ICODE-ADC/lammps
4
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity
Files
3758d575d76703002c24e8b96163af661ce1a7de
lammps/doc/src
History
Jacob Gissinger 3758d575d7 Update fix_balance.rst
2024-08-16 23:44:17 -04:00
..
_ext
…
99
…
2001
…
img
…
JPG
update docs for LAMMPS-GUI to include recent additions
2024-08-04 18:48:35 -04:00
PDF
Update Colvars library to version 2024-06-04
2024-08-06 01:07:43 +02:00
.gitignore
…
accel_styles.rst
…
angle_amoeba.rst
…
angle_charmm.rst
…
angle_class2.rst
…
angle_coeff.rst
…
angle_cosine_buck6d.rst
…
angle_cosine_delta.rst
…
angle_cosine_periodic.rst
…
angle_cosine_shift_exp.rst
…
angle_cosine_shift.rst
…
angle_cosine_squared_restricted.rst
…
angle_cosine_squared.rst
…
angle_cosine.rst
…
angle_cross.rst
…
angle_dipole.rst
bibliography cleanup
2024-08-14 10:32:46 -04:00
angle_fourier_simple.rst
…
angle_fourier.rst
…
angle_gaussian.rst
…
angle_harmonic.rst
…
angle_hybrid.rst
clarify that hybrid styles also do not write coeff data to data files
2024-07-30 08:59:51 -04:00
angle_lepton.rst
…
angle_mesocnt.rst
…
angle_mm3.rst
…
angle_none.rst
…
angle_quartic.rst
…
angle_spica.rst
…
angle_style.rst
…
angle_table.rst
…
angle_write.rst
…
angle_zero.rst
…
angles.rst
…
atc_add_molecule.rst
…
atc_add_species.rst
…
atc_atom_element_map.rst
…
atc_atom_weight.rst
…
atc_atomic_charge.rst
…
atc_boundary_dynamics.rst
…
atc_boundary_faceset.rst
…
atc_boundary_type.rst
…
atc_consistent_fe_initialization.rst
…
atc_control_localized_lambda.rst
…
atc_control_momentum.rst
…
atc_control_thermal.rst
…
atc_decomposition.rst
…
atc_electron_integration.rst
…
atc_equilibrium_start.rst
…
atc_extrinsic_exchange.rst
…
atc_fe_md_boundary.rst
…
atc_filter_scale.rst
…
atc_filter_type.rst
…
atc_fix_flux.rst
…
atc_fix.rst
…
atc_hardy_computes.rst
…
atc_hardy_fields.rst
bibliography cleanup
2024-08-14 10:32:46 -04:00
atc_hardy_gradients.rst
bibliography cleanup
2024-08-14 10:32:46 -04:00
atc_hardy_kernel.rst
…
atc_hardy_on_the_fly.rst
…
atc_hardy_rates.rst
bibliography cleanup
2024-08-14 10:32:46 -04:00
atc_initial.rst
…
atc_internal_element_set.rst
…
atc_internal_quadrature.rst
…
atc_kernel_bandwidth.rst
…
atc_lumped_lambda_solve.rst
…
atc_mask_direction.rst
…
atc_mass_matrix.rst
…
atc_material.rst
…
atc_mesh_add_to_nodeset.rst
…
atc_mesh_create_elementset.rst
…
atc_mesh_create_faceset_box.rst
…
atc_mesh_create_faceset_plane.rst
…
atc_mesh_create_nodeset.rst
…
atc_mesh_create.rst
…
atc_mesh_delete_elements.rst
…
atc_mesh_nodeset_to_elementset.rst
…
atc_mesh_output.rst
…
atc_mesh_quadrature.rst
…
atc_mesh_read.rst
…
atc_mesh_write.rst
…
atc_output_boundary_integral.rst
…
atc_output_contour_integral.rst
…
atc_output_nodeset.rst
…
atc_output_volume_integral.rst
…
atc_output.rst
…
atc_pair_interactions.rst
…
atc_poisson_solver.rst
…
atc_read_restart.rst
…
atc_remove_molecule.rst
…
atc_remove_source.rst
…
atc_remove_species.rst
…
atc_reset_atomic_reference.rst
…
atc_reset_time.rst
…
atc_sample_frequency.rst
…
atc_set_reference_pe.rst
…
atc_source_integration.rst
…
atc_source.rst
…
atc_temperature_definition.rst
…
atc_time_filter.rst
…
atc_time_integration.rst
…
atc_track_displacement.rst
…
atc_unfix_flux.rst
…
atc_unfix.rst
…
atc_write_atom_weights.rst
…
atc_write_restart.rst
…
atom_modify.rst
…
atom_style.rst
…
balance.rst
…
Bibliography.rst
whitespace
2024-08-15 22:55:07 -04:00
bond_bpm_rotational.rst
…
bond_bpm_spring.rst
…
bond_class2.rst
…
bond_coeff.rst
…
bond_fene_expand.rst
…
bond_fene.rst
…
bond_gaussian.rst
…
bond_gromos.rst
…
bond_harmonic_restrain.rst
…
bond_harmonic_shift_cut.rst
…
bond_harmonic_shift.rst
…
bond_harmonic.rst
…
bond_hybrid.rst
clarify that hybrid styles also do not write coeff data to data files
2024-07-30 08:59:51 -04:00
