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21 KiB
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# The oplsaa2023.lt file contains force-field parameters, atom type definitions,
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# partial charges, masses and bond-angle rules for the atoms in your system.
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import /usr/local/moltemplate/moltemplate/force_fields/oplsaa2024.lt
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# It defines these atom types:
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# atom-type charge mass btype epsilon sigma description
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# @atom:54 -0.18 12.011 CT 0.066 3.5 "n-CH3 all-atom C: alkanes"
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# @atom:57 -0.12 12.011 CT 0.066 3.51 "CH2 all-atom C: alkanes"
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# @atom:58 -0.06 12.011 CT 0.066 3.50 "CH all-atom C: alkanes"
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# @atom:60 0.06 1.008 HC 0.026 2.48 "H all-atom H: alkanes"
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# @atom:229 0.14 12.011 CT 0.066 3.50 "C on N: secondary N-CHR2 amide"
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# @atom:235 0.5 12.011 C~ 0.105 3.75 "C: C=O in amide. Acyl R in amides"
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# @atom:236 -0.5 15.999 O~ 0.21 2.96 "O: C=O in amide. is neutral - use"
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# @atom:238 -0.5 14.007 N~ 0.17 3.25 "N: secondary amide 279 for formyl H"
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# @atom:241 0.3 1.008 H~ 0 0 "H on N: secondary amide"
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# (Note: Future versions of OPLSAA might use different @atom type numbers.)
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PolyNIPAM inherits OPLSAA {
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|
# Charges will be overwritten.
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write("Data Atoms") {
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$atom:57_1 $mol:. @atom:57 0.0 -2.357 -0.245 0.629
|
|
$atom:57_2 $mol:. @atom:57 0.0 -1.194 0.752 0.778
|
|
$atom:60_1 $mol:. @atom:60 0.0 -2.027 -1.242 0.957
|
|
$atom:235_1 $mol:. @atom:235 0.0 -1.743 2.168 0.640
|
|
$atom:60_2 $mol:. @atom:60 0.0 -0.366 0.490 0.103
|
|
$atom:238_1 $mol:. @atom:238 0.0 -1.147 2.943 -0.274
|
|
$atom:236_1 $mol:. @atom:236 0.0 -2.700 2.545 1.293
|
|
$atom:229_1 $mol:. @atom:229 0.0 -1.602 4.322 -0.446
|
|
$atom:241_1 $mol:. @atom:241 0.0 -0.241 2.724 -0.647
|
|
$atom:54_1 $mol:. @atom:54 0.0 -2.662 4.430 -1.547
|
|
$atom:54_2 $mol:. @atom:54 0.0 -0.400 5.227 -0.741
|
|
$atom:60_3 $mol:. @atom:60 0.0 -2.053 4.672 0.501
|
|
$atom:60_4 $mol:. @atom:60 0.0 -3.539 3.796 -1.342
|
|
$atom:60_5 $mol:. @atom:60 0.0 -2.245 4.148 -2.526
|
|
$atom:60_6 $mol:. @atom:60 0.0 -3.006 5.475 -1.612
|
|
$atom:60_7 $mol:. @atom:60 0.0 0.080 4.944 -1.690
|
|
$atom:60_8 $mol:. @atom:60 0.0 0.355 5.185 0.060
|
|
$atom:60_9 $mol:. @atom:60 0.0 -0.737 6.273 -0.826
|
|
