git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15237 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
This commit is contained in:
sjplimp
209
src/neighbor.cpp
209
src/neighbor.cpp
@ -24,8 +24,6 @@
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||||
#include "neigh_request.h"
|
||||
#include "atom.h"
|
||||
#include "atom_vec.h"
|
||||
#include "atom_vec_line.h"
|
||||
#include "atom_vec_tri.h"
|
||||
#include "comm.h"
|
||||
#include "force.h"
|
||||
#include "pair.h"
|
||||
@ -37,7 +35,6 @@
|
||||
#include "update.h"
|
||||
#include "respa.h"
|
||||
#include "output.h"
|
||||
#include "math_extra.h"
|
||||
#include "citeme.h"
|
||||
#include "memory.h"
|
||||
#include "error.h"
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||||
@ -98,8 +95,6 @@ Neighbor::Neighbor(LAMMPS *lmp) : Pointers(lmp)
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||||
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||||
maxhold = 0;
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||||
xhold = NULL;
|
||||
line_hold = NULL;
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||||
tri_hold = NULL;
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||||
lastcall = -1;
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||||
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||||
// binning
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||||
@ -185,8 +180,6 @@ Neighbor::~Neighbor()
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||||
delete [] fixchecklist;
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||||
|
||||
memory->destroy(xhold);
|
||||
memory->destroy(line_hold);
|
||||
memory->destroy(tri_hold);
|
||||
|
||||
memory->destroy(binhead);
|
||||
memory->destroy(bins);
|
||||
@ -248,15 +241,6 @@ void Neighbor::init()
|
||||
// ------------------------------------------------------------------
|
||||
// settings
|
||||
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||||
// linetri_flag = 1/2 if atom style allows for lines/tris
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||||
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||||
avec_line = (AtomVecLine *) atom->style_match("line");
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||||
avec_tri = (AtomVecTri *) atom->style_match("tri");
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||||
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||||
linetri_flag = 0;
|
||||
if (avec_line) linetri_flag = 1;
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||||
if (avec_tri) linetri_flag = 2;
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||||
|
||||
// bbox lo/hi = bounding box of entire domain, stored by Domain
|
||||
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||||
if (triclinic == 0) {
|
||||
@ -395,14 +379,6 @@ void Neighbor::init()
|
||||
memory->destroy(xhold);
|
||||
maxhold = 0;
|
||||
xhold = NULL;
|
||||
|
||||
if (linetri_flag == 1) {
|
||||
memory->destroy(line_hold);
|
||||
line_hold = NULL;
|
||||
} else if (linetri_flag == 2) {
|
||||
memory->destroy(tri_hold);
|
||||
tri_hold = NULL;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (style == NSQ) {
|
||||
@ -413,7 +389,6 @@ void Neighbor::init()
|
||||
bins = NULL;
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||||
|
||||
// for USER-DPD Shardlow Splitting Algorithm (SSA)
|
||||
|
||||
memory->destroy(bins_ssa);
|
||||
memory->destroy(binhead_ssa);
|
||||
memory->destroy(gbinhead_ssa);
|
||||
@ -424,18 +399,11 @@ void Neighbor::init()
|
||||
}
|
||||
|
||||
// 1st time allocation of xhold and bins
|
||||
// also line/tri hold if linetri_flag is set
|
||||
|
||||
if (dist_check) {
|
||||
if (maxhold == 0) {
|
||||
maxhold = atom->nmax;
|
||||
memory->create(xhold,maxhold,3,"neigh:xhold");
|
||||
if (linetri_flag) {
|
||||
if (linetri_flag == 1)
|
||||
memory->create(line_hold,maxhold,4,"neigh:line_hold");
|
||||
else
|
||||
memory->create(tri_hold,maxhold,9,"neigh:tri_hold");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -1537,25 +1505,12 @@ int Neighbor::check_distance()
|
||||
if (includegroup) nlocal = atom->nfirst;
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||||
|
||||
int flag = 0;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
delx = x[i][0] - xhold[i][0];
|
||||
dely = x[i][1] - xhold[i][1];
|
||||
delz = x[i][2] - xhold[i][2];
|
||||
rsq = delx*delx + dely*dely + delz*delz;
|
||||
if (rsq > deltasq) {
|
||||
flag = 1;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
// if line or tri particles:
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||||
// also check distance moved by corner pts
|
||||
// since rotation could mean corners move when x coord does not
|
||||
|
||||
if (!flag && linetri_flag) {
|
||||
if (linetri_flag == 1) flag = check_distance_line(deltasq);
|
||||
else flag = check_distance_tri(deltasq);
|
||||
if (rsq > deltasq) flag = 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
int flagall;
|
||||
@ -1564,154 +1519,10 @@ int Neighbor::check_distance()
|
||||
return flagall;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
if any line end pt moved deltasq, return 1
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int Neighbor::check_distance_line(double deltasq)
|
||||
{
|
||||
double length,theta,dx,dy,rsq;
|
||||
double endpts[4];
|
||||
|
||||
AtomVecLine::Bonus *bonus = avec_line->bonus;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *line = atom->line;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
if (line[i] < 0) continue;
|
||||
length = bonus[line[i]].length;
|
||||
theta = bonus[line[i]].theta;
|
||||
