moved dpd_tstat to kokkos
This commit is contained in:
@ -230,10 +230,12 @@ action pair_coul_long_kokkos.cpp pair_coul_long.cpp
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action pair_coul_long_kokkos.h pair_coul_long.h
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action pair_coul_long_kokkos.h pair_coul_long.h
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action pair_coul_wolf_kokkos.cpp
|
action pair_coul_wolf_kokkos.cpp
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||||||
action pair_coul_wolf_kokkos.h
|
action pair_coul_wolf_kokkos.h
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||||||
action pair_dpd_ext_kokkos.cpp pair_dpd_ext.cpp
|
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||||||
action pair_dpd_kokkos.h pair_dpd.h
|
action pair_dpd_kokkos.h pair_dpd.h
|
||||||
action pair_dpd_kokkos.cpp pair_dpd.cpp
|
action pair_dpd_kokkos.cpp pair_dpd.cpp
|
||||||
|
action pair_dpd_ext_kokkos.cpp pair_dpd_ext.cpp
|
||||||
action pair_dpd_ext_kokkos.h pair_dpd_ext.h
|
action pair_dpd_ext_kokkos.h pair_dpd_ext.h
|
||||||
|
action pair_dpd_tstat_kokkos.h pair_dpd_tstat.h
|
||||||
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action pair_dpd_tstat_kokkos.cpp pair_dpd_tstat.cpp
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||||||
action pair_dpd_fdt_energy_kokkos.cpp pair_dpd_fdt_energy.cpp
|
action pair_dpd_fdt_energy_kokkos.cpp pair_dpd_fdt_energy.cpp
|
||||||
action pair_dpd_fdt_energy_kokkos.h pair_dpd_fdt_energy.h
|
action pair_dpd_fdt_energy_kokkos.h pair_dpd_fdt_energy.h
|
||||||
action pair_eam_kokkos.cpp pair_eam.cpp
|
action pair_eam_kokkos.cpp pair_eam.cpp
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||||||
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|||||||
@ -78,7 +78,7 @@ class PairDPDKokkos : public PairDPD {
|
|||||||
void ev_tally(EV_FLOAT &ev, const int &i, const int &j,
|
void ev_tally(EV_FLOAT &ev, const int &i, const int &j,
|
||||||
const F_FLOAT &epair, const F_FLOAT &fpair, const F_FLOAT &delx,
|
const F_FLOAT &epair, const F_FLOAT &fpair, const F_FLOAT &delx,
|
||||||
const F_FLOAT &dely, const F_FLOAT &delz) const;
|
const F_FLOAT &dely, const F_FLOAT &delz) const;
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private:
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
double special_lj[4];
|
double special_lj[4];
|
||||||
int eflag,vflag;
|
int eflag,vflag;
|
||||||
@ -116,7 +116,7 @@ class PairDPDKokkos : public PairDPD {
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|||||||
typename AT::t_efloat_1d d_eatom;
|
typename AT::t_efloat_1d d_eatom;
|
||||||
typename AT::t_virial_array d_vatom;
|
typename AT::t_virial_array d_vatom;
|
||||||
|
|
||||||
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
KOKKOS_FUNCTION
|
||||||
int sbmask(const int& j) const;
|
int sbmask(const int& j) const;
|
||||||
friend void pair_virial_fdotr_compute<PairDPDKokkos>(PairDPDKokkos*);
|
friend void pair_virial_fdotr_compute<PairDPDKokkos>(PairDPDKokkos*);
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||||||
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|
||||||
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|||||||
452
src/KOKKOS/pair_dpd_tstat_kokkos.cpp
Normal file
452
src/KOKKOS/pair_dpd_tstat_kokkos.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,452 @@
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|||||||
|
// clang-format off
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/* ----------------------------------------------------------------------
