Merge pull request #731 from Pakketeretet2/pair-yukawa-kk
Added a KOKKOS-enabled Yukawa pair style.
This commit is contained in:
Steve Plimpton
@ -9,6 +9,7 @@
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pair_style yukawa command :h3
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pair_style yukawa command :h3
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pair_style yukawa/gpu command :h3
|
pair_style yukawa/gpu command :h3
|
||||||
pair_style yukawa/omp command :h3
|
pair_style yukawa/omp command :h3
|
||||||
|
pair_style yukawa/kk command :h3
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[Syntax:]
|
[Syntax:]
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@ -229,6 +229,8 @@ action pair_tersoff_mod_kokkos.cpp pair_tersoff_mod.cpp
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action pair_tersoff_mod_kokkos.h pair_tersoff_mod.h
|
action pair_tersoff_mod_kokkos.h pair_tersoff_mod.h
|
||||||
action pair_tersoff_zbl_kokkos.cpp pair_tersoff_zbl.cpp
|
action pair_tersoff_zbl_kokkos.cpp pair_tersoff_zbl.cpp
|
||||||
action pair_tersoff_zbl_kokkos.h pair_tersoff_zbl.h
|
action pair_tersoff_zbl_kokkos.h pair_tersoff_zbl.h
|
||||||
|
action pair_yukawa_kokkos.cpp
|
||||||
|
action pair_yukawa_kokkos.h
|
||||||
action pppm_kokkos.cpp pppm.cpp
|
action pppm_kokkos.cpp pppm.cpp
|
||||||
action pppm_kokkos.h pppm.h
|
action pppm_kokkos.h pppm.h
|
||||||
action rand_pool_wrap_kokkos.cpp
|
action rand_pool_wrap_kokkos.cpp
|
||||||
|
|||||||
301
src/KOKKOS/pair_yukawa_kokkos.cpp
Normal file
301
src/KOKKOS/pair_yukawa_kokkos.cpp
Normal file
@ -0,0 +1,301 @@
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/* ----------------------------------------------------------------------
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|
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
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http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
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Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
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Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
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DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
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certain rights in this software. This software is distributed under
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the GNU General Public License.
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See the README file in the top-level LAMMPS directory.
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------------------------------------------------------------------------- */
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/* ----------------------------------------------------------------------
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|
Contributing authors: Stefan Paquay (Brandeis University)
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------------------------------------------------------------------------- */
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#include <math.h>
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#include <stdlib.h>
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#include "pair_yukawa_kokkos.h"
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#include "kokkos.h"
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#include "atom_kokkos.h"
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|
#include "comm.h"
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#include "force.h"
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#include "neighbor.h"
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#include "neigh_list.h"
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#include "neigh_request.h"
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|
#include "update.h"
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|
#include "integrate.h"
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#include "respa.h"
|
||||||
|
#include "math_const.h"
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#include "memory.h"
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|
#include "error.h"
