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Steve Plimpton
@ -50,7 +50,8 @@ FixAveGrid::FixAveGrid(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
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which(nullptr), argindex(nullptr), ids(nullptr),
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which(nullptr), argindex(nullptr), ids(nullptr),
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value2index(nullptr), value2grid(nullptr), value2data(nullptr),
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value2index(nullptr), value2grid(nullptr), value2data(nullptr),
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grid2d(nullptr), grid3d(nullptr),
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grid2d(nullptr), grid3d(nullptr),
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vec2d(nullptr), array2d(nullptr), vec3d(nullptr), array3d(nullptr)
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vec2d(nullptr), array2d(nullptr), vec3d(nullptr), array3d(nullptr),
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count2d(nullptr), count3d(nullptr)
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{
|
{
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if (narg < 10) error->all(FLERR,"Illegal fix ave/grid command");
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if (narg < 10) error->all(FLERR,"Illegal fix ave/grid command");
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@ -71,21 +72,22 @@ FixAveGrid::FixAveGrid(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
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int expand = 0;
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int expand = 0;
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char **earg;
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char **earg;
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int nargnew = utils::expand_args(FLERR,nvalues,&arg[9],1,earg,lmp);
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int nargnew = utils::expand_args(FLERR,narg-9,&arg[9],1,earg,lmp);
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if (earg != &arg[9]) expand = 1;
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if (earg != &arg[9]) expand = 1;
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arg = earg;
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arg = earg;
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// parse values
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// parse values until one isn't recognized
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which = new int[nvalues];
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which = new int[nargnew];
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argindex = new int[nvalues];
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argindex = new int[nargnew];
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ids = new char*[nvalues];
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ids = new char*[nargnew];
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value2index = new int[nvalues];
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value2index = new int[nargnew];
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value2grid = new int[nvalues];
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value2grid = new int[nargnew];
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value2data = new int[nvalues];
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value2data = new int[nargnew];
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modeatom = modegrid = 0;
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modeatom = modegrid = 0;
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nvalues = 0;
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int iarg = 0;
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int iarg = 0;
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while (iarg < nargnew) {
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while (iarg < nargnew) {
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@ -152,12 +154,16 @@ FixAveGrid::FixAveGrid(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
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error->all(FLERR,"Fix ave/grid cannot use variable for grid info");
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error->all(FLERR,"Fix ave/grid cannot use variable for grid info");
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nvalues++;
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nvalues++;
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}
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// unrecognized arg (option)
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} else break;
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iarg++;
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iarg++;
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}
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}
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if (nvalues == 0) error->all(FLERR,"No values in fix ave/grid command");
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if (nvalues == 0) error->all(FLERR,"No values in fix ave/grid command");
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if (modeatom && modegrid)
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if (modeatom && modegrid)
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error->all(FLERR,"Fix ave/grid cannot operate on per-atom and "
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error->all(FLERR,"Fix ave/grid cannot operate on per-atom and "
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"per-grid values");
|
"per-grid values");
