0] += 0.25*v[0];
|
||||||
|
ev.v[1] += 0.25*v[1];
|
||||||
|
ev.v[2] += 0.25*v[2];
|
||||||
|
ev.v[3] += 0.25*v[3];
|
||||||
|
ev.v[4] += 0.25*v[4];
|
||||||
|
ev.v[5] += 0.25*v[5];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (i3 < nlocal) {
|
||||||
|
ev.v[0] += 0.25*v[0];
|
||||||
|
ev.v[1] += 0.25*v[1];
|
||||||
|
ev.v[2] += 0.25*v[2];
|
||||||
|
ev.v[3] += 0.25*v[3];
|
||||||
|
ev.v[4] += 0.25*v[4];
|
||||||
|
ev.v[5] += 0.25*v[5];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (i4 < nlocal) {
|
||||||
|
ev.v[0] += 0.25*v[0];
|
||||||
|
ev.v[1] += 0.25*v[1];
|
||||||
|
ev.v[2] += 0.25*v[2];
|
||||||
|
ev.v[3] += 0.25*v[3];
|
||||||
|
ev.v[4] += 0.25*v[4];
|
||||||
|
ev.v[5] += 0.25*v[5];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vflag_atom) {
|
||||||
|
if (newton_bond || i1 < nlocal) {
|
||||||
|
v_vatom(i1,0) += 0.25*v[0];
|
||||||
|
v_vatom(i1,1) += 0.25*v[1];
|
||||||
|
v_vatom(i1,2) += 0.25*v[2];
|
||||||
|
v_vatom(i1,3) += 0.25*v[3];
|
||||||
|
v_vatom(i1,4) += 0.25*v[4];
|
||||||
|
v_vatom(i1,5) += 0.25*v[5];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (newton_bond || i2 < nlocal) {
|
||||||
|
v_vatom(i2,0) += 0.25*v[0];
|
||||||
|
v_vatom(i2,1) += 0.25*v[1];
|
||||||
|
v_vatom(i2,2) += 0.25*v[2];
|
||||||
|
v_vatom(i2,3) += 0.25*v[3];
|
||||||
|
v_vatom(i2,4) += 0.25*v[4];
|
||||||
|
v_vatom(i2,5) += 0.25*v[5];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (newton_bond || i3 < nlocal) {
|
||||||
|
v_vatom(i3,0) += 0.25*v[0];
|
||||||
|
v_vatom(i3,1) += 0.25*v[1];
|
||||||
|
v_vatom(i3,2) += 0.25*v[2];
|
||||||
|
v_vatom(i3,3) += 0.25*v[3];
|
||||||
|
v_vatom(i3,4) += 0.25*v[4];
|
||||||
|
v_vatom(i3,5) += 0.25*v[5];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (newton_bond || i4 < nlocal) {
|
||||||
|
v_vatom(i4,0) += 0.25*v[0];
|
||||||
|
v_vatom(i4,1) += 0.25*v[1];
|
||||||
|
v_vatom(i4,2) += 0.25*v[2];
|
||||||
|
v_vatom(i4,3) += 0.25*v[3];
|
||||||
|
v_vatom(i4,4) += 0.25*v[4];
|
||||||
|
v_vatom(i4,5) += 0.25*v[5];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace LAMMPS_NS {
|
||||||
|
template class DihedralMultiHarmonicKokkos<LMPDeviceType>;
|
||||||
|
#ifdef LMP_KOKKOS_GPU
|
||||||
|
template class DihedralMultiHarmonicKokkos<LMPHostType>;
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
102
src/KOKKOS/dihedral_multi_harmonic_kokkos.h
Normal file
102
src/KOKKOS/dihedral_multi_harmonic_kokkos.h
Normal file
@ -0,0 +1,102 @@
|
|||||||
|
/* -*- c++ -*- ----------------------------------------------------------
|
||||||
|
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
||||||
|
https://www.lammps.org/, Sandia National Laboratories
|
||||||
|
LAMMPS development team: developers@lammps.org
|
||||||
|
|
||||||
|
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
||||||
|
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
||||||
|
certain rights in this software. This software is distributed under
|
||||||
|
the GNU General Public License.