|
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|
#include "atom_masks.h"
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|
using namespace LAMMPS_NS;
|
||||||
|
using namespace MathConst;
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#define KOKKOS_CUDA_MAX_THREADS 256
|
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|
#define KOKKOS_CUDA_MIN_BLOCKS 8
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|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
PairYukawaKokkos<DeviceType>::PairYukawaKokkos(LAMMPS *lmp) : PairYukawa(lmp)
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|
{
|
||||||
|
respa_enable = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
atomKK = (AtomKokkos *) atom;
|
||||||
|
execution_space = ExecutionSpaceFromDevice<DeviceType>::space;
|
||||||
|
datamask_read = X_MASK | F_MASK | TYPE_MASK | ENERGY_MASK | VIRIAL_MASK;
|
||||||
|
datamask_modify = F_MASK | ENERGY_MASK | VIRIAL_MASK;
|
||||||
|
cutsq = NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
PairYukawaKokkos<DeviceType>::~PairYukawaKokkos()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
if (allocated) {
|
||||||
|
memory->destroy_kokkos(k_eatom,eatom);
|
||||||
|
memory->destroy_kokkos(k_vatom,vatom);
|
||||||
|
k_cutsq = DAT::tdual_ffloat_2d();
|
||||||
|
memory->sfree(cutsq);
|
||||||
|
eatom = NULL;
|
||||||
|
vatom = NULL;
|
||||||
|
cutsq = NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
void PairYukawaKokkos<DeviceType>::cleanup_copy() {
|
||||||
|
// WHY needed: this prevents parent copy from deallocating any arrays
|
||||||
|
allocated = 0;
|
||||||
|
cutsq = NULL;
|
||||||
|
eatom = NULL;
|
||||||
|
vatom = NULL;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
allocate all arrays
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
void PairYukawaKokkos<DeviceType>::allocate()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
PairYukawa::allocate();
|
||||||
|
|
||||||
|
int n = atom->ntypes;
|
||||||
|
memory->destroy(cutsq);
|
||||||
|
memory->create_kokkos(k_cutsq,cutsq,n+1,n+1,"pair:cutsq");
|
||||||
|
d_cutsq = k_cutsq.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
k_params = Kokkos::DualView<params_yukawa**,
|
||||||
|
Kokkos::LayoutRight,DeviceType>(
|
||||||
|
"PairYukawa::params",n+1,n+1);
|
||||||
|
|
||||||
|
params = k_params.template view<DeviceType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
init specific to this pair style
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
void PairYukawaKokkos<DeviceType>::init_style()
|
||||||
|
{
|
||||||
|
PairYukawa::init_style();
|
||||||
|
|
||||||
|
// error if rRESPA with inner levels
|
||||||
|
|
||||||
|
if (update->whichflag == 1 && strstr(update->integrate_style,"respa")) {
|
||||||
|
int respa = 0;
|
||||||
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_inner >= 0) respa = 1;
|
||||||
|
if (((Respa *) update->integrate)->level_middle >= 0) respa = 2;
|
||||||
|
if (respa)
|
||||||
|
error->all(FLERR,"Cannot use Kokkos pair style with rRESPA inner/middle");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// irequest = neigh request made by parent class
|
||||||
|
|
||||||
|
neighflag = lmp->kokkos->neighflag;
|
||||||
|
int irequest = neighbor->nrequest - 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
neighbor->requests[irequest]->
|
||||||
|
kokkos_host = Kokkos::Impl::is_same<DeviceType,LMPHostType>::value &&
|
||||||
|
!Kokkos::Impl::is_same<DeviceType,LMPDeviceType>::value;
|
||||||
|
neighbor->requests[irequest]->
|
||||||
|
kokkos_device = Kokkos::Impl::is_same<DeviceType,LMPDeviceType>::value;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (neighflag == FULL) {
|
||||||
|
neighbor->requests[irequest]->full = 1;
|
||||||
|
neighbor->requests[irequest]->half = 0;
|
||||||
|
} else if (neighflag == HALF || neighflag == HALFTHREAD) {
|
||||||
|
neighbor->requests[irequest]->full = 0;
|
||||||
|
neighbor->requests[irequest]->half = 1;
|
||||||
|
} else {
|
||||||
|
error->all(FLERR,"Cannot use chosen neighbor list style with yukawa/kk");
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||||
|
init for one type pair i,j and corresponding j,i
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
// Rewrite this.