$atom:60_10 $mol:. @atom:60 0.0 -3.156 0.050 1.336
|
|
$atom:60_11 $mol:. @atom:60 0.0 -0.808 0.718 1.811
|
|
$atom:57_3 $mol:. @atom:57 0.0 -4.482 -0.662 -0.732
|
|
$atom:58_1 $mol:. @atom:58 0.0 -2.984 -0.308 -0.783
|
|
$atom:60_12 $mol:. @atom:60 0.0 -4.918 0.018 0.014
|
|
$atom:235_2 $mol:. @atom:235 0.0 -2.344 -1.080 -1.873
|
|
$atom:238_2 $mol:. @atom:238 0.0 -1.131 -1.604 -1.620
|
|
$atom:236_2 $mol:. @atom:236 0.0 -2.876 -1.219 -2.965
|
|
$atom:229_2 $mol:. @atom:229 0.0 -0.391 -2.304 -2.661
|
|
$atom:241_2 $mol:. @atom:241 0.0 -0.690 -1.494 -0.727
|
|
$atom:54_3 $mol:. @atom:54 0.0 0.802 -3.029 -2.033
|
|
$atom:54_4 $mol:. @atom:54 0.0 0.094 -1.373 -3.777
|
|
$atom:60_13 $mol:. @atom:60 0.0 -1.054 -3.067 -3.111
|
|
$atom:60_14 $mol:. @atom:60 0.0 0.481 -3.774 -1.288
|
|
$atom:60_15 $mol:. @atom:60 0.0 1.485 -2.319 -1.542
|
|
$atom:60_16 $mol:. @atom:60 0.0 1.368 -3.558 -2.817
|
|
$atom:60_17 $mol:. @atom:60 0.0 0.761 -0.594 -3.382
|
|
$atom:60_18 $mol:. @atom:60 0.0 -0.738 -0.879 -4.300
|
|
$atom:60_19 $mol:. @atom:60 0.0 0.653 -1.964 -4.521
|
|
$atom:60_20 $mol:. @atom:60 0.0 -4.937 -0.363 -1.697
|
|
$atom:60_21 $mol:. @atom:60 0.0 -2.967 0.717 -1.203
|
|
$atom:57_4 $mol:. @atom:57 0.0 -6.422 -2.235 -0.754
|
|
$atom:58_2 $mol:. @atom:58 0.0 -4.928 -2.114 -0.469
|
|
$atom:60_22 $mol:. @atom:60 0.0 -6.565 -1.832 -1.770
|
|
$atom:235_3 $mol:. @atom:235 0.0 -4.663 -2.569 0.992
|
|
$atom:238_3 $mol:. @atom:238 0.0 -3.960 -3.716 1.081
|
|
$atom:236_3 $mol:. @atom:236 0.0 -4.967 -1.904 1.963
|
|
$atom:229_3 $mol:. @atom:229 0.0 -3.354 -4.204 2.319
|
|
$atom:241_3 $mol:. @atom:241 0.0 -4.127 -4.397 0.356
|
|
$atom:54_5 $mol:. @atom:54 0.0 -4.295 -4.572 3.473
|
|
$atom:54_6 $mol:. @atom:54 0.0 -2.271 -3.244 2.828
|
|
$atom:60_23 $mol:. @atom:60 0.0 -2.826 -5.135 2.038
|
|
$atom:60_24 $mol:. @atom:60 0.0 -4.973 -5.396 3.211
|
|
$atom:60_25 $mol:. @atom:60 0.0 -4.909 -3.718 3.794
|
|
$atom:60_26 $mol:. @atom:60 0.0 -3.683 -4.896 4.331
|
|
$atom:60_27 $mol:. @atom:60 0.0 -2.695 -2.272 3.123
|
|
$atom:60_28 $mol:. @atom:60 0.0 -1.484 -3.073 2.079
|
|
$atom:60_29 $mol:. @atom:60 0.0 -1.791 -3.686 3.717
|
|
$atom:60_30 $mol:. @atom:60 0.0 -6.661 -3.312 -0.799
|
|
$atom:60_31 $mol:. @atom:60 0.0 -4.422 -2.764 -1.206
|
|
$atom:57_5 $mol:. @atom:57 0.0 -8.861 -2.101 -0.226
|
|
$atom:58_3 $mol:. @atom:58 0.0 -7.457 -1.604 0.194
|
|
$atom:60_32 $mol:. @atom:60 0.0 -8.826 -3.186 -0.048
|
|
$atom:235_4 $mol:. @atom:235 0.0 -7.425 -0.036 0.256
|
|
$atom:238_4 $mol:. @atom:238 0.0 -6.870 0.431 1.405
|
|
$atom:236_4 $mol:. @atom:236 0.0 -8.004 0.653 -0.558
|
|
$atom:229_4 $mol:. @atom:229 0.0 -7.168 1.765 1.912
|
|
$atom:241_4 $mol:. @atom:241 0.0 -6.797 -0.317 2.080
|
|
$atom:54_7 $mol:. @atom:54 0.0 -8.664 2.017 2.147
|
|
$atom:54_8 $mol:. @atom:54 0.0 -6.545 2.857 1.036
|
|
$atom:60_33 $mol:. @atom:60 0.0 -6.669 1.831 2.899
|
|
$atom:60_34 $mol:. @atom:60 0.0 -9.114 1.252 2.800
|
|
$atom:60_35 $mol:. @atom:60 0.0 -9.236 2.024 1.205
|
|
$atom:60_36 $mol:. @atom:60 0.0 -8.786 3.001 2.625
|
|
$atom:60_37 $mol:. @atom:60 0.0 -7.002 2.900 0.037
|
|
$atom:60_38 $mol:. @atom:60 0.0 -5.460 2.706 0.913
