git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@6452 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
This commit is contained in:
@ -68,7 +68,7 @@ void FixFreeze::init()
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void FixFreeze::setup(int vflag)
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void FixFreeze::setup(int vflag)
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{
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{
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if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
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post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
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int nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
int nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
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@ -215,7 +215,7 @@ void FixWallGran::init()
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{
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{
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dt = update->dt;
|
dt = update->dt;
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||||||
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if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
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// set pairstyle from granular pair style
|
// set pairstyle from granular pair style
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||||||
@ -233,7 +233,7 @@ void FixWallGran::init()
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void FixWallGran::setup(int vflag)
|
void FixWallGran::setup(int vflag)
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||||||
{
|
{
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||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
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||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
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((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
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@ -246,7 +246,7 @@ void PairCoulLong::init_style()
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||||||
// set & error check interior rRESPA cutoffs
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// set & error check interior rRESPA cutoffs
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if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0 &&
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa") &&
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((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) {
|
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) {
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||||||
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
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||||||
if (cut_coul < cut_respa[3])
|
if (cut_coul < cut_respa[3])
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|||||||
@ -714,7 +714,7 @@ void PairLJCharmmCoulLong::init_style()
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int irequest;
|
int irequest;
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||||||
if (update->whichflag == 1 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
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if (update->whichflag == 1 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
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int respa = 0;
|
int respa = 0;
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||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
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||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
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||||||
@ -761,7 +761,7 @@ void PairLJCharmmCoulLong::init_style()
|
|||||||
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||||||
// set & error check interior rRESPA cutoffs
|
// set & error check interior rRESPA cutoffs
|
||||||
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||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0 &&
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa") &&
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) {
|
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) {
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||||||
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
||||||
if (MIN(cut_lj,cut_coul) < cut_respa[3])
|
if (MIN(cut_lj,cut_coul) < cut_respa[3])
|
||||||
|
|||||||
@ -655,7 +655,7 @@ void PairLJCutCoulLong::init_style()
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|||||||
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||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 1 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 1 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