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||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
double PairYukawaKokkos<DeviceType>::init_one(int i, int j)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
double cutone = PairYukawa::init_one(i,j);
|
||||||
|
|
||||||
|
k_params.h_view(i,j).a = a[i][j];
|
||||||
|
k_params.h_view(i,j).offset = offset[i][j];
|
||||||
|
k_params.h_view(i,j).cutsq = cutone*cutone;
|
||||||
|
k_params.h_view(j,i) = k_params.h_view(i,j);
|
||||||
|
|
||||||
|
if(i<MAX_TYPES_STACKPARAMS+1 && j<MAX_TYPES_STACKPARAMS+1) {
|
||||||
|
m_params[i][j] = m_params[j][i] = k_params.h_view(i,j);
|
||||||
|
m_cutsq[j][i] = m_cutsq[i][j] = cutone*cutone;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
k_cutsq.h_view(i,j) = k_cutsq.h_view(j,i) = cutone*cutone;
|
||||||
|
k_cutsq.template modify<LMPHostType>();
|
||||||
|
k_params.template modify<LMPHostType>();
|
||||||
|
|
||||||
|
return cutone;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
/* ---------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
void PairYukawaKokkos<DeviceType>::compute(int eflag_in, int vflag_in)
|
||||||
|
{
|
||||||
|
eflag = eflag_in;
|
||||||
|
vflag = vflag_in;
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
if (neighflag == FULL) no_virial_fdotr_compute = 1;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (eflag || vflag) ev_setup(eflag,vflag,0);
|
||||||
|
else evflag = vflag_fdotr = 0;
|
||||||
|
|
||||||
|
// reallocate per-atom arrays if necessary
|
||||||
|
|
||||||
|
if (eflag_atom) {
|
||||||
|
memory->destroy_kokkos(k_eatom,eatom);
|
||||||
|
memory->create_kokkos(k_eatom,eatom,maxeatom,"pair:eatom");
|
||||||
|
d_eatom = k_eatom.view<DeviceType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
if (vflag_atom) {
|
||||||
|
memory->destroy_kokkos(k_vatom,vatom);
|
||||||
|
memory->create_kokkos(k_vatom,vatom,maxvatom,6,"pair:vatom");
|
||||||
|
d_vatom = k_vatom.view<DeviceType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
atomKK->sync(execution_space,datamask_read);
|
||||||
|
k_cutsq.template sync<DeviceType>();
|
||||||
|
k_params.template sync<DeviceType>();
|
||||||
|
if (eflag || vflag) atomKK->modified(execution_space,datamask_modify);
|
||||||
|
else atomKK->modified(execution_space,F_MASK);
|
||||||
|
|
||||||
|
x = atomKK->k_x.view<DeviceType>();
|
||||||
|
c_x = atomKK->k_x.view<DeviceType>();
|
||||||
|
f = atomKK->k_f.view<DeviceType>();
|
||||||
|
type = atomKK->k_type.view<DeviceType>();
|
||||||
|
tag = atomKK->k_tag.view<DeviceType>();
|
||||||
|
nlocal = atom->nlocal;
|
||||||
|
nall = atom->nlocal + atom->nghost;
|
||||||
|
newton_pair = force->newton_pair;
|
||||||
|
special_lj[0] = force->special_lj[0];
|
||||||
|
special_lj[1] = force->special_lj[1];
|
||||||
|
special_lj[2] = force->special_lj[2];
|
||||||
|
special_lj[3] = force->special_lj[3];
|
||||||
|
|
||||||
|
// loop over neighbors of my atoms
|
||||||
|
|
||||||
|
EV_FLOAT ev = pair_compute<PairYukawaKokkos<DeviceType>,void >(
|
||||||
|
this,(NeighListKokkos<DeviceType>*)list);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (eflag_global) eng_vdwl += ev.evdwl;
|
||||||
|
if (vflag_global) {
|
||||||
|
virial[0] += ev.v[0];
|
||||||
|
virial[1] += ev.v[1];
|
||||||
|
virial[2] += ev.v[2];
|
||||||
|
virial[3] += ev.v[3];
|
||||||
|
virial[4] += ev.v[4];
|
||||||
|
virial[5] += ev.v[5];
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vflag_fdotr) pair_virial_fdotr_compute(this);
|
||||||
|
|
||||||
|
if (eflag_atom) {
|
||||||
|
k_eatom.template modify<DeviceType>();
|
||||||
|
k_eatom.template sync<LMPHostType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
if (vflag_atom) {
|
||||||
|
k_vatom.template modify<DeviceType>();
|
||||||
|
k_vatom.template sync<LMPHostType>();
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
template<bool STACKPARAMS, class Specialisation>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
F_FLOAT PairYukawaKokkos<DeviceType>::
|
||||||
|
compute_fpair(const F_FLOAT& rsq, const int& i, const int&j,
|
||||||
|
const int& itype, const int& jtype) const {
|
||||||
|
(void) i;
|
||||||
|
(void) j;
|
||||||
|
const F_FLOAT rr = sqrt(rsq);
|
||||||
|
// Fetch the params either off the stack or from some mapped memory?