|
|
$atom:60_39 $mol:. @atom:60 0.0 -6.693 3.836 1.521
|
|
$atom:60_40 $mol:. @atom:60 0.0 -9.602 -1.708 0.496
|
|
$atom:60_41 $mol:. @atom:60 0.0 -7.328 -2.030 1.207
|
|
$atom:57_6 $mol:. @atom:57 0.0 -10.877 -2.392 -1.741
|
|
$atom:58_4 $mol:. @atom:58 0.0 -9.440 -1.848 -1.636
|
|
$atom:60_42 $mol:. @atom:60 0.0 -11.441 -2.051 -0.857
|
|
$atom:235_5 $mol:. @atom:235 0.0 -8.631 -2.553 -2.770
|
|
$atom:238_5 $mol:. @atom:238 0.0 -8.499 -1.785 -3.863
|
|
$atom:236_5 $mol:. @atom:236 0.0 -8.181 -3.684 -2.688
|
|
$atom:229_5 $mol:. @atom:229 0.0 -7.938 -2.258 -5.119
|
|
$atom:241_5 $mol:. @atom:241 0.0 -9.049 -0.943 -3.902
|
|
$atom:54_9 $mol:. @atom:54 0.0 -8.792 -3.342 -5.780
|
|
$atom:54_10 $mol:. @atom:54 0.0 -6.470 -2.687 -5.003
|
|
$atom:60_43 $mol:. @atom:60 0.0 -7.963 -1.383 -5.795
|
|
$atom:60_44 $mol:. @atom:60 0.0 -9.825 -2.995 -5.943
|
|
$atom:60_45 $mol:. @atom:60 0.0 -8.838 -4.264 -5.179
|
|
$atom:60_46 $mol:. @atom:60 0.0 -8.360 -3.594 -6.761
|
|
$atom:60_47 $mol:. @atom:60 0.0 -6.361 -3.605 -4.407
|
|
$atom:60_48 $mol:. @atom:60 0.0 -5.850 -1.903 -4.541
|
|
$atom:60_49 $mol:. @atom:60 0.0 -6.071 -2.887 -6.011
|
|
$atom:60_50 $mol:. @atom:60 0.0 -11.356 -1.921 -2.619
|
|
$atom:60_51 $mol:. @atom:60 0.0 -9.494 -0.756 -1.795
|
|
$atom:57_7 $mol:. @atom:57 0.0 -12.476 -4.326 -2.296
|
|
$atom:58_5 $mol:. @atom:58 0.0 -11.042 -3.918 -1.914
|
|
$atom:60_52 $mol:. @atom:60 0.0 -12.606 -4.028 -3.347
|
|
$atom:235_6 $mol:. @atom:235 0.0 -10.631 -4.675 -0.614
|
|
$atom:238_6 $mol:. @atom:238 0.0 -9.796 -5.703 -0.861
|
|
$atom:236_6 $mol:. @atom:236 0.0 -11.127 -4.453 0.474
|
|
$atom:229_6 $mol:. @atom:229 0.0 -9.186 -6.529 0.183
|
|
$atom:241_6 $mol:. @atom:241 0.0 -9.206 -5.554 -1.669
|
|
$atom:54_11 $mol:. @atom:54 0.0 -10.225 -7.315 0.995
|
|
$atom:54_12 $mol:. @atom:54 0.0 -8.204 -5.783 1.100
|
|
$atom:60_53 $mol:. @atom:60 0.0 -8.602 -7.290 -0.368
|
|
$atom:60_54 $mol:. @atom:60 0.0 -10.889 -7.898 0.339
|
|
$atom:60_55 $mol:. @atom:60 0.0 -10.843 -6.658 1.625
|
|
$atom:60_56 $mol:. @atom:60 0.0 -9.699 -8.020 1.659
|
|
$atom:60_57 $mol:. @atom:60 0.0 -8.739 -5.060 1.735
|
|
$atom:60_58 $mol:. @atom:60 0.0 -7.431 -5.245 0.530
|
|
$atom:60_59 $mol:. @atom:60 0.0 -7.700 -6.510 1.757
|
|
$atom:60_60 $mol:. @atom:60 0.0 -12.525 -5.430 -2.285
|
|
$atom:60_61 $mol:. @atom:60 0.0 -10.438 -4.244 -2.777
|
|
$atom:57_8 $mol:. @atom:57 0.0 -14.920 -4.584 -1.600
|
|
$atom:58_6 $mol:. @atom:58 0.0 -13.632 -3.752 -1.465
|
|
$atom:60_62 $mol:. @atom:60 0.0 -14.649 -5.586 -1.247
|
|
$atom:235_7 $mol:. @atom:235 0.0 -13.893 -2.285 -1.914
|
|
$atom:238_7 $mol:. @atom:238 0.0 -13.965 -1.422 -0.889
|
|
$atom:236_7 $mol:. @atom:236 0.0 -13.974 -1.956 -3.082
|
|
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|
|
$atom:241_7 $mol:. @atom:241 0.0 -13.577 -1.708 -0.004
|
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$atom:54_13 $mol:. @atom:54 0.0 -15.680 0.246 -1.480
|
|
$atom:54_14 $mol:. @atom:54 0.0 -13.267 0.807 -1.893
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$atom:60_63 $mol:. @atom:60 0.0 -14.156 0.414 -0.002
|
|
$atom:60_64 $mol:. @atom:60 0.0 -16.408 -0.251 -0.821