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|
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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|
https://www.lammps.org/, Sandia National Laboratories
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|
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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|
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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|
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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|
certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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|
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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/* ----------------------------------------------------------------------
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|
Contributing author: Matt Bettencourt (NVIDIA)
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------------------------------------------------------------------------- */
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|
#include "pair_dpd_tstat_kokkos.h"
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#include "atom.h"
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|
#include "atom_kokkos.h"
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|
#include "memory_kokkos.h"
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|
#include "comm.h"
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||||||
|
#include "error.h"
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|
#include "force.h"
|
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|
#include "memory.h"
|
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|
#include "neigh_list.h"
|
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|
#include "neigh_request.h"
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|
#include "neighbor.h"
|
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|
#include "random_mars.h"
|
||||||
|
#include "update.h"
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|
#include "atom_masks.h"
|
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|
#include "kokkos.h"
|
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#include <cmath>
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||||||
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|
using namespace LAMMPS_NS;
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#define EPSILON 1.0e-10
|
||||||
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|
template<class DeviceType>
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||||||
|
PairDPDTstatKokkos<DeviceType>::PairDPDTstatKokkos(class LAMMPS *lmp) :
|
||||||
|
PairDPDTstat(lmp) ,
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|
#ifdef DPD_USE_RAN_MARS
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||||||
|
rand_pool(0 /* unused */, lmp)
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||||||
|
#else
|
||||||
|
rand_pool()
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
{
|
||||||
|
kokkosable = 1;
|
||||||
|
atomKK = (AtomKokkos *) atom;
|
||||||
|
execution_space = ExecutionSpaceFromDevice<DeviceType>::space;
|
||||||
|
|
||||||
|
datamask_read = X_MASK | V_MASK | F_MASK | TYPE_MASK | ENERGY_MASK | VIRIAL_MASK;
|
||||||
|
datamask_modify = F_MASK | ENERGY_MASK | VIRIAL_MASK;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