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@ -196,7 +202,8 @@ FixAveGrid::FixAveGrid(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
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}
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}
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iarg += 2;
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iarg += 2;
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if (ave == WINDOW) iarg++;
|
if (ave == WINDOW) iarg++;
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}
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||||||
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} else error->all(FLERR,"Illegal fix ave/grid command");
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}
|
}
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||||||
// if wildcard expansion occurred, free earg memory from exapnd_args()
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// if wildcard expansion occurred, free earg memory from exapnd_args()
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||||||
@ -386,29 +393,50 @@ FixAveGrid::FixAveGrid(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
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|||||||
grid2d = new Grid2d(lmp, world, nxgrid, nygrid, 0, 0.0, shift,
|
grid2d = new Grid2d(lmp, world, nxgrid, nygrid, 0, 0.0, shift,
|
||||||
nxlo_in, nxhi_in, nylo_in, nyhi_in,
|
nxlo_in, nxhi_in, nylo_in, nyhi_in,
|
||||||
nxlo_out, nxhi_out, nylo_out, nyhi_out);
|
nxlo_out, nxhi_out, nylo_out, nyhi_out);
|
||||||
|
|
||||||
|
grid2d->setup(ngrid_buf1, ngrid_buf2);
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||||||
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memory->create(grid_buf1, ngrid_buf1, "ave/grid:grid_buf1");
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||||||
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memory->create(grid_buf2, ngrid_buf2, "ave/grid:grid_buf2");
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||||||
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||||||
|
ngridout = (nxhi_out - nxlo_out + 1) * (nyhi_out - nylo_out + 1);
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||||||
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||||||
if (nvalues == 1)
|
if (nvalues == 1)
|
||||||
memory->create2d_offset(vec2d, nylo_out, nyhi_out, nxlo_out, nxhi_out,
|
memory->create2d_offset(vec2d, nylo_out, nyhi_out, nxlo_out, nxhi_out,
|
||||||
"fix_ave/grid:vec2d");
|
"ave/grid:vec2d");
|
||||||
else
|
else
|
||||||
memory->create3d_offset_last(array2d, nylo_out, nyhi_out, nxlo_out,
|
memory->create3d_offset_last(array2d, nylo_out, nyhi_out, nxlo_out,
|
||||||
nxhi_out, nvalues, "fix_ave/grid:array2d");
|
nxhi_out, nvalues, "ave/grid:array2d");
|
||||||
ngridout = (nxhi_out - nxlo_out + 1) * (nyhi_out - nylo_out + 1);
|
|
||||||
|
if (modeatom)
|
||||||
|
memory->create2d_offset(count2d, nylo_out, nyhi_out, nxlo_out, nxhi_out,
|
||||||
|
"ave/grid:count2d");
|
||||||
|
|
||||||
} else {
|
} else {
|
||||||
grid3d = new Grid3d(lmp, world, nxgrid, nygrid, nzgrid, 0, 0.0, shift,
|
grid3d = new Grid3d(lmp, world, nxgrid, nygrid, nzgrid, 0, 0.0, shift,
|
||||||
nxlo_in, nxhi_in, nylo_in, nyhi_in, nzlo_in, nzhi_in,
|
nxlo_in, nxhi_in, nylo_in, nyhi_in, nzlo_in, nzhi_in,
|
||||||
nxlo_out, nxhi_out, nylo_out, nyhi_out,
|
nxlo_out, nxhi_out, nylo_out, nyhi_out,
|
||||||
nzlo_out, nzhi_out);
|
nzlo_out, nzhi_out);
|
||||||
if (nvalues == 1)
|
|
||||||
memory->create3d_offset(vec3d, nzlo_out, nzhi_out, nylo_out,
|
grid3d->setup(ngrid_buf1, ngrid_buf2);
|
||||||
nyhi_out, nxlo_out,
|
memory->create(grid_buf1, ngrid_buf1, "ave/grid:grid_buf1");
|
||||||
nxhi_out, "fix_ave/grid:vec3d");
|
memory->create(grid_buf2, ngrid_buf2, "ave/grid:grid_buf2");
|
||||||
else
|
|
||||||
memory->create4d_offset_last(array3d, nzlo_out, nzhi_out, nylo_out,
|
|
||||||
nyhi_out, nxlo_out,
|
|
||||||
nxhi_out, nvalues, "fix_ave/grid:array3d");
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|
||||||
ngridout = (nxhi_out - nxlo_out + 1) * (nyhi_out - nylo_out + 1) *
|
ngridout = (nxhi_out - nxlo_out + 1) * (nyhi_out - nylo_out + 1) *
|
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(nzhi_out - nzlo_out + 1);
|
(nzhi_out - nzlo_out + 1);
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||||||
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|
||||||
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if (nvalues == 1)
|
||||||
|
memory->create3d_offset(vec3d, nzlo_out, nzhi_out, nylo_out,
|
||||||
|
nyhi_out, nxlo_out, nxhi_out,
|
||||||
|
"ave/grid:vec3d");
|
||||||
|
else
|
||||||
|
memory->create4d_offset_last(array3d, nzlo_out, nzhi_out, nylo_out,
|
||||||
|
nyhi_out, nxlo_out, nxhi_out, nvalues,
|
||||||
|
"ave/grid:array3d");
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||||||
|
|
||||||
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if (modeatom)
|
||||||
|
memory->create3d_offset(count3d, nzlo_out, nzhi_out, nylo_out,
|
||||||
|
nyhi_out, nxlo_out, nxhi_out,
|
||||||
|
"ave/grid:vec3d");
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
// zero the grid since dump may access it on timestep 0
|
// zero the grid since dump may access it on timestep 0
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||||||
@ -416,10 +444,14 @@ FixAveGrid::FixAveGrid(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) :
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|||||||
zero_grid();
|
zero_grid();
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// bin indices for ATOM mode
|
// bin indices for ATOM mode
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// vresult for per-atom variable evaluation
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maxatom = 0;
