From bf6d34160e7f7c1fa48fcd6337e9dadbcefaeea0 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "W. Michael Brown" Date: Wed, 27 Jul 2011 16:58:50 -0400 Subject: [PATCH] Adding preprocessor to OpenCL strings and as a dependency for both. --- lib/gpu/Nvidia.makefile | 46 ++++++++++++------------ lib/gpu/Opencl.makefile | 80 ++++++++++++++++++++--------------------- 2 files changed, 63 insertions(+), 63 deletions(-) diff --git a/lib/gpu/Nvidia.makefile b/lib/gpu/Nvidia.makefile index e744c446c7..75fd7b3aaf 100644 --- a/lib/gpu/Nvidia.makefile +++ b/lib/gpu/Nvidia.makefile @@ -85,7 +85,7 @@ $(OBJ_DIR)/radixsort_app.cu_o: cudpp_mini/radixsort_app.cu $(OBJ_DIR)/scan_app.cu_o: cudpp_mini/scan_app.cu $(CUDA) -o $@ -c cudpp_mini/scan_app.cu -$(OBJ_DIR)/atom.ptx: atom.cu +$(OBJ_DIR)/atom.ptx: atom.cu preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ atom.cu $(OBJ_DIR)/atom_ptx.h: $(OBJ_DIR)/atom.ptx @@ -97,13 +97,13 @@ $(OBJ_DIR)/atom.o: atom.cpp atom.h $(NVD_H) $(OBJ_DIR)/atom_ptx.h $(OBJ_DIR)/ans.o: answer.cpp answer.h $(NVD_H) $(CUDR) -o $@ -c answer.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/neighbor_cpu.ptx: neighbor_cpu.cu +$(OBJ_DIR)/neighbor_cpu.ptx: neighbor_cpu.cu preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ neighbor_cpu.cu $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_ptx.h: $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu.ptx $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh neighbor_cpu $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu.ptx $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_ptx.h -$(OBJ_DIR)/neighbor_gpu.ptx: neighbor_gpu.cu +$(OBJ_DIR)/neighbor_gpu.ptx: neighbor_gpu.cu preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ neighbor_gpu.cu $(OBJ_DIR)/neighbor_gpu_ptx.h: $(OBJ_DIR)/neighbor_gpu.ptx @@ -115,7 +115,7 @@ $(OBJ_DIR)/neighbor_shared.o: neighbor_shared.cpp neighbor_shared.h $(OBJ_DIR)/n $(OBJ_DIR)/neighbor.o: neighbor.cpp neighbor.h neighbor_shared.h $(NVD_H) $(CUDR) -o $@ -c neighbor.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/device.ptx: device.cu +$(OBJ_DIR)/device.ptx: device.cu preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ device.cu $(OBJ_DIR)/device_ptx.h: $(OBJ_DIR)/device.ptx @@ -133,13 +133,13 @@ $(OBJ_DIR)/base_charge.o: $(ALL_H) base_charge.h base_charge.cpp $(OBJ_DIR)/base_ellipsoid.o: $(ALL_H) base_ellipsoid.h base_ellipsoid.cpp $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_ptx.h $(CUDR) -o $@ -c base_ellipsoid.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/pppm_f.ptx: pppm.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/pppm_f.ptx: pppm.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -Dgrdtyp=float -Dgrdtyp4=float4 -o $@ pppm.cu $(OBJ_DIR)/pppm_f_ptx.h: $(OBJ_DIR)/pppm_f.ptx $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh pppm_f $(OBJ_DIR)/pppm_f.ptx $(OBJ_DIR)/pppm_f_ptx.h -$(OBJ_DIR)/pppm_d.ptx: pppm.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/pppm_d.ptx: pppm.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -Dgrdtyp=double -Dgrdtyp4=double4 -o $@ pppm.cu $(OBJ_DIR)/pppm_d_ptx.h: $(OBJ_DIR)/pppm_d.ptx @@ -151,16 +151,16 @@ $(OBJ_DIR)/pppm.o: $(ALL_H) pppm.h pppm.cpp $(OBJ_DIR)/pppm_f_ptx.h $(OBJ_DIR)/p $(OBJ_DIR)/pppm_ext.o: $(ALL_H) pppm.h pppm_ext.cpp $(CUDR) -o $@ -c pppm_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor.ptx: ellipsoid_nbor.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor.ptx: ellipsoid_nbor.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ ellipsoid_nbor.cu $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_ptx.h: $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor.ptx $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh ellipsoid_nbor $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor.ptx $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_ptx.h -$(OBJ_DIR)/gayberne.ptx: gayberne.cu precision.h ellipsoid_extra.h +$(OBJ_DIR)/gayberne.ptx: gayberne.cu precision.h ellipsoid_extra.