ICODE-ADC/lammps
4
0
Fork 0
Code Issues Pull Requests Actions Packages Projects Releases Wiki Activity

Adding preprocessor to OpenCL strings and as a dependency for both.

Browse Source
This commit is contained in:
W. Michael Brown
2011-07-27 16:58:50 -04:00
parent 7b3188fec8
commit bf6d34160e
2 changed files with 63 additions and 63 deletions
Download Patch File Download Diff File Expand all files Collapse all files

46
lib/gpu/Nvidia.makefile
View File

@ -85,7 +85,7 @@ $(OBJ_DIR)/radixsort_app.cu_o: cudpp_mini/radixsort_app.cu
$(OBJ_DIR)/scan_app.cu_o: cudpp_mini/scan_app.cu
$(CUDA) -o $@ -c cudpp_mini/scan_app.cu
$(OBJ_DIR)/atom.ptx: atom.cu
$(OBJ_DIR)/atom.ptx: atom.cu preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ atom.cu
$(OBJ_DIR)/atom_ptx.h: $(OBJ_DIR)/atom.ptx
@ -97,13 +97,13 @@ $(OBJ_DIR)/atom.o: atom.cpp atom.h $(NVD_H) $(OBJ_DIR)/atom_ptx.h
$(OBJ_DIR)/ans.o: answer.cpp answer.h $(NVD_H)
$(CUDR) -o $@ -c answer.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/neighbor_cpu.ptx: neighbor_cpu.cu
$(OBJ_DIR)/neighbor_cpu.ptx: neighbor_cpu.cu preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ neighbor_cpu.cu
$(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_ptx.h: $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu.ptx
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh neighbor_cpu $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu.ptx $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_ptx.h
$(OBJ_DIR)/neighbor_gpu.ptx: neighbor_gpu.cu
$(OBJ_DIR)/neighbor_gpu.ptx: neighbor_gpu.cu preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ neighbor_gpu.cu
$(OBJ_DIR)/neighbor_gpu_ptx.h: $(OBJ_DIR)/neighbor_gpu.ptx
@ -115,7 +115,7 @@ $(OBJ_DIR)/neighbor_shared.o: neighbor_shared.cpp neighbor_shared.h $(OBJ_DIR)/n
$(OBJ_DIR)/neighbor.o: neighbor.cpp neighbor.h neighbor_shared.h $(NVD_H)
$(CUDR) -o $@ -c neighbor.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/device.ptx: device.cu
$(OBJ_DIR)/device.ptx: device.cu preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ device.cu
$(OBJ_DIR)/device_ptx.h: $(OBJ_DIR)/device.ptx
@ -133,13 +133,13 @@ $(OBJ_DIR)/base_charge.o: $(ALL_H) base_charge.h base_charge.cpp
$(OBJ_DIR)/base_ellipsoid.o: $(ALL_H) base_ellipsoid.h base_ellipsoid.cpp $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_ptx.h
$(CUDR) -o $@ -c base_ellipsoid.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/pppm_f.ptx: pppm.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/pppm_f.ptx: pppm.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -Dgrdtyp=float -Dgrdtyp4=float4 -o $@ pppm.cu
$(OBJ_DIR)/pppm_f_ptx.h: $(OBJ_DIR)/pppm_f.ptx
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh pppm_f $(OBJ_DIR)/pppm_f.ptx $(OBJ_DIR)/pppm_f_ptx.h
$(OBJ_DIR)/pppm_d.ptx: pppm.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/pppm_d.ptx: pppm.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -Dgrdtyp=double -Dgrdtyp4=double4 -o $@ pppm.cu
$(OBJ_DIR)/pppm_d_ptx.h: $(OBJ_DIR)/pppm_d.ptx
@ -151,16 +151,16 @@ $(OBJ_DIR)/pppm.o: $(ALL_H) pppm.h pppm.cpp $(OBJ_DIR)/pppm_f_ptx.h $(OBJ_DIR)/p
$(OBJ_DIR)/pppm_ext.o: $(ALL_H) pppm.h pppm_ext.cpp
$(CUDR) -o $@ -c pppm_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor.ptx: ellipsoid_nbor.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor.ptx: ellipsoid_nbor.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ ellipsoid_nbor.cu
$(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_ptx.h: $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor.ptx
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh ellipsoid_nbor $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor.ptx $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_ptx.h
$(OBJ_DIR)/gayberne.ptx: gayberne.cu precision.h ellipsoid_extra.h
$(OBJ_DIR)/gayberne.ptx: gayberne.cu precision.h ellipsoid_extra.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ gayberne.cu
$(OBJ_DIR)/gayberne_lj.ptx: gayberne_lj.cu precision.h ellipsoid_extra.h
$(OBJ_DIR)/gayberne_lj.ptx: gayberne_lj.cu precision.h ellipsoid_extra.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ gayberne_lj.cu
$(OBJ_DIR)/gayberne_ptx.h: $(OBJ_DIR)/gayberne.ptx
@ -175,10 +175,10 @@ $(OBJ_DIR)/gayberne.o: $(ALL_H) gayberne.h gayberne.cpp $(OBJ_DIR)/gayberne_ptx.