|
maxatom = 0;
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bin = nullptr;
|
bin = nullptr;
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||||||
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maxvar = 0;
|
||||||
|
vresult = nullptr;
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||||||
|
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||||||
// nvalid = next step on which end_of_step does something
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// nvalid = next step on which end_of_step does something
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||||||
// add nvalid to all computes that store invocation times
|
// add nvalid to all computes that store invocation times
|
||||||
// since don't know a priori which are invoked by this fix
|
// since don't know a priori which are invoked by this fix
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||||||
@ -445,11 +477,18 @@ FixAveGrid::~FixAveGrid()
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||||||
delete grid2d;
|
delete grid2d;
|
||||||
delete grid3d;
|
delete grid3d;
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memory->destroy(grid_buf1);
|
||||||
|
memory->destroy(grid_buf2);
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||||||
|
|
||||||
memory->destroy2d_offset(vec2d,nylo_out,nxlo_out);
|
memory->destroy2d_offset(vec2d,nylo_out,nxlo_out);
|
||||||
memory->destroy2d_offset(array2d,nylo_out,nxlo_out);
|
memory->destroy2d_offset(array2d,nylo_out,nxlo_out);
|
||||||
|
memory->destroy2d_offset(count2d,nylo_out,nxlo_out);
|
||||||
memory->destroy3d_offset(vec3d,nzlo_out,nylo_out,nxlo_out);
|
memory->destroy3d_offset(vec3d,nzlo_out,nylo_out,nxlo_out);
|
||||||
memory->destroy4d_offset_last(array3d,nzlo_out,nylo_out,nxlo_out);
|
memory->destroy4d_offset_last(array3d,nzlo_out,nylo_out,nxlo_out);
|
||||||
|
memory->destroy3d_offset(count3d,nzlo_out,nylo_out,nxlo_out);
|
||||||
|
|
||||||
memory->destroy(bin);
|
memory->destroy(bin);
|
||||||
|
memory->destroy(vresult);
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}
|
}
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||||||
|
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||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
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||||||
@ -549,7 +588,7 @@ void FixAveGrid::setup(int /*vflag*/)
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|
||||||
void FixAveGrid::end_of_step()
|
void FixAveGrid::end_of_step()
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{
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{
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int i,j,m,n,ix,iy,iz;
|
int m,ix,iy,iz;
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// skip if not step which requires doing something
|
// skip if not step which requires doing something
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|
|
||||||
@ -558,331 +597,29 @@ void FixAveGrid::end_of_step()
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nvalid_last = nvalid;
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nvalid_last = nvalid;
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|
|
||||||
// zero owned and ghost grid points if first step
|
// zero owned and ghost grid points if first step
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||||||
|
// zero atom count per bin for ATOM mode
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if (irepeat == 0) zero_grid();
|
if (irepeat == 0) zero_grid();
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// ATOM mode
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// accumulate per-atom attributes,computes,fixes,variables to local grid
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// compute/fix/variable may invoke computes so wrap with clear/add
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if (modeatom) {
|
if (modeatom) {
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modify->clearstep_compute();
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// bin[i][dim] = indices of bin each atom is in
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// not set if group mask does not match
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// NOTE: error check if atom out of grid bounds?
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double *boxlo = domain->boxlo;
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double dxinv = nxgrid/domain->xprd;
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double dyinv = nygrid/domain->yprd;
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||||||
double dzinv = nzgrid/domain->zprd;
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double **x = atom->x;
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|
||||||
int *mask = atom->mask;
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||||||
int nlocal = atom->nlocal;
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if (nlocal > maxatom) {
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||||||
memory->destroy(bin);
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||||||
maxatom = atom->nmax;
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||||||
memory->create(bin,maxatom,dimension,"fix_ave/grid:bin");
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||||||
}
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||||||
|
|
||||||
if (dimension == 2) {
|
if (dimension == 2) {
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
if (ngridout) memcpy(&count2d[0][0],0,ngridout*sizeof(int));
|
||||||
if (!(mask[i] & groupbit)) continue;
|
|
||||||
ix = static_cast<int> ((x[i][0]-boxlo[0])*dxinv + shift) - OFFSET;
|
|
||||||
iy = static_cast<int> ((x[i][1]-boxlo[1])*dyinv + shift) - OFFSET;
