reorder pitorsion atoms

examples/amoeba/data.ubiquitin

@@ -26425,112 +26425,112 @@ BiTorsions
 
 PiTorsions
 
-1 1 2 4 3 20 21 24
-2 1 21 23 22 37 38 41
-3 1 27 29 28 30 35 36
-4 1 38 40 39 56 57 60
-5 1 57 59 58 76 77 80
-6 2 62 65 63 64 66 71
-7 2 62 64 63 65 67 72
-8 2 63 71 64 66 68 73
-9 2 63 72 65 67 68 74
-10 2 64 73 66 68 67 75
-11 2 65 74 67 68 66 75
-12 1 77 79 78 92 93 96
-13 1 93 95 94 114 115 118
-14 1 115 117 116 128 129 132
-15 1 129 131 130 147 148 151
-16 1 148 150 149 161 162 165
-17 1 162 164 163 168 169 172
-18 1 169 171 170 190 191 194
-19 1 191 193 192 204 205 208
-20 1 205 207 206 223 224 227
-21 1 224 226 225 237 238 241
-22 1 238 240 239 256 257 260
-23 1 257 259 258 271 272 275
-24 1 272 274 273 287 288 291
-25 3 288 290 289 302 303 309
-26 1 303 305 304 316 317 320
-27 1 317 319 318 327 328 331
-28 1 328 330 329 339 340 343
-29 1 340 342 341 353 354 357
-30 1 354 356 355 372 373 376
-31 1 373 375 374 387 388 391
-32 1 388 390 389 401 402 405
-33 1 393 395 394 396 399 400
-34 1 402 404 403 417 418 421
-35 1 418 420 419 439 440 443
-36 1 440 442 441 449 450 453
-37 1 450 452 451 471 472 475
-38 1 472 474 473 490 491 494
-39 1 491 493 492 507 508 511
-40 1 497 499 498 500 505 506
-41 1 508 510 509 519 520 523
-42 1 520 522 521 541 542 545
-43 1 542 544 543 556 557 560
-44 1 557 559 558 563 564 567
-45 3 564 566 565 582 583 589
-46 3 583 585 584 596 597 603
-47 1 597 599 598 610 611 614
-48 1 611 613 612 622 623 626
-49 1 623 625 624 639 640 643
-50 1 629 631 630 632 637 638
-51 1 640 642 641 656 657 660
-52 1 646 648 647 649 654 655
-53 1 657 659 658 680 681 684
-54 1 681 683 682 699 700 703
-55 1 700 702 701 718 719 722
-56 1 719 721 720 738 739 742
-57 2 724 727 725 726 728 733
-58 2 724 726 725 727 729 734
-59 2 725 733 726 728 730 735
-60 2 725 734 727 729 730 736
-61 2 726 735 728 730 729 737
-62 2 727 736 729 730 728 737
-63 1 739 741 740 748 749 752
-64 1 749 751 750 755 756 759
-65 1 756 758 757 777 778 781
-66 1 778 780 779 794 795 798
-67 1 784 786 785 787 792 793
-68 1 795 797 796 813 814 817
-69 1 814 816 815 828 829 832
-70 1 829 831 830 840 841 844
-71 1 841 843 842 847 848 851
-72 1 848 850 849 871 872 875
-73 1 872 874 873 885 886 889
-74 1 886 888 887 904 905 908
-75 1 905 907 906 915 916 919
-76 1 916 918 917 927 928 931
-77 1 928 930 929 948 949 952
-78 2 933 936 934 935 937 943
-79 2 933 935 934 936 938 944
-80 2 934 943 935 937 939 945
-81 2 934 944 936 938 939 946
-82 2 935 945 937 939 938 940
-83 2 936 946 938 939 937 940
-84 1 949 951 950 962 963 966
-85 1 954 956 955 957 960 961
-86 1 963 965 964 981 982 985
-87 1 982 984 983 998 999 1002
-88 1 988 990 989 991 996 997
-89 1 999 1001 1000 1020 1021 1024
-90 1 1021 1023 1022 1035 1036 1039
-91 1 1036 1038 1037 1046 1047 1050
-92 1 1047 1049 1048 1060 1061 1064
-93 1 1061 1063 1062 1079 1080 1083
-94 1 1080 1082 1081 1097 1098 1101
-95 4 1085 1088 1086 1087 1089 1093
-96 5 1085 1087 1086 1088 1090 1094
-97 6 1086 1093 1087 1089 1090 1095
-98 4 1086 1094 1088 1090 1089 1096
-99 6 1087 1095 1089 1090 1088 1096
-100 1 1098 1100 1099 1116 1117 1120
-101 1 1117 1119 1118 1132 1133 1136
-102 1 1133 1135 1134 1151 1152 1155
-103 1 1152 1154 1153 1175 1176 1179
-104 1 1176 1178 1177 1194 1195 1198
-105 1 1195 1197 1196 1218 1219 1222
-106 1 1219 1221 1220 1225 1226 1229
+1 1 2 4 3 20 24 21
+2 1 21 23 22 37 41 38
+3 1 27 29 28 30 36 35
+4 1 38 40 39 56 60 57
+5 1 57 59 58 76 80 77
+6 2 62 65 63 64 71 66
+7 2 62 64 63 65 72 67
+8 2 63 71 64 66 73 68