$(OBJ_DIR)/gayberne_ext.o: $(ALL_H) $(OBJ_DIR)/gayberne.o gayberne_ext.cpp
$(CUDR) -o $@ -c gayberne_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/re_squared.ptx: re_squared.cu precision.h ellipsoid_extra.h
$(OBJ_DIR)/re_squared.ptx: re_squared.cu precision.h ellipsoid_extra.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ re_squared.cu
$(OBJ_DIR)/re_squared_lj.ptx: re_squared_lj.cu precision.h ellipsoid_extra.h
$(OBJ_DIR)/re_squared_lj.ptx: re_squared_lj.cu precision.h ellipsoid_extra.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ re_squared_lj.cu
$(OBJ_DIR)/re_squared_ptx.h: $(OBJ_DIR)/re_squared.ptx
@ -193,7 +193,7 @@ $(OBJ_DIR)/re_squared.o: $(ALL_H) re_squared.h re_squared.cpp $(OBJ_DIR)/re_squa
$(OBJ_DIR)/re_squared_ext.o: $(ALL_H) $(OBJ_DIR)/re_squared.o re_squared_ext.cpp
$(CUDR) -o $@ -c re_squared_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj.ptx: lj.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/lj.ptx: lj.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj.cu
$(OBJ_DIR)/lj_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj.ptx $(OBJ_DIR)/lj.ptx
@ -205,7 +205,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj.o: $(ALL_H) lj.h lj.cpp $(OBJ_DIR)/lj_ptx.h $(OBJ_DIR)/base_atomic
$(OBJ_DIR)/lj_ext.o: $(ALL_H) lj.h lj_ext.cpp base_atomic.h
$(CUDR) -o $@ -c lj_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj_coul.ptx: lj_coul.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/lj_coul.ptx: lj_coul.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj_coul.cu
$(OBJ_DIR)/lj_coul_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj_coul.ptx $(OBJ_DIR)/lj_coul.ptx
@ -217,7 +217,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj_coul.o: $(ALL_H) lj_coul.h lj_coul.cpp $(OBJ_DIR)/lj_coul_ptx.h $(
$(OBJ_DIR)/lj_coul_ext.o: $(ALL_H) lj_coul.h lj_coul_ext.cpp base_charge.h
$(CUDR) -o $@ -c lj_coul_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj_class2_long.ptx: lj_class2_long.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/lj_class2_long.ptx: lj_class2_long.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj_class2_long.cu
$(OBJ_DIR)/lj_class2_long_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj_class2_long.ptx $(OBJ_DIR)/lj_class2_long.ptx
@ -229,7 +229,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj_class2_long.o: $(ALL_H) lj_class2_long.h lj_class2_long.cpp $(OBJ_
$(OBJ_DIR)/lj_class2_long_ext.o: $(ALL_H) lj_class2_long.h lj_class2_long_ext.cpp base_charge.h
$(CUDR) -o $@ -c lj_class2_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/coul_long.ptx: coul_long.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/coul_long.ptx: coul_long.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ coul_long.cu
$(OBJ_DIR)/coul_long_ptx.h: $(OBJ_DIR)/coul_long.ptx $(OBJ_DIR)/coul_long.ptx
@ -241,7 +241,7 @@ $(OBJ_DIR)/coul_long.o: $(ALL_H) coul_long.h coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/coul_long_
$(OBJ_DIR)/coul_long_ext.o: $(ALL_H) coul_long.h coul_long_ext.cpp base_charge.h
$(CUDR) -o $@ -c coul_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj_coul_long.ptx: lj_coul_long.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/lj_coul_long.ptx: lj_coul_long.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj_coul_long.cu
$(OBJ_DIR)/lj_coul_long_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj_coul_long.ptx $(OBJ_DIR)/lj_coul_long.ptx
@ -253,7 +253,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj_coul_long.o: $(ALL_H) lj_coul_long.h lj_coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/l
$(OBJ_DIR)/lj_coul_long_ext.o: $(ALL_H) lj_coul_long.h lj_coul_long_ext.cpp base_charge.h