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ gayberne.cu -$(OBJ_DIR)/gayberne_lj.ptx: gayberne_lj.cu precision.h ellipsoid_extra.h +$(OBJ_DIR)/gayberne_lj.ptx: gayberne_lj.cu precision.h ellipsoid_extra.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ gayberne_lj.cu $(OBJ_DIR)/gayberne_ptx.h: $(OBJ_DIR)/gayberne.ptx @@ -175,10 +175,10 @@ $(OBJ_DIR)/gayberne.o: $(ALL_H) gayberne.h gayberne.cpp $(OBJ_DIR)/gayberne_ptx. $(OBJ_DIR)/gayberne_ext.o: $(ALL_H) $(OBJ_DIR)/gayberne.o gayberne_ext.cpp $(CUDR) -o $@ -c gayberne_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/re_squared.ptx: re_squared.cu precision.h ellipsoid_extra.h +$(OBJ_DIR)/re_squared.ptx: re_squared.cu precision.h ellipsoid_extra.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ re_squared.cu -$(OBJ_DIR)/re_squared_lj.ptx: re_squared_lj.cu precision.h ellipsoid_extra.h +$(OBJ_DIR)/re_squared_lj.ptx: re_squared_lj.cu precision.h ellipsoid_extra.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ re_squared_lj.cu $(OBJ_DIR)/re_squared_ptx.h: $(OBJ_DIR)/re_squared.ptx @@ -193,7 +193,7 @@ $(OBJ_DIR)/re_squared.o: $(ALL_H) re_squared.h re_squared.cpp $(OBJ_DIR)/re_squa $(OBJ_DIR)/re_squared_ext.o: $(ALL_H) $(OBJ_DIR)/re_squared.o re_squared_ext.cpp $(CUDR) -o $@ -c re_squared_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj.ptx: lj.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/lj.ptx: lj.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj.cu $(OBJ_DIR)/lj_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj.ptx $(OBJ_DIR)/lj.ptx @@ -205,7 +205,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj.o: $(ALL_H) lj.h lj.cpp $(OBJ_DIR)/lj_ptx.h $(OBJ_DIR)/base_atomic $(OBJ_DIR)/lj_ext.o: $(ALL_H) lj.h lj_ext.cpp base_atomic.h $(CUDR) -o $@ -c lj_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj_coul.ptx: lj_coul.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/lj_coul.ptx: lj_coul.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj_coul.cu $(OBJ_DIR)/lj_coul_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj_coul.ptx $(OBJ_DIR)/lj_coul.ptx @@ -217,7 +217,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj_coul.o: $(ALL_H) lj_coul.h lj_coul.cpp $(OBJ_DIR)/lj_coul_ptx.h $( $(OBJ_DIR)/lj_coul_ext.o: $(ALL_H) lj_coul.h lj_coul_ext.cpp base_charge.h $(CUDR) -o $@ -c lj_coul_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj_class2_long.ptx: lj_class2_long.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/lj_class2_long.ptx: lj_class2_long.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj_class2_long.cu $(OBJ_DIR)/lj_class2_long_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj_class2_long.ptx $(OBJ_DIR)/lj_class2_long.ptx @@ -229,7 +229,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj_class2_long.o: $(ALL_H) lj_class2_long.h lj_class2_long.cpp $(OBJ_ $(OBJ_DIR)/lj_class2_long_ext.o: $(ALL_H) lj_class2_long.h lj_class2_long_ext.cpp base_charge.h $(CUDR) -o $@ -c lj_class2_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/coul_long.ptx: coul_long.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/coul_long.ptx: coul_long.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ coul_long.cu $(OBJ_DIR)/coul_long_ptx.h: $(OBJ_DIR)/coul_long.ptx $(OBJ_DIR)/coul_long.ptx @@ -241,7 +241,7 @@ $(OBJ_DIR)/coul_long.o: $(ALL_H) coul_long.h coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/coul_long_ $(OBJ_DIR)/coul_long_ext.o: $(ALL_H) coul_long.h coul_long_ext.cpp base_charge.h $(CUDR) -o $@ -c coul_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj_coul_long.ptx: lj_coul_long.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/lj_coul_long.ptx: lj_coul_long.