bond_lepton.rst
…
bond_mesocnt.rst
…
bond_mm3.rst
…
bond_morse.rst
…
bond_none.rst
…
bond_nonlinear.rst
…
bond_oxdna.rst
…
bond_quartic.rst
…
bond_rheo_shell.rst
…
bond_special.rst
…
bond_style.rst
…
bond_table.rst
…
bond_write.rst
…
bond_zero.rst
…
bonds.rst
…
boundary.rst
…
Build_basics.rst
…
Build_cmake.rst
…
Build_development.rst
fix typo
2024-08-02 15:40:40 -04:00
Build_diskspace.rst
…
Build_extras.rst
update list of supported devices
2024-07-29 17:11:51 -04:00
Build_link.rst
…
Build_make.rst
…
Build_manual.rst
…
Build_package.rst
…
Build_settings.rst
add versionadded tags
2024-08-07 10:47:58 -04:00
Build_windows.rst
…
Build.rst
…
change_box.rst
…
Classes_atom.rst
…
Classes_input.rst
…
Classes_lammps.rst
…
Classes.rst
…
clear.rst
…
comm_modify.rst
…
comm_style.rst
…
Commands_all.rst
tweak layout of commands lists
2024-08-16 00:46:44 -04:00
Commands_bond.rst
tweak layout of commands lists
2024-08-16 00:46:44 -04:00
Commands_category.rst
…
Commands_compute.rst
display commands summary category list only with HTML
2024-08-15 16:45:53 -04:00
Commands_dump.rst
tweak layout of commands lists
2024-08-16 00:46:44 -04:00
Commands_fix.rst
display commands summary category list only with HTML
2024-08-15 16:45:53 -04:00
Commands_input.rst
…
Commands_kspace.rst
tweak layout of commands lists
2024-08-16 00:46:44 -04:00
commands_list.rst
populate dump style index by moving commands off of commands_list.rst
2024-08-14 11:06:35 -04:00
Commands_pair.rst
display commands summary category list only with HTML
2024-08-15 16:45:53 -04:00
Commands_parse.rst
…
Commands_removed.rst
…
Commands_structure.rst
use automatic numbering
2024-08-15 16:46:06 -04:00
Commands.rst
…
compute_ackland_atom.rst
…
compute_adf.rst
…
compute_angle_local.rst
…
compute_angle.rst
…
compute_angmom_chunk.rst
…
compute_ave_sphere_atom.rst
…
compute_basal_atom.rst
…
compute_body_local.rst
…
compute_bond_local.rst
…
compute_bond.rst
…
compute_born_matrix.rst
…
compute_centro_atom.rst
…
compute_chunk_atom.rst
…
compute_chunk_spread_atom.rst
…
compute_cluster_atom.rst
…
compute_cna_atom.rst
…
compute_cnp_atom.rst
…
compute_com_chunk.rst
…
compute_com.rst
…
compute_composition_atom.rst
…
compute_contact_atom.rst
…
compute_coord_atom.rst
…
compute_count_type.rst
…
compute_damage_atom.rst
…
compute_dihedral_local.rst
…
compute_dihedral.rst
…
compute_dilatation_atom.rst
…
compute_dipole_chunk.rst
…
compute_dipole.rst
…
compute_displace_atom.rst
…
compute_dpd_atom.rst
…
compute_dpd.rst
…
compute_edpd_temp_atom.rst
…
compute_efield_atom.rst
…
compute_efield_wolf_atom.rst
…
compute_entropy_atom.rst
…
compute_erotate_asphere.rst
…
compute_erotate_rigid.rst
…
compute_erotate_sphere_atom.rst
…
compute_erotate_sphere.rst
…
compute_event_displace.rst
…
compute_fabric.rst
…
compute_fep_ta.rst
…
compute_fep.rst
…
compute_global_atom.rst
…
compute_group_group.rst
…
compute_gyration_chunk.rst
…
compute_gyration_shape_chunk.rst
…
compute_gyration_shape.rst
…
compute_gyration.rst
…
compute_heat_flux.rst
…
compute_hexorder_atom.rst
…
compute_hma.rst
…
compute_improper_local.rst
…
compute_improper.rst
…
compute_inertia_chunk.rst
…
compute_ke_atom_eff.rst
…
compute_ke_atom.rst
…
compute_ke_eff.rst
…
compute_ke_rigid.rst
…
compute_ke.rst
…
compute_mliap.rst
…
compute_modify.rst
…
compute_momentum.rst
…
compute_msd_chunk.rst
…
compute_msd_nongauss.rst
…
compute_msd.rst
…
compute_nbond_atom.rst
…
compute_omega_chunk.rst
…
compute_orientorder_atom.rst
…
compute_pace.rst
…
compute_pair_local.rst
…
compute_pair.rst
…
compute_pe_atom.rst
…
compute_pe.rst
…
compute_plasticity_atom.rst
…
compute_pod_atom.rst
…
compute_pressure_alchemy.rst
…
compute_pressure_uef.rst
…
compute_pressure.rst
…
compute_property_atom.rst
…