$(CUDR) -o $@ -c lj_coul_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/morse.ptx: morse.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/morse.ptx: morse.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ morse.cu
$(OBJ_DIR)/morse_ptx.h: $(OBJ_DIR)/morse.ptx $(OBJ_DIR)/morse.ptx
@ -265,7 +265,7 @@ $(OBJ_DIR)/morse.o: $(ALL_H) morse.h morse.cpp $(OBJ_DIR)/morse_ptx.h $(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/morse_ext.o: $(ALL_H) morse.h morse_ext.cpp base_atomic.h
$(CUDR) -o $@ -c morse_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/charmm_long.ptx: charmm_long.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/charmm_long.ptx: charmm_long.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ charmm_long.cu
$(OBJ_DIR)/charmm_long_ptx.h: $(OBJ_DIR)/charmm_long.ptx $(OBJ_DIR)/charmm_long.ptx
@ -277,7 +277,7 @@ $(OBJ_DIR)/charmm_long.o: $(ALL_H) charmm_long.h charmm_long.cpp $(OBJ_DIR)/char
$(OBJ_DIR)/charmm_long_ext.o: $(ALL_H) charmm_long.h charmm_long_ext.cpp base_charge.h
$(CUDR) -o $@ -c charmm_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj96.ptx: lj96.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/lj96.ptx: lj96.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj96.cu
$(OBJ_DIR)/lj96_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj96.ptx $(OBJ_DIR)/lj96.ptx
@ -289,7 +289,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj96.o: $(ALL_H) lj96.h lj96.cpp $(OBJ_DIR)/lj96_ptx.h $(OBJ_DIR)/bas
$(OBJ_DIR)/lj96_ext.o: $(ALL_H) lj96.h lj96_ext.cpp base_atomic.h
$(CUDR) -o $@ -c lj96_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj_expand.ptx: lj_expand.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/lj_expand.ptx: lj_expand.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ lj_expand.cu
$(OBJ_DIR)/lj_expand_ptx.h: $(OBJ_DIR)/lj_expand.ptx $(OBJ_DIR)/lj_expand.ptx
@ -301,7 +301,7 @@ $(OBJ_DIR)/lj_expand.o: $(ALL_H) lj_expand.h lj_expand.cpp $(OBJ_DIR)/lj_expand_
$(OBJ_DIR)/lj_expand_ext.o: $(ALL_H) lj_expand.h lj_expand_ext.cpp base_atomic.h
$(CUDR) -o $@ -c lj_expand_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/cg_cmm.ptx: cg_cmm.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/cg_cmm.ptx: cg_cmm.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ cg_cmm.cu
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_ptx.h: $(OBJ_DIR)/cg_cmm.ptx $(OBJ_DIR)/cg_cmm.ptx
@ -313,7 +313,7 @@ $(OBJ_DIR)/cg_cmm.o: $(ALL_H) cg_cmm.h cg_cmm.cpp $(OBJ_DIR)/cg_cmm_ptx.h $(OBJ_
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_ext.o: $(ALL_H) cg_cmm.h cg_cmm_ext.cpp base_atomic.h
$(CUDR) -o $@ -c cg_cmm_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.ptx: cg_cmm_long.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.ptx: cg_cmm_long.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ cg_cmm_long.cu
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_ptx.h: $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.ptx $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.ptx
@ -325,7 +325,7 @@ $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.o: $(ALL_H) cg_cmm_long.h cg_cmm_long.cpp $(OBJ_DIR)/cg_c
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_ext.o: $(ALL_H) cg_cmm_long.h cg_cmm_long_ext.cpp base_charge.h
$(CUDR) -o $@ -c cg_cmm_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_msm.ptx: cg_cmm_msm.cu precision.h
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_msm.ptx: cg_cmm_msm.cu precision.h preprocessor.h
$(CUDA) --ptx -DNV_KERNEL -o $@ cg_cmm_msm.cu
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_msm_ptx.h: $(OBJ_DIR)/cg_cmm_msm.ptx $(OBJ_DIR)/cg_cmm_msm.ptx

80
lib/gpu/Opencl.makefile
View File

@ -44,8 +44,8 @@ OCL_EXECS = $(BIN_DIR)/ocl_get_devices