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj_coul_long.cu $(OBJ_DIR)/lj_coul_long_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj_coul_long.ptx $(OBJ_DIR)/lj_coul_long.ptx @@ -253,7 +253,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj_coul_long.o: $(ALL_H) lj_coul_long.h lj_coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/l $(OBJ_DIR)/lj_coul_long_ext.o: $(ALL_H) lj_coul_long.h lj_coul_long_ext.cpp base_charge.h $(CUDR) -o $@ -c lj_coul_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/morse.ptx: morse.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/morse.ptx: morse.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ morse.cu $(OBJ_DIR)/morse_ptx.h: $(OBJ_DIR)/morse.ptx $(OBJ_DIR)/morse.ptx @@ -265,7 +265,7 @@ $(OBJ_DIR)/morse.o: $(ALL_H) morse.h morse.cpp $(OBJ_DIR)/morse_ptx.h $(OBJ_DIR) $(OBJ_DIR)/morse_ext.o: $(ALL_H) morse.h morse_ext.cpp base_atomic.h $(CUDR) -o $@ -c morse_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/charmm_long.ptx: charmm_long.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/charmm_long.ptx: charmm_long.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ charmm_long.cu $(OBJ_DIR)/charmm_long_ptx.h: $(OBJ_DIR)/charmm_long.ptx $(OBJ_DIR)/charmm_long.ptx @@ -277,7 +277,7 @@ $(OBJ_DIR)/charmm_long.o: $(ALL_H) charmm_long.h charmm_long.cpp $(OBJ_DIR)/char $(OBJ_DIR)/charmm_long_ext.o: $(ALL_H) charmm_long.h charmm_long_ext.cpp base_charge.h $(CUDR) -o $@ -c charmm_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj96.ptx: lj96.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/lj96.ptx: lj96.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj96.cu $(OBJ_DIR)/lj96_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj96.ptx $(OBJ_DIR)/lj96.ptx @@ -289,7 +289,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj96.o: $(ALL_H) lj96.h lj96.cpp $(OBJ_DIR)/lj96_ptx.h $(OBJ_DIR)/bas $(OBJ_DIR)/lj96_ext.o: $(ALL_H) lj96.h lj96_ext.cpp base_atomic.h $(CUDR) -o $@ -c lj96_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj_expand.ptx: lj_expand.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/lj_expand.ptx: lj_expand.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj_expand.cu $(OBJ_DIR)/lj_expand_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj_expand.ptx $(OBJ_DIR)/lj_expand.ptx @@ -301,7 +301,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj_expand.o: $(ALL_H) lj_expand.h lj_expand.cpp $(OBJ_DIR)/lj_expand_ $(OBJ_DIR)/lj_expand_ext.o: $(ALL_H) lj_expand.h lj_expand_ext.cpp base_atomic.h $(CUDR) -o $@ -c lj_expand_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/cg_cmm.ptx: cg_cmm.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/cg_cmm.ptx: cg_cmm.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ cg_cmm.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_ptx.h: $(OBJ_DIR)/cg_cmm.ptx $(OBJ_DIR)/cg_cmm.ptx @@ -313,7 +313,7 @@ $(OBJ_DIR)/cg_cmm.o: $(ALL_H) cg_cmm.h cg_cmm.cpp $(OBJ_DIR)/cg_cmm_ptx.h $(OBJ_ $(OBJ_DIR)/cg_cmm_ext.o: $(ALL_H) cg_cmm.h cg_cmm_ext.cpp base_atomic.h $(CUDR) -o $@ -c cg_cmm_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.ptx: cg_cmm_long.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.ptx: cg_cmm_long.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ cg_cmm_long.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_ptx.h: $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.ptx $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.ptx @@ -325,7 +325,7 @@ $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.o: $(ALL_H) cg_cmm_long.h cg_cmm_long.cpp $(OBJ_DIR)/cg_c $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_ext.o: $(ALL_H) cg_cmm_long.h cg_cmm_long_ext.cpp base_charge.h $(CUDR) -o $@ -c cg_cmm_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/cg_cmm_msm.ptx: cg_cmm_msm.cu precision.h +$(OBJ_DIR)/cg_cmm_msm.ptx: cg_cmm_msm.cu precision.h preprocessor.h $(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ cg_cmm_msm.