git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@7647 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa
This commit is contained in:
@ -27,6 +27,7 @@
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||||
#include "error.h"
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using namespace LAMMPS_NS;
|
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using namespace FixConst;
|
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||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
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||||
@ -17,6 +17,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -17,6 +17,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
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@ -28,6 +28,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
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||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
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#define INERTIA 0.2 // moment of inertia prefactor for ellipsoid
|
||||
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@ -24,6 +24,7 @@
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#include "error.h"
|
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|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
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||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
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@ -22,6 +22,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
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||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
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using namespace MathConst;
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#define INERTIA (1.0/12.0) // moment of inertia prefactor for line segment
|
||||
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@ -22,6 +22,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
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||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -18,6 +18,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -25,6 +25,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
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|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -28,6 +28,7 @@
|
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#include "neighbor.h"
|
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|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
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|
||||
enum{GPU_FORCE, GPU_NEIGH, GPU_HYB_NEIGH};
|
||||
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|
||||
@ -21,6 +21,7 @@
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#include "error.h"
|
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|
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using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
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|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -32,6 +32,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace MathConst;
|
||||
|
||||
#define EPSILON 0.001
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace MathConst;
|
||||
|
||||
enum{XPLANE,YPLANE,ZPLANE,ZCYLINDER}; // XYZ PLANE need to be 0,1,2
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -28,6 +28,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -30,6 +30,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
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|
||||
#define BIG 1.0e20
|
||||
|
||||
|
||||
@ -35,6 +35,7 @@
|
||||
#include "update.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -35,6 +35,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace MathConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
@ -33,6 +33,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -37,6 +37,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
#define MAXBODY 2 // currently 2 since only linear chains allowed
|
||||
#define DELTA 128
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -28,6 +28,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -29,6 +29,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -29,6 +29,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -26,6 +26,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -27,6 +27,7 @@
|
||||
#include "force.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