all: $(OCL_LIB) $(EXECS)
$(OBJ_DIR)/atom_cl.h: atom.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh atom atom.cu $(OBJ_DIR)/atom_cl.h
$(OBJ_DIR)/atom_cl.h: atom.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh atom preprocessor.h atom.cu $(OBJ_DIR)/atom_cl.h
$(OBJ_DIR)/atom.o: atom.cpp atom.h $(OCL_H) $(OBJ_DIR)/atom_cl.h
$(OCL) -o $@ -c atom.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -53,8 +53,8 @@ $(OBJ_DIR)/atom.o: atom.cpp atom.h $(OCL_H) $(OBJ_DIR)/atom_cl.h
$(OBJ_DIR)/ans.o: answer.cpp answer.h $(OCL_H)
$(OCL) -o $@ -c answer.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h: neighbor_cpu.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh neighbor_cpu neighbor_cpu.cu $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h
$(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h: neighbor_cpu.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh neighbor_cpu preprocessor.h neighbor_cpu.cu $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h
$(OBJ_DIR)/neighbor_shared.o: neighbor_shared.cpp neighbor_shared.h $(OCL_H) $(OBJ_DIR)/neighbor_cpu_cl.h
$(OCL) -o $@ -c neighbor_shared.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -62,8 +62,8 @@ $(OBJ_DIR)/neighbor_shared.o: neighbor_shared.cpp neighbor_shared.h $(OCL_H) $(O
$(OBJ_DIR)/neighbor.o: neighbor.cpp neighbor.h $(OCL_H) neighbor_shared.h
$(OCL) -o $@ -c neighbor.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/device_cl.h: device.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh device device.cu $(OBJ_DIR)/device_cl.h
$(OBJ_DIR)/device_cl.h: device.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh device preprocessor.h device.cu $(OBJ_DIR)/device_cl.h
$(OBJ_DIR)/device.o: device.cpp device.h $(ALL_H) $(OBJ_DIR)/device_cl.h
$(OCL) -o $@ -c device.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -77,8 +77,8 @@ $(OBJ_DIR)/base_charge.o: $(OCL_H) base_charge.h base_charge.cpp
$(OBJ_DIR)/base_ellipsoid.o: $(OCL_H) base_ellipsoid.h base_ellipsoid.cpp $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_cl.h
$(OCL) -o $@ -c base_ellipsoid.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/pppm_cl.h: pppm.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh pppm pppm.cu $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h;
$(OBJ_DIR)/pppm_cl.h: pppm.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh pppm preprocessor.h pppm.cu $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h;
$(OBJ_DIR)/pppm.o: $(ALL_H) pppm.h pppm.cpp $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h
$(OCL) -o $@ -c pppm.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -86,14 +86,14 @@ $(OBJ_DIR)/pppm.o: $(ALL_H) pppm.h pppm.cpp $(OBJ_DIR)/pppm_cl.h $(OBJ_DIR)/ppp
$(OBJ_DIR)/pppm_ext.o: $(ALL_H) pppm.h pppm_ext.cpp
$(OCL) -o $@ -c pppm_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_cl.h: ellipsoid_nbor.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh ellipsoid_nbor ellipsoid_nbor.cu $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_cl.h
$(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_cl.h: ellipsoid_nbor.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh ellipsoid_nbor preprocessor.h ellipsoid_nbor.cu $(OBJ_DIR)/ellipsoid_nbor_cl.h
$(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h: gayberne.cu ellipsoid_extra.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh gayberne ellipsoid_extra.h gayberne.cu $(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h;
$(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h: gayberne.cu ellipsoid_extra.h preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh gayberne preprocessor.h ellipsoid_extra.h gayberne.cu $(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h;