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_msm_ptx.h: $(OBJ_DIR)/cg_cmm_msm.ptx $(OBJ_DIR)/cg_cmm_msm.ptx diff --git a/lib/gpu/Opencl.makefile b/lib/gpu/Opencl.makefile index 27b9fedc44..06d2adf96e 100644 --- a/lib/gpu/Opencl.makefile +++ b/lib/gpu/Opencl.makefile @@ -44,8 +44,8 @@ OCL_EXECS = $(BIN_DIR)/ocl_get_devices all: $(OCL_LIB) $(EXECS) -$(OBJ_DIR)/atom_cl.h: atom.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh atom atom.cu $(OBJ_DIR)/atom_cl.h +$(OBJ_DIR)/atom_cl.h: atom.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh atom preprocessor.h atom.cu $(OBJ_DIR)/atom_cl.h $(OBJ_DIR)/atom.o: atom.cpp atom.h $(OCL_H) $(OBJ_DIR)/atom_cl.h $(OCL) -o $@ -c atom.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -53,8 +53,8 @@ $(OBJ_DIR)/atom.o: atom.cpp atom.h $(OCL_H) $(OBJ_DIR)/atom_cl.h $(OBJ_DIR)/ans.o: answer.cpp answer.h $(OCL_H) $(OCL) -o $@ -c answer.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h: neighbor_cpu.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh neighbor_cpu neighbor_cpu.cu $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h +$(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h: neighbor_cpu.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh neighbor_cpu preprocessor.h neighbor_cpu.cu $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h $(OBJ_DIR)/neighbor_shared.o: neighbor_shared.cpp neighbor_shared.h $(OCL_H) $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h $(OCL) -o $@ -c neighbor_shared.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -62,8 +62,8 @@ $(OBJ_DIR)/neighbor_shared.o: neighbor_shared.cpp neighbor_shared.h $(OCL_H) $(O $(OBJ_DIR)/neighbor.o: neighbor.cpp neighbor.h $(OCL_H) neighbor_shared.h $(OCL) -o $@ -c neighbor.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/device_cl.h: device.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh device device.cu $(OBJ_DIR)/device_cl.h +$(OBJ_DIR)/device_cl.h: device.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh device preprocessor.h device.cu $(OBJ_DIR)/device_cl.h $(OBJ_DIR)/device.o: device.cpp device.h $(ALL_H) $(OBJ_DIR)/device_cl.h $(OCL) -o $@ -c device.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -77,8 +77,8 @@ $(OBJ_DIR)/base_charge.o: $(OCL_H) base_charge.h base_charge.cpp $(OBJ_DIR)/base_ellipsoid.o: $(OCL_H) base_ellipsoid.h base_ellipsoid.cpp $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_cl.h $(OCL) -o $@ -c base_ellipsoid.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/pppm_cl.h: pppm.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh pppm pppm.cu $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h; +$(OBJ_DIR)/pppm_cl.h: pppm.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh pppm preprocessor.h pppm.cu $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h; $(OBJ_DIR)/pppm.o: $(ALL_H) pppm.h pppm.cpp $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h $(OCL) -o $@ -c pppm.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -86,14 +86,14 @@ $(OBJ_DIR)/pppm.o: $(ALL_H) pppm.h pppm.cpp $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h $(OBJ_DIR)/ppp $(OBJ_DIR)/pppm_ext.o: $(ALL_H) pppm.h pppm_ext.cpp $(OCL) -o $@ -c pppm_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_cl.h: ellipsoid_nbor.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh ellipsoid_nbor ellipsoid_nbor.cu $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_cl.h +$(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_cl.h: ellipsoid_nbor.