|
|
||||||
bin[i][0] = iy;
|
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||||||
bin[i][1] = ix;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
} else {
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
if (ngridout) memcpy(&count3d[0][0][0],0,ngridout*sizeof(int));
|
||||||
if (!(mask[i] & groupbit)) continue;
|
|
||||||
ix = static_cast<int> ((x[i][0]-boxlo[0])*dxinv + shift) - OFFSET;
|
|
||||||
iy = static_cast<int> ((x[i][1]-boxlo[1])*dyinv + shift) - OFFSET;
|
|
||||||
iz = static_cast<int> ((x[i][2]-boxlo[2])*dzinv + shift) - OFFSET;
|
|
||||||
bin[i][0] = iz;
|
|
||||||
bin[i][1] = iy;
|
|
||||||
bin[i][2] = ix;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
for (m = 0; m < nvalues; m++) {
|
|
||||||
n = value2index[m];
|
|
||||||
j = argindex[m];
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|
||||||
|
|
||||||
if (which[m] == ArgInfo::X) {
|
|
||||||
if (dimension == 2) {
|
|
||||||
if (nvalues == 1) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
vec2d[bin[i][0]][bin[i][1]] += x[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
array2d[bin[i][0]][bin[i][1]][m] += x[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (nvalues == 1) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
vec3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]] += x[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
array3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]][m] += x[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (which[m] == ArgInfo::V) {
|
|
||||||
double **v = atom->v;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (dimension == 2) {
|
|
||||||
if (nvalues == 1) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
vec2d[bin[i][0]][bin[i][1]] += v[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
array2d[bin[i][0]][bin[i][1]][m] += v[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (nvalues == 1) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
vec3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]] += v[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
array3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]][m] += v[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (which[m] == ArgInfo::F) {
|
|
||||||
double **f = atom->f;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (dimension == 2) {
|
|
||||||
if (nvalues == 1) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
vec2d[bin[i][0]][bin[i][1]] += f[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
array2d[bin[i][0]][bin[i][1]][m] += f[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (nvalues == 1) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
vec3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]] += f[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
array3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]][m] += f[i][j];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// per-atom compute or fix
|
|
||||||
// invoke compute if not previously invoked
|
|
||||||
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|
||||||
} else if (which[m] == ArgInfo::COMPUTE || which[m] == ArgInfo::FIX) {
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|
||||||
double *ovector,**oarray;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (which[m] == ArgInfo::COMPUTE) {
|
|
||||||
Compute *compute = modify->compute[n];
|
|
||||||
if (!(compute->invoked_flag & Compute::INVOKED_PERATOM)) {
|
|
||||||
compute->compute_peratom();
|
|
||||||
compute->invoked_flag |= Compute::INVOKED_PERATOM;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
if (j == 0) ovector = compute->vector_atom;
|
|
||||||
else oarray = compute->array_atom;
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
Fix *fix = modify->fix[n];
|
|
||||||
if (j == 0) ovector = fix->vector_atom;
|
|
||||||
else oarray = fix->array_atom;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (dimension == 2) {
|
|
||||||
if (nvalues == 1) {
|
|
||||||
if (j == 0) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
vec2d[bin[i][0]][bin[i][1]] += ovector[i];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
int jm1 = j = 1;
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
vec2d[bin[i][0]][bin[i][1]] += oarray[i][jm1];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (j == 0) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
array2d[bin[i][0]][bin[i][1]][m] += ovector[i];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
int jm1 = j - 1;
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
array2d[bin[i][0]][bin[i][1]][m] += oarray[i][jm1];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (nvalues == 1) {
|
|
||||||
if (j == 0) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
vec3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]] += ovector[i];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
int jm1 = j - 1;
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
vec3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]] += oarray[i][jm1];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (j == 0) {
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
array3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]][m] += ovector[i];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
int jm1 = j - 1;
|
|
||||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
|
||||||
if (mask[i] & groupbit)
|
|
||||||
array3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]][m] += oarray[i][jm1];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// evaluate atom-style variable
|
|
||||||
// final argument = 1 sums result to array
|
|
||||||
|
|
||||||
} else if (which[m] == ArgInfo::VARIABLE) {
|
|
||||||
/*
|
|
||||||