int respa = 0;
|
int respa = 0;
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||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
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||||||
@ -691,7 +691,7 @@ void PairLJCutCoulLong::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
// set rRESPA cutoffs
|
// set rRESPA cutoffs
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0 &&
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa") &&
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
||||||
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
||||||
else cut_respa = NULL;
|
else cut_respa = NULL;
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||||||
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|||||||
@ -116,7 +116,7 @@ void FixQEQComb::init()
|
|||||||
comb = (PairComb *) force->pair_match("comb",1);
|
comb = (PairComb *) force->pair_match("comb",1);
|
||||||
if (comb == NULL) error->all("Must use pair_style comb with fix qeq/comb");
|
if (comb == NULL) error->all("Must use pair_style comb with fix qeq/comb");
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
|
|
||||||
ngroup = group->count(igroup);
|
ngroup = group->count(igroup);
|
||||||
@ -128,7 +128,7 @@ void FixQEQComb::init()
|
|||||||
void FixQEQComb::setup(int vflag)
|
void FixQEQComb::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
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firstflag = 1;
|
firstflag = 1;
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||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
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||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -147,7 +147,7 @@ void FixBondBreak::init()
|
|||||||
"dihedrals, or impropers");
|
"dihedrals, or impropers");
|
||||||
}
|
}
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||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
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||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -206,7 +206,7 @@ void FixBondCreate::init()
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|||||||
neighbor->requests[irequest]->pair = 0;
|
neighbor->requests[irequest]->pair = 0;
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||||||
neighbor->requests[irequest]->fix = 1;
|
neighbor->requests[irequest]->fix = 1;
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||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
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||||||
|
|
||||||
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|||||||
@ -353,7 +353,7 @@ void FixPOEMS::init()
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||||||
// rRESPA info
|
// rRESPA info
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||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|||||||
@ -62,7 +62,7 @@ void FixNVEAwpmd::init()
|
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dtv = update->dt;
|
dtv = update->dt;
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||||||
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
|
|
||||||
awpmd_pair=(PairAWPMDCut *)force->pair;
|
awpmd_pair=(PairAWPMDCut *)force->pair;
|
||||||
|
|||||||
@ -73,7 +73,7 @@ void PairCGCMMCoulCut::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
// set rRESPA cutoffs
|
// set rRESPA cutoffs
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0 &&
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa") &&
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
||||||
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
||||||
else cut_respa = NULL;
|
else cut_respa = NULL;
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||||||
|
|||||||
@ -97,7 +97,7 @@ void PairCGCMMCoulLong::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
// set rRESPA cutoffs
|
// set rRESPA cutoffs
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0 &&
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa") &&
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
||||||
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
||||||
else cut_respa = NULL;
|
else cut_respa = NULL;
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||||||
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|||||||
@ -187,7 +187,7 @@ void PairCMMCommon::init_style()
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||||||
int irequest;
|
int irequest;
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||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
int respa = 0;
|
int respa = 0;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
||||||
|
|||||||
@ -99,7 +99,7 @@ void FixAddForceCuda::init()
|
|||||||
{
|
{
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||||||