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh ellipsoid_nbor preprocessor.h ellipsoid_nbor.cu $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_cl.h -$(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h: gayberne.cu ellipsoid_extra.h - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh gayberne ellipsoid_extra.h gayberne.cu $(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h; +$(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h: gayberne.cu ellipsoid_extra.h preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh gayberne preprocessor.h ellipsoid_extra.h gayberne.cu $(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h; -$(OBJ_DIR)/gayberne_lj_cl.h: gayberne_lj.cu ellipsoid_extra.h - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh gayberne_lj ellipsoid_extra.h gayberne_lj.cu $(OBJ_DIR)/gayberne_lj_cl.h; +$(OBJ_DIR)/gayberne_lj_cl.h: gayberne_lj.cu ellipsoid_extra.h preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh gayberne_lj preprocessor.h ellipsoid_extra.h gayberne_lj.cu $(OBJ_DIR)/gayberne_lj_cl.h; $(OBJ_DIR)/gayberne.o: $(ALL_H) gayberne.h gayberne.cpp $(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h $(OBJ_DIR)/gayberne_lj_cl.h $(OBJ_DIR)/base_ellipsoid.o $(OCL) -o $@ -c gayberne.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -101,11 +101,11 @@ $(OBJ_DIR)/gayberne.o: $(ALL_H) gayberne.h gayberne.cpp $(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h $(OBJ_DIR)/gayberne_ext.o: $(ALL_H) $(OBJ_DIR)/gayberne.o gayberne_ext.cpp $(OCL) -o $@ -c gayberne_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/re_squared_cl.h: re_squared.cu ellipsoid_extra.h - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh re_squared ellipsoid_extra.h re_squared.cu $(OBJ_DIR)/re_squared_cl.h; +$(OBJ_DIR)/re_squared_cl.h: re_squared.cu ellipsoid_extra.h preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh re_squared preprocessor.h ellipsoid_extra.h re_squared.cu $(OBJ_DIR)/re_squared_cl.h; -$(OBJ_DIR)/re_squared_lj_cl.h: re_squared_lj.cu ellipsoid_extra.h - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh re_squared_lj ellipsoid_extra.h re_squared_lj.cu $(OBJ_DIR)/re_squared_lj_cl.h; +$(OBJ_DIR)/re_squared_lj_cl.h: re_squared_lj.cu ellipsoid_extra.h preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh re_squared_lj preprocessor.h ellipsoid_extra.h re_squared_lj.cu $(OBJ_DIR)/re_squared_lj_cl.h; $(OBJ_DIR)/re_squared.o: $(ALL_H) re_squared.h re_squared.cpp $(OBJ_DIR)/re_squared_cl.h $(OBJ_DIR)/re_squared_lj_cl.h $(OBJ_DIR)/base_ellipsoid.o $(OCL) -o $@ -c re_squared.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -113,8 +113,8 @@ $(OBJ_DIR)/re_squared.o: $(ALL_H) re_squared.h re_squared.cpp $(OBJ_DIR)/re_squa $(OBJ_DIR)/re_squared_ext.o: $(ALL_H) $(OBJ_DIR)/re_squared.o re_squared_ext.cpp $(OCL) -o $@ -c re_squared_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj_cl.h: lj.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj lj.cu $(OBJ_DIR)/lj_cl.h; +$(OBJ_DIR)/lj_cl.h: lj.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj preprocessor.h lj.cu $(OBJ_DIR)/lj_cl.h; $(OBJ_DIR)/lj.o: $(ALL_H) lj.h lj.cpp $(OBJ_DIR)/lj_cl.h $(OBJ_DIR)/lj_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o $(OCL) -o $@ -c lj.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -122,8 +122,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj.o: $(ALL_H) lj.h lj.cpp $(OBJ_DIR)/lj_cl.h $(OBJ_DIR)/lj_cl.h $(O $(OBJ_DIR)/lj_ext.o: $(ALL_H) lj.h lj_ext.cpp base_atomic.h $(OCL) -o $@ -c lj_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h: lj_coul.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_coul lj_coul.cu $(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h; +$(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h: lj_coul.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_coul preprocessor.h lj_coul.cu $(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h; $(OBJ_DIR)/lj_coul.o: $(ALL_H) lj_coul.h lj_coul.cpp $(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h $(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h $(OBJ_DIR)/base_charge.o $(OCL) -o $@ -c lj_coul.