if (array) input->variable->compute_atom(n,igroup,&array[0][m],nvalues,1);
|
|
||||||
else input->variable->compute_atom(n,igroup,nullptr,nvalues,1);
|
|
||||||
*/
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
// GRID mode
|
// ATOM mode
|
||||||
// accumulate results of computes & fixes to local grid
|
// accumulate per-atom attributes,computes,fixes,variables to local grid
|
||||||
|
|
||||||
|
// set local per-grid values for either ATOM or GRID mode
|
||||||
|
// per-atom compute/fix/variable may invoke computes so wrap with clear/add
|
||||||
|
|
||||||
if (modegrid) {
|
if (modeatom) {
|
||||||
|
modify->clearstep_compute();
|
||||||
for (m = 0; m < nvalues; m++) {
|
atom2grid();
|
||||||
n = value2index[m];
|
} else {
|
||||||
j = argindex[m];
|
grid2grid();
|
||||||
int idata = value2data[m];
|
|
||||||
|
|
||||||
Compute *compute;
|
|
||||||
Fix *fix;
|
|
||||||
|
|
||||||
if (which[m] == ArgInfo::COMPUTE) {
|
|
||||||
compute = modify->compute[n];
|
|
||||||
if (!(compute->invoked_flag & Compute::INVOKED_PERGRID)) {
|
|
||||||
compute->compute_pergrid();
|
|
||||||
compute->invoked_flag |= Compute::INVOKED_PERGRID;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else if (which[m] == ArgInfo::FIX) fix = modify->fix[n];
|
|
||||||
|
|
||||||
if (dimension == 2) {
|
|
||||||
double **ovec2d,***oarray2d;
|
|
||||||
if (which[m] == ArgInfo::COMPUTE) {
|
|
||||||
if (j == 0)
|
|
||||||
ovec2d = (double **) compute->get_griddata_by_index(idata);
|
|
||||||
else
|
|
||||||
oarray2d = (double ***) compute->get_griddata_by_index(idata);
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (j == 0)
|
|
||||||
ovec2d = (double **) fix->get_griddata_by_index(idata);
|
|
||||||
else
|
|
||||||
oarray2d = (double ***) fix->get_griddata_by_index(idata);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (nvalues == 1) {
|
|
||||||
if (j == 0) {
|
|
||||||
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
|
||||||
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
|
||||||
vec2d[iy][ix] += ovec2d[iy][ix];
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
int jm1 = j - 1;
|
|
||||||
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
|
||||||
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
|
||||||
vec2d[iy][ix] += oarray2d[iy][ix][jm1];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (j == 0) {
|
|
||||||
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
|
||||||
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
|
||||||
array2d[iy][ix][m] += ovec2d[iy][ix];
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
int jm1 = j - 1;
|
|
||||||
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
|
||||||
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
|
||||||
array2d[iy][ix][m] += oarray2d[iy][ix][jm1];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
double ***ovec3d,****oarray3d;
|
|
||||||
if (which[m] == ArgInfo::COMPUTE) {
|
|
||||||
if (j == 0)
|
|
||||||
ovec3d = (double ***) compute->get_griddata_by_index(idata);
|
|
||||||
else
|
|
||||||
oarray3d = (double ****) compute->get_griddata_by_index(idata);
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (j == 0)
|
|
||||||
ovec3d = (double ***) fix->get_griddata_by_index(idata);
|
|
||||||
else
|
|
||||||
oarray3d = (double ****) fix->get_griddata_by_index(idata);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (nvalues == 1) {
|
|
||||||
if (j == 0) {
|
|
||||||
for (iz = nzlo_in; iz <= nzhi_in; iz++)
|
|
||||||
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
|
||||||
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
|
||||||
vec3d[iz][iy][ix] += ovec3d[iz][iy][ix];
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
int jm1 = j - 1;
|
|
||||||
for (iz = nzlo_in; iz <= nzhi_in; iz++)
|
|
||||||
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
|
||||||
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
|
||||||
vec3d[iz][iy][ix] += oarray3d[iz][iy][ix][jm1];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
if (j == 0) {
|
|
||||||
for (iz = nzlo_in; iz <= nzhi_in; iz++)
|
|
||||||
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
|
||||||
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
|
||||||
array3d[iz][iy][ix][m] += ovec3d[iz][iy][ix];
|
|
||||||
} else {
|
|
||||||
int jm1 = j - 1;
|
|
||||||
for (iz = nzlo_in; iz <= nzhi_in; iz++)
|
|
||||||
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
|
||||||
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
|
||||||
array3d[iz][iy][ix][m] += oarray3d[iz][iy][ix][jm1];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
// done if irepeat < nrepeat
|
// done if irepeat < nrepeat
|
||||||
@ -899,14 +636,21 @@ void FixAveGrid::end_of_step()
|
|||||||
nvalid = ntimestep+peratom_freq - ((bigint) nrepeat-1)*nevery;
|
nvalid = ntimestep+peratom_freq - ((bigint) nrepeat-1)*nevery;
|
||||||
if (modeatom) modify->addstep_compute(nvalid);
|
if (modeatom) modify->addstep_compute(nvalid);
|
||||||
|
|
||||||
|
// ghost to owned grid communication for atom mode
|
||||||
|
// NOTE: still need to implement pack/unpack methods
|
||||||
|
|
||||||
|
if (modeatom) {
|
||||||
|
if (dimension == 2)
|
||||||
|
grid2d->reverse_comm(Grid2d::FIX,this,1,sizeof(double),0,
|
||||||
|
grid_buf1,grid_buf2,MPI_DOUBLE);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
grid3d->reverse_comm(Grid3d::FIX,this,1,sizeof(double),0,
|
||||||
|
grid_buf1,grid_buf2,MPI_DOUBLE);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
// just return if this proc owns no grid points
|
// just return if this proc owns no grid points
|
||||||
|
|
||||||
if (ngridout == 0) return;
|
if (ngridout == 0) return;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// NOTE: need to do comm for atom mode ?