if(not cu_foriginal)
|
if(not cu_foriginal)
|
||||||
cu_foriginal = new cCudaData<double, F_FLOAT, x> (foriginal,4);
|
cu_foriginal = new cCudaData<double, F_FLOAT, x> (foriginal,4);
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -109,7 +109,7 @@ void FixAddForceCuda::setup(int vflag)
|
|||||||
{
|
{
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||||||
MYDBG( printf("# CUDA: FixAddForceCuda::setup\n"); )
|
MYDBG( printf("# CUDA: FixAddForceCuda::setup\n"); )
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
{
|
{
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||||||
Cuda_FixAddForceCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
Cuda_FixAddForceCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
||||||
cuda->cu_f->upload();
|
cuda->cu_f->upload();
|
||||||
|
|||||||
@ -101,7 +101,7 @@ void FixAveForceCuda::init()
|
|||||||
{
|
{
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||||||
if(not cu_foriginal)
|
if(not cu_foriginal)
|
||||||
cu_foriginal = new cCudaData<double, F_FLOAT, x> (foriginal,4);
|
cu_foriginal = new cCudaData<double, F_FLOAT, x> (foriginal,4);
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
|
|
||||||
// ncount = total # of atoms in group
|
// ncount = total # of atoms in group
|
||||||
@ -114,7 +114,7 @@ void FixAveForceCuda::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixAveForceCuda::setup(int vflag)
|
void FixAveForceCuda::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
{
|
{
|
||||||
Cuda_FixAveForceCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
Cuda_FixAveForceCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
||||||
cuda->cu_f->upload();
|
cuda->cu_f->upload();
|
||||||
|
|||||||
@ -90,7 +90,7 @@ void FixEnforce2DCuda::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixEnforce2DCuda::setup(int vflag)
|
void FixEnforce2DCuda::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
{
|
{
|
||||||
Cuda_FixEnforce2dCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
Cuda_FixEnforce2dCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
||||||
cuda->cu_f->upload();
|
cuda->cu_f->upload();
|
||||||
|
|||||||
@ -90,7 +90,7 @@ void FixFreezeCuda::setup(int vflag)
|
|||||||
{
|
{
|
||||||
MYDBG( printf("# CUDA: FixFreezeCuda::setup\n"); )
|
MYDBG( printf("# CUDA: FixFreezeCuda::setup\n"); )
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
{
|
{
|
||||||
Cuda_FixFreezeCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
Cuda_FixFreezeCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
||||||
cuda->cu_f->upload();
|
cuda->cu_f->upload();
|
||||||
|
|||||||
@ -135,7 +135,7 @@ void FixGravityCuda::setup(int vflag)
|
|||||||
{
|
{
|
||||||
MYDBG( printf("# CUDA: FixGravityCuda::setup\n"); )
|
MYDBG( printf("# CUDA: FixGravityCuda::setup\n"); )
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
{
|
{
|
||||||
Cuda_FixGravityCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
Cuda_FixGravityCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
||||||
cuda->cu_f->upload();
|
cuda->cu_f->upload();
|
||||||
|
|||||||
@ -547,7 +547,7 @@ void FixNHCuda::init()
|
|||||||
if (force->kspace) kspace_flag = 1;
|
if (force->kspace) kspace_flag = 1;
|
||||||
else kspace_flag = 0;
|
else kspace_flag = 0;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
dto = 0.5*step_respa[0];
|
dto = 0.5*step_respa[0];
|
||||||
@ -1550,7 +1550,7 @@ void FixNHCuda::reset_dt()
|
|||||||
|
|
||||||
// If using respa, then remap is performed in innermost level
|
// If using respa, then remap is performed in innermost level
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
dto = 0.5*step_respa[0];
|
dto = 0.5*step_respa[0];
|
||||||
|
|
||||||
p_freq_max = 0.0;
|
p_freq_max = 0.0;
|
||||||
|
|||||||
@ -83,7 +83,7 @@ void FixNVECuda::init()
|
|||||||
dtv = update->dt;
|
dtv = update->dt;
|
||||||
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
|
|
||||||
triggerneighsq= cuda->shared_data.atom.triggerneighsq;
|
triggerneighsq= cuda->shared_data.atom.triggerneighsq;
|
||||||
|
|||||||
@ -82,7 +82,7 @@ void FixSetForceCuda::init()
|
|||||||
{
|
{
|
||||||
if(not cu_foriginal)
|
if(not cu_foriginal)
|
||||||
cu_foriginal = new cCudaData<double, F_FLOAT, x> (foriginal,3);
|
cu_foriginal = new cCudaData<double, F_FLOAT, x> (foriginal,3);
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -92,7 +92,7 @@ void FixSetForceCuda::setup(int vflag)
|
|||||||
{
|
{
|
||||||
MYDBG( printf("# CUDA: FixSetForceCuda::setup\n"); )
|
MYDBG( printf("# CUDA: FixSetForceCuda::setup\n"); )
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
{
|
{
|
||||||
Cuda_FixSetForceCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
Cuda_FixSetForceCuda_Init(&cuda->shared_data);
|
||||||
cuda->cu_f->upload();
|
cuda->cu_f->upload();