dx = 0.5*length*cos(theta);
|
||||
dy = 0.5*length*sin(theta);
|
||||
endpts[0] = x[i][0] - dx;
|
||||
endpts[1] = x[i][1] - dy;
|
||||
endpts[2] = x[i][0] + dx;
|
||||
endpts[3] = x[i][1] + dy;
|
||||
|
||||
dx = endpts[0] - line_hold[i][0];
|
||||
dy = endpts[1] - line_hold[i][1];
|
||||
rsq = dx*dx + dy*dy;
|
||||
if (rsq > deltasq) return 1;
|
||||
|
||||
dx = endpts[2] - line_hold[i][2];
|
||||
dy = endpts[3] - line_hold[i][3];
|
||||
rsq = dx*dx + dy*dy;
|
||||
if (rsq > deltasq) return 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
compute and store current line end pts in line_hold
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void Neighbor::calculate_endpts()
|
||||
{
|
||||
double length,theta,dx,dy;
|
||||
double *endpt;
|
||||
|
||||
AtomVecLine::Bonus *bonus = avec_line->bonus;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *line = atom->line;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
if (line[i] < 0) continue;
|
||||
endpt = line_hold[i];
|
||||
length = bonus[line[i]].length;
|
||||
theta = bonus[line[i]].theta;
|
||||
dx = 0.5*length*cos(theta);
|
||||
dy = 0.5*length*sin(theta);
|
||||
endpt[0] = x[i][0] - dx;
|
||||
endpt[1] = x[i][1] - dy;
|
||||
endpt[2] = x[i][0] + dx;
|
||||
endpt[3] = x[i][1] + dy;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
if any tri corner pt moved deltasq, return 1
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int Neighbor::check_distance_tri(double deltasq)
|
||||
{
|
||||
int ibonus;
|
||||
double dx,dy,dz,rsq;
|
||||
double p[3][3],corner[9];
|
||||
|
||||
AtomVecTri::Bonus *bonus = avec_tri->bonus;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *tri = atom->tri;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
if (tri[i] < 0) continue;
|
||||
ibonus = tri[i];
|
||||
MathExtra::quat_to_mat(bonus[ibonus].quat,p);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c1,&corner[0]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[0],&corner[0]);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c2,&corner[3]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[3],&corner[3]);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c3,&corner[6]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[6],&corner[6]);
|
||||
|
||||
dx = corner[0] - tri_hold[i][0];
|
||||
dy = corner[1] - tri_hold[i][1];
|
||||
dz = corner[2] - tri_hold[i][2];
|
||||
rsq = dx*dx + dy*dy + dz*dz;
|
||||
if (rsq > deltasq) return 1;
|
||||
|
||||
dx = corner[3] - tri_hold[i][3];
|
||||
dy = corner[4] - tri_hold[i][4];
|
||||
dz = corner[5] - tri_hold[i][5];
|
||||
rsq = dx*dx + dy*dy + dz*dz;
|
||||
if (rsq > deltasq) return 1;
|
||||
|
||||
dx = corner[6] - tri_hold[i][6];
|
||||
dy = corner[7] - tri_hold[i][7];
|
||||
dz = corner[8] - tri_hold[i][8];
|
||||
rsq = dx*dx + dy*dy + dz*dz;
|
||||
if (rsq > deltasq) return 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
compute and store current tri corner pts in tri_hold
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void Neighbor::calculate_corners()
|
||||
{
|
||||
int ibonus;
|
||||
double p[3][3];
|
||||
double *corner;
|
||||
|
||||
AtomVecTri::Bonus *bonus = avec_tri->bonus;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *tri = atom->tri;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
if (tri[i] < 0) continue;
|
||||
ibonus = tri[i];
|
||||
corner = tri_hold[i];
|
||||
MathExtra::quat_to_mat(bonus[ibonus].quat,p);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c1,&corner[0]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[0],&corner[0]);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c2,&corner[3]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[3],&corner[3]);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c3,&corner[6]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[6],&corner[6]);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
build perpetual neighbor lists
|
||||
called at setup and every few timesteps during run or minimization
|
||||
topology lists also built if topoflag = 1, USER-CUDA called with tflag = 0
|
||||
topology lists also built if topoflag = 1, USER-CUDA calls with topoflag = 0
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void Neighbor::build(int topoflag)
|
||||
@ -1732,25 +1543,12 @@ void Neighbor::build(int topoflag)
|
||||
maxhold = atom->nmax;
|
||||
memory->destroy(xhold);
|
||||
memory->create(xhold,maxhold,3,"neigh:xhold");
|
||||
if (linetri_flag) {
|
||||
if (linetri_flag == 1) {
|
||||
memory->destroy(line_hold);
|
||||
memory->create(line_hold,maxhold,4,"neigh:line_hold");
|
||||
} else {
|
||||
memory->destroy(tri_hold);
|
||||
memory->create(tri_hold,maxhold,4,"neigh:tri_hold");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
xhold[i][0] = x[i][0];
|
||||
xhold[i][1] = x[i][1];
|
||||
xhold[i][2] = x[i][2];
|
||||
}
|
||||
if (linetri_flag) {
|
||||
if (linetri_flag == 1) calculate_endpts();
|
||||
else calculate_corners();
|
||||
}
|
||||
if (boxcheck) {
|
||||
if (triclinic == 0) {
|
||||
boxlo_hold[0] = bboxlo[0];
|
||||
@ -2406,8 +2204,6 @@ bigint Neighbor::memory_usage()
|
||||
{
|
||||
bigint bytes = 0;
|
||||
bytes += memory->usage(xhold,maxhold,3);
|
||||
if (linetri_flag == 1) bytes += memory->usage(line_hold,maxhold,4);
|
||||
if (linetri_flag == 2) bytes += memory->usage(tri_hold,maxhold,9);
|
||||
|
||||
if (style != NSQ) {
|
||||
bytes += memory->usage(bins,maxbin);
|
||||
@ -2436,3 +2232,4 @@ int Neighbor::exclude_setting()
|
||||
{
|
||||
return exclude;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
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