From b0263e87bbaa46a3560f4cc8ef79faa8ea8e9780 Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: Giacomo Fiorin <giacomo.fiorin@gmail.com>
Date: Tue, 27 Dec 2016 17:16:32 -0500
Subject: [PATCH] Fix missing force with extended-Lagrangian mass

---
 lib/colvars/Makefile.colvars | 119 +++++++++++++++++++++++++++++++++++
 lib/colvars/colvar.cpp       |   7 +++
 lib/colvars/colvarmodule.h   |   2 +-
 3 files changed, 127 insertions(+), 1 deletion(-)
 create mode 100644 lib/colvars/Makefile.colvars

diff --git a/lib/colvars/Makefile.colvars b/lib/colvars/Makefile.colvars
new file mode 100644
index 0000000000..d1a2044038
--- /dev/null
+++ b/lib/colvars/Makefile.colvars
@@ -0,0 +1,119 @@
+# library build -*- makefile -*- for colvars module
+
+# which file will be copied to Makefile.lammps
+
+EXTRAMAKE = Makefile.lammps.empty
+
+# ------ SETTINGS ------
+
+CXX =		g++
+CXXFLAGS =	-O2 -g -Wall -fPIC -funroll-loops # -DCOLVARS_DEBUG
+ARCHIVE =	ar
+ARCHFLAG =	-rscv
+SHELL =		/bin/sh
+
+# ------ DEFINITIONS ------
+
+SRC = colvaratoms.cpp colvarbias_abf.cpp colvarbias_alb.cpp colvarbias.cpp  \
+ colvarbias_histogram.cpp colvarbias_meta.cpp colvarbias_restraint.cpp      \
+ colvarcomp_angles.cpp colvarcomp_coordnums.cpp colvarcomp.cpp              \
+ colvarcomp_distances.cpp colvarcomp_protein.cpp colvarcomp_rotations.cpp   \
+ colvardeps.cpp colvar.cpp colvargrid.cpp colvarmodule.cpp colvarparse.cpp  \
+ colvarscript.cpp colvartypes.cpp colvarvalue.cpp
+
+LIB = libcolvars.a
+OBJ = $(SRC:.cpp=.o)
+EXE = #colvars_standalone
+
+# ------ MAKE PROCEDURE ------
+
+default: $(LIB) $(EXE) Makefile.lammps
+
+Makefile.lammps:
+	@cp $(EXTRAMAKE) Makefile.lammps
+
+$(LIB):	$(OBJ)
+	$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(LIB) $(OBJ)
+
+colvars_standalone: colvars_main.o colvarproxy_standalone.o $(LIB)
+	$(CXX) -o $@ $(CXXFLAGS) $^
+
+# ------ MAKE FLAGS ------
+
+.SUFFIXES:
+.SUFFIXES: .cpp .o
+
+.PHONY: default clean
+
+# ------ COMPILE RULES ------
+
+.cpp.o:
+	$(CXX) $(CXXFLAGS) -c $<
+
+# ------ DEPENDENCIES ------
+#
+colvaratoms.o: colvaratoms.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
+ colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h colvaratoms.h
+colvarbias_abf.o: colvarbias_abf.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \
+ colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvardeps.h \
+ colvarbias_abf.h colvarbias.h colvargrid.h
+colvarbias_alb.o: colvarbias_alb.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \
+ colvarproxy.h colvarvalue.h colvarbias_alb.h colvar.h colvarparse.h \
+ colvardeps.h colvarbias_restraint.h colvarbias.h
+colvarbias.o: colvarbias.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
+ colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h colvardeps.h
+colvarbias_histogram.o: colvarbias_histogram.cpp colvarmodule.h \
+ colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h \
+ colvardeps.h colvarbias_histogram.h colvarbias.h colvargrid.h
+colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvar.h colvarmodule.h \
+ colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h \
+ colvarbias_meta.h colvarbias.h colvargrid.h
+colvarbias_restraint.o: colvarbias_restraint.cpp colvarmodule.h \
+ colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarbias_restraint.h \
+ colvarbias.h colvar.h colvarparse.h colvardeps.h
+colvarcomp_angles.o: colvarcomp_angles.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \
+ colvarproxy.h colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvardeps.h \
+ colvarcomp.h colvaratoms.h
+colvarcomp_coordnums.o: colvarcomp_coordnums.cpp colvarmodule.h \
+ colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h \
+ colvaratoms.h colvar.h colvarcomp.h
+colvarcomp.o: colvarcomp.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
+ colvarvalue.h colvar.h colvarparse.h colvardeps.h colvarcomp.h \
+ colvaratoms.h
+colvarcomp_distances.o: colvarcomp_distances.cpp colvarmodule.h \
+ colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h \
+ colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h
+colvarcomp_protein.o: colvarcomp_protein.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \
+ colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h colvar.h \
+ colvarcomp.h colvaratoms.h
+colvarcomp_rotations.o: colvarcomp_rotations.cpp colvarmodule.h \
+ colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h \
+ colvar.h colvarcomp.h colvaratoms.h
+colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
+ colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h colvar.h colvarcomp.h \
+ colvaratoms.h colvarscript.h colvarbias.h
+colvardeps.o: colvardeps.cpp colvardeps.h colvarmodule.h colvartypes.h \
+ colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h
+colvargrid.o: colvargrid.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
+ colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h colvar.h colvarcomp.h \
+ colvaratoms.h colvargrid.h
+colvarmodule.o: colvarmodule.cpp colvarmodule.h colvartypes.h \
+ colvarproxy.h colvarvalue.h colvarparse.h colvardeps.h colvar.h \
+ colvarbias.h colvarbias_abf.h colvargrid.h colvarbias_alb.h \
+ colvarbias_restraint.h colvarbias_histogram.h colvarbias_meta.h \
+ colvarscript.h
+colvarparse.o: colvarparse.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
+ colvarvalue.h colvarparse.h
+colvarscript.o: colvarscript.cpp colvarscript.h colvarmodule.h \
+ colvartypes.h colvarproxy.h colvarvalue.h colvarbias.h colvar.h \
+ colvarparse.h colvardeps.h
+colvartypes.o: colvartypes.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
+ colvarvalue.h colvarparse.h
+colvarvalue.o: colvarvalue.cpp colvarmodule.h colvartypes.h colvarproxy.h \
+ colvarvalue.h
+
+# ------ CLEAN ------
+
+clean:
+	-rm *.o *~ $(LIB)
+
diff --git a/lib/colvars/colvar.cpp b/lib/colvars/colvar.cpp
index 95a40084f5..d60a9e90f7 100644
--- a/lib/colvars/colvar.cpp
+++ b/lib/colvars/colvar.cpp
@@ -314,6 +314,9 @@ colvar::colvar(std::string const &conf)
       enable(f_cv_extended_Lagrangian);
       provide(f_cv_Langevin);
 
+      // The extended mass will apply forces
+      enable(f_cv_gradient);
+
       xr.type(value());
       vr.type(value());
       fr.type(value());
@@ -1209,6 +1212,10 @@ cvm::real colvar::update_forces_energy()
 
   if (is_enabled(f_cv_extended_Lagrangian)) {
 
+    if (cvm::debug()) {
+      cvm::log("Updating extended-Lagrangian degrees of freedom.\n");
+    }
+
     cvm::real dt = cvm::dt();
     colvarvalue f_ext(fr.type());
     f_ext.reset();
diff --git a/lib/colvars/colvarmodule.h b/lib/colvars/colvarmodule.h
index c63d04bcc4..0e98709adb 100644
--- a/lib/colvars/colvarmodule.h
+++ b/lib/colvars/colvarmodule.h
@@ -11,7 +11,7 @@
 #define COLVARMODULE_H
 
 #ifndef COLVARS_VERSION
-#define COLVARS_VERSION "2016-12-22"
+#define COLVARS_VERSION "2016-12-27"
 #endif
 
 #ifndef COLVARS_DEBUG