377c652a83
This update consists exclusively of bugfixes or maintenance-related changes. The following is a list of pull requests in the Colvars repository since the previous update to LAMMPS: - 532 Add XYZ trajectory reading feature https://github.com/Colvars/colvars/pull/532 (@jhenin, @giacomofiorin) - 531 Delete objects quietly, unless explicitly requested via script (including VMD) https://github.com/Colvars/colvars/pull/531 (@giacomofiorin) - 530 Append newline to log and error messages if not already present https://github.com/Colvars/colvars/pull/530 (@giacomofiorin) - 528 Forward-declare OpenMP lock https://github.com/Colvars/colvars/pull/528 (@giacomofiorin) - 527 Remove unneeded STL container https://github.com/Colvars/colvars/pull/527 (@giacomofiorin) - 526 Allow collecting configuration files and strings before setting up interface https://github.com/Colvars/colvars/pull/526 (@giacomofiorin, @jhenin) - 523 Fallback to linearCombination when customFunction is missing in customColvar https://github.com/Colvars/colvars/pull/523 (@HanatoK, @giacomofiorin) - 522 Use iostream::fail() to check for I/O error https://github.com/Colvars/colvars/pull/522 (@jhenin) - 520 Fix ref count https://github.com/Colvars/colvars/pull/520 (@giacomofiorin) - 513 Set target temperature through a common code path https://github.com/Colvars/colvars/pull/513 (@giacomofiorin, @jhenin) - 509 Safer detection of Windows with recent Microsoft Visual Studio versions https://github.com/Colvars/colvars/pull/509 (@akohlmey) - 508 Update LAMMPS patching method to reflect Lepton availability https://github.com/Colvars/colvars/pull/508 (@giacomofiorin) - 497 Increase the precision of write_multicol https://github.com/Colvars/colvars/pull/497 (@HanatoK) - 496 Only perform MTS automatic enable/disable for timeStepFactor > 1 https://github.com/Colvars/colvars/pull/496 (@giacomofiorin) - 493 Remove unused branch of quaternion input function https://github.com/Colvars/colvars/pull/493 (@giacomofiorin) - 489 Ensure there are spaces between the fields in the header https://github.com/Colvars/colvars/pull/489 (@HanatoK) - 487 Use map of output streams, and return references to its elements https://github.com/Colvars/colvars/pull/487 (@giacomofiorin, @jhenin) - 486 Remember first step of moving restraint https://github.com/Colvars/colvars/pull/486 (@jhenin) - 485 Add decoupling option for moving restraints https://github.com/Colvars/colvars/pull/485 (@jhenin) - 483 Update Lepton via patching procedure https://github.com/Colvars/colvars/pull/483 (@giacomofiorin) - 481 Make file-reading operations of input data abstractable https://github.com/Colvars/colvars/pull/481 (@giacomofiorin) Authors: @akohlmey, @giacomofiorin, @HanatoK, @jhenin
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12 KiB
Makefile
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12 KiB
Makefile
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvaratoms.o: colvaratoms.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarproxy.h colvartypes.h colvarvalue.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvarparse.h colvarparams.h colvaratoms.h \
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colvardeps.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarbias_abf.o: colvarbias_abf.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvar.h colvarvalue.h colvartypes.h colvarparse.h \
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colvarparams.h colvardeps.h colvarbias_abf.h colvarproxy.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvarbias.h colvargrid.h colvar_UIestimator.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarbias_alb.o: colvarbias_alb.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarbias.h colvar.h colvarvalue.h colvartypes.h \
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colvarparse.h colvarparams.h colvardeps.h colvarbias_alb.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarbias.o: colvarbias.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarproxy.h colvartypes.h colvarvalue.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h colvarparams.h \
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colvardeps.h colvargrid.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarbias_histogram.o: colvarbias_histogram.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvarproxy.h colvartypes.h \
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colvarvalue.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvar.h colvarparse.h colvarparams.h colvardeps.h \
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colvarbias_histogram.h colvarbias.h colvargrid.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarbias_histogram_reweight_amd.o: \
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colvarbias_histogram_reweight_amd.cpp \
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colvarbias_histogram_reweight_amd.h colvarbias_histogram.h colvarbias.h \
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colvar.h colvarmodule.h colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h \
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colvarparse.h colvarparams.h colvardeps.h colvargrid.h colvarproxy.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarbias_meta.o: colvarbias_meta.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarproxy.h colvartypes.h colvarvalue.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvar.h colvarparse.h colvarparams.h colvardeps.h \
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colvarbias_meta.h colvarbias.h colvargrid.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarbias_restraint.o: colvarbias_restraint.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvarproxy.h colvartypes.h \
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colvarvalue.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvarbias_restraint.h colvarbias.h colvar.h \
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colvarparse.h colvarparams.h colvardeps.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_alchlambda.o: colvarcomp_alchlambda.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h \
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colvarparse.h colvarparams.h colvar.h colvardeps.h colvarcomp.h \
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colvaratoms.h colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h \
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colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h \
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colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_angles.o: colvarcomp_angles.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvar.h colvarvalue.h colvartypes.h \
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colvarparse.h colvarparams.h colvardeps.h colvarcomp.h colvaratoms.h \
