git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@6833 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
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sjplimp
868
src/USER-SPH/atom_vec_meso.cpp
Normal file
868
src/USER-SPH/atom_vec_meso.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,868 @@
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/* ----------------------------------------------------------------------
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||||
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
||||
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
|
||||
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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||||
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||||
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
||||
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
||||
certain rights in this software. This software is distributed under
|
||||
the GNU General Public License.
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||||
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||||
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
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||||
#include "stdlib.h"
|
||||
#include "atom_vec_meso.h"
|
||||
#include "atom.h"
|
||||
#include "domain.h"
|
||||
#include "modify.h"
|
||||
#include "fix.h"
|
||||
#include "memory.h"
|
||||
#include "error.h"
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||||
using namespace LAMMPS_NS;
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||||
#define DELTA 10000
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||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
AtomVecMeso::AtomVecMeso(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
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||||
AtomVec(lmp, narg, arg) {
|
||||
molecular = 0;
|
||||
mass_type = 1;
|
||||
|
||||
comm_x_only = 0; // we communicate not only x forward but also vest ...
|
||||
comm_f_only = 0; // we also communicate de and drho in reverse direction
|
||||
size_forward = 8; // 3 + rho + e + vest[3], that means we may only communicate 5 in hybrid
|
||||
size_reverse = 5; // 3 + drho + de
|
||||
size_border = 12; // 6 + rho + e + vest[3] + cv
|
||||
size_velocity = 3;
|
||||
size_data_atom = 8;
|
||||
size_data_vel = 4;
|
||||
xcol_data = 6;
|
||||
|
||||
atom->e_flag = 1;
|
||||
atom->rho_flag = 1;
|
||||
atom->cv_flag = 1;
|
||||
atom->vest_flag = 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
grow atom arrays
|
||||
n = 0 grows arrays by DELTA
|
||||
n > 0 allocates arrays to size n
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::grow(int n) {
|
||||
if (n == 0)
|
||||
nmax += DELTA;
|
||||
else
|
||||
nmax = n;
|
||||
atom->nmax = nmax;
|
||||
if (nmax < 0 || nmax > MAXSMALLINT)
|
||||
error->one("Per-processor system is too big");
|
||||
|
||||
tag = memory->grow(atom->tag, nmax, "atom:tag");
|
||||
type = memory->grow(atom->type, nmax, "atom:type");
|
||||
mask = memory->grow(atom->mask, nmax, "atom:mask");
|
||||
image = memory->grow(atom->image, nmax, "atom:image");
|
||||
x = memory->grow(atom->x, nmax, 3, "atom:x");
|
||||
v = memory->grow(atom->v, nmax, 3, "atom:v");
|
||||
f = memory->grow(atom->f, nmax, 3, "atom:f");
|
||||
|
||||
rho = memory->grow(atom->rho, nmax, "atom:rho");
|
||||
drho = memory->grow(atom->drho, nmax, "atom:drho");
|
||||
e = memory->grow(atom->e, nmax, "atom:e");
|
||||
de = memory->grow(atom->de, nmax, "atom:de");
|
||||
vest = memory->grow(atom->vest, nmax, 3, "atom:vest");
|
||||
cv = memory->grow(atom->cv, nmax, "atom:cv");
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_grow)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_grow; iextra++)
|
||||
modify->fix[atom->extra_grow[iextra]]->grow_arrays(nmax);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
reset local array ptrs
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::grow_reset() {
|
||||
tag = atom->tag;
|
||||
type = atom->type;
|
||||
mask = atom->mask;
|
||||
image = atom->image;
|
||||
x = atom->x;
|
||||
v = atom->v;
|
||||
f = atom->f;
|
||||
rho = atom->rho;
|
||||
