############################################################################# # Benchmarks # # in.intel.lj - Atomic fluid (LJ Benchmark) # in.intel.rhodo - Protein (Rhodopsin Benchmark) # in.intel.lc - Liquid Crystal w/ Gay-Berne potential # in.intel.eam - Copper benchmark with Embedded Atom Method # in.intel.sw - Silicon benchmark with Stillinger-Weber # in.intel.tersoff - Silicon benchmark with Tersoff # in.intel.water - Coarse-grain water benchmark using Stillinger-Weber # in.intel.airebo - Polyethelene benchmark with AIREBO # in.intel.dpd - Dissipative Particle Dynamics # ############################################################################# ############################################################################# # Expected Timesteps/second with turbo on and HT enabled, LAMMPS June-2017 # - Compiled w/ Intel Parallel Studio 2017u2 and Makefile.intel_cpu_intelmpi # # Xeon E5-2697v4 Xeon Phi 7250 Xeon Gold 6148 # # in.intel.lj - 199.5 282.3 317.3 # in.intel.rhodo - 12.4 17.5 24.4 # in.intel.lc - 19.0 25.7 26.8 # in.intel.eam - 59.4 92.8 105.6 # in.intel.sw - 132.4 161.9 213.8 # in.intel.tersoff - 83.3 101.1 109.6 # in.intel.water - 53.4 90.3 105.5 # in.intel.airebo - 7.3 11.8 17.6 # in.intel.dpd - 74.5 100.4 148.1 # ############################################################################# ############################################################################# # For Skylake server (Xeon) architectures, see notes in the INTEL/README # for build flags that should be used. ############################################################################# ############################################################################# # For Haswell (Xeon v3) architectures, depending on the compiler version, # it may give better performance to compile for an AVX target (with -xAVX # compiler option) instead of -xHost or -xCORE-AVX2 for some of the # workloads. In most cases, FMA sensitive routines will still use AVX2 # (MKL and SVML detect the processor at runtime). For Broadwell (Xeon v4) # architectures, -xCORE-AVX2 or -xHost will work best for all. ############################################################################# ############################################################################# # The default benchmark timesteps will run between 30s and 1 minute with # the Intel package. You can specify a multiplier for all of the benchmarks # to increase or decrease the runtime. Example commandline arguments: # # -v m 2 # Run for twice as long # -v m 0.5 # Run for half as long ############################################################################# ############################################################################# # The LAMMPS newton setting can be controlled from the commandline for the # benchmarks with the N variable: # # -v N on # newton on # -v N off # newton off # # The default is on for all of the benchmarks except for LJ where the off # setting performs best with the INTEL package ############################################################################# # Example for running benchmarks (see run_benchmarks.sh for script): # Number of physical cores per node not including hyperthreads export LMP_CORES=28 # If hyperthreading is enabled, number of hyperthreads to use per core # (2 for Xeon; 2 or 4 for Xeon Phi) export OMP_NUM_THREADS=2 # Name of the LAMMPS binary export LMP_BIN=../../lmp_intel_cpu # LAMMPS root directory export LMP_ROOT=../../../ source source /opt/intel/parallel_studio_xe_2017.2.050/psxevars.sh export KMP_BLOCKTIME=0 export I_MPI_PIN_DOMAIN=core export I_MPI_FABRICS=shm # For single node # ONLY FOR INTEL XEON PHI x200 SERIES PROCESSORS export I_MPI_SHM_LMT=shm # Generate the restart file for use with liquid crystal benchmark mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in in.lc_generate_restart -log none # Benchmark to run export bench=in.intel.lj ############################################################################# # For Intel Xeon Phi x200 series processors best performance is achieved by # using MCDRAM. In flat mode, this can be achieved with numactl, # MPI environment variables, or other options provided by batch schedulers ############################################################################# ############################################################################# # To run without a optimization package ############################################################################# mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in $bench -log none -v N on ############################################################################# # To run with OPENMP package ############################################################################# mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in $bench -log none -pk omp 0 -sf omp -v N on ############################################################################# # To run with INTEL package and no coprocessor ############################################################################# mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in $bench -log none -pk intel 0 -sf intel ############################################################################# # To run with INTEL and automatic load balancing to 1 coprocessor ############################################################################# mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in $bench -log none -pk intel 1 -sf intel ############################################################################# # If using PPPM (e.g. in.intel.rhodo) on Intel Xeon Phi x200 series # or Skylake processors ############################################################################# export KMP_AFFINITY=none rthreads=$((OMP_NUM_THREADS-1)) mpirun -np $LMP_CORES $LMP_BIN -in $bench -log none -pk intel 0 omp $rthreads lrt yes -sf intel