compute_property_chunk.rst
…
compute_property_grid.rst
…
compute_property_local.rst
…
compute_ptm_atom.rst
…
compute_rattlers_atom.rst
…
compute_rdf.rst
…
compute_reaxff_atom.rst
…
compute_reduce_chunk.rst
…
compute_reduce.rst
…
compute_rheo_property_atom.rst
…
compute_rigid_local.rst
…
compute_saed.rst
…
compute_slcsa_atom.rst
…
compute_slice.rst
…
compute_smd_contact_radius.rst
…
compute_smd_damage.rst
…
compute_smd_hourglass_error.rst
…
compute_smd_internal_energy.rst
…
compute_smd_plastic_strain_rate.rst
…
compute_smd_plastic_strain.rst
…
compute_smd_rho.rst
fix issues with compute smd/vol and related docs
2024-08-16 14:58:47 -04:00
compute_smd_tlsph_defgrad.rst
…
compute_smd_tlsph_dt.rst
…
compute_smd_tlsph_num_neighs.rst
…
compute_smd_tlsph_shape.rst
…
compute_smd_tlsph_strain_rate.rst
…
compute_smd_tlsph_strain.rst
…
compute_smd_tlsph_stress.rst
…
compute_smd_triangle_vertices.rst
…
compute_smd_ulsph_effm.rst
…
compute_smd_ulsph_num_neighs.rst
…
compute_smd_ulsph_strain_rate.rst
…
compute_smd_ulsph_strain.rst
…
compute_smd_ulsph_stress.rst
…
compute_smd_vol.rst
fix issues with compute smd/vol and related docs
2024-08-16 14:58:47 -04:00
compute_sna_atom.rst
…
compute_sph_e_atom.rst
…
compute_sph_rho_atom.rst
…
compute_sph_t_atom.rst
…
compute_spin.rst
…
compute_stress_atom.rst
…
compute_stress_cartesian.rst
…
compute_stress_curvilinear.rst
…
compute_stress_mop.rst
…
compute_tally.rst
…
compute_tdpd_cc_atom.rst
…
compute_temp_asphere.rst
…
compute_temp_body.rst
…
compute_temp_chunk.rst
…
compute_temp_com.rst
…
compute_temp_cs.rst
…
compute_temp_deform_eff.rst
…
compute_temp_deform.rst
…
compute_temp_drude.rst
…
compute_temp_eff.rst
…
compute_temp_partial.rst
…
compute_temp_profile.rst
…
compute_temp_ramp.rst
…
compute_temp_region_eff.rst
…
compute_temp_region.rst
…
compute_temp_rotate.rst
…
compute_temp_sphere.rst
…
compute_temp_uef.rst
…
compute_temp.rst
…
compute_ti.rst
…
compute_torque_chunk.rst
…
compute_vacf.rst
…
compute_vcm_chunk.rst
…
compute_viscosity_cos.rst
small doc fixes
2024-08-13 20:47:46 -04:00
compute_voronoi_atom.rst
…
compute_xrd.rst
…
compute.rst
…
computes.rst
…
Cplusplus.rst
…
create_atoms.rst
Merge branch 'doc-updates' of https://github.com/jtclemm/lammps into collected-small-fixes
2024-08-16 16:34:30 -04:00
create_bonds.rst
…
create_box.rst
Last batch of edits
2024-08-16 14:03:40 -06:00
delete_atoms.rst
…
delete_bonds.rst
…
Developer_atom.rst
Edits to developer doc files
2024-08-14 10:41:52 -06:00
Developer_code_design.rst
Edits to developer doc files
2024-08-14 10:41:52 -06:00
Developer_comm_ops.rst
…
Developer_flow.rst
Edits to developer doc files
2024-08-14 10:41:52 -06:00
Developer_grid.rst
…
Developer_notes.rst
Edits to devleoper doc files 2
2024-08-15 17:12:39 -06:00
Developer_org.rst
…
Developer_par_comm.rst
Edits to developer doc files
2024-08-14 10:41:52 -06:00
Developer_par_long.rst
Edits to developer doc files
2024-08-14 10:41:52 -06:00
Developer_par_neigh.rst
Edits to developer doc files
2024-08-14 10:41:52 -06:00
Developer_par_openmp.rst
Edits to developer doc files
2024-08-14 10:41:52 -06:00
Developer_par_part.rst
…
Developer_parallel.rst
…
Developer_platform.rst
…
Developer_plugins.rst
Edits to devleoper doc files 2
2024-08-15 17:12:39 -06:00
Developer_unittest.rst
Edits to devleoper doc files 2
2024-08-15 17:12:39 -06:00
Developer_updating.rst
Edits to devleoper doc files 2
2024-08-15 17:12:39 -06:00
Developer_utils.rst
Edits to devleoper doc files 2
2024-08-15 17:12:39 -06:00
Developer_write_fix.rst
Edits to devleoper doc files 2
2024-08-15 17:12:39 -06:00
Developer_write_pair.rst
cannot reference undocumented fix
2024-08-16 17:36:37 -04:00
Developer_write.rst
…
Developer.rst
…
dielectric.rst
…