PairDPDTstatKokkos<DeviceType>::~PairDPDTstatKokkos() {
|
||||||
|
if (copymode) return;
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef DPD_USE_RAN_MARS
|
||||||
|
rand_pool.destroy();
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
memoryKK->destroy_kokkos(k_eatom,eatom);
|
||||||
|
memoryKK->destroy_kokkos(k_vatom,vatom);
|
||||||
|
|
||||||
|
memoryKK->destroy_kokkos(k_cutsq,cutsq);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
void PairDPDTstatKokkos<DeviceType>::init_style()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
PairDPD::init_style();
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef DPD_USE_RAN_MARS
|
||||||
|
rand_pool.init(random,seed);
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
typedef Kokkos::Experimental::UniqueToken<
|
||||||
|
DeviceType, Kokkos::Experimental::UniqueTokenScope::Global> unique_token_type;
|
||||||
|
unique_token_type unique_token;
|
||||||
|
rand_pool.init(seed + comm->me,unique_token.size());
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
neighflag = lmp->kokkos->neighflag;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (force->newton_pair == 0 || neighflag == FULL )
|
||||||
|
error->all(FLERR,"Must use half neighbor list style and newton on with pair dpd/kk");
|
||||||
|
|
||||||
|
auto request = neighbor->find_request(this);
|
||||||
|
request->set_kokkos_host(std::is_same<DeviceType,LMPHostType>::value &&
|
||||||
|
!std::is_same<DeviceType,LMPDeviceType>::value);
|
||||||
|
request->set_kokkos_device(std::is_same<DeviceType,LMPDeviceType>::value);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (neighflag == FULL)
|
||||||
|
request->enable_full();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
void PairDPDTstatKokkos<DeviceType>::compute(int eflagin, int vflagin)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
eflag = eflagin; vflag = vflagin;
|
||||||
|
if (neighflag == FULL) no_virial_fdotr_compute = 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
ev_init(eflag,vflag);
|
||||||
|
|
||||||
|
// adjust sigma if target T is changing
|
||||||
|
if (t_start != t_stop) {
|
||||||
|
double delta = update->ntimestep - update->beginstep;
|
||||||
|
if (delta != 0.0) delta /= update->endstep - update->beginstep;
|
||||||
|
temperature = t_start + delta * (t_stop-t_start);
|
||||||
|
double boltz = force->boltz;
|
||||||
|
for (int i = 1; i <= atom->ntypes; i++)
|
||||||
|
for (int j = i; j <= atom->ntypes; j++)
|
||||||
|
k_params.h_view(j,i).sigma = k_params.h_view(j,i).sigma =
|
||||||
|
sqrt(2.0*boltz*temperature*gamma[i][j]);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
k_params.template modify<LMPHostType>();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (eflag_atom) {
|
||||||
|
memoryKK->destroy_kokkos(k_eatom,eatom);
|
||||||
|
memoryKK->create_kokkos(k_eatom,eatom,maxeatom,"pair:eatom");
|
||||||
|
d_eatom = k_eatom.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (vflag_atom) {
|
||||||
|
memoryKK->destroy_kokkos(k_vatom,vatom);
|
||||||
|
memoryKK->create_kokkos(k_vatom,vatom,maxvatom,"pair:vatom");
|
||||||
|
d_vatom = k_vatom.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
atomKK->sync(execution_space,X_MASK | V_MASK | F_MASK | TYPE_MASK | ENERGY_MASK | VIRIAL_MASK);
|
||||||
|
|
||||||
|
x = atomKK->k_x.view<DeviceType>();
|
||||||
|
v = atomKK->k_v.view<DeviceType>();
|
||||||
|
f = atomKK->k_f.view<DeviceType>();
|
||||||
|
type = atomKK->k_type.view<DeviceType>();
|
||||||
|
|
||||||
|
k_cutsq.template sync<DeviceType>();
|
||||||
|