#define BIG 1.0e30
|
||||
#define EPSILON 1.0e-6
|
||||
|
||||
@ -35,6 +35,7 @@
|
||||
#include "thermo.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -27,6 +27,7 @@
|
||||
#include "math.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{ISO,ANISO,TRICLINIC}; // same as fix_nh.cpp
|
||||
|
||||
|
||||
@ -27,6 +27,7 @@
|
||||
#include "math_const.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace MathConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
@ -41,6 +41,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace MathConst;
|
||||
|
||||
enum{SLIP,NOSLIP};
|
||||
|
||||
@ -27,6 +27,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{XLO,XHI,YLO,YHI,ZLO,ZHI};
|
||||
enum{NONE,EDGE,CONSTANT,VARIABLE};
|
||||
|
||||
@ -34,6 +34,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
// main page of doxygen documentation
|
||||
/*! \mainpage AtC : Atom-to-Continuum methods
|
||||
|
||||
@ -29,6 +29,7 @@
|
||||
#include "TCP/wpmd_split.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
/* -*- c++ -*- ----------------------------------------------------------
|
||||
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
||||
|
||||
Original Version:
|
||||
@ -24,16 +24,22 @@
|
||||
#ifndef CUDA_MODIFY_FLAGS_H
|
||||
#define CUDA_MODIFY_FLAGS_H
|
||||
|
||||
#define INITIAL_INTEGRATE_CUDA (1 << 16)
|
||||
#define POST_INTEGRATE_CUDA (1 << 17)
|
||||
#define PRE_EXCHANGE_CUDA (1 << 18)
|
||||
#define PRE_NEIGHBOR_CUDA (1 << 19)
|
||||
#define PRE_FORCE_CUDA (1 << 20)
|
||||
#define POST_FORCE_CUDA (1 << 21)
|
||||
#define FINAL_INTEGRATE_CUDA (1 << 22)
|
||||
#define END_OF_STEP_CUDA (1 << 23)
|
||||
#define THERMO_ENERGY_CUDA (1 << 24)
|
||||
#define MIN_POST_FORCE_CUDA (1 << 25)
|
||||
#include "fix.h"
|
||||
|
||||
namespace LAMMPS_NS {
|
||||
namespace FixConstCuda {
|
||||
static const int INITIAL_INTEGRATE_CUDA = FixConst::FIX_CONST_LAST << 0;
|
||||
static const int POST_INTEGRATE_CUDA = FixConst::FIX_CONST_LAST << 1;
|
||||
static const int PRE_EXCHANGE_CUDA = FixConst::FIX_CONST_LAST << 2;
|
||||
static const int PRE_NEIGHBOR_CUDA = FixConst::FIX_CONST_LAST << 3;
|
||||
static const int PRE_FORCE_CUDA = FixConst::FIX_CONST_LAST << 4;
|
||||
static const int POST_FORCE_CUDA = FixConst::FIX_CONST_LAST << 5;
|
||||
static const int FINAL_INTEGRATE_CUDA = FixConst::FIX_CONST_LAST << 6;
|
||||
static const int END_OF_STEP_CUDA = FixConst::FIX_CONST_LAST << 7;
|
||||
static const int THERMO_ENERGY_CUDA = FixConst::FIX_CONST_LAST << 8;
|
||||
static const int MIN_POST_FORCE_CUDA = FixConst::FIX_CONST_LAST << 9;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
// remember not to shift over 31 bits
|
||||
|
||||
#endif // CUDA_MODIFY_FLAGS_H
|
||||
|
||||
@ -37,6 +37,8 @@
|
||||
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -36,6 +36,8 @@
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -46,6 +46,8 @@
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -35,6 +35,8 @@
|
||||
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -36,6 +36,8 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
using namespace MathConst;
|
||||
|
||||
enum{CHUTE,SPHERICAL,GRADIENT,VECTOR};
|
||||
|
||||
@ -37,6 +37,8 @@
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
enum{NOBIAS,BIAS};
|
||||
enum{NONE,XYZ,XY,YZ,XZ};
|
||||
|
||||
@ -16,7 +16,15 @@
|
||||
#include "modify.h"
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -47,6 +47,8 @@
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -17,7 +17,15 @@
|
||||
#include "modify.h"
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -34,6 +34,8 @@
|
||||
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -37,6 +37,8 @@
|
||||
#include "math_const.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
using namespace MathConst;
|
||||
|
||||
#define BIG 1.0e20
|
||||
|
||||
@ -51,6 +51,8 @@
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
enum{NOBIAS,BIAS};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -40,6 +40,8 @@
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
enum{NOBIAS,BIAS};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -40,6 +40,8 @@
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
enum{NOBIAS,BIAS};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -34,6 +34,8 @@
|
||||
#include "cuda.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -27,34 +27,17 @@
|
||||
#include "memory.h"
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
|
||||