|
||||||
|
const F_FLOAT aa = STACKPARAMS ? m_params[itype][jtype].a
|
||||||
|
: params(itype,jtype).a;
|
||||||
|
|
||||||
|
// U = a * exp(-kappa*r) / r
|
||||||
|
// f = (kappa * a * exp(-kappa*r) / r + a*exp(-kappa*r)/r^2)*grad(r)
|
||||||
|
// = (kappa + 1/r) * (a * exp(-kappa*r) / r)
|
||||||
|
// f/r = (kappa + 1/r) * (a * exp(-kappa*r) / r^2)
|
||||||
|
const F_FLOAT rinv = 1.0 / rr;
|
||||||
|
const F_FLOAT rinv2 = rinv*rinv;
|
||||||
|
const F_FLOAT screening = exp(-kappa*rr);
|
||||||
|
const F_FLOAT forceyukawa = aa * screening * (kappa + rinv);
|
||||||
|
const F_FLOAT fpair = forceyukawa * rinv2;
|
||||||
|
|
||||||
|
return fpair;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
template<bool STACKPARAMS, class Specialisation>
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
F_FLOAT PairYukawaKokkos<DeviceType>::
|
||||||
|
compute_evdwl(const F_FLOAT& rsq, const int& i, const int&j,
|
||||||
|
const int& itype, const int& jtype) const {
|
||||||
|
(void) i;
|
||||||
|
(void) j;
|
||||||
|
const F_FLOAT rr = sqrt(rsq);
|
||||||
|
const F_FLOAT aa = STACKPARAMS ? m_params[itype][jtype].a
|
||||||
|
: params(itype,jtype).a;
|
||||||
|
const F_FLOAT offset = STACKPARAMS ? m_params[itype][jtype].offset
|
||||||
|
: params(itype,jtype).offset;
|
||||||
|
|
||||||
|
// U = a * exp(-kappa*r) / r
|
||||||
|
// f = (kappa * a * exp(-kappa*r) / r + a*exp(-kappa*r)/r^2)*grad(r)
|
||||||
|
// = (kappa + 1/r) * (a * exp(-kappa*r) / r)
|
||||||
|
// f/r = (kappa + 1/r) * (a * exp(-kappa*r) / r^2)
|
||||||
|
const F_FLOAT rinv = 1.0 / rr;
|
||||||
|
const F_FLOAT screening = exp(-kappa*rr);
|
||||||
|
|
||||||
|
return aa * screening * rinv - offset;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace LAMMPS_NS {
|
||||||
|
template class PairYukawaKokkos<LMPDeviceType>;
|
||||||
|
#ifdef KOKKOS_HAVE_CUDA
|
||||||
|
template class PairYukawaKokkos<LMPHostType>;
|
||||||
|
#endif
|
||||||
|
}
|
||||||
146
src/KOKKOS/pair_yukawa_kokkos.h
Normal file
146
src/KOKKOS/pair_yukawa_kokkos.h
Normal file
@ -0,0 +1,146 @@
|
|||||||
|
/* -*- c++ -*- ----------------------------------------------------------
|
||||||
|
LAMMPS - Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator
|
||||||
|
http://lammps.sandia.gov, Sandia National Laboratories
|
||||||
|
Steve Plimpton, sjplimp@sandia.gov
|
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|
||||||
|
Copyright (2003) Sandia Corporation. Under the terms of Contract
|
||||||
|
DE-AC04-94AL85000 with Sandia Corporation, the U.S. Government retains
|
||||||
|
certain rights in this software. This software is distributed under
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||||||
|
the GNU General Public License.
