mirror of
https://develop.openfoam.com/Development/openfoam.git
synced 2025-11-28 03:28:01 +00:00
ENH: molecularDynamics now using new InteractionLists.
This commit is contained in:
graham
@ -39,6 +39,20 @@ int main(int argc, char *argv[])
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# include "createTime.H"
|
# include "createTime.H"
|
||||||
# include "createMesh.H"
|
# include "createMesh.H"
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Info<< "\nReading field U\n" << endl;
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||||||
|
volVectorField U
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(
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IOobject
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||||||
|
(
|
||||||
|
"U",
|
||||||
|
runTime.timeName(),
|
||||||
|
mesh,
|
||||||
|
IOobject::MUST_READ,
|
||||||
|
IOobject::AUTO_WRITE
|
||||||
|
),
|
||||||
|
mesh
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
potential pot(mesh);
|
potential pot(mesh);
|
||||||
|
|
||||||
moleculeCloud molecules(mesh, pot);
|
moleculeCloud molecules(mesh, pot);
|
||||||
|
|||||||
@ -39,6 +39,20 @@ int main(int argc, char *argv[])
|
|||||||
# include "createTime.H"
|
# include "createTime.H"
|
||||||
# include "createMesh.H"
|
# include "createMesh.H"
|
||||||
|
|
||||||
|
Info<< "\nReading field U\n" << endl;
|
||||||
|
volVectorField U
|
||||||
|
(
|
||||||
|
IOobject
|
||||||
|
(
|
||||||
|
"U",
|
||||||
|
runTime.timeName(),
|
||||||
|
mesh,
|
||||||
|
IOobject::MUST_READ,
|
||||||
|
IOobject::AUTO_WRITE
|
||||||
|
),
|
||||||
|
mesh
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
potential pot(mesh);
|
potential pot(mesh);
|
||||||
|
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||||||
moleculeCloud molecules(mesh, pot);
|
moleculeCloud molecules(mesh, pot);
|
||||||
|
|||||||
@ -1,24 +1,9 @@
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|||||||
interactionLists = interactionLists
|
reducedUnits/reducedUnits.C
|
||||||
referredMolecule = $(interactionLists)/referredMolecule
|
reducedUnits/reducedUnitsIO.C
|
||||||
referredCellList = $(interactionLists)/referredCellList
|
|
||||||
referredCell = $(interactionLists)/referredCell
|
|
||||||
directInteractionList = $(interactionLists)/directInteractionList
|
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||||||
|
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||||||
$(referredCellList)/referredCellList.C
|
molecule/molecule.C
|
||||||
$(referredCell)/referredCell.C
|
molecule/moleculeIO.C
|
||||||
$(referredMolecule)/referredMolecule.C
|
|
||||||
$(directInteractionList)/directInteractionList.C
|
|
||||||
$(interactionLists)/interactionLists.C
|
|
||||||
|
|
||||||
reducedUnits = reducedUnits
|
moleculeCloud/moleculeCloud.C
|
||||||
$(reducedUnits)/reducedUnits.C
|
|
||||||
$(reducedUnits)/reducedUnitsIO.C
|
|
||||||
|
|
||||||
molecule = molecule
|
|
||||||
$(molecule)/molecule.C
|
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||||||
$(molecule)/moleculeIO.C
|
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||||||
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|
||||||
moleculeCloud = moleculeCloud
|
|
||||||
$(moleculeCloud)/moleculeCloud.C
|
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||||||
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||||||
LIB = $(FOAM_LIBBIN)/libmolecule
|
LIB = $(FOAM_LIBBIN)/libmolecule
|
||||||
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|||||||
@ -1,11 +1,13 @@
|
|||||||
EXE_INC = \
|
EXE_INC = \
|
||||||
-I$(LIB_SRC)/finiteVolume/lnInclude \
|
-I$(LIB_SRC)/finiteVolume/lnInclude \
|
||||||
|
-I$(LIB_SRC)/meshTools/lnInclude \
|
||||||
-I$(LIB_SRC)/lagrangian/basic/lnInclude \
|
-I$(LIB_SRC)/lagrangian/basic/lnInclude \
|
||||||
-I$(LIB_SRC)/lagrangian/molecularDynamics/potential/lnInclude \
|
-I$(LIB_SRC)/lagrangian/molecularDynamics/potential/lnInclude \
|
||||||
-I$(LIB_SRC)/lagrangian/molecularDynamics/molecularMeasurements/lnInclude
|
-I$(LIB_SRC)/lagrangian/molecularDynamics/molecularMeasurements/lnInclude
|
||||||
|
|
||||||
EXE_LIBS = \
|
EXE_LIBS = \
|
||||||
-lfiniteVolume \
|
-lfiniteVolume \
|
||||||
|
-lmeshTools \
|
||||||
-llagrangian \
|
-llagrangian \
|
||||||
-lpotential \
|
-lpotential \
|
||||||
-lmolecularMeasurements
|
-lmolecularMeasurements
|
||||||
|
|||||||
@ -1,346 +0,0 @@
|
|||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
|
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||||||
========= |
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\\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
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\\ / O peration |
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\\ / A nd | Copyright (C) 2008-2010 OpenCFD Ltd.
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\\/ M anipulation |
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-------------------------------------------------------------------------------
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||||||
License
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This file is part of OpenFOAM.
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||||||
OpenFOAM is free software: you can redistribute it and/or modify it
|
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||||||
under the terms of the GNU General Public License as published by
|
|
||||||
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
|
|
||||||
(at your option) any later version.
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||||||
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||||||
OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
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|
||||||
ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
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|
||||||
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
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||||||
for more details.
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You should have received a copy of the GNU General Public License
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along with OpenFOAM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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\*---------------------------------------------------------------------------*/
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||||||
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||||||
#include "directInteractionList.H"
|
|
||||||
#include "interactionLists.H"
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||||||
// * * * * * * * * * * * * * Private Member Functions * * * * * * * * * * * //
|
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||||||
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||||||
void Foam::directInteractionList::buildDirectInteractionList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
bool pointPointListBuild
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Info<< nl << "Building list of direct interaction neighbours" << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
const polyMesh& mesh(il_.mesh());
|
|
||||||
|
|
||||||
List<DynamicList<label> > directInteractionList(mesh.nCells());
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pointPointListBuild)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Info<< tab << "Point-Point direct interaction list build." << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
label pointJIndex;
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(mesh.points(), pointIIndex)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
for
|
|
||||||
(
|
|
||||||
pointJIndex = pointIIndex;
|
|
||||||
pointJIndex != mesh.points().size();
|
|
||||||
++pointJIndex
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (il_.testPointPointDistance(pointIIndex, pointJIndex))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const labelList& ptICells
|
|
||||||
(
|
|
||||||
mesh.pointCells()[pointIIndex]
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
const labelList& ptJCells
|
|
||||||
(
|
|
||||||
mesh.pointCells()[pointJIndex]
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(ptICells, pIC)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label cellI(ptICells[pIC]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(ptJCells, pJC)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label cellJ(ptJCells[pJC]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (cellJ > cellI)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
findIndex
|
|
||||||
(
|
|
||||||
directInteractionList[cellI],
|
|
||||||
cellJ
|
|
||||||
)
|
|
||||||
== -1
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
directInteractionList[cellI].append(cellJ);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (cellI > cellJ)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
findIndex
|
|
||||||
(
|
|
||||||
directInteractionList[cellJ],
|
|
||||||
cellI
|
|
||||||
)
|
|
||||||
==
|
|
||||||
-1
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
directInteractionList[cellJ].append(cellI);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Info<< tab << "Point-Face, Edge-Edge direct interaction list build."
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(mesh.points(), p)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
forAll(mesh.faces(), f)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (il_.testPointFaceDistance(p, f))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const labelList& pCells(mesh.pointCells()[p]);
|
|
||||||
|
|
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const label cellO(mesh.faceOwner()[f]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(pCells, pC)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label cellI(pCells[pC]);
|
|
||||||
|
|
||||||
// cells are not added to their own DIL
|
|
||||||
|
|
||||||
if (cellO > cellI)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
findIndex
|
|
||||||
(
|
|
||||||
directInteractionList[cellI],
|
|
||||||
cellO
|
|
||||||
)
|
|
||||||
==
|
|
||||||
-1
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
directInteractionList[cellI].append(cellO);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (cellI > cellO)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
findIndex
|
|
||||||
(
|
|
||||||
directInteractionList[cellO],
|
|
||||||
cellI
|
|
||||||
)
|
|
||||||
==
|
|
||||||
-1
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
directInteractionList[cellO].append(cellI);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (mesh.isInternalFace(f))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// boundary faces will not have neighbour
|
|
||||||
// information
|
|
||||||
|
|
||||||
const label cellN(mesh.faceNeighbour()[f]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (cellN > cellI)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
findIndex
|
|
||||||
(
|
|
||||||
directInteractionList[cellI],
|
|
||||||
cellN
|
|
||||||
)
|
|
||||||
==
|
|
||||||
-1
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
directInteractionList[cellI].append(cellN);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (cellI > cellN)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
findIndex
|
|
||||||
(
|
|
||||||
directInteractionList[cellN],
|
|
||||||
cellI
|
|
||||||
)
|
|
||||||
==
|
|
||||||
-1
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
directInteractionList[cellN].append(cellI);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
label edgeJIndex;
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(mesh.edges(), edgeIIndex)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const edge& eI(mesh.edges()[edgeIIndex]);
|
|
||||||
|
|
||||||
for
|
|
||||||
(
|
|
||||||
edgeJIndex = edgeIIndex + 1;
|
|
||||||
edgeJIndex != mesh.edges().size();
|
|
||||||
++edgeJIndex
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const edge& eJ(mesh.edges()[edgeJIndex]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (il_.testEdgeEdgeDistance(eI, eJ))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const labelList& eICells(mesh.edgeCells()[edgeIIndex]);
|
|
||||||
|
|
||||||
const labelList& eJCells(mesh.edgeCells()[edgeJIndex]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(eICells, eIC)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label cellI(eICells[eIC]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(eJCells, eJC)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label cellJ(eJCells[eJC]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (cellJ > cellI)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
findIndex
|
|
||||||
(
|
|
||||||
directInteractionList[cellI],
|
|
||||||
cellJ
|
|
||||||
)
|
|
||||||
==
|
|
||||||
-1
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
directInteractionList[cellI].append(cellJ);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (cellI > cellJ)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
findIndex
|
|
||||||
(
|
|
||||||
directInteractionList[cellJ],
|
|
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cellI
|
|
||||||
)
|
|
||||||
==
|
|
||||||
-1
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
directInteractionList[cellJ].append(cellI);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(directInteractionList, transDIL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
(*this)[transDIL].transfer
|
|
||||||
(
|
|
||||||
directInteractionList[transDIL].shrink()
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// sorting DILs
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll((*this), dIL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
sort((*this)[dIL]);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * Constructors * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::directInteractionList::directInteractionList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const interactionLists& il,
|
|
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bool pointPointListBuild
|
|
||||||
)
|
|
||||||
:
|
|
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labelListList(il.mesh().nCells()),
|
|
||||||
il_(il)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if ((*this).size() > 1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
buildDirectInteractionList(pointPointListBuild);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else if ((*this).size() == 1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Info<< nl
|
|
||||||
<< "Single cell mesh, no direct interaction lists required."
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
(*this)[0].setSize(0);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::directInteractionList::directInteractionList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const interactionLists& il
|
|
||||||
)
|
|
||||||
:
|
|
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labelListList(il.mesh().nCells()),
|
|
||||||
il_(il)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Info<< "Read directInteractionList from disk not implemented" << endl;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * Destructor * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::directInteractionList::~directInteractionList()
|
|
||||||
{}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
|
||||||
@ -1,124 +0,0 @@
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|||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
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\\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
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\\ / O peration |
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\\ / A nd | Copyright (C) 2008-2010 OpenCFD Ltd.
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\\/ M anipulation |
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License
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This file is part of OpenFOAM.
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OpenFOAM is free software: you can redistribute it and/or modify it
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under the terms of the GNU General Public License as published by
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||||||
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
|
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||||||
(at your option) any later version.
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OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
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ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
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|
||||||
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
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for more details.
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You should have received a copy of the GNU General Public License
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along with OpenFOAM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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Class
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||||||
Foam::directInteractionList
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||||||
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Description
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||||||
SourceFiles
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||||||
directInteractionListI.H
|
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||||||
directInteractionList.C
|
|
||||||
|
|
||||||
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifndef directInteractionList_H
|
|
||||||
#define directInteractionList_H
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "polyMesh.H"
|
|
||||||
#include "List.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
namespace Foam
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
// Forward declaration of classes
|
|
||||||
class interactionLists;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
|
|
||||||
Class directInteractionList Declaration
|
|
||||||
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
|
||||||
|
|
||||||
class directInteractionList
|
|
||||||
:
|
|
||||||
public labelListList
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// Private data
|
|
||||||
|
|
||||||
const interactionLists& il_;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Private Member Functions
|
|
||||||
|
|
||||||
void buildDirectInteractionList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
bool pointPointListBuild
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Disallow default bitwise copy construct
|
|
||||||
directInteractionList(const directInteractionList&);
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Disallow default bitwise assignment
|
|
||||||
void operator=(const directInteractionList&);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
public:
|
|
||||||
|
|
||||||
// Constructors
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct lists by searching the mesh
|
|
||||||
directInteractionList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const interactionLists& il,
|
|
||||||
bool pointPointListBuild
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct from file
|
|
||||||
directInteractionList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const interactionLists& il
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Destructor
|
|
||||||
~directInteractionList();
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Member Functions
|
|
||||||
|
|
||||||
// Access
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const interactionLists& il() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// IOstream Operators
|
|
||||||
|
|
||||||
friend Istream& operator>>(Istream&, directInteractionList&);
|
|
||||||
friend Ostream& operator<<(Ostream&, const directInteractionList&);
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
} // End namespace Foam
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "directInteractionListI.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
|
||||||
@ -1,34 +0,0 @@
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/*---------------------------------------------------------------------------*\
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\\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
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\\ / O peration |
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\\ / A nd | Copyright (C) 2008-2010 OpenCFD Ltd.