|
||||||
|
|||||||
@ -336,7 +336,7 @@ void FixShakeCuda::init()
|
|||||||
// could have changed locations in fix list since created
|
// could have changed locations in fix list since created
|
||||||
// set ptrs to rRESPA variables
|
// set ptrs to rRESPA variables
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
for (i = 0; i < modify->nfix; i++)
|
for (i = 0; i < modify->nfix; i++)
|
||||||
if (strcmp(modify->fix[i]->style,"RESPA") == 0) ifix_respa = i;
|
if (strcmp(modify->fix[i]->style,"RESPA") == 0) ifix_respa = i;
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
@ -431,7 +431,7 @@ void FixShakeCuda::setup(int vflag)
|
|||||||
|
|
||||||
// half timestep constraint on pre-step, full timestep thereafter
|
// half timestep constraint on pre-step, full timestep thereafter
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0) {
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet")) {
|
||||||
dtv = update->dt;
|
dtv = update->dt;
|
||||||
dtfsq = 0.5 * update->dt * update->dt * force->ftm2v;
|
dtfsq = 0.5 * update->dt * update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
@ -2603,7 +2603,7 @@ void FixShakeCuda::unpack_comm(int n, int first, double *buf)
|
|||||||
|
|
||||||
void FixShakeCuda::reset_dt()
|
void FixShakeCuda::reset_dt()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0) {
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet")) {
|
||||||
dtv = update->dt;
|
dtv = update->dt;
|
||||||
dtfsq = update->dt * update->dt * force->ftm2v;
|
dtfsq = update->dt * update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
} else {
|
} else {
|
||||||
|
|||||||
@ -139,7 +139,7 @@ void PairBornCoulLongCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) error->all("Integrate Style Respa is not supported by pair style buck/coul/long/cuda");
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) error->all("Integrate Style Respa is not supported by pair style buck/coul/long/cuda");
|
||||||
|
|
||||||
irequest = neighbor->request(this);
|
irequest = neighbor->request(this);
|
||||||
neighbor->requests[irequest]->full = 1;
|
neighbor->requests[irequest]->full = 1;
|
||||||
|
|||||||
@ -132,7 +132,7 @@ void PairBuckCoulCutCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) error->all("Integrate Style Respa is not supported by pair style buck/coul/long/cuda");
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) error->all("Integrate Style Respa is not supported by pair style buck/coul/long/cuda");
|
||||||
|
|
||||||
irequest = neighbor->request(this);
|
irequest = neighbor->request(this);
|
||||||
neighbor->requests[irequest]->full = 1;
|
neighbor->requests[irequest]->full = 1;
|
||||||
|
|||||||
@ -137,7 +137,7 @@ void PairBuckCoulLongCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) error->all("Integrate Style Respa is not supported by pair style buck/coul/long/cuda");
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) error->all("Integrate Style Respa is not supported by pair style buck/coul/long/cuda");
|
||||||
|
|
||||||
irequest = neighbor->request(this);
|
irequest = neighbor->request(this);
|
||||||
neighbor->requests[irequest]->full = 1;
|
neighbor->requests[irequest]->full = 1;
|
||||||
|
|||||||
@ -129,7 +129,7 @@ void PairBuckCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) error->all("Integrate Style Respa is not supported by pair style buck/coul/long/cuda");
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) error->all("Integrate Style Respa is not supported by pair style buck/coul/long/cuda");
|
||||||
|
|
||||||
irequest = neighbor->request(this);
|
irequest = neighbor->request(this);
|
||||||
neighbor->requests[irequest]->full = 1;
|
neighbor->requests[irequest]->full = 1;
|
||||||
|
|||||||
@ -157,7 +157,7 @@ void PairCGCMMCoulCutCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
|||||||
@ -157,7 +157,7 @@ void PairCGCMMCoulDebyeCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
|||||||
@ -158,7 +158,7 @@ void PairCGCMMCoulLongCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
|||||||
@ -156,7 +156,7 @@ void PairCGCMMCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
|||||||
@ -149,7 +149,7 @@ void PairGranHookeCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
|||||||
@ -139,7 +139,7 @@ void PairLJ96CutCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
|||||||
@ -133,7 +133,7 @@ void PairLJCutCoulLongCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
int respa = 0;
|
int respa = 0;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
||||||
@ -177,7 +177,7 @@ void PairLJCutCoulLongCuda::init_style()
|
|||||||
cuda->shared_data.pair.cut_coulsq_global=cut_coulsq;
|
cuda->shared_data.pair.cut_coulsq_global=cut_coulsq;
|
||||||
// set rRESPA cutoffs
|
// set rRESPA cutoffs