|
||||||
|
|
||||||
|
See the README file in the top-level LAMMPS directory.
|
||||||
|
------------------------------------------------------------------------- */
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifdef PAIR_CLASS
|
||||||
|
|
||||||
|
PairStyle(yukawa/kk,PairYukawaKokkos<LMPDeviceType>)
|
||||||
|
PairStyle(yukawa/kk/device,PairYukawaKokkos<LMPDeviceType>)
|
||||||
|
PairStyle(yukawa/kk/host,PairYukawaKokkos<LMPHostType>)
|
||||||
|
|
||||||
|
#else
|
||||||
|
|
||||||
|
#ifndef LMP_PAIR_YUKAWA_KOKKOS_H
|
||||||
|
#define LMP_PAIR_YUKAWA_KOKKOS_H
|
||||||
|
|
||||||
|
#include "pair_kokkos.h"
|
||||||
|
#include "pair_yukawa.h"
|
||||||
|
#include "neigh_list_kokkos.h"
|
||||||
|
|
||||||
|
namespace LAMMPS_NS {
|
||||||
|
|
||||||
|
template<class DeviceType>
|
||||||
|
class PairYukawaKokkos : public PairYukawa {
|
||||||
|
public:
|
||||||
|
enum {EnabledNeighFlags=FULL|HALFTHREAD|HALF};
|
||||||
|
enum {COUL_FLAG=0};
|
||||||
|
typedef DeviceType device_type;
|
||||||
|
typedef ArrayTypes<DeviceType> AT;
|
||||||
|
|
||||||
|
PairYukawaKokkos(class LAMMPS *);
|
||||||
|
virtual ~PairYukawaKokkos();
|
||||||
|
|
||||||
|
void compute(int, int);
|
||||||
|
void init_style();
|
||||||
|
double init_one(int,int);
|
||||||
|
|
||||||
|
struct params_yukawa {
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
params_yukawa(){ cutsq=0, a = 0; offset = 0; }
|
||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
|
||||||
|
params_yukawa(int i){ cutsq=0, a = 0; offset = 0; }
|
||||||
|
F_FLOAT cutsq, a, offset;
|
||||||
|
};
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
protected:
|
||||||
|
void cleanup_copy();
|
||||||
|
|
||||||
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template<bool STACKPARAMS, class Specialisation>
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KOKKOS_INLINE_FUNCTION
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F_FLOAT compute_fpair(const F_FLOAT& rsq, const int& i, const int&j,
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const int& itype, const int& jtype) const;
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||||||
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template<bool STACKPARAMS, class Specialisation>
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||||||
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KOKKOS_INLINE_FUNCTION
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||||||
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F_FLOAT compute_evdwl(const F_FLOAT& rsq, const int& i, const int&j,
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||||||
|
const int& itype, const int& jtype) const;
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||||||
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||||||
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template<bool STACKPARAMS, class Specialisation>
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||||||
|
KOKKOS_INLINE_FUNCTION
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||||||
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F_FLOAT compute_ecoul(const F_FLOAT& rsq, const int& i, const int&j,
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||||||
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const int& itype, const int& jtype) const
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{
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return 0;
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}
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Kokkos::DualView<params_yukawa**,Kokkos::LayoutRight,DeviceType> k_params;
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typename Kokkos::DualView<params_yukawa**,Kokkos::LayoutRight,DeviceType>::t_dev_const_um params;
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params_yukawa m_params[MAX_TYPES_STACKPARAMS+1][MAX_TYPES_STACKPARAMS+1];
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||||||
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F_FLOAT m_cutsq[MAX_TYPES_STACKPARAMS+1][MAX_TYPES_STACKPARAMS+1];
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typename AT::t_x_array_randomread x;
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typename AT::t_x_array c_x;
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typename AT::t_f_array f;
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typename AT::t_int_1d_randomread type;
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DAT::tdual_efloat_1d k_eatom;
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DAT::tdual_virial_array k_vatom;
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typename AT::t_efloat_1d d_eatom;
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||||||
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typename AT::t_virial_array d_vatom;
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typename AT::t_tagint_1d tag;
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int newton_pair;
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double special_lj[4];
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typename AT::tdual_ffloat_2d k_cutsq;
