git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15235 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
This commit is contained in:
sjplimp
@ -28,8 +28,8 @@ namespace LAMMPS_NS {
|
||||
class FixShearHistory : public Fix {
|
||||
friend class Neighbor;
|
||||
friend class PairGranHookeHistory;
|
||||
friend class PairGranLine;
|
||||
friend class PairGranTri;
|
||||
friend class PairLineGranHooke;
|
||||
friend class PairTriGranHooke;
|
||||
|
||||
public:
|
||||
FixShearHistory(class LAMMPS *, int, char **);
|
||||
|
||||
209
src/neighbor.cpp
209
src/neighbor.cpp
@ -24,6 +24,8 @@
|
||||
#include "neigh_request.h"
|
||||
#include "atom.h"
|
||||
#include "atom_vec.h"
|
||||
#include "atom_vec_line.h"
|
||||
#include "atom_vec_tri.h"
|
||||
#include "comm.h"
|
||||
#include "force.h"
|
||||
#include "pair.h"
|
||||
@ -35,6 +37,7 @@
|
||||
#include "update.h"
|
||||
#include "respa.h"
|
||||
#include "output.h"
|
||||
#include "math_extra.h"
|
||||
#include "citeme.h"
|
||||
#include "memory.h"
|
||||
#include "error.h"
|
||||
@ -95,6 +98,8 @@ Neighbor::Neighbor(LAMMPS *lmp) : Pointers(lmp)
|
||||
|
||||
maxhold = 0;
|
||||
xhold = NULL;
|
||||
line_hold = NULL;
|
||||
tri_hold = NULL;
|
||||
lastcall = -1;
|
||||
|
||||
// binning
|
||||
@ -180,6 +185,8 @@ Neighbor::~Neighbor()
|
||||
delete [] fixchecklist;
|
||||
|
||||
memory->destroy(xhold);
|
||||
memory->destroy(line_hold);
|
||||
memory->destroy(tri_hold);
|
||||
|
||||
memory->destroy(binhead);
|
||||
memory->destroy(bins);
|
||||
@ -241,6 +248,15 @@ void Neighbor::init()
|
||||
// ------------------------------------------------------------------
|
||||
// settings
|
||||
|
||||
// linetri_flag = 1/2 if atom style allows for lines/tris
|
||||
|
||||
avec_line = (AtomVecLine *) atom->style_match("line");
|
||||
avec_tri = (AtomVecTri *) atom->style_match("tri");
|
||||
|
||||
linetri_flag = 0;
|
||||
if (avec_line) linetri_flag = 1;
|
||||
if (avec_tri) linetri_flag = 2;
|
||||
|
||||
// bbox lo/hi = bounding box of entire domain, stored by Domain
|
||||
|
||||
if (triclinic == 0) {
|
||||
@ -379,6 +395,14 @@ void Neighbor::init()
|
||||
memory->destroy(xhold);
|
||||
maxhold = 0;
|
||||
xhold = NULL;
|
||||
|
||||
if (linetri_flag == 1) {
|
||||
memory->destroy(line_hold);
|
||||
line_hold = NULL;
|
||||
} else if (linetri_flag == 2) {
|
||||
memory->destroy(tri_hold);
|
||||
tri_hold = NULL;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (style == NSQ) {
|
||||
@ -389,6 +413,7 @@ void Neighbor::init()
|
||||
bins = NULL;
|
||||
|
||||
// for USER-DPD Shardlow Splitting Algorithm (SSA)
|
||||
|
||||
memory->destroy(bins_ssa);
|
||||
memory->destroy(binhead_ssa);
|
||||
memory->destroy(gbinhead_ssa);
|
||||
@ -399,11 +424,18 @@ void Neighbor::init()
|
||||
}
|
||||
|
||||
// 1st time allocation of xhold and bins
|
||||
// also line/tri hold if linetri_flag is set
|
||||
|
||||
if (dist_check) {
|
||||
if (maxhold == 0) {
|
||||
maxhold = atom->nmax;
|
||||
memory->create(xhold,maxhold,3,"neigh:xhold");
|
||||
if (linetri_flag) {
|
||||
if (linetri_flag == 1)
|
||||
memory->create(line_hold,maxhold,4,"neigh:line_hold");
|
||||
else
|
||||
memory->create(tri_hold,maxhold,9,"neigh:tri_hold");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -1505,12 +1537,25 @@ int Neighbor::check_distance()
|
||||
if (includegroup) nlocal = atom->nfirst;
|
||||
|
||||
int flag = 0;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
delx = x[i][0] - xhold[i][0];
|
||||
dely = x[i][1] - xhold[i][1];
|
||||
delz = x[i][2] - xhold[i][2];
|
||||
rsq = delx*delx + dely*dely + delz*delz;
|
||||
if (rsq > deltasq) flag = 1;
|
||||
if (rsq > deltasq) {
|
||||
flag = 1;
|
||||
break;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
// if line or tri particles:
|
||||
// also check distance moved by corner pts
|
||||