+9 2 63 72 65 67 74 68
+10 2 64 73 66 68 75 67
+11 2 65 74 67 68 75 66
+12 1 77 79 78 92 96 93
+13 1 93 95 94 114 118 115
+14 1 115 117 116 128 132 129
+15 1 129 131 130 147 151 148
+16 1 148 150 149 161 165 162
+17 1 162 164 163 168 172 169
+18 1 169 171 170 190 194 191
+19 1 191 193 192 204 208 205
+20 1 205 207 206 223 227 224
+21 1 224 226 225 237 241 238
+22 1 238 240 239 256 260 257
+23 1 257 259 258 271 275 272
+24 1 272 274 273 287 291 288
+25 3 288 290 289 302 309 303
+26 1 303 305 304 316 320 317
+27 1 317 319 318 327 331 328
+28 1 328 330 329 339 343 340
+29 1 340 342 341 353 357 354
+30 1 354 356 355 372 376 373
+31 1 373 375 374 387 391 388
+32 1 388 390 389 401 405 402
+33 1 393 395 394 396 400 399
+34 1 402 404 403 417 421 418
+35 1 418 420 419 439 443 440
+36 1 440 442 441 449 453 450
+37 1 450 452 451 471 475 472
+38 1 472 474 473 490 494 491
+39 1 491 493 492 507 511 508
+40 1 497 499 498 500 506 505
+41 1 508 510 509 519 523 520
+42 1 520 522 521 541 545 542
+43 1 542 544 543 556 560 557
+44 1 557 559 558 563 567 564
+45 3 564 566 565 582 589 583
+46 3 583 585 584 596 603 597
+47 1 597 599 598 610 614 611
+48 1 611 613 612 622 626 623
+49 1 623 625 624 639 643 640
+50 1 629 631 630 632 638 637
+51 1 640 642 641 656 660 657
+52 1 646 648 647 649 655 654
+53 1 657 659 658 680 684 681
+54 1 681 683 682 699 703 700
+55 1 700 702 701 718 722 719
+56 1 719 721 720 738 742 739
+57 2 724 727 725 726 733 728
+58 2 724 726 725 727 734 729
+59 2 725 733 726 728 735 730
+60 2 725 734 727 729 736 730
+61 2 726 735 728 730 737 729
+62 2 727 736 729 730 737 728
+63 1 739 741 740 748 752 749
+64 1 749 751 750 755 759 756
+65 1 756 758 757 777 781 778
+66 1 778 780 779 794 798 795
+67 1 784 786 785 787 793 792
+68 1 795 797 796 813 817 814
+69 1 814 816 815 828 832 829
+70 1 829 831 830 840 844 841
+71 1 841 843 842 847 851 848
+72 1 848 850 849 871 875 872
+73 1 872 874 873 885 889 886
+74 1 886 888 887 904 908 905
+75 1 905 907 906 915 919 916
+76 1 916 918 917 927 931 928
+77 1 928 930 929 948 952 949
+78 2 933 936 934 935 943 937
+79 2 933 935 934 936 944 938
+80 2 934 943 935 937 945 939
+81 2 934 944 936 938 946 939
+82 2 935 945 937 939 940 938
+83 2 936 946 938 939 940 937
+84 1 949 951 950 962 966 963
+85 1 954 956 955 957 961 960
+86 1 963 965 964 981 985 982
+87 1 982 984 983 998 1002 999
+88 1 988 990 989 991 997 996
+89 1 999 1001 1000 1020 1024 1021
+90 1 1021 1023 1022 1035 1039 1036
+91 1 1036 1038 1037 1046 1050 1047
+92 1 1047 1049 1048 1060 1064 1061
+93 1 1061 1063 1062 1079 1083 1080
+94 1 1080 1082 1081 1097 1101 1098
+95 4 1085 1088 1086 1087 1093 1089
+96 5 1085 1087 1086 1088 1094 1090
+97 6 1086 1093 1087 1089 1095 1090
+98 4 1086 1094 1088 1090 1096 1089
+99 6 1087 1095 1089 1090 1096 1088
+100 1 1098 1100 1099 1116 1120 1117
+101 1 1117 1119 1118 1132 1136 1133
+102 1 1133 1135 1134 1151 1155 1152
+103 1 1152 1154 1153 1175 1179 1176
+104 1 1176 1178 1177 1194 1198 1195
+105 1 1195 1197 1196 1218 1222 1219
+106 1 1219 1221 1220 1225 1229 1226
 
 PiTorsion Coeffs
 

tools/tinker/tinker2lmp.py

@@ -755,7 +755,8 @@ for atom1 in id:
         atom5 = bonds[atom2-1][0]
         atom6 = bonds[atom2-1][1]
 
-      pitorsionlist.append((atom3,atom4,atom1,atom2,atom5,atom6))
+      #pitorsionlist.append((atom3,atom4,atom1,atom2,atom5,atom6))
+      pitorsionlist.append((atom3,atom4,atom1,atom2,atom6,atom5))
 
 # create bitorslist = list of 5-body interactions
 # generate topology via double loop over neighbors of central atom3