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typename AT::t_ffloat_2d d_cutsq;
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int neighflag;
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int nlocal,nall,eflag,vflag;
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void allocate();
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friend class PairComputeFunctor<PairYukawaKokkos,FULL,true>;
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friend class PairComputeFunctor<PairYukawaKokkos,HALF,true>;
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friend class PairComputeFunctor<PairYukawaKokkos,HALFTHREAD,true>;
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||||||
|
friend class PairComputeFunctor<PairYukawaKokkos,N2,true>;
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||||||
|
friend class PairComputeFunctor<PairYukawaKokkos,FULL,false>;
|
||||||
|
friend class PairComputeFunctor<PairYukawaKokkos,HALF,false>;
|
||||||
|
friend class PairComputeFunctor<PairYukawaKokkos,HALFTHREAD,false>;
|
||||||
|
friend class PairComputeFunctor<PairYukawaKokkos,N2,false>;
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||||||
|
friend EV_FLOAT pair_compute_neighlist<PairYukawaKokkos,FULL,void>(
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||||||
|
PairYukawaKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
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friend EV_FLOAT pair_compute_neighlist<PairYukawaKokkos,HALF,void>(
|
||||||
|
PairYukawaKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
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||||||
|
friend EV_FLOAT pair_compute_neighlist<PairYukawaKokkos,HALFTHREAD,void>(
|
||||||
|
PairYukawaKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
|
||||||
|
friend EV_FLOAT pair_compute_neighlist<PairYukawaKokkos,N2,void>(
|
||||||
|
PairYukawaKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
|
||||||
|
friend EV_FLOAT pair_compute<PairYukawaKokkos,void>(
|
||||||
|
PairYukawaKokkos*,NeighListKokkos<DeviceType>*);
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|
friend void pair_virial_fdotr_compute<PairYukawaKokkos>(PairYukawaKokkos*);
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};
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}
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#endif
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#endif
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/* ERROR/WARNING messages:
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E: Illegal ... command
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Self-explanatory. Check the input script syntax and compare to the
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documentation for the command. You can use -echo screen as a
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command-line option when running LAMMPS to see the offending line.
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E: Incorrect args for pair coefficients
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Self-explanatory. Check the input script or data file.
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E: Cannot use chosen neighbor list style with yukawa/kk
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That style is not supported by Kokkos.
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*/
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@ -139,7 +139,6 @@ void PairYukawa::allocate()
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setflag[i][j] = 0;
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setflag[i][j] = 0;
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memory->create(cutsq,n+1,n+1,"pair:cutsq");
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memory->create(cutsq,n+1,n+1,"pair:cutsq");
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||||||
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||||||
memory->create(rad,n+1,"pair:rad");
|
memory->create(rad,n+1,"pair:rad");
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||||||
memory->create(cut,n+1,n+1,"pair:cut");
|
memory->create(cut,n+1,n+1,"pair:cut");
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||||||
memory->create(a,n+1,n+1,"pair:a");
|
memory->create(a,n+1,n+1,"pair:a");
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||||||
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@ -46,7 +46,7 @@ class PairYukawa : public Pair {
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double *rad;
|
double *rad;
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double **cut,**a,**offset;
|
double **cut,**a,**offset;
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void allocate();
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virtual void allocate();
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};
|
};
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}
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}
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Reference in New Issue
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