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\\/ M anipulation |
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-------------------------------------------------------------------------------
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||||||
License
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This file is part of OpenFOAM.
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||||||
OpenFOAM is free software: you can redistribute it and/or modify it
|
|
||||||
under the terms of the GNU General Public License as published by
|
|
||||||
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
|
|
||||||
(at your option) any later version.
|
|
||||||
|
|
||||||
OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
|
|
||||||
ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
|
|
||||||
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
|
|
||||||
for more details.
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|
||||||
|
|
||||||
You should have received a copy of the GNU General Public License
|
|
||||||
along with OpenFOAM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
|
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\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Member Functions * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const Foam::interactionLists& Foam::directInteractionList::il() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return il_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
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@ -1,691 +0,0 @@
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/*---------------------------------------------------------------------------*\
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========= |
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\\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
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\\ / O peration |
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\\ / A nd | Copyright (C) 2008-2010 OpenCFD Ltd.
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\\/ M anipulation |
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License
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||||||
This file is part of OpenFOAM.
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||||||
OpenFOAM is free software: you can redistribute it and/or modify it
|
|
||||||
under the terms of the GNU General Public License as published by
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|
||||||
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
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|
||||||
(at your option) any later version.
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||||||
|
|
||||||
OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
|
|
||||||
ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
|
|
||||||
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
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|
||||||
for more details.
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||||||
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||||||
You should have received a copy of the GNU General Public License
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|
||||||
along with OpenFOAM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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\*---------------------------------------------------------------------------*/
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||||||
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||||||
#include "interactionLists.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * Static Data Members * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::scalar Foam::interactionLists::transTol = 1e-12;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * Private Member Functions * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
void Foam::interactionLists::buildCellReferralLists()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
Info<< nl << "Determining molecule referring schedule" << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
const referredCellList& refIntL(ril());
|
|
||||||
|
|
||||||
DynamicList<label> referralProcs;
|
|
||||||
|
|
||||||
// Run through all referredCells to build list of interacting processors
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(refIntL, rIL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const referredCell& rC(refIntL[rIL]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (findIndex(referralProcs, rC.sourceProc()) == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
referralProcs.append(rC.sourceProc());
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
referralProcs.shrink();
|
|
||||||
|
|
||||||
// Pout << "referralProcs: " << nl << referralProcs << endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
List<DynamicList<label> > cellSendingReferralLists(referralProcs.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
List<DynamicList<DynamicList<label> > >
|
|
||||||
cellReceivingReferralLists(referralProcs.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
// Run through all referredCells again building up send and receive info
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(refIntL, rIL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const referredCell& rC(refIntL[rIL]);
|
|
||||||
|
|
||||||
label rPI = findIndex(referralProcs, rC.sourceProc());
|
|
||||||
|
|
||||||
DynamicList<DynamicList<label> >& rRL(cellReceivingReferralLists[rPI]);
|
|
||||||
|
|
||||||
DynamicList<label>& sRL(cellSendingReferralLists[rPI]);
|
|
||||||
|
|
||||||
label existingSource = findIndex(sRL, rC.sourceCell());
|
|
||||||
|
|
||||||
// Check to see if this source cell has already been allocated to
|
|
||||||
// come to this processor. If not, add the source cell to the sending
|
|
||||||
// list and add the current referred cell to the receiving list.
|
|
||||||
|
|
||||||
// It shouldn't be possible for the sending and receiving lists to be
|
|
||||||
// different lengths, because their append operations happen at the
|
|
||||||
// same time.
|
|
||||||
|
|
||||||
if (existingSource == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
sRL.append(rC.sourceCell());
|
|
||||||
|
|
||||||
rRL.append
|
|
||||||
(
|
|
||||||
DynamicList<label> (labelList(1,rIL))
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
rRL[existingSource].append(rIL);
|
|
||||||
|
|
||||||
rRL[existingSource].shrink();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(referralProcs, rPI)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
DynamicList<DynamicList<label> >& rRL(cellReceivingReferralLists[rPI]);
|
|
||||||
|
|
||||||
DynamicList<label>& sRL(cellSendingReferralLists[rPI]);
|
|
||||||
|
|
||||||
sRL.shrink();
|
|
||||||
|
|
||||||
rRL.shrink();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// It is assumed that cell exchange is reciprocal, if proc A has cells to
|
|
||||||
// send to proc B, then proc B must have some to send to proc A.
|
|
||||||
|
|
||||||
cellReceivingReferralLists_.setSize(referralProcs.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
cellSendingReferralLists_.setSize(referralProcs.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(referralProcs, rPI)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
DynamicList<DynamicList<label> >& rRL(cellReceivingReferralLists[rPI]);
|
|
||||||
|
|
||||||
labelListList translLL(rRL.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(rRL, rRLI)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
translLL[rRLI] = rRL[rRLI];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
cellReceivingReferralLists_[rPI] = receivingReferralList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
referralProcs[rPI],
|
|
||||||
translLL
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// Send sendingReferralLists to each interacting processor.
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(referralProcs, rPI)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
DynamicList<label>& sRL(cellSendingReferralLists[rPI]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (referralProcs[rPI] != Pstream::myProcNo())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (Pstream::parRun())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
OPstream toInteractingProc
|
|
||||||
(
|
|
||||||
Pstream::blocking,
|
|
||||||
referralProcs[rPI]
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
toInteractingProc << sendingReferralList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
Pstream::myProcNo(),
|
|
||||||
sRL
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// Receive sendingReferralLists from each interacting processor.
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(referralProcs, rPI)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (referralProcs[rPI] != Pstream::myProcNo())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (Pstream::parRun())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
IPstream fromInteractingProc
|
|
||||||
(
|
|
||||||
Pstream::blocking,
|
|
||||||
referralProcs[rPI]
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
fromInteractingProc >> cellSendingReferralLists_[rPI];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
cellSendingReferralLists_[rPI] = sendingReferralList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
Pstream::myProcNo(),
|
|
||||||
cellSendingReferralLists[rPI]
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * Constructors * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::interactionLists::interactionLists
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const polyMesh& mesh,
|
|
||||||
scalar rCutMaxSqr,
|
|
||||||
bool pointPointListBuild
|
|
||||||
)
|
|
||||||
:
|
|
||||||
mesh_(mesh),
|
|
||||||
rCutMaxSqr_(rCutMaxSqr),
|
|
||||||
dil_(*this, pointPointListBuild),
|
|
||||||
ril_(*this, pointPointListBuild),
|
|
||||||
cellSendingReferralLists_(),
|
|
||||||
cellReceivingReferralLists_()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
buildCellReferralLists();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::interactionLists::interactionLists(const polyMesh& mesh)
|
|
||||||
:
|
|
||||||
mesh_(mesh),
|
|
||||||
dil_(*this),
|
|
||||||
ril_(*this)
|
|
||||||
{}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * Destructor * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::interactionLists::~interactionLists()
|
|
||||||
{}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Member Functions * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
bool Foam::interactionLists::testPointPointDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const label ptI,
|
|
||||||
const label ptJ
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return (magSqr(mesh_.points()[ptI] - mesh_.points()[ptJ]) <= rCutMaxSqr_);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
bool Foam::interactionLists::testEdgeEdgeDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const edge& eI,
|
|
||||||
const edge& eJ
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const vector& eJs(mesh_.points()[eJ.start()]);
|
|
||||||
const vector& eJe(mesh_.points()[eJ.end()]);
|
|
||||||
|
|
||||||
return testEdgeEdgeDistance(eI, eJs, eJe);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
bool Foam::interactionLists::testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const label p,
|
|
||||||
const label faceNo
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const vector& pointPosition(mesh_.points()[p]);
|
|
||||||
|
|
||||||
return testPointFaceDistance(pointPosition, faceNo);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
bool Foam::interactionLists::testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const label p,
|
|
||||||
const referredCell& refCell
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const vector& pointPosition(mesh_.points()[p]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(refCell.faces(), rCF)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
pointPosition,
|
|
||||||
refCell.faces()[rCF],
|
|
||||||
refCell.vertexPositions(),
|
|
||||||
refCell.faceCentres()[rCF],
|
|
||||||
refCell.faceAreas()[rCF]
|
|
||||||
)
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return false;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
bool Foam::interactionLists::testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const vectorList& pointsToTest,
|
|
||||||
const label faceNo
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
forAll(pointsToTest, pTT)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const vector& p(pointsToTest[pTT]);
|
|
||||||
|
|
||||||
// if any point in the list is in range of the face
|
|
||||||
// then the rest do not need to be tested and
|
|
||||||
// true can be returned
|
|
||||||
|
|
||||||
if (testPointFaceDistance(p, faceNo))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return false;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
bool Foam::interactionLists::testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const vector& p,
|
|
||||||
const label faceNo
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const face& faceToTest(mesh_.faces()[faceNo]);
|
|
||||||
|
|
||||||
const vector& faceC(mesh_.faceCentres()[faceNo]);
|
|
||||||
|
|
||||||
const vector& faceA(mesh_.faceAreas()[faceNo]);
|
|
||||||
|
|
||||||
const vectorList& points(mesh_.points());
|
|
||||||
|
|
||||||
return testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
p,
|
|
||||||
faceToTest,
|
|
||||||
points,
|
|
||||||
faceC,
|
|
||||||
faceA
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
bool Foam::interactionLists::testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const vector& p,
|
|
||||||
const labelList& faceToTest,
|
|
||||||
const vectorList& points,
|
|
||||||
const vector& faceC,
|
|
||||||
const vector& faceA
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
vector faceN(faceA/mag(faceA));
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar perpDist((p - faceC) & faceN);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (magSqr(perpDist) > rCutMaxSqr_)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return false;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
vector pointOnPlane = (p - faceN * perpDist);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (magSqr(faceC - pointOnPlane) < rCutMaxSqr_*1e-8)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// If pointOnPlane is very close to the face centre
|
|
||||||
// then defining the local axes will be inaccurate
|
|
||||||
// and it is very likely that pointOnPlane will be
|
|
||||||
// inside the face, so return true if the points
|
|
||||||
// are in range to be safe
|
|
||||||
|
|
||||||
return (magSqr(pointOnPlane - p) <= rCutMaxSqr_);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
vector xAxis = (faceC - pointOnPlane)/mag(faceC - pointOnPlane);
|
|
||||||
|
|
||||||
vector yAxis =
|
|
||||||
((faceC - pointOnPlane) ^ faceN)
|
|
||||||
/mag((faceC - pointOnPlane) ^ faceN);
|
|
||||||
|
|
||||||
List<vector2D> local2DVertices(faceToTest.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(faceToTest, fTT)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const vector& V(points[faceToTest[fTT]]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (magSqr(V-p) <= rCutMaxSqr_)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
local2DVertices[fTT] = vector2D
|
|
||||||
(
|
|
||||||
((V - pointOnPlane) & xAxis),
|
|
||||||
((V - pointOnPlane) & yAxis)
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar localFaceCx((faceC - pointOnPlane) & xAxis);
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar la_valid = -1;
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(local2DVertices, fV)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const vector2D& va(local2DVertices[fV]);
|
|
||||||
|
|
||||||
const vector2D& vb
|
|
||||||
(
|
|
||||||
local2DVertices[(fV + 1) % local2DVertices.size()]
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (mag(vb.y()-va.y()) > SMALL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
scalar la =
|
|
||||||
(
|
|
||||||
va.x() - va.y()*((vb.x() - va.x())/(vb.y() - va.y()))
|
|
||||||
)
|
|
||||||
/localFaceCx;
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar lv = -va.y()/(vb.y() - va.y());
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
if (la >= 0 && la <= 1 && lv >= 0 && lv <= 1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
la_valid = la;
|
|
||||||
|
|
||||||
break;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (la_valid < 0)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// perpendicular point inside face, nearest point is pointOnPlane;
|
|
||||||
return (magSqr(pointOnPlane-p) <= rCutMaxSqr_);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
else
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// perpendicular point outside face, nearest point is
|
|
||||||
// on edge that generated la_valid;
|
|
||||||
return
|
|
||||||
(
|
|
||||||
magSqr(pointOnPlane + la_valid*(faceC - pointOnPlane) - p)
|
|
||||||
<= rCutMaxSqr_
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// if the algorithm hasn't returned anything by now then something has
|
|
||||||
// gone wrong.
|
|
||||||
|
|
||||||
FatalErrorIn
|
|
||||||
(
|
|
||||||
"interactionLists::testPointFaceDistance"
|
|
||||||
"("
|
|
||||||
"const vector&, "
|
|
||||||
"const labelList&, "
|
|
||||||
"const vectorList&, "
|
|
||||||
"const vector&, "
|
|
||||||
"const vector&"
|
|
||||||
") const"
|
|
||||||
) << "point " << p << " to face " << faceToTest
|
|
||||||
<< " comparison did not find a nearest point"
|
|
||||||
<< " to be inside or outside face."
|
|
||||||
<< abort(FatalError);
|
|
||||||
|
|
||||||
return false;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
bool Foam::interactionLists::testEdgeEdgeDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const edge& eI,
|
|
||||||
const vector& eJs,
|
|
||||||
const vector& eJe
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
vector a(eI.vec(mesh_.points()));
|
|
||||||
vector b(eJe - eJs);
|
|
||||||
|
|
||||||
const vector& eIs(mesh_.points()[eI.start()]);
|
|
||||||
|
|
||||||
vector c(eJs - eIs);
|
|
||||||
|
|
||||||
vector crossab = a ^ b;
|
|
||||||
scalar magCrossSqr = magSqr(crossab);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (magCrossSqr > VSMALL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// If the edges are parallel then a point-face
|
|
||||||
// search will pick them up
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar s = ((c ^ b) & crossab)/magCrossSqr;
|
|
||||||
scalar t = ((c ^ a) & crossab)/magCrossSqr;
|
|
||||||
|
|
||||||
// Check for end points outside of range 0..1
|
|
||||||
// If the closest point is outside this range
|
|
||||||
// a point-face search will have found it.
