lammps

_images

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15032 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-11 20:36:56 +00:00

_sources

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15059 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-13 15:48:05 +00:00

_static

…

99

…

2001

…

PDF

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15045 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:17:27 +00:00

USER/atc

…

.gitignore

…

accelerate_cuda.html

…

accelerate_gpu.html

…

accelerate_intel.html

…

accelerate_kokkos.html

…

accelerate_omp.html

…

accelerate_opt.html

…

angle_charmm.html

…

angle_class2.html

…

angle_coeff.html

…

angle_cosine_delta.html

…

angle_cosine_periodic.html

…

angle_cosine_shift_exp.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

angle_cosine_shift.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

angle_cosine_squared.html

…

angle_cosine.html

…

angle_dipole.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

angle_fourier_simple.html

…

angle_fourier.html

…

angle_harmonic.html

…

angle_hybrid.html

…

angle_none.html

…

angle_quartic.html

…

angle_sdk.html

…

angle_style.html

…

angle_table.html

…

angle_zero.html

…

atom_modify.html

…

atom_style.html

…

balance.html

…

body.html

…

bond_class2.html

…

bond_coeff.html

…

bond_fene_expand.html

…

bond_fene.html

…

bond_harmonic_shift_cut.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

bond_harmonic_shift.html

…

bond_harmonic.html

…

bond_hybrid.html

…

bond_morse.html

…

bond_none.html

…

bond_nonlinear.html

…

bond_quartic.html

…

bond_style.html

…

bond_table.html

…

bond_write.html

…

bond_zero.html

…

boundary.html

…

box.html

…

change_box.html

…

clear.html

…

comm_modify.html

…

comm_style.html

…

compute_ackland_atom.html

…

compute_angle_local.html

…

compute_angle.html

…

compute_angmom_chunk.html

…

compute_basal_atom.html

…

compute_body_local.html

…

compute_bond_local.html

…

compute_bond.html

…

compute_centro_atom.html

…

compute_chunk_atom.html

…

compute_cluster_atom.html

…

compute_cna_atom.html

…

compute_com_chunk.html

…

compute_com.html

…

compute_contact_atom.html

…

compute_coord_atom.html

…

compute_damage_atom.html

…

compute_dihedral_local.html

…

compute_dihedral.html

…

compute_dilatation_atom.html

…

compute_dipole_chunk.html

…

compute_displace_atom.html

…

compute_dpd_atom.html

…

compute_dpd.html

…

compute_erotate_asphere.html

…

compute_erotate_rigid.html

…

compute_erotate_sphere_atom.html

…

compute_erotate_sphere.html

…

compute_event_displace.html

…

compute_fep.html

…

compute_group_group.html

…

compute_gyration_chunk.html

…

compute_gyration.html

…

compute_heat_flux.html

…

compute_hexorder_atom.html

…

compute_improper_local.html

…

compute_improper.html

…

compute_inertia_chunk.html

…

compute_ke_atom_eff.html

…

compute_ke_atom.html

…

compute_ke_eff.html

…

compute_ke_rigid.html

…

compute_ke.html

…

compute_meso_e_atom.html

…

compute_meso_rho_atom.html

…

compute_meso_t_atom.html

…

compute_modify.html

…

compute_msd_chunk.html

…

compute_msd_nongauss.html

…

compute_msd.html

…

compute_omega_chunk.html

…

compute_orientorder_atom.html

…

compute_pair_local.html

…

compute_pair.html

…

compute_pe_atom.html

…

compute_pe.html

…

compute_plasticity_atom.html

…

compute_pressure.html

…

compute_property_atom.html

…

compute_property_chunk.html

…

compute_property_local.html

…