drho = atom->drho;
|
||||
e = atom->e;
|
||||
de = atom->de;
|
||||
vest = atom->vest;
|
||||
cv = atom->cv;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::copy(int i, int j, int delflag) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::copy\n");
|
||||
tag[j] = tag[i];
|
||||
type[j] = type[i];
|
||||
mask[j] = mask[i];
|
||||
image[j] = image[i];
|
||||
x[j][0] = x[i][0];
|
||||
x[j][1] = x[i][1];
|
||||
x[j][2] = x[i][2];
|
||||
v[j][0] = v[i][0];
|
||||
v[j][1] = v[i][1];
|
||||
v[j][2] = v[i][2];
|
||||
|
||||
rho[j] = rho[i];
|
||||
drho[j] = drho[i];
|
||||
e[j] = e[i];
|
||||
de[j] = de[i];
|
||||
cv[j] = cv[i];
|
||||
vest[j][0] = vest[i][0];
|
||||
vest[j][1] = vest[i][1];
|
||||
vest[j][2] = vest[i][2];
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_grow)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_grow; iextra++)
|
||||
modify->fix[atom->extra_grow[iextra]]->copy_arrays(i, j);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::pack_comm_hybrid(int n, int *list, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::pack_comm_hybrid\n");
|
||||
int i, j, m;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = rho[j];
|
||||
buf[m++] = e[j];
|
||||
buf[m++] = vest[j][0];
|
||||
buf[m++] = vest[j][1];
|
||||
buf[m++] = vest[j][2];
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::unpack_comm_hybrid(int n, int first, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::unpack_comm_hybrid\n");
|
||||
int i, m, last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
rho[i] = buf[m++];
|
||||
e[i] = buf[m++];
|
||||
vest[i][0] = buf[m++];
|
||||
vest[i][1] = buf[m++];
|
||||
vest[i][2] = buf[m++];
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::pack_border_hybrid(int n, int *list, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::pack_border_hybrid\n");
|
||||
int i, j, m;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = rho[j];
|
||||
buf[m++] = e[j];
|
||||
buf[m++] = vest[j][0];
|
||||
buf[m++] = vest[j][1];
|
||||
buf[m++] = vest[j][2];
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::unpack_border_hybrid(int n, int first, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::unpack_border_hybrid\n");
|
||||
int i, m, last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
rho[i] = buf[m++];
|
||||
e[i] = buf[m++];
|
||||
vest[i][0] = buf[m++];
|
||||
vest[i][1] = buf[m++];
|
||||
vest[i][2] = buf[m++];
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::pack_reverse_hybrid(int n, int first, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::pack_reverse_hybrid\n");
|
||||
int i, m, last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
buf[m++] = drho[i];
|
||||
buf[m++] = de[i];
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::unpack_reverse_hybrid(int n, int *list, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::unpack_reverse_hybrid\n");
|
||||
int i, j, m;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
drho[j] += buf[m++];
|
||||
de[j] += buf[m++];
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::pack_comm(int n, int *list, double *buf, int pbc_flag,
|
||||
int *pbc) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::pack_comm\n");
|
||||
int i, j, m;
|
||||
double dx, dy, dz;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
if (pbc_flag == 0) {
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0];
|
||||
buf[m++] = x[j][1];
|
||||
buf[m++] = x[j][2];
|
||||
buf[m++] = rho[j];
|
||||
buf[m++] = e[j];
|
||||
buf[m++] = vest[j][0];
|
||||
buf[m++] = vest[j][1];
|
||||
buf[m++] = vest[j][2];
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
if (domain->triclinic == 0) {
|
||||
dx = pbc[0] * domain->xprd;
|
||||
dy = pbc[1] * domain->yprd;
|
||||
dz = pbc[2] * domain->zprd;
|
||||
} else {
|
||||
dx = pbc[0] * domain->xprd + pbc[5] * domain->xy + pbc[4] * domain->xz;
|
||||
dy = pbc[1] * domain->yprd + pbc[3] * domain->yz;
|
||||
dz = pbc[2] * domain->zprd;
|
||||
}
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0] + dx;
|
||||
buf[m++] = x[j][1] + dy;
|
||||
buf[m++] = x[j][2] + dz;
|
||||
buf[m++] = rho[j];
|
||||
buf[m++] = e[j];
|
||||
buf[m++] = vest[j][0];
|
||||
buf[m++] = vest[j][1];
|
||||