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// average the final result for the Nfreq timestep
|
// average the final result for the Nfreq timestep
|
||||||
// just loop over owned grid points
|
// just loop over owned grid points
|
||||||
@ -940,6 +684,299 @@ void FixAveGrid::end_of_step()
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
sum per-atom contributions to owned+ghost grid cells
|
||||||
|
sets one of vec2d,array2d,vec3d,array3d
|
||||||
|
also set count2d or count3d for atom count per bin
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
void FixAveGrid::atom2grid()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
int i,j,k,m,n,ix,iy,iz;
|
||||||
|
|
||||||
|
// bin[i][dim] = indices of bin each atom is in
|
||||||
|
// not set if group mask does not match
|
||||||
|
// also count atoms contributing to each bin
|
||||||
|
|
||||||
|
// NOTE: error check if any atom out of grid bounds?
|
||||||
|
|
||||||
|
double *boxlo = domain->boxlo;
|
||||||
|
double dxinv = nxgrid/domain->xprd;
|
||||||
|
double dyinv = nygrid/domain->yprd;
|
||||||
|
double dzinv = nzgrid/domain->zprd;
|
||||||
|
|
||||||
|
double **x = atom->x;
|
||||||
|
int *mask = atom->mask;
|
||||||
|
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (nlocal > maxatom) {
|
||||||
|
memory->destroy(bin);
|
||||||
|
maxatom = atom->nmax;
|
||||||
|
memory->create(bin,maxatom,dimension,"ave/grid:bin");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (dimension == 2) {
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (!(mask[i] & groupbit)) continue;
|
||||||
|
ix = static_cast<int> ((x[i][0]-boxlo[0])*dxinv + shift) - OFFSET;
|
||||||
|
iy = static_cast<int> ((x[i][1]-boxlo[1])*dyinv + shift) - OFFSET;
|
||||||
|
count2d[iy][ix]++;
|
||||||
|
bin[i][0] = iy;
|
||||||
|
bin[i][1] = ix;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (!(mask[i] & groupbit)) continue;
|
||||||
|
ix = static_cast<int> ((x[i][0]-boxlo[0])*dxinv + shift) - OFFSET;
|
||||||
|
iy = static_cast<int> ((x[i][1]-boxlo[1])*dyinv + shift) - OFFSET;
|
||||||
|
iz = static_cast<int> ((x[i][2]-boxlo[2])*dzinv + shift) - OFFSET;
|
||||||
|
count3d[iz][iy][ix]++;
|
||||||
|
bin[i][0] = iz;
|
||||||
|
bin[i][1] = iy;
|
||||||
|
bin[i][2] = ix;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// loop over user-specified values
|
||||||
|
|
||||||
|
for (m = 0; m < nvalues; m++) {
|
||||||
|
n = value2index[m];
|
||||||
|
j = argindex[m];
|
||||||
|
|
||||||
|
if (which[m] == ArgInfo::X || which[m] == ArgInfo::V ||
|
||||||
|
which[m] == ArgInfo::F) {
|
||||||
|
double **attribute;
|
||||||
|
if (which[m] == ArgInfo::X) attribute = atom->x;
|
||||||
|
else if (which[m] == ArgInfo::V) attribute = atom->v;
|
||||||
|
else if (which[m] == ArgInfo::F) attribute = atom->f;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (dimension == 2) {
|
||||||
|
if (nvalues == 1) {
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
vec2d[bin[i][0]][bin[i][1]] += attribute[i][j];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
array2d[bin[i][0]][bin[i][1]][m] += attribute[i][j];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (nvalues == 1) {
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
vec3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]] += attribute[i][j];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
array3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]][m] += attribute[i][j];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// per-atom compute or fix or variable
|
||||||
|
// invoke compute if not previously invoked
|
||||||
|
// evaluate atom-style variable
|
||||||
|
|
||||||
|
} else if (which[m] == ArgInfo::COMPUTE || which[m] == ArgInfo::FIX ||
|
||||||
|
which[m] == ArgInfo::VARIABLE) {
|
||||||
|
double *ovector,**oarray;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (which[m] == ArgInfo::COMPUTE) {
|
||||||
|
Compute *compute = modify->compute[n];
|
||||||
|
if (!(compute->invoked_flag & Compute::INVOKED_PERATOM)) {
|
||||||
|
compute->compute_peratom();
|
||||||
|
compute->invoked_flag |= Compute::INVOKED_PERATOM;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (j == 0) ovector = compute->vector_atom;
|
||||||
|
else oarray = compute->array_atom;
|
||||||
|
|
||||||
|
} else if (which[m] == ArgInfo::FIX) {
|
||||||
|