$(OBJ_DIR)/gayberne_lj_cl.h: gayberne_lj.cu ellipsoid_extra.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh gayberne_lj ellipsoid_extra.h gayberne_lj.cu $(OBJ_DIR)/gayberne_lj_cl.h;
$(OBJ_DIR)/gayberne_lj_cl.h: gayberne_lj.cu ellipsoid_extra.h preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh gayberne_lj preprocessor.h ellipsoid_extra.h gayberne_lj.cu $(OBJ_DIR)/gayberne_lj_cl.h;
$(OBJ_DIR)/gayberne.o: $(ALL_H) gayberne.h gayberne.cpp $(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h $(OBJ_DIR)/gayberne_lj_cl.h $(OBJ_DIR)/base_ellipsoid.o
$(OCL) -o $@ -c gayberne.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -101,11 +101,11 @@ $(OBJ_DIR)/gayberne.o: $(ALL_H) gayberne.h gayberne.cpp $(OBJ_DIR)/gayberne_cl.h
$(OBJ_DIR)/gayberne_ext.o: $(ALL_H) $(OBJ_DIR)/gayberne.o gayberne_ext.cpp
$(OCL) -o $@ -c gayberne_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/re_squared_cl.h: re_squared.cu ellipsoid_extra.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh re_squared ellipsoid_extra.h re_squared.cu $(OBJ_DIR)/re_squared_cl.h;
$(OBJ_DIR)/re_squared_cl.h: re_squared.cu ellipsoid_extra.h preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh re_squared preprocessor.h ellipsoid_extra.h re_squared.cu $(OBJ_DIR)/re_squared_cl.h;
$(OBJ_DIR)/re_squared_lj_cl.h: re_squared_lj.cu ellipsoid_extra.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh re_squared_lj ellipsoid_extra.h re_squared_lj.cu $(OBJ_DIR)/re_squared_lj_cl.h;
$(OBJ_DIR)/re_squared_lj_cl.h: re_squared_lj.cu ellipsoid_extra.h preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh re_squared_lj preprocessor.h ellipsoid_extra.h re_squared_lj.cu $(OBJ_DIR)/re_squared_lj_cl.h;
$(OBJ_DIR)/re_squared.o: $(ALL_H) re_squared.h re_squared.cpp $(OBJ_DIR)/re_squared_cl.h $(OBJ_DIR)/re_squared_lj_cl.h $(OBJ_DIR)/base_ellipsoid.o
$(OCL) -o $@ -c re_squared.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -113,8 +113,8 @@ $(OBJ_DIR)/re_squared.o: $(ALL_H) re_squared.h re_squared.cpp $(OBJ_DIR)/re_squa
$(OBJ_DIR)/re_squared_ext.o: $(ALL_H) $(OBJ_DIR)/re_squared.o re_squared_ext.cpp
$(OCL) -o $@ -c re_squared_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj_cl.h: lj.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj lj.cu $(OBJ_DIR)/lj_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj_cl.h: lj.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj preprocessor.h lj.cu $(OBJ_DIR)/lj_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj.o: $(ALL_H) lj.h lj.cpp $(OBJ_DIR)/lj_cl.h $(OBJ_DIR)/lj_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o
$(OCL) -o $@ -c lj.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -122,8 +122,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj.o: $(ALL_H) lj.h lj.cpp $(OBJ_DIR)/lj_cl.h $(OBJ_DIR)/lj_cl.h $(O
$(OBJ_DIR)/lj_ext.o: $(ALL_H) lj.h lj_ext.cpp base_atomic.h
$(OCL) -o $@ -c lj_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h: lj_coul.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_coul lj_coul.cu $(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h: lj_coul.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_coul preprocessor.h lj_coul.cu $(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj_coul.o: $(ALL_H) lj_coul.h lj_coul.cpp $(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h $(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h $(OBJ_DIR)/base_charge.o
$(OCL) -o $@ -c lj_coul.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -131,8 +131,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj_coul.o: $(ALL_H) lj_coul.h lj_coul.cpp $(OBJ_DIR)/lj_coul_cl.h $(
$(OBJ_DIR)/lj_coul_ext.o: $(ALL_H) lj_coul.h lj_coul_ext.cpp base_charge.h