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -131,8 +131,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj_coul.o: $(ALL_H) lj_coul.h lj_coul.cpp $(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h $( $(OBJ_DIR)/lj_coul_ext.o: $(ALL_H) lj_coul.h lj_coul_ext.cpp base_charge.h $(OCL) -o $@ -c lj_coul_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj_coul_long_cl.h: lj_coul_long.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_coul_long lj_coul_long.cu $(OBJ_DIR)/lj_coul_long_cl.h; +$(OBJ_DIR)/lj_coul_long_cl.h: lj_coul_long.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_coul_long preprocessor.h lj_coul_long.cu $(OBJ_DIR)/lj_coul_long_cl.h; $(OBJ_DIR)/lj_coul_long.o: $(ALL_H) lj_coul_long.h lj_coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/lj_coul_long_cl.h $(OBJ_DIR)/base_charge.o $(OCL) -o $@ -c lj_coul_long.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -140,8 +140,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj_coul_long.o: $(ALL_H) lj_coul_long.h lj_coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/ $(OBJ_DIR)/lj_coul_long_ext.o: $(ALL_H) lj_coul_long.h lj_coul_long_ext.cpp base_charge.h $(OCL) -o $@ -c lj_coul_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj_class2_long_cl.h: lj_class2_long.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_class2_long lj_class2_long.cu $(OBJ_DIR)/lj_class2_long_cl.h; +$(OBJ_DIR)/lj_class2_long_cl.h: lj_class2_long.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_class2_long preprocessor.h lj_class2_long.cu $(OBJ_DIR)/lj_class2_long_cl.h; $(OBJ_DIR)/lj_class2_long.o: $(ALL_H) lj_class2_long.h lj_class2_long.cpp $(OBJ_DIR)/lj_class2_long_cl.h $(OBJ_DIR)/base_charge.o $(OCL) -o $@ -c lj_class2_long.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -149,8 +149,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj_class2_long.o: $(ALL_H) lj_class2_long.h lj_class2_long.cpp $(OBJ $(OBJ_DIR)/lj_class2_long_ext.o: $(ALL_H) lj_class2_long.h lj_class2_long_ext.cpp base_charge.h $(OCL) -o $@ -c lj_class2_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/coul_long_cl.h: coul_long.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh coul_long coul_long.cu $(OBJ_DIR)/coul_long_cl.h; +$(OBJ_DIR)/coul_long_cl.h: coul_long.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh coul_long preprocessor.h coul_long.cu $(OBJ_DIR)/coul_long_cl.h; $(OBJ_DIR)/coul_long.o: $(ALL_H) coul_long.h coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/coul_long_cl.h $(OBJ_DIR)/base_charge.o $(OCL) -o $@ -c coul_long.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -158,8 +158,8 @@ $(OBJ_DIR)/coul_long.o: $(ALL_H) coul_long.h coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/coul_long $(OBJ_DIR)/coul_long_ext.o: $(ALL_H) coul_long.h coul_long_ext.cpp base_charge.h $(OCL) -o $@ -c coul_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/morse_cl.h: morse.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh morse morse.cu $(OBJ_DIR)/morse_cl.h; +$(OBJ_DIR)/morse_cl.h: morse.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh morse preprocessor.h morse.cu $(OBJ_DIR)/morse_cl.h; $(OBJ_DIR)/morse.o: $(ALL_H) morse.h morse.cpp $(OBJ_DIR)/morse_cl.h $(OBJ_DIR)/morse_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o $(OCL) -o $@ -c morse.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -167,8 +167,8 @@ $(OBJ_DIR)/morse.o: $(ALL_H) morse.h morse.cpp $(OBJ_DIR)/morse_cl.h $(OBJ_DIR) $(OBJ_DIR)/morse_ext.o: $(ALL_H) morse.h morse_ext.cpp base_atomic.h $(OCL) -o $@ -c morse_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h: charmm_long.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh charmm_long charmm_long.cu $(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h; +$(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h: charmm_long.