compute_rdf.html

…

compute_reduce.html

…

compute_saed.html

…

compute_slice.html

…

compute_smd_contact_radius.html

…

compute_smd_damage.html

…

compute_smd_hourglass_error.html

…

compute_smd_internal_energy.html

…

compute_smd_plastic_strain_rate.html

…

compute_smd_plastic_strain.html

…

compute_smd_rho.html

…

compute_smd_tlsph_defgrad.html

…

compute_smd_tlsph_dt.html

…

compute_smd_tlsph_num_neighs.html

…

compute_smd_tlsph_shape.html

…

compute_smd_tlsph_strain_rate.html

…

compute_smd_tlsph_strain.html

…

compute_smd_tlsph_stress.html

…

compute_smd_triangle_mesh_vertices.html

…

compute_smd_ulsph_num_neighs.html

…

compute_smd_ulsph_strain_rate.html

…

compute_smd_ulsph_strain.html

…

compute_smd_ulsph_stress.html

…

compute_smd_vol.html

…

compute_sna_atom.html

…

compute_stress_atom.html

…

compute_tally.html

…

compute_temp_asphere.html

…

compute_temp_body.html

…

compute_temp_chunk.html

…

compute_temp_com.html

…

compute_temp_cs.html

…

compute_temp_deform_eff.html

…

compute_temp_deform.html

…

compute_temp_drude.html

…

compute_temp_eff.html

…

compute_temp_partial.html

…

compute_temp_profile.html

…

compute_temp_ramp.html

…

compute_temp_region_eff.html

…

compute_temp_region.html

…

compute_temp_rotate.html

…

compute_temp_sphere.html

…

compute_temp.html

…

compute_ti.html

…

compute_torque_chunk.html

…

compute_vacf.html

…

compute_vcm_chunk.html

…

compute_voronoi_atom.html

…

compute_xrd.html

…

compute.html

…

create_atoms.html

…

create_bonds.html

…

create_box.html

…

delete_atoms.html

…

delete_bonds.html

…

dielectric.html

…

dihedral_charmm.html

…

dihedral_class2.html

…

dihedral_coeff.html

…

dihedral_cosine_shift_exp.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

dihedral_fourier.html

…

dihedral_harmonic.html

…

dihedral_helix.html

…

dihedral_hybrid.html

…

dihedral_multi_harmonic.html

…

dihedral_nharmonic.html

…

dihedral_none.html

…

dihedral_opls.html

…

dihedral_quadratic.html

…

dihedral_style.html

…

dihedral_table.html

…

dihedral_zero.html

…

dimension.html

…

displace_atoms.html

…

dump_custom_vtk.html

…

dump_h5md.html

…

dump_image.html

…

dump_modify.html

…

dump_molfile.html

…

dump.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15031 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-11 20:36:18 +00:00

echo.html

…

fix_adapt_fep.html

…

fix_adapt.html

…

fix_addforce.html

…

fix_addtorque.html

…

fix_append_atoms.html

…

fix_atc.html

…

fix_atom_swap.html

…

fix_ave_atom.html

…

fix_ave_chunk.html

…

fix_ave_correlate_long.html

…

fix_ave_correlate.html

…

fix_ave_histo.html

…

fix_ave_spatial_sphere.html

…

fix_ave_spatial.html

…

fix_ave_time.html

…

fix_aveforce.html

…

fix_balance.html

…

fix_bond_break.html

…

fix_bond_create.html

…

fix_bond_swap.html

…

fix_box_relax.html

…

fix_colvars.html

…

fix_deform.html

…

fix_deposit.html

…

fix_drag.html

…

fix_drude_transform.html

…

fix_drude.html

…

fix_dt_reset.html

…

fix_efield.html

…

fix_ehex.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15021 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-10 22:42:15 +00:00

fix_enforce2d.html

…

fix_eos_cv.html

…

fix_eos_table.html

…

fix_evaporate.html

…

fix_external.html

…

fix_freeze.html

…

fix_gcmc.html

…

fix_gld.html

…

fix_gle.html

…

fix_gravity.html

…

fix_heat.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15021 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-10 22:42:15 +00:00