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colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_apath.o: colvarcomp_apath.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h colvarparse.h \
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colvarparams.h colvar.h colvardeps.h colvarcomp.h colvaratoms.h \
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colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_coordnums.o: colvarcomp_coordnums.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvarparse.h colvarvalue.h \
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colvartypes.h colvarparams.h colvaratoms.h colvarproxy.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvardeps.h colvar.h colvarcomp.h \
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colvar_arithmeticpath.h colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp.o: colvarcomp.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h colvar.h colvarparse.h \
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colvarparams.h colvardeps.h colvarcomp.h colvaratoms.h colvarproxy.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_distances.o: colvarcomp_distances.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h \
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colvarparse.h colvarparams.h colvar.h colvardeps.h colvarcomp.h \
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colvaratoms.h colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h \
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colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h \
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colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_gpath.o: colvarcomp_gpath.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h colvarparse.h \
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colvarparams.h colvar.h colvardeps.h colvarcomp.h colvaratoms.h \
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colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_neuralnetwork.o: \
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colvarcomp_neuralnetwork.cpp colvarmodule.h colvars_version.h \
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colvarvalue.h colvartypes.h colvarparse.h colvarparams.h colvar.h \
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colvardeps.h colvarcomp.h colvaratoms.h colvarproxy.h colvarproxy_io.h \
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colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h \
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colvar_arithmeticpath.h colvar_geometricpath.h \
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colvar_neuralnetworkcompute.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_combination.o: colvarcomp_combination.cpp \
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colvarcomp.h colvarmodule.h colvars_version.h colvar.h colvarvalue.h \
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colvartypes.h colvarparse.h colvarparams.h colvardeps.h colvaratoms.h \
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colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_protein.o: colvarcomp_protein.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h \
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colvarparse.h colvarparams.h colvar.h colvardeps.h colvarcomp.h \
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|
colvaratoms.h colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h \
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colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h \
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colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_rotations.o: colvarcomp_rotations.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h \
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colvarparse.h colvarparams.h colvar.h colvardeps.h colvarcomp.h \
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colvaratoms.h colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h \
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colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h \
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colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarcomp_volmaps.o: colvarcomp_volmaps.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h \
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colvarparse.h colvarparams.h colvar.h colvardeps.h colvarcomp.h \
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colvaratoms.h colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h \
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colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h \
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colvar_geometricpath.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvar.o: colvar.cpp colvarmodule.h colvars_version.h \
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colvarvalue.h colvartypes.h colvarparse.h colvarparams.h colvar.h \
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|
colvardeps.h colvarcomp.h colvaratoms.h colvarproxy.h colvarproxy_io.h \
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colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h \
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colvar_arithmeticpath.h colvar_geometricpath.h colvarscript.h \
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colvarbias.h colvarscript_commands.h colvarscript_commands_colvar.h \
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colvarscript_commands_bias.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvardeps.o: colvardeps.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarproxy.h colvartypes.h colvarvalue.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvardeps.h colvarparse.h colvarparams.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvargrid.o: colvargrid.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h colvarparse.h \
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colvarparams.h colvar.h colvardeps.h colvarcomp.h colvaratoms.h \
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colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvar_arithmeticpath.h colvar_geometricpath.h \
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colvargrid.h colvargrid_def.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarmodule.o: colvarmodule.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarparse.h colvarvalue.h colvartypes.h \
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colvarparams.h colvarproxy.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h \
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colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h colvar.h colvardeps.h \
