git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@4296 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
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sjplimp
196
src/fix_adapt.cpp
Normal file
196
src/fix_adapt.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,196 @@
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/* ----------------------------------------------------------------------
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LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
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Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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#include "string.h"
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#include "stdlib.h"
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#include "fix_adapt.h"
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#include "atom.h"
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#include "force.h"
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#include "pair.h"
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#include "input.h"
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#include "variable.h"
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#include "error.h"
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using namespace LAMMPS_NS;
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enum{PAIR,ATOM};
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enum{DIAMETER};
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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FixAdapt::FixAdapt(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) : Fix(lmp, narg, arg)
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{
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if (narg < 4) error->all("Illegal fix adapt command");
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nevery = atoi(arg[3]);
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if (nevery <= 0) error->all("Illegal fix adapt command");
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// count # of adaptations
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nadapt = 0;
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int iarg = 4;
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while (iarg < narg) {
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if (strcmp(arg[iarg],"pair") == 0) {
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if (iarg+6 > narg) error->all("Illegal fix adapt command");
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nadapt++;
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iarg += 6;
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} else if (strcmp(arg[iarg],"atom") == 0) {
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if (iarg+3 > narg) error->all("Illegal fix adapt command");
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nadapt++;
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iarg += 3;
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} else error->all("Illegal fix adapt command");
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}
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// allocate per-adapt vectors
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which = new int[nadapt];
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pair = new char*[nadapt];
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param = new char*[nadapt];
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ilo = new int[nadapt];
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ihi = new int[nadapt];
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jlo = new int[nadapt];
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jhi = new int[nadapt];
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var = new char*[nadapt];
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ivar = new int[nadapt];
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pairptr = new Pair*[nadapt];
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pairindex = new int[nadapt];
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awhich = new int[nadapt];
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// parse keywords
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nadapt = 0;
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iarg = 4;
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while (iarg < narg) {
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if (strcmp(arg[iarg],"pair") == 0) {
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if (iarg+6 > narg) error->all("Illegal fix adapt command");
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which[nadapt] = PAIR;
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int n = strlen(arg[iarg+1]) + 1;
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pair[nadapt] = new char[n];
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||||||
|
strcpy(pair[nadapt],arg[iarg+1]);
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||||||
|
n = strlen(arg[iarg+2]) + 1;
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||||||
|
param[nadapt] = new char[n];
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||||||
|
strcpy(param[nadapt],arg[iarg+2]);
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||||||
|
force->bounds(arg[iarg+3],atom->ntypes,ilo[nadapt],ihi[nadapt]);
|
||||||
|
force->bounds(arg[iarg+4],atom->ntypes,jlo[nadapt],jhi[nadapt]);
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||||||
|
n = strlen(arg[iarg+5]) + 1;
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||||||
|
var[nadapt] = new char[n];
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||||||
|
strcpy(var[nadapt],arg[iarg+5]);
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||||||
|
nadapt++;
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||||||
|
iarg += 6;
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||||||
|
} else if (strcmp(arg[iarg],"atom") == 0) {
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|
if (iarg+3 > narg) error->all("Illegal fix adapt command");
|
||||||
|
which[nadapt] = ATOM;
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|
int n = strlen(arg[iarg+1]) + 1;
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|
param[nadapt] = new char[n];
|
||||||
|
strcpy(param[nadapt],arg[iarg+1]);
|
||||||
|
n = strlen(arg[iarg+2]) + 1;
|
||||||
|
var[nadapt] = new char[n];
|
||||||
|
strcpy(var[nadapt],arg[iarg+2]);
|
||||||
|
nadapt++;
|
||||||
|
iarg += 3;
|
||||||
|
} else error->all("Illegal fix adapt command");
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|
}
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|
}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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FixAdapt::~FixAdapt()
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{
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for (int i = 0; i < nadapt; i++) {
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|
if (which[i] == PAIR) delete [] pair[i];
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delete [] param[i];
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|
delete [] var[i];
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|
}
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delete [] which;
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delete [] pair;
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delete [] param;
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|
delete [] ilo;
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delete [] ihi;
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|
delete [] jlo;
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|
delete [] jhi;
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|
delete [] var;
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|
delete [] ivar;
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|
delete [] pairptr;
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|
delete [] pairindex;
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|
delete [] awhich;
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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int FixAdapt::setmask()
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{
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int mask = 0;
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mask |= PRE_FORCE;
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return mask;
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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void FixAdapt::init()
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{
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// error checks
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for (int m = 0; m < nadapt; m++) {
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|
if (which[m] == PAIR) {
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|
pairptr[m] = force->pair_match(pair[m],1);
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||||||
|
if (pairptr[m] == NULL)
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||||||
|
error->all("Fix adapt pair style does not exist");
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|
pairindex[m] =
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|
pairptr[m]->pre_adapt(param[m],ilo[m],ihi[m],jlo[m],jhi[m]);
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|
if (pairindex[m] < 0)
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|
error->all("Fix adapt pair style is not compatible");
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||||||
|
} else if (which[m] == ATOM) {
|
||||||
|
if (strcmp(param[m],"diameter") == 0) {
|
||||||
|
awhich[m] = DIAMETER;
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||||||
|
if (!atom->radius_flag)
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|
error->all("Fix adapt requires atom attribute radius");
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|
} else error->all("Invalid fix adapt atom attribute");
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|
}
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||||||
|
ivar[m] = input->variable->find(var[m]);
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||||||
|
if (ivar[m] < 0) error->all("Variable name for fix adapt does not exist");
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|
if (!input->variable->equalstyle(ivar[m]))
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|
error->all("Variable for fix adapt is not equal style");
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|
}
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|
// set params to values for initial force calculation
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// needs to happen here in init() instead of setup()
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// because modify->setup() is called after pre-Verlet forces are computed
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pre_force(0);
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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void FixAdapt::pre_force(int vflag)
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{
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for (int m = 0; m < nadapt; m++) {
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double value = input->variable->compute_equal(ivar[m]);
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if (which[m] == PAIR)
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pairptr[m]->adapt(pairindex[m],ilo[m],ihi[m],jlo[m],jhi[m],value);
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else if (which[m] == ATOM) {
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double *radius = atom->radius;
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int *mask = atom->mask;
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int nlocal = atom->nlocal;
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|
if (awhich[m] == DIAMETER) {
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|
for (int i = 0; i < nlocal; i++)
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|
if (mask[i] & groupbit)
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|
radius[i] = 0.5*value;
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}
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}
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}
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|
}
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src/fix_adapt.h
Normal file
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src/fix_adapt.h
Normal file
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/* ----------------------------------------------------------------------
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LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
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Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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#ifdef FIX_CLASS
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FixStyle(adapt,FixAdapt)
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#else
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#ifndef LMP_FIX_ADAPT_H
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#define LMP_FIX_ADAPT_H
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#include "fix.h"
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namespace LAMMPS_NS {
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class FixAdapt : public Fix {
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public:
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FixAdapt(class LAMMPS *, int, char **);
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|
~FixAdapt();
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|
int setmask();
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|
void init();
|
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|
void pre_force(int);
|
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|
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private:
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int nadapt;
|
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|
int *which;
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|
char **pair,**param,**var;
|
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|
int *ilo,*ihi,*jlo,*jhi;
|
||||||
|
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||||||
|
int *ivar;
|
||||||
|
class Pair **pairptr;
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|
int *pairindex;
|
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|
int *awhich;
|
||||||
|
};
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}
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#endif
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#endif
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