|
|
||||||
|
|
||||||
return
|
|
||||||
(
|
|
||||||
s >= 0
|
|
||||||
&& s <= 1
|
|
||||||
&& t >= 0
|
|
||||||
&& t <= 1
|
|
||||||
&& magSqr(eIs + a*s - eJs - b*t) <= rCutMaxSqr_
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return false;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
const Foam::labelList Foam::interactionLists::realCellsInRangeOfSegment
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const labelList& segmentFaces,
|
|
||||||
const labelList& segmentEdges,
|
|
||||||
const labelList& segmentPoints
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
DynamicList<label> realCellsFoundInRange;
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(segmentFaces, sF)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label f = segmentFaces[sF];
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(mesh_.points(), p)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (testPointFaceDistance(p, f))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const labelList& pCells(mesh_.pointCells()[p]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(pCells, pC)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label cellI(pCells[pC]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (findIndex(realCellsFoundInRange, cellI) == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
realCellsFoundInRange.append(cellI);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(segmentPoints, sP)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label p = segmentPoints[sP];
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(mesh_.faces(), f)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (testPointFaceDistance(p, f))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label cellO(mesh_.faceOwner()[f]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (findIndex(realCellsFoundInRange, cellO) == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
realCellsFoundInRange.append(cellO);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (mesh_.isInternalFace(f))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// boundary faces will not have neighbour information
|
|
||||||
|
|
||||||
const label cellN(mesh_.faceNeighbour()[f]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (findIndex(realCellsFoundInRange, cellN) == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
realCellsFoundInRange.append(cellN);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(segmentEdges, sE)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const edge& eJ(mesh_.edges()[segmentEdges[sE]]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(mesh_.edges(), edgeIIndex)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const edge& eI(mesh_.edges()[edgeIIndex]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (testEdgeEdgeDistance(eI, eJ))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const labelList& eICells(mesh_.edgeCells()[edgeIIndex]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(eICells, eIC)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label cellI(eICells[eIC]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (findIndex(realCellsFoundInRange, cellI) == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
realCellsFoundInRange.append(cellI);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return realCellsFoundInRange.shrink();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
const Foam::labelList Foam::interactionLists::referredCellsInRangeOfSegment
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const List<referredCell>& referredInteractionList,
|
|
||||||
const labelList& segmentFaces,
|
|
||||||
const labelList& segmentEdges,
|
|
||||||
const labelList& segmentPoints
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
DynamicList<label> referredCellsFoundInRange;
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(segmentFaces, sF)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label f = segmentFaces[sF];
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(referredInteractionList, rIL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const vectorList& refCellPoints
|
|
||||||
= referredInteractionList[rIL].vertexPositions();
|
|
||||||
|
|
||||||
if (testPointFaceDistance(refCellPoints, f))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (findIndex(referredCellsFoundInRange, rIL) == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
referredCellsFoundInRange.append(rIL);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(segmentPoints, sP)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const label p = segmentPoints[sP];
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(referredInteractionList, rIL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const referredCell& refCell(referredInteractionList[rIL]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (testPointFaceDistance(p, refCell))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (findIndex(referredCellsFoundInRange, rIL) == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
referredCellsFoundInRange.append(rIL);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(segmentEdges, sE)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const edge& eI(mesh_.edges()[segmentEdges[sE]]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(referredInteractionList, rIL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const vectorList& refCellPoints
|
|
||||||
= referredInteractionList[rIL].vertexPositions();
|
|
||||||
|
|
||||||
const edgeList& refCellEdges
|
|
||||||
= referredInteractionList[rIL].edges();
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(refCellEdges, rCE)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const edge& eJ(refCellEdges[rCE]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
testEdgeEdgeDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
eI,
|
|
||||||
refCellPoints[eJ.start()],
|
|
||||||
refCellPoints[eJ.end()]
|
|
||||||
)
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (findIndex(referredCellsFoundInRange, rIL) == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
referredCellsFoundInRange.append(rIL);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return referredCellsFoundInRange.shrink();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
|
||||||
@ -1,214 +0,0 @@
|
|||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
|
|
||||||
========= |
|
|
||||||
\\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
|
|
||||||
\\ / O peration |
|
|
||||||
\\ / A nd | Copyright (C) 2008-2010 OpenCFD Ltd.
|
|
||||||
\\/ M anipulation |
|
|
||||||
-------------------------------------------------------------------------------
|
|
||||||
License
|
|
||||||
This file is part of OpenFOAM.
|
|
||||||
|
|
||||||
OpenFOAM is free software: you can redistribute it and/or modify it
|
|
||||||
under the terms of the GNU General Public License as published by
|
|
||||||
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
|
|
||||||
(at your option) any later version.
|
|
||||||
|
|
||||||
OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
|
|
||||||
ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
|
|
||||||
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
|
|
||||||
for more details.
|
|
||||||
|
|
||||||
You should have received a copy of the GNU General Public License
|
|
||||||
along with OpenFOAM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
|
|
||||||
|
|
||||||
Class
|
|
||||||
Foam::interactionLists
|
|
||||||
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Description
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SourceFiles
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interactionListsI.H
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interactionLists.C
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||||||
interactionListsIO.C
|
|
||||||
|
|
||||||
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifndef interactionLists_H
|
|
||||||
#define interactionLists_H
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "polyMesh.H"
|
|
||||||
#include "vector2D.H"
|
|
||||||
#include "directInteractionList.H"
|
|
||||||
#include "referredCell.H"
|
|
||||||
#include "referredCellList.H"
|
|
||||||
#include "sendingReferralList.H"
|
|
||||||
#include "receivingReferralList.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
namespace Foam
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
|
|
||||||
Class interactionLists Declaration
|
|
||||||
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
|
||||||
|
|
||||||
class interactionLists
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// Private data
|
|
||||||
|
|
||||||
const polyMesh& mesh_;
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar rCutMaxSqr_;
|
|
||||||
|
|
||||||
directInteractionList dil_;
|
|
||||||
|
|
||||||
referredCellList ril_;
|
|
||||||
|
|
||||||
List<sendingReferralList> cellSendingReferralLists_;
|
|
||||||
|
|
||||||
List<receivingReferralList> cellReceivingReferralLists_;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Private Member Functions
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Build referralLists which define how to send information
|
|
||||||
// to referredCells to source cells
|
|
||||||
void buildCellReferralLists();
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Disallow default bitwise copy construct
|
|
||||||
interactionLists(const interactionLists&);
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Disallow default bitwise assignment
|
|
||||||
void operator=(const interactionLists&);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
public:
|
|
||||||
|
|
||||||
// Static data members
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Tolerance for checking that faces on a patch segment
|
|
||||||
static scalar transTol;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Constructors
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct and create all information from the mesh
|
|
||||||
interactionLists
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const polyMesh& mesh,
|
|
||||||
scalar rCutMaxSqr,
|
|
||||||
bool pointPointListBuild = false
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct from file
|
|
||||||
interactionLists(const polyMesh& mesh);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Destructor
|
|
||||||
~interactionLists();
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Member Functions
|
|
||||||
|
|
||||||
bool testPointPointDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const label ptI,
|
|
||||||
const label ptJ
|
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
bool testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const label p,
|
|
||||||
const label faceNo
|
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
bool testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const label p,
|
|
||||||
const referredCell& refCell
|
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
bool testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const vectorList& pointsToTest,
|
|
||||||
const label faceNo
|
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
bool testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const vector& p,
|
|
||||||
const label faceNo
|
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
bool testPointFaceDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const vector& p,
|
|
||||||
const labelList& faceToTest,
|
|
||||||
const vectorList& points,
|
|
||||||
const vector& faceC,
|
|
||||||
const vector& faceA
|
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
bool testEdgeEdgeDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const edge& eI,
|
|
||||||
const edge& eJ
|
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
bool testEdgeEdgeDistance
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const edge& eI,
|
|
||||||
const vector& eJs,
|
|
||||||
const vector& eJe
|
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
const labelList realCellsInRangeOfSegment
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const labelList& segmentFaces,
|
|
||||||
const labelList& segmentEdges,
|
|
||||||
const labelList& segmentPoints
|
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
const labelList referredCellsInRangeOfSegment
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const List<referredCell>& referredInteractionList,
|
|
||||||
const labelList& segmentFaces,
|
|
||||||
const labelList& segmentEdges,
|
|
||||||
const labelList& segmentPoints
|
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Access
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const polyMesh& mesh() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const directInteractionList& dil() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const referredCellList& ril() const;
|
|
||||||
inline referredCellList& ril();
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const List<sendingReferralList>&
|
|
||||||
cellSendingReferralLists() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const List<receivingReferralList>&
|
|
||||||
cellReceivingReferralLists() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline label nInteractingProcs() const;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
} // End namespace Foam
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "interactionListsI.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
|
||||||
@ -1,77 +0,0 @@
|
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/*---------------------------------------------------------------------------*\
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\\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
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\\ / O peration |
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\\ / A nd | Copyright (C) 2008-2010 OpenCFD Ltd.
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\\/ M anipulation |
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License
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This file is part of OpenFOAM.
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OpenFOAM is free software: you can redistribute it and/or modify it
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the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
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(at your option) any later version.
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OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
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ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
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FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
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for more details.
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You should have received a copy of the GNU General Public License
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along with OpenFOAM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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\*---------------------------------------------------------------------------*/
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// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Member Functions * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
const Foam::polyMesh& Foam::interactionLists::mesh() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return mesh_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
const Foam::directInteractionList& Foam::interactionLists::dil() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return dil_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const Foam::referredCellList& Foam::interactionLists::ril() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return ril_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline Foam::referredCellList& Foam::interactionLists::ril()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return ril_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const Foam::List<Foam::sendingReferralList>&
|
|
||||||
Foam::interactionLists::cellSendingReferralLists() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return cellSendingReferralLists_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const Foam::List<Foam::receivingReferralList>&
|
|
||||||
Foam::interactionLists::cellReceivingReferralLists() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return cellReceivingReferralLists_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline Foam::label Foam::interactionLists::nInteractingProcs() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return cellReceivingReferralLists_.size();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
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@ -1,448 +0,0 @@
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\\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
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\\ / O peration |
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\\ / A nd | Copyright (C) 2008-2010 OpenCFD Ltd.
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\\/ M anipulation |
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This file is part of OpenFOAM.
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ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
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FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
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||||||
#include "referredCell.H"
|
|
||||||
#include "interactionLists.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
namespace Foam
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * Private Member Functions * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
void referredCell::setConstructionData
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const polyMesh& mesh,
|
|
||||||
const label sourceCell
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// Points
|
|
||||||
|
|
||||||
const labelList& points = mesh.cellPoints()[sourceCell];
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList sourceCellVertices(points.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(sourceCellVertices, sCV)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
sourceCellVertices[sCV] = mesh.points()[points[sCV]];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
vertexPositions_ = referPositions(sourceCellVertices);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Edges
|
|
||||||
|
|
||||||
const labelList& edges = mesh.cellEdges()[sourceCell];
|
|
||||||
|
|
||||||
edgeList sourceCellEdges(edges.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(sourceCellEdges, sCE)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
sourceCellEdges[sCE] = mesh.edges()[edges[sCE]];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
locallyMapEdgeList(points, sourceCellEdges);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Faces
|
|
||||||
|
|
||||||
labelList faces(mesh.cells()[sourceCell]);
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList sourceCellFaceCentres(faces.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList sourceCellFaceAreas(faces.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
labelListList sourceCellFaces(faces.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(faces, f)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
sourceCellFaces[f] = mesh.faces()[faces[f]];
|
|
||||||
|
|
||||||
sourceCellFaceCentres[f] = mesh.faceCentres()[faces[f]];
|
|
||||||
|
|
||||||
sourceCellFaceAreas[f] = mesh.faceAreas()[faces[f]];
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
locallyMapFaceList(points, sourceCellFaces);
|
|
||||||
|
|
||||||
faceCentres_ = referPositions(sourceCellFaceCentres);
|
|
||||||
|
|
||||||
faceAreas_ = rotateVectors(sourceCellFaceAreas);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void referredCell::locallyMapEdgeList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const labelList& points,
|
|
||||||
const edgeList& sourceCellEdges
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
edges_.setSize(sourceCellEdges.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(sourceCellEdges, sCE)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const edge& e(sourceCellEdges[sCE]);
|
|
||||||
|
|
||||||
edges_[sCE].start() = findIndex(points, e.start());
|
|
||||||
|
|
||||||
edges_[sCE].end() = findIndex(points, e.end());
|
|
||||||
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
edges_[sCE].start() == -1
|
|
||||||
|| edges_[sCE].end() == -1
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
FatalErrorIn("Foam::referredCell::locallyMapEdgeList")
|
|
||||||
<< "edgeList and points labelList for "
|
|
||||||
<< "referred cell do not match: "
|
|
||||||
<< nl << "points: " << points
|
|
||||||
<< nl << "egdes: " << sourceCellEdges
|
|
||||||
<< abort(FatalError);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void referredCell::locallyMapFaceList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const labelList& points,
|
|
||||||
const labelListList& sourceCellFaces
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
faces_.setSize(sourceCellFaces.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(sourceCellFaces, sCF)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const labelList& sourceCellFace(sourceCellFaces[sCF]);
|
|
||||||
|
|
||||||
labelList& localFace(faces_[sCF]);
|
|
||||||
|
|
||||||
localFace.setSize(sourceCellFace.size());
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(sourceCellFace, p)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
localFace[p] = findIndex(points, sourceCellFace[p]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (localFace[p] == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
FatalErrorIn("Foam::referredCell::locallyMapEdgeList")
|
|
||||||
<< "edgeList and points labelList for "
|
|
||||||
<< "referred cell do not match: "
|
|
||||||
<< nl << "points: " << points
|
|
||||||
<< nl << "faces: " << sourceCellFaces
|
|
||||||
<< abort(FatalError);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
vector referredCell::referPosition(const vector& positionToRefer)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return offset_ + (rotation_ & positionToRefer);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList referredCell::referPositions(const vectorList& positionsToRefer)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return offset_ + (rotation_ & positionsToRefer);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
vector referredCell::rotateVector(const vector& vectorToRotate)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return rotation_ & vectorToRotate;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList referredCell::rotateVectors(const vectorList& vectorsToRotate)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return rotation_ & vectorsToRotate;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * Constructors * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
referredCell::referredCell()
|
|
||||||
:
|
|
||||||
DynamicList<referredMolecule>(),
|
|
||||||
sourceProc_(-1),
|
|
||||||
sourceCell_(-1),
|
|
||||||
vertexPositions_(),
|
|
||||||
offset_(vector::zero),
|
|
||||||
rotation_(I)
|
|
||||||
{}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
referredCell::referredCell
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const polyMesh& mesh,
|
|
||||||
const label sourceProc,
|
|
||||||
const label sourceCell,
|
|
||||||
const vector& offset,
|
|
||||||
const tensor& rotation
|
|
||||||
)
|
|
||||||
:
|
|
||||||
DynamicList<referredMolecule>(),
|
|
||||||
sourceProc_(sourceProc),
|
|
||||||
sourceCell_(sourceCell),
|
|
||||||
offset_(offset),
|
|
||||||
rotation_(rotation)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
setConstructionData(mesh, sourceCell);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
referredCell::referredCell
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const label sourceProc,
|
|
||||||
const label sourceCell,
|
|
||||||
const vectorList& vertexPositions,
|
|
||||||
const edgeList& localEdges,
|
|
||||||
const labelListList& localFaces,
|
|
||||||
const vectorList& faceCentres,
|
|
||||||
const vectorList& faceAreas,
|
|
||||||
const vector& offset,
|
|
||||||
const tensor& rotation
|
|
||||||
)
|
|
||||||
:
|
|
||||||
DynamicList<referredMolecule>(),
|
|
||||||
sourceProc_(sourceProc),
|
|
||||||
sourceCell_(sourceCell),
|
|
||||||
edges_(localEdges),
|
|
||||||
faces_(localFaces),
|
|
||||||
offset_(offset),
|
|
||||||
rotation_(rotation)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// Supplied vertexPositions, faceCentres and faceAreas are of the
|
|
||||||
// "original" cell, and need to be transformed to the referred
|
|
||||||
// locations on construction
|
|
||||||
|
|
||||||
vertexPositions_ = referPositions(vertexPositions);
|
|
||||||
|
|
||||||
faceCentres_ = referPositions(faceCentres);
|
|
||||||
|
|
||||||
faceAreas_ = rotateVectors(faceAreas);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
referredCell::referredCell
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const polyMesh& mesh,
|
|
||||||
const label sourceProc,
|
|
||||||
const label sourceCell,
|
|
||||||
const vector& cS,
|
|
||||||
const vector& cD,
|
|
||||||
const vector& nS,
|
|
||||||
const vector& nD
|
|
||||||
)
|
|
||||||
:
|
|
||||||
DynamicList<referredMolecule>(),
|
|
||||||
sourceProc_(sourceProc),
|
|
||||||
sourceCell_(sourceCell)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// It is assumed that the vectors originating from the faces being referred
|
|
||||||
// here are correct periodic faces - i.e. they have the same area etc.