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colvarbias.h colvarbias_abf.h colvargrid.h colvar_UIestimator.h \
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colvarbias_alb.h colvarbias_histogram.h \
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colvarbias_histogram_reweight_amd.h colvarbias_meta.h \
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colvarbias_restraint.h colvarscript.h colvarscript_commands.h \
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colvarscript_commands_colvar.h colvarscript_commands_bias.h \
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colvaratoms.h colvarcomp.h colvar_arithmeticpath.h \
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colvar_geometricpath.h colvarmodule_refs.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarparams.o: colvarparams.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h colvarparams.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarparse.o: colvarparse.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h colvarparse.h \
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colvarparams.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarproxy.o: colvarproxy.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarproxy.h colvartypes.h colvarvalue.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvarscript.h colvarbias.h colvar.h colvarparse.h \
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colvarparams.h colvardeps.h colvarscript_commands.h \
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colvarscript_commands_colvar.h colvarscript_commands_bias.h \
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colvaratoms.h colvarmodule_utils.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarproxy_io.o: colvarproxy_io.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvarproxy_io.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarproxy_replicas.o: colvarproxy_replicas.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvarproxy.h colvartypes.h \
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colvarvalue.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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|
colvarproxy_volmaps.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarproxy_system.o: colvarproxy_system.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvartypes.h colvarproxy_system.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarproxy_tcl.o: colvarproxy_tcl.cpp colvarmodule.h \
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|
colvars_version.h colvarproxy.h colvartypes.h colvarvalue.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvaratoms.h colvarparse.h colvarparams.h \
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|
colvardeps.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarproxy_volmaps.o: colvarproxy_volmaps.cpp \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvarproxy_volmaps.h \
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|
colvarmodule_utils.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarscript.o: colvarscript.cpp colvarproxy.h \
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colvarmodule.h colvars_version.h colvartypes.h colvarvalue.h \
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colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvardeps.h colvarparse.h colvarparams.h \
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colvarscript.h colvarbias.h colvar.h colvarscript_commands.h \
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colvarscript_commands_colvar.h colvarscript_commands_bias.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarscript_commands.o: colvarscript_commands.cpp \
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colvarproxy.h colvarmodule.h colvars_version.h colvartypes.h \
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colvarvalue.h colvarproxy_io.h colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h \
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colvarproxy_volmaps.h colvardeps.h colvarparse.h colvarparams.h \
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colvarscript.h colvarbias.h colvar.h colvarscript_commands.h \
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colvarscript_commands_colvar.h colvarscript_commands_bias.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarscript_commands_bias.o: \
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colvarscript_commands_bias.cpp colvarproxy.h colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvartypes.h colvarvalue.h colvarproxy_io.h \
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colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h \
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colvardeps.h colvarparse.h colvarparams.h colvarscript.h colvarbias.h \
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|
colvar.h colvarscript_commands.h colvarscript_commands_colvar.h \
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|
colvarscript_commands_bias.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarscript_commands_colvar.o: \
|
|
colvarscript_commands_colvar.cpp colvarproxy.h colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvartypes.h colvarvalue.h colvarproxy_io.h \
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|
colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h \
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|
colvardeps.h colvarparse.h colvarparams.h colvarscript.h colvarbias.h \
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|
colvar.h colvarscript_commands.h colvarscript_commands_colvar.h \
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colvarscript_commands_bias.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvartypes.o: colvartypes.cpp colvarmodule.h \
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colvars_version.h colvartypes.h colvarparse.h colvarvalue.h \
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colvarparams.h ../../src/math_eigen_impl.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvarvalue.o: colvarvalue.cpp colvarmodule.h \
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|
colvars_version.h colvarvalue.h colvartypes.h
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$(COLVARS_OBJ_DIR)colvar_neuralnetworkcompute.o: \
|
|
colvar_neuralnetworkcompute.cpp colvar_neuralnetworkcompute.h \
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colvarparse.h colvarmodule.h colvars_version.h colvarvalue.h \
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colvartypes.h colvarparams.h colvarproxy.h colvarproxy_io.h \
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colvarproxy_system.h colvarproxy_tcl.h colvarproxy_volmaps.h
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