Fix *fix = modify->fix[n];
|
||||||
|
if (j == 0) ovector = fix->vector_atom;
|
||||||
|
else oarray = fix->array_atom;
|
||||||
|
} else if (which[m] == ArgInfo::VARIABLE) {
|
||||||
|
if (nlocal > maxvar) {
|
||||||
|
memory->destroy(vresult);
|
||||||
|
maxvar = atom->nmax;
|
||||||
|
memory->create(vresult,maxvar,"ave/grid:vresult");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
input->variable->compute_atom(n,igroup,vresult,1,0);
|
||||||
|
ovector = vresult;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (dimension == 2) {
|
||||||
|
if (nvalues == 1) {
|
||||||
|
if (j == 0) {
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
vec2d[bin[i][0]][bin[i][1]] += ovector[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
int jm1 = j = 1;
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
vec2d[bin[i][0]][bin[i][1]] += oarray[i][jm1];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (j == 0) {
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
array2d[bin[i][0]][bin[i][1]][m] += ovector[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
int jm1 = j - 1;
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
array2d[bin[i][0]][bin[i][1]][m] += oarray[i][jm1];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (nvalues == 1) {
|
||||||
|
if (j == 0) {
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
vec3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]] += ovector[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
int jm1 = j - 1;
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
vec3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]] += oarray[i][jm1];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (j == 0) {
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
array3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]][m] += ovector[i];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
int jm1 = j - 1;
|
||||||
|
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||||
|
if (mask[i] & groupbit)
|
||||||
|
array3d[bin[i][0]][bin[i][1]][bin[i][2]][m] += oarray[i][jm1];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
copy per-grid values from other computes/fixes to owned grid cells
|
||||||
|
sets one of vec2d,array2d,vec3d,array3d
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
void FixAveGrid::grid2grid()
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||||||
|
{
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||||||
|
int j,m,n,ix,iy,iz;
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||||||
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||||||
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// loop over user-specified values
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||||||
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|
||||||
|
for (m = 0; m < nvalues; m++) {
|
||||||
|
n = value2index[m];
|
||||||
|
j = argindex[m];
|
||||||
|
int idata = value2data[m];
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||||||
|
|
||||||
|
Compute *compute;
|
||||||
|
Fix *fix;
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||||||
|
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||||||
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if (which[m] == ArgInfo::COMPUTE) {
|
||||||
|
compute = modify->compute[n];
|
||||||
|
if (!(compute->invoked_flag & Compute::INVOKED_PERGRID)) {
|
||||||
|
compute->compute_pergrid();
|
||||||
|
compute->invoked_flag |= Compute::INVOKED_PERGRID;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else if (which[m] == ArgInfo::FIX) fix = modify->fix[n];
|
||||||
|
|
||||||
|
if (dimension == 2) {
|
||||||
|
double **ovec2d,***oarray2d;
|
||||||
|
if (which[m] == ArgInfo::COMPUTE) {
|
||||||
|
if (j == 0)
|
||||||
|
ovec2d = (double **) compute->get_griddata_by_index(idata);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
oarray2d = (double ***) compute->get_griddata_by_index(idata);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (j == 0)
|
||||||
|
ovec2d = (double **) fix->get_griddata_by_index(idata);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
oarray2d = (double ***) fix->get_griddata_by_index(idata);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (nvalues == 1) {
|
||||||
|
if (j == 0) {
|
||||||
|
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
||||||
|