|
|
$atom:60_65 $mol:. @atom:60 0.0 -15.849 -0.114 -2.507
|
|
$atom:60_66 $mol:. @atom:60 0.0 -15.890 1.327 -1.461
|
|
$atom:60_67 $mol:. @atom:60 0.0 -13.268 0.469 -2.940
|
|
$atom:60_68 $mol:. @atom:60 0.0 -12.239 0.760 -1.513
|
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$atom:60_69 $mol:. @atom:60 0.0 -13.597 1.859 -1.881
|
|
$atom:60_70 $mol:. @atom:60 0.0 -15.637 -4.195 -0.859
|
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$atom:60_71 $mol:. @atom:60 0.0 -13.362 -3.817 -0.395
|
|
$atom:57_9 $mol:. @atom:57 0.0 -17.064 -5.395 -2.685
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$atom:58_7 $mol:. @atom:58 0.0 -15.684 -4.733 -2.934
|
|
$atom:60_72 $mol:. @atom:60 0.0 -17.540 -4.759 -1.921
|
|
$atom:235_8 $mol:. @atom:235 0.0 -14.870 -5.540 -3.996
|
|
$atom:238_8 $mol:. @atom:238 0.0 -14.373 -4.756 -4.977
|
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$atom:236_8 $mol:. @atom:236 0.0 -14.748 -6.750 -3.981
|
|
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|
|
$atom:241_8 $mol:. @atom:241 0.0 -14.174 -3.807 -4.679
|
|
$atom:54_15 $mol:. @atom:54 0.0 -14.106 -6.091 -7.020
|
|
$atom:54_16 $mol:. @atom:54 0.0 -12.175 -6.042 -5.407
|
|
$atom:60_73 $mol:. @atom:60 0.0 -12.988 -4.367 -6.439
|
|
$atom:60_74 $mol:. @atom:60 0.0 -14.926 -5.528 -7.494
|
|
$atom:60_75 $mol:. @atom:60 0.0 -14.530 -7.019 -6.606
|
|
$atom:60_76 $mol:. @atom:60 0.0 -13.392 -6.372 -7.812
|
|
$atom:60_77 $mol:. @atom:60 0.0 -12.467 -7.007 -4.964
|
|
$atom:60_78 $mol:. @atom:60 0.0 -11.600 -5.477 -4.663
|
|
$atom:60_79 $mol:. @atom:60 0.0 -11.507 -6.251 -6.259
|
|
$atom:60_80 $mol:. @atom:60 0.0 -17.675 -5.258 -3.598
|
|
$atom:60_81 $mol:. @atom:60 0.0 -15.938 -3.724 -3.313
|
|
$atom:57_10 $mol:. @atom:57 0.0 -18.749 -7.194 -2.096
|
|
$atom:58_8 $mol:. @atom:58 0.0 -17.248 -6.883 -2.287
|
|
$atom:60_82 $mol:. @atom:60 0.0 -19.267 -6.796 -2.989
|
|
$atom:235_9 $mol:. @atom:235 0.0 -16.454 -7.269 -0.999
|
|
$atom:238_9 $mol:. @atom:238 0.0 -15.335 -7.967 -1.254
|
|
$atom:236_9 $mol:. @atom:236 0.0 -16.762 -6.899 0.120
|
|
$atom:229_9 $mol:. @atom:229 0.0 -14.367 -8.387 -0.248
|
|
$atom:241_9 $mol:. @atom:241 0.0 -15.240 -8.331 -2.192
|
|
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|
|
$atom:54_18 $mol:. @atom:54 0.0 -13.725 -7.242 0.549
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|
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|
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$atom:60_84 $mol:. @atom:60 0.0 -15.290 -10.333 0.182
|
|
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|
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|
|
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|
|
$atom:54_19 $mol:. @atom:54 0.0 -20.999 -7.206 -1.036
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
$atom:60_98 $mol:. @atom:60 0.0 -17.405 -2.773 -0.482
|
|
$atom:60_99 $mol:. @atom:60 0.0 -16.684 -3.475 0.993
|
|
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|
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|
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$atom:60_102 $mol:. @atom:60 0.0 -19.160 -7.294 0.044