buf[m++] = vest[j][2];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::pack_comm_vel(int n, int *list, double *buf, int pbc_flag,
|
||||
int *pbc) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::pack_comm_vel\n");
|
||||
int i, j, m;
|
||||
double dx, dy, dz;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
if (pbc_flag == 0) {
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0];
|
||||
buf[m++] = x[j][1];
|
||||
buf[m++] = x[j][2];
|
||||
buf[m++] = v[j][0];
|
||||
buf[m++] = v[j][1];
|
||||
buf[m++] = v[j][2];
|
||||
buf[m++] = rho[j];
|
||||
buf[m++] = e[j];
|
||||
buf[m++] = vest[j][0];
|
||||
buf[m++] = vest[j][1];
|
||||
buf[m++] = vest[j][2];
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
if (domain->triclinic == 0) {
|
||||
dx = pbc[0] * domain->xprd;
|
||||
dy = pbc[1] * domain->yprd;
|
||||
dz = pbc[2] * domain->zprd;
|
||||
} else {
|
||||
dx = pbc[0] * domain->xprd + pbc[5] * domain->xy + pbc[4] * domain->xz;
|
||||
dy = pbc[1] * domain->yprd + pbc[3] * domain->yz;
|
||||
dz = pbc[2] * domain->zprd;
|
||||
}
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0] + dx;
|
||||
buf[m++] = x[j][1] + dy;
|
||||
buf[m++] = x[j][2] + dz;
|
||||
buf[m++] = v[j][0];
|
||||
buf[m++] = v[j][1];
|
||||
buf[m++] = v[j][2];
|
||||
buf[m++] = rho[j];
|
||||
buf[m++] = e[j];
|
||||
buf[m++] = vest[j][0];
|
||||
buf[m++] = vest[j][1];
|
||||
buf[m++] = vest[j][2];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::unpack_comm(int n, int first, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::unpack_comm\n");
|
||||
int i, m, last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
x[i][0] = buf[m++];
|
||||
x[i][1] = buf[m++];
|
||||
x[i][2] = buf[m++];
|
||||
rho[i] = buf[m++];
|
||||
e[i] = buf[m++];
|
||||
vest[i][0] = buf[m++];
|
||||
vest[i][1] = buf[m++];
|
||||
vest[i][2] = buf[m++];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::unpack_comm_vel(int n, int first, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::unpack_comm_vel\n");
|
||||
int i, m, last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
x[i][0] = buf[m++];
|
||||
x[i][1] = buf[m++];
|
||||
x[i][2] = buf[m++];
|
||||
v[i][0] = buf[m++];
|
||||
v[i][1] = buf[m++];
|
||||
v[i][2] = buf[m++];
|
||||
rho[i] = buf[m++];
|
||||
e[i] = buf[m++];
|
||||
vest[i][0] = buf[m++];
|
||||
vest[i][1] = buf[m++];
|
||||
vest[i][2] = buf[m++];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::pack_reverse(int n, int first, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::pack_reverse\n");
|
||||
int i, m, last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
buf[m++] = f[i][0];
|
||||
buf[m++] = f[i][1];
|
||||
buf[m++] = f[i][2];
|
||||
buf[m++] = drho[i];
|
||||
buf[m++] = de[i];
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::unpack_reverse(int n, int *list, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::unpack_reverse\n");
|
||||
int i, j, m;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
f[j][0] += buf[m++];
|
||||
f[j][1] += buf[m++];
|
||||
f[j][2] += buf[m++];
|
||||
drho[j] += buf[m++];
|
||||
de[j] += buf[m++];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::pack_border(int n, int *list, double *buf, int pbc_flag,
|
||||
int *pbc) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::pack_border\n");
|
||||
int i, j, m;
|
||||
double dx, dy, dz;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
if (pbc_flag == 0) {
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0];
|
||||
buf[m++] = x[j][1];
|
||||
buf[m++] = x[j][2];
|
||||
buf[m++] = tag[j];
|
||||
buf[m++] = type[j];
|
||||
buf[m++] = mask[j];
|
||||
buf[m++] = rho[j];
|
||||
buf[m++] = e[j];
|
||||
buf[m++] = cv[j];
|
||||
buf[m++] = vest[j][0];
|
||||
buf[m++] = vest[j][1];
|
||||
buf[m++] = vest[j][2];
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
if (domain->triclinic == 0) {
|
||||
dx = pbc[0] * domain->xprd;
|
||||
dy = pbc[1] * domain->yprd;
|
||||
dz = pbc[2] * domain->zprd;
|
||||
} else {
|
||||
dx = pbc[0];
|
||||
dy = pbc[1];
|
||||
dz = pbc[2];
|
||||
}
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0] + dx;
|
||||
buf[m++] = x[j][1] + dy;
|
||||
buf[m++] = x[j][2] + dz;
|
||||