|
|
||||||
|
|
||||||
vector nA = -nS/mag(nS);
|
|
||||||
vector nB = nD/mag(nD);
|
|
||||||
|
|
||||||
rotation_ = rotationTensor(nA, nB);
|
|
||||||
|
|
||||||
offset_ = cD - (rotation_ & cS);
|
|
||||||
|
|
||||||
// Allow sourceCell = -1 to create a dummy referredCell
|
|
||||||
// to obtain the transformation
|
|
||||||
|
|
||||||
if (sourceCell >= 0)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
setConstructionData(mesh, sourceCell);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * Destructor * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
referredCell::~referredCell()
|
|
||||||
{}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Member Functions * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
referredCell referredCell::reRefer
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const vector& cS,
|
|
||||||
const vector& cD,
|
|
||||||
const vector& nS,
|
|
||||||
const vector& nD
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
vector nA = -nS/mag(nS);
|
|
||||||
vector nB = nD/mag(nD);
|
|
||||||
|
|
||||||
tensor newRotation = rotationTensor(nA, nB);
|
|
||||||
|
|
||||||
vector newOffset = cD - (newRotation & cS);
|
|
||||||
|
|
||||||
tensor reReferredRotation = newRotation & rotation_;
|
|
||||||
|
|
||||||
vector reReferredOffset = newOffset + (newRotation & offset_);
|
|
||||||
|
|
||||||
return referredCell
|
|
||||||
(
|
|
||||||
sourceProc_,
|
|
||||||
sourceCell_,
|
|
||||||
rotation_.T() & (vertexPositions_ - offset_),
|
|
||||||
edges_,
|
|
||||||
faces_,
|
|
||||||
rotation_.T() & (faceCentres_ - offset_),
|
|
||||||
rotation_.T() & (faceAreas_),
|
|
||||||
reReferredOffset,
|
|
||||||
reReferredRotation
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
vector referredCell::referPosition(const vector& positionToRefer) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return offset_ + (rotation_ & positionToRefer);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList referredCell::referPosition
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const vectorList& positionsToRefer
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return offset_ + (rotation_ & positionsToRefer);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
vector referredCell::rotateVector(const vector& vectorToRotate) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return rotation_ & vectorToRotate;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList referredCell::rotateVectors(const vectorList& vectorsToRotate) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return rotation_ & vectorsToRotate;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void referredCell::referInMols(const List<referredMolecule>& incomingMols)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
clear();
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(incomingMols, iM)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
append
|
|
||||||
(
|
|
||||||
referredMolecule
|
|
||||||
(
|
|
||||||
incomingMols[iM].id(),
|
|
||||||
referPosition
|
|
||||||
(
|
|
||||||
incomingMols[iM].position()
|
|
||||||
),
|
|
||||||
referPosition
|
|
||||||
(
|
|
||||||
incomingMols[iM].sitePositions()
|
|
||||||
)
|
|
||||||
)
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
shrink();
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
bool referredCell::duplicate(const referredCell& refCellDupl) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return
|
|
||||||
(
|
|
||||||
sourceProc_ == refCellDupl.sourceProc()
|
|
||||||
&& sourceCell_ == refCellDupl.sourceCell()
|
|
||||||
&& mag(offset_ - refCellDupl.offset()) < interactionLists::transTol
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
bool referredCell::duplicate(const label procNo,const label nCells) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return
|
|
||||||
(
|
|
||||||
sourceProc_ == procNo
|
|
||||||
&& sourceCell_ < nCells
|
|
||||||
&& mag(offset_) < interactionLists::transTol
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Friend Functions * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
Istream& operator>>(Istream& is, referredCell& rC)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
is >> rC.sourceProc_
|
|
||||||
>> rC.sourceCell_
|
|
||||||
>> rC.vertexPositions_
|
|
||||||
>> rC.edges_
|
|
||||||
>> rC.faces_
|
|
||||||
>> rC.faceCentres_
|
|
||||||
>> rC.faceAreas_
|
|
||||||
>> rC.offset_
|
|
||||||
>> rC.rotation_;
|
|
||||||
|
|
||||||
is.check("Istream& operator<<(Istream& f, const referredCell& rC");
|
|
||||||
|
|
||||||
return is;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Ostream& operator<<(Ostream& os, const referredCell& rC)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
os << rC.sourceProc()
|
|
||||||
<< token::SPACE << rC.sourceCell()
|
|
||||||
<< token::SPACE << rC.vertexPositions()
|
|
||||||
<< token::SPACE << rC.edges()
|
|
||||||
<< token::SPACE << rC.faces()
|
|
||||||
<< token::SPACE << rC.faceCentres()
|
|
||||||
<< token::SPACE << rC.faceAreas()
|
|
||||||
<< token::SPACE << rC.offset()
|
|
||||||
<< token::SPACE << rC.rotation();
|
|
||||||
|
|
||||||
os.check("Ostream& operator<<(Ostream& f, const referredCell& rC");
|
|
||||||
|
|
||||||
return os;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
} // End namespace Foam
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
|
||||||
@ -1,275 +0,0 @@
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/*---------------------------------------------------------------------------*\
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\\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
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\\ / O peration |
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\\ / A nd | Copyright (C) 2008-2010 OpenCFD Ltd.
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\\/ M anipulation |
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-------------------------------------------------------------------------------
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License
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This file is part of OpenFOAM.
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OpenFOAM is free software: you can redistribute it and/or modify it
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||||||
under the terms of the GNU General Public License as published by
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||||||
the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
|
|
||||||
(at your option) any later version.
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OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
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|
||||||
ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
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||||||
FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
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for more details.
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You should have received a copy of the GNU General Public License
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along with OpenFOAM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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||||||
Class
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Foam::referredCell
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Description
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SourceFiles
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referredCellI.H
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referredCell.C
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||||||
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\*---------------------------------------------------------------------------*/
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||||||
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||||||
#ifndef referredCell_H
|
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||||||
#define referredCell_H
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "vector.H"
|
|
||||||
#include "vectorList.H"
|
|
||||||
#include "tensor.H"
|
|
||||||
#include "transform.H"
|
|
||||||
#include "DynamicList.H"
|
|
||||||
#include "labelList.H"
|
|
||||||
#include "edgeList.H"
|
|
||||||
#include "polyMesh.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "referredMolecule.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
namespace Foam
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
|
|
||||||
Class referredCell Declaration
|
|
||||||
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
|
||||||
|
|
||||||
class referredCell
|
|
||||||
:
|
|
||||||
public DynamicList<referredMolecule>
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// Private data
|
|
||||||
|
|
||||||
label sourceProc_;
|
|
||||||
|
|
||||||
label sourceCell_;
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Referred vertex positions
|
|
||||||
vectorList vertexPositions_;
|
|
||||||
|
|
||||||
edgeList edges_;
|
|
||||||
|
|
||||||
labelListList faces_;
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList faceCentres_;
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList faceAreas_;
|
|
||||||
|
|
||||||
labelList realCellsForInteraction_;
|
|
||||||
|
|
||||||
vector offset_;
|
|
||||||
|
|
||||||
tensor rotation_;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Private Member Functions
|
|
||||||
|
|
||||||
void setConstructionData
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const polyMesh& mesh,
|
|
||||||
const label sourceCell
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
void locallyMapEdgeList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const labelList& points,
|
|
||||||
const edgeList& sourceCellEdges
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
void locallyMapFaceList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const labelList& points,
|
|
||||||
const labelListList& sourceCellFaces
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
vector referPosition(const vector& positionToRefer);
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList referPositions(const vectorList& positionsToRefer);
|
|
||||||
|
|
||||||
vector rotateVector(const vector& vectorToRotate);
|
|
||||||
|
|
||||||
vectorList rotateVectors(const vectorList& vectorsToRotate);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
public:
|
|
||||||
|
|
||||||
// Constructors
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct null
|
|
||||||
|
|
||||||
referredCell();
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct from components with external edge information
|
|
||||||
referredCell
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const polyMesh& mesh,
|
|
||||||
const label sourceProc,
|
|
||||||
const label sourceCell,
|
|
||||||
const vector& offset,
|
|
||||||
const tensor& rotation
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct from components with existing local edge information
|
|
||||||
referredCell
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const label sourceProc,
|
|
||||||
const label sourceCell,
|
|
||||||
const vectorList& vertexPositions,
|
|
||||||
const edgeList& localEdges,
|
|
||||||
const labelListList& localFaces,
|
|
||||||
const vectorList& faceCentres,
|
|
||||||
const vectorList& faceAreas,
|
|
||||||
const vector& offset,
|
|
||||||
const tensor& rotation
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct from pair of face centers (c) and plain
|
|
||||||
// face normals (n) (no need to make unit vectors or
|
|
||||||
// reverse one direction)
|
|
||||||
// Order of vectors important (S = source, D = Destination).
|
|
||||||
// External edge information.
|
|
||||||
|
|
||||||
referredCell
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const polyMesh& mesh,
|
|
||||||
const label sourceProc,
|
|
||||||
const label sourceCell,
|
|
||||||
const vector& cS,
|
|
||||||
const vector& cD,
|
|
||||||
const vector& nS,
|
|
||||||
const vector& nD
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Destructor
|
|
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virtual ~referredCell();
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Member Functions
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Take this referredCell object that has already had its transform
|
|
||||||
// calculated and refer it on again, retaining same source info.
|
|
||||||
referredCell reRefer
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const vector& cS,
|
|
||||||
const vector& cD,
|
|
||||||
const vector& nS,
|
|
||||||
const vector& nD
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Use internal transformatation values to transform the given
|
|
||||||
// postion to its new location.
|
|
||||||
vector referPosition(const vector& positionToRefer) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Use internal transformatation values to transform the given
|
|
||||||
// list of postions to their new locations.
|
|
||||||
vectorList referPosition(const vectorList& positionsToRefer) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Use internal transformatation values to rotate the given vector
|
|
||||||
vector rotateVector(const vector& vectorToRotate) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Use internal transformatation values to rotate the given
|
|
||||||
// list of vectors
|
|
||||||
vectorList rotateVectors(const vectorList& vectorsToRotate) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
//- referInMols clears, the stored list of referred mols and takes
|
|
||||||
// in a list of referred mols coming from a source processor,
|
|
||||||
// transformingtheir positions
|
|
||||||
void referInMols(const List<referredMolecule>& incomingMols);
|
|
||||||
|
|
||||||
//- duplicate() function to test whether a referred or real cell
|
|
||||||
// supplied by arguement is a duplicate of this referredCell.
|
|
||||||
// Can be used bi-directionally - i.e. can be called on an existing
|
|
||||||
// referred cell with a proposed referredCell as argument,
|
|
||||||
// or vice versa. Can only be called by a proposed referredCell with
|
|
||||||
// a real cell index as arguement to test to see if the proposed
|
|
||||||
// referredCell is a duplicate.
|
|
||||||
// A duplicate cell is defined as one which has the same source
|
|
||||||
// processor, source cell, and an equal offset. Real cells have zero
|
|
||||||
// offset by definition.
|
|
||||||
bool duplicate(const referredCell& refCellDupl) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
bool duplicate(const label procNo, const label nCells) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Access
|
|
||||||
|
|
||||||
inline label sourceProc() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline label sourceCell() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const vector& offset() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const tensor& rotation() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const vectorList& vertexPositions() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const edgeList& edges() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const labelListList& faces() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const vectorList& faceCentres() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const vectorList& faceAreas() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline labelList& realCells();
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const labelList& realCellsForInteraction() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Friend Operators
|
|
||||||
|
|
||||||
inline friend bool operator==
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const referredCell& a,
|
|
||||||
const referredCell& b
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
inline friend bool operator!=
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const referredCell& a,
|
|
||||||
const referredCell& b
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// IOstream Operators
|
|
||||||
|
|
||||||
friend Istream& operator>>(Istream&, referredCell&);
|
|
||||||
friend Ostream& operator<<(Ostream&, const referredCell&);
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
} // End namespace Foam
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "referredCellI.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
|
||||||
@ -1,126 +0,0 @@
|
|||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
|
|
||||||
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\\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
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\\ / O peration |
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\\ / A nd | Copyright (C) 2008-2010 OpenCFD Ltd.