k_params.template sync<DeviceType>();
|
||||||
|
|
||||||
|
special_lj[0] = force->special_lj[0];
|
||||||
|
special_lj[1] = force->special_lj[1];
|
||||||
|
special_lj[2] = force->special_lj[2];
|
||||||
|
special_lj[3] = force->special_lj[3];
|
||||||
|
|
||||||
|
nlocal = atom->nlocal;
|
||||||
|
newton_pair = force->newton_pair;
|
||||||
|
dtinvsqrt = 1.0/sqrt(update->dt);
|
||||||
|
|
||||||
|
NeighListKokkos<DeviceType>* k_list = static_cast<NeighListKokkos<DeviceType>*>(list);
|
||||||
|
d_numneigh = k_list->d_numneigh;
|
||||||
|
d_neighbors = k_list->d_neighbors;
|
||||||
|
d_ilist = k_list->d_ilist;
|
||||||
|
|
||||||
|
// loop over neighbors of my atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
int inum = list->inum;
|
||||||
|
EV_FLOAT ev;
|
||||||
|
copymode = 1;
|
||||||
|
if (neighflag == HALF) {
|
||||||
|
if (newton_pair) {
|
||||||
|
if (evflag) Kokkos::parallel_reduce(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<HALF,1,1> >(0,inum),*this,ev);
|
||||||
|
else Kokkos::parallel_for(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<HALF,1,0> >(0,inum),*this);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (evflag) Kokkos::parallel_reduce(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<HALF,0,1> >(0,inum),*this,ev);
|
||||||
|
else Kokkos::parallel_for(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<HALF,0,0> >(0,inum),*this);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else if (neighflag == HALFTHREAD) {
|
||||||
|
if (newton_pair) {
|
||||||
|
if (evflag) Kokkos::parallel_reduce(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<HALFTHREAD,1,1> >(0,inum),*this,ev);
|
||||||
|
else Kokkos::parallel_for(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<HALFTHREAD,1,0> >(0,inum),*this);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (evflag) Kokkos::parallel_reduce(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<HALFTHREAD,0,1> >(0,inum),*this,ev);
|
||||||
|
else Kokkos::parallel_for(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<HALFTHREAD,0,0> >(0,inum),*this);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else if (neighflag == FULL) {
|
||||||
|
if (newton_pair) {
|
||||||
|
if (evflag) Kokkos::parallel_reduce(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<FULL,1,1> >(0,inum),*this,ev);
|
||||||
|
else Kokkos::parallel_for(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<FULL,1,0> >(0,inum),*this);
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
if (evflag) Kokkos::parallel_reduce(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<FULL,0,1> >(0,inum),*this,ev);
|
||||||
|
else Kokkos::parallel_for(Kokkos::RangePolicy<DeviceType, TagDPDTstatKokkos<FULL,0,0> >(0,inum),*this);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (eflag_global) eng_vdwl += ev.evdwl;
|
||||||
|
if (vflag_global) {
|
||||||
|
virial[0] += ev.v[0];
|
||||||
|
virial[1] += ev.v[1];
|
||||||
|
virial[2] += ev.v[2];
|
||||||
|
virial[3] += ev.v[3];
|
||||||
|
virial[4] += ev.v[4];
|
||||||
|
virial[5] += ev.v[5];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vflag_fdotr) pair_virial_fdotr_compute(this);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (eflag_atom) {
|
||||||
|
k_eatom.template modify<DeviceType>();
|
||||||
|
k_eatom.template sync<LMPHostType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vflag_atom) {
|
||||||
|
k_vatom.template modify<DeviceType>();
|
||||||
|
k_vatom.template sync<LMPHostType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