// since rotation could mean corners move when x coord does not
|
||||
|
||||
if (!flag && linetri_flag) {
|
||||
if (linetri_flag == 1) flag = check_distance_line(deltasq);
|
||||
else flag = check_distance_tri(deltasq);
|
||||
}
|
||||
|
||||
int flagall;
|
||||
@ -1519,10 +1564,154 @@ int Neighbor::check_distance()
|
||||
return flagall;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
if any line end pt moved deltasq, return 1
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int Neighbor::check_distance_line(double deltasq)
|
||||
{
|
||||
double length,theta,dx,dy,rsq;
|
||||
double endpts[4];
|
||||
|
||||
AtomVecLine::Bonus *bonus = avec_line->bonus;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *line = atom->line;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
if (line[i] < 0) continue;
|
||||
length = bonus[line[i]].length;
|
||||
theta = bonus[line[i]].theta;
|
||||
dx = 0.5*length*cos(theta);
|
||||
dy = 0.5*length*sin(theta);
|
||||
endpts[0] = x[i][0] - dx;
|
||||
endpts[1] = x[i][1] - dy;
|
||||
endpts[2] = x[i][0] + dx;
|
||||
endpts[3] = x[i][1] + dy;
|
||||
|
||||
dx = endpts[0] - line_hold[i][0];
|
||||
dy = endpts[1] - line_hold[i][1];
|
||||
rsq = dx*dx + dy*dy;
|
||||
if (rsq > deltasq) return 1;
|
||||
|
||||
dx = endpts[2] - line_hold[i][2];
|
||||
dy = endpts[3] - line_hold[i][3];
|
||||
rsq = dx*dx + dy*dy;
|
||||
if (rsq > deltasq) return 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
compute and store current line end pts in line_hold
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void Neighbor::calculate_endpts()
|
||||
{
|
||||
double length,theta,dx,dy;
|
||||
double *endpt;
|
||||
|
||||
AtomVecLine::Bonus *bonus = avec_line->bonus;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *line = atom->line;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
if (line[i] < 0) continue;
|
||||
endpt = line_hold[i];
|
||||
length = bonus[line[i]].length;
|
||||
theta = bonus[line[i]].theta;
|
||||
dx = 0.5*length*cos(theta);
|
||||
dy = 0.5*length*sin(theta);
|
||||
endpt[0] = x[i][0] - dx;
|
||||
endpt[1] = x[i][1] - dy;
|
||||
endpt[2] = x[i][0] + dx;
|
||||
endpt[3] = x[i][1] + dy;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
if any tri corner pt moved deltasq, return 1
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
int Neighbor::check_distance_tri(double deltasq)
|
||||
{
|
||||
int ibonus;
|
||||
double dx,dy,dz,rsq;
|
||||
double p[3][3],corner[9];
|
||||
|
||||
AtomVecTri::Bonus *bonus = avec_tri->bonus;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *tri = atom->tri;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
if (tri[i] < 0) continue;
|
||||
ibonus = tri[i];
|
||||
MathExtra::quat_to_mat(bonus[ibonus].quat,p);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c1,&corner[0]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[0],&corner[0]);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c2,&corner[3]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[3],&corner[3]);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c3,&corner[6]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[6],&corner[6]);
|
||||
|
||||
dx = corner[0] - tri_hold[i][0];
|
||||
dy = corner[1] - tri_hold[i][1];
|
||||
dz = corner[2] - tri_hold[i][2];
|
||||
rsq = dx*dx + dy*dy + dz*dz;
|
||||
if (rsq > deltasq) return 1;
|
||||
|
||||
dx = corner[3] - tri_hold[i][3];
|
||||
dy = corner[4] - tri_hold[i][4];
|
||||
dz = corner[5] - tri_hold[i][5];
|
||||
rsq = dx*dx + dy*dy + dz*dz;
|
||||
if (rsq > deltasq) return 1;
|
||||
|
||||
dx = corner[6] - tri_hold[i][6];
|
||||
dy = corner[7] - tri_hold[i][7];
|
||||
dz = corner[8] - tri_hold[i][8];
|
||||
rsq = dx*dx + dy*dy + dz*dz;
|
||||
if (rsq > deltasq) return 1;
|
||||
}
|
||||
|
||||
return 0;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
compute and store current tri corner pts in tri_hold