#define DELTA 4
|
||||
|
||||
// mask settings - same as in fix.cpp
|
||||
|
||||
#define INITIAL_INTEGRATE 1
|
||||
#define POST_INTEGRATE 2
|
||||
#define PRE_EXCHANGE 4
|
||||
#define PRE_NEIGHBOR 8
|
||||
#define PRE_FORCE 16
|
||||
#define POST_FORCE 32
|
||||
#define FINAL_INTEGRATE 64
|
||||
#define END_OF_STEP 128
|
||||
#define THERMO_ENERGY 256
|
||||
#define INITIAL_INTEGRATE_RESPA 512
|
||||
#define POST_INTEGRATE_RESPA 1024
|
||||
#define PRE_FORCE_RESPA 2048
|
||||
#define POST_FORCE_RESPA 4096
|
||||
#define FINAL_INTEGRATE_RESPA 8192
|
||||
#define MIN_PRE_EXCHANGE 16384
|
||||
#define MIN_POST_FORCE 32768
|
||||
#define MIN_ENERGY 65536
|
||||
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
|
||||
#define BIG 1.0e20
|
||||
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
ModifyCuda::ModifyCuda(LAMMPS *lmp) : Modify(lmp)
|
||||
@ -318,6 +301,20 @@ void ModifyCuda::pre_neighbor()
|
||||
pre_force call, only for relevant fixes
|
||||
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
void ModifyCuda::setup_pre_force(int vflag)
|
||||
{
|
||||
for(int i = 0; i < n_pre_force_cuda; i++)
|
||||
fix[list_pre_force_cuda[i]]->pre_force(vflag);
|
||||
|
||||
if(n_pre_force_host != 0)
|
||||
{
|
||||
cuda->downloadAll(); cuda->oncpu = true;
|
||||
for (int i = 0; i < n_pre_force_host; i++)
|
||||
fix[list_pre_force[i]]->pre_force(vflag);
|
||||
cuda->uploadAll(); cuda->oncpu = false;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
void ModifyCuda::pre_force(int vflag)
|
||||
{
|
||||
for(int i = 0; i < n_pre_force_cuda; i++)
|
||||
|
||||
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
/* -*- c++ -*- ----------------------------------------------------------
|
||||
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
||||
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
|
||||
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
|
||||
@ -50,6 +50,7 @@ class ModifyCuda : public Modify {
|
||||
//void pre_decide();
|
||||
void pre_exchange();
|
||||
void pre_neighbor();
|
||||
void setup_pre_force(int);
|
||||
void pre_force(int);
|
||||
void post_force(int);
|
||||
void final_integrate();
|
||||
|
||||
@ -38,6 +38,7 @@
|
||||
#include "group.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{NOBIAS,BIAS};
|
||||
enum{CONSTANT,EQUAL,ATOM};
|
||||
|
||||
@ -24,6 +24,7 @@
|
||||
#include "domain.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{NOBIAS,BIAS};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -17,6 +17,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -17,6 +17,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -28,6 +28,7 @@
|
||||
#include "domain.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -19,6 +19,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -24,6 +24,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{NO_REMAP,X_REMAP,V_REMAP}; // same as fix_deform.cpp
|
||||
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{NOBIAS,BIAS};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include "force.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{NONE,CONSTANT,EQUAL,ATOM};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -429,6 +429,7 @@ static void imdsock_destroy(void *);
|
||||
***************************************************************/
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* struct for packed data communication of coordinates and forces. */
|
||||
struct commdata {
|
||||
|
||||
@ -29,6 +29,7 @@
|
||||
#include "group.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum { SMD_NONE=0,
|
||||
SMD_TETHER=1<<0, SMD_COUPLE=1<<1,
|
||||
|
||||
@ -27,6 +27,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{CHUTE,SPHERICAL,GRADIENT,VECTOR};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -23,6 +23,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
#define INERTIA 0.4 // moment of inertia prefactor for sphere
|
||||
|
||||
|
||||
@ -40,7 +40,16 @@
|
||||
#include <stdlib.h>
|
||||
#include <stdio.h>
|
||||
|
||||
#if defined(LMP_USER_CUDA)
|
||||
#include "cuda_modify_flags.h"
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
#if defined(LMP_USER_CUDA)
|
||||
using namespace FixConstCuda;
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
static int get_tid()
|
||||
{
|
||||
@ -156,6 +165,18 @@ FixOMP::~FixOMP()
|
||||
|
||||
int FixOMP::setmask()
|
||||
{
|
||||
// compatibility with USER-CUDA
|
||||
// our fix doesn't need any data transfer.