buf[m++] = tag[j];
|
||||
buf[m++] = type[j];
|
||||
buf[m++] = mask[j];
|
||||
buf[m++] = rho[j];
|
||||
buf[m++] = e[j];
|
||||
buf[m++] = cv[j];
|
||||
buf[m++] = vest[j][0];
|
||||
buf[m++] = vest[j][1];
|
||||
buf[m++] = vest[j][2];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::pack_border_vel(int n, int *list, double *buf, int pbc_flag,
|
||||
int *pbc) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::pack_border_vel\n");
|
||||
int i, j, m;
|
||||
double dx, dy, dz;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
if (pbc_flag == 0) {
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0];
|
||||
buf[m++] = x[j][1];
|
||||
buf[m++] = x[j][2];
|
||||
buf[m++] = tag[j];
|
||||
buf[m++] = type[j];
|
||||
buf[m++] = mask[j];
|
||||
buf[m++] = v[j][0];
|
||||
buf[m++] = v[j][1];
|
||||
buf[m++] = v[j][2];
|
||||
buf[m++] = rho[j];
|
||||
buf[m++] = e[j];
|
||||
buf[m++] = cv[j];
|
||||
buf[m++] = vest[j][0];
|
||||
buf[m++] = vest[j][1];
|
||||
buf[m++] = vest[j][2];
|
||||
}
|
||||
} else {
|
||||
if (domain->triclinic == 0) {
|
||||
dx = pbc[0] * domain->xprd;
|
||||
dy = pbc[1] * domain->yprd;
|
||||
dz = pbc[2] * domain->zprd;
|
||||
} else {
|
||||
dx = pbc[0];
|
||||
dy = pbc[1];
|
||||
dz = pbc[2];
|
||||
}
|
||||
for (i = 0; i < n; i++) {
|
||||
j = list[i];
|
||||
buf[m++] = x[j][0] + dx;
|
||||
buf[m++] = x[j][1] + dy;
|
||||
buf[m++] = x[j][2] + dz;
|
||||
buf[m++] = tag[j];
|
||||
buf[m++] = type[j];
|
||||
buf[m++] = mask[j];
|
||||
buf[m++] = v[j][0];
|
||||
buf[m++] = v[j][1];
|
||||
buf[m++] = v[j][2];
|
||||
buf[m++] = rho[j];
|
||||
buf[m++] = e[j];
|
||||
buf[m++] = cv[j];
|
||||
buf[m++] = vest[j][0];
|
||||
buf[m++] = vest[j][1];
|
||||
buf[m++] = vest[j][2];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::unpack_border(int n, int first, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::unpack_border\n");
|
||||
int i, m, last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
if (i == nmax)
|
||||
grow(0);
|
||||
x[i][0] = buf[m++];
|
||||
x[i][1] = buf[m++];
|
||||
x[i][2] = buf[m++];
|
||||
tag[i] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
type[i] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
mask[i] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
rho[i] = buf[m++];
|
||||
e[i] = buf[m++];
|
||||
cv[i] = buf[m++];
|
||||
vest[i][0] = buf[m++];
|
||||
vest[i][1] = buf[m++];
|
||||
vest[i][2] = buf[m++];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::unpack_border_vel(int n, int first, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::unpack_border_vel\n");
|
||||
int i, m, last;
|
||||
|
||||
m = 0;
|
||||
last = first + n;
|
||||
for (i = first; i < last; i++) {
|
||||
if (i == nmax)
|
||||
grow(0);
|
||||
x[i][0] = buf[m++];
|
||||
x[i][1] = buf[m++];
|
||||
x[i][2] = buf[m++];
|
||||
tag[i] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
type[i] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
mask[i] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
v[i][0] = buf[m++];
|
||||
v[i][1] = buf[m++];
|
||||
v[i][2] = buf[m++];
|
||||
rho[i] = buf[m++];
|
||||
e[i] = buf[m++];
|
||||
cv[i] = buf[m++];
|
||||
vest[i][0] = buf[m++];
|
||||
vest[i][1] = buf[m++];
|
||||
vest[i][2] = buf[m++];
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
pack data for atom I for sending to another proc
|
||||
xyz must be 1st 3 values, so comm::exchange() can test on them
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::pack_exchange(int i, double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::pack_exchange\n");
|
||||
int m = 1;
|
||||
buf[m++] = x[i][0];
|
||||
buf[m++] = x[i][1];
|
||||
buf[m++] = x[i][2];
|
||||
buf[m++] = v[i][0];
|
||||
buf[m++] = v[i][1];
|
||||
buf[m++] = v[i][2];
|
||||
buf[m++] = tag[i];
|
||||
buf[m++] = type[i];
|
||||
buf[m++] = mask[i];
|
||||
buf[m++] = image[i];
|
||||
buf[m++] = rho[i];
|
||||
buf[m++] = e[i];
|
||||
buf[m++] = cv[i];
|
||||
buf[m++] = vest[i][0];
|
||||
buf[m++] = vest[i][1];
|
||||
buf[m++] = vest[i][2];
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_grow)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_grow; iextra++)
|
||||