fix_imd.html

…

fix_indent.html

…

fix_ipi.html

…

fix_langevin_drude.html

…

fix_langevin_eff.html

…

fix_langevin.html

…

fix_lb_fluid.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

fix_lb_momentum.html

…

fix_lb_pc.html

…

fix_lb_rigid_pc_sphere.html

…

fix_lb_viscous.html

…

fix_lineforce.html

…

fix_manifoldforce.html

…

fix_meso_stationary.html

…

fix_meso.html

…

fix_modify.html

…

fix_momentum.html

…

fix_move.html

…

fix_msst.html

…

fix_neb.html

…

fix_nh_eff.html

…

fix_nh.html

…

fix_nph_asphere.html

…

fix_nph_body.html

…

fix_nph_sphere.html

…

fix_nphug.html

…

fix_npt_asphere.html

…

fix_npt_body.html

…

fix_npt_sphere.html

…

fix_nve_asphere_noforce.html

…

fix_nve_asphere.html

…

fix_nve_body.html

…

fix_nve_eff.html

…

fix_nve_limit.html

…

fix_nve_line.html

…

fix_nve_manifold_rattle.html

…

fix_nve_noforce.html

…

fix_nve_sphere.html

…

fix_nve_tri.html

…

fix_nve.html

…

fix_nvt_asphere.html

…

fix_nvt_body.html

…

fix_nvt_manifold_rattle.html

…

fix_nvt_sllod_eff.html

…

fix_nvt_sllod.html

…

fix_nvt_sphere.html

…

fix_oneway.html

…

fix_orient_fcc.html

…

fix_phonon.html

…

fix_pimd.html

…

fix_planeforce.html

…

fix_poems.html

…

fix_pour.html

…

fix_press_berendsen.html

…

fix_print.html

…

fix_property_atom.html

…

fix_qbmsst.html

…

fix_qeq_comb.html

…

fix_qeq_reax.html

…

fix_qeq.html

…

fix_qmmm.html

…

fix_qtb.html

…

fix_reaxc_bonds.html

Merge remote-tracking branch 'lammps-ro/master' into lammps-icms

2016-05-10 16:09:06 -04:00

fix_reaxc_species.html

…

fix_recenter.html

…

fix_restrain.html

…

fix_rigid.html

…

fix_saed_vtk.html

…

fix_setforce.html

…

fix_shake.html

…

fix_shardlow.html

…

fix_smd_adjust_dt.html

…

fix_smd_integrate_tlsph.html

…

fix_smd_integrate_ulsph.html

…

fix_smd_move_triangulated_surface.html

…

fix_smd_setvel.html

…

fix_smd_tlsph_reference_configuration.html

…

fix_smd_wall_surface.html

…

fix_smd.html

…

fix_spring_rg.html

…

fix_spring_self.html

…

fix_spring.html

…

fix_srd.html

…

fix_store_force.html

…

fix_store_state.html

…

fix_temp_berendsen.html

…

fix_temp_csvr.html

…

fix_temp_rescale_eff.html

…

fix_temp_rescale.html

…

fix_tfmc.html

…

fix_thermal_conductivity.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15031 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-11 20:36:18 +00:00

fix_ti_rs.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

fix_ti_spring.html

…

fix_tmd.html

…

fix_ttm.html

…

fix_tune_kspace.html

…

fix_vector.html

…

fix_viscosity.html

…

fix_viscous.html

…

fix_wall_gran.html

…

fix_wall_piston.html

…

fix_wall_reflect.html

…

fix_wall_region.html

…

fix_wall_srd.html

…

fix_wall.html

…

fix.html

…

genindex.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15031 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-11 20:36:18 +00:00

group2ndx.html

…

group.html

…

if.html

…

improper_class2.html

…

improper_coeff.html

…

improper_cossq.html

…

improper_cvff.html

…

improper_distance.html

…

improper_fourier.html

…

improper_harmonic.html

…

improper_hybrid.html

…

improper_none.html

…

improper_ring.html

…

improper_style.html

…

improper_umbrella.html

…

improper_zero.html

…

include.html

…

info.html

…

jump.html

…

kspace_modify.html

…

kspace_style.html

…

label.html

…

lattice.html

…

log.html

…

manifolds.html

…

Manual.html

Merge remote-tracking branch 'lammps-ro/master' into lammps-icms

2016-05-14 06:23:48 -04:00

mass.html

…

min_modify.html

…

min_style.html

…

minimize.html

…

molecule.html

…

neb.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

neigh_modify.html

…

neighbor.html

…

newton.html

…

next.html

…

package.html

…

pair_adp.html

…

pair_airebo.html

…

pair_awpmd.html

…

pair_beck.html

…

pair_body.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_bop.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_born.html

