git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@13303 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

src/CLASS2/pair_lj_class2.cpp

@@ -37,6 +37,7 @@ PairLJClass2::PairLJClass2(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairLJClass2::~PairLJClass2()
 {
+  if (!copymode) {
     if (allocated) {
       memory->destroy(setflag);
       memory->destroy(cutsq);
@@ -51,6 +52,7 @@ PairLJClass2::~PairLJClass2()
       memory->destroy(offset);
     }
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 

src/CLASS2/pair_lj_class2.h

@@ -29,9 +29,9 @@ class PairLJClass2 : public Pair {
   PairLJClass2(class LAMMPS *);
   virtual ~PairLJClass2();
   virtual void compute(int, int);
-  void settings(int, char **);
+  virtual void settings(int, char **);
   void coeff(int, char **);
-  double init_one(int, int);
+  virtual double init_one(int, int);
   void write_restart(FILE *);
   void read_restart(FILE *);
   void write_restart_settings(FILE *);
@@ -46,7 +46,7 @@ class PairLJClass2 : public Pair {
   double **epsilon,**sigma;
   double **lj1,**lj2,**lj3,**lj4,**offset;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/CLASS2/pair_lj_class2_coul_cut.cpp

@@ -38,6 +38,7 @@ PairLJClass2CoulCut::PairLJClass2CoulCut(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairLJClass2CoulCut::~PairLJClass2CoulCut()
 {
+  if (!copymode) {
     if (allocated) {
       memory->destroy(setflag);
       memory->destroy(cutsq);
@@ -55,6 +56,7 @@ PairLJClass2CoulCut::~PairLJClass2CoulCut()
       memory->destroy(offset);
     }
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 

src/CLASS2/pair_lj_class2_coul_cut.h

@@ -29,10 +29,10 @@ class PairLJClass2CoulCut : public Pair {
   PairLJClass2CoulCut(class LAMMPS *);
   virtual ~PairLJClass2CoulCut();
   virtual void compute(int, int);
-  void settings(int, char **);
+  virtual void settings(int, char **);
   void coeff(int, char **);
-  void init_style();
+  virtual void init_style();
-  double init_one(int, int);
+  virtual double init_one(int, int);
   void write_restart(FILE *);
   void read_restart(FILE *);
   void write_restart_settings(FILE *);
@@ -48,7 +48,7 @@ class PairLJClass2CoulCut : public Pair {
   double **epsilon,**sigma;
   double **lj1,**lj2,**lj3,**lj4,**offset;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/CLASS2/pair_lj_class2_coul_long.cpp

@@ -50,6 +50,7 @@ PairLJClass2CoulLong::PairLJClass2CoulLong(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairLJClass2CoulLong::~PairLJClass2CoulLong()
 {
+  if (!copymode) {
     if (allocated) {
       memory->destroy(setflag);
       memory->destroy(cutsq);
@@ -65,6 +66,7 @@ PairLJClass2CoulLong::~PairLJClass2CoulLong()
       memory->destroy(offset);
     }
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 

src/CLASS2/pair_lj_class2_coul_long.h

@@ -29,10 +29,10 @@ class PairLJClass2CoulLong : public Pair {
   PairLJClass2CoulLong(class LAMMPS *);
   virtual ~PairLJClass2CoulLong();
   virtual void compute(int, int);
-  void settings(int, char **);
+  virtual void settings(int, char **);
   void coeff(int, char **);
-  void init_style();
+  virtual void init_style();
-  double init_one(int, int);
+  virtual double init_one(int, int);
   void write_restart(FILE *);
   void read_restart(FILE *);
   void write_restart_settings(FILE *);
@@ -50,7 +50,7 @@ class PairLJClass2CoulLong : public Pair {
   double **lj1,**lj2,**lj3,**lj4,**offset;
   double g_ewald;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/KOKKOS/pair_kokkos.h

@@ -621,7 +621,7 @@ EV_FLOAT pair_compute_neighlist (PairStyle* fpair, typename Kokkos::Impl::enable
   EV_FLOAT ev;
   (void) fpair;
   (void) list;
-  printf("ERROR: calling pair_compute with invalid neighbor list style: requested %i  available %i",NEIGHFLAG,PairStyle::EnabledNeighFlags);
+  printf("ERROR: calling pair_compute with invalid neighbor list style: requested %i  available %i \n",NEIGHFLAG,PairStyle::EnabledNeighFlags);
   return ev;
 }
 
@@ -630,7 +630,7 @@ EV_FLOAT pair_compute_fullcluster (PairStyle* fpair, typename Kokkos::Impl::enab
   EV_FLOAT ev;
   (void) fpair;
   (void) list;
-  printf("ERROR: calling pair_compute with invalid neighbor list style: requested %i  available %i",FULLCLUSTER,PairStyle::EnabledNeighFlags);
+  printf("ERROR: calling pair_compute with invalid neighbor list style: requested %i  available %i \n",FULLCLUSTER,PairStyle::EnabledNeighFlags);
   return ev;
 }
 

src/KSPACE/pair_buck_coul_long.cpp

@@ -50,6 +50,7 @@ PairBuckCoulLong::PairBuckCoulLong(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairBuckCoulLong::~PairBuckCoulLong()
 {
+  if (!copymode) {
     if (allocated) {
       memory->destroy(setflag);
       memory->destroy(cutsq);
@@ -66,6 +67,7 @@ PairBuckCoulLong::~PairBuckCoulLong()
     }
     if (ftable) free_tables();
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 

src/KSPACE/pair_buck_coul_long.h

@@ -52,7 +52,7 @@ class PairBuckCoulLong : public Pair {
   double *cut_respa;
   double g_ewald;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/KSPACE/pair_coul_long.cpp

