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This commit is contained in:
Axel Kohlmeyer
@ -57,11 +57,11 @@ PairQUIP::~PairQUIP()
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if (allocated) {
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memory->destroy(setflag);
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memory->destroy(cutsq);
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delete [] map;
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delete[] map;
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}
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delete [] quip_potential;
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delete [] quip_file;
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delete [] quip_string;
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delete[] quip_potential;
|
||||
delete[] quip_file;
|
||||
delete[] quip_string;
|
||||
}
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||||
void PairQUIP::compute(int eflag, int vflag)
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@ -83,7 +83,7 @@ void PairQUIP::compute(int eflag, int vflag)
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double *quip_local_e, *quip_force, *quip_local_virial, *quip_virial, quip_energy, *lattice;
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ev_init(eflag,vflag);
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ev_init(eflag, vflag);
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inum = list->inum;
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ilist = list->ilist;
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@ -91,7 +91,7 @@ void PairQUIP::compute(int eflag, int vflag)
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firstneigh = list->firstneigh;
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sum_num_neigh = 0;
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quip_num_neigh = new int [inum];
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quip_num_neigh = new int[inum];
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for (ii = 0; ii < inum; ii++) {
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i = ilist[ii];
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@ -99,7 +99,7 @@ void PairQUIP::compute(int eflag, int vflag)
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||||
sum_num_neigh += numneigh[i];
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}
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||||
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||||
quip_neigh = new int [sum_num_neigh];
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||||
quip_neigh = new int[sum_num_neigh];
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||||
iquip = 0;
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||||
for (ii = 0; ii < inum; ii++) {
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||||
@ -114,15 +114,14 @@ void PairQUIP::compute(int eflag, int vflag)
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}
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atomic_numbers = new int[ntotal];
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||||
for (ii = 0; ii < ntotal; ii++)
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atomic_numbers[ii] = map[type[ii]];
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||||
for (ii = 0; ii < ntotal; ii++) atomic_numbers[ii] = map[type[ii]];
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||||
quip_local_e = new double [ntotal];
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quip_force = new double [ntotal*3];
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||||
quip_local_virial = new double [ntotal*9];
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||||
quip_virial = new double [9];
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||||
quip_local_e = new double[ntotal];
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||||
quip_force = new double[ntotal * 3];
|
||||