$(OCL) -o $@ -c lj_coul_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj_coul_long_cl.h: lj_coul_long.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_coul_long lj_coul_long.cu $(OBJ_DIR)/lj_coul_long_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj_coul_long_cl.h: lj_coul_long.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_coul_long preprocessor.h lj_coul_long.cu $(OBJ_DIR)/lj_coul_long_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj_coul_long.o: $(ALL_H) lj_coul_long.h lj_coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/lj_coul_long_cl.h $(OBJ_DIR)/base_charge.o
$(OCL) -o $@ -c lj_coul_long.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -140,8 +140,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj_coul_long.o: $(ALL_H) lj_coul_long.h lj_coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/
$(OBJ_DIR)/lj_coul_long_ext.o: $(ALL_H) lj_coul_long.h lj_coul_long_ext.cpp base_charge.h
$(OCL) -o $@ -c lj_coul_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj_class2_long_cl.h: lj_class2_long.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_class2_long lj_class2_long.cu $(OBJ_DIR)/lj_class2_long_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj_class2_long_cl.h: lj_class2_long.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_class2_long preprocessor.h lj_class2_long.cu $(OBJ_DIR)/lj_class2_long_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj_class2_long.o: $(ALL_H) lj_class2_long.h lj_class2_long.cpp $(OBJ_DIR)/lj_class2_long_cl.h $(OBJ_DIR)/base_charge.o
$(OCL) -o $@ -c lj_class2_long.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -149,8 +149,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj_class2_long.o: $(ALL_H) lj_class2_long.h lj_class2_long.cpp $(OBJ
$(OBJ_DIR)/lj_class2_long_ext.o: $(ALL_H) lj_class2_long.h lj_class2_long_ext.cpp base_charge.h
$(OCL) -o $@ -c lj_class2_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/coul_long_cl.h: coul_long.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh coul_long coul_long.cu $(OBJ_DIR)/coul_long_cl.h;
$(OBJ_DIR)/coul_long_cl.h: coul_long.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh coul_long preprocessor.h coul_long.cu $(OBJ_DIR)/coul_long_cl.h;
$(OBJ_DIR)/coul_long.o: $(ALL_H) coul_long.h coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/coul_long_cl.h $(OBJ_DIR)/base_charge.o
$(OCL) -o $@ -c coul_long.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -158,8 +158,8 @@ $(OBJ_DIR)/coul_long.o: $(ALL_H) coul_long.h coul_long.cpp $(OBJ_DIR)/coul_long
$(OBJ_DIR)/coul_long_ext.o: $(ALL_H) coul_long.h coul_long_ext.cpp base_charge.h
$(OCL) -o $@ -c coul_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/morse_cl.h: morse.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh morse morse.cu $(OBJ_DIR)/morse_cl.h;
$(OBJ_DIR)/morse_cl.h: morse.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh morse preprocessor.h morse.cu $(OBJ_DIR)/morse_cl.h;
$(OBJ_DIR)/morse.o: $(ALL_H) morse.h morse.cpp $(OBJ_DIR)/morse_cl.h $(OBJ_DIR)/morse_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o
$(OCL) -o $@ -c morse.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -167,8 +167,8 @@ $(OBJ_DIR)/morse.o: $(ALL_H) morse.h morse.cpp $(OBJ_DIR)/morse_cl.h $(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/morse_ext.o: $(ALL_H) morse.h morse_ext.cpp base_atomic.h
$(OCL) -o $@ -c morse_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h: charmm_long.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh charmm_long charmm_long.cu $(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h;