copymode = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (evflag) atomKK->modified(execution_space,F_MASK | ENERGY_MASK | VIRIAL_MASK);
|
||||||
|
else atomKK->modified(execution_space,F_MASK);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
template<int NEIGHFLAG, int NEWTON_PAIR, int EVFLAG>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void PairDPDTstatKokkos<DeviceType>::operator() (TagDPDTstatKokkos<NEIGHFLAG,NEWTON_PAIR,EVFLAG>, const int &ii) const {
|
||||||
|
EV_FLOAT ev;
|
||||||
|
this->template operator()<NEIGHFLAG,NEWTON_PAIR,EVFLAG>(TagDPDTstatKokkos<NEIGHFLAG,NEWTON_PAIR,EVFLAG>(), ii, ev);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
template<int NEIGHFLAG, int NEWTON_PAIR, int EVFLAG>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void PairDPDTstatKokkos<DeviceType>::operator() (TagDPDTstatKokkos<NEIGHFLAG,NEWTON_PAIR,EVFLAG>, const int &ii, EV_FLOAT &ev) const {
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::View<F_FLOAT*[3], typename DAT::t_f_array::array_layout,typename KKDevice<DeviceType>::value,Kokkos::MemoryTraits<AtomicF<NEIGHFLAG>::value> > a_f = f;
|
||||||
|
|
||||||
|
int i,j,jj,jnum,itype,jtype;
|
||||||
|
double xtmp,ytmp,ztmp,delx,dely,delz,fpair;
|
||||||
|
double vxtmp,vytmp,vztmp,delvx,delvy,delvz;
|
||||||
|
double rsq,r,rinv,dot,wd,randnum,factor_dpd;
|
||||||
|
double fx = 0,fy = 0,fz = 0;
|
||||||
|
i = d_ilist[ii];
|
||||||
|
xtmp = x(i,0);
|
||||||
|
ytmp = x(i,1);
|
||||||
|
ztmp = x(i,2);
|
||||||
|
vxtmp = v(i,0);
|
||||||
|
vytmp = v(i,1);
|
||||||
|
vztmp = v(i,2);
|
||||||
|
itype = type(i);
|
||||||
|
jnum = d_numneigh[i];
|
||||||
|
rand_type rand_gen = rand_pool.get_state();
|
||||||
|
for (jj = 0; jj < jnum; jj++) {
|
||||||
|
j = d_neighbors(i,jj);
|
||||||
|
factor_dpd = special_lj[sbmask(j)];
|
||||||
|
j &= NEIGHMASK;
|
||||||
|
|
||||||
|
delx = xtmp - x(j,0);
|
||||||
|
dely = ytmp - x(j,1);
|
||||||
|
delz = ztmp - x(j,2);
|
||||||
|
rsq = delx*delx + dely*dely + delz*delz;
|
||||||
|
jtype = type(j);
|
||||||
|
if (rsq < d_cutsq(itype,jtype)) {
|
||||||
|
r = sqrt(rsq);
|
||||||
|
if (r < EPSILON) continue; // r can be 0.0 in DPD systems
|
||||||
|
rinv = 1.0/r;
|
||||||
|
delvx = vxtmp - v(j,0);
|
||||||
|
delvy = vytmp - v(j,1);
|
||||||
|
delvz = vztmp - v(j,2);
|
||||||
|
dot = delx*delvx + dely*delvy + delz*delvz;
|
||||||
|
|
||||||
|
wd = 1.0 - r/params(itype,jtype).cut;
|
||||||
|
|
||||||
|
randnum = rand_gen.normal();
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
// drag force - parallel
|
||||||
|
fpair = -params(itype,jtype).gamma*wd*wd*dot*rinv;
|
||||||
|
|
||||||
|
// random force - parallel
|
||||||
|
fpair += params(itype,jtype).sigma*wd*randnum*dtinvsqrt;
|
||||||
|
fpair *= factor_dpd*rinv;
|
||||||
|
|
||||||
|
fx += fpair*delx;
|
||||||
|
fy += fpair*dely;
|
||||||
|
fz += fpair*delz;
|
||||||
|
|
||||||
|
if ((neighflag==HALF || neighflag==HALFTHREAD) && (NEWTON_PAIR || j < nlocal) ) {
|
||||||
|
a_f(j,0) -= fpair*delx;
|
||||||
|
a_f(j,1) -= fpair*dely;
|
||||||
|
a_f(j,2) -= fpair*delz;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (EVFLAG)
|
||||||
|
this->template ev_tally<NEIGHFLAG,NEWTON_PAIR>(ev,i,j,0.0,fpair,delx,dely,delz);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
a_f(i,0) += fx;
|
||||||
|
a_f(i,1) += fy;
|
||||||
|
a_f(i,2) += fz;
|
||||||
|
rand_pool.free_state(rand_gen);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
template<int NEIGHFLAG, int NEWTON_PAIR>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void PairDPDTstatKokkos<DeviceType>::ev_tally(EV_FLOAT &ev, const int &i, const int &j,