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\\/ M anipulation |
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-------------------------------------------------------------------------------
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||||||
License
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This file is part of OpenFOAM.
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OpenFOAM is free software: you can redistribute it and/or modify it
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under the terms of the GNU General Public License as published by
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the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
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(at your option) any later version.
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OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
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ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
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FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
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|
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for more details.
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You should have received a copy of the GNU General Public License
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along with OpenFOAM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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||||||
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
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||||||
|
|
||||||
namespace Foam
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Member Functions * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
inline label referredCell::sourceProc() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return sourceProc_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline label referredCell::sourceCell() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return sourceCell_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const vector& referredCell::offset() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return offset_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const tensor& referredCell::rotation() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return rotation_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const vectorList& referredCell::vertexPositions() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return vertexPositions_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const edgeList& referredCell::edges() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return edges_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const labelListList& referredCell::faces() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return faces_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const vectorList& referredCell::faceCentres() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return faceCentres_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const vectorList& referredCell::faceAreas() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return faceAreas_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline labelList& referredCell::realCells()
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return realCellsForInteraction_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const labelList& referredCell::realCellsForInteraction() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return realCellsForInteraction_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Friend Operators * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
inline bool operator==
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const referredCell& a,
|
|
||||||
const referredCell& b
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return const_cast<referredCell&>(a).duplicate
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const_cast<const referredCell&>(b)
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline bool operator!=
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const referredCell& a,
|
|
||||||
const referredCell& b
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return !(a == b);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
} // End namespace Foam
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
|
||||||
File diff suppressed because it is too large
Load Diff
@ -1,109 +0,0 @@
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/*---------------------------------------------------------------------------*\
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========= |
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\\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox
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\\ / A nd | Copyright (C) 2008-2010 OpenCFD Ltd.
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\\/ M anipulation |
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This file is part of OpenFOAM.
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OpenFOAM is free software: you can redistribute it and/or modify it
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under the terms of the GNU General Public License as published by
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the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or
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(at your option) any later version.
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OpenFOAM is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
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ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or
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FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License
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for more details.
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You should have received a copy of the GNU General Public License
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along with OpenFOAM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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Class
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||||||
Foam::referredCellList
|
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||||||
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||||||
Description
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SourceFiles
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referredCellListI.H
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||||||
referredCellList.C
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||||||
\*---------------------------------------------------------------------------*/
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||||||
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||||||
#ifndef referredCellList_H
|
|
||||||
#define referredCellList_H
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "referredCell.H"
|
|
||||||
#include "molecule.H"
|
|
||||||
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||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
namespace Foam
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
// Forward declaration of classes
|
|
||||||
class interactionLists;
|
|
||||||
|
|
||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
|
|
||||||
Class referredCellList Declaration
|
|
||||||
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
|
||||||
|
|
||||||
class referredCellList
|
|
||||||
:
|
|
||||||
public List<referredCell>
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// Private data
|
|
||||||
|
|
||||||
const interactionLists& il_;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Private Member Functions
|
|
||||||
|
|
||||||
void buildReferredCellList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
bool pointPointListBuild
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
public:
|
|
||||||
|
|
||||||
// Constructors
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct lists by searching the mesh
|
|
||||||
referredCellList
|
|
||||||
(
|
|
||||||
interactionLists& il,
|
|
||||||
bool pointPointListBuild
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct from file
|
|
||||||
referredCellList (interactionLists& il);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Destructor
|
|
||||||
~referredCellList();
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Member Functions
|
|
||||||
|
|
||||||
void referMolecules(const List<DynamicList<molecule*> >& cellOccupancy);
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const interactionLists& il() const;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
} // End namespace Foam
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "referredCellListI.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
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@ -1,34 +0,0 @@
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/*---------------------------------------------------------------------------*\
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// * * * * * * * * * * * * * * * Member Operators * * * * * * * * * * * * * //
|
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||||||
|
|
||||||
inline const Foam::interactionLists& Foam::referredCellList::il() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return il_;
|
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||||||
}
|
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// ************************************************************************* //
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@ -1,85 +0,0 @@
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/*---------------------------------------------------------------------------*\
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||||||
\*----------------------------------------------------------------------------*/
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "referredMolecule.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * Constructors * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::referredMolecule::referredMolecule()
|
|
||||||
{}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::referredMolecule::referredMolecule
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const label id,
|
|
||||||
const vector& position,
|
|
||||||
const List<vector>& sitePositions
|
|
||||||
)
|
|
||||||
:
|
|
||||||
id_(id),
|
|
||||||
position_(position),
|
|
||||||
sitePositions_(sitePositions)
|
|
||||||
{}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * Destructor * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::referredMolecule::~referredMolecule()
|
|
||||||
{}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Friend Operators * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::Istream& Foam::operator>>
|
|
||||||
(
|
|
||||||
Istream& is,
|
|
||||||
referredMolecule& rM
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
is >> rM.id_ >> rM.position_ >> rM.sitePositions_;
|
|
||||||
|
|
||||||
is.check("Istream& operator<<(Istream& f, const referredMolecule& sRL");
|
|
||||||
|
|
||||||
return is;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
Foam::Ostream& Foam::operator<<
|
|
||||||
(
|
|
||||||
Ostream& os,
|
|
||||||
const referredMolecule& rM
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
os << rM.id()
|
|
||||||
<< token::SPACE << rM.position()
|
|
||||||
<< token::SPACE << rM.sitePositions();
|
|
||||||
|
|
||||||
os.check("Ostream& operator<<(Ostream& f, const referredMolecule& rM");
|
|
||||||
|
|
||||||
return os;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
|
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@ -1,135 +0,0 @@
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|||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
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This file is part of OpenFOAM.
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along with OpenFOAM. If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
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||||||
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||||||
Class
|
|
||||||
Foam::referredMolecule
|
|
||||||
|
|
||||||
Description
|
|
||||||
|
|
||||||
SourceFiles
|
|
||||||
referredMoleculeI.H
|
|
||||||
referredMolecule.C
|
|
||||||
|
|
||||||
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
|
||||||
|
|
||||||
#ifndef referredMolecule_H
|
|
||||||
#define referredMolecule_H
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "vector.H"
|
|
||||||
#include "List.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
namespace Foam
|
|
||||||
{
|
|
||||||
|
|
||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
|
|
||||||
Class referredMolecule Declaration
|
|
||||||
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
|
||||||
|
|
||||||
class referredMolecule
|
|
||||||
{
|
|
||||||
// Private data
|
|
||||||
|
|
||||||
label id_;
|
|
||||||
|
|
||||||
vector position_;
|
|
||||||
|
|
||||||
List<vector> sitePositions_;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
public:
|
|
||||||
|
|
||||||
// Constructors
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct null
|
|
||||||
referredMolecule();
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Construct from components
|
|
||||||
referredMolecule
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const label id,
|
|
||||||
const vector& position,
|
|
||||||
const List<vector>& sitePositions
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
//- Destructor
|
|
||||||
virtual ~referredMolecule();
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Member Functions
|
|
||||||
|
|
||||||
// Access
|
|
||||||
|
|
||||||
inline label id() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const vector& position() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const List<vector>& sitePositions() const;
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// Friend Operators
|
|
||||||
|
|
||||||
inline friend bool operator==
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const referredMolecule& a,
|
|
||||||
const referredMolecule& b
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
inline friend bool operator!=
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const referredMolecule& a,
|
|
||||||
const referredMolecule& b
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// IOstream Operators
|
|
||||||
|
|
||||||
friend Istream& operator>>
|
|
||||||
(
|
|
||||||
Istream&,
|
|
||||||
referredMolecule&
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
friend Ostream& operator<<
|
|
||||||
(
|
|
||||||
Ostream&,
|
|
||||||
const referredMolecule&
|
|
||||||
);
|
|
||||||
};
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
} // End namespace Foam
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
#include "referredMoleculeI.H"
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
#endif
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
|
||||||
@ -1,74 +0,0 @@
|
|||||||
/*---------------------------------------------------------------------------*\
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\*---------------------------------------------------------------------------*/
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||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Member Functions * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
inline Foam::label Foam::referredMolecule::id() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return id_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const Foam::vector& Foam::referredMolecule::position() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return position_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const Foam::List<Foam::vector>&
|
|
||||||
Foam::referredMolecule::sitePositions() const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return sitePositions_;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// * * * * * * * * * * * * * * * Friend Operators * * * * * * * * * * * * * //
|
|
||||||
|
|
||||||
inline bool Foam::operator==
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const Foam::referredMolecule& a,
|
|
||||||
const Foam::referredMolecule& b
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return
|
|
||||||
(
|
|
||||||
a.id() == b.id()
|
|
||||||
&& a.position() == b.position()
|
|
||||||
);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline bool Foam::operator!=
|
|
||||||
(
|
|
||||||
const Foam::referredMolecule& a,
|
|
||||||
const Foam::referredMolecule& b
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return !(a == b);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
// ************************************************************************* //
|
|
||||||
@ -209,8 +209,20 @@ bool Foam::molecule::move(molecule::trackData& td)
|
|||||||
|
|
||||||
void Foam::molecule::transformProperties(const tensor& T)
|
void Foam::molecule::transformProperties(const tensor& T)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
|
Particle<molecule>::transformProperties(T);
|
||||||
|
|
||||||
Q_ = T & Q_;
|
Q_ = T & Q_;
|
||||||
|
|
||||||
|
v_ = transform(T, v_);
|
||||||
|
|
||||||
|
a_ = transform(T, a_);
|
||||||
|
|
||||||
|
pi_ = Q_.T() & transform(T, Q_ & pi_);
|
||||||
|
|
||||||
|
tau_ = Q_.T() & transform(T, Q_ & tau_);
|
||||||
|
|
||||||
|
rf_ = transform(T, rf_);
|
||||||
|
|
||||||
sitePositions_ = position_ + (T & (sitePositions_ - position_));
|
sitePositions_ = position_ + (T & (sitePositions_ - position_));
|
||||||
|
|
||||||
siteForces_ = T & siteForces_;
|
siteForces_ = T & siteForces_;
|
||||||
@ -219,10 +231,14 @@ void Foam::molecule::transformProperties(const tensor& T)
|
|||||||
|
|
||||||
void Foam::molecule::transformProperties(const vector& separation)
|
void Foam::molecule::transformProperties(const vector& separation)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
|
Particle<molecule>::transformProperties(separation);
|
||||||
|
|
||||||
if (special_ == SPECIAL_TETHERED)
|
if (special_ == SPECIAL_TETHERED)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
specialPosition_ += separation;
|
specialPosition_ += separation;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
sitePositions_ = sitePositions_ + separation;
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -182,13 +182,6 @@ private:
|
|||||||
|
|
||||||
// Private data
|
// Private data
|
||||||
|
|
||||||
//- Be careful with the ordering of data.
|
|
||||||
// It has an impact on binary transfer:
|
|
||||||
// -# Put the largest data members 1st
|
|
||||||
// -# Pair up labels,
|
|
||||||
// -# Don't go scalar-label, scalar-label, because in 64bit mode,
|
|
||||||
// the labels will be padded by 4bytes.