|
||||||
|
|
||||||
|
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef DIHEDRAL_CLASS
|
||||||
|
// clang-format off
|
||||||
|
DihedralStyle(multi/harmonic/kk,DihedralMultiHarmonicKokkos<LMPDeviceType>);
|
||||||
|
DihedralStyle(multi/harmonic/kk/device,DihedralMultiHarmonicKokkos<LMPDeviceType>);
|
||||||
|
DihedralStyle(multi/harmonic/kk/host,DihedralMultiHarmonicKokkos<LMPHostType>);
|
||||||
|
// clang-format on
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
|
||||||
|
// clang-format off
|
||||||
|
#ifndef LMP_DIHEDRAL_MULTI_HARMONIC_KOKKOS_H
|
||||||
|
#define LMP_DIHEDRAL_MULTI_HARMONIC_KOKKOS_H
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "dihedral_multi_harmonic.h"
|
||||||
|
#include "kokkos_type.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace LAMMPS_NS {
|
||||||
|
|
||||||
|
template<int NEWTON_BOND, int EVFLAG>
|
||||||
|
struct TagDihedralMultiHarmonicCompute{};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
class DihedralMultiHarmonicKokkos : public DihedralMultiHarmonic {
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
typedef DeviceType device_type;
|
||||||
|
typedef EV_FLOAT value_type;
|
||||||
|
typedef ArrayTypes<DeviceType> AT;
|
||||||
|
|
||||||
|
DihedralMultiHarmonicKokkos(class LAMMPS *);
|
||||||
|
~DihedralMultiHarmonicKokkos() override;
|
||||||
|
void compute(int, int) override;
|
||||||
|
void coeff(int, char **) override;
|
||||||
|
void read_restart(FILE *) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
template<int NEWTON_BOND, int EVFLAG>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void operator()(TagDihedralMultiHarmonicCompute<NEWTON_BOND,EVFLAG>, const int&, EV_FLOAT&) const;
|
||||||
|
|
||||||
|
template<int NEWTON_BOND, int EVFLAG>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void operator()(TagDihedralMultiHarmonicCompute<NEWTON_BOND,EVFLAG>, const int&) const;
|
||||||
|
|
||||||
|
//template<int NEWTON_BOND>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void ev_tally(EV_FLOAT &ev, const int i1, const int i2, const int i3, const int i4,
|
||||||
|
F_FLOAT &edihedral, F_FLOAT *f1, F_FLOAT *f3, F_FLOAT *f4,
|
||||||
|
const F_FLOAT &vb1x, const F_FLOAT &vb1y, const F_FLOAT &vb1z,
|
||||||
|
const F_FLOAT &vb2x, const F_FLOAT &vb2y, const F_FLOAT &vb2z,
|
||||||
|
const F_FLOAT &vb3x, const F_FLOAT &vb3y, const F_FLOAT &vb3z) const;
|
||||||
|
|
||||||
|
DAT::tdual_efloat_1d k_eatom;
|
||||||
|
DAT::tdual_virial_array k_vatom;
|
||||||
|
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
class NeighborKokkos *neighborKK;
|
||||||
|
|
||||||
|
typename AT::t_x_array_randomread x;
|
||||||
|
typename AT::t_f_array f;
|
||||||
|
typename AT::t_int_2d dihedrallist;
|
||||||
|
typename ArrayTypes<DeviceType>::t_efloat_1d d_eatom;
|
||||||
|
typename ArrayTypes<DeviceType>::t_virial_array d_vatom;
|
||||||
|
|
||||||
|
int nlocal,newton_bond;
|
||||||
|
int eflag,vflag;
|
||||||
|
|
||||||
|
DAT::tdual_int_scalar k_warning_flag;
|
||||||
|
typename AT::t_int_scalar d_warning_flag;
|
||||||
|
HAT::t_int_scalar h_warning_flag;
|
||||||
|
|
||||||
|
DAT::tdual_ffloat_1d k_a1;
|
||||||
|
DAT::tdual_ffloat_1d k_a2;
|
||||||
|
DAT::tdual_ffloat_1d k_a3;
|
||||||
|
DAT::tdual_ffloat_1d k_a4;
|
||||||
|
DAT::tdual_ffloat_1d k_a5;
|
||||||
|
|
||||||
|
typename AT::t_ffloat_1d d_a1;
|
||||||
|
typename AT::t_ffloat_1d d_a2;
|
||||||
|
typename AT::t_ffloat_1d d_a3;
|
||||||
|
typename AT::t_ffloat_1d d_a4;
|
||||||
|
typename AT::t_ffloat_1d d_a5;
|
||||||
|
|
||||||
|
void allocate() override;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
@ -43,7 +43,7 @@ DihedralMultiHarmonic::DihedralMultiHarmonic(LAMMPS *_lmp) : Dihedral(_lmp)
|
|||||||
|
|
||||||
DihedralMultiHarmonic::~DihedralMultiHarmonic()
|
DihedralMultiHarmonic::~DihedralMultiHarmonic()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (allocated) {
|
if (allocated && !copymode) {
|
||||||
memory->destroy(setflag);
|
memory->destroy(setflag);
|
||||||
memory->destroy(a1);
|
memory->destroy(a1);
|
||||||
memory->destroy(a2);
|
memory->destroy(a2);
|
||||||
|
|||||||
@ -38,7 +38,7 @@ class DihedralMultiHarmonic : public Dihedral {
|
|||||||
protected:
|
protected:
|
||||||
double *a1, *a2, *a3, *a4, *a5;
|
double *a1, *a2, *a3, *a4, *a5;
|
||||||
|
|
||||||
void allocate();
|
virtual void allocate();
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|
||||||
} // namespace LAMMPS_NS
|
} // namespace LAMMPS_NS
|
||||||
|
|||||||
Reference in New Issue
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