|
||||||
|
const F_FLOAT &epair, const F_FLOAT &fpair, const F_FLOAT &delx,
|
||||||
|
const F_FLOAT &dely, const F_FLOAT &delz) const
|
||||||
|
{
|
||||||
|
const int EFLAG = eflag;
|
||||||
|
const int VFLAG = vflag_either;
|
||||||
|
|
||||||
|
// The eatom and vatom arrays are atomic for Half/Thread neighbor style
|
||||||
|
Kokkos::View<E_FLOAT*, typename DAT::t_efloat_1d::array_layout,typename KKDevice<DeviceType>::value,Kokkos::MemoryTraits<AtomicF<NEIGHFLAG>::value> > a_eatom = k_eatom.view<DeviceType>();
|
||||||
|
Kokkos::View<F_FLOAT*[6], typename DAT::t_virial_array::array_layout,typename KKDevice<DeviceType>::value,Kokkos::MemoryTraits<AtomicF<NEIGHFLAG>::value> > a_vatom = k_vatom.view<DeviceType>();
|
||||||
|
|
||||||
|
if (EFLAG) {
|
||||||
|
if (eflag_atom) {
|
||||||
|
const E_FLOAT epairhalf = 0.5 * epair;
|
||||||
|
if (NEIGHFLAG!=FULL) {
|
||||||
|
if (NEWTON_PAIR || i < nlocal) a_eatom[i] += epairhalf;
|
||||||
|
if (NEWTON_PAIR || j < nlocal) a_eatom[j] += epairhalf;
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
a_eatom[i] += epairhalf;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (VFLAG) {
|
||||||
|
const E_FLOAT v0 = delx*delx*fpair;
|
||||||
|
const E_FLOAT v1 = dely*dely*fpair;
|
||||||
|
const E_FLOAT v2 = delz*delz*fpair;
|
||||||
|
const E_FLOAT v3 = delx*dely*fpair;
|
||||||
|
const E_FLOAT v4 = delx*delz*fpair;
|
||||||
|
const E_FLOAT v5 = dely*delz*fpair;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vflag_global) {
|
||||||
|
if (NEIGHFLAG!=FULL) {
|
||||||
|
if (NEWTON_PAIR || i < nlocal) {
|
||||||
|
ev.v[0] += 0.5*v0;
|
||||||
|
ev.v[1] += 0.5*v1;
|
||||||
|
ev.v[2] += 0.5*v2;
|
||||||
|
ev.v[3] += 0.5*v3;
|
||||||
|
ev.v[4] += 0.5*v4;
|
||||||
|
ev.v[5] += 0.5*v5;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (NEWTON_PAIR || j < nlocal) {
|
||||||
|
ev.v[0] += 0.5*v0;
|
||||||
|
ev.v[1] += 0.5*v1;
|
||||||
|
ev.v[2] += 0.5*v2;
|
||||||
|
ev.v[3] += 0.5*v3;
|
||||||
|
ev.v[4] += 0.5*v4;
|
||||||
|
ev.v[5] += 0.5*v5;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
ev.v[0] += 0.5*v0;
|
||||||
|
ev.v[1] += 0.5*v1;
|
||||||
|
ev.v[2] += 0.5*v2;
|
||||||
|
ev.v[3] += 0.5*v3;
|
||||||
|
ev.v[4] += 0.5*v4;
|
||||||
|
ev.v[5] += 0.5*v5;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vflag_atom) {
|
||||||
|
if (NEIGHFLAG!=FULL) {
|
||||||
|
if (NEWTON_PAIR || i < nlocal) {
|
||||||
|
a_vatom(i,0) += 0.5*v0;
|
||||||
|
a_vatom(i,1) += 0.5*v1;
|
||||||
|
a_vatom(i,2) += 0.5*v2;
|
||||||
|
a_vatom(i,3) += 0.5*v3;
|
||||||
|
a_vatom(i,4) += 0.5*v4;
|
||||||
|
a_vatom(i,5) += 0.5*v5;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (NEWTON_PAIR || j < nlocal) {
|
||||||
|
a_vatom(j,0) += 0.5*v0;
|
||||||
|
a_vatom(j,1) += 0.5*v1;
|
||||||
|
a_vatom(j,2) += 0.5*v2;
|
||||||
|
a_vatom(j,3) += 0.5*v3;
|
||||||
|
a_vatom(j,4) += 0.5*v4;
|
||||||
|
a_vatom(j,5) += 0.5*v5;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
a_vatom(i,0) += 0.5*v0;
|
||||||
|
a_vatom(i,1) += 0.5*v1;
|
||||||
|
a_vatom(i,2) += 0.5*v2;
|
||||||
|
a_vatom(i,3) += 0.5*v3;
|
||||||
|
a_vatom(i,4) += 0.5*v4;
|
||||||
|
a_vatom(i,5) += 0.5*v5;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
void PairDPDTstatKokkos<DeviceType>::allocate()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
PairDPD::allocate();
|
||||||
|
int n = atom->ntypes;
|
||||||
|
|
||||||
|
memory->destroy(cutsq);
|
||||||
|
memoryKK->create_kokkos(k_cutsq,cutsq,n+1,n+1,"pair:cutsq");