dihedral_charmm.rst
…
dihedral_class2.rst
…
dihedral_coeff.rst
…
dihedral_cosine_shift_exp.rst
…
dihedral_cosine_squared_restricted.rst
…
dihedral_fourier.rst
…
dihedral_harmonic.rst
…
dihedral_helix.rst
…
dihedral_hybrid.rst
clarify that hybrid styles also do not write coeff data to data files
2024-07-30 08:59:51 -04:00
dihedral_lepton.rst
…
dihedral_multi_harmonic.rst
…
dihedral_nharmonic.rst
…
dihedral_none.rst
…
dihedral_opls.rst
…
dihedral_quadratic.rst
…
dihedral_spherical.rst
…
dihedral_style.rst
…
dihedral_table.rst
…
dihedral_write.rst
…
dihedral_zero.rst
…
dihedrals.rst
…
dimension.rst
…
displace_atoms.rst
…
dump_adios.rst
…
dump_cfg_uef.rst
…
dump_h5md.rst
…
dump_image.rst
Update dump_image.rst
2024-08-05 18:11:53 -04:00
dump_modify.rst
…
dump_molfile.rst
…
dump_netcdf.rst
…
dump_vtk.rst
…
dump.rst
…
dumps.rst
populate dump style index by moving commands off of commands_list.rst
2024-08-14 11:06:35 -04:00
dynamical_matrix.rst
…
echo.rst
…
Errors_bugs.rst
…
Errors_common.rst
Added mention of the MatSci forum in the Errors_common introduction
2024-08-14 20:49:49 +02:00
Errors_debug.rst
…
Errors_details.rst
…
Errors_messages.rst
Some typos
2024-08-14 21:16:54 +02:00
Errors_warnings.rst
Formatting typo
2024-08-14 21:20:07 +02:00
Errors.rst
…
Examples.rst
…
fitpod_command.rst
…
fix_accelerate_cos.rst
small doc fixes
2024-08-13 20:47:46 -04:00
fix_acks2_reaxff.rst
…
fix_adapt_fep.rst
…
fix_adapt.rst
…
fix_add_heat.rst
…
fix_addforce.rst
…
fix_addtorque.rst
…
fix_alchemy.rst
…
fix_amoeba_bitorsion.rst
…
fix_amoeba_pitorsion.rst
…
fix_append_atoms.rst
…
fix_atc.rst
…
fix_atom_swap.rst
convert lists with global values from fixes to use automatic numbering
2024-08-13 20:59:57 -04:00
fix_ave_atom.rst
…
fix_ave_chunk.rst
…
fix_ave_correlate_long.rst
…
fix_ave_correlate.rst
…
fix_ave_grid.rst
…
fix_ave_histo.rst
convert lists with global values from fixes to use automatic numbering
2024-08-13 20:59:57 -04:00
fix_ave_spatial_sphere.rst
small doc fixes
2024-08-13 20:47:46 -04:00
fix_ave_spatial.rst
small doc fixes
2024-08-13 20:47:46 -04:00
fix_ave_time.rst
…
fix_aveforce.rst
…
fix_balance.rst
Update fix_balance.rst
2024-08-16 23:44:17 -04:00
fix_bocs.rst
more doc reformatting
2024-08-14 01:34:42 -04:00
fix_bond_break.rst
…
fix_bond_create.rst
follow common convention for manual pages documenting multiple styles
2024-08-08 05:00:01 -04:00
fix_bond_react.rst
…
fix_bond_swap.rst
…
fix_box_relax.rst
more doc reformatting
2024-08-14 01:34:42 -04:00
fix_brownian.rst
…
fix_charge_regulation.rst
convert lists with global values from fixes to use automatic numbering
2024-08-13 20:59:57 -04:00
fix_cmap.rst
…
fix_colvars.rst
fix typo and reformat
2024-08-14 06:59:57 -04:00
fix_controller.rst
…
fix_damping_cundall.rst
more doc reformatting
2024-08-14 01:34:42 -04:00
fix_deform_pressure.rst
more bibliography updates
2024-08-14 23:45:59 -04:00
fix_deform.rst
…
fix_deposit.rst
…
fix_dpd_energy.rst
final set of bibliography updates
2024-08-15 22:52:42 -04:00
fix_dpd_source.rst
…
fix_drag.rst
…
fix_drude_transform.rst
…
fix_drude.rst
…
fix_dt_reset.rst
…
fix_efield.rst
…
fix_ehex.rst
…
fix_electrode.rst
…
fix_electron_stopping.rst
…
fix_enforce2d.rst
…
fix_eos_cv.rst
…
fix_eos_table_rx.rst
…
fix_eos_table.rst
…
fix_evaporate.rst
…
fix_external.rst
…
fix_ffl.rst
…
fix_filter_corotate.rst
…
fix_flow_gauss.rst
…
fix_freeze.rst
…
fix_gcmc.rst
convert lists with global values from fixes to use automatic numbering
2024-08-13 20:59:57 -04:00
fix_gld.rst
…
fix_gle.rst
…
fix_gravity.rst
…
fix_grem.rst
…
fix_halt.rst
…
fix_heat_flow.rst
…
fix_heat.rst
…
fix_hyper_global.rst
a couple more doc tweaks
2024-08-14 06:44:44 -04:00
fix_hyper_local.rst
a couple more doc tweaks