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh charmm_long preprocessor.h charmm_long.cu $(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h; $(OBJ_DIR)/charmm_long.o: $(ALL_H) charmm_long.h charmm_long.cpp $(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h $(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h $(OBJ_DIR)/base_charge.o $(OCL) -o $@ -c charmm_long.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -176,8 +176,8 @@ $(OBJ_DIR)/charmm_long.o: $(ALL_H) charmm_long.h charmm_long.cpp $(OBJ_DIR)/cha $(OBJ_DIR)/charmm_long_ext.o: $(ALL_H) charmm_long.h charmm_long_ext.cpp base_charge.h $(OCL) -o $@ -c charmm_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj96_cl.h: lj96.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj96 lj96.cu $(OBJ_DIR)/lj96_cl.h; +$(OBJ_DIR)/lj96_cl.h: lj96.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj96 preprocessor.h lj96.cu $(OBJ_DIR)/lj96_cl.h; $(OBJ_DIR)/lj96.o: $(ALL_H) lj96.h lj96.cpp $(OBJ_DIR)/lj96_cl.h $(OBJ_DIR)/lj96_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o $(OCL) -o $@ -c lj96.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -185,8 +185,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj96.o: $(ALL_H) lj96.h lj96.cpp $(OBJ_DIR)/lj96_cl.h $(OBJ_DIR)/lj9 $(OBJ_DIR)/lj96_ext.o: $(ALL_H) lj96.h lj96_ext.cpp base_atomic.h $(OCL) -o $@ -c lj96_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h: lj_expand.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_expand lj_expand.cu $(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h; +$(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h: lj_expand.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_expand preprocessor.h lj_expand.cu $(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h; $(OBJ_DIR)/lj_expand.o: $(ALL_H) lj_expand.h lj_expand.cpp $(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h $(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o $(OCL) -o $@ -c lj_expand.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -194,8 +194,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj_expand.o: $(ALL_H) lj_expand.h lj_expand.cpp $(OBJ_DIR)/lj_expand $(OBJ_DIR)/lj_expand_ext.o: $(ALL_H) lj_expand.h lj_expand_ext.cpp base_atomic.h $(OCL) -o $@ -c lj_expand_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h: cg_cmm.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh cg_cmm cg_cmm.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h; +$(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h: cg_cmm.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh cg_cmm preprocessor.h cg_cmm.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h; $(OBJ_DIR)/cg_cmm.o: $(ALL_H) cg_cmm.h cg_cmm.cpp $(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h $(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o $(OCL) -o $@ -c cg_cmm.cpp -I$(OBJ_DIR) @@ -203,8 +203,8 @@ $(OBJ_DIR)/cg_cmm.o: $(ALL_H) cg_cmm.h cg_cmm.cpp $(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h $(OBJ_ $(OBJ_DIR)/cg_cmm_ext.o: $(ALL_H) cg_cmm.h cg_cmm_ext.cpp base_atomic.h $(OCL) -o $@ -c cg_cmm_ext.cpp -I$(OBJ_DIR) -$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h: cg_cmm_long.cu - $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh cg_cmm_long cg_cmm_long.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h; +$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h: cg_cmm_long.cu preprocessor.h + $(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh cg_cmm_long preprocessor.h cg_cmm_long.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h; $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.o: $(ALL_H) cg_cmm_long.h cg_cmm_long.cpp $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o $(OCL) -o $@ -c cg_cmm_long.cpp -I$(OBJ_DIR)