|
|
||||||
|
|
||||||
tensor Q_;
|
tensor Q_;
|
||||||
|
|
||||||
vector v_;
|
vector v_;
|
||||||
|
|||||||
@ -242,11 +242,17 @@ void Foam::molecule::writeFields(const Cloud<molecule>& mC)
|
|||||||
orientation2.write();
|
orientation2.write();
|
||||||
orientation3.write();
|
orientation3.write();
|
||||||
|
|
||||||
|
Info<< "writeFields " << mC.name() << endl;
|
||||||
|
|
||||||
|
if (isA<moleculeCloud>(mC))
|
||||||
|
{
|
||||||
const moleculeCloud& m = dynamic_cast<const moleculeCloud&>(mC);
|
const moleculeCloud& m = dynamic_cast<const moleculeCloud&>(mC);
|
||||||
|
|
||||||
m.writeXYZ
|
m.writeXYZ
|
||||||
(
|
(
|
||||||
m.mesh().time().timePath() + "/lagrangian" + "/moleculeCloud.xmol"
|
m.mesh().time().timePath()/cloud::prefix/"moleculeCloud.xmol"
|
||||||
);
|
);
|
||||||
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -123,23 +123,23 @@ void Foam::moleculeCloud::buildCellOccupancy()
|
|||||||
{
|
{
|
||||||
cellOccupancy_[cO].shrink();
|
cellOccupancy_[cO].shrink();
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
il_.ril().referMolecules(cellOccupancy());
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
void Foam::moleculeCloud::calculatePairForce()
|
void Foam::moleculeCloud::calculatePairForce()
|
||||||
{
|
{
|
||||||
iterator mol(this->begin());
|
PstreamBuffers pBufs(Pstream::nonBlocking);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Start sending referred data
|
||||||
|
il_.sendReferredData(cellOccupancy(), pBufs);
|
||||||
|
|
||||||
|
molecule* molI = NULL;
|
||||||
|
molecule* molJ = NULL;
|
||||||
|
|
||||||
{
|
{
|
||||||
// Real-Real interactions
|
// Real-Real interactions
|
||||||
|
|
||||||
molecule* molI = &mol();
|
const labelListList& dil = il_.dil();
|
||||||
|
|
||||||
molecule* molJ = &mol();
|
|
||||||
|
|
||||||
const directInteractionList& dil(il_.dil());
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(dil, d)
|
forAll(dil, d)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
@ -149,54 +149,62 @@ void Foam::moleculeCloud::calculatePairForce()
|
|||||||
|
|
||||||
forAll(dil[d], interactingCells)
|
forAll(dil[d], interactingCells)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
List< molecule* > cellJ =
|
List<molecule*> cellJ =
|
||||||
cellOccupancy_[dil[d][interactingCells]];
|
cellOccupancy_[dil[d][interactingCells]];
|
||||||
|
|
||||||
forAll(cellJ, cellJMols)
|
forAll(cellJ, cellJMols)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
molJ = cellJ[cellJMols];
|
molJ = cellJ[cellJMols];
|
||||||
|
|
||||||
evaluatePair(molI, molJ);
|
evaluatePair(*molI, *molJ);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
forAll(cellOccupancy_[d],cellIOtherMols)
|
forAll(cellOccupancy_[d], cellIOtherMols)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
molJ = cellOccupancy_[d][cellIOtherMols];
|
molJ = cellOccupancy_[d][cellIOtherMols];
|
||||||
|
|
||||||
if (molJ > molI)
|
if (molJ > molI)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
evaluatePair(molI, molJ);
|
evaluatePair(*molI, *molJ);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// Receive referred data
|
||||||
|
il_.receiveReferredData(pBufs);
|
||||||
|
|
||||||
{
|
{
|
||||||
// Real-Referred interactions
|
// Real-Referred interactions
|
||||||
|
|
||||||
molecule* molK = &mol();
|
const labelListList& ril = il_.ril();
|
||||||
|
|
||||||
referredCellList& ril(il_.ril());
|
List<IDLList<molecule> >& referredMols = il_.referredParticles();
|
||||||
|
|
||||||
forAll(ril, r)
|
forAll(ril, r)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
const List<label>& realCells = ril[r].realCellsForInteraction();
|
const List<label>& realCells = ril[r];
|
||||||
|
|
||||||
forAll(ril[r], refMols)
|
IDLList<molecule>& refMols = referredMols[r];
|
||||||
|
|
||||||
|
forAllIter
|
||||||
|
(
|
||||||
|
IDLList<molecule>,
|
||||||
|
refMols,
|
||||||
|
refMol
|
||||||
|
)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
referredMolecule* molL(&(ril[r][refMols]));
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(realCells, rC)
|
forAll(realCells, rC)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
List<molecule*> cellK = cellOccupancy_[realCells[rC]];
|
List<molecule*> cellI = cellOccupancy_[realCells[rC]];
|
||||||
|
|
||||||
forAll(cellK, cellKMols)
|
forAll(cellI, cellIMols)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
molK = cellK[cellKMols];
|
molI = cellI[cellIMols];
|
||||||
|
|
||||||
evaluatePair(molK, molL);
|
evaluatePair(*molI, refMol());
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -259,18 +267,14 @@ void Foam::moleculeCloud::removeHighEnergyOverlaps()
|
|||||||
buildCellOccupancy();
|
buildCellOccupancy();
|
||||||
|
|
||||||
// Real-Real interaction
|
// Real-Real interaction
|
||||||
iterator mol(this->begin());
|
|
||||||
|
molecule* molI = NULL;
|
||||||
|
molecule* molJ = NULL;
|
||||||
|
|
||||||
{
|
{
|
||||||
mol = this->begin();
|
|
||||||
|
|
||||||
molecule* molI = &mol();
|
|
||||||
|
|
||||||
molecule* molJ = &mol();
|
|
||||||
|
|
||||||
DynamicList<molecule*> molsToDelete;
|
DynamicList<molecule*> molsToDelete;
|
||||||
|
|
||||||
const directInteractionList& dil(il_.dil());
|
const labelListList& dil(il_.dil());
|
||||||
|
|
||||||
forAll(dil, d)
|
forAll(dil, d)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
@ -280,14 +284,14 @@ void Foam::moleculeCloud::removeHighEnergyOverlaps()
|
|||||||
|
|
||||||
forAll(dil[d], interactingCells)
|
forAll(dil[d], interactingCells)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
List< molecule* > cellJ =
|
List<molecule*> cellJ =
|
||||||
cellOccupancy_[dil[d][interactingCells]];
|
cellOccupancy_[dil[d][interactingCells]];
|
||||||
|
|
||||||
forAll(cellJ, cellJMols)
|
forAll(cellJ, cellJMols)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
molJ = cellJ[cellJMols];
|
molJ = cellJ[cellJMols];
|
||||||
|
|
||||||
if (evaluatePotentialLimit(molI, molJ))
|
if (evaluatePotentialLimit(*molI, *molJ))
|
||||||
{
|
{
|
||||||
label idI = molI->id();
|
label idI = molI->id();
|
||||||
|
|
||||||
@ -314,13 +318,13 @@ void Foam::moleculeCloud::removeHighEnergyOverlaps()
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
forAll(cellOccupancy_[d],cellIOtherMols)
|
forAll(cellOccupancy_[d], cellIOtherMols)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
molJ = cellOccupancy_[d][cellIOtherMols];
|
molJ = cellOccupancy_[d][cellIOtherMols];
|
||||||
|
|
||||||
if (molJ > molI)
|
if (molJ > molI)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (evaluatePotentialLimit(molI, molJ))
|
if (evaluatePotentialLimit(*molI, *molJ))
|
||||||
{
|
{
|
||||||
label idI = molI->id();
|
label idI = molI->id();
|
||||||
|
|
||||||
@ -355,79 +359,81 @@ void Foam::moleculeCloud::removeHighEnergyOverlaps()
|
|||||||
|
|
||||||
buildCellOccupancy();
|
buildCellOccupancy();
|
||||||
|
|
||||||
|
PstreamBuffers pBufs(Pstream::nonBlocking);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Start sending referred data
|
||||||
|
il_.sendReferredData(cellOccupancy(), pBufs);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Receive referred data
|
||||||
|
il_.receiveReferredData(pBufs);
|
||||||
|
|
||||||
// Real-Referred interaction
|
// Real-Referred interaction
|
||||||
|
|
||||||
{
|
{
|
||||||
molecule* molK = &mol();
|
|
||||||
|
|
||||||
DynamicList<molecule*> molsToDelete;
|
DynamicList<molecule*> molsToDelete;
|
||||||
|
|
||||||
referredCellList& ril(il_.ril());
|
const labelListList& ril(il_.ril());
|
||||||
|
|
||||||
|
List<IDLList<molecule> >& referredMols = il_.referredParticles();
|
||||||
|
|
||||||
forAll(ril, r)
|
forAll(ril, r)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
referredCell& refCell = ril[r];
|
IDLList<molecule>& refMols = referredMols[r];
|
||||||
|
|
||||||
forAll(refCell, refMols)
|
forAllIter
|
||||||
|
(
|
||||||
|
IDLList<molecule>,
|
||||||
|
refMols,
|
||||||
|
refMol
|
||||||
|
)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
referredMolecule* molL = &(refCell[refMols]);
|
molJ = &refMol();
|
||||||
|
|
||||||
List <label> realCells = refCell.realCellsForInteraction();
|
const List<label>& realCells = ril[r];
|
||||||
|
|
||||||
forAll(realCells, rC)
|
forAll(realCells, rC)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
label cellK = realCells[rC];
|
label cellI = realCells[rC];
|
||||||
|
|
||||||
List<molecule*> cellKMols = cellOccupancy_[cellK];
|
List<molecule*> cellIMols = cellOccupancy_[cellI];
|
||||||
|
|
||||||
forAll(cellKMols, cKM)
|
forAll(cellIMols, cIM)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
molK = cellKMols[cKM];
|
molI = cellIMols[cIM];
|
||||||
|
|
||||||
if (evaluatePotentialLimit(molK, molL))
|
if (evaluatePotentialLimit(*molI, *molJ))
|
||||||
{
|
{
|
||||||
label idK = molK->id();
|
label idI = molI->id();
|
||||||
|
|
||||||
label idL = molL->id();
|
label idJ = molJ->id();
|
||||||
|
|
||||||
if
|
if
|
||||||
(
|
(
|
||||||
findIndex(pot_.removalOrder(), idK)
|
findIndex(pot_.removalOrder(), idI)
|
||||||
< findIndex(pot_.removalOrder(), idL)
|
< findIndex(pot_.removalOrder(), idJ)
|
||||||
)
|
)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (findIndex(molsToDelete, molK) == -1)
|
if (findIndex(molsToDelete, molI) == -1)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
molsToDelete.append(molK);
|
molsToDelete.append(molI);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
else if
|
else if
|
||||||
(
|
(
|
||||||
findIndex(pot_.removalOrder(), idK)
|
findIndex(pot_.removalOrder(), idI)
|
||||||
== findIndex(pot_.removalOrder(), idL)
|
== findIndex(pot_.removalOrder(), idJ)
|
||||||
)
|
)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if
|
// Remove one of the molecules
|
||||||
(
|
// arbitrarily, assuring that a
|
||||||
Pstream::myProcNo() == refCell.sourceProc()
|
// consistent decision is made for
|
||||||
&& cellK <= refCell.sourceCell()
|
// both real-referred pairs.
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
if (findIndex(molsToDelete, molK) == -1)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
molsToDelete.append(molK);
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
else if
|
if (molI->origId() > molJ->origId())
|
||||||
(
|
|
||||||
Pstream::myProcNo() < refCell.sourceProc()
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
{
|
||||||
if (findIndex(molsToDelete, molK) == -1)
|
if (findIndex(molsToDelete, molI) == -1)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
molsToDelete.append(molK);
|
molsToDelete.append(molI);
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -445,6 +451,12 @@ void Foam::moleculeCloud::removeHighEnergyOverlaps()
|
|||||||
|
|
||||||
buildCellOccupancy();
|
buildCellOccupancy();
|
||||||
|
|
||||||
|
// Start sending referred data
|
||||||
|
il_.sendReferredData(cellOccupancy(), pBufs);
|
||||||
|
|
||||||
|
// Receive referred data
|
||||||
|
il_.receiveReferredData(pBufs);
|
||||||
|
|
||||||
label molsRemoved = initialSize - this->size();
|
label molsRemoved = initialSize - this->size();
|
||||||
|
|
||||||
if (Pstream::parRun())
|
if (Pstream::parRun())
|
||||||
@ -722,10 +734,13 @@ void Foam::moleculeCloud::initialiseMolecules
|
|||||||
+ latticePositions[p];
|
+ latticePositions[p];
|
||||||
|
|
||||||
point globalPosition =
|
point globalPosition =
|
||||||
anchor + (R & (latticeCellShape & latticePosition));
|
anchor
|
||||||
|
+ (R & (latticeCellShape & latticePosition));
|
||||||
|
|
||||||
partOfLayerInBounds =
|
partOfLayerInBounds = mesh_.bounds().contains
|
||||||
mesh_.bounds().contains(globalPosition);
|
(
|
||||||
|
globalPosition
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
label cell = mesh_.findCell(globalPosition);
|
label cell = mesh_.findCell(globalPosition);
|
||||||
|
|
||||||
@ -787,12 +802,21 @@ void Foam::moleculeCloud::initialiseMolecules
|
|||||||
)
|
)
|
||||||
+ latticePositions[p];
|
+ latticePositions[p];
|
||||||
|
|
||||||
point globalPosition = anchor
|
point globalPosition =
|
||||||
+ (R
|
anchor
|
||||||
&(latticeCellShape & latticePosition));
|
+ (
|
||||||
|
R
|
||||||
|
& (
|
||||||
|
latticeCellShape
|
||||||
|
& latticePosition
|
||||||
|
)
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
partOfLayerInBounds =
|
partOfLayerInBounds =
|
||||||
mesh_.bounds().contains(globalPosition);
|
mesh_.bounds().contains
|
||||||
|
(
|
||||||
|
globalPosition
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
label cell = mesh_.findCell
|
label cell = mesh_.findCell
|
||||||
(
|
(
|
||||||
@ -848,12 +872,21 @@ void Foam::moleculeCloud::initialiseMolecules
|
|||||||
)
|
)
|
||||||
+ latticePositions[p];