@@ -55,6 +55,7 @@ PairCoulLong::PairCoulLong(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairCoulLong::~PairCoulLong()
 {
+  if (!copymode) {
     if (allocated) {
       memory->destroy(setflag);
       memory->destroy(cutsq);
@@ -63,6 +64,7 @@ PairCoulLong::~PairCoulLong()
     }
     if (ftable) free_tables();
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 

src/KSPACE/pair_coul_long.h

@@ -32,7 +32,7 @@ class PairCoulLong : public Pair {
   virtual void settings(int, char **);
   void coeff(int, char **);
   virtual void init_style();
-  double init_one(int, int);
+  virtual double init_one(int, int);
   void write_restart(FILE *);
   void read_restart(FILE *);
   virtual void write_restart_settings(FILE *);
@@ -46,7 +46,7 @@ class PairCoulLong : public Pair {
   double g_ewald;
   double **scale;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/KSPACE/pair_lj_charmm_coul_long.cpp

@@ -59,6 +59,7 @@ PairLJCharmmCoulLong::PairLJCharmmCoulLong(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairLJCharmmCoulLong::~PairLJCharmmCoulLong()
 {
+  if (!copymode) {
     if (allocated) {
       memory->destroy(setflag);
       memory->destroy(cutsq);
@@ -75,9 +76,11 @@ PairLJCharmmCoulLong::~PairLJCharmmCoulLong()
       memory->destroy(lj14_2);
       memory->destroy(lj14_3);
       memory->destroy(lj14_4);
+      memory->destroy(offset);
     }
     if (ftable) free_tables();
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 
@@ -643,6 +646,7 @@ void PairLJCharmmCoulLong::allocate()
   memory->create(lj14_2,n+1,n+1,"pair:lj14_2");
   memory->create(lj14_3,n+1,n+1,"pair:lj14_3");
   memory->create(lj14_4,n+1,n+1,"pair:lj14_4");
+  memory->create(offset,n+1,n+1,"pair:offset");
 }
 
 /* ----------------------------------------------------------------------

src/KSPACE/pair_lj_charmm_coul_long.h

@@ -30,11 +30,11 @@ class PairLJCharmmCoulLong : public Pair {
   virtual ~PairLJCharmmCoulLong();
 
   virtual void compute(int, int);
-  void settings(int, char **);
+  virtual void settings(int, char **);
   void coeff(int, char **);
-  void init_style();
+  virtual void init_style();
   void init_list(int, class NeighList *);
-  double init_one(int, int);
+  virtual double init_one(int, int);
   void write_restart(FILE *);
   void read_restart(FILE *);
   void write_restart_settings(FILE *);
@@ -61,7 +61,7 @@ class PairLJCharmmCoulLong : public Pair {
   double *cut_respa;
   double g_ewald;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/MOLECULE/pair_lj_charmm_coul_charmm.cpp

@@ -43,6 +43,7 @@ PairLJCharmmCoulCharmm::PairLJCharmmCoulCharmm(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairLJCharmmCoulCharmm::~PairLJCharmmCoulCharmm()
 {
+  if (!copymode) {
    if (allocated) {
     memory->destroy(setflag);
     memory->destroy(cutsq);
@@ -61,6 +62,7 @@ PairLJCharmmCoulCharmm::~PairLJCharmmCoulCharmm()
     memory->destroy(lj14_4);
    }
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 

src/MOLECULE/pair_lj_charmm_coul_charmm.h

@@ -29,10 +29,10 @@ class PairLJCharmmCoulCharmm : public Pair {
   PairLJCharmmCoulCharmm(class LAMMPS *);
   virtual ~PairLJCharmmCoulCharmm();
   virtual void compute(int, int);
-  void settings(int, char **);
+  virtual void settings(int, char **);
   void coeff(int, char **);
-  void init_style();
+  virtual void init_style();
-  double init_one(int, int);
+  virtual double init_one(int, int);
   void write_restart(FILE *);
   void read_restart(FILE *);
   void write_restart_settings(FILE *);
@@ -51,7 +51,7 @@ class PairLJCharmmCoulCharmm : public Pair {
   double **lj1,**lj2,**lj3,**lj4;
   double **lj14_1,**lj14_2,**lj14_3,**lj14_4;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/pair_buck_coul_cut.cpp