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0 &&
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa") &&
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
||||||
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
||||||
else cut_respa = NULL;
|
else cut_respa = NULL;
|
||||||
|
|||||||
@ -139,7 +139,7 @@ void PairLJCutCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
|||||||
@ -138,7 +138,7 @@ void PairLJCutExperimentalCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
|||||||
@ -141,7 +141,7 @@ void PairLJExpandCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
|||||||
@ -138,7 +138,7 @@ void PairMorseCuda::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
else
|
else
|
||||||
|
|||||||
@ -58,7 +58,7 @@ void FixNVEEff::init()
|
|||||||
dtv = update->dt;
|
dtv = update->dt;
|
||||||
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -237,7 +237,7 @@ void PairBuckCoul::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
int respa = 0;
|
int respa = 0;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
||||||
@ -273,7 +273,7 @@ void PairBuckCoul::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
// set rRESPA cutoffs
|
// set rRESPA cutoffs
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0 &&
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa") &&
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
||||||
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
||||||
else cut_respa = NULL;
|
else cut_respa = NULL;
|
||||||
|
|||||||
@ -235,7 +235,7 @@ void PairLJCoul::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 0 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 0 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
int respa = 0;
|
int respa = 0;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
||||||
@ -271,7 +271,7 @@ void PairLJCoul::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
// set rRESPA cutoffs
|
// set rRESPA cutoffs
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0 &&
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa") &&
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
||||||
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
||||||
else cut_respa = NULL;
|
else cut_respa = NULL;
|
||||||
|
|||||||
@ -342,7 +342,7 @@ int FixIMD::setmask()
|
|||||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
void FixIMD::init()
|
void FixIMD::init()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
|
|
||||||
return;
|
return;
|
||||||
|
|||||||
@ -294,7 +294,7 @@ void FixQEqReax::init()
|
|||||||
init_shielding();
|
init_shielding();
|
||||||
init_taper();
|
init_taper();
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -154,7 +154,7 @@ void FixSMD::init()
|
|||||||
zn = dz/r_old;
|
zn = dz/r_old;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -162,7 +162,7 @@ void FixSMD::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixSMD::setup(int vflag)
|
void FixSMD::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -183,7 +183,7 @@ void FixAddForce::init()
|
|||||||
update->whichflag == 2 && estyle == NONE)
|
update->whichflag == 2 && estyle == NONE)
|
||||||
error->all("Must use variable energy with fix addforce");
|
error->all("Must use variable energy with fix addforce");
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -191,7 +191,7 @@ void FixAddForce::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixAddForce::setup(int vflag)
|
void FixAddForce::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -154,7 +154,7 @@ void FixAveForce::init()
|
|||||||
if (xstyle == EQUAL || ystyle == EQUAL || zstyle == EQUAL) varflag = EQUAL;
|
if (xstyle == EQUAL || ystyle == EQUAL || zstyle == EQUAL) varflag = EQUAL;
|
||||||
else varflag = CONSTANT;
|
else varflag = CONSTANT;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -162,7 +162,7 @@ void FixAveForce::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixAveForce::setup(int vflag)
|
void FixAveForce::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else
|
else
|
||||||
for (int ilevel = 0; ilevel < nlevels_respa; ilevel++) {
|
for (int ilevel = 0; ilevel < nlevels_respa; ilevel++) {
|
||||||
|
|||||||
@ -65,7 +65,7 @@ int FixDrag::setmask()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixDrag::init()
|
void FixDrag::init()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -73,7 +73,7 @@ void FixDrag::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixDrag::setup(int vflag)
|
void FixDrag::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -109,7 +109,7 @@ void FixDtReset::init()
|
|||||||
// set rRESPA flag
|
// set rRESPA flag
|
||||||
|
|
||||||
respaflag = 0;
|
respaflag = 0;
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) respaflag = 1;
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) respaflag = 1;
|
||||||
|
|
||||||