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
||||||
|
vec2d[iy][ix] += ovec2d[iy][ix];
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
int jm1 = j - 1;
|
||||||
|
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
||||||
|
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
||||||
|
vec2d[iy][ix] += oarray2d[iy][ix][jm1];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (j == 0) {
|
||||||
|
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
||||||
|
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
||||||
|
array2d[iy][ix][m] += ovec2d[iy][ix];
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
int jm1 = j - 1;
|
||||||
|
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
||||||
|
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
||||||
|
array2d[iy][ix][m] += oarray2d[iy][ix][jm1];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
double ***ovec3d,****oarray3d;
|
||||||
|
if (which[m] == ArgInfo::COMPUTE) {
|
||||||
|
if (j == 0)
|
||||||
|
ovec3d = (double ***) compute->get_griddata_by_index(idata);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
oarray3d = (double ****) compute->get_griddata_by_index(idata);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (j == 0)
|
||||||
|
ovec3d = (double ***) fix->get_griddata_by_index(idata);
|
||||||
|
else
|
||||||
|
oarray3d = (double ****) fix->get_griddata_by_index(idata);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (nvalues == 1) {
|
||||||
|
if (j == 0) {
|
||||||
|
for (iz = nzlo_in; iz <= nzhi_in; iz++)
|
||||||
|
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
||||||
|
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
||||||
|
vec3d[iz][iy][ix] += ovec3d[iz][iy][ix];
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
int jm1 = j - 1;
|
||||||
|
for (iz = nzlo_in; iz <= nzhi_in; iz++)
|
||||||
|
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
||||||
|
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
||||||
|
vec3d[iz][iy][ix] += oarray3d[iz][iy][ix][jm1];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (j == 0) {
|
||||||
|
for (iz = nzlo_in; iz <= nzhi_in; iz++)
|
||||||
|
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
||||||
|
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
||||||
|
array3d[iz][iy][ix][m] += ovec3d[iz][iy][ix];
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
int jm1 = j - 1;
|
||||||
|
for (iz = nzlo_in; iz <= nzhi_in; iz++)
|
||||||
|
for (iy = nylo_in; iy <= nyhi_in; iy++)
|
||||||
|
for (ix = nxlo_in; ix <= nxhi_in; ix++)
|
||||||
|
array3d[iz][iy][ix][m] += oarray3d[iz][iy][ix][jm1];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
zero grid values incluing ghost cells
|
zero grid values incluing ghost cells
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
@ -1036,6 +1073,7 @@ void *FixAveGrid::get_griddata_by_index(int index)
|
|||||||
|
|
||||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
memory usage of local atom-based array
|
memory usage of local atom-based array
|
||||||
|
NOTE: add more memory tallying
|
||||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
double FixAveGrid::memory_usage()
|
double FixAveGrid::memory_usage()
|
||||||
|
|||||||
@ -53,6 +53,8 @@ class FixAveGrid : public Fix {
|
|||||||
|
|
||||||
class Grid2d *grid2d;
|
class Grid2d *grid2d;
|
||||||
class Grid3d *grid3d;
|
class Grid3d *grid3d;
|
||||||
|
int ngrid_buf1, ngrid_buf2;
|
||||||
|
double *grid_buf1, *grid_buf2;
|
||||||
|
|
||||||
int nxlo_in,nxhi_in,nylo_in,nyhi_in,nzlo_in,nzhi_in;
|
int nxlo_in,nxhi_in,nylo_in,nyhi_in,nzlo_in,nzhi_in;
|
||||||
int nxlo_out,nxhi_out,nylo_out,nyhi_out,nzlo_out,nzhi_out;
|
int nxlo_out,nxhi_out,nylo_out,nyhi_out,nzlo_out,nzhi_out;
|
||||||
@ -61,10 +63,16 @@ class FixAveGrid : public Fix {
|
|||||||
|
|
||||||
double **vec2d,***vec3d;
|
double **vec2d,***vec3d;
|
||||||
double ***array2d,****array3d;
|
double ***array2d,****array3d;
|
||||||
|
int **count2d,***count3d;
|
||||||
|
|
||||||
int **bin;
|
int **bin;
|
||||||
int maxatom;
|
int maxatom;
|
||||||
|
|
||||||
|
double *vresult;
|
||||||
|
int maxvar;
|
||||||
|
|
||||||
|
void atom2grid();
|
||||||
|
void grid2grid();
|
||||||
void zero_grid();
|
void zero_grid();
|
||||||
bigint nextvalid();
|
bigint nextvalid();
|
||||||
};
|
};
|
||||||
|
|||||||
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