m += modify->fix[atom->extra_grow[iextra]]->pack_exchange(i, &buf[m]);
|
||||
|
||||
buf[0] = m;
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::unpack_exchange(double *buf) {
|
||||
//printf("in AtomVecMeso::unpack_exchange\n");
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax)
|
||||
grow(0);
|
||||
|
||||
int m = 1;
|
||||
x[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
x[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
x[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
tag[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
type[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
mask[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
image[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
rho[nlocal] = buf[m++];
|
||||
e[nlocal] = buf[m++];
|
||||
cv[nlocal] = buf[m++];
|
||||
vest[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
vest[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
vest[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_grow)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_grow; iextra++)
|
||||
m += modify->fix[atom->extra_grow[iextra]]-> unpack_exchange(nlocal,
|
||||
&buf[m]);
|
||||
|
||||
atom->nlocal++;
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
size of restart data for all atoms owned by this proc
|
||||
include extra data stored by fixes
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::size_restart() {
|
||||
int i;
|
||||
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
int n = 17 * nlocal; // 11 + rho + e + cv + vest[3]
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_restart)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_restart; iextra++)
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++)
|
||||
n += modify->fix[atom->extra_restart[iextra]]->size_restart(i);
|
||||
|
||||
return n;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
pack atom I's data for restart file including extra quantities
|
||||
xyz must be 1st 3 values, so that read_restart can test on them
|
||||
molecular types may be negative, but write as positive
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::pack_restart(int i, double *buf) {
|
||||
int m = 1;
|
||||
buf[m++] = x[i][0];
|
||||
buf[m++] = x[i][1];
|
||||
buf[m++] = x[i][2];
|
||||
buf[m++] = tag[i];
|
||||
buf[m++] = type[i];
|
||||
buf[m++] = mask[i];
|
||||
buf[m++] = image[i];
|
||||
buf[m++] = v[i][0];
|
||||
buf[m++] = v[i][1];
|
||||
buf[m++] = v[i][2];
|
||||
buf[m++] = rho[i];
|
||||
buf[m++] = e[i];
|
||||
buf[m++] = cv[i];
|
||||
buf[m++] = vest[i][0];
|
||||
buf[m++] = vest[i][1];
|
||||
buf[m++] = vest[i][2];
|
||||
|
||||
if (atom->nextra_restart)
|
||||
for (int iextra = 0; iextra < atom->nextra_restart; iextra++)
|
||||
m += modify->fix[atom->extra_restart[iextra]]->pack_restart(i, &buf[m]);
|
||||
|
||||
buf[0] = m;
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
unpack data for one atom from restart file including extra quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::unpack_restart(double *buf) {
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax) {
|
||||
grow(0);
|
||||
if (atom->nextra_store)
|
||||
memory->grow(atom->extra, nmax, atom->nextra_store, "atom:extra");
|
||||
}
|
||||
|
||||
int m = 1;
|
||||
x[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
x[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
x[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
tag[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
type[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
mask[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
image[nlocal] = static_cast<int> (buf[m++]);
|
||||
v[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
v[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
rho[nlocal] = buf[m++];
|
||||
e[nlocal] = buf[m++];
|
||||
cv[nlocal] = buf[m++];
|
||||
vest[nlocal][0] = buf[m++];
|
||||
vest[nlocal][1] = buf[m++];
|
||||
vest[nlocal][2] = buf[m++];
|
||||
|
||||
double **extra = atom->extra;
|
||||
if (atom->nextra_store) {
|
||||
int size = static_cast<int> (buf[0]) - m;
|
||||
for (int i = 0; i < size; i++)
|
||||
extra[nlocal][i] = buf[m++];
|
||||
}
|
||||
|
||||
atom->nlocal++;
|
||||