// check for DCD or XTC dumps
|
// check for DCD or XTC dumps
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -130,7 +130,7 @@ void FixEfield::init()
|
|||||||
varflag = EQUAL;
|
varflag = EQUAL;
|
||||||
else varflag = CONSTANT;
|
else varflag = CONSTANT;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -138,7 +138,7 @@ void FixEfield::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixEfield::setup(int vflag)
|
void FixEfield::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -52,7 +52,7 @@ void FixEnforce2D::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixEnforce2D::setup(int vflag)
|
void FixEnforce2D::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
int nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
int nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
|
|||||||
@ -106,7 +106,7 @@ int FixGravity::setmask()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixGravity::init()
|
void FixGravity::init()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
|
|
||||||
dt = update->dt;
|
dt = update->dt;
|
||||||
@ -120,7 +120,7 @@ void FixGravity::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixGravity::setup(int vflag)
|
void FixGravity::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -147,7 +147,7 @@ void FixIndent::init()
|
|||||||
error->all("Variable for fix indent is not equal style");
|
error->all("Variable for fix indent is not equal style");
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -155,7 +155,7 @@ void FixIndent::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixIndent::setup(int vflag)
|
void FixIndent::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -211,7 +211,7 @@ void FixLangevin::init()
|
|||||||
if (temperature && temperature->tempbias) which = BIAS;
|
if (temperature && temperature->tempbias) which = BIAS;
|
||||||
else which = NOBIAS;
|
else which = NOBIAS;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -219,7 +219,7 @@ void FixLangevin::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixLangevin::setup(int vflag)
|
void FixLangevin::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -55,7 +55,7 @@ int FixLineForce::setmask()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixLineForce::setup(int vflag)
|
void FixLineForce::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
int nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
int nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
|
|||||||
@ -360,7 +360,7 @@ void FixMove::init()
|
|||||||
if (vzvarstr && vzvarstyle == ATOM) velocityflag = 1;
|
if (vzvarstr && vzvarstyle == ATOM) velocityflag = 1;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -608,7 +608,7 @@ void FixNH::init()
|
|||||||
if (force->kspace) kspace_flag = 1;
|
if (force->kspace) kspace_flag = 1;
|
||||||
else kspace_flag = 0;
|
else kspace_flag = 0;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
dto = 0.5*step_respa[0];
|
dto = 0.5*step_respa[0];
|
||||||
@ -1556,7 +1556,7 @@ void FixNH::reset_dt()
|
|||||||
|
|
||||||
// If using respa, then remap is performed in innermost level
|
// If using respa, then remap is performed in innermost level
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
dto = 0.5*step_respa[0];
|
dto = 0.5*step_respa[0];
|
||||||
|
|
||||||
p_freq_max = 0.0;
|
p_freq_max = 0.0;
|
||||||
|
|||||||
@ -52,7 +52,7 @@ void FixNVE::init()
|
|||||||
dtv = update->dt;
|
dtv = update->dt;
|
||||||
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -62,7 +62,7 @@ void FixNVELimit::init()
|
|||||||
vlimitsq = (xlimit/dtv) * (xlimit/dtv);
|
vlimitsq = (xlimit/dtv) * (xlimit/dtv);
|
||||||
ncount = 0;
|
ncount = 0;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -47,7 +47,7 @@ void FixNVENoforce::init()
|
|||||||
{
|
{
|
||||||
dtv = update->dt;
|
dtv = update->dt;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -193,7 +193,7 @@ int FixOrientFCC::setmask()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixOrientFCC::init()
|
void FixOrientFCC::init()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
|
|
||||||
// need a full neighbor list, built whenever re-neighboring occurs
|
// need a full neighbor list, built whenever re-neighboring occurs
|
||||||
@ -216,7 +216,7 @@ void FixOrientFCC::init_list(int id, NeighList *ptr)
|
|||||||
|
|
||||||
void FixOrientFCC::setup(int vflag)
|
void FixOrientFCC::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -55,7 +55,7 @@ int FixPlaneForce::setmask()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixPlaneForce::setup(int vflag)
|
void FixPlaneForce::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
int nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
int nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
|
|||||||
@ -501,7 +501,7 @@ void FixRigid::init()
|
|||||||