|
+ latticePositions[p];
|
||||||
|
|
||||||
point globalPosition = anchor
|
point globalPosition =
|
||||||
+ (R
|
anchor
|
||||||
&(latticeCellShape & latticePosition));
|
+ (
|
||||||
|
R
|
||||||
|
& (
|
||||||
|
latticeCellShape
|
||||||
|
& latticePosition
|
||||||
|
)
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
partOfLayerInBounds =
|
partOfLayerInBounds =
|
||||||
mesh_.bounds().contains(globalPosition);
|
mesh_.bounds().contains
|
||||||
|
(
|
||||||
|
globalPosition
|
||||||
|
);
|
||||||
|
|
||||||
label cell = mesh_.findCell
|
label cell = mesh_.findCell
|
||||||
(
|
(
|
||||||
@ -1041,7 +1074,7 @@ Foam::moleculeCloud::moleculeCloud
|
|||||||
mesh_(mesh),
|
mesh_(mesh),
|
||||||
pot_(pot),
|
pot_(pot),
|
||||||
cellOccupancy_(mesh_.nCells()),
|
cellOccupancy_(mesh_.nCells()),
|
||||||
il_(mesh_, pot_.pairPotentials().rCutMaxSqr(), false),
|
il_(mesh_, pot_.pairPotentials().rCutMax(), true),
|
||||||
constPropList_(),
|
constPropList_(),
|
||||||
rndGen_(clock::getTime())
|
rndGen_(clock::getTime())
|
||||||
{
|
{
|
||||||
@ -1071,7 +1104,7 @@ Foam::moleculeCloud::moleculeCloud
|
|||||||
Cloud<molecule>(mesh, "moleculeCloud", false),
|
Cloud<molecule>(mesh, "moleculeCloud", false),
|
||||||
mesh_(mesh),
|
mesh_(mesh),
|
||||||
pot_(pot),
|
pot_(pot),
|
||||||
il_(mesh_),
|
il_(mesh_, 0.0, false),
|
||||||
constPropList_(),
|
constPropList_(),
|
||||||
rndGen_(clock::getTime())
|
rndGen_(clock::getTime())
|
||||||
{
|
{
|
||||||
@ -1137,7 +1170,7 @@ void Foam::moleculeCloud::applyConstraintsAndThermostats
|
|||||||
)
|
)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
scalar temperatureCorrectionFactor =
|
scalar temperatureCorrectionFactor =
|
||||||
sqrt(targetTemperature/measuredTemperature);
|
sqrt(targetTemperature/max(VSMALL, measuredTemperature));
|
||||||
|
|
||||||
Info<< "----------------------------------------" << nl
|
Info<< "----------------------------------------" << nl
|
||||||
<< "Temperature equilibration" << nl
|
<< "Temperature equilibration" << nl
|
||||||
|
|||||||
@ -40,7 +40,7 @@ SourceFiles
|
|||||||
#include "molecule.H"
|
#include "molecule.H"
|
||||||
#include "IOdictionary.H"
|
#include "IOdictionary.H"
|
||||||
#include "potential.H"
|
#include "potential.H"
|
||||||
#include "interactionLists.H"
|
#include "InteractionLists.H"
|
||||||
#include "labelVector.H"
|
#include "labelVector.H"
|
||||||
#include "Random.H"
|
#include "Random.H"
|
||||||
#include "fileName.H"
|
#include "fileName.H"
|
||||||
@ -69,7 +69,7 @@ private:
|
|||||||
|
|
||||||
List<DynamicList<molecule*> > cellOccupancy_;
|
List<DynamicList<molecule*> > cellOccupancy_;
|
||||||
|
|
||||||
interactionLists il_;
|
InteractionLists<molecule> il_;
|
||||||
|
|
||||||
List<molecule::constantProperties> constPropList_;
|
List<molecule::constantProperties> constPropList_;
|
||||||
|
|
||||||
@ -89,26 +89,14 @@ private:
|
|||||||
|
|
||||||
inline void evaluatePair
|
inline void evaluatePair
|
||||||
(
|
(
|
||||||
molecule* molI,
|
molecule& molI,
|
||||||
molecule* molJ
|
molecule& molJ
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
inline void evaluatePair
|
|
||||||
(
|
|
||||||
molecule* molReal,
|
|
||||||
referredMolecule* molRef
|
|
||||||
);
|
);
|
||||||
|
|
||||||
inline bool evaluatePotentialLimit
|
inline bool evaluatePotentialLimit
|
||||||
(
|
(
|
||||||
molecule* molI,
|
molecule& molI,
|
||||||
molecule* molJ
|
molecule& molJ
|
||||||
) const;
|
|
||||||
|
|
||||||
inline bool evaluatePotentialLimit
|
|
||||||
(
|
|
||||||
molecule* molReal,
|
|
||||||
referredMolecule* molRef
|
|
||||||
) const;
|
) const;
|
||||||
|
|
||||||
void calculateTetherForce();
|
void calculateTetherForce();
|
||||||
@ -197,7 +185,7 @@ public:
|
|||||||
|
|
||||||
inline const List<DynamicList<molecule*> >& cellOccupancy() const;
|
inline const List<DynamicList<molecule*> >& cellOccupancy() const;
|
||||||
|
|
||||||
inline const interactionLists& il() const;
|
inline const InteractionLists<molecule>& il() const;
|
||||||
|
|
||||||
inline const List<molecule::constantProperties> constProps() const;
|
inline const List<molecule::constantProperties> constProps() const;
|
||||||
|
|
||||||
|
|||||||
@ -31,17 +31,17 @@ using namespace Foam::constant;
|
|||||||
|
|
||||||
inline void Foam::moleculeCloud::evaluatePair
|
inline void Foam::moleculeCloud::evaluatePair
|
||||||
(
|
(
|
||||||
molecule* molI,
|
molecule& molI,
|
||||||
molecule* molJ
|
molecule& molJ
|
||||||
)
|
)
|
||||||
{
|
{
|
||||||
const pairPotentialList& pairPot = pot_.pairPotentials();
|
const pairPotentialList& pairPot = pot_.pairPotentials();
|
||||||
|
|
||||||
const pairPotential& electrostatic = pairPot.electrostatic();
|
const pairPotential& electrostatic = pairPot.electrostatic();
|
||||||
|
|
||||||
label idI = molI->id();
|
label idI = molI.id();
|
||||||
|
|
||||||
label idJ = molJ->id();
|
label idJ = molJ.id();
|
||||||
|
|
||||||
const molecule::constantProperties& constPropI(constProps(idI));
|
const molecule::constantProperties& constPropI(constProps(idI));
|
||||||
|
|
||||||
@ -70,7 +70,7 @@ inline void Foam::moleculeCloud::evaluatePair
|
|||||||
if (pairPotentialSitesI[sI] && pairPotentialSitesJ[sJ])
|
if (pairPotentialSitesI[sI] && pairPotentialSitesJ[sJ])
|
||||||
{
|
{
|
||||||
vector rsIsJ =
|
vector rsIsJ =
|
||||||
molI->sitePositions()[sI] - molJ->sitePositions()[sJ];
|
molI.sitePositions()[sI] - molJ.sitePositions()[sJ];
|
||||||
|
|
||||||
scalar rsIsJMagSq = magSqr(rsIsJ);
|
scalar rsIsJMagSq = magSqr(rsIsJ);
|
||||||
|
|
||||||
@ -82,38 +82,34 @@ inline void Foam::moleculeCloud::evaluatePair
|
|||||||
(rsIsJ/rsIsJMag)
|
(rsIsJ/rsIsJMag)
|
||||||
*pairPot.force(idsI, idsJ, rsIsJMag);
|
*pairPot.force(idsI, idsJ, rsIsJMag);
|
||||||
|
|
||||||
molI->siteForces()[sI] += fsIsJ;
|
molI.siteForces()[sI] += fsIsJ;
|
||||||
|
|
||||||
molJ->siteForces()[sJ] += -fsIsJ;
|
molJ.siteForces()[sJ] += -fsIsJ;
|
||||||
|
|
||||||
scalar potentialEnergy
|
scalar potentialEnergy
|
||||||
(
|
(
|
||||||
pairPot.energy(idsI, idsJ, rsIsJMag)
|
pairPot.energy(idsI, idsJ, rsIsJMag)
|
||||||
);
|
);
|
||||||
|
|
||||||
molI->potentialEnergy() += 0.5*potentialEnergy;
|
molI.potentialEnergy() += 0.5*potentialEnergy;
|
||||||
|
|
||||||
molJ->potentialEnergy() += 0.5*potentialEnergy;
|
molJ.potentialEnergy() += 0.5*potentialEnergy;
|
||||||
|
|
||||||
vector rIJ = molI->position() - molJ->position();
|
vector rIJ = molI.position() - molJ.position();
|
||||||
|
|
||||||
tensor virialContribution =
|
tensor virialContribution =
|
||||||
(rsIsJ*fsIsJ)*(rsIsJ & rIJ)/rsIsJMagSq;
|
(rsIsJ*fsIsJ)*(rsIsJ & rIJ)/rsIsJMagSq;
|
||||||
|
|
||||||
molI->rf() += virialContribution;
|
molI.rf() += virialContribution;
|
||||||
|
|
||||||
molJ->rf() += virialContribution;
|
molJ.rf() += virialContribution;
|
||||||
|
|
||||||
// molI->rf() += rsIsJ * fsIsJ;
|
|
||||||
|
|
||||||
// molJ->rf() += rsIsJ * fsIsJ;
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
if (electrostaticSitesI[sI] && electrostaticSitesJ[sJ])
|
if (electrostaticSitesI[sI] && electrostaticSitesJ[sJ])
|
||||||
{
|
{
|
||||||
vector rsIsJ =
|
vector rsIsJ =
|
||||||
molI->sitePositions()[sI] - molJ->sitePositions()[sJ];
|
molI.sitePositions()[sI] - molJ.sitePositions()[sJ];
|
||||||
|
|
||||||
scalar rsIsJMagSq = magSqr(rsIsJ);
|
scalar rsIsJMagSq = magSqr(rsIsJ);
|
||||||
|
|
||||||
@ -129,149 +125,26 @@ inline void Foam::moleculeCloud::evaluatePair
|
|||||||
(rsIsJ/rsIsJMag)
|
(rsIsJ/rsIsJMag)
|
||||||
*chargeI*chargeJ*electrostatic.force(rsIsJMag);
|
*chargeI*chargeJ*electrostatic.force(rsIsJMag);
|
||||||
|
|
||||||
molI->siteForces()[sI] += fsIsJ;
|
molI.siteForces()[sI] += fsIsJ;
|
||||||
|
|
||||||
molJ->siteForces()[sJ] += -fsIsJ;
|
molJ.siteForces()[sJ] += -fsIsJ;
|
||||||
|
|
||||||
scalar potentialEnergy =
|
scalar potentialEnergy =
|
||||||
chargeI*chargeJ
|
chargeI*chargeJ
|
||||||
*electrostatic.energy(rsIsJMag);
|
*electrostatic.energy(rsIsJMag);
|
||||||
|
|
||||||
molI->potentialEnergy() += 0.5*potentialEnergy;
|
molI.potentialEnergy() += 0.5*potentialEnergy;
|
||||||
|
|
||||||
molJ->potentialEnergy() += 0.5*potentialEnergy;
|
molJ.potentialEnergy() += 0.5*potentialEnergy;
|
||||||
|
|
||||||
vector rIJ = molI->position() - molJ->position();
|
vector rIJ = molI.position() - molJ.position();
|
||||||
|
|
||||||
tensor virialContribution =
|
tensor virialContribution =
|
||||||
(rsIsJ*fsIsJ)*(rsIsJ & rIJ)/rsIsJMagSq;
|
(rsIsJ*fsIsJ)*(rsIsJ & rIJ)/rsIsJMagSq;
|
||||||
|
|
||||||
molI->rf() += virialContribution;
|
molI.rf() += virialContribution;
|
||||||
|
|
||||||
molJ->rf() += virialContribution;
|
molJ.rf() += virialContribution;
|
||||||
|
|
||||||
// molI->rf() += rsIsJ * fsIsJ;
|
|
||||||
|
|
||||||
// molJ->rf() += rsIsJ * fsIsJ;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline void Foam::moleculeCloud::evaluatePair
|
|
||||||
(
|
|
||||||
molecule* molReal,
|
|
||||||
referredMolecule* molRef
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const pairPotentialList& pairPot = pot_.pairPotentials();
|
|
||||||
|
|
||||||
const pairPotential& electrostatic = pairPot.electrostatic();
|
|
||||||
|
|
||||||
label idReal = molReal->id();
|
|
||||||
|
|
||||||
label idRef = molRef->id();
|
|
||||||
|
|
||||||
const molecule::constantProperties& constPropReal(constProps(idReal));
|
|
||||||
|
|
||||||
const molecule::constantProperties& constPropRef(constProps(idRef));
|
|
||||||
|
|
||||||
List<label> siteIdsReal = constPropReal.siteIds();
|
|
||||||
|
|
||||||
List<label> siteIdsRef = constPropRef.siteIds();
|
|
||||||
|
|
||||||
List<bool> pairPotentialSitesReal = constPropReal.pairPotentialSites();
|
|
||||||
|
|
||||||
List<bool> electrostaticSitesReal = constPropReal.electrostaticSites();
|
|
||||||
|
|
||||||
List<bool> pairPotentialSitesRef = constPropRef.pairPotentialSites();
|
|
||||||
|
|
||||||
List<bool> electrostaticSitesRef = constPropRef.electrostaticSites();
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(siteIdsReal, sReal)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
label idsReal(siteIdsReal[sReal]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(siteIdsRef, sRef)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
label idsRef(siteIdsRef[sRef]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pairPotentialSitesReal[sReal] && pairPotentialSitesRef[sRef])
|
|
||||||
{
|
|
||||||
vector rsRealsRef =
|
|
||||||
molReal->sitePositions()[sReal]
|
|
||||||
- molRef->sitePositions()[sRef];
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar rsRealsRefMagSq = magSqr(rsRealsRef);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pairPot.rCutSqr(idsReal, idsRef, rsRealsRefMagSq))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
scalar rsRealsRefMag = mag(rsRealsRef);
|
|
||||||
|
|
||||||
vector fsRealsRef =
|
|
||||||
(rsRealsRef/rsRealsRefMag)
|
|
||||||
*pairPot.force(idsReal, idsRef, rsRealsRefMag);
|
|
||||||
|
|
||||||
molReal->siteForces()[sReal] += fsRealsRef;
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar potentialEnergy
|
|
||||||
(
|
|
||||||
pairPot.energy(idsReal, idsRef, rsRealsRefMag)
|
|
||||||
);
|
|
||||||
|
|
||||||
molReal->potentialEnergy() += 0.5*potentialEnergy;
|
|
||||||
|
|
||||||
vector rRealRef = molReal->position() - molRef->position();
|
|
||||||
|
|
||||||
molReal->rf() +=
|
|
||||||
(rsRealsRef*fsRealsRef)
|
|
||||||
*(rsRealsRef & rRealRef)
|
|
||||||
/rsRealsRefMagSq;
|
|
||||||
|
|
||||||
// molReal->rf() += rsRealsRef * fsRealsRef;
|
|
||||||
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (electrostaticSitesReal[sReal] && electrostaticSitesRef[sRef])
|
|
||||||
{
|
|
||||||
vector rsRealsRef =
|
|
||||||
molReal->sitePositions()[sReal]
|
|
||||||
- molRef->sitePositions()[sRef];
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar rsRealsRefMagSq = magSqr(rsRealsRef);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (rsRealsRefMagSq <= electrostatic.rCutSqr())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
scalar rsRealsRefMag = mag(rsRealsRef);
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar chargeReal = constPropReal.siteCharges()[sReal];
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar chargeRef = constPropRef.siteCharges()[sRef];
|
|
||||||
|
|
||||||
vector fsRealsRef =
|
|
||||||
(rsRealsRef/rsRealsRefMag)
|
|
||||||
*chargeReal*chargeRef
|
|
||||||
*electrostatic.force(rsRealsRefMag);
|
|
||||||
|
|
||||||
molReal->siteForces()[sReal] += fsRealsRef;
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar potentialEnergy =
|
|
||||||
chargeReal*chargeRef
|
|