return m;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
create one atom of itype at coord
|
||||
set other values to defaults
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::create_atom(int itype, double *coord) {
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax)
|
||||
grow(0);
|
||||
|
||||
tag[nlocal] = 0;
|
||||
type[nlocal] = itype;
|
||||
x[nlocal][0] = coord[0];
|
||||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
image[nlocal] = (512 << 20) | (512 << 10) | 512;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
rho[nlocal] = 0.0;
|
||||
e[nlocal] = 0.0;
|
||||
cv[nlocal] = 1.0;
|
||||
vest[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
vest[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
vest[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
de[nlocal] = 0.0;
|
||||
drho[nlocal] = 0.0;
|
||||
|
||||
atom->nlocal++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
unpack one line from Atoms section of data file
|
||||
initialize other atom quantities
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void AtomVecMeso::data_atom(double *coord, int imagetmp, char **values) {
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
if (nlocal == nmax)
|
||||
grow(0);
|
||||
|
||||
tag[nlocal] = atoi(values[0]);
|
||||
if (tag[nlocal] <= 0)
|
||||
error->one("Invalid atom ID in Atoms section of data file");
|
||||
|
||||
type[nlocal] = atoi(values[1]);
|
||||
if (type[nlocal] <= 0 || type[nlocal] > atom->ntypes)
|
||||
error->one("Invalid atom type in Atoms section of data file");
|
||||
|
||||
rho[nlocal] = atof(values[2]);
|
||||
e[nlocal] = atof(values[3]);
|
||||
cv[nlocal] = atof(values[4]);
|
||||
|
||||
x[nlocal][0] = coord[0];
|
||||
x[nlocal][1] = coord[1];
|
||||
x[nlocal][2] = coord[2];
|
||||
|
||||
//printf("rho=%f, e=%f, cv=%f, x=%f\n", rho[nlocal], e[nlocal], cv[nlocal], x[nlocal][0]);
|
||||
|
||||
image[nlocal] = imagetmp;
|
||||
|
||||
mask[nlocal] = 1;
|
||||
v[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
v[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
||||
vest[nlocal][0] = 0.0;
|
||||
vest[nlocal][1] = 0.0;
|
||||
vest[nlocal][2] = 0.0;
|
||||
|
||||
de[nlocal] = 0.0;
|
||||
drho[nlocal] = 0.0;
|
||||
|
||||
atom->nlocal++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
unpack hybrid quantities from one line in Atoms section of data file
|
||||
initialize other atom quantities for this sub-style
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int AtomVecMeso::data_atom_hybrid(int nlocal, char **values) {
|
||||
|
||||
rho[nlocal] = atof(values[0]);
|
||||
e[nlocal] = atof(values[1]);
|
||||
cv[nlocal] = atof(values[2]);
|
||||
|
||||
return 3;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
return # of bytes of allocated memory
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
bigint AtomVecMeso::memory_usage() {
|
||||
bigint bytes = 0;
|
||||
|
||||
if (atom->memcheck("tag"))
|
||||
bytes += memory->usage(tag, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("type"))
|
||||
bytes += memory->usage(type, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("mask"))
|
||||
bytes += memory->usage(mask, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("image"))
|
||||
bytes += memory->usage(image, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("x"))
|
||||
bytes += memory->usage(x, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("v"))
|
||||
bytes += memory->usage(v, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("f"))
|
||||
bytes += memory->usage(f, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("rho"))
|
||||
bytes += memory->usage(rho, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("drho"))
|
||||
bytes += memory->usage(drho, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("e"))
|
||||
bytes += memory->usage(e, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("de"))
|
||||
bytes += memory->usage(de, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("cv"))
|
||||
bytes += memory->usage(cv, nmax);
|
||||
if (atom->memcheck("vest"))
|
||||
bytes += memory->usage(vest, nmax);
|
||||
|
||||
return bytes;
|
||||
}
|
||||
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