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
dtf = 0.5 * update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
dtq = 0.5 * update->dt;
|
dtq = 0.5 * update->dt;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
|
|
||||||
// extended = 1 if any particle in a rigid body is finite size
|
// extended = 1 if any particle in a rigid body is finite size
|
||||||
|
|||||||
@ -163,7 +163,7 @@ void FixSetForce::init()
|
|||||||
varflag = EQUAL;
|
varflag = EQUAL;
|
||||||
else varflag = CONSTANT;
|
else varflag = CONSTANT;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
|
|
||||||
// cannot use non-zero forces for a minimization since no energy is integrated
|
// cannot use non-zero forces for a minimization since no energy is integrated
|
||||||
@ -186,7 +186,7 @@ void FixSetForce::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixSetForce::setup(int vflag)
|
void FixSetForce::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else
|
else
|
||||||
for (int ilevel = 0; ilevel < nlevels_respa; ilevel++) {
|
for (int ilevel = 0; ilevel < nlevels_respa; ilevel++) {
|
||||||
|
|||||||
@ -304,7 +304,7 @@ void FixShake::init()
|
|||||||
// could have changed locations in fix list since created
|
// could have changed locations in fix list since created
|
||||||
// set ptrs to rRESPA variables
|
// set ptrs to rRESPA variables
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
for (i = 0; i < modify->nfix; i++)
|
for (i = 0; i < modify->nfix; i++)
|
||||||
if (strcmp(modify->fix[i]->style,"RESPA") == 0) ifix_respa = i;
|
if (strcmp(modify->fix[i]->style,"RESPA") == 0) ifix_respa = i;
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
@ -399,7 +399,7 @@ void FixShake::setup(int vflag)
|
|||||||
|
|
||||||
// half timestep constraint on pre-step, full timestep thereafter
|
// half timestep constraint on pre-step, full timestep thereafter
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0) {
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet")) {
|
||||||
dtv = update->dt;
|
dtv = update->dt;
|
||||||
dtfsq = 0.5 * update->dt * update->dt * force->ftm2v;
|
dtfsq = 0.5 * update->dt * update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
@ -2417,7 +2417,7 @@ void FixShake::unpack_comm(int n, int first, double *buf)
|
|||||||
|
|
||||||
void FixShake::reset_dt()
|
void FixShake::reset_dt()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0) {
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet")) {
|
||||||
dtv = update->dt;
|
dtv = update->dt;
|
||||||
dtfsq = update->dt * update->dt * force->ftm2v;
|
dtfsq = update->dt * update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
} else {
|
} else {
|
||||||
|
|||||||
@ -130,7 +130,7 @@ void FixSpring::init()
|
|||||||
masstotal = group->mass(igroup);
|
masstotal = group->mass(igroup);
|
||||||
if (styleflag == COUPLE) masstotal2 = group->mass(igroup2);
|
if (styleflag == COUPLE) masstotal2 = group->mass(igroup2);
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -138,7 +138,7 @@ void FixSpring::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixSpring::setup(int vflag)
|
void FixSpring::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -68,7 +68,7 @@ void FixSpringRG::init()
|
|||||||
rg0_flag = 0;
|
rg0_flag = 0;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -76,7 +76,7 @@ void FixSpringRG::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixSpringRG::setup(int vflag)
|
void FixSpringRG::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -106,7 +106,7 @@ int FixSpringSelf::setmask()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixSpringSelf::init()
|
void FixSpringSelf::init()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -114,7 +114,7 @@ void FixSpringSelf::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixSpringSelf::setup(int vflag)
|
void FixSpringSelf::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -67,7 +67,7 @@ int FixStoreForce::setmask()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixStoreForce::init()
|
void FixStoreForce::init()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -75,7 +75,7 @@ void FixStoreForce::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixStoreForce::setup(int vflag)
|
void FixStoreForce::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -175,7 +175,7 @@ void FixTMD::init()
|
|||||||
|
|
||||||
dtv = update->dt;
|
dtv = update->dt;
|
||||||
dtf = update->dt * force->ftm2v;
|
dtf = update->dt * force->ftm2v;
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
step_respa = ((Respa *) update->integrate)->step;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -213,7 +213,7 @@ void FixTTM::init()
|
|||||||
for (int iznode = 0; iznode < nznodes; iznode++)
|
for (int iznode = 0; iznode < nznodes; iznode++)
|
||||||