2024-08-14 06:44:44 -04:00
fix_imd.rst
…
fix_indent.rst
…
fix_ipi.rst
…
fix_langevin_drude.rst
more bibliography updates
2024-08-14 23:45:59 -04:00
fix_langevin_eff.rst
…
fix_langevin_spin.rst
…
fix_langevin.rst
…
fix_lb_fluid.rst
…
fix_lb_momentum.rst
…
fix_lb_viscous.rst
…
fix_lineforce.rst
…
fix_manifoldforce.rst
…
fix_mdi_qm.rst
…
fix_mdi_qmmm.rst
…
fix_meso_move.rst
correctly use versionchanged command
2024-07-29 15:24:05 -04:00
fix_modify_atc_commands.rst
…
fix_modify.rst
…
fix_mol_swap.rst
convert lists with global values from fixes to use automatic numbering
2024-08-13 20:59:57 -04:00
fix_momentum.rst
…
fix_move.rst
…
fix_msst.rst
…
fix_mvv_dpd.rst
correctly use versionchanged command
2024-07-29 15:24:05 -04:00
fix_neb_spin.rst
bibliography cleanup
2024-08-14 10:32:46 -04:00
fix_neb.rst
…
fix_nh_eff.rst
…
fix_nh_uef.rst
…
fix_nh.rst
…
fix_nonaffine_displacement.rst
…
fix_nph_asphere.rst
…
fix_nph_body.rst
…
fix_nph_sphere.rst
…
fix_nphug.rst
…
fix_npt_asphere.rst
…
fix_npt_body.rst
…
fix_npt_cauchy.rst
…
fix_npt_sphere.rst
…
fix_numdiff_virial.rst
…
fix_numdiff.rst
…
fix_nve_asphere_noforce.rst
…
fix_nve_asphere.rst
…
fix_nve_awpmd.rst
…
fix_nve_body.rst
…
fix_nve_bpm_sphere.rst
…
fix_nve_dot.rst
…
fix_nve_dotc_langevin.rst
…
fix_nve_eff.rst
…
fix_nve_limit.rst
…
fix_nve_line.rst
…
fix_nve_manifold_rattle.rst
…
fix_nve_noforce.rst
…
fix_nve_sphere.rst
…
fix_nve_spin.rst
…
fix_nve_tri.rst
…
fix_nve.rst
…
fix_nvk.rst
…
fix_nvt_asphere.rst
…
fix_nvt_body.rst
…
fix_nvt_manifold_rattle.rst
…
fix_nvt_sllod_eff.rst
…
fix_nvt_sllod.rst
…
fix_nvt_sphere.rst
…
fix_oneway.rst
…
fix_orient_eco.rst
…
fix_orient.rst
…
fix_pafi.rst
…
fix_pair.rst
…
fix_phonon.rst
…
fix_pimd.rst
…
fix_planeforce.rst
…
fix_plumed.rst
…
fix_poems.rst
…
fix_polarize.rst
…
fix_pour.rst
…
fix_precession_spin.rst
…
fix_press_berendsen.rst
…
fix_press_langevin.rst
…
fix_print.rst
…
fix_propel_self.rst
…
fix_property_atom.rst
…
fix_python_invoke.rst
…
fix_python_move.rst
…
fix_qbmsst.rst
…
fix_qeq_comb.rst
…
fix_qeq_reaxff.rst
…
fix_qeq.rst
…
fix_qmmm.rst
…
fix_qtb.rst
…
fix_reaxff_bonds.rst
…
fix_reaxff_species.rst
convert lists with global values from fixes to use automatic numbering
2024-08-13 20:59:57 -04:00
fix_recenter.rst
…
fix_restrain.rst
convert lists with global values from fixes to use automatic numbering
2024-08-13 20:59:57 -04:00
fix_rheo_oxidation.rst
…
fix_rheo_pressure.rst
…
fix_rheo_thermal.rst
…
fix_rheo_viscosity.rst
make sphinx happy
2024-08-16 16:38:02 -04:00
fix_rheo.rst
Last batch of edits
2024-08-16 14:03:40 -06:00
fix_rhok.rst
…
fix_rigid_meso.rst
correctly use versionchanged command
2024-07-29 15:24:05 -04:00
fix_rigid.rst
…
fix_rx.rst
…
fix_saed_vtk.rst
…
fix_setforce.rst
…
fix_sgcmc.rst
convert lists with global values from fixes to use automatic numbering
2024-08-13 20:59:57 -04:00
fix_shake.rst
fix typo and rewrap
2024-07-26 19:47:10 -04:00
fix_shardlow.rst
final set of bibliography updates
2024-08-15 22:52:42 -04:00
fix_smd_adjust_dt.rst
…
fix_smd_integrate_tlsph.rst
correctly use versionchanged command
2024-07-29 15:24:05 -04:00
fix_smd_integrate_ulsph.rst
correctly use versionchanged command
2024-07-29 15:24:05 -04:00
fix_smd_move_triangulated_surface.rst
…
fix_smd_setvel.rst
…
fix_smd_wall_surface.rst
…
fix_smd.rst
…
fix_sph_stationary.rst
…
fix_sph.rst
…
fix_spring_chunk.rst
…
fix_spring_rg.rst
…
fix_spring_self.rst
…
fix_spring.rst
…
fix_srd.rst
some more documentation updates for bibliography
2024-08-14 14:57:53 -04:00
fix_store_force.rst
…
fix_store_state.rst
…
fix_temp_berendsen.rst
…
fix_temp_csvr.rst
…
fix_temp_rescale_eff.rst
…
fix_temp_rescale.rst
…
fix_tfmc.rst
…
fix_tgnh_drude.rst
…
fix_thermal_conductivity.rst
…
fix_ti_spring.rst
…
fix_tmd.rst