|
||||||
|
d_cutsq = k_cutsq.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
|
||||||
|
k_params = Kokkos::DualView<params_dpd**,Kokkos::LayoutRight,DeviceType>("PairDPD::params",n+1,n+1);
|
||||||
|
params = k_params.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
int PairDPDTstatKokkos<DeviceType>::sbmask(const int& j) const {
|
||||||
|
return j >> SBBITS & 3;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
init for one type pair i,j and corresponding j,i
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
double PairDPDTstatKokkos<DeviceType>::init_one(int i, int j)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
double cutone = PairDPD::init_one(i,j);
|
||||||
|
|
||||||
|
k_params.h_view(i,j).cut = cut[i][j];
|
||||||
|
k_params.h_view(i,j).a0 = a0[i][j];
|
||||||
|
k_params.h_view(i,j).gamma = gamma[i][j];
|
||||||
|
k_params.h_view(i,j).sigma = sigma[i][j];
|
||||||
|
k_params.h_view(j,i) = k_params.h_view(i,j);
|
||||||
|
|
||||||
|
k_params.template modify<LMPHostType>();
|
||||||
|
|
||||||
|
k_cutsq.h_view(i,j) = cutone*cutone;
|
||||||
|
k_cutsq.h_view(j,i) = k_cutsq.h_view(i,j);
|
||||||
|
k_cutsq.template modify<LMPHostType>();
|
||||||
|
|
||||||
|
return cutone;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace LAMMPS_NS {
|
||||||
|
template class PairDPDTstatKokkos<LMPDeviceType>;
|
||||||
|
#ifdef LMP_KOKKOS_GPU
|
||||||
|
template class PairDPDTstatKokkos<LMPHostType>;
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
}
|
||||||
126
src/KOKKOS/pair_dpd_tstat_kokkos.h
Normal file
126
src/KOKKOS/pair_dpd_tstat_kokkos.h
Normal file
@ -0,0 +1,126 @@
|
|||||||
|
/* -*- c++ -*- ----------------------------------------------------------
|
||||||
|
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
||||||
|
https://www.lammps.org/, Sandia National Laboratories
|
||||||
|
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
|
||||||
|
|
||||||
|
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
||||||
|
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
||||||
|
certain rights in this software. This software is distributed under
|
||||||
|
the GNU General Public License.
|
||||||
|
|
||||||
|
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef PAIR_CLASS
|
||||||
|
// clang-format off
|
||||||
|
PairStyle(dpd/tstat/kk,PairDPDTstatKokkos<LMPDeviceType>);
|
||||||
|
PairStyle(dpd/tstat/kk/device,PairDPDTstatKokkos<LMPDeviceType>);
|
||||||
|
PairStyle(dpd/tstat/kk/host,PairDPDTstatKokkos<LMPHostType>);
|
||||||
|
// clang-format on
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef LMP_PAIR_DPD_TSTAT_KOKKOS_H
|
||||||
|
#define LMP_PAIR_DPD_TSTAT_KOKKOS_H
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "pair_dpd_tstat.h"
|
||||||
|
#include "pair_kokkos.h"
|
||||||
|
#include "kokkos_type.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
#if !defined(DPD_USE_RAN_MARS) && !defined(DPD_USE_Random_XorShift64) && !defined(Random_XorShift1024)
|
||||||
|
#define DPD_USE_Random_XorShift64
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef DPD_USE_RAN_MARS
|
||||||
|
#include "rand_pool_wrap_kokkos.h"
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
#include "Kokkos_Random.hpp"
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace LAMMPS_NS {
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
class PairDPDTstatKokkos : public PairDPDTstat {
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
typedef DeviceType device_type;
|
||||||
|
typedef ArrayTypes<DeviceType> AT;