net_energy_transfer_all[ixnode][iynode][iznode] = 0;
|
net_energy_transfer_all[ixnode][iynode][iznode] = 0;
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -221,7 +221,7 @@ void FixTTM::init()
|
|||||||
|
|
||||||
void FixTTM::setup(int vflag)
|
void FixTTM::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force_setup(vflag);
|
post_force_setup(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -71,7 +71,7 @@ int FixViscous::setmask()
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void FixViscous::init()
|
void FixViscous::init()
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{
|
{
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if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
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||||||
|
|
||||||
@ -79,7 +79,7 @@ void FixViscous::init()
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|||||||
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void FixViscous::setup(int vflag)
|
void FixViscous::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -195,7 +195,7 @@ void FixWall::init()
|
|||||||
|
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||||||
for (int m = 0; m < nwall; m++) precompute(m);
|
for (int m = 0; m < nwall; m++) precompute(m);
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
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||||||
|
|
||||||
@ -203,7 +203,7 @@ void FixWall::init()
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||||||
void FixWall::setup(int vflag)
|
void FixWall::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -149,7 +149,7 @@ void FixWallRegion::init()
|
|||||||
offset = coeff3*r4inv*r4inv*rinv - coeff4*r2inv*rinv;
|
offset = coeff3*r4inv*r4inv*rinv - coeff4*r2inv*rinv;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa"))
|
||||||
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
nlevels_respa = ((Respa *) update->integrate)->nlevels;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
@ -157,7 +157,7 @@ void FixWallRegion::init()
|
|||||||
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||||||
void FixWallRegion::setup(int vflag)
|
void FixWallRegion::setup(int vflag)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"verlet") == 0)
|
if (strstr(update->integrate_style,"verlet"))
|
||||||
post_force(vflag);
|
post_force(vflag);
|
||||||
else {
|
else {
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
((Respa *) update->integrate)->copy_flevel_f(nlevels_respa-1);
|
||||||
|
|||||||
@ -317,7 +317,7 @@ void Neighbor::init()
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|||||||
// rRESPA cutoffs
|
// rRESPA cutoffs
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||||||
|
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||||||
int respa = 0;
|
int respa = 0;
|
||||||
if (update->whichflag == 1 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 1 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|||||||
@ -490,7 +490,7 @@ void PairLJ96Cut::init_style()
|
|||||||
|
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||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 1 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 1 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
int respa = 0;
|
int respa = 0;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
||||||
@ -524,7 +524,7 @@ void PairLJ96Cut::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
// set rRESPA cutoffs
|
// set rRESPA cutoffs
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0 &&
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa") &&
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
||||||
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
||||||
else cut_respa = NULL;
|
else cut_respa = NULL;
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||||||
|
|||||||
@ -484,7 +484,7 @@ void PairLJCut::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
int irequest;
|
int irequest;
|
||||||
|
|
||||||
if (update->whichflag == 1 && strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0) {
|
if (update->whichflag == 1 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
int respa = 0;
|
int respa = 0;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
||||||
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
||||||
@ -518,7 +518,7 @@ void PairLJCut::init_style()
|
|||||||
|
|
||||||
// set rRESPA cutoffs
|
// set rRESPA cutoffs
|
||||||
|
|
||||||
if (strcmp(update->integrate_style,"respa") == 0 &&
|
if (strstr(update->integrate_style,"respa") &&
|
||||||
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0)
|
||||||
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
cut_respa = ((Respa *) update->integrate)->cutoff;
|
||||||
else cut_respa = NULL;
|
else cut_respa = NULL;
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