…
fix_ttm.rst
…
fix_tune_kspace.rst
…
fix_vector.rst
…
fix_viscosity.rst
…
fix_viscous_sphere.rst
…
fix_viscous.rst
…
fix_wall_body_polygon.rst
…
fix_wall_body_polyhedron.rst
…
fix_wall_ees.rst
bibliography cleanup
2024-08-14 10:32:46 -04:00
fix_wall_flow.rst
…
fix_wall_gran_region.rst
…
fix_wall_gran.rst
…
fix_wall_piston.rst
…
fix_wall_reflect_stochastic.rst
…
fix_wall_reflect.rst
…
fix_wall_region.rst
…
fix_wall_srd.rst
…
fix_wall.rst
…
fix_widom.rst
convert lists with global values from fixes to use automatic numbering
2024-08-13 20:59:57 -04:00
fix.rst
…
fixes.rst
…
Fortran.rst
…
geturl.rst
rephrase
2024-08-08 11:12:30 -04:00
group2ndx.rst
…
group.rst
…
Howto_2d.rst
…
Howto_amoeba.rst
…
Howto_barostat.rst
…
Howto_bioFF.rst
…
Howto_body.rst
…
Howto_bpm.rst
…
Howto_broken_bonds.rst
…
Howto_chunk.rst
…
Howto_cmake.rst
…
Howto_coreshell.rst
…
Howto_couple.rst
…
Howto_diffusion.rst
…
Howto_dispersion.rst
…
Howto_drude2.rst
…
Howto_drude.rst
…
Howto_elastic.rst
…
Howto_github.rst
…
Howto_granular.rst
…
Howto_grid.rst
…
Howto_kappa.rst
…
Howto_lammps_gui.rst
document large restart file warning
2024-08-07 16:01:02 -04:00
Howto_library.rst
…
Howto_manifold.rst
…
Howto_mdi.rst
…
Howto_moltemplate.rst
final set of bibliography updates
2024-08-15 22:52:42 -04:00
Howto_multiple.rst
…
Howto_nemd.rst
…
Howto_output.rst
…
Howto_peri.rst
…
Howto_polarizable.rst
…
Howto_pylammps.rst
discuss in more detail MPI support in PyLammps. Some small improvements in MPI support
2024-07-30 11:27:31 -04:00
Howto_replica.rst
…
Howto_restart.rst
…
Howto_rheo.rst
Last batch of edits
2024-08-16 14:03:40 -06:00
Howto_spc.rst
bibliography cleanup
2024-08-14 10:32:46 -04:00
Howto_spherical.rst
…
Howto_spins.rst
…
Howto_structured_data.rst
…
Howto_temperature.rst
…
Howto_thermostat.rst
…
Howto_tip3p.rst
…
Howto_tip4p.rst
…
Howto_tip5p.rst
…
Howto_triclinic.rst
…
Howto_type_labels.rst
…
Howto_viscosity.rst
…
Howto_viz.rst
mention LAMMPS-GUI as visualizer option and tool to general dump image commands
2024-08-06 11:16:20 -04:00
Howto_walls.rst
…
Howto_wsl.rst
…
Howto.rst
…
hyper.rst
…
if.rst
…
improper_amoeba.rst
…
improper_class2.rst
…
improper_coeff.rst
…
improper_cossq.rst
…
improper_cvff.rst
…
improper_distance.rst
…
improper_distharm.rst
…
improper_fourier.rst
…
improper_harmonic.rst
…
improper_hybrid.rst
clarify that hybrid styles also do not write coeff data to data files
2024-07-30 08:59:51 -04:00
improper_inversion_harmonic.rst
…
improper_none.rst
…
improper_ring.rst
…
improper_sqdistharm.rst
…
improper_style.rst
…
improper_umbrella.rst
…
improper_zero.rst
…
impropers.rst
…
include.rst
…
info.rst
update -restart2info and info docs
2024-08-12 22:57:21 -04:00
Install_conda.rst
…
Install_git.rst
…
Install_linux.rst
…
Install_mac.rst
…
Install_tarball.rst
…
Install_windows.rst
…
Install.rst
…
Intro_authors.rst
…
Intro_citing.rst
…
Intro_features.rst
…
Intro_nonfeatures.rst
…
Intro_opensource.rst
…
Intro_overview.rst
…
Intro_portability.rst
…
Intro_website.rst
…
Intro.rst
…
jump.rst
…
kim_commands.rst
…
kspace_modify.rst
…
kspace_style.rst
…
label.rst
…
labelmap.rst
…
lattice.rst
…
lepton_expression.rst
…
Library_add.rst
…
Library_atoms.rst
…
Library_config.rst
…
Library_create.rst
…
Library_execute.rst
…
Library_neighbor.rst
…
Library_objects.rst
…
Library_properties.rst
…
Library_scatter.rst
…
Library_utility.rst
…
Library.rst
…
log.rst
…
Manual_version.rst
…
Manual.rst
populate dump style index by moving commands off of commands_list.rst
2024-08-14 11:06:35 -04:00
mass.rst
…
mdi.rst
…
min_modify.rst
…
min_spin.rst
…
min_style.rst
…
minimize.rst
…
Modify_atom.rst
Edits to modify doc files
2024-08-13 20:17:26 -06:00
Modify_body.rst
…
Modify_bond.rst
…
Modify_command.rst
…