||||||
*electrostatic.energy(rsRealsRefMag);
|
|
||||||
|
|
||||||
molReal->potentialEnergy() += 0.5*potentialEnergy;
|
|
||||||
|
|
||||||
vector rRealRef = molReal->position() - molRef->position();
|
|
||||||
|
|
||||||
molReal->rf() +=
|
|
||||||
(rsRealsRef*fsRealsRef)
|
|
||||||
*(rsRealsRef & rRealRef)
|
|
||||||
/rsRealsRefMagSq;
|
|
||||||
|
|
||||||
// molReal->rf() += rsRealsRef * fsRealsRef;
|
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
}
|
}
|
||||||
@ -281,17 +154,17 @@ inline void Foam::moleculeCloud::evaluatePair
|
|||||||
|
|
||||||
inline bool Foam::moleculeCloud::evaluatePotentialLimit
|
inline bool Foam::moleculeCloud::evaluatePotentialLimit
|
||||||
(
|
(
|
||||||
molecule* molI,
|
molecule& molI,
|
||||||
molecule* molJ
|
molecule& molJ
|
||||||
) const
|
) const
|
||||||
{
|
{
|
||||||
const pairPotentialList& pairPot = pot_.pairPotentials();
|
const pairPotentialList& pairPot = pot_.pairPotentials();
|
||||||
|
|
||||||
const pairPotential& electrostatic = pairPot.electrostatic();
|
const pairPotential& electrostatic = pairPot.electrostatic();
|
||||||
|
|
||||||
label idI = molI->id();
|
label idI = molI.id();
|
||||||
|
|
||||||
label idJ = molJ->id();
|
label idJ = molJ.id();
|
||||||
|
|
||||||
const molecule::constantProperties& constPropI(constProps(idI));
|
const molecule::constantProperties& constPropI(constProps(idI));
|
||||||
|
|
||||||
@ -320,7 +193,7 @@ inline bool Foam::moleculeCloud::evaluatePotentialLimit
|
|||||||
if (pairPotentialSitesI[sI] && pairPotentialSitesJ[sJ])
|
if (pairPotentialSitesI[sI] && pairPotentialSitesJ[sJ])
|
||||||
{
|
{
|
||||||
vector rsIsJ =
|
vector rsIsJ =
|
||||||
molI->sitePositions()[sI] - molJ->sitePositions()[sJ];
|
molI.sitePositions()[sI] - molJ.sitePositions()[sJ];
|
||||||
|
|
||||||
scalar rsIsJMagSq = magSqr(rsIsJ);
|
scalar rsIsJMagSq = magSqr(rsIsJ);
|
||||||
|
|
||||||
@ -369,7 +242,7 @@ inline bool Foam::moleculeCloud::evaluatePotentialLimit
|
|||||||
if (electrostaticSitesI[sI] && electrostaticSitesJ[sJ])
|
if (electrostaticSitesI[sI] && electrostaticSitesJ[sJ])
|
||||||
{
|
{
|
||||||
vector rsIsJ =
|
vector rsIsJ =
|
||||||
molI->sitePositions()[sI] - molJ->sitePositions()[sJ];
|
molI.sitePositions()[sI] - molJ.sitePositions()[sJ];
|
||||||
|
|
||||||
scalar rsIsJMagSq = magSqr(rsIsJ);
|
scalar rsIsJMagSq = magSqr(rsIsJ);
|
||||||
|
|
||||||
@ -422,157 +295,6 @@ inline bool Foam::moleculeCloud::evaluatePotentialLimit
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline bool Foam::moleculeCloud::evaluatePotentialLimit
|
|
||||||
(
|
|
||||||
molecule* molReal,
|
|
||||||
referredMolecule* molRef
|
|
||||||
) const
|
|
||||||
{
|
|
||||||
const pairPotentialList& pairPot = pot_.pairPotentials();
|
|
||||||
|
|
||||||
const pairPotential& electrostatic = pairPot.electrostatic();
|
|
||||||
|
|
||||||
label idReal = molReal->id();
|
|
||||||
|
|
||||||
label idRef = molRef->id();
|
|
||||||
|
|
||||||
const molecule::constantProperties& constPropReal(constProps(idReal));
|
|
||||||
|
|
||||||
const molecule::constantProperties& constPropRef(constProps(idRef));
|
|
||||||
|
|
||||||
List<label> siteIdsReal = constPropReal.siteIds();
|
|
||||||
|
|
||||||
List<label> siteIdsRef = constPropRef.siteIds();
|
|
||||||
|
|
||||||
List<bool> pairPotentialSitesReal = constPropReal.pairPotentialSites();
|
|
||||||
|
|
||||||
List<bool> electrostaticSitesReal = constPropReal.electrostaticSites();
|
|
||||||
|
|
||||||
List<bool> pairPotentialSitesRef = constPropRef.pairPotentialSites();
|
|
||||||
|
|
||||||
List<bool> electrostaticSitesRef = constPropRef.electrostaticSites();
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(siteIdsReal, sReal)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
label idsReal(siteIdsReal[sReal]);
|
|
||||||
|
|
||||||
forAll(siteIdsRef, sRef)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
label idsRef(siteIdsRef[sRef]);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pairPotentialSitesReal[sReal] && pairPotentialSitesRef[sRef])
|
|
||||||
{
|
|
||||||
vector rsRealsRef =
|
|
||||||
molReal->sitePositions()[sReal]
|
|
||||||
- molRef->sitePositions()[sRef];
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar rsRealsRefMagSq = magSqr(rsRealsRef);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pairPot.rCutSqr(idsReal, idsRef, rsRealsRefMagSq))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
scalar rsRealsRefMag = mag(rsRealsRef);
|
|
||||||
|
|
||||||
// Guard against pairPot.energy being evaluated
|
|
||||||
// if rRealRefMag < SMALL. A floating point exception will
|
|
||||||
// happen otherwise.
|
|
||||||
|
|
||||||
if (rsRealsRefMag < SMALL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
WarningIn("moleculeCloud::removeHighEnergyOverlaps()")
|
|
||||||
<< "Molecule site pair closer than "
|
|
||||||
<< SMALL
|
|
||||||
<< ": mag separation = " << rsRealsRefMag
|
|
||||||
<< ". These may have been placed on top of each"
|
|
||||||
<< " other by a rounding error in mdInitialise in"
|
|
||||||
<< " parallel or a block filled with molecules"
|
|
||||||
<< " twice. Removing one of the molecules."
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
return true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
// Guard against pairPot.energy being evaluated if
|
|
||||||
// rRealRefMag < rMin. A tabulation lookup error will occur
|
|
||||||
// otherwise.
|
|
||||||
|
|
||||||
if (rsRealsRefMag < pairPot.rMin(idsReal, idsRef))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
mag(pairPot.energy(idsReal, idsRef, rsRealsRefMag))
|
|
||||||
> pot_.potentialEnergyLimit()
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return true;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (electrostaticSitesReal[sReal] && electrostaticSitesRef[sRef])
|
|
||||||
{
|
|
||||||
vector rsRealsRef =
|
|
||||||
molReal->sitePositions()[sReal]
|
|
||||||
- molRef->sitePositions()[sRef];
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar rsRealsRefMagSq = magSqr(rsRealsRef);
|
|
||||||
|
|
||||||
if (pairPot.rCutMaxSqr(rsRealsRefMagSq))
|
|
||||||
{
|
|
||||||
scalar rsRealsRefMag = mag(rsRealsRef);
|
|
||||||
|
|
||||||
// Guard against pairPot.energy being evaluated
|
|
||||||
// if rRealRefMag < SMALL. A floating point exception will
|
|
||||||
// happen otherwise.
|
|
||||||
|
|
||||||
if (rsRealsRefMag < SMALL)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
WarningIn("moleculeCloud::removeHighEnergyOverlaps()")
|
|
||||||
<< "Molecule site pair closer than "
|
|
||||||
<< SMALL
|
|
||||||
<< ": mag separation = " << rsRealsRefMag
|
|
||||||
<< ". These may have been placed on top of each"
|
|
||||||
<< " other by a rounding error in mdInitialise in"
|
|
||||||
<< " parallel or a block filled with molecules"
|
|
||||||
<< " twice. Removing one of the molecules."
|
|
||||||
<< endl;
|
|
||||||
|
|
||||||
return true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
if (rsRealsRefMag < electrostatic.rMin())
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return true;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar chargeReal = constPropReal.siteCharges()[sReal];
|
|
||||||
|
|
||||||
scalar chargeRef = constPropRef.siteCharges()[sRef];
|
|
||||||
|
|
||||||
if
|
|
||||||
(
|
|
||||||
mag
|
|
||||||
(
|
|
||||||
chargeReal
|
|
||||||
*chargeRef
|
|
||||||
*electrostatic.energy(rsRealsRefMag)
|
|
||||||
)
|
|
||||||
> pot_.potentialEnergyLimit()
|
|
||||||
)
|
|
||||||
{
|
|
||||||
return true;
|
|
||||||
};
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
return false;
|
|
||||||
}
|
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline Foam::vector Foam::moleculeCloud::equipartitionLinearVelocity
|
inline Foam::vector Foam::moleculeCloud::equipartitionLinearVelocity
|
||||||
(
|
(
|
||||||
scalar temperature,
|
scalar temperature,
|
||||||
@ -638,7 +360,7 @@ inline const Foam::List<Foam::DynamicList<Foam::molecule*> >&
|
|||||||
}
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
|
||||||
inline const Foam::interactionLists&
|
inline const Foam::InteractionLists<Foam::molecule>&
|
||||||
Foam::moleculeCloud::il() const
|
Foam::moleculeCloud::il() const
|
||||||
{
|
{
|
||||||
return il_;
|
return il_;
|
||||||
|
|||||||
@ -0,0 +1,37 @@
|
|||||||
|
/*--------------------------------*- C++ -*----------------------------------*\
|
||||||
|
| ========= | |
|
||||||
|
| \\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox |
|
||||||
|
| \\ / O peration | Version: 1.6 |
|
||||||
|
| \\ / A nd | Web: http://www.OpenFOAM.org |
|
||||||
|
| \\/ M anipulation | |
|
||||||
|
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
FoamFile
|
||||||
|
{
|
||||||
|
version 2.0;
|
||||||
|
format ascii;
|
||||||
|
class volVectorField;
|
||||||
|
object U;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
||||||
|
|
||||||
|
dimensions [0 1 -1 0 0 0 0];
|
||||||
|
|
||||||
|
internalField uniform (0 0 0);
|
||||||
|
|
||||||
|
boundaryField
|
||||||
|
{
|
||||||
|
periodicX
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type cyclic;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
periodicY
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type cyclic;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
periodicZ
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type cyclic;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// ************************************************************************* //
|
||||||
@ -0,0 +1,37 @@
|
|||||||
|
/*--------------------------------*- C++ -*----------------------------------*\
|
||||||
|
| ========= | |
|
||||||
|
| \\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox |
|
||||||
|
| \\ / O peration | Version: 1.6 |
|
||||||
|
| \\ / A nd | Web: http://www.OpenFOAM.org |
|
||||||
|
| \\/ M anipulation | |
|
||||||
|
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
FoamFile
|
||||||
|
{
|
||||||
|
version 2.0;
|
||||||
|
format ascii;
|
||||||
|
class volVectorField;
|
||||||
|
object U;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
||||||
|
|
||||||
|
dimensions [0 1 -1 0 0 0 0];
|
||||||
|
|
||||||
|
internalField uniform (0 0 0);
|
||||||
|
|
||||||
|
boundaryField
|
||||||
|
{
|
||||||
|
periodicX
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type cyclic;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
periodicY
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type cyclic;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
periodicZ
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type cyclic;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// ************************************************************************* //
|
||||||
@ -0,0 +1,55 @@
|
|||||||
|
/*--------------------------------*- C++ -*----------------------------------*\
|
||||||
|
| ========= | |
|
||||||
|
| \\ / F ield | OpenFOAM: The Open Source CFD Toolbox |
|
||||||
|
| \\ / O peration | Version: 1.6 |
|
||||||
|
| \\ / A nd | Web: http://www.OpenFOAM.org |
|
||||||
|
| \\/ M anipulation | |
|
||||||
|
\*---------------------------------------------------------------------------*/
|
||||||
|
FoamFile
|
||||||
|
{
|
||||||
|
version 2.0;
|
||||||
|
format ascii;
|
||||||
|
class volVectorField;
|
||||||
|
object U;
|
||||||
|
}
|
||||||
|
// * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * * //
|
||||||
|
|
||||||
|
dimensions [0 1 -1 0 0 0 0];
|
||||||
|
|
||||||
|
internalField uniform (0 0 0);
|
||||||
|
|
||||||
|
boundaryField
|
||||||
|
{
|
||||||
|
sectionAEnd
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type fixedValue;
|
||||||
|
value uniform (0 0 0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
sectionCEnd
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type fixedValue;
|
||||||
|
value uniform (0 0 0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
front
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type fixedValue;
|
||||||
|
value uniform (0 0 0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
back
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type fixedValue;
|
||||||
|
value uniform (0 0 0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
top
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type fixedValue;
|
||||||
|
value uniform (0 0 0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
bottom
|
||||||
|
{
|
||||||
|
type fixedValue;
|
||||||
|
value uniform (0 0 0);
|
||||||
|
}
|
||||||
|
}
|
||||||
|
|
||||||
|
// ************************************************************************* //
|
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