quip_local_virial = new double[ntotal * 9];
|
||||
quip_virial = new double[9];
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||||
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||||
lattice = new double [9];
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||||
lattice = new double[9];
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lattice[0] = domain->xprd;
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||||
lattice[1] = 0.0;
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||||
lattice[2] = 0.0;
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||||
@ -138,81 +137,68 @@ void PairQUIP::compute(int eflag, int vflag)
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||||
int tmplarge = 0, toolarge = 0;
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||||
for (ii = 0; ii < ntotal; ++ii) {
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||||
tmptag[ii] = tag[ii];
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||||
if (tag[ii] > MAXSMALLINT) tmplarge=1;
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||||
if (tag[ii] > MAXSMALLINT) tmplarge = 1;
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||||
}
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||||
MPI_Allreduce(&tmplarge,&toolarge,1,MPI_INT,MPI_MAX,world);
|
||||
if (toolarge > 0)
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||||
error->all(FLERR,"Pair style quip does not support 64-bit atom IDs");
|
||||
MPI_Allreduce(&tmplarge, &toolarge, 1, MPI_INT, MPI_MAX, world);
|
||||
if (toolarge > 0) error->all(FLERR, "Pair style quip does not support 64-bit atom IDs");
|
||||
|
||||
quip_lammps_wrapper(&nlocal,&nghost,atomic_numbers,tmptag,
|
||||
&inum,&sum_num_neigh,ilist,
|
||||
quip_num_neigh,quip_neigh,lattice,
|
||||
quip_potential,&n_quip_potential,&x[0][0],
|
||||
&quip_energy,quip_local_e,quip_virial,
|
||||
quip_local_virial,quip_force);
|
||||
quip_lammps_wrapper(&nlocal, &nghost, atomic_numbers, tmptag, &inum, &sum_num_neigh, ilist,
|
||||
quip_num_neigh, quip_neigh, lattice, quip_potential, &n_quip_potential,
|
||||
&x[0][0], &quip_energy, quip_local_e, quip_virial, quip_local_virial,
|
||||
quip_force);
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||||
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||||
delete[] tmptag;
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||||
#else
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||||
quip_lammps_wrapper(&nlocal,&nghost,atomic_numbers,tag,
|
||||
&inum,&sum_num_neigh,ilist,
|
||||
quip_num_neigh,quip_neigh,lattice,
|
||||
quip_potential,&n_quip_potential,&x[0][0],
|
||||
&quip_energy,quip_local_e,quip_virial,
|
||||
quip_local_virial,quip_force);
|
||||
quip_lammps_wrapper(&nlocal, &nghost, atomic_numbers, tag, &inum, &sum_num_neigh, ilist,
|
||||
quip_num_neigh, quip_neigh, lattice, quip_potential, &n_quip_potential,
|
||||
&x[0][0], &quip_energy, quip_local_e, quip_virial, quip_local_virial,
|
||||
quip_force);
|
||||
#endif
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||||
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||||
iquip = 0;
|
||||
for (ii = 0; ii < ntotal; ii++) {
|
||||
for (jj = 0; jj < 3; jj++) {
|
||||
f[ii][jj] += quip_force[iquip];
|
||||
iquip++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (eflag_global) {
|
||||
eng_vdwl = quip_energy;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (eflag_atom) {
|
||||
for (ii = 0; ii < ntotal; ii++) {
|
||||
eatom[ii] = quip_local_e[ii];
|
||||
for (jj = 0; jj < 3; jj++) {
|
||||
f[ii][jj] += quip_force[iquip];
|
||||
iquip++;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (eflag_global) { eng_vdwl = quip_energy; }
|
||||
|
||||
if (eflag_atom) {
|
||||
for (ii = 0; ii < ntotal; ii++) { eatom[ii] = quip_local_e[ii]; }
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (vflag_global) {
|
||||
virial[0] = quip_virial[0];
|
||||
virial[1] = quip_virial[4];
|
||||
virial[2] = quip_virial[8];
|
||||
virial[3] = (quip_virial[3] + quip_virial[1])*0.5;