Modify_compute.rst
…
Modify_contribute.rst
Edits to modify doc files
2024-08-13 20:17:26 -06:00
Modify_dump.rst
…
Modify_fix.rst
…
Modify_gran_sub_mod.rst
Edits to modify doc files
2024-08-13 20:17:26 -06:00
Modify_kspace.rst
…
Modify_min.rst
…
Modify_overview.rst
Edits to modify doc files
2024-08-13 20:17:26 -06:00
Modify_pair.rst
…
Modify_region.rst
…
Modify_requirements.rst
Edits to modify doc files
2024-08-13 20:17:26 -06:00
Modify_style.rst
…
Modify_thermo.rst
Edits to modify doc files
2024-08-13 20:17:26 -06:00
Modify_variable.rst
…
Modify.rst
…
molecule.rst
…
neb_spin.rst
bibliography cleanup
2024-08-14 10:32:46 -04:00
neb.rst
…
neigh_modify.rst
…
neighbor.rst
…
newton.rst
…
next.rst
…
package.rst
…
Packages_details.rst
…
Packages_list.rst
…
Packages.rst
…
pair_adp.rst
…
pair_agni.rst
…
pair_aip_water_2dm.rst
…
pair_airebo.rst
…
pair_amoeba.rst
…
pair_atm.rst
…
pair_awpmd.rst
…
pair_beck.rst
…
pair_body_nparticle.rst
…
pair_body_rounded_polygon.rst
…
pair_body_rounded_polyhedron.rst
…
pair_bop.rst
…
pair_born_gauss.rst
…
pair_born.rst
…
pair_bpm_spring.rst
…
pair_brownian.rst
update docs to make wall fix restrictions more explicit
2024-08-16 16:29:45 -04:00
pair_buck6d_coul_gauss.rst
…
pair_buck_long.rst
…
pair_buck.rst
…
pair_charmm.rst
…
pair_class2.rst
…
pair_coeff.rst
…
pair_colloid.rst
…
pair_comb.rst
…
pair_cosine_squared.rst
Edits/corrections to doc pages 2315-2589
2024-08-15 09:38:58 -05:00
pair_coul_diel.rst
Edits/corrections to doc pages 2315-2589
2024-08-15 09:38:58 -05:00
pair_coul_shield.rst
…
pair_coul_slater.rst
Edits/corrections to doc pages 2315-2589
2024-08-15 09:38:58 -05:00
pair_coul_tt.rst
…
pair_coul.rst
…
pair_cs.rst
…
pair_dielectric.rst
…
pair_dipole.rst
Merge branch 'doc-pdf' of https://github.com/ndtrung81/lammps into collected-small-fixes
2024-08-15 13:37:11 -04:00
pair_dpd_coul_slater_long.rst
…
pair_dpd_ext.rst
…
pair_dpd_fdt.rst
final set of bibliography updates
2024-08-15 22:52:42 -04:00
pair_dpd.rst
Edits/corrections to doc pages 2315-2589
2024-08-15 09:38:58 -05:00
pair_drip.rst
…
pair_dsmc.rst
…
pair_e3b.rst
…
pair_eam.rst
…
pair_edip.rst
…
pair_eff.rst
Edits/corrections to doc pages 2315-2589
2024-08-15 09:38:58 -05:00
pair_eim.rst
…
pair_exp6_rx.rst
…
pair_extep.rst
Edits/corrections to doc pages 2315-2589
2024-08-15 09:38:58 -05:00
pair_fep_soft.rst
…
pair_gauss.rst
…
pair_gayberne.rst
…
pair_gran.rst
Edits/corrections to doc pages 2315-2589
2024-08-15 09:38:58 -05:00
pair_granular.rst
Edits/corrections to doc pages 2315-2589
2024-08-15 09:38:58 -05:00
pair_gromacs.rst
…
pair_gw.rst
…
pair_harmonic_cut.rst
…
pair_hbond_dreiding.rst
…
pair_hdnnp.rst
bibliography cleanup
2024-08-14 10:32:46 -04:00
pair_hybrid.rst
clarify that hybrid styles also do not write coeff data to data files
2024-07-30 08:59:51 -04:00
pair_ilp_graphene_hbn.rst
…
pair_ilp_tmd.rst
…
pair_kim.rst
…
pair_kolmogorov_crespi_full.rst
…
pair_kolmogorov_crespi_z.rst
final set of bibliography updates
2024-08-15 22:52:42 -04:00
pair_lcbop.rst
…
pair_lebedeva_z.rst
…
pair_lepton.rst
…
pair_line_lj.rst
…
pair_list.rst
…
pair_lj96.rst
…
pair_lj_cubic.rst
…
pair_lj_cut_coul.rst
Edits/corrections to doc pages 2315-2589
2024-08-15 09:38:58 -05:00
pair_lj_cut_sphere.rst
…
pair_lj_cut_tip4p.rst
…
pair_lj_expand_sphere.rst
…
pair_lj_expand.rst
…
pair_lj_long.rst
…
pair_lj_relres.rst
…
pair_lj_smooth_linear.rst
…
pair_lj_smooth.rst
…
pair_lj_switch3_coulgauss_long.rst
…
pair_lj.rst
…
pair_local_density.rst
…
pair_lubricate.rst
update docs to make wall fix restrictions more explicit
2024-08-16 16:29:45 -04:00
pair_lubricateU.rst
update docs to make wall fix restrictions more explicit
2024-08-16 16:29:45 -04:00
pair_mdf.rst
…
pair_meam_spline.rst
…