…

pair_brownian.html

…

pair_buck_long.html

…

pair_buck.html

…

pair_charmm.html

…

pair_class2.html

…

pair_coeff.html

…

pair_colloid.html

…

pair_comb.html

…

pair_coul_diel.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_coul.html

…

pair_cs.html

…

pair_dipole.html

…

pair_dpd_fdt.html

…

pair_dpd.html

…

pair_dsmc.html

…

pair_eam.html

…

pair_edip.html

…

pair_eff.html

…

pair_eim.html

…

pair_gauss.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_gayberne.html

…

pair_gran.html

…

pair_gromacs.html

…

pair_hbond_dreiding.html

…

pair_hybrid.html

…

pair_kim.html

…

pair_lcbop.html

…

pair_line_lj.html

…

pair_list.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_lj96.html

…

pair_lj_cubic.html

…

pair_lj_expand.html

…

pair_lj_long.html

…

pair_lj_sf.html

…

pair_lj_smooth_linear.html

…

pair_lj_smooth.html

…

pair_lj_soft.html

…

pair_lj.html

…

pair_lubricate.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_lubricateU.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_mdf.html

…

pair_meam_spline.html

…

pair_meam_sw_spline.html

…

pair_meam.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_mgpt.html

…

pair_mie.html

…

pair_modify.html

…

pair_morse.html

…

pair_multi_lucy.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15033 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-11 20:37:23 +00:00

pair_nb3b_harmonic.html

…

pair_nm.html

…

pair_none.html

…

pair_peri.html

…

pair_polymorphic.html

…

pair_quip.html

…

pair_reax_c.html

…

pair_reax.html

…

pair_resquared.html

…

pair_sdk.html

…

pair_smd_hertz.html

…

pair_smd_tlsph.html

…

pair_smd_triangulated_surface.html

…

pair_smd_ulsph.html

…

pair_smtbq.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_snap.html

…

pair_soft.html

…

pair_sph_heatconduction.html

…

pair_sph_idealgas.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15053 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 16:33:14 +00:00

pair_sph_lj.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_sph_rhosum.html

…

pair_sph_taitwater_morris.html

…

pair_sph_taitwater.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

pair_srp.html

…

pair_style.html

…

pair_sw.html

…

pair_table.html

…

pair_tersoff_mod.html

…

pair_tersoff_zbl.html

…

pair_tersoff.html

…

pair_thole.html

…

pair_tri_lj.html

…

pair_vashishta.html

…

pair_write.html

…

pair_yukawa_colloid.html

…

pair_yukawa.html

…

pair_zbl.html

…

pair_zero.html

…

partition.html

…

prd.html

…

print.html

…

processors.html

…

python.html

…

quit.html

…

read_data.html

…

read_dump.html

…

read_restart.html

…

region.html

…

replicate.html

…

rerun.html

…

reset_timestep.html

…

restart.html

…

run_style.html

…

run.html

…

search.html

…

searchindex.js

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

Section_accelerate.html

…

Section_commands.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15031 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-11 20:36:18 +00:00

Section_errors.html

…

Section_example.html

…

Section_history.html

…

Section_howto.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15042 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-12 14:02:27 +00:00

Section_intro.html

…

Section_modify.html

…

Section_packages.html

git-svn-id: svn://svn.icms.temple.edu/lammps-ro/trunk@15055 f3b2605a-c512-4ea7-a41b-209d697bcdaa

2016-05-13 15:23:49 +00:00

Section_perf.html

…

Section_python.html

…

Section_start.html

…

Section_tools.html

…

set.html

…

shell.html

…

special_bonds.html

…

suffix.html

…

tad.html

…

temper.html

…

thermo_modify.html

…

thermo_style.html

…

thermo.html

…

timer.html

…

timestep.html

…

tutorial_drude.html

…

tutorial_github.html

…

uncompute.html

…

undump.html

…

unfix.html

…

units.html

…

variable.html

…

velocity.html

…

write_coeff.html

…

write_data.html

…

write_dump.html

…

write_restart.html

…