|
||||||
|
typedef EV_FLOAT value_type;
|
||||||
|
|
||||||
|
PairDPDTstatKokkos(class LAMMPS*);
|
||||||
|
~PairDPDTstatKokkos() override;
|
||||||
|
|
||||||
|
void allocate() override;
|
||||||
|
|
||||||
|
void init_style() override;
|
||||||
|
double init_one(int i, int j) override;
|
||||||
|
void compute(int, int) override;
|
||||||
|
|
||||||
|
struct params_dpd {
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
params_dpd() {cut=a0=gamma=sigma=0;}
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
params_dpd(int /*i*/) {cut=a0=gamma=sigma=0;}
|
||||||
|
F_FLOAT cutsq,cut,a0,gamma,sigma;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<int NEIGHFLAG, int NEWTON_PAIR, int EVFLAG>
|
||||||
|
struct TagDPDTstatKokkos{};
|
||||||
|
|
||||||
|
template<int NEIGHFLAG, int NEWTON_PAIR, int EVFLAG>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void operator () (TagDPDTstatKokkos<NEIGHFLAG,NEWTON_PAIR,EVFLAG>, const int &i) const;
|
||||||
|
|
||||||
|
template<int NEIGHFLAG, int NEWTON_PAIR, int EVFLAG>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void operator () (TagDPDTstatKokkos<NEIGHFLAG,NEWTON_PAIR,EVFLAG>, const int &i, EV_FLOAT&) const;
|
||||||
|
|
||||||
|
template<int NEIGHFLAG, int NEWTON_PAIR>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
void ev_tally(EV_FLOAT &ev, const int &i, const int &j,
|
||||||
|
const F_FLOAT &epair, const F_FLOAT &fpair, const F_FLOAT &delx,
|
||||||
|
const F_FLOAT &dely, const F_FLOAT &delz) const;
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
|
||||||
|
double special_lj[4];
|
||||||
|
int eflag,vflag;
|
||||||
|
int neighflag, nlocal,newton_pair;
|
||||||
|
double dtinvsqrt;
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef DPD_USE_RAN_MARS
|
||||||
|
RandPoolWrap rand_pool;
|
||||||
|
typedef RandWrap rand_type;
|
||||||
|
#elif defined(DPD_USE_Random_XorShift64)
|
||||||
|
Kokkos::Random_XorShift64_Pool<DeviceType> rand_pool;
|
||||||
|
typedef typename Kokkos::Random_XorShift64_Pool<DeviceType>::generator_type rand_type;
|
||||||
|
#elif defined(DPD_USE_Random_XorShift1024)
|
||||||
|
Kokkos::Random_XorShift1024_Pool<DeviceType> rand_pool;
|
||||||
|
typedef typename Kokkos::Random_XorShift1024_Pool<DeviceType>::generator_type rand_type;
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
typename AT::t_x_array_randomread x;
|
||||||
|
typename AT::t_x_array_randomread v;
|
||||||
|
typename AT::t_f_array f;
|
||||||
|
typename AT::t_int_1d_randomread type;
|
||||||
|
|
||||||
|
typename AT::t_neighbors_2d d_neighbors;
|
||||||
|
typename AT::t_int_1d_randomread d_ilist;
|
||||||
|
typename AT::t_int_1d_randomread d_numneigh;
|
||||||
|
|
||||||
|
typename AT::tdual_ffloat_2d k_cutsq;
|
||||||
|
typename AT::t_ffloat_2d d_cutsq;
|
||||||
|
|
||||||
|
Kokkos::DualView<params_dpd**,Kokkos::LayoutRight,DeviceType> k_params;
|
||||||
|
typename Kokkos::DualView<params_dpd**,
|
||||||
|
Kokkos::LayoutRight,DeviceType>::t_dev_const_um params;
|
||||||
|
|
||||||
|
DAT::tdual_efloat_1d k_eatom;
|
||||||
|
DAT::tdual_virial_array k_vatom;
|
||||||
|
typename AT::t_efloat_1d d_eatom;
|
||||||
|
typename AT::t_virial_array d_vatom;
|
||||||
|
|
||||||
|
KOKKOS_FUNCTION
|
||||||
|
int sbmask(const int& j) const;
|
||||||
|
friend void pair_virial_fdotr_compute<PairDPDTstatKokkos>(PairDPDTstatKokkos*);
|
||||||
|
|
||||||
|
};
|
||||||
|
}
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
#endif
|
||||||
Reference in New Issue
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