|
||||
virial[4] = (quip_virial[2] + quip_virial[6])*0.5;
|
||||
virial[5] = (quip_virial[5] + quip_virial[7])*0.5;
|
||||
virial[0] = quip_virial[0];
|
||||
virial[1] = quip_virial[4];
|
||||
virial[2] = quip_virial[8];
|
||||
virial[3] = (quip_virial[3] + quip_virial[1]) * 0.5;
|
||||
virial[4] = (quip_virial[2] + quip_virial[6]) * 0.5;
|
||||
virial[5] = (quip_virial[5] + quip_virial[7]) * 0.5;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (vflag_atom) {
|
||||
int iatom = 0;
|
||||
for (ii = 0; ii < ntotal; ii++) {
|
||||
vatom[ii][0] += quip_local_virial[iatom+0];
|
||||
vatom[ii][1] += quip_local_virial[iatom+4];
|
||||
vatom[ii][2] += quip_local_virial[iatom+8];
|
||||
vatom[ii][3] += (quip_local_virial[iatom+3] +
|
||||
quip_local_virial[iatom+1])*0.5;
|
||||
vatom[ii][4] += (quip_local_virial[iatom+2] +
|
||||
quip_local_virial[iatom+6])*0.5;
|
||||
vatom[ii][5] += (quip_local_virial[iatom+5] +
|
||||
quip_local_virial[iatom+7])*0.5;
|
||||
iatom += 9;
|
||||
}
|
||||
for (ii = 0; ii < ntotal; ii++) {
|
||||
vatom[ii][0] += quip_local_virial[iatom + 0];
|
||||
vatom[ii][1] += quip_local_virial[iatom + 4];
|
||||
vatom[ii][2] += quip_local_virial[iatom + 8];
|
||||
vatom[ii][3] += (quip_local_virial[iatom + 3] + quip_local_virial[iatom + 1]) * 0.5;
|
||||
vatom[ii][4] += (quip_local_virial[iatom + 2] + quip_local_virial[iatom + 6]) * 0.5;
|
||||
vatom[ii][5] += (quip_local_virial[iatom + 5] + quip_local_virial[iatom + 7]) * 0.5;
|
||||
iatom += 9;
|
||||
}
|
||||
}
|
||||
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||||
delete [] atomic_numbers;
|
||||
delete [] quip_num_neigh;
|
||||
delete [] quip_neigh;
|
||||
delete [] quip_local_e;
|
||||
delete [] quip_force;
|
||||
delete [] quip_virial;
|
||||
delete [] quip_local_virial;
|
||||
delete [] lattice;
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||||
|
||||
delete[] atomic_numbers;
|
||||
delete[] quip_num_neigh;
|
||||
delete[] quip_neigh;
|
||||
delete[] quip_local_e;
|
||||
delete[] quip_force;
|
||||
delete[] quip_virial;
|
||||
delete[] quip_local_virial;
|
||||
delete[] lattice;
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
@ -221,18 +207,19 @@ void PairQUIP::compute(int eflag, int vflag)
|
||||
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||||
void PairQUIP::settings(int narg, char ** /* arg */)
|
||||
{
|
||||
if (narg != 0) error->all(FLERR,"Illegal pair_style command");
|
||||
if (narg != 0) error->all(FLERR, "Illegal pair_style command");
|
||||
|
||||
// check if linked to the correct QUIP library API version
|
||||
// as of 2017-07-19 this is API_VERSION 1
|
||||
if (quip_lammps_api_version() != 1)
|
||||
error->all(FLERR,"QUIP LAMMPS wrapper API version is not compatible "
|
||||
"with this version of LAMMPS");
|
||||
error->all(FLERR,
|
||||
"QUIP LAMMPS wrapper API version is not compatible "
|
||||
"with this version of LAMMPS");
|
||||
|
||||
// QUIP potentials are parameterized in metal units
|
||||
|
||||
if (strcmp("metal",update->unit_style) != 0)
|
||||
error->all(FLERR,"QUIP potentials require 'metal' units");
|
||||
if (strcmp("metal", update->unit_style) != 0)
|
||||
error->all(FLERR, "QUIP potentials require 'metal' units");
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
@ -243,9 +230,9 @@ void PairQUIP::allocate()
|
||||
allocated = 1;
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||||
int n = atom->ntypes;
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||||
|
||||
setflag = memory->create(setflag,n+1,n+1,"pair:setflag");
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||||
cutsq = memory->create(cutsq,n+1,n+1,"pair:cutsq");
|
||||
map = new int[n+1];
|
||||
setflag = memory->create(setflag, n + 1, n + 1, "pair:setflag");
|
||||
cutsq = memory->create(cutsq, n + 1, n + 1, "pair:cutsq");
|
||||
map = new int[n + 1];
|
||||
}
|
||||
|
||||
void PairQUIP::coeff(int narg, char **arg)
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||||