@@ -42,7 +42,7 @@ PairBuckCoulCut::PairBuckCoulCut(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairBuckCoulCut::~PairBuckCoulCut()
 {
-  if (allocated) {
+  if (!copymode) {
     memory->destroy(setflag);
     memory->destroy(cutsq);
 

src/pair_buck_coul_cut.h

@@ -48,7 +48,7 @@ class PairBuckCoulCut : public Pair {
   double **a,**rho,**c;
   double **rhoinv,**buck1,**buck2,**offset;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/pair_lj_cut_coul_dsf.cpp

@@ -52,6 +52,7 @@ PairLJCutCoulDSF::PairLJCutCoulDSF(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairLJCutCoulDSF::~PairLJCutCoulDSF()
 {
+  if (!copymode) {
     if (allocated) {
       memory->destroy(setflag);
       memory->destroy(cutsq);
@@ -67,6 +68,7 @@ PairLJCutCoulDSF::~PairLJCutCoulDSF()
       memory->destroy(offset);
     }
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 

src/pair_lj_cut_coul_dsf.h

@@ -31,8 +31,8 @@ class PairLJCutCoulDSF : public Pair {
   void compute(int, int);
   void settings(int, char **);
   void coeff(int, char **);
-  void init_style();
+  virtual void init_style();
-  double init_one(int, int);
+  virtual double init_one(int, int);
   void write_restart(FILE *);
   void read_restart(FILE *);
   void write_restart_settings(FILE *);
@@ -50,7 +50,7 @@ class PairLJCutCoulDSF : public Pair {
   double alpha;
   double f_shift,e_shift;
   
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/pair_lj_expand.cpp

@@ -38,6 +38,7 @@ PairLJExpand::PairLJExpand(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairLJExpand::~PairLJExpand()
 {
+  if (!copymode) {
    if (allocated) {
     memory->destroy(setflag);
     memory->destroy(cutsq);
@@ -53,6 +54,7 @@ PairLJExpand::~PairLJExpand()
     memory->destroy(offset);
    }
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 

src/pair_lj_expand.h

@@ -30,9 +30,9 @@ class PairLJExpand : public Pair {
   virtual ~PairLJExpand();
 
   virtual void compute(int, int);
-  void settings(int, char **);
+  virtual void settings(int, char **);
   void coeff(int, char **);
-  double init_one(int, int);
+  virtual double init_one(int, int);
   void write_restart(FILE *);
   void read_restart(FILE *);
   void write_restart_settings(FILE *);
@@ -48,7 +48,7 @@ class PairLJExpand : public Pair {
   double **epsilon,**sigma,**shift;
   double **lj1,**lj2,**lj3,**lj4,**offset;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/pair_lj_gromacs.cpp

@@ -41,6 +41,7 @@ PairLJGromacs::PairLJGromacs(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairLJGromacs::~PairLJGromacs()
 {
+  if (!copymode) {
    if (allocated) {
     memory->destroy(setflag);
     memory->destroy(cutsq);
@@ -61,6 +62,7 @@ PairLJGromacs::~PairLJGromacs()
     memory->destroy(ljsw5);
    }
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 

src/pair_lj_gromacs.h

@@ -31,7 +31,7 @@ class PairLJGromacs : public Pair {
   virtual void compute(int, int);
   virtual void settings(int, char **);
   void coeff(int, char **);
-  double init_one(int, int);
+  virtual double init_one(int, int);
   void write_restart(FILE *);
   void read_restart(FILE *);
   virtual void write_restart_settings(FILE *);
@@ -47,7 +47,7 @@ class PairLJGromacs : public Pair {
   double **lj1,**lj2,**lj3,**lj4;
   double **ljsw1,**ljsw2,**ljsw3,**ljsw4,**ljsw5;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }

src/pair_lj_gromacs_coul_gromacs.cpp

@@ -41,6 +41,7 @@ PairLJGromacsCoulGromacs::PairLJGromacsCoulGromacs(LAMMPS *lmp) : Pair(lmp)
 
 PairLJGromacsCoulGromacs::~PairLJGromacsCoulGromacs()
 {
+  if (!copymode) {
    if (allocated) {
     memory->destroy(setflag);
     memory->destroy(cutsq);
@@ -58,6 +59,7 @@ PairLJGromacsCoulGromacs::~PairLJGromacsCoulGromacs()
     memory->destroy(ljsw5);
    }
   }
+}
 
 /* ---------------------------------------------------------------------- */
 

src/pair_lj_gromacs_coul_gromacs.h

@@ -31,8 +31,8 @@ class PairLJGromacsCoulGromacs : public Pair {
   virtual void compute(int, int);
   virtual void settings(int, char **);
   void coeff(int, char **);
-  void init_style();
+  virtual void init_style();
-  double init_one(int, int);
+  virtual double init_one(int, int);
   void write_restart(FILE *);
   void read_restart(FILE *);
   virtual void write_restart_settings(FILE *);
@@ -49,7 +49,7 @@ class PairLJGromacsCoulGromacs : public Pair {
   double **ljsw1,**ljsw2,**ljsw3,**ljsw4,**ljsw5;
   double coulsw1,coulsw2,coulsw3,coulsw4,coulsw5;
 
-  void allocate();
+  virtual void allocate();
 };
 
 }