|
||||
#if defined(LMP_USER_CUDA)
|
||||
if (lmp->cuda) {
|
||||
int mask = 0;
|
||||
mask |= PRE_FORCE_CUDA;
|
||||
mask |= PRE_FORCE_RESPA;
|
||||
mask |= MIN_PRE_FORCE;
|
||||
return mask;
|
||||
}
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
int mask = 0;
|
||||
mask |= PRE_FORCE;
|
||||
mask |= PRE_FORCE_RESPA;
|
||||
|
||||
@ -22,6 +22,7 @@
|
||||
#include "neigh_request.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include <string.h>
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -29,6 +29,7 @@
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
#define MAXTOUCH 15
|
||||
|
||||
|
||||
@ -21,6 +21,7 @@
|
||||
#include "update.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
|
||||
enum{XPLANE,YPLANE,ZPLANE,ZCYLINDER}; // XYZ PLANE need to be 0,1,2
|
||||
|
||||
@ -40,6 +40,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
#define EV_TO_KCAL_PER_MOL 14.4
|
||||
#define SAFE_ZONE 1.2
|
||||
|
||||
@ -28,6 +28,7 @@
|
||||
#include "memory.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
#define MAX_REAX_BONDS 30
|
||||
#define MIN_REAX_BONDS 15
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include "pair.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include "pair.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
23
src/fix.cpp
23
src/fix.cpp
@ -20,6 +20,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
@ -67,28 +68,6 @@ Fix::Fix(LAMMPS *lmp, int narg, char **arg) : Pointers(lmp)
|
||||
|
||||
maxvatom = 0;
|
||||
vatom = NULL;
|
||||
|
||||
// mask settings - same as in modify.cpp
|
||||
|
||||
INITIAL_INTEGRATE = 1;
|
||||
POST_INTEGRATE = 2;
|
||||
PRE_EXCHANGE = 4;
|
||||
PRE_NEIGHBOR = 8;
|
||||
PRE_FORCE = 16;
|
||||
POST_FORCE = 32;
|
||||
FINAL_INTEGRATE = 64;
|
||||
END_OF_STEP = 128;
|
||||
THERMO_ENERGY = 256;
|
||||
INITIAL_INTEGRATE_RESPA = 512;
|
||||
POST_INTEGRATE_RESPA = 1024;
|
||||
PRE_FORCE_RESPA = 2048;
|
||||
POST_FORCE_RESPA = 4096;
|
||||
FINAL_INTEGRATE_RESPA = 8192;
|
||||
MIN_PRE_EXCHANGE = 16384;
|
||||
MIN_PRE_FORCE = 32768;
|
||||
MIN_POST_FORCE = 65536;
|
||||
MIN_ENERGY = 131072;
|
||||
POST_RUN = 262144;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
33
src/fix.h
33
src/fix.h
@ -1,4 +1,4 @@
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
/* -*- c++ -*- ----------------------------------------------------------
|
||||
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
||||
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
|
||||
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
|
||||
@ -76,14 +76,6 @@ class Fix : protected Pointers {
|
||||
double virial[6]; // accumlated virial
|
||||
double **vatom; // accumulated per-atom virial
|
||||
|
||||
int INITIAL_INTEGRATE,POST_INTEGRATE; // mask settings
|
||||
int PRE_EXCHANGE,PRE_NEIGHBOR;
|
||||
int PRE_FORCE,POST_FORCE,FINAL_INTEGRATE,END_OF_STEP,THERMO_ENERGY;
|
||||
int INITIAL_INTEGRATE_RESPA,POST_INTEGRATE_RESPA;
|
||||
int PRE_FORCE_RESPA,POST_FORCE_RESPA,FINAL_INTEGRATE_RESPA;
|
||||
int MIN_PRE_EXCHANGE,MIN_PRE_FORCE,MIN_POST_FORCE,MIN_ENERGY;
|
||||
int POST_RUN;
|
||||
|
||||
Fix(class LAMMPS *, int, char **);
|
||||
virtual ~Fix();
|
||||
void modify_params(int, char **);
|
||||
@ -167,6 +159,29 @@ class Fix : protected Pointers {
|
||||
void v_tally(int, int *, double, double *);
|
||||
};
|
||||
|
||||
namespace FixConst {
|
||||
static const int INITIAL_INTEGRATE = 1<<0;
|
||||
static const int POST_INTEGRATE = 1<<1;
|
||||
static const int PRE_EXCHANGE = 1<<2;
|
||||
static const int PRE_NEIGHBOR = 1<<3;
|
||||
static const int PRE_FORCE = 1<<4;
|
||||
static const int POST_FORCE = 1<<5;
|
||||
static const int FINAL_INTEGRATE = 1<<6;
|
||||
static const int END_OF_STEP = 1<<7;
|
||||
static const int THERMO_ENERGY = 1<<8;
|
||||
static const int INITIAL_INTEGRATE_RESPA = 1<<9;
|
||||
static const int POST_INTEGRATE_RESPA = 1<<10;
|
||||
static const int PRE_FORCE_RESPA = 1<<11;
|
||||
static const int POST_FORCE_RESPA = 1<<12;
|
||||
static const int FINAL_INTEGRATE_RESPA = 1<<13;
|
||||
static const int MIN_PRE_EXCHANGE = 1<<14;
|
||||
static const int MIN_PRE_FORCE = 1<<15;
|
||||
static const int MIN_POST_FORCE = 1<<16;
|
||||
static const int MIN_ENERGY = 1<<17;
|
||||
static const int POST_RUN = 1<<18;
|
||||
static const int FIX_CONST_LAST = 1<<19;
|
||||
}
|
||||
|
||||
}
|
||||
|
||||
#endif
|
||||
|
||||
@ -29,6 +29,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace MathConst;
|
||||
|
||||
enum{PAIR,KSPACE,ATOM};
|
||||
|
||||
@ -26,6 +26,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{NONE,CONSTANT,EQUAL,ATOM};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -26,6 +26,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{X,V,F,COMPUTE,FIX,VARIABLE};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -30,6 +30,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{COMPUTE,FIX,VARIABLE};
|
||||
enum{ONE,RUNNING};
|
||||
|
||||
@ -26,6 +26,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{X,V,F,COMPUTE,FIX,VARIABLE};
|
||||
enum{ONE,RUNNING};
|
||||
|
||||
@ -33,6 +33,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{LOWER,CENTER,UPPER,COORD};
|
||||
enum{V,F,DENSITY_NUMBER,DENSITY_MASS,COMPUTE,FIX,VARIABLE};
|
||||
|
||||
@ -29,6 +29,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{COMPUTE,FIX,VARIABLE};
|
||||
enum{ONE,RUNNING,WINDOW};
|
||||
|
||||
@ -26,6 +26,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{NONE,CONSTANT,EQUAL};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include "math_extra.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{NONE,XYZ,XY,YZ,XZ};
|
||||
enum{ISO,ANISO,TRICLINIC};
|
||||
|
||||
@ -34,6 +34,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace MathConst;
|
||||
|
||||
enum{NONE,FINAL,DELTA,SCALE,VEL,ERATE,TRATE,VOLUME,WIGGLE,VARIABLE};
|
||||
|
||||
@ -30,6 +30,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -22,6 +22,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -30,6 +30,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
#define BIG 1.0e20
|
||||
|
||||
|
||||
@ -30,6 +30,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{CONSTANT,EQUAL,ATOM};
|
||||
|
||||
|
||||
@ -20,6 +20,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -29,6 +29,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -20,6 +20,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -24,6 +24,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
using namespace MathConst;
|
||||
|
||||
enum{CHUTE,SPHERICAL,GRADIENT,VECTOR};
|
||||
|
||||
@ -28,6 +28,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -31,6 +31,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{NONE,SPHERE,CYLINDER,PLANE};
|
||||
enum{INSIDE,OUTSIDE};
|
||||
|
||||
@ -39,6 +39,7 @@
|
||||
#include "group.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
enum{NOBIAS,BIAS};
|
||||
enum{CONSTANT,EQUAL,ATOM};
|
||||
|
||||
@ -21,6 +21,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -19,6 +19,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||
|
||||
|
||||
@ -20,6 +20,7 @@
|
||||
#include "error.h"
|
||||
|
||||
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||
using namespace FixConst;
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
Contributing author: Naveen Michaud-Agrawal (Johns Hopkins U)
|
||||
|
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