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void Neighbor::calculate_corners()
|
||||
{
|
||||
int ibonus;
|
||||
double p[3][3];
|
||||
double *corner;
|
||||
|
||||
AtomVecTri::Bonus *bonus = avec_tri->bonus;
|
||||
double **x = atom->x;
|
||||
int *tri = atom->tri;
|
||||
int nlocal = atom->nlocal;
|
||||
|
||||
for (int i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
if (tri[i] < 0) continue;
|
||||
ibonus = tri[i];
|
||||
corner = tri_hold[i];
|
||||
MathExtra::quat_to_mat(bonus[ibonus].quat,p);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c1,&corner[0]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[0],&corner[0]);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c2,&corner[3]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[3],&corner[3]);
|
||||
MathExtra::matvec(p,bonus[ibonus].c3,&corner[6]);
|
||||
MathExtra::add3(x[i],&corner[6],&corner[6]);
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
build perpetual neighbor lists
|
||||
called at setup and every few timesteps during run or minimization
|
||||
topology lists also built if topoflag = 1, USER-CUDA calls with topoflag = 0
|
||||
topology lists also built if topoflag = 1, USER-CUDA called with tflag = 0
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void Neighbor::build(int topoflag)
|
||||
@ -1543,12 +1732,25 @@ void Neighbor::build(int topoflag)
|
||||
maxhold = atom->nmax;
|
||||
memory->destroy(xhold);
|
||||
memory->create(xhold,maxhold,3,"neigh:xhold");
|
||||
if (linetri_flag) {
|
||||
if (linetri_flag == 1) {
|
||||
memory->destroy(line_hold);
|
||||
memory->create(line_hold,maxhold,4,"neigh:line_hold");
|
||||
} else {
|
||||
memory->destroy(tri_hold);
|
||||
memory->create(tri_hold,maxhold,4,"neigh:tri_hold");
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
for (i = 0; i < nlocal; i++) {
|
||||
xhold[i][0] = x[i][0];
|
||||
xhold[i][1] = x[i][1];
|
||||
xhold[i][2] = x[i][2];
|
||||
}
|
||||
if (linetri_flag) {
|
||||
if (linetri_flag == 1) calculate_endpts();
|
||||
else calculate_corners();
|
||||
}
|
||||
if (boxcheck) {
|
||||
if (triclinic == 0) {
|
||||
boxlo_hold[0] = bboxlo[0];
|
||||
@ -2204,6 +2406,8 @@ bigint Neighbor::memory_usage()
|
||||
{
|
||||
bigint bytes = 0;
|
||||
bytes += memory->usage(xhold,maxhold,3);
|
||||
if (linetri_flag == 1) bytes += memory->usage(line_hold,maxhold,4);
|
||||
if (linetri_flag == 2) bytes += memory->usage(tri_hold,maxhold,9);
|
||||
|
||||
if (style != NSQ) {
|
||||
bytes += memory->usage(bins,maxbin);
|
||||
@ -2232,4 +2436,3 @@ int Neighbor::exclude_setting()
|
||||
{
|
||||
return exclude;
|
||||
}
|
||||
|
||||
|
||||
@ -116,6 +116,12 @@ class Neighbor : protected Pointers {
|
||||
double boxlo_hold[3],boxhi_hold[3]; // box size at last neighbor build
|
||||
double corners_hold[8][3]; // box corners at last neighbor build
|
||||
|
||||
int linetri_flag; // 1 if lines exist, 2 if tris exist
|
||||
double **line_hold; // line corner pts at last neighbor build
|
||||
double **tri_hold; // tri corner pts at last neighbor build
|
||||
class AtomVecLine *avec_line; // used to extract line info
|
||||
class AtomVecTri *avec_tri; // used to extract tri info
|
||||
|
||||
int binatomflag; // bin atoms or not when build neigh list
|
||||
// turned off by build_one()
|
||||
|
||||
@ -184,6 +190,11 @@ class Neighbor : protected Pointers {
|
||||
|
||||
// methods
|
||||
|
||||
int check_distance_line(double); // check line move dist since last neigh
|
||||
int check_distance_tri(double); // check tri move dist since last neigh
|
||||
void calculate_endpts();
|
||||
void calculate_corners();
|
||||
|
||||
void bin_atoms(); // bin all atoms
|
||||
double bin_distance(int, int, int); // distance between binx
|
||||
int coord2bin(double *); // mapping atom coord to a bin
|
||||
|
||||
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