add minimal framework for pair style hybrid/scaled
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Axel Kohlmeyer
201
src/pair_hybrid_scaled.cpp
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201
src/pair_hybrid_scaled.cpp
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/* ----------------------------------------------------------------------
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LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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https://lammps.sandia.gov/, Sandia National Laboratories
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Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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#include "pair_hybrid_scaled.h"
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#include "atom.h"
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#include "error.h"
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#include "memory.h"
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#include <cstring>
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using namespace LAMMPS_NS;
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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PairHybridScaled::PairHybridScaled(LAMMPS *lmp) :
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PairHybrid(lmp), fsum(nullptr),
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scaleval(nullptr), scaleidx(nullptr), scalevar(nullptr)
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{
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nscalevar = 0;
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nmaxfsum = -1;
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}
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/* ---------------------------------------------------------------------- */
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PairHybridScaled::~PairHybridScaled()
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{
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for (int i=0; i < nscalevar; ++i)
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delete[] scalevar[i];
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delete[] scalevar;
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if (nmaxfsum > 0)
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memory->destroy(fsum);
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if (allocated) {
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memory->destroy(scaleval);
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memory->destroy(scaleidx);
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}
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}
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/* ----------------------------------------------------------------------
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allocate all arrays
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------------------------------------------------------------------------- */
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void PairHybridScaled::allocate()
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{
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PairHybrid::allocate();
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const int n = atom->ntypes;
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memory->create(scaleval,n+1,n+1,"pair:scaleval");
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memory->create(scaleidx,n+1,n+1,"pair:scaleidx");
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for (int i = 1; i <= n; i++) {
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for (int j = i; j <= n; j++) {
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scaleval[i][j] = 0.0;
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scaleidx[i][j] = -1;
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}
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}
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}
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/* ----------------------------------------------------------------------
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set coeffs for one or more type pairs
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------------------------------------------------------------------------- */
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void PairHybridScaled::coeff(int narg, char **arg)
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{
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if (narg < 3) error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
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if (!allocated) allocate();
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int ilo,ihi,jlo,jhi;
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utils::bounds(FLERR,arg[0],1,atom->ntypes,ilo,ihi,error);
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utils::bounds(FLERR,arg[1],1,atom->ntypes,jlo,jhi,error);
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// 3rd arg = scale factor for sub-style, must be either
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// a constant or equal stye or compatible variable
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double scale = utils::numeric(FLERR,arg[2],false,lmp);
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// 4th arg = pair sub-style name
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// 5th arg = pair sub-style index if name used multiple times
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//
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// allow for "none" as valid sub-style name
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int multflag;
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int m;
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for (m = 0; m < nstyles; m++) {
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multflag = 0;
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if (strcmp(arg[3],keywords[m]) == 0) {
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||||||
|
if (multiple[m]) {
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||||||
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multflag = 1;
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||||||
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if (narg < 5) error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
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||||||
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if (multiple[m] == utils::inumeric(FLERR,arg[4],false,lmp)) break;
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else continue;
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} else break;
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}
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}
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int none = 0;
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if (m == nstyles) {
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||||||
|
if (strcmp(arg[3],"none") == 0) none = 1;
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else error->all(FLERR,"Pair coeff for hybrid has invalid style");
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}
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// move 1st/2nd args to 3rd/4th args
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// if multflag: move 1st/2nd args to 4th/5th args
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// just copy ptrs, since arg[] points into original input line
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arg[3+multflag] = arg[1];
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arg[2+multflag] = arg[0];
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// invoke sub-style coeff() starting with 1st remaining arg
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if (!none) styles[m]->coeff(narg-2-multflag,arg+2+multflag);
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// set setflag and which type pairs map to which sub-style
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// if sub-style is none: set hybrid subflag, wipe out map
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// else: set hybrid setflag & map only if substyle setflag is set
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// if sub-style is new for type pair, add as multiple mapping
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// if sub-style exists for type pair, don't add, just update coeffs
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int count = 0;
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for (int i = ilo; i <= ihi; i++) {
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|
for (int j = MAX(jlo,i); j <= jhi; j++) {
|
||||||
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if (none) {
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||||||
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setflag[i][j] = 1;
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||||||
|
nmap[i][j] = 0;
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count++;
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||||||
|
} else if (styles[m]->setflag[i][j]) {
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|
int k;
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for (k = 0; k < nmap[i][j]; k++)
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||||||
|
if (map[i][j][k] == m) break;
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||||||
|
if (k == nmap[i][j]) map[i][j][nmap[i][j]++] = m;
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||||||
|
setflag[i][j] = 1;
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||||||
|
scaleval[i][j] = scale;
|
||||||
|
scaleidx[i][j] = -1;
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|
count++;
|
||||||
|
}
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||||||
|
}
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|
}
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|
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||||||
|
if (count == 0) error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
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}
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/* ----------------------------------------------------------------------
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we need to handle Pair::svector special for hybrid/scaled
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------------------------------------------------------------------------- */
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void PairHybridScaled::init_svector()
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{
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// single_extra = list all sub-style single_extra
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// allocate svector
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single_extra = 0;
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for (int m = 0; m < nstyles; m++)
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|
single_extra += styles[m]->single_extra;
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||||||
|
if (single_extra) {
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|
delete [] svector;
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||||||
|
svector = new double[single_extra];
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}
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|
}
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/* ----------------------------------------------------------------------
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|
we need to handle Pair::svector special for hybrid/scaled
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------------------------------------------------------------------------- */
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void PairHybridScaled::copy_svector(int itype, int jtype)
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{
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int n=0;
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Pair *this_style;
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// fill svector array.
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|
// copy data from active styles and use 0.0 for inactive ones
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|
for (int m = 0; m < nstyles; m++) {
|
||||||
|
for (int k = 0; k < nmap[itype][jtype]; ++k) {
|
||||||
|
if (m == map[itype][jtype][k]) {
|
||||||
|
this_style = styles[m];
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
this_style = nullptr;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
for (int l = 0; l < styles[m]->single_extra; ++l) {
|
||||||
|
if (this_style) {
|
||||||
|
svector[n++] = this_style->svector[l];
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
svector[n++] = 0.0;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
63
src/pair_hybrid_scaled.h
Normal file
63
src/pair_hybrid_scaled.h
Normal file
@ -0,0 +1,63 @@
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/* -*- c++ -*- ----------------------------------------------------------
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LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
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Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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#ifdef PAIR_CLASS
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PairStyle(hybrid/scaled,PairHybridScaled)
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#else
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#ifndef LMP_PAIR_HYBRID_SCALED_H
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#define LMP_PAIR_HYBRID_SCALED_H
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#include "pair_hybrid.h"
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namespace LAMMPS_NS {
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class PairHybridScaled : public PairHybrid {
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public:
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PairHybridScaled(class LAMMPS *);
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virtual ~PairHybridScaled();
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|
void coeff(int, char **);
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|
//void compute(int, int);
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|
void init_svector();
|
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|
void copy_svector(int,int);
|
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|
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|
protected:
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double **fsum;
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|
double **scaleval;
|
||||||
|
int **scaleidx;
|
||||||
|
char **scalevar;
|
||||||
|
int nscalevar;
|
||||||
|
int nmaxfsum;
|
||||||
|
|
||||||
|
void allocate();
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
#endif
|
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|
/* ERROR/WARNING messages:
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E: Incorrect args for pair coefficients
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Self-explanatory. Check the input script or data file.
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E: Pair coeff for hybrid has invalid style
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Style in pair coeff must have been listed in pair_style command.
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*/
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Reference in New Issue
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