diff --git a/examples/USER/smd/aluminum_strip_pull/aluminum_strip_pull.lmp b/examples/USER/smd/aluminum_strip_pull/aluminum_strip_pull.lmp index 50b20a0787..2e74567abc 100644 --- a/examples/USER/smd/aluminum_strip_pull/aluminum_strip_pull.lmp +++ b/examples/USER/smd/aluminum_strip_pull/aluminum_strip_pull.lmp @@ -1,22 +1,21 @@ #################################################################################################### # -# TLSPH example: elongate a 2d strip of aluminum py pulling its ends apart +# TLSPH example: elongate a 2d strip of aluminum py pulling its ends apart # # unit system: GPa / mm / ms # #################################################################################################### - #################################################################################################### # MATERIAL PARAMETERS #################################################################################################### -variable E equal 70.0 # Young's modulus -variable nu equal 0.3 # Poisson ratio -variable rho equal 1 # initial mass density +variable E equal 70.0 # Young's modulus +variable nu equal 0.3 # Poisson ratio +variable rho equal 1 # initial mass density variable q1 equal 0.56 # standard artificial viscosity linear coefficient variable q2 equal 0.0 # standard artificial viscosity quadratic coefficient variable hg equal 10.0 # hourglass control coefficient -variable cp equal 1.0 # heat capacity of material -- not used here +variable cp equal 1.0 # heat capacity of material -- not used here variable JC_A equal 0.3241 # Johnson Cook parameters variable JC_B equal 0.1138 @@ -39,10 +38,10 @@ variable eosC6 equal 0.0 # INITIALIZE LAMMPS #################################################################################################### dimension 2 -units si +units si boundary sm sm p # simulation box boundaries atom_style smd -atom_modify map array +atom_modify map array comm_modify vel yes neigh_modify every 10 delay 0 check yes # re-build neighbor list every 10 steps newton off @@ -50,37 +49,36 @@ newton off #################################################################################################### # CREATE INITIAL GEOMETRY #################################################################################################### -variable l0 equal 1.0 # lattice spacing for creating particles -lattice sq ${l0} -region box block -10 10 -10 10 -0.1 0.1 units box -create_box 1 box -create_atoms 1 box -group tlsph type 1 - +variable l0 equal 1.0 # lattice spacing for creating particles +lattice sq ${l0} +region box block -10 10 -10 10 -0.1 0.1 units box +create_box 1 box +create_atoms 1 box +group tlsph type 1 #################################################################################################### # DISCRETIZATION PARAMETERS #################################################################################################### -variable h equal 2.01*${l0} # SPH smoothing kernel radius -variable vol_one equal ${l0}^2 # volume of one particle -- assuming unit thickness -variable skin equal ${h} # Verlet list range +variable h equal 2.01*${l0} # SPH smoothing kernel radius +variable vol_one equal ${l0}^2 # volume of one particle -- assuming unit thickness +variable skin equal ${h} # Verlet list range neighbor ${skin} bin -set group all volume ${vol_one} +set group all volume ${vol_one} set group all smd/mass/density ${rho} -set group all diameter ${h} # set SPH kernel radius +set group all diameter ${h} # set SPH kernel radius #################################################################################################### # DEFINE VELOCITY BOUNDARY CONDITIONS #################################################################################################### -variable vel0 equal 0.02 # pull velocity -region top block EDGE EDGE 9.0 EDGE EDGE EDGE units box -region bot block EDGE EDGE EDGE -9.1 EDGE EDGE units box +variable vel0 equal 0.02 # pull velocity +region top block EDGE EDGE 9.0 EDGE EDGE EDGE units box +region bot block EDGE EDGE EDGE -9.1 EDGE EDGE units box group top region top group bot region bot variable vel_up equal ${vel0}*(1.0-exp(-0.01*time)) variable vel_down equal -v_vel_up -fix veltop_fix top smd/setvelocity 0 v_vel_up 0 -fix velbot_fix bot smd/setvelocity 0 v_vel_down 0 +fix veltop_fix top smd/setvel 0 v_vel_up 0 +fix velbot_fix bot smd/setvel 0 v_vel_down 0 #################################################################################################### # INTERACTION PHYSICS / MATERIAL MODEL @@ -89,8 +87,8 @@ fix velbot_fix bot smd/setvelocity 0 v_vel_down 0 #################################################################################################### pair_style smd/tlsph pair_coeff 1 1 *COMMON ${rho} ${E} ${nu} ${q1} ${q2} ${hg} ${cp} & - *EOS_POLYNOMIAL ${eosC0} ${eosC1} ${eosC2} ${eosC3} ${eosC4} ${eosC5} ${eosC6} & - *JOHNSON_COOK ${JC_A} ${JC_B} ${JC_N} ${JC_C} ${JC_epsdot0} ${Troom} ${Tmelt} ${JC_M} & + *EOS_POLYNOMIAL ${eosC0} ${eosC1} ${eosC2} ${eosC3} ${eosC4} ${eosC5} ${eosC6} & + *JOHNSON_COOK ${JC_A} ${JC_B} ${JC_N} ${JC_C} ${JC_epsdot0} ${Troom} ${Tmelt} ${JC_M} & *FAILURE_MAX_PLASTIC_STRAIN 1.2 & *END @@ -104,36 +102,36 @@ fix integration_fix tlsph smd/integrate_tlsph # SPECIFY TRAJECTORY OUTPUT #################################################################################################### compute dt_atom all smd/tlsph/dt -compute p all smd/plastic/strain -compute epsdot all smd/plastic/strain/rate -compute S all smd/tlsph/stress # Cauchy stress tensor -compute D all smd/tlsph/strain/rate -compute E all smd/tlsph/strain -compute nn all smd/tlsph/num/neighs # number of neighbors for each particle +compute p all smd/plastic/strain +compute epsdot all smd/plastic/strain/rate +compute S all smd/tlsph/stress # Cauchy stress tensor +compute D all smd/tlsph/strain/rate +compute E all smd/tlsph/strain +compute nn all smd/tlsph/num/neighs # number of neighbors for each particle compute shape all smd/tlsph/shape -compute damage all smd/damage -dump dump_id all custom 100 dump.LAMMPS id type x y z & - c_S[1] c_S[2] c_S[3] c_S[4] c_S[5] c_S[6] c_S[7] c_nn c_p & - c_E[1] c_E[2] c_E[3] c_E[4] c_E[5] c_E[6] & - c_shape[1] c_shape[2] c_shape[3] c_shape[4] c_shape[5] c_shape[6] c_shape[7] & - c_D[1] c_D[2] c_D[4] c_damage radius c_epsdot & - vx vy vz c_dt_atom -dump_modify dump_id first yes +compute damage all smd/damage +dump dump_id all custom 100 dump.LAMMPS id type x y z & + c_S[1] c_S[2] c_S[3] c_S[4] c_S[5] c_S[6] c_S[7] c_nn c_p & + c_E[1] c_E[2] c_E[3] c_E[4] c_E[5] c_E[6] & + c_shape[1] c_shape[2] c_shape[3] c_shape[4] c_shape[5] c_shape[6] c_shape[7] & + c_D[1] c_D[2] c_D[4] c_damage radius c_epsdot & + vx vy vz c_dt_atom +dump_modify dump_id first yes #################################################################################################### # STATUS OUTPUT #################################################################################################### -variable stress equal 0.5*(f_velbot_fix[2]-f_veltop_fix[2])/20 -variable length equal xcm(top,y)-xcm(bot,y) -variable strain equal (v_length-${length})/${length} # engineering strain -variable time equal f_dtfix -fix stress_curve all print 10 "${time} ${strain} ${stress}" file stress_strain.dat screen no +variable stress equal 0.5*(f_velbot_fix[2]-f_veltop_fix[2])/20 +variable length equal xcm(top,y)-xcm(bot,y) +variable strain equal (v_length-${length})/${length} # engineering strain +variable time equal f_dtfix +fix stress_curve all print 10 "${time} ${strain} ${stress}" file stress_strain.dat screen no -thermo 100 -thermo_style custom step dt f_dtfix time v_strain +thermo 100 +thermo_style custom step dt f_dtfix time v_strain #################################################################################################### # RUN SIMULATION #################################################################################################### -#fix 2 all enforce2d -run 25000 +#fix 2 all enforce2d +run 25000 diff --git a/examples/USER/smd/fluid_structure_interaction/fluid_structure_interaction.lmp b/examples/USER/smd/fluid_structure_interaction/fluid_structure_interaction.lmp index e4f3ea603a..40b7b4a59e 100644 --- a/examples/USER/smd/fluid_structure_interaction/fluid_structure_interaction.lmp +++ b/examples/USER/smd/fluid_structure_interaction/fluid_structure_interaction.lmp @@ -35,7 +35,7 @@ variable Cp equal 1.0 # heat capacity -- not used here #################################################################################################### # INITIALIZE LAMMPS #################################################################################################### -units si +units si dimension 2 boundary sm sm p atom_style smd @@ -53,7 +53,7 @@ variable l0 equal 0.05 # initial particle lattice spacing region box block 0 6 0 8 -0.01 0.01 units box create_box 3 box region water block 0.25 1 0.25 4 EDGE EDGE units box -region container block 0.15 5.85 0.15 8 -0.01 0.01 units box side out # container +region container block 0.15 5.85 0.15 8 -0.01 0.01 units box side out # container lattice sq ${l0} create_atoms 1 region water group water type 1 @@ -102,11 +102,11 @@ fix gfix all gravity -9.81 vector 0 1 0 # add gravity pair_style hybrid/overlay smd/ulsph *DENSITY_CONTINUITY *VELOCITY_GRADIENT *NO_GRADIENT_CORRECTION & smd/tlsph smd/hertz ${contact_scale} pair_coeff 1 1 smd/ulsph *COMMON ${rho_water} ${c0} ${q1} ${Cp} 0 & - *EOS_TAIT 7.0 & - *END + *EOS_TAIT 7.0 & + *END pair_coeff 2 2 smd/tlsph *COMMON ${rho_obj} ${E} ${nu} ${q1} ${q2} ${Hg} ${Cp} & *STRENGTH_LINEAR_PLASTIC ${sigma_yield} ${hardening_parameter} & - *EOS_LINEAR & + *EOS_LINEAR & *END pair_coeff 3 3 none pair_coeff 1 2 smd/hertz ${contact_stiffness} @@ -118,7 +118,7 @@ pair_coeff 2 2 smd/hertz ${contact_stiffness} # TIME INTEGRATION #################################################################################################### fix dtfix tlsph smd/adjust_dt 0.1 # dynamically adjust time increment every step -fix integration_fix_water water smd/integrate_ulsph adjust_radius 1.01 10 15 +fix integration_fix_water water smd/integrate_ulsph adjust_radius 1.01 10 15 fix integration_fix_solids solids smd/integrate_tlsph #################################################################################################### @@ -152,5 +152,3 @@ thermo_modify lost ignore #################################################################################################### fix balance_fix all balance 1000 0.9 rcb # load balancing for MPI run 40000 - - diff --git a/examples/USER/smd/funnel_flow/funnel_flow.lmp b/examples/USER/smd/funnel_flow/funnel_flow.lmp index b1fde2c2db..1cf33a1146 100644 --- a/examples/USER/smd/funnel_flow/funnel_flow.lmp +++ b/examples/USER/smd/funnel_flow/funnel_flow.lmp @@ -9,12 +9,11 @@ # #################################################################################################### - #################################################################################################### # MATERIAL PARAMETERS #################################################################################################### -variable c0 equal 10.0 # speed of sound for fluid -variable rho equal 1.0e-6 # initial mass density +variable c0 equal 10.0 # speed of sound for fluid +variable rho equal 1.0e-6 # initial mass density variable q1 equal 0.06 # standard artificial viscosity linear coefficient variable q2 equal 0.0 # standard artificial viscosity quadratic coefficient variable hg equal 0.0 # hourglass control coefficient @@ -26,7 +25,7 @@ variable contact_stiffness equal 0.1*${K} # INITIALIZE LAMMPS #################################################################################################### dimension 3 -units si +units si boundary f f f # simulation box boundaries atom_style smd atom_modify map array @@ -38,31 +37,31 @@ newton off #################################################################################################### # CREATE INITIAL GEOMETRY #################################################################################################### -variable l0 equal 5.0 # lattice spacing for creating particles -lattice sc ${l0} -region box block -110 60 -30 220 -90 130 units box -create_box 2 box -region particles cylinder y 0 -30 47 135 200 units box -create_atoms 1 region particles +variable l0 equal 5.0 # lattice spacing for creating particles +lattice sc ${l0} +region box block -110 60 -30 220 -90 130 units box +create_box 2 box +region particles cylinder y 0 -30 47 135 200 units box +create_atoms 1 region particles group water type 1 #################################################################################################### # DISCRETIZATION PARAMETERS #################################################################################################### -variable h equal 2.01*${l0} # SPH smoothing kernel radius -variable vol_one equal ${l0}^3 # volume of one particle -- assuming unit thickness -variable skin equal 0.1*${h} # Verlet list range +variable h equal 2.01*${l0} # SPH smoothing kernel radius +variable vol_one equal ${l0}^3 # volume of one particle -- assuming unit thickness +variable skin equal 0.1*${h} # Verlet list range neighbor ${skin} bin variable cr equal ${l0}/2 set group all smd/contact/radius ${cr} -set group all volume ${vol_one} +set group all volume ${vol_one} set group all smd/mass/density ${rho} -set group all diameter ${h} # set SPH kernel radius +set group all diameter ${h} # set SPH kernel radius #################################################################################################### # DEFINE GRAVITY BOUNDARY CONDITION #################################################################################################### -fix gfix all gravity 0.01 vector 0.0 -1. 0.0 +fix gfix all gravity 0.01 vector 0.0 -1. 0.0 #################################################################################################### # INTERACTION PHYSICS / MATERIAL MODEL @@ -72,13 +71,11 @@ fix gfix all gravity 0.01 vector 0.0 -1. 0.0 pair_style hybrid/overlay smd/tri_surface 1.0 & smd/ulsph *DENSITY_CONTINUITY *VELOCITY_GRADIENT *NO_GRADIENT_CORRECTION pair_coeff 1 1 smd/ulsph *COMMON ${rho} ${c0} ${q1} ${cp} ${hg} & - *EOS_TAIT 2 & - *END + *EOS_TAIT 2 & + *END pair_coeff 2 2 none pair_coeff 1 2 smd/tri_surface ${contact_stiffness} - - #################################################################################################### # LOAD STL SURFACE #################################################################################################### @@ -97,15 +94,15 @@ fix integration_fix all smd/integrate_ulsph adjust_radius 1.01 10 15 # SPECIFY TRAJECTORY OUTPUT #################################################################################################### variable dumpFreq equal 100 -compute rho all smd/rho -compute nn all smd/ulsph/num/neighs # number of neighbors for each particle +compute rho all smd/rho +compute nn all smd/ulsph/num/neighs # number of neighbors for each particle compute contact_radius all smd/contact/radius compute surface_coords surface smd/triangle/vertices -dump dump_id water custom ${dumpFreq} dump.LAMMPS id type x y z vx vy vz & - c_rho c_nn c_contact_radius proc -dump_modify dump_id first yes +dump dump_id water custom ${dumpFreq} dump.LAMMPS id type x y z vx vy vz & + c_rho c_nn c_contact_radius proc +dump_modify dump_id first yes dump surf_dump surface custom 999999999 surface.LAMMPS id type mol x y z & c_surface_coords[1] c_surface_coords[2] c_surface_coords[3] & @@ -119,12 +116,12 @@ dump_modify surf_dump first yes compute eint all smd/internal/energy compute alleint all reduce sum c_eint variable etot equal pe+ke+c_alleint+f_gfix # total energy of the system -thermo 100 -thermo_style custom step dt f_dtfix pe ke v_etot +thermo 100 +thermo_style custom step dt f_dtfix pe ke v_etot #################################################################################################### # RUN SIMULATION #################################################################################################### balance 1.1 rcb -fix balance_fix all balance 1000 1.1 rcb +fix balance_fix all balance 1000 1.1 rcb run 20000 diff --git a/examples/USER/smd/rubber_rings_3d/rubber_rings_3d.lmp b/examples/USER/smd/rubber_rings_3d/rubber_rings_3d.lmp index 11b988e818..2dee8816c3 100644 --- a/examples/USER/smd/rubber_rings_3d/rubber_rings_3d.lmp +++ b/examples/USER/smd/rubber_rings_3d/rubber_rings_3d.lmp @@ -1,7 +1,7 @@ #################################################################################################### # -# TLSPH example: Two rubber rings impact each other. +# TLSPH example: Two rubber rings impact each other. # # unit system: GPa / mm / ms # @@ -10,7 +10,7 @@ #################################################################################################### # MATERIAL PARAMETERS #################################################################################################### -variable rho equal 1 # initial mass density +variable rho equal 1 # initial mass density variable E equal 1.0 # Young's modulus variable nu equal 0.3 # Poisson ratio variable sigma_yield equal 0.051 # plastic yield stress @@ -24,10 +24,10 @@ variable cp equal 1.0 # heat capacity of material -- not used here # INITIALIZE LAMMPS #################################################################################################### dimension 3 -units si +units si boundary sm sm sm # simulation box boundaries atom_style smd -atom_modify map array +atom_modify map array comm_modify vel yes neigh_modify every 10 delay 0 check yes # re-build neighbor list every 10 steps newton off @@ -57,7 +57,7 @@ set group all smd/contact/radius 1.0 # DEFINE INITIAL VELOCITY BOUNDARY CONDITIONS #################################################################################################### variable vel equal 100.0 # initial velocity -velocity left set ${vel} 0 0 sum no units box +velocity left set ${vel} 0 0 sum no units box velocity right set -${vel} 0 0 sum no units box #################################################################################################### @@ -68,11 +68,11 @@ velocity right set -${vel} 0 0 sum no units box pair_style hybrid/overlay smd/tlsph smd/hertz 1.0 # activate Total-Lagrangian SPH pair_coeff 1 1 smd/tlsph *COMMON ${rho} ${E} ${nu} ${q1} ${q2} ${hg} ${cp} & *STRENGTH_LINEAR & - *EOS_LINEAR & + *EOS_LINEAR & *END pair_coeff 2 2 smd/tlsph *COMMON ${rho} ${E} ${nu} ${q1} ${q2} ${hg} ${cp} & *STRENGTH_LINEAR_PLASTIC ${sigma_yield} 0.0 & - *EOS_LINEAR & + *EOS_LINEAR & *END pair_coeff 1 1 smd/hertz ${contact_stiffness} pair_coeff 2 2 smd/hertz ${contact_stiffness} diff --git a/examples/USER/smd/rubber_strip_pull/rubber_strip_pull.lmp b/examples/USER/smd/rubber_strip_pull/rubber_strip_pull.lmp index 0e8be3b9da..b1cfc0978c 100644 --- a/examples/USER/smd/rubber_strip_pull/rubber_strip_pull.lmp +++ b/examples/USER/smd/rubber_strip_pull/rubber_strip_pull.lmp @@ -1,12 +1,11 @@ #################################################################################################### # -# TLSPH example: elongate a 2d strip of a linear elastic material py pulling its ends apart +# TLSPH example: elongate a 2d strip of a linear elastic material py pulling its ends apart # # unit system: GPa / mm / ms # #################################################################################################### - #################################################################################################### # MATERIAL PARAMETERS #################################################################################################### @@ -62,8 +61,8 @@ group top region top group bot region bot variable vel_up equal ${vel0}*(1.0-exp(-0.01*time)) variable vel_down equal -v_vel_up -fix veltop_fix top smd/setvelocity 0 v_vel_up 0 -fix velbot_fix bot smd/setvelocity 0 v_vel_down 0 +fix veltop_fix top smd/setvel 0 v_vel_up 0 +fix velbot_fix bot smd/setvel 0 v_vel_down 0 #################################################################################################### # INTERACTION PHYSICS / MATERIAL MODEL @@ -87,9 +86,9 @@ compute S all smd/tlsph/stress # Cauchy stress tensor compute E all smd/tlsph/strain # Green-Lagrange strain tensor compute nn all smd/tlsph/num/neighs # number of neighbors for each particle dump dump_id all custom 10 dump.LAMMPS id type x y z vx vy vz & - c_S[1] c_S[2] c_S[4] c_nn & - c_E[1] c_E[2] c_E[4] & - vx vy vz + c_S[1] c_S[2] c_S[4] c_nn & + c_E[1] c_E[2] c_E[4] & + vx vy vz dump_modify dump_id first yes ####################################################################################################