86 lines
9.8 KiB
Groff
86 lines
9.8 KiB
Groff
LAMMPS (7 Feb 2024 - Development - patch_7Feb2024_update1-73-g36fa601fe0)
|
|
using 1 OpenMP thread(s) per MPI task
|
|
units metal
|
|
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 $(3.0/4.0) basis 0.0000000000 0.000000000 $(1.0/4.0) basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.862008989 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.137990996 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.362008989 basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 0.75 basis 0.0000000000 0.000000000 $(1.0/4.0) basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.862008989 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.137990996 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.362008989 basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 0.75 basis 0.0000000000 0.000000000 0.25 basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.862008989 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.137990996 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.362008989 basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 0.75 basis 0.0000000000 0.000000000 0.25 basis 0.66666666666666662966 $(1.0/3.0) 0.862008989 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.137990996 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.362008989 basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 0.75 basis 0.0000000000 0.000000000 0.25 basis 0.66666666666666662966 0.33333333333333331483 0.862008989 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.137990996 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.362008989 basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 0.75 basis 0.0000000000 0.000000000 0.25 basis 0.66666666666666662966 0.33333333333333331483 0.862008989 basis 0.33333333333333331483 $(2.0/3.0) 0.137990996 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.362008989 basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 0.75 basis 0.0000000000 0.000000000 0.25 basis 0.66666666666666662966 0.33333333333333331483 0.862008989 basis 0.33333333333333331483 0.66666666666666662966 0.137990996 basis $(1.0/3.0) $(2.0/3.0) 0.362008989 basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 0.75 basis 0.0000000000 0.000000000 0.25 basis 0.66666666666666662966 0.33333333333333331483 0.862008989 basis 0.33333333333333331483 0.66666666666666662966 0.137990996 basis 0.33333333333333331483 $(2.0/3.0) 0.362008989 basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 0.75 basis 0.0000000000 0.000000000 0.25 basis 0.66666666666666662966 0.33333333333333331483 0.862008989 basis 0.33333333333333331483 0.66666666666666662966 0.137990996 basis 0.33333333333333331483 0.66666666666666662966 0.362008989 basis $(2.0/3.0) $(1.0/3.0) 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 0.75 basis 0.0000000000 0.000000000 0.25 basis 0.66666666666666662966 0.33333333333333331483 0.862008989 basis 0.33333333333333331483 0.66666666666666662966 0.137990996 basis 0.33333333333333331483 0.66666666666666662966 0.362008989 basis 0.66666666666666662966 $(1.0/3.0) 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
lattice custom 1.0 a1 3.1903157234 0.0000000000 0.0000000000 a2 -1.5964590311 2.7651481541 0.0000000000 a3 0.0000000000 0.0000000000 13.9827680588 basis 0.0000000000 0.000000000 0.75 basis 0.0000000000 0.000000000 0.25 basis 0.66666666666666662966 0.33333333333333331483 0.862008989 basis 0.33333333333333331483 0.66666666666666662966 0.137990996 basis 0.33333333333333331483 0.66666666666666662966 0.362008989 basis 0.66666666666666662966 0.33333333333333331483 0.637991011 origin 0.1 0.1 0.1
|
|
Lattice spacing in x,y,z = 4.7867748 2.7651482 13.982768
|
|
|
|
region box prism 0 4 0 8 0 1 -2.0 0.0 0.0
|
|
create_box 2 box
|
|
Created triclinic box = (0 0 0) to (19.147099 22.121185 13.982768) with tilt (-9.5735495 0 0)
|
|
2 by 2 by 1 MPI processor grid
|
|
create_atoms 2 box basis 1 1 basis 2 1 basis 3 2 basis 4 2 basis 5 2 basis 6 2
|
|
Created 288 atoms
|
|
using lattice units in triclinic box = (0 0 0) to (19.147099 22.121185 13.982768) with tilt (-9.5735495 0 0)
|
|
create_atoms CPU = 0.000 seconds
|
|
|
|
mass 1 95.95 #Mo
|
|
mass 2 32.065 #S
|
|
|
|
pair_style rebomos
|
|
pair_coeff * * MoS.rebomos Mo S
|
|
Reading rebomos potential file MoS.rebomos with DATE: 2013-11-04
|
|
|
|
thermo_style custom step temp press pe ke cellgamma vol
|
|
thermo 10
|
|
#dump 1 all atom 10 MoS.lammpstrj
|
|
fix 1 all nve
|
|
run 20
|
|
Neighbor list info ...
|
|
update: every = 1 steps, delay = 0 steps, check = yes
|
|
max neighbors/atom: 2000, page size: 100000
|
|
master list distance cutoff = 13.4
|
|
ghost atom cutoff = 13.4
|
|
binsize = 6.7, bins = 5 4 3
|
|
1 neighbor lists, perpetual/occasional/extra = 1 0 0
|
|
(1) pair rebomos, perpetual
|
|
attributes: full, newton on, ghost
|
|
pair build: full/bin/ghost
|
|
stencil: full/ghost/bin/3d
|
|
bin: standard
|
|
Per MPI rank memory allocation (min/avg/max) = 4.15 | 4.151 | 4.151 Mbytes
|
|
Step Temp Press PotEng KinEng CellGamma Volume
|
|
0 0 28799.53 -2061.6112 0 113.40187 5922.4926
|
|
10 80.776057 13540.088 -2064.6132 2.9966028 113.40187 5922.4926
|
|
20 146.17503 -20669.371 -2067.0428 5.4227518 113.40187 5922.4926
|
|
Loop time of 0.0219485 on 4 procs for 20 steps with 288 atoms
|
|
|
|
Performance: 78.730 ns/day, 0.305 hours/ns, 911.225 timesteps/s, 262.433 katom-step/s
|
|
96.3% CPU use with 4 MPI tasks x 1 OpenMP threads
|
|
|
|
MPI task timing breakdown:
|
|
Section | min time | avg time | max time |%varavg| %total
|
|
---------------------------------------------------------------
|
|
Pair | 0.018118 | 0.019372 | 0.020087 | 0.5 | 88.26
|
|
Neigh | 0 | 0 | 0 | 0.0 | 0.00
|
|
Comm | 0.0015635 | 0.0023195 | 0.0035967 | 1.6 | 10.57
|
|
Output | 2.5017e-05 | 4.6834e-05 | 0.00010543 | 0.0 | 0.21
|
|
Modify | 1.3954e-05 | 1.423e-05 | 1.4594e-05 | 0.0 | 0.06
|
|
Other | | 0.0001957 | | | 0.89
|
|
|
|
Nlocal: 72 ave 72 max 72 min
|
|
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
Nghost: 2771.5 ave 2775 max 2768 min
|
|
Histogram: 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2
|
|
Neighs: 0 ave 0 max 0 min
|
|
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
FullNghs: 35712 ave 35712 max 35712 min
|
|
Histogram: 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0
|
|
|
|
Total # of neighbors = 142848
|
|
Ave neighs/atom = 496
|
|
Neighbor list builds = 0
|
|
Dangerous builds = 0
|
|
|
|
Total wall time: 0:00:00
|