|
|
}
|
|
|
|
# Note: You don't have to specify the charge in this example because we are
|
|
# using the OPLSAA force-field which assigns charge according to
|
|
# atom-type. Just leave these numbers as 0.00 for now.
|
|
# Note: LAMMPS expects an integer in the 2nd column (the Molecule-ID number).
|
|
# If we put "$mol:." there, moltemplate will generate this integer for you
|
|
|
|
write("Data Bond List") {
|
|
$bond:id1 $atom:57_1 $atom:57_2
|
|
$bond:id2 $atom:57_1 $atom:60_1
|
|
$bond:id3 $atom:57_1 $atom:60_10
|
|
$bond:id4 $atom:57_1 $atom:58_1
|
|
$bond:id5 $atom:57_2 $atom:235_1
|
|
$bond:id6 $atom:57_2 $atom:60_2
|
|
$bond:id7 $atom:57_2 $atom:60_11
|
|
$bond:id8 $atom:235_1 $atom:238_1
|
|
$bond:id9 $atom:235_1 $atom:236_1
|
|
$bond:id10 $atom:238_1 $atom:229_1
|
|
$bond:id11 $atom:238_1 $atom:241_1
|
|
$bond:id12 $atom:229_1 $atom:54_1
|
|
$bond:id13 $atom:229_1 $atom:54_2
|
|
$bond:id14 $atom:60_3 $atom:229_1
|
|
$bond:id15 $atom:60_4 $atom:54_1
|
|
$bond:id16 $atom:60_5 $atom:54_1
|
|
$bond:id17 $atom:60_6 $atom:54_1
|
|
$bond:id18 $atom:60_7 $atom:54_2
|
|
$bond:id19 $atom:60_8 $atom:54_2
|
|
$bond:id20 $atom:60_9 $atom:54_2
|
|
$bond:id21 $atom:57_3 $atom:58_1
|
|
$bond:id22 $atom:57_3 $atom:60_12
|
|
$bond:id23 $atom:57_3 $atom:60_20
|
|
$bond:id24 $atom:57_3 $atom:58_2
|
|
$bond:id25 $atom:235_2 $atom:58_1
|
|
$bond:id26 $atom:60_21 $atom:58_1
|
|
$bond:id27 $atom:235_2 $atom:238_2
|
|
$bond:id28 $atom:235_2 $atom:236_2
|
|
$bond:id29 $atom:238_2 $atom:229_2
|
|
$bond:id30 $atom:238_2 $atom:241_2
|
|
$bond:id31 $atom:229_2 $atom:54_3
|
|
$bond:id32 $atom:229_2 $atom:54_4
|
|
$bond:id33 $atom:60_13 $atom:229_2
|
|
$bond:id34 $atom:60_14 $atom:54_3
|
|
$bond:id35 $atom:60_15 $atom:54_3
|
|
$bond:id36 $atom:60_16 $atom:54_3
|
|
$bond:id37 $atom:60_17 $atom:54_4
|
|
$bond:id38 $atom:60_18 $atom:54_4
|
|
$bond:id39 $atom:60_19 $atom:54_4
|
|
$bond:id40 $atom:57_4 $atom:58_2
|
|
$bond:id41 $atom:57_4 $atom:60_22
|
|
$bond:id42 $atom:57_4 $atom:60_30
|
|
$bond:id43 $atom:57_4 $atom:58_3
|
|
$bond:id44 $atom:235_3 $atom:58_2
|
|
$bond:id45 $atom:60_31 $atom:58_2
|
|
$bond:id46 $atom:235_3 $atom:238_3
|
|
$bond:id47 $atom:235_3 $atom:236_3
|
|
$bond:id48 $atom:238_3 $atom:229_3
|
|
$bond:id49 $atom:238_3 $atom:241_3
|
|
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|
|
$bond:id51 $atom:229_3 $atom:54_6
|
|
$bond:id52 $atom:60_23 $atom:229_3
|
|
$bond:id53 $atom:60_24 $atom:54_5
|
|
$bond:id54 $atom:60_25 $atom:54_5
|
|
$bond:id55 $atom:60_26 $atom:54_5
|
|
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|
|
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|
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|
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|
|
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|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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} # end of "PolyNIPAM inherits OPLSAA" type definition
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