@ -253,12 +240,11 @@ void PairQUIP::coeff(int narg, char **arg)
|
||||
if (!allocated) allocate();
|
||||
|
||||
int n = atom->ntypes;
|
||||
if (narg != (4+n))
|
||||
error->all(FLERR,"Number of arguments {} is not correct, "
|
||||
"it should be {}", narg, 4+n);
|
||||
if (narg != (4 + n))
|
||||
error->all(FLERR, "Number of arguments {} is not correct, it should be {}", narg, 4 + n);
|
||||
|
||||
if (comm->me == 0) {
|
||||
PotentialFileReader reader(lmp,arg[2],"QUIP",unit_convert_flag);
|
||||
PotentialFileReader reader(lmp, arg[2], "QUIP", unit_convert_flag);
|
||||
auto comment = reader.next_string();
|
||||
}
|
||||
|
||||
@ -269,18 +255,17 @@ void PairQUIP::coeff(int narg, char **arg)
|
||||
n_quip_string = strlen(quip_string);
|
||||
|
||||
for (int i = 4; i < narg; i++) {
|
||||
if (strcmp(arg[i],"NULL") == 0)
|
||||
map[i-3] = -1;
|
||||
if (strcmp(arg[i], "NULL") == 0)
|
||||
map[i - 3] = -1;
|
||||
else
|
||||
map[i-3] = utils::inumeric(FLERR,arg[i],false,lmp);
|
||||
map[i - 3] = utils::inumeric(FLERR, arg[i], false, lmp);
|
||||
}
|
||||
|
||||
// clear setflag since coeff() called once with I,J = * *
|
||||
|
||||
n = atom->ntypes;
|
||||
for (int i = 1; i <= n; i++)
|
||||
for (int j = i; j <= n; j++)
|
||||
setflag[i][j] = 0;
|
||||
for (int j = i; j <= n; j++) setflag[i][j] = 0;
|
||||
|
||||
// set setflag i,j for type pairs where both are mapped to elements
|
||||
|
||||
@ -292,21 +277,25 @@ void PairQUIP::coeff(int narg, char **arg)
|
||||
count++;
|
||||
}
|
||||
|
||||
if (count == 0) error->all(FLERR,"Incorrect args for pair coefficients");
|
||||
if (count == 0) error->all(FLERR, "Incorrect args for pair coefficients");
|
||||
|
||||
// Initialise potential
|
||||
// First call initializes potential via the fortran code in memory, and returns the necessary size
|
||||
// of quip_potential. This behavior is invoked by setting n_potential_quip to 0.
|
||||
// First call initializes potential via the fortran code in memory,
|
||||
// and returns the necessary size of quip_potential. This behavior
|
||||
// is invoked by setting n_potential_quip to 0.
|
||||
n_quip_potential = 0;
|
||||
quip_potential = new int[0];
|
||||
quip_lammps_potential_initialise(quip_potential,&n_quip_potential,&cutoff,quip_file,&n_quip_file,quip_string,&n_quip_string);
|
||||
delete [] quip_potential;
|
||||
quip_lammps_potential_initialise(quip_potential, &n_quip_potential, &cutoff, quip_file,
|
||||
&n_quip_file, quip_string, &n_quip_string);
|
||||
delete[] quip_potential;
|
||||
|
||||
// Allocate quip_potential integer array. This initialise call will transfer the location of the
|
||||
// previously initialised potential to the quip_potential variable, and we will use it as a handle
|
||||
// when calling the actual calculation routine. We return the cutoff as well.
|
||||
// Allocate quip_potential integer array. This initialise call will transfer
|
||||
// the location of the previously initialised potential to the quip_potential
|
||||
// variable, and we will use it as a handle when calling the actual calculation
|
||||
// routine. We return the cutoff as well.
|
||||
quip_potential = new int[n_quip_potential];
|
||||
quip_lammps_potential_initialise(quip_potential,&n_quip_potential,&cutoff,quip_file,&n_quip_file,quip_string,&n_quip_string);
|
||||
quip_lammps_potential_initialise(quip_potential, &n_quip_potential, &cutoff, quip_file,
|
||||
&n_quip_file, quip_string, &n_quip_string);
|
||||
}
|
||||
|
||||
/* ----------------------------------------------------------------------
|
||||
@ -317,8 +306,7 @@ void PairQUIP::init_style()
|
||||
{
|
||||
// Require newton pair on
|
||||
|
||||
if (force->newton_pair != 1)
|
||||
error->all(FLERR,"Pair style quip requires newton pair on");
|
||||
if (force->newton_pair != 1) error->all(FLERR, "Pair style quip requires newton pair on");
|
||||
|
||||
// Initialise neighbor list
|
||||
int irequest_full = neighbor->request(this);
|
||||
|
||||
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