$(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h: charmm_long.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh charmm_long preprocessor.h charmm_long.cu $(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h;
$(OBJ_DIR)/charmm_long.o: $(ALL_H) charmm_long.h charmm_long.cpp $(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h $(OBJ_DIR)/charmm_long_cl.h $(OBJ_DIR)/base_charge.o
$(OCL) -o $@ -c charmm_long.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -176,8 +176,8 @@ $(OBJ_DIR)/charmm_long.o: $(ALL_H) charmm_long.h charmm_long.cpp $(OBJ_DIR)/cha
$(OBJ_DIR)/charmm_long_ext.o: $(ALL_H) charmm_long.h charmm_long_ext.cpp base_charge.h
$(OCL) -o $@ -c charmm_long_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj96_cl.h: lj96.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj96 lj96.cu $(OBJ_DIR)/lj96_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj96_cl.h: lj96.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj96 preprocessor.h lj96.cu $(OBJ_DIR)/lj96_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj96.o: $(ALL_H) lj96.h lj96.cpp $(OBJ_DIR)/lj96_cl.h $(OBJ_DIR)/lj96_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o
$(OCL) -o $@ -c lj96.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -185,8 +185,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj96.o: $(ALL_H) lj96.h lj96.cpp $(OBJ_DIR)/lj96_cl.h $(OBJ_DIR)/lj9
$(OBJ_DIR)/lj96_ext.o: $(ALL_H) lj96.h lj96_ext.cpp base_atomic.h
$(OCL) -o $@ -c lj96_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h: lj_expand.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_expand lj_expand.cu $(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h: lj_expand.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh lj_expand preprocessor.h lj_expand.cu $(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h;
$(OBJ_DIR)/lj_expand.o: $(ALL_H) lj_expand.h lj_expand.cpp $(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h $(OBJ_DIR)/lj_expand_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o
$(OCL) -o $@ -c lj_expand.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -194,8 +194,8 @@ $(OBJ_DIR)/lj_expand.o: $(ALL_H) lj_expand.h lj_expand.cpp $(OBJ_DIR)/lj_expand
$(OBJ_DIR)/lj_expand_ext.o: $(ALL_H) lj_expand.h lj_expand_ext.cpp base_atomic.h
$(OCL) -o $@ -c lj_expand_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h: cg_cmm.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh cg_cmm cg_cmm.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h;
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h: cg_cmm.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh cg_cmm preprocessor.h cg_cmm.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h;
$(OBJ_DIR)/cg_cmm.o: $(ALL_H) cg_cmm.h cg_cmm.cpp $(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h $(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o
$(OCL) -o $@ -c cg_cmm.cpp -I$(OBJ_DIR)
@ -203,8 +203,8 @@ $(OBJ_DIR)/cg_cmm.o: $(ALL_H) cg_cmm.h cg_cmm.cpp $(OBJ_DIR)/cg_cmm_cl.h $(OBJ_
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_ext.o: $(ALL_H) cg_cmm.h cg_cmm_ext.cpp base_atomic.h
$(OCL) -o $@ -c cg_cmm_ext.cpp -I$(OBJ_DIR)
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h: cg_cmm_long.cu
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh cg_cmm_long cg_cmm_long.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h;
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h: cg_cmm_long.cu preprocessor.h
$(BSH) ./geryon/file_to_cstr.sh cg_cmm_long preprocessor.h cg_cmm_long.cu $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h;
$(OBJ_DIR)/cg_cmm_long.o: $(ALL_H) cg_cmm_long.h cg_cmm_long.cpp $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h $(OBJ_DIR)/cg_cmm_long_cl.h $(OBJ_DIR)/base_atomic.o
$(OCL) -o $@ -c cg_cmm_long.cpp -I$(OBJ_DIR)