pair_meam_sw_spline.rst
…
pair_meam.rst
small grammar tweak
2024-08-08 21:27:06 -04:00
pair_mesocnt.rst
…
pair_mesodpd.rst
…
pair_mgpt.rst
…
pair_mie.rst
…
pair_mliap.rst
…
pair_modify.rst
…
pair_momb.rst
…
pair_morse.rst
…
pair_multi_lucy_rx.rst
…
pair_multi_lucy.rst
…
pair_nb3b.rst
…
pair_nm.rst
…
pair_none.rst
…
pair_oxdna2.rst
…
pair_oxdna.rst
…
pair_oxrna2.rst
…
pair_pace.rst
…
pair_pedone.rst
Edits/corrections to doc pages 2315-2589
2024-08-15 09:38:58 -05:00
pair_peri.rst
…
pair_pod.rst
…
pair_polymorphic.rst
bibliography cleanup
2024-08-14 10:32:46 -04:00
pair_python.rst
…
pair_quip.rst
strip off common namespace components from index entries
2024-08-14 12:18:17 -04:00
pair_rann.rst
some more documentation updates for bibliography
2024-08-14 14:57:53 -04:00
pair_reaxff.rst
…
pair_rebomos.rst
…
pair_resquared.rst
…
pair_rheo_solid.rst
…
pair_rheo.rst
…
pair_saip_metal.rst
…
pair_sdpd_taitwater_isothermal.rst
…
pair_smatb.rst
…
pair_smd_hertz.rst
…
pair_smd_tlsph.rst
…
pair_smd_triangulated_surface.rst
…
pair_smd_ulsph.rst
…
pair_smtbq.rst
…
pair_snap.rst
some more documentation updates for bibliography
2024-08-14 14:57:53 -04:00
pair_soft.rst
…
pair_sph_heatconduction.rst
…
pair_sph_idealgas.rst
…
pair_sph_lj.rst
…
pair_sph_rhosum.rst
…
pair_sph_taitwater_morris.rst
…
pair_sph_taitwater.rst
…
pair_spica.rst
…
pair_spin_dipole.rst
…
pair_spin_dmi.rst
final set of bibliography updates
2024-08-15 22:52:42 -04:00
pair_spin_exchange.rst
…
pair_spin_magelec.rst
…
pair_spin_neel.rst
…
pair_srp.rst
…
pair_style.rst
…
pair_sw_angle_table.rst
…
pair_sw.rst
…
pair_table_rx.rst
…
pair_table.rst
…
pair_tersoff_mod.rst
…
pair_tersoff_zbl.rst
…
pair_tersoff.rst
…
pair_thole.rst
…
pair_threebody_table.rst
…
pair_tracker.rst
…
pair_tri_lj.rst
…
pair_uf3.rst
…
pair_ufm.rst
…
pair_vashishta.rst
…
pair_wf_cut.rst
…
pair_write.rst
…
pair_ylz.rst
…
pair_yukawa_colloid.rst
…
pair_yukawa.rst
…
pair_zbl.rst
…
pair_zero.rst
…
pairs.rst
…
partition.rst
…
plugin.rst
…
prd.rst
…
print.rst
…
processors.rst
…
Python_atoms.rst
…
Python_call.rst
…
Python_config.rst
…
Python_create.rst
…
Python_error.rst
misc doc fixes to python section
2024-08-13 16:30:33 -06:00
Python_examples.rst
…
Python_execute.rst
…
Python_ext.rst
…
Python_formats.rst
…
Python_head.rst
…
Python_install.rst
…
Python_launch.rst
…
Python_module.rst
…
Python_neighbor.rst
misc doc fixes to python section
2024-08-13 16:30:33 -06:00
Python_objects.rst
…
Python_overview.rst
…
Python_properties.rst
…
Python_run.rst
…
Python_scatter.rst
Adding py links to python scatter
2024-08-14 10:41:08 -06:00
Python_trouble.rst
…
python.rst
…
quit.rst
…
read_data.rst
…
read_dump.rst
…
read_restart.rst
implement -restart2info command line flag and document it
2024-08-06 17:14:46 -04:00
region.rst
…
replicate.rst
…
rerun.rst
…
reset_atoms.rst
…
reset_timestep.rst
…
restart.rst
…
Run_basics.rst
…
Run_head.rst
…
Run_options.rst
small tweaks
2024-08-13 11:06:04 -04:00
Run_output.rst
…
run_style.rst
…
Run_windows.rst
…
run.rst
…
set.rst
…
shell.rst
…
special_bonds.rst
…
Speed_bench.rst
…
Speed_compare.rst
…
Speed_gpu.rst
…
Speed_intel.rst
…
Speed_kokkos.rst
…
Speed_measure.rst
…
Speed_omp.rst
…
Speed_opt.rst
…
Speed_packages.rst
…
Speed_tips.rst
…
Speed.rst
…
suffix.rst
…
tad.rst
…
temper_grem.rst
…
temper_npt.rst
…
temper.rst
…
thermo_modify.rst
…
thermo_style.rst
…
thermo.rst
…
third_order.rst
…
timer.rst
…
timestep.rst
…
Tools.rst
Changed Germain Clavier's mail adress.
2024-08-14 19:57:48 +02:00
uncompute.rst
…
undump.rst
…
unfix.rst
…
units.rst
…
variable.rst
…
velocity.rst
…
write_coeff.rst
…
write_data.rst
clarify that all hybrid styles do not write Coeff sections
2024-07-30 05:45:24 -04:00
write_dump.rst
…
write_restart.rst
…