############################################################################### # MD simulation for HDNNP water ############################################################################### ############################################################################### # VARIABLES ############################################################################### clear # Configuration files variable cfgFile string "data.H2O-360mol" # Timesteps variable numSteps equal 10 variable dt equal 0.0005 # HDNNP variable hdnnpCutoff equal 6.36 variable hdnnpDir string "hdnnp-data" ############################################################################### # GENERAL SETUP ############################################################################### units metal boundary p p p atom_style atomic region box block 0.0 2.2695686722465727E+01 0.0 2.3586033624598713E+01 0.0 2.2237130028217017E+01 create_box 3 box mass 1 1.0 read_data ${cfgFile} add append offset 1 0 0 0 0 timestep ${dt} thermo 1 ############################################################################### # HDNNP ############################################################################### pair_style hybrid lj/cut 6.0 hdnnp ${hdnnpCutoff} dir ${hdnnpDir} showew no showewsum 5 resetew no maxew 100 cflength 1.8897261328 cfenergy 0.0367493254 pair_coeff * * hdnnp NULL H O pair_coeff 1 * lj/cut 0.1 3.0 ############################################################################### # INTEGRATOR ############################################################################### fix INT all nve ############################################################################### # OUTPUT ############################################################################### #dump 1 all atom 1 dump.hdnnp ############################################################################